单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
221	2025-09-18	Intestinal epithelial adaptations to vertical sleeve gastrectomy defined at single-cell resolution 2024-03, Genomics IF:3.4Q2 DOI:10.1016/j.ygeno.2024.110805 PMID:38309446	研究论文	本研究利用单细胞转录组学技术揭示了垂直袖状胃切除术（VSG）对小鼠小肠上皮细胞类型特异性基因表达和代谢通路的调控作用	首次在单细胞分辨率下系统定义VSG对肠道上皮不同细胞谱系的影响，并发现VSG特异性恢复线粒体呼吸和细胞代谢通路	研究基于小鼠模型，结果向人类临床转化的适用性仍需验证	探究垂直袖状胃切除术（VSG）对肠道上皮细胞的分子水平适应机制	小鼠小肠上皮细胞	单细胞组学	肥胖与糖尿病	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	验证性小鼠模型（具体数量未明确说明）
222	2025-09-18	Hypoxia activates SREBP2 through Golgi disassembly in bone marrow-derived monocytes for enhanced tumor growth 2023-11-15, The EMBO journal DOI:10.15252/embj.2023114032 PMID:37781951	研究论文	本研究揭示了缺氧通过诱导高尔基体解体和内质网融合，以SCAP非依赖方式激活SREBP2，从而促进骨髓来源单核细胞的胆固醇生物合成和肿瘤生长	发现了缺氧通过高尔基体-内质网融合激活SREBP2的新机制，且该过程具有谱系特异性	NA	探究缺氧条件下骨髓来源细胞中SREBP2激活的细胞机制及其在肿瘤进展中的作用	骨髓来源单核细胞、造血干细胞和单核细胞	细胞生物学	肿瘤	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
223	2025-09-18	Revealing the Heterogeneity of the Tumor Ecosystem of Cholangiocarcinoma through Single-Cell Transcriptomics 2023-03-10, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells12060862 PMID:36980203	综述	本文通过单细胞转录组学探讨胆管癌肿瘤生态系统的异质性及其临床意义	利用scRNA-seq技术前所未有地揭示胆管癌肿瘤和基质细胞（包括浸润免疫细胞）的表型和功能多样性	讨论了当前研究的局限性	研究胆管癌肿瘤生态系统的异质性及其在肿瘤发生和治疗抵抗中的作用	胆管癌肿瘤生态系统中的各种细胞成分	数字病理	胆管癌	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	NA	转录组数据	NA
224	2025-09-17	Endocrine disruptors and male infertility: multi-omics identification of key genes in non-obstructive azoospermia 2025-Sep-16, Journal of assisted reproduction and genetics IF:3.2Q2 DOI:10.1007/s10815-025-03664-6 PMID:40956397	研究论文	通过多组学方法识别环境内分泌干扰物相关基因与非梗阻性无精子症的因果关系	整合转录组、毒理基因组和孟德尔随机化分析，首次发现PPP6R1和AP1M2基因与环境内分泌干扰物及男性不育的因果关联	机制研究仍需实验验证，样本来源限于公共数据库	揭示环境内分泌干扰物导致非梗阻性无精子症的基因机制	男性不育患者（非梗阻性无精子症）及相关基因	生物信息学	男性不育症	转录组分析、孟德尔随机化(MR)、表型全关联研究(PheWAS)、单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据	GEO数据集和CTD数据库的136个交集基因
225	2025-09-17	ESR1 Expression Negatively Correlates with Immune Cell Infiltration and Response to Immune Checkpoint Inhibitors in Estrogen Receptor-Positive/HER2-Negative Breast Cancer 2025-Sep-16, Annals of surgical oncology IF:3.4Q1 DOI:10.1245/s10434-025-18260-2 PMID:40956534	研究论文	本研究探讨ESR1表达作为免疫检查点抑制剂（ICI）反应预测生物标志物在ER+/HER2-乳腺癌中的作用	发现ESR1高表达与免疫抑制性肿瘤微环境相关，且其预测性能优于PDL1	研究基于回顾性队列分析，需要前瞻性验证	评估ESR1表达作为ER+/HER2-乳腺癌ICI反应预测标志物的价值	ER+/HER2-乳腺癌患者	肿瘤免疫学	乳腺癌	RNA测序（bulk和single-cell RNAseq），免疫组化	NA	基因表达数据	多个乳腺癌队列（具体数量未在摘要中说明）
