单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
221	2025-05-10	Integrating Machine Learning and Bulk and Single-Cell RNA Sequencing to Decipher Diverse Cell Death Patterns for Predicting the Prognosis of Neoadjuvant Chemotherapy in Breast Cancer 2025-Apr-13, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26083682 PMID:40332226	研究论文	整合机器学习和批量及单细胞RNA测序技术，解析乳腺癌新辅助化疗预后中的多种细胞死亡模式	首次整合机器学习和批量及单细胞RNA测序技术，构建基于程序性细胞死亡相关基因的预后风险模型，用于预测乳腺癌新辅助化疗的临床结果	研究依赖于回顾性数据，需要前瞻性研究进一步验证模型的预测能力	探索程序性细胞死亡模式与乳腺癌新辅助化疗预后之间的关系，并构建预测模型	921名接受新辅助化疗的乳腺癌患者	数字病理学	乳腺癌	批量RNA测序, 单细胞RNA测序(scRNA-seq), 免疫组化(IHC)	机器学习算法组合	RNA测序数据, 临床数据	921名乳腺癌患者来自7个多中心队列
222	2025-05-10	Current Research Trends in Glioblastoma: Focus on Receptor Tyrosine Kinases 2025-Apr-09, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26083503 PMID:40332008	review	本文综述了当前胶质母细胞瘤（GBM）研究中受体酪氨酸激酶（RTK）的研究趋势及其在多组学方法中的应用	整合多组学技术（包括基因组学、转录组学、蛋白质组学和代谢组学）来全面理解RTK在GBM中的作用，揭示了新的治疗靶点和生物标志物	RTK信号通路的复杂性需要更广泛的整合视角，目前的研究仍面临挑战	通过多组学方法提高GBM患者的诊断准确性和治疗效果	胶质母细胞瘤（GBM）及其受体酪氨酸激酶（RTK）信号通路	digital pathology	glioblastoma	multi-omics (genomics, transcriptomics, proteomics, metabolomics), single-cell transcriptomics	NA	molecular data (genomic, transcriptomic, proteomic, metabolomic)	NA
223	2025-05-10	Stress-Induced Cholesterol Metabolic Dysregulation and Differentiation Trajectory Shift in Oligodendrocytes Synergistically Drive Demyelination 2025-Apr-09, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26083517 PMID:40332029	研究论文	本研究通过整合单细胞转录组学、谱系追踪和功能干预，揭示了应激诱导的少突胶质细胞胆固醇代谢紊乱和分化轨迹改变共同驱动脱髓鞘的新机制	从少突胶质细胞的动态角度揭示了'代谢失衡、分化阻滞和免疫激活'三者协同驱动应激性脱髓鞘的新机制	研究仅在小鼠模型中开展，尚未在人类样本中验证	探究应激诱导脱髓鞘的动态调控网络	少突胶质细胞（OLG）	神经科学	抑郁症	单细胞转录组学、谱系追踪	约束应激小鼠模型	转录组数据	NA
224	2025-05-10	Single-Cell RNA Sequencing of Baseline Immune Profiles After Third Vaccination Associated with Subsequent SARS-CoV-2 Infection in Naïve Individuals 2025-Apr-08, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26083494 PMID:40331973	研究论文	通过单细胞RNA测序分析疫苗接种后基线免疫特征与后续SARS-CoV-2感染的关系	揭示了疫苗接种后长期保护与突破性感染个体基线免疫亚群的分子特征差异	样本来自先前纵向研究，可能受限于原始研究设计	识别与增强SARS-CoV-2保护相关的分子特征	接种ChAdOx1/ChAdOx1/BNT162b2疫苗后未感染和突破性感染个体	免疫学	COVID-19	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 酶联免疫斑点试验(ELISPOT)	NA	基因表达数据	来自先前纵向研究的受试者样本(数量未明确说明)
