单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 31129 篇文献，本页显示第 221 - 240 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 221 | 2025-09-15 |
Decoding Cellular Stress States for Toxicology Using Single-Cell Transcriptomics
2025-Aug-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.10.657506
PMID:40766395
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研究论文 | 利用单细胞转录组学技术解码HepaRG细胞在多种化学物质暴露下的应激状态 | 应用TempO-LINC平台系统分析单细胞水平多种应激反应通路的异质性激活模式 | 仅针对七种化学物质在24小时时间点的响应进行分析，未涵盖更长时间动态或更多化合物 | 开发基于单细胞转录组学的毒理学应激状态解码方法 | 约40,000个暴露于七种化学物质的HepaRG细胞 | 单细胞组学 | 毒理学反应 | 单细胞转录组测序（SCTr），TempO-LINC平台 | 广义Jaccard度量聚类 | 单细胞基因表达数据 | 约40,000个细胞，七种化合物各三个浓度 |
| 222 | 2025-09-15 |
Excitatory Synaptic Transmission Is Differentially Modulated by Opioid Receptors along the Claustrocingulate Pathway
2025-Aug, eNeuro
IF:2.7Q3
DOI:10.1523/ENEURO.0219-25.2025
PMID:40670155
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研究论文 | 本研究探讨阿片受体对小鼠前扣带皮层（ACC）中由屏状核（CLA）产生的兴奋性突触传递的调节作用 | 揭示了Kappa阿片受体（KOR）在CLA→ACC通路中独特的单突触传递调节作用，而Mu和Delta受体仅影响慢速、长潜伏期的反复兴奋反应 | 研究基于小鼠脑切片实验，可能无法完全反映体内完整神经环路的复杂性 | 探究阿片受体激活对CLA→ACC神经环路中谷氨酸能信号传递的调节机制 | 小鼠（两性）前扣带皮层L5锥体细胞和屏状核之间的神经连接 | 神经科学 | 疼痛感知与意识相关疾病 | 空间转录组学、脑片电生理学、光遗传学、药理学方法 | NA | 电生理信号数据 | 两性小鼠的脑组织样本 |
| 223 | 2025-09-15 |
Lung Single-Cell Transcriptomics Reveal Diverging Pathobiology and Opportunities for Precision Targeting in Scleroderma-Associated Versus Idiopathic Pulmonary Arterial Hypertension
2025-Aug, Circulation. Genomic and precision medicine
DOI:10.1161/CIRCGEN.124.004936
PMID:40686216
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研究论文 | 通过单细胞转录组学比较硬皮病相关性与特发性肺动脉高压的肺组织基因表达差异，探索精准靶向治疗机会 | 首次在单细胞水平揭示SSc-PAH与IPAH的分子病理差异，并基于转录组数据筛选潜在靶向药物 | 样本量较小（每组仅4例），需进一步验证靶点及治疗效能 | 探究SSc-PAH与IPAH的分子机制差异并为精准治疗提供依据 | 人类肺组织样本（SSc-PAH、IPAH及失败供体各4例） | 生物信息学 | 肺动脉高压 | 单细胞RNA测序（10X Genomics Chromium Flex），基因集富集分析，转录因子活性分析，配体-受体信号分析 | Seurat（用于单细胞数据分析） | 单细胞转录组数据 | 12例肺组织（4例SSc-PAH、4例IPAH、4例失败供体） |
| 224 | 2025-09-15 |
IL-17 Stimulates Sensory Neurons and Sensitises Colonic Afferents to Noxious Stimuli in a PI3K Dependent Manner in Male Mice
2025-Aug, Journal of neurochemistry
IF:4.2Q2
DOI:10.1111/jnc.70191
PMID:40827457
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研究论文 | 本研究揭示IL-17通过PI3K依赖机制激活感觉神经元并增强结肠传入神经对有害刺激的敏感性 | 首次通过多组学整合分析发现IL-17A在溃疡性结肠炎中的表达上调，并证实IL-17直接激活DRG神经元并通过PI3K通路增强痛觉传导 | 研究主要基于雄性小鼠模型，性别差异影响尚未完全阐明；临床样本来源限于溃疡性结肠炎患者 | 探究炎症性肠病中疼痛介质的分子机制及潜在治疗靶点 | 雄性小鼠背根神经节神经元及人类炎症性肠病结肠活检样本 | 神经免疫学 | 炎症性肠病 | RNA测序（bulk RNA-seq和scRNA-seq）、钙成像技术、磁激活细胞分选 | NA | 基因表达数据、细胞成像数据 | 人类溃疡性结肠炎活检样本及小鼠背根神经节神经元 |
| 225 | 2025-09-15 |
