单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
221	2025-07-20	A mouse model of Zhu-Tokita-Takenouchi-Kim syndrome reveals indispensable SON functions in organ development and hematopoiesis 2024-Mar-08, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.175053 PMID:38290089	研究论文	本研究开发了一种模拟Zhu-Tokita-Takenouchi-Kim（ZTTK）综合征的小鼠模型，揭示了SON基因在器官发育和造血过程中的不可或缺作用	首次开发了Son单倍体不足（Son+/-）小鼠作为ZTTK综合征的模型，并系统研究了SON基因在器官发育和造血中的功能	研究仅在小鼠模型中进行，需要进一步验证在人类中的适用性	探究SON基因在器官发育和造血过程中的功能及其与ZTTK综合征的关系	Son单倍体不足（Son+/-）小鼠	生物医学研究	ZTTK综合征	单细胞转录组分析	小鼠模型	基因表达数据	未明确说明具体样本数量
222	2025-07-20	A novel EIF3C-related CD8+ T-cell signature in predicting prognosis and immunotherapy response of nasopharyngeal carcinoma 2024-Feb-24, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-023-05552-x PMID:38400862	研究论文	本研究探索了EIF3C在鼻咽癌肿瘤免疫微环境中的作用，并构建了一个基于EIF3C相关CD8+ T细胞标记基因的预测模型ETS，用于预测鼻咽癌的预后和免疫治疗反应	首次发现EIF3C与CD8+ T细胞浸润水平的显著关系，并构建了ETS预测模型，该模型不仅能预测鼻咽癌患者的预后，还能作为免疫治疗反应的准确指标	研究样本量未明确说明，且模型的临床适用性需要进一步验证	识别能够准确预测免疫治疗效果的可靠标记物，并构建预测模型	鼻咽癌肿瘤免疫微环境中的CD8+ T细胞	数字病理学	鼻咽癌	RNA测序、scRNA-seq、lasso算法	ETS预测模型	基因表达数据	NA
223	2025-07-20	Indoximod-based chemo-immunotherapy for pediatric brain tumors: A first-in-children phase I trial 2024-02-02, Neuro-oncology IF:16.4Q1 DOI:10.1093/neuonc/noad174 PMID:37715730	research paper	该研究是一项针对儿童复发性脑肿瘤或新诊断的弥漫性内生性脑桥胶质瘤（DIPG）的I期临床试验，评估了口服IDO通路抑制剂indoximod与化疗或放疗联合使用的安全性和初步疗效	首次在儿童中进行的indoximod联合化疗或放疗的I期临床试验，并确定了儿童剂量	研究样本量较小（81例患者），且为I期试验，主要关注安全性和剂量确定，疗效数据为初步结果	评估indoximod联合化疗或放疗在儿童脑肿瘤治疗中的安全性和初步疗效	儿童复发性脑肿瘤或新诊断的弥漫性内生性脑桥胶质瘤（DIPG）患者	NA	脑肿瘤	单细胞RNA测序与配对单细胞T细胞受体测序	NA	临床数据和血液样本	81例患者（68例复发性疾病，13例DIPG）
224	2025-07-20	Dictionary learning for integrative, multimodal and scalable single-cell analysis 2024-Feb, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-023-01767-y PMID:37231261	research paper	该论文提出了一种名为'桥接整合'的方法，用于跨模态整合单细胞数据集，利用多组学数据集作为分子桥梁	引入'桥接整合'方法，通过多组学数据集作为桥梁，实现跨模态单细胞数据整合，扩展了单细胞参考数据集的实用性	未明确提及具体局限性，但可能依赖于多组学数据集的质量和覆盖范围	开发一种方法来整合不同分子模态的单细胞数据集，提高数据分析和比较的效率	单细胞测序数据，包括转录组、染色质可及性、组蛋白修饰、DNA甲基化和蛋白质水平数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序、多组学数据分析	字典学习	单细胞测序数据	860万个人类免疫细胞图谱
225	2025-07-20	Tumor necrosis factor-related apoptosis-inducing ligand (TRAIL) deletion in myeloid cells augments cholestatic liver injury 2024-01-25, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-52710-3 PMID:38273071	研究论文	研究探讨了骨髓细胞中TRAIL缺失对胆汁淤积性肝损伤的影响	揭示了TRAIL通过抑制DR细胞扩张来限制胆汁淤积性肝损伤的新机制	研究主要基于小鼠模型，结果在人体中的适用性需要进一步验证	探究TRAIL在胆汁淤积性肝损伤中的作用机制	野生型、Trail缺失及骨髓特异性Trail缺失的C57BL/6小鼠	肝脏病理学	胆汁淤积性肝病	高维质谱流式细胞术、空间转录组学分析、原位杂交	小鼠模型	基因表达数据、蛋白质数据	多种基因型的小鼠样本