225	2025-05-10	Macrophages protect against sensory axon loss in peripheral neuropathy 2025-Apr, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-08535-1 PMID:39939762	research paper	该研究探讨了巨噬细胞在预防周围神经病变中感觉轴突损失中的作用	首次揭示了CCR2巨噬细胞在肥胖前糖尿病小鼠周围神经中的神经保护作用，通过galectin 3延缓感觉轴突退化	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类患者中验证	研究炎症在周围神经病变发病机制中的作用	肥胖前糖尿病小鼠模型	神经科学	糖尿病周围神经病变	单细胞测序	小鼠模型	基因表达数据	NA
226	2025-05-10	Exploration of common molecular mechanisms of psoriatic arthritis and aging based on integrated bioinformatics and single-cell RNA-seq analysis 2025-Apr, Biochimica et biophysica acta. Molecular basis of disease DOI:10.1016/j.bbadis.2025.167730 PMID:39965531	研究论文	通过整合和分析银屑病关节炎（PsA）和衰老患者的单细胞RNA测序数据，探索两者共有的关键基因和分子机制	首次发现CD8-CM在PsA和衰老患者中均上调表达，并鉴定出与PsA和衰老相关的关键基因TGFBR3、PPP3CC和APOBEC3G	样本来源仅限于PsA患者的滑膜液和衰老患者的外周血，未涵盖其他组织或更大规模的样本	探索银屑病关节炎和衰老的共同分子机制，为联合治疗提供新见解	银屑病关节炎患者和衰老患者的单细胞RNA测序数据	生物信息学	银屑病关节炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、孟德尔随机化、KEGG通路分析	NA	单细胞RNA测序数据	PsA患者的滑膜液、衰老患者的外周血及正常人群的数据
227	2025-05-10	Divergent PTEN-p53 interaction upon DNA damage in a human thyroid organoid model with germline PTEN mutations 2025-Apr-01, Endocrine-related cancer IF:4.1Q2 DOI:10.1530/ERC-24-0216 PMID:39970536	研究论文	研究探讨了在携带不同PTEN基因突变的人类甲状腺类器官模型中，电离辐射如何基于PTEN变异类型改变DNA损伤反应	首次揭示了PTEN基因不同变异类型通过PTEN-p53网络相互作用调控p53通路激活的机制，解释了PTEN M134R变异导致甲状腺癌易感性的分子基础	研究仅针对两种PTEN变异类型（M134R和G132D）进行分析，可能无法涵盖所有临床相关变异	探究PTEN基因不同种系变异在辐射诱导DNA损伤反应中的差异及其与甲状腺癌发生风险的关系	携带野生型和两种杂合PTEN突变（M134R和G132D）的人类诱导多能干细胞衍生的甲状腺类器官	肿瘤生物学	甲状腺癌	CRISPR-Cas9基因编辑技术、bulk RNA测序、单细胞RNA测序	人类甲状腺类器官模型	转录组数据	野生型和两种PTEN突变型（M134R/G132D）的人类诱导多能干细胞系及其衍生的甲状腺类器官
228	2025-05-10	Therapeutic potential of p-coumaric acid in alleviating renal fibrosis through inhibition of M2 macrophage infiltration and cellular communication 2025-Apr, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology IF:6.7Q1 DOI:10.1016/j.phymed.2025.156507 PMID:39978279	研究论文	本研究探讨了对香豆酸（p-CA）在缓解肾纤维化中的治疗潜力及其通过抑制M2巨噬细胞浸润和细胞通讯的机制	首次揭示p-CA通过靶向M2巨噬细胞并破坏其与肾小管上皮细胞的相互作用来减轻肾纤维化的机制	研究主要基于动物模型，尚未在人体中进行验证	评估p-CA在肾纤维化中的治疗潜力并阐明其作用机制	肾纤维化模型中的M2巨噬细胞和肾小管上皮细胞	药理学	肾纤维化	LC-MS, CyTOF, scRNA-seq, 流式细胞术, WB, qRT-PCR, IHC, IF	NA	代谢组学数据, 单细胞转录组数据, 蛋白质表达数据	UUO诱导的肾纤维化模型组织