Prediction of cell states and key transcription factors of the human cornea through integrated single-cell omics analyses
2025-Aug, PNAS nexus
IF:2.2Q1
DOI:10.1093/pnasnexus/pgaf235
PMID:40838019
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研究论文 | 通过整合多个单细胞RNA测序数据构建人眼角膜细胞状态元图谱，并开发机器学习工具cPredictor进行细胞状态注释与关键转录因子分析 | 整合四篇已发表研究的scRNA-seq数据创建统一的人眼角膜细胞状态元图谱，开发cPredictor工具实现高精度细胞状态注释，并首次整合染色质可及性数据识别驱动细胞状态的关键转录因子 | 依赖已有研究数据的质量和一致性，新型标记基因和转录因子的功能验证仍需进一步实验 | 解决人眼角膜细胞状态注释不一致问题，建立可靠的细胞状态参考体系 | 人眼角膜细胞、多能干细胞来源的角膜类器官 | 单细胞组学分析 | 眼科疾病 | scRNA-seq, 染色质可及性分析, 机器学习, 免疫组化验证 | cPredictor（定制化机器学习流程） | 单细胞转录组数据、表观遗传数据 | 整合四篇已发表研究的scRNA-seq数据集 |
| 226 | 2025-09-15 |
Spatial Domain-Based Approach to Analyze the Mechanism of Sparganii Rhizoma-Curcumae Rhizoma Pair in the Treatment of Colorectal Cancer
2025-Aug, Food science & nutrition
IF:3.5Q2
DOI:10.1002/fsn3.70794
PMID:40842663
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研究论文 | 本研究结合空间转录组学、单细胞RNA测序和网络药理学，分析中药药对三棱-莪术在结直肠癌治疗中的空间域特异性机制 | 开发了一种整合空间转录组学、单细胞RNA测序和网络药理学的综合分析方法，用于解构肿瘤微环境中的空间域特异性分子互作机制 | NA | 探究三棱-莪术药对在结直肠癌原发灶和肝转移灶中的治疗机制 | 结直肠癌肿瘤微环境中的细胞和分子互作 | 生物信息学 | 结直肠癌 | 空间转录组学, 单细胞RNA测序, 网络药理学 | NA | 空间转录组数据, 单细胞RNA测序数据 | NA |
| 227 | 2025-09-15 |
Single-cell sequencing reveals the role of IL-33 + endothelial subsets in promoting early gastric cancer progression
2025-Aug, iMeta
IF:23.7Q1
DOI:10.1002/imt2.70050
PMID:40860436
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研究论文 | 通过单细胞测序揭示IL-33+内皮细胞亚群在早期胃癌进展中的促进作用 | 构建了包含184,426个高质量细胞的胃癌单细胞图谱，首次发现静脉-1内皮亚群高表达IL-33并通过CD34/PECAM1通路促进血管生成 | 研究主要基于临床样本分析，缺乏体内功能验证实验 | 解析早期胃癌的单细胞特征并寻找预测标志物和治疗靶点 | 早期胃癌患者临床活检和手术样本 | 单细胞组学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 184,426个高质量胃癌细胞 |
| 228 | 2025-09-15 |
Foxp3+ Regulatory T Cells Restrain Th1 Response Shielding the Brain from Lethal Inflammatory Damage during Cryptococcal Meningoencephalitis
2025-Jul-30, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-7142999/v1
PMID:40766255
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研究论文 | 本研究揭示了Foxp3+调节性T细胞在隐球菌性脑膜脑炎中通过抑制Th1反应保护大脑免受炎症损伤的关键作用 | 首次发现CCR8/CCL1轴是Treg细胞募集至中枢神经系统的主要机制，并证实IL-10是Treg神经保护功能的主要介质 | Areg缺失实验未显示生存效应，其免疫调节功能需进一步验证 | 探究中枢神经系统感染中天然免疫调节机制及Treg细胞的保护作用 | 人类CM患者和小鼠CM模型中的调节性T细胞 | 免疫学 | 中枢神经系统感染 | NanoString分析、scRNA-seq、流式细胞术 | NA | 基因表达数据、细胞表型数据 | 人类患者和小鼠模型（具体数量未明确说明） |
| 229 | 2025-09-15 |
Dermatopathological Challenges in Objectively Characterizing Immunotherapy Response in Mycosis Fungoides
2025-Jul-29, Dermatopathology (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/dermatopathology12030022
PMID:40843796
