单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
221	2025-07-17	Using pseudotime derivative on single-cell RNA sequencing data to identify genes undergoing cell cycle regulation 2025, Bioinformatics advances IF:2.4Q2 DOI:10.1093/bioadv/vbaf123 PMID:40655197	研究论文	利用单细胞RNA测序数据的伪时间导数识别细胞周期调控基因	开发了一种通过单细胞RNA测序研究细胞周期的方法，避免了传统的细胞周期同步或选择实验	NA	研究细胞周期及其调控组件	细胞周期调控基因	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	伪时间方法	RNA测序数据	NA
222	2025-07-17	Single-cell analysis reveals the spatiotemporal effects of long-term electromagnetic field exposure on the liver 2025, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2025.1579121 PMID:40655943	研究论文	通过单细胞分析揭示了长期电磁场暴露对肝脏的时空影响	首次系统性评估长期电磁场暴露对肝脏的影响，并利用单细胞RNA测序和时空分辨分析揭示不同肝细胞对电磁辐射的敏感性和反应模式	研究仅在小鼠模型中进行，结果可能无法完全适用于人类	评估长期电磁场暴露对肝脏的影响	小鼠肝脏	生物医学	NA	单细胞RNA测序、脂质组学分析、组织学分析	NA	RNA测序数据、脂质组数据、组织学图像	小鼠暴露于2.45 GHz电磁场长达5个月
223	2025-07-17	Multi-Omics Analysis Reveals the transforming growth factor-β Signaling-Driven Multicellular Interactions with Prognostic Relevance in Cervical Cancer Progression 2025, Journal of Cancer IF:3.3Q2 DOI:10.7150/jca.114505 PMID:40657372	研究论文	通过多组学分析揭示了转化生长因子-β信号驱动的多细胞相互作用在宫颈癌进展中的预后相关性	首次在单细胞分辨率下系统描绘了宫颈癌进展阶段肿瘤微环境（TME）的重塑过程，并发现了一个新的转移相关上皮亚群（Epi0_AGR2）以及TGF-β驱动的细胞协同作用作为转移开关	样本量相对较小（scRNA-seq n=11），需要在更大规模的队列中进行验证	解析宫颈癌进展中肿瘤微环境异质性的时空演变及其预后意义	宫颈癌患者的原发灶（局部n=3、区域n=4、转移n=4）和TCGA-CESC队列（n=304）	数字病理学	宫颈癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学（ST）、批量RNA测序（bulk RNA-seq）、多重免疫组化（mIHC）	计算模型（基于TME转移生态位特征）	单细胞转录组数据、空间转录组数据、批量转录组数据	scRNA-seq样本11例（局部3例/区域4例/转移4例），TCGA队列304例
224	2025-07-17	Integration of Multi-Scale Profiling and Machine Learning Reveals the Prognostic Role of Extracellular Matrix-Related Cancer-Associated Fibroblasts in Lung Adenocarcinoma 2025, International journal of medical sciences IF:3.2Q1 DOI:10.7150/ijms.113580 PMID:40657391	研究论文	本研究通过多尺度分析和机器学习，揭示了细胞外基质相关癌症相关成纤维细胞（eCAFs）在肺腺癌（LUAD）中的预后作用	首次将eCAFs与SPP1+巨噬细胞的相互作用机制作为肺腺癌进展和预后的关键因素，并开发了一个包含28个eCAFs相关基因的预后模型	需要进一步的实验验证	探索肺腺癌的新型治疗靶点和预后策略	肺腺癌（LUAD）患者	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序，机器学习	机器学习算法	转录组数据	15个LUAD肿瘤样本，整合了TCGA、GSE31210、GSE72094等多队列数据
225	2025-07-17	Topologically associating domains of chromatin on single-cell Hi-C data: a survey of bioinformatic tools and applications in the light of artificial intelligence 2025, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2025.1602234 PMID:40666074	综述	本文综述了在单细胞Hi-C数据上分析拓扑关联域（TADs）的生物信息学工具及其在人工智能背景下的应用	结合人工智能技术，特别是深度神经网络，来解决单细胞Hi-C数据分析中的挑战	单细胞Hi-C数据的超稀疏性、噪声、实验伪影和细胞异质性增加了分析的复杂性	探讨单细胞水平上TAD结构的计算分析方法及其在基因表达调控中的作用	单细胞Hi-C数据中的拓扑关联域（TADs）	生物信息学	NA	单细胞Hi-C（scHi-C）	深度神经网络	单细胞Hi-C数据	NA