226	2025-09-16	Acetylcholine From Solitary Chemosensory Cell, Not Neuron, Regulates Basal Cell Fate Driving Eosinophilic Chronic Rhinosinusitis With Nasal Polyps 2025-Sep-15, Allergy IF:12.6Q1 DOI:10.1111/all.70048 PMID:40951952	研究论文	本研究揭示孤独化学感应细胞（SCC）来源的乙酰胆碱（Ach）通过调节基底细胞命运驱动嗜酸性慢性鼻窦炎伴鼻息肉（eCRSwNP）的发病机制	首次发现SCC（非神经元）来源的Ach通过mAChRs-YAP通路调控基底细胞异常增殖分化，为eCRSwNP提供了新的病理机制解释	研究样本来源未明确说明具体数量，且动物模型与人类疾病存在潜在差异	探究SCC来源的Ach在eCRSwNP中调控基底细胞命运的分子机制	健康个体、eCRSwNP患者和非eCRSwNP患者的鼻组织样本，以及体外细胞培养和小鼠模型	病理机制研究	慢性鼻窦炎伴鼻息肉	单细胞测序、浸没式细胞培养、气液界面培养、体内外模型	NA	组织样本、细胞实验数据、动物实验数据	健康个体、eCRSwNP和neCRSwNP患者的鼻组织样本（具体数量未说明）
227	2025-09-16	Altered Inflammatory Signature in a C9ORF72-ALS iPSC-Derived Motor Neuron and Microglia Coculture Model 2025-Sep-15, Glia IF:5.4Q1 DOI:10.1002/glia.70084 PMID:40952044	研究论文	本研究利用C9ORF72基因突变的iPSC衍生运动神经元与小胶质细胞共培养模型，揭示了ALS中神经炎症的异常特征	首次建立C9ORF72-ALS iPSC衍生运动神经元与小胶质细胞共培养模型，并发现LPS应答性小胶质细胞亚群的消失与炎症反应减弱相关	研究主要基于体外细胞模型，可能无法完全模拟体内复杂的神经炎症环境	探究小胶质细胞在ALS神经炎症中的具体作用机制	C9ORF72基因HRE突变和敲除的iPSC衍生运动神经元与小胶质细胞	神经退行性疾病研究	肌萎缩侧索硬化症(ALS)	iPSC技术、单细胞RNA测序、细胞共培养	细胞共培养模型	基因表达数据、单细胞转录组数据	多个C9ORF72 HRE和C9ORF72 KO iPSC细胞系
228	2025-09-16	Staphylococcus aureus transcriptomics and single-cell sequencing approaches 2025-Sep-15, Infection and immunity IF:2.9Q2 DOI:10.1128/iai.00411-25 PMID:40952388	综述	本文回顾了用于研究金黄色葡萄球菌的基因组学和转录组学方法，特别关注转录组学和单细胞测序技术	重点强调了单细胞测序等新技术在金黄色葡萄球菌研究中的应用和未来潜力	NA	探讨基因组学和转录组学方法在金黄色葡萄球菌研究中的应用进展	金黄色葡萄球菌	基因组学	细菌感染	转录组学，单细胞测序，基因组学	NA	基因组数据，转录组数据	NA
229	2025-09-16	Integrative Multiomics Identifies CD64⁺ Monocytes as Potential Contributors to Age-Related Macular Degeneration 2025-Sep-02, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1 DOI:10.1167/iovs.66.12.32 PMID:40952055	研究论文	通过整合多组学方法识别CD64⁺单核细胞作为年龄相关性黄斑变性的潜在致病免疫亚群	首次结合孟德尔随机化、单细胞RNA测序和流式细胞术验证，揭示CD14⁻CD16⁻单核细胞中CD64表达与AMD风险的因果关系及细胞互作机制	研究依赖小鼠模型验证，人类组织样本来源有限，需进一步扩大临床样本验证	鉴定AMD进展中致病的免疫细胞群体并阐明其功能作用	AMD患者与健康对照的RPE/脉络膜组织、碘酸钠诱导的干性AMD小鼠模型	数字病理学	年龄相关性黄斑变性	孟德尔随机化(MR)、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、流式细胞术(FCM)	NA	基因组关联数据、单细胞转录组数据、流式细胞数据	人类组织scRNA-seq数据集(GSE230348)及AMD小鼠模型
230	2025-09-15	The multifaceted role of SQSTM1/p62 in disc degeneration: A master regulator of cellular stress responses 2025-Dec, Biochemistry and biophysics reports IF:2.3Q3 DOI:10.1016/j.bbrep.2025.102222 PMID:40933658	综述	本文综述SQSTM1/p62在椎间盘退变中通过调控自噬、氧化应激、炎症和程序性细胞死亡等多方面的作用	系统总结SQSTM1作为细胞应激反应核心调控因子在椎间盘退变中的多重功能，并提出其作为生物标志物和治疗靶点的潜力	精确调控SQSTM1活性及将研究发现转化为临床疗法仍面临挑战	阐明SQSTM1在椎间盘退变病理机制中的多功能作用	SQSTM1/p62蛋白及其在椎间盘退变中的分子机制	分子病理学	椎间盘退行性疾病	单细胞RNA测序、蛋白质组学、类器官模型	NA	文献证据	NA