226	2025-07-20	Niche-DE: niche-differential gene expression analysis in spatial transcriptomics data identifies context-dependent cell-cell interactions 2024-01-12, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-023-03159-6 PMID:38217002	research paper	提出了一种名为niche-DE的新统计方法，用于识别空间转录组数据中细胞类型特异性的niche相关基因	首次提出niche-DE方法，专注于局部基因表达变化，而非全局基因表达变化，并开发了niche-LR方法来揭示配体-受体信号机制	未提及具体样本量或实验验证结果	开发新方法以识别空间转录组数据中由细胞间相互作用驱动的局部基因表达变化	空间转录组数据	生物信息学	NA	空间转录组学	niche-DE, niche-LR	空间转录组数据	NA
227	2025-07-20	Regulation of Bacteroides acidifaciens by the aryl hydrocarbon receptor in IL-22-producing immune cells has sex-dependent consequential impact on colitis 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1444045 PMID:39229279	研究论文	本研究探讨了芳烃受体（AhR）在IL-22产生免疫细胞中对Bacteroides acidifaciens的调控作用及其对结肠炎的性别依赖性影响	揭示了AhR在IL-22信号通路中的性别特异性作用及其对特定微生物Bacteroides acidifaciens的调控机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探究AhR在IL-22信号通路中的作用及其对结肠炎的影响	小鼠模型中的结肠炎及肠道微生物Bacteroides acidifaciens	免疫学	结肠炎	单细胞RNA测序（scRNAseq），16S rRNA微生物组分析	AhR缺陷小鼠模型	基因表达数据，微生物组数据	野生型（WT）、AhR ΔRorc 和同窝对照（LM）小鼠
228	2025-07-20	Single-Cell Transcriptomics Reveals STAT1 Drives LHPP Downregulation in Esophageal Squamous Cell Carcinoma Progression 2024 Jan-Dec, Technology in cancer research & treatment IF:2.7Q3 DOI:10.1177/15330338241293485 PMID:39497541	研究论文	本研究利用单细胞转录组学揭示了STAT1在食管鳞状细胞癌（ESCC）进展中下调LHPP的分子机制	发现了STAT1对LHPP的转录调控关系，揭示了ESCC微环境中复杂的调控环路	样本量较小（21例ESCC患者），且主要依赖公共数据库数据	探索ESCC的分子机制和细胞动态，特别是STAT1与LHPP的调控关系	食管鳞状细胞癌（ESCC）患者和细胞系	癌症研究	食管鳞状细胞癌	单细胞转录组学	NA	转录组数据	21例ESCC患者和ESCC细胞系
229	2025-07-20	Applications of single-cell RNA sequencing in rheumatoid arthritis 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1491318 PMID:39600707	综述	本文探讨了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在类风湿性关节炎（RA）研究中的应用及其潜力	scRNA-seq技术提供了前所未有的细胞异质性和功能详细视图，有助于揭示RA独特的细胞状态和转变，为开发新型药物靶点提供可能	scRNA-seq技术成本较高，对低丰度转录本的敏感性较低，且数据分析流程相对复杂	探索scRNA-seq在RA研究中的应用，以促进更有效的治疗策略的开发	类风湿性关节炎（RA）	数字病理学	类风湿性关节炎	scRNA-seq	NA	RNA序列数据	NA
230	2025-07-20	Unique lymphocyte transcriptomic profiles in septic patients with chronic critical illness 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1478471 PMID:39691721	研究论文	通过单细胞RNA测序分析，研究慢性危重症（CCI）脓毒症患者的淋巴细胞转录组特征	揭示了脓毒症患者发展为CCI时，T细胞、B细胞和NK细胞的独特转录模式及其与临床轨迹的关系	样本量相对较小，且仅分析了特定时间点的转录组数据	探究脓毒症患者发展为慢性危重症（CCI）时的免疫系统变化	健康受试者、急性脓毒症患者、快速恢复患者和CCI患者	免疫学	脓毒症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、ELISpot、细胞因子分析、T细胞增殖实验	NA	转录组数据、功能实验数据	健康受试者12人，急性脓毒症患者4人，快速恢复患者4人，CCI患者5人（scRNA-seq）；健康受试者19人，急性脓毒症患者68人，快速恢复患者27人，CCI患者20人（功能验证）