229	2025-05-10	Spatial profiling of ANO7 in prostate tissue: links to AR-signalling-associated lipid metabolism and inflammation 2025-Apr, The Journal of pathology IF:5.6Q1 DOI:10.1002/path.6405 PMID:39978863	研究论文	本研究通过空间转录组学技术探讨了ANO7在良性前列腺上皮中的作用及其与AR信号相关脂质代谢和炎症的关联	首次揭示了ANO7在前列腺中的异质性表达模式及其与AR信号和脂质代谢的关联，并提出了ANO7可能作为肿瘤抑制因子的新假设	研究样本仅来自局限性前列腺癌患者的前列腺切除样本，可能无法代表所有前列腺疾病状态	阐明ANO7基因在前列腺组织中的功能及其与前列腺癌的关系	ANO7基因在良性前列腺上皮中的表达模式及其相关分子机制	数字病理学	前列腺癌	空间转录组学，RNA-seq	NA	转录组数据	来自局限性前列腺癌患者的前列腺切除样本（具体数量未明确说明），分析了18,676个蛋白质编码基因
230	2025-05-10	Single-cell transcriptomics reveals the immune mechanisms by which tonsillectomy improves clinical outcomes of recurrent Immuoglobulin A nephropathy after kidney transplant 2025-Apr, Molecular immunology IF:3.2Q3 DOI:10.1016/j.molimm.2025.02.010 PMID:39985963	研究论文	通过单细胞转录组学揭示扁桃体切除术改善肾移植后复发性免疫球蛋白A肾病临床效果的免疫机制	首次使用单细胞转录组学分析扁桃体切除术对IgANR患者B细胞表型和功能的影响，揭示了IGHA1表达下调、记忆B细胞失活及相关通路改变在降低Gd-IgA1水平中的作用	样本量较小（29例患者），且仅分析了1例扁桃体组织和3例PBMC样本	探究扁桃体切除术治疗IgANR的细胞和分子机制	IgANR患者的扁桃体组织和外周血单个核细胞（PBMCs）	免疫学	免疫球蛋白A肾病	流式细胞术、单细胞mRNA测序	NA	单细胞转录组数据	29例IgANR患者、1例扁桃体组织样本、3例PBMC样本
231	2025-05-10	Dihydromyricetin regulates the miR-155-5p/SIRT1/VDAC1 pathway to promote liver regeneration and improve alcohol-induced liver injury 2025-Apr, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology IF:6.7Q1 DOI:10.1016/j.phymed.2025.156522 PMID:39986231	研究论文	探讨二氢杨梅素通过调节miR-155-5p/SIRT1/VDAC1通路促进肝脏再生并改善酒精性肝损伤的作用机制	首次揭示二氢杨梅素通过调控miR-155-5p/SIRT1/VDAC1正反馈环路改善肝脏炎症和细胞衰老，促进肝脏再生以改善酒精性肝病	研究主要基于小鼠模型和体外实验，临床样本验证相对有限	探索二氢杨梅素在酒精性肝病相关肝脏再生障碍中的治疗潜力及分子机制	酒精性肝病小鼠模型及临床样本	肝脏疾病研究	酒精性肝病	血清非靶向代谢组学、肝脏转录组学、单细胞测序、Western blotting、双荧光素酶报告基因检测、免疫荧光	NA	生化指标、组织病理学、多组学数据	小鼠模型及临床样本（具体数量未明确说明）