231	2025-09-15	Structural and temporal dynamics analysis of PD-1/PD-L1 immunotherapy in hepatocellular carcinoma: History, research hotspots, and emerging trends 2025-Dec, Human vaccines & immunotherapeutics IF:4.1Q2 DOI:10.1080/21645515.2025.2540143 PMID:40820303	综述	通过文献计量学方法分析过去二十年PD-1/PD-L1免疫疗法在肝细胞癌领域的研究演进、热点及新兴趋势	首次运用CiteSpace和HistCite工具对该领域进行结构性与时序动态分析，识别出五个新兴子领域和经典/新兴主题演变	数据仅来源于Web of Science核心合集，可能存在文献覆盖不全的偏差	探索PD-1/PD-L1免疫疗法在肝细胞癌研究中的历史发展、核心热点与前沿趋势	2804篇相关学术论文及其作者、机构、关键词等文献计量特征	文献计量学	肝细胞癌	文献计量分析（CiteSpace, HistCite）	NA	文本元数据	2804篇论文（含541篇综述），13,796位作者，2,659个机构
232	2025-09-15	Biomaterial-mediated Cell Atlas: an insight from single-cell and spatial transcriptomics 2025-Dec, Bioactive materials IF:18.0Q1 DOI:10.1016/j.bioactmat.2025.07.047 PMID:40821937	综述	本文介绍‘生物材料介导的细胞图谱’概念，并总结单细胞与空间转录组学在生物材料研究中的最新进展	提出将人类细胞图谱框架扩展至生物材料介导的细胞响应，整合单细胞和空间技术解析材料-细胞互作机制	当前方法存在技术挑战，跨学科领域仍处于新兴阶段	解析生物材料与细胞相互作用的分子机制并指导材料设计	生物材料介导的细胞响应与通信通路	生物信息学	NA	单细胞转录组学、空间转录组学	NA	转录组数据、空间分布数据	NA
233	2025-09-15	CRCs-CAFs crosstalk-targeted nano-delivery system reprograms tumor microenvironment for oxaliplatin resistance reversing and liver metastasis inhibition in colorectal cancer 2025-Dec, Bioactive materials IF:18.0Q1 DOI:10.1016/j.bioactmat.2025.08.002 PMID:40837498	研究论文	开发了一种靶向CRCs-CAFs串扰的纳米递送系统，用于逆转结直肠癌奥沙利铂耐药并抑制肝转移	创新性构建了透明质酸修饰的MIL-100纳米颗粒共载OXA和EGCG，通过CD44受体靶向CRCs-CAFs串扰，实现代谢和微环境双重重编程	NA	突破结直肠癌肝转移的治疗瓶颈，逆转化疗耐药并抑制转移	结直肠癌细胞（CRCs）和癌症相关成纤维细胞（CAFs）	纳米医学	结直肠癌	RNA测序、单细胞测序、纳米技术	NA	测序数据、实验数据	临床样本和小鼠模型
234	2025-09-15	Tanshinone IIA suppresses fibro-adipogenic progenitor differentiation and attenuates fat infiltration in rotator cuff injury via Wnt/β-catenin pathway 2025-Dec, Regenerative therapy IF:3.4Q2 DOI:10.1016/j.reth.2025.08.004 PMID:40837862	研究论文	本研究探讨丹参酮IIA通过激活Wnt/β-catenin通路抑制纤维脂肪祖细胞分化，减轻肩袖损伤后的脂肪浸润	首次揭示丹参酮IIA通过Wnt/β-catenin通路特异性抑制FAPs脂肪生成，并证实其在体内外改善肩袖损伤的功能恢复	研究主要基于细胞和动物模型，尚未进行临床验证	探究丹参酮IIA对肩袖损伤后脂肪浸润的抑制作用及分子机制	人源纤维脂肪祖细胞（FAPs）和肩袖损伤大鼠模型	分子病理学	肌肉骨骼疾病	FACS、RT-qPCR、单细胞RNA测序、Western blot、组织染色	NA	基因表达数据、蛋白质数据、影像数据	人源FAP细胞及大鼠肩袖损伤模型
235	2025-09-15	RAB26 promotes prostate cancer progression via the MAPK/ERK-TWIST1 signaling axis 2025-Nov, Genes & diseases IF:6.9Q1 DOI:10.1016/j.gendis.2025.101689 PMID:40821113	研究论文	本文探讨了RAB26通过MAPK/ERK-TWIST1信号轴促进前列腺癌进展的机制	首次揭示RAB26在前列腺癌中通过激活MAPK/ERK通路和TWIST1表达促进上皮-间质转化和肿瘤干细胞特性	NA	阐明RAB26在前列腺癌中的功能作用及其分子机制	前列腺癌细胞	癌症研究	前列腺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	基于GSE141445数据集的前列腺癌细胞