226	2025-07-17	SPP1+ tumor-associated macrophages define a high-risk subgroup and inform personalized therapy in hepatocellular carcinoma 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1606195 PMID:40666097	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和大规模RNA测序数据，建立了一种基于SPP1和FOLR2特征的肿瘤相关巨噬细胞(TAMs)分类系统，并探讨其在肝细胞癌(HCC)患者分层和个性化治疗中的应用	超越了传统的M1/M2范式，重新定义了TAMs的异质性，并将TAMs轨迹基因与HCC患者分层联系起来，提出了SPP1阻断作为抵消免疫抑制的策略	研究结果需要进一步的实验验证和临床转化研究	探索肿瘤相关巨噬细胞(TAMs)在肝细胞癌(HCC)中的临床和治疗意义，并开发个性化的治疗策略	肝细胞癌(HCC)患者和肿瘤相关巨噬细胞(TAMs)	肿瘤免疫学	肝细胞癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 大规模RNA测序(bulk RNA-seq), 轨迹分析, 无监督聚类, 生存分析, 通路富集分析, 免疫细胞浸润分析, 基因组变异分析, 多重免疫荧光	NA	RNA测序数据, 免疫荧光图像	大规模sc-RNA seq数据集和bulk RNA-seq数据
227	2025-07-17	Integration of single-cell RNA and bulk RNA sequencing revealed malignant ductal cell heterogeneity and prognosis signatures in pancreatic cancer 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1579184 PMID:40666516	研究论文	通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，揭示了胰腺癌中恶性导管细胞的异质性及其预后标志物	首次结合单细胞和批量RNA测序技术，鉴定出ANLN、NT5E和CTSV作为胰腺癌的新型预后生物标志物，并揭示了恶性导管细胞与巨噬细胞之间的促肿瘤相互作用	样本量相对有限（74个单细胞RNA测序样本），且体外实验仅验证了CTSV的功能	探索胰腺癌的早期诊断标志物和肿瘤微环境相互作用机制，以开发更有效的治疗方法	胰腺癌中的恶性导管细胞和巨噬细胞	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量RNA测序、非负矩阵分解（NMF）、机器学习特征选择、调控网络推断（pySCENIC）、配体-受体相互作用分析（CellPhoneDB）	NMF、机器学习	RNA测序数据	74个单细胞RNA测序样本，TCGA批量RNA数据，两个独立验证队列
228	2025-07-17	Identification and validation of genes related to stem cells and telomere maintenance mechanisms as biomarkers for breast cancer 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1618193 PMID:40666524	研究论文	本研究通过整合转录组和单细胞RNA测序分析，探讨干细胞相关基因和端粒维持机制相关基因作为乳腺癌潜在生物标志物的作用及其细胞机制	首次将干细胞相关基因和端粒维持机制相关基因作为乳腺癌生物标志物进行系统研究，并利用单细胞RNA测序技术揭示其细胞机制	样本量较小(8对肿瘤和癌旁组织)，且仅通过RT-qPCR验证了部分基因表达	寻找乳腺癌的新型生物标志物并阐明其作用机制	乳腺癌组织和匹配的癌旁组织	数字病理学	乳腺癌	scRNA-seq, RT-qPCR, LASSO算法	NA	RNA测序数据	8对乳腺癌肿瘤和癌旁组织样本
229	2025-07-17	Thymic hyperplasia in myasthenia gravis: a narrative review 2025, Mediastinum (Hong Kong, China) DOI:10.21037/med-25-12 PMID:40666538	综述	本文回顾了胸腺增生在乙酰胆碱受体抗体阳性重症肌无力（AChR-MG）中的病理学、免疫学及环境因素，并探讨了未来研究方向	总结了胸腺滤泡增生（TFH）与早发型重症肌无力（EOMG）的关联，强调了新兴技术如单细胞和空间转录组学在研究TFH机制中的应用	文献搜索仅限于PubMed，且未限制发表日期，可能遗漏部分相关研究	探讨胸腺病理学在EOMG中的作用及胸腺增生的免疫学和环境因素	乙酰胆碱受体抗体阳性重症肌无力（AChR-MG）患者，特别是早发型重症肌无力（EOMG）患者	医学研究	重症肌无力	单细胞和空间转录组学，胸腺类器官模型	NA	文献数据	NA
230	2025-07-17	DISSyphilis and the risk of HIV infection: A Mendelian randomization study 2024-Jul-31, AIDS research and human retroviruses IF:1.5Q4 DOI:10.1089/AID.2024.0005 PMID:39086230	研究论文	通过孟德尔随机化分析评估梅毒对HIV感染的因果效应	揭示了梅毒与HIV感染之间的直接因果关系，并发现RPAIN基因上调可能是促进HIV感染进展的关键因素	研究依赖于基因组关联研究的数据，可能存在未测量的混杂因素	评估梅毒对HIV感染的因果效应	梅毒和HIV感染	遗传流行病学	HIV感染	孟德尔随机化分析、单细胞RNA测序	加权中位数、MR Egger、逆方差加权	基因组关联研究数据、单细胞RNA测序数据	NA