231	2025-07-20	Current state and future prospects of spatial biology in colorectal cancer 2024, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2024.1513821 PMID:39711954	综述	本文综述了空间生物学技术在结直肠癌研究中的最新进展及其在精准医学策略中的应用	强调了空间转录组学和蛋白质组学在解析结直肠癌肿瘤微环境复杂性和空间组织中的创新应用	当前方法面临组织异质性高和缺乏有效计算工具管理及解释复杂数据集的挑战	探讨空间生物学技术在结直肠癌研究中的应用及其对精准医学策略的潜在贡献	结直肠癌肿瘤微环境及其分子和细胞相互作用	空间生物学	结直肠癌	空间转录组学, 空间蛋白质组学	NA	分子表达数据, 组织切片图像	NA
232	2025-07-20	Computational discovery of co-expressed antigens as dual targeting candidates for cancer therapy through bulk, single-cell, and spatial transcriptomics 2024, Bioinformatics advances IF:2.4Q2 DOI:10.1093/bioadv/vbae096 PMID:39872360	研究论文	提出了一种结合bulk RNA-seq和scRNA-seq优势的计算流程，用于发现癌症治疗中的双特异性抗体靶点	结合bulk RNA-seq和scRNA-seq的优势，克服单独使用这两种方法时的问题，提高了双特异性抗体靶点发现的准确性	虽然结合了多种技术，但scRNA-seq的低覆盖率问题可能仍会影响结果的全面性	发现癌症治疗中双特异性抗体的潜在靶点	肝细胞癌（HCC）	计算生物学	肝癌	bulk RNA-seq, scRNA-seq, 空间转录组学	NA	RNA-seq数据	bulk RNA-seq样本来自OCTAD数据库，scRNA-seq包含39,361个健康细胞和18,000个HCC肿瘤细胞
233	2025-07-20	A Self-Renewing Biomimetic Skeletal Muscle Construct Engineered using Induced Myogenic Progenitor Cells 2024-Jan, Advanced functional materials IF:18.5Q1 DOI:10.1002/adfm.202300571 PMID:40677964	research paper	该研究开发了一种能够自我更新的仿生骨骼肌构建物，使用诱导肌源性祖细胞（iMPCs）工程化实现	利用iMPCs和电纺丝技术构建了能够自我更新并产生排列整齐肌管的仿生肌肉构建物，并通过单细胞RNA测序验证了其逐步肌源性分化程序	NA	开发一种能够模拟体内骨骼肌再生和排列的体外系统，用于基础研究和再生医学	诱导肌源性祖细胞（iMPCs）和工程化的骨骼肌构建物	再生医学	肌肉疾病	电纺丝技术、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	NA
234	2025-07-20	Deriving early single-rosette brain organoids from human pluripotent stem cells 2023-12-12, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2023.10.020 PMID:37995702	research paper	开发了一种从人类多能干细胞生成早期单玫瑰花结脑类器官的技术	该方法通过从2D单层细胞启动脑类器官形成，模拟了神经板到神经管的2D到3D发育转变，生成了具有单一中央腔的球体	NA	研究人类大脑发育和疾病建模	人类多能干细胞	developmental biology	neurodevelopmental disorder	small molecule patterning, immunocytochemistry, single-cell RNA sequencing	single-rosette cortical organoids (SOSR-COs)	RNA-seq data, imaging data	NA
235	2025-07-20	Melanoma differentiation associated gene-9/syndecan binding protein promotes hepatocellular carcinoma 2023-12-01, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1002/hep.32797 PMID:36120720	研究论文	本研究探讨了MDA-9/SDCBP在肝细胞癌（HCC）中的作用及其机制	首次构建了肝细胞特异性过表达MDA-9的转基因小鼠模型，并揭示了MDA-9通过NF-κB和Spp1促进HCC的机制	研究主要基于小鼠模型，人类HCC中的具体作用仍需进一步验证	探究MDA-9在肝细胞癌发生发展中的作用及其分子机制	肝细胞癌（HCC）	癌症研究	肝细胞癌	RNA-seq, 单细胞RNA-seq	转基因小鼠模型	基因表达数据	转基因小鼠与野生型小鼠的比较研究
236	2025-07-20	Integrative lactylation and tumor microenvironment signature as prognostic and therapeutic biomarkers in skin cutaneous melanoma 2023-Dec, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-023-05483-7 PMID:37955686	研究论文	本研究通过整合乳酸化修饰和肿瘤微环境特征，开发了一种新的预后和治疗生物标志物分类器，用于皮肤黑色素瘤（SKCM）患者的预后预测和治疗方案制定	首次将乳酸化修饰（LAC）评分与肿瘤微环境（TME）评分相结合构建LAC-TME分类器，并验证其在SKCM预后预测和免疫治疗方案制定中的价值	研究主要基于公共数据库的回顾性分析，需要更多前瞻性临床研究验证	开发SKCM的新型预后预测模型并探索其免疫治疗指导价值	皮肤黑色素瘤（SKCM）患者和细胞系（A375和A2058）	数字病理学	皮肤黑色素瘤	RNA测序、单细胞RNA测序、LASSO回归分析、Cox回归分析	LAC-TME分类器	RNA测序数据、单细胞RNA测序数据	TCGA和GTEx数据库中的SKCM样本