232	2025-05-10	Continuous replenishment of the dysfunctional CD8 T cell axis is associated with response to chemoimmunotherapy in advanced breast cancer 2025-Mar-18, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2025.101973 PMID:39983715	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序和T细胞受体测序，分析了接受化疗和免疫检查点阻断治疗的转移性三阴性乳腺癌患者的免疫景观	揭示了晚期功能障碍性CD8 T细胞的持续补充与化疗免疫治疗反应之间的关联	样本量较小，仅包括27名患者	探索肿瘤免疫景观如何决定对化疗免疫治疗的免疫和临床反应	转移性三阴性乳腺癌患者	肿瘤免疫学	乳腺癌	scRNA-seq, scTCR-seq	NA	单细胞测序数据	27名患者的40份活检样本
233	2025-05-10	Contribution of germline and somatic mutations to risk of neuromyelitis optica spectrum disorder 2025-Mar-12, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2025.100776 PMID:39986280	research paper	该研究通过全基因组关联分析和单细胞RNA测序，揭示了神经脊髓炎视神经谱系障碍（NMOSD）的遗传背景和体细胞突变风险	首次整合了种系和体细胞突变分析，发现CCR6风险变异和21q缺失在NMOSD发病机制中的新作用	样本量相对较小（240例患者和50,578例对照），且主要基于日本人群，可能限制结果的普适性	探究神经脊髓炎视神经谱系障碍的遗传和体细胞突变基础	日本人群中的NMOSD患者（240例）和对照（50,578例）	基因组学	神经脊髓炎视神经谱系障碍	全基因组关联分析（GWAS）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因组数据、单细胞转录组数据	GWAS分析：240例患者和50,578例对照；scRNA-seq分析：25例患者和101例对照
234	2025-05-10	Single-cell transcriptomics reveals inter-ethnic variation in immune response to Falciparum malaria 2025-Mar-06, American journal of human genetics IF:8.1Q1 DOI:10.1016/j.ajhg.2025.01.020 PMID:39970911	研究论文	通过单细胞转录组学揭示了非洲不同民族对恶性疟疾免疫反应的差异	首次在单细胞水平上比较了Fulani和Mossi民族对疟疾的免疫反应差异，并发现了民族特异性的免疫特征和遗传调控变异	研究样本仅来自布基纳法索农村地区的儿童，可能无法完全代表其他地区或年龄组的群体	探究非洲不同民族对恶性疟疾免疫反应差异的分子和细胞机制	126名感染和未感染的Fulani和Mossi民族儿童的外周血单个核细胞	单细胞转录组学	疟疾	单细胞转录组测序	单细胞表达数量性状位点(eQTL)分析	单细胞转录组数据	126名儿童(包含Fulani和Mossi两个民族，感染和未感染状态)，产生超过70,000个单细胞转录组
235	2025-05-10	Sustained NF-κB activation allows mutant alveolar stem cells to co-opt a regeneration program for tumor initiation 2025-Mar-06, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2025.01.011 PMID:39978341	研究论文	研究突变肺泡干细胞如何通过持续激活NF-κB信号通路来劫持再生程序以启动肿瘤发生	揭示了两种具有不同致瘤能力的AT2亚群，并发现IL1R1作为AT2重编程的共同激活因子，以及NF-κB持续激活在肿瘤发生中的关键作用	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探究调控干细胞命运的失调信号如何导致肿瘤发生	小鼠野生型和KrasG12D突变型肺泡II型(AT2)干细胞	肿瘤生物学	肺癌	命运图谱技术、克隆分析、单细胞转录组学	小鼠模型	基因表达数据	数千个小鼠AT2干细胞