236	2025-09-15	Integrated analysis of single-cell RNA-seq and ATAC-seq in lens epithelial cells: Unveiling the role of ATF6 as a key transcription factor 2025-Nov, Genes & diseases IF:6.9Q1 DOI:10.1016/j.gendis.2025.101610 PMID:40837408	研究论文	通过整合单细胞RNA测序和ATAC测序分析，揭示ATF6作为关键转录因子在晶状体上皮细胞稳态维持和上皮间质转化中的作用	首次在单细胞分辨率下整合scRNA-seq和scATAC-seq数据，发现ATF6通过调节STAT3磷酸化影响晶状体上皮细胞的EMT过程	研究基于9-23周胎儿眼组织数据，结果在成人组织中的普适性需要进一步验证	探究晶状体上皮细胞上皮间质转化的分子机制	晶状体上皮细胞	单细胞组学	白内障	scRNA-seq, scATAC-seq	NA	单细胞转录组数据、染色质可及性数据	9-23周胎儿眼组织（具体样本数量未明确说明）
237	2025-09-03	Corrigendum to "Identification and validation of synergistic drug strategies targeting macrophage polarization in triple-negative breast cancer via single-cell transcriptomics and deep learning" [Translational Oncology 2025 Jun 26;59:102457] 2025-Oct, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2025.102474 PMID:40818872	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
238	2025-09-15	NR4A3high mast cells promote ovarian cancer metastasis by reprogramming tumor-associated macrophages via JAK2/STAT6 signaling 2025-Oct, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2025.102494 PMID:40789260	研究论文	本研究揭示NR4A3高表达的肥大细胞通过JAK2/STAT6信号通路重编程肿瘤相关巨噬细胞，促进卵巢癌转移	首次发现NR4A3high肥大细胞亚型在卵巢癌转移组织中特异性富集，并阐明其通过CXCL16/IL-8-STAT6轴介导巨噬细胞M2极化的新机制	样本量较小（6例临床样本），机制研究主要基于小鼠模型，临床转化价值需进一步验证	探究肥大细胞在卵巢癌转移微环境中的关键调控分子及作用机制	上皮性卵巢癌组织、骨髓源性肥大细胞、小鼠卵巢癌模型	肿瘤免疫学	卵巢癌	scRNA-seq、细胞过继转移、体内外功能实验	NA	单细胞转录组数据、体外功能实验数据、体内动物模型数据	6例人卵巢癌组织（3原发/3转移）+ 小鼠模型
239	2025-09-15	Neuroactive network tissue based on dual-factor neuroregenerative bioactive coating scaffolds and neural stem cells for spinal cord injury repair 2025-Oct, Materials today. Bio DOI:10.1016/j.mtbio.2025.102172 PMID:40822932	研究论文	开发一种基于双因子神经再生生物活性涂层支架和神经干细胞的神经活性网络组织用于修复脊髓损伤	利用仿生贻贝粘附单元固定双重组生长因子于定向电纺纳米纤维支架上，并接种神经干细胞，形成持续刺激增强旁分泌功能的双因子系统	NA	修复脊髓损伤，改善感觉和运动功能障碍	脊髓损伤模型	组织工程	脊髓损伤	单细胞RNA测序，电纺纳米纤维技术	NA	基因表达数据，体外和体内实验数据	NA
240	2025-09-15	Single-cell transcriptomic analysis of interactions of peritoneal mesenchymal stem cells with macrophages in prevention of peritoneal membrane injury 2025-Sep-25, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2025.152491 PMID:40829206	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析探讨腹膜间充质干细胞与巨噬细胞相互作用在预防腹膜损伤中的作用	首次使用单细胞RNA测序技术揭示pMSCs通过调控巨噬细胞亚群（促进抗炎型、抑制细胞毒型）来保护腹膜结构与功能	研究基于大鼠模型，临床转化需进一步验证；单细胞测序样本量有限	探究pMSCs与巨噬细胞相互作用机制以预防腹膜透析诱导的腹膜损伤	Sprague-Dawley大鼠的腹膜组织及巨噬细胞	单细胞组学	腹膜透析相关并发症	单细胞RNA测序（HiSeq × 10平台）、流式细胞术、STRING数据库分析	NA	单细胞转录组数据	大鼠模型（具体数量未明确），包含多个巨噬细胞亚群分析