231	2025-07-17	CRISPR-Cas9 Genome Editing Allows Generation of the Mouse Lung in a Rat 2024-07-15, American journal of respiratory and critical care medicine IF:19.3Q1 DOI:10.1164/rccm.202306-0964OC PMID:38507610	研究论文	利用CRISPR-Cas9基因组编辑技术在大鼠体内生成小鼠肺组织	首次通过CRISPR-Cas9基因组编辑和囊胚互补技术在大鼠体内生成小鼠肺组织，实现了供体胚胎干细胞对肺组织近99%的贡献	研究仅在小鼠和大鼠之间进行，尚未在更大动物或人类中验证	探索利用大型动物作为生物反应器生成人类肺组织的可能性	小鼠胚胎干细胞和大鼠胚胎	生物工程	NA	CRISPR-Cas9基因组编辑、囊胚互补技术、免疫染色、流式细胞术、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据、细胞图像数据	小鼠-大鼠嵌合体
232	2025-07-17	Immune Response following FLASH and Conventional Radiation in Diffuse Midline Glioma 2024-Jul-15, International journal of radiation oncology, biology, physics DOI:10.1016/j.ijrobp.2024.01.219 PMID:38364947	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和流式细胞术，比较了FLASH和常规放射治疗对弥漫性中线胶质瘤免疫微环境的影响	首次以单细胞分辨率绘制了常规和FLASH放射治疗对DMG免疫微环境的改变，揭示了免疫反应的时间依赖性差异	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类患者中验证	探索FLASH和常规放射治疗对弥漫性中线胶质瘤肿瘤免疫微环境的影响差异	脑干弥漫性中线胶质瘤的免疫细胞	肿瘤免疫学	弥漫性中线胶质瘤	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 流式细胞术	NA	基因表达数据, 细胞表型数据	使用原位同基因小鼠脑干DMG模型
233	2025-07-17	Single-cell transcriptomic analysis reveals the landscape of epithelial-mesenchymal transition molecular heterogeneity in esophageal squamous cell carcinoma 2024-04-10, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2024.216723 PMID:38342234	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示了食管鳞状细胞癌中上皮-间质转化分子异质性的全景	首次在单细胞水平上描绘了ESCC中EMT的分子异质性，并鉴定了87个EMT相关分子及潜在标志物SERPINH1	样本量相对有限（44名患者），且未涵盖所有ESCC亚型	阐明食管鳞癌EMT分子异质性及其在肿瘤进展中的作用	39个肿瘤样本和16个癌旁样本中的209,231个ESCC细胞	数字病理学	食管鳞状细胞癌	scRNA-seq, RNA-seq, TCGA数据分析	NA	单细胞转录组数据	44名患者的55个样本（39肿瘤+16癌旁）
234	2025-07-17	Up-regulation of RAN by MYBL2 maintains osteosarcoma cancer stem-like cells population during heterogeneous tumor generation 2024-04-01, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2024.216708 PMID:38336287	研究论文	该研究通过单细胞转录组学揭示了骨肉瘤癌症干细胞样细胞（CSCs）在异质性肿瘤生成中的分子特征，并发现MYBL2-RAN通路在维持CSCs自我更新中的关键作用	首次揭示了MYBL2-RAN通路在骨肉瘤CSCs自我更新中的调控机制，并证明阻断该通路可增强CSCs对顺铂治疗的敏感性	研究主要基于体外实验和临床组织分析，缺乏体内动物模型的验证	探索骨肉瘤异质性肿瘤生成过程中癌症干细胞样细胞的调控机制	骨肉瘤癌症干细胞样细胞及其衍生的异质性肿瘤细胞	癌症生物学	骨肉瘤	单细胞转录组学	NA	转录组数据	临床骨肉瘤组织样本（数量未明确说明）
235	2025-07-17	Inhibition of ATM promotes PD-L1 expression by activating JNK/c-Jun/TNF-α signaling axis in triple-negative breast cancer 2024-04-01, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2024.216642 PMID:38278470	研究论文	本研究揭示了ATM通过下调JNK/c-Jun/TNF-α信号轴在三阴性乳腺癌中负调控PD-L1表达的新机制	发现ATM通过抑制JNK/c-Jun/TNF-α信号轴负调控PD-L1表达的新机制，为免疫检查点阻断疗法在多线耐药TNBC中的广泛应用提供了新思路	样本量相对有限（86例TNBC临床标本），且机制研究主要在细胞和动物模型中进行	探究ATM在TNBC中调控PD-L1表达的分子机制	三阴性乳腺癌（TNBC）细胞系、动物模型和临床标本	肿瘤免疫学	三阴性乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、免疫组化染色、细胞因子阵列分析、Western blot、荧光素酶报告基因检测	ATM敲低TNBC稳定细胞系	RNA测序数据、蛋白质表达数据、临床标本数据	86例TNBC临床标本和4例TNBC临床标本的scRNA-seq数据