236	2025-05-10	Identifying gene expression and cellular pathways involved in glomerular AL-amyloidosis and correlation with experimental data: seeking novel therapeutic interventions 2025-Mar-04, Ultrastructural pathology IF:1.1Q4 DOI:10.1080/01913123.2025.2468708 PMID:39985165	研究论文	本研究通过空间转录组学技术，探讨了肾小球AL-淀粉样变性中基因表达和细胞通路的变化，并寻找新的治疗靶点	首次在人类肾小球中应用空间转录组学技术，揭示了与肾小球淀粉样变性起始和进展相关的独特基因和细胞通路	样本量较小（仅5例肾活检样本），且仅针对AL-淀粉样变性进行研究	探索肾小球AL-淀粉样变性的分子机制并寻找新的治疗干预靶点	肾小球AL-淀粉样变性患者的肾活检样本	数字病理学	肾脏疾病	空间转录组学	NA	基因表达数据	5例不同阶段的肾小球淀粉样变性活检样本和正常对照样本
237	2025-05-10	AsaruSim: a single-cell and spatial RNA-Seq Nanopore long-reads simulation workflow 2025-Mar-04, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf087 PMID:39985444	研究论文	开发了一个名为AsaruSim的工作流程，用于模拟合成单细胞长读长Nanopore数据集，以模仿真实的实验数据	AsaruSim是首个能够有效模拟scRNAseq长读长数据集复杂性的高级模拟工具，填补了该领域的空白	未明确提及具体的局限性，但可能包括模拟数据与真实数据的潜在差异	评估和优化单细胞长读长研究的异构体检测方法	人类外周血单个核细胞	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNAseq）和Nanopore长读长测序	NA	RNA测序数据	人类外周血单个核细胞数据集
238	2025-05-10	Biases in machine-learning models of human single-cell data 2025-Mar, Nature cell biology IF:17.3Q1 DOI:10.1038/s41556-025-01619-8 PMID:39972066	评论	本文讨论了机器学习在人类单细胞数据分析中可能出现的各种偏差	全面分析了从样本收集到结果解释整个流程中可能出现的偏差，并提出了评估和缓解这些偏差的方法	未提出具体的解决方案，仅进行了问题分析和建议	探讨机器学习在单细胞数据分析中的偏差问题	人类单细胞数据	机器学习	NA	单细胞测序	弱监督或无监督ML模型	单细胞数据	NA
239	2025-05-10	Single-Cell Transcriptome Identifies a Proinflammatory B-Cell Subset in Hepatitis B Virus Associated Acute-on-Chronic Liver Failure 2025-Mar, Journal of viral hepatitis IF:2.5Q3 DOI:10.1111/jvh.70012 PMID:39976290	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序技术，揭示了乙型肝炎病毒相关慢加急性肝衰竭（ACLF）患者外周血中B细胞的免疫异常特征	首次在ACLF患者中鉴定出一群促炎性B细胞亚群，并发现幼稚B细胞的比例显著增加及其功能异常	样本量相对有限，且未深入探究B细胞功能异常的分子机制	探究ACLF患者中B细胞的免疫特征及其在疾病发生发展中的作用	ACLF患者和健康对照者的外周血单个核细胞	单细胞组学	乙型肝炎病毒相关慢加急性肝衰竭	scRNA-seq, 流式细胞术	NA	单细胞转录组数据	临床ACLF患者和健康对照者的外周血样本
240	2025-05-10	Intratumour oxidative hotspots provide a niche for cancer cell dissemination 2025-Mar, Nature cell biology IF:17.3Q1 DOI:10.1038/s41556-025-01617-w PMID:39984655	research paper	该研究开发了一种名为T-AP1的肿瘤靶向探针，用于追踪细胞外HO，揭示了肿瘤内氧化应激微环境（HO热点）如何通过p38-MYC轴激活促进癌细胞扩散	开发了T-AP1探针可视化肿瘤氧化应激微环境，揭示了HO热点通过p38-MYC轴激活促进癌细胞部分上皮-间质转化和迁移的新机制	未涉及NRF2高度激活肿瘤中p38反应缺失的具体分子机制	探究肿瘤微环境中氧化应激对癌细胞扩散的影响	肿瘤细胞（除NRF2高度激活肿瘤外）及正常上皮细胞	肿瘤微环境研究	癌症（泛癌种）	肿瘤靶向探针成像（T-AP1）	NA	分子成像数据	未明确样本量（涉及多癌种肿瘤细胞及正常上皮细胞）