237	2025-07-20	Combined signature of G protein-coupled receptors and tumor microenvironment provides a prognostic and therapeutic biomarker for skin cutaneous melanoma 2023-Dec, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-023-05486-4 PMID:38006451	research paper	该研究通过分析皮肤黑色素瘤（SKCM）中G蛋白偶联受体（GPCRs）相关基因（GPRGs）和肿瘤微环境（TME），构建了一个预后模型，以帮助SKCM患者获得准确的临床治疗策略	研究首次结合GPCRs相关基因和肿瘤微环境构建了SKCM的预后模型，并识别出新的生物标志物GPR19	研究主要基于公开数据库的数据，未来需要更多实验验证模型的普适性	构建SKCM的预后模型，为患者提供更精准的治疗策略	皮肤黑色素瘤（SKCM）患者	肿瘤学	皮肤黑色素瘤	差异表达分析、LASSO算法、单变量和多变量cox回归分析、免疫浸润分析、功能富集分析、肿瘤突变负荷分析、免疫治疗预测、scRNA-seq数据分析	GPR-TME分类器	基因表达数据和临床信息	来自TCGA和GEO数据库的SKCM表达数据和临床信息
238	2025-07-20	Machine learning- and WGCNA-mediated double analysis based on genes associated with disulfidptosis, cuproptosis and ferroptosis for the construction and validation of the prognostic model for breast cancer 2023-Dec, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-023-05378-7 PMID:37712959	research paper	该研究基于与二硫键凋亡、铜死亡和铁死亡相关的基因，通过机器学习和WGCNA双重分析，构建并验证了乳腺癌的预后模型	首次整合了二硫键凋亡相关基因(DRGs)、铜死亡相关基因(CRGs)和铁死亡相关基因(FRGs)来构建乳腺癌的预后特征	研究主要依赖于TCGA-BRCA数据库和两个外部验证集，可能受到数据来源的限制	开发乳腺癌的临床预后工具和设计免疫治疗方案	乳腺癌患者	machine learning	breast cancer	WGCNA, 单细胞RNA测序, 免疫荧光分析	Lasso-Cox分析	基因表达数据	来自TCGA-BRCA数据库的内部训练集和验证集，以及GSE20685和GSE42568作为外部验证集
239	2025-07-20	Anti-PD-1 immunotherapy with androgen deprivation therapy induces robust immune infiltration in metastatic castration-sensitive prostate cancer 2023-11-13, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2023.10.006 PMID:37922910	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序分析了转移性去势敏感前列腺癌患者在抗PD-1免疫治疗和雄激素剥夺治疗联合治疗下的肿瘤微环境免疫浸润情况	首次在转移性去势敏感前列腺癌中揭示了抗PD-1免疫治疗联合雄激素剥夺治疗诱导的免疫浸润特征及其与临床结局的关联	样本量较小(来自II期临床试验)，且仅分析了特定治疗方案的响应情况	探究转移性去势敏感前列腺癌的肿瘤微环境特征及联合治疗对其的影响	转移性去势敏感前列腺癌患者的肿瘤微环境	肿瘤免疫学	前列腺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据	II期临床试验(NCT03951831)患者样本
240	2025-07-20	Transcriptomes and metabolism define mouse and human MAIT cell populations 2023-11-10, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.abn8531 PMID:37948512	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序、表型和代谢分析，定义了小鼠和人类MAIT细胞在不同器官中的群体特征及其在胸腺中的发育途径	揭示了小鼠和人类MAIT细胞在转录组和代谢状态上的显著差异，特别是在IL-17产生型(MAIT17)和IFN-γ产生型(MAIT1)亚群之间	研究主要基于小鼠和人类的MAIT细胞，可能不适用于其他物种	探究MAIT细胞在不同器官中的群体特征及其发育途径	小鼠和人类的MAIT细胞	免疫学	NA	单细胞RNA测序、表型和代谢分析	NA	转录组数据、代谢数据	未明确说明样本数量，但涉及多个器官的小鼠和人类MAIT细胞