236	2025-07-17	Single-cell characterization of infiltrating T cells identifies novel targets for gallbladder cancer immunotherapy 2024-04-01, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2024.216675 PMID:38280478	研究论文	通过单细胞RNA测序构建T细胞图谱，识别胆囊癌免疫治疗的新靶点	首次基于T细胞异质性建立胆囊癌分子分型标准，并提出个性化免疫治疗策略	未提及样本量是否足够大以覆盖所有T细胞亚型	探索胆囊癌中T细胞的异质性及其在免疫治疗中的应用	胆囊癌患者的T细胞	数字病理学	胆囊癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	未明确说明样本数量
237	2025-07-17	Neoadjuvant chemotherapy-induced remodeling of human hormonal receptor-positive breast cancer revealed by single-cell RNA sequencing 2024-03-31, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2024.216656 PMID:38266804	研究论文	通过单细胞RNA测序和多重免疫荧光染色分析，揭示了激素受体阳性乳腺癌在化疗诱导下的免疫微环境重塑机制	发现了化疗后未被识别的免疫细胞亚群增加，以及CD8 T细胞免疫检查点表达的不一致性变化，并鉴定了化疗耐药癌细胞的基因组和转录组新模式	样本量有限，且仅针对激素受体阳性乳腺癌	探索激素受体阳性乳腺癌对化疗不敏感的机制及化疗如何重塑免疫微环境	激素受体阳性乳腺癌患者的配对化疗前后样本	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序，多重免疫荧光染色	NA	RNA测序数据，图像数据	配对化疗前后的HR BC样本
238	2025-07-17	scRNA-seq of colorectal cancer shows regional immune atlas with the function of CD20+ B cells 2024-03-01, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2024.216664 PMID:38253219	研究论文	通过单细胞RNA测序技术分析结直肠癌不同区域的免疫图谱，特别关注CD20+ B细胞的功能	揭示了结直肠癌不同区域免疫细胞浸润的差异，特别是B细胞在左右侧结直肠癌中的不同发育轨迹及其与髓系细胞和T细胞的相互作用	样本量较小（19个样本），可能影响结果的普遍性	表征结直肠癌不同区域的免疫景观并寻找潜在的治疗靶点	结直肠癌和配对正常组织的单细胞转录数据	数字病理学	结直肠癌	scRNA-seq	NA	单细胞转录数据	19个样本（39,484个单细胞）
239	2025-07-17	Updates in Skin Cancer in Transplant Recipients and Immunosuppressed Patients: Review of the 2022-2023 Scientific Symposium of the International Immunosuppression and Transplant Skin Cancer Collaborative 2024, Transplant international : official journal of the European Society for Organ Transplantation IF:2.7Q2 DOI:10.3389/ti.2024.12387 PMID:38562207	综述	本文总结了2022-2023年国际免疫抑制与移植皮肤癌协作组(ITSCC)科学研讨会中关于移植受者和免疫抑制患者皮肤癌的最新研究进展	整合了多学科专家对皮肤恶性肿瘤的最新研究成果，包括共识标准制定、罕见肿瘤多机构注册库建立以及KERACON临床试验设计	内容主要基于会议报告，缺乏原始研究数据和详细方法学描述	总结免疫抑制人群皮肤癌研究领域的最新进展	实体器官移植受者(SOTR)和其他长期免疫抑制患者的皮肤恶性肿瘤	皮肤肿瘤学	皮肤癌	空间转录组学	NA	临床数据	多机构合作数据(未明确具体数量)
240	2025-07-17	Idiopathic subglottic stenosis arises at the epithelial interface of host and pathogen 2023-May-19, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-2945067/v1 PMID:37292825	research paper	该研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了特发性声门下狭窄（iSGS）的发病机制，发现上皮细胞的变化导致微生物组移位、免疫激活失调和局部纤维化	首次利用单细胞RNA测序技术全面分析了iSGS患者的近端气道瘢痕中的细胞亚群及其分子表型，揭示了上皮细胞功能障碍与微生物组移位的关系	疾病罕见且患者地理分布广泛，可能限制了样本的多样性和数量	探究特发性声门下狭窄（iSGS）的发病机制	国际iSGS患者队列的致病性黏膜组织	digital pathology	respiratory disease	single-cell RNA sequencing	NA	RNA-seq data	国际iSGS患者队列的致病性黏膜组织