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综述 | 探讨蕈样肉芽肿（MF）免疫治疗反应客观评估的复杂性及新兴组织学技术的作用 | 提出借鉴黑色素瘤研究方法优化MF治疗反应评估策略，并倡导应用高通量T细胞受体基因重排分析等新技术 | 缺乏统一的MF病理生物标志物，且需进一步验证跨疾病方法移植的适用性 | 改进蕈样肉芽肿免疫治疗反应的客观量化与评估方法 | 蕈样肉芽肿（MF）患者及其肿瘤微环境（TME） | 数字病理学 | 皮肤T细胞淋巴瘤 | 多光谱成像、空间转录组学、高通量T细胞受体基因重排分析 | NA | 组织学图像、分子数据 | NA |
| 230 | 2025-09-15 |
Spatial transcriptomic profiling uncovers the molecular effects of the neurotoxicant polychlorinated biphenyls (PCBs) in the brains of adult mice
2025-Jul-26, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.07.24.665575
PMID:40777386
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研究论文 | 本研究通过空间转录组学技术探究了多氯联苯（PCBs）对成年小鼠大脑的分子影响及其与认知功能下降的关联 | 首次结合行为学测试与空间转录组学分析，揭示PCBs暴露对特定脑区基因表达的影响及血脑屏障完整性的破坏机制 | 研究仅使用雄性C57BL/6J小鼠，结果可能无法完全推广到其他性别或品系；暴露时间和剂量设置需进一步优化 | 评估与人类相关的PCB混合物对大脑功能和认知的影响机制 | 成年雄性C57BL/6J小鼠 | 神经毒理学 | 神经退行性疾病 | 空间转录组学技术、网络分析 | NA | 基因表达数据、行为学数据 | 未明确说明样本数量，但涉及五个脑区（海马体、新皮层、丘脑、尾状壳核和纤维束）的分析 |
| 231 | 2025-09-15 |
Impact of Cattle Breed in scRNA-Seq Reference on Muscle Fiber Type Deconvolution from Bulk RNA-Seq: A Comparison of Software Tools
2025-Jul-25, Biotech (Basel (Switzerland))
DOI:10.3390/biotech14030056
PMID:40843779
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研究论文 | 本研究通过比较不同软件工具和牛品种的scRNA-seq参考数据，评估了其对肌肉纤维类型反卷积分析结果的影响 | 首次证明参考scRNA-seq数据中的牛品种会显著影响反卷积结果，为牲畜基因组学中的细胞类型比例估算提供了关键考量 | 研究仅针对晚期妊娠荷斯坦奶牛，未涵盖其他生理阶段或品种 | 探究不同牛品种scRNA-seq参考数据对肌肉纤维类型反卷积分析的影响 | 晚期妊娠荷斯坦多胎奶牛的肌肉bulk RNA-seq数据 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq, bulk RNA-seq, 反卷积分析 | CIBERSORTx, Cellanneal, DeconvR-NNLS, DeconvR-RLM | RNA测序数据 | 使用Brahman和Wagyu牛品种的scRNA-seq参考数据（包含I型、IIa型和IIx型肌纤维比例） |
| 232 | 2025-09-15 |
Integrated single-nuclei and spatial transcriptomic profiling of human sacrococcygeal teratomas reveals heterogeneity in cellular composition and X-chromosome inactivation
2025-Jul-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.07.21.665156
PMID:40777431
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研究论文 | 通过整合单核RNA测序和空间转录组学分析人类骶尾部畸胎瘤，揭示细胞组成异质性和X染色体失活现象 | 首次结合单核RNA测序与空间转录组技术研究SCTs，发现X染色体双等位基因激活与细胞身份的联系，并提出X剂量失调可能影响肿瘤异质性和免疫微环境 | 样本量较小（共8例肿瘤），未检测到推测的多能细胞群体 | 探究骶尾部畸胎瘤的细胞起源、临床分层和性别偏倚机制 | 人类骶尾部畸胎瘤组织样本（6例产后、2例产前） | 单细胞基因组学 | 骶尾部畸胎瘤 | single nuclei RNA-seq, spatial transcriptomics | NA | 单细胞转录组数据、空间转录组数据 | 8例肿瘤样本（1例男性，7例女性） |
| 233 | 2025-09-15 |
Joint representation and visualization of derailed cell states with Decipher
2025-Jul-23, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-025-03682-8
PMID:40702544
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研究论文 | 提出一种名为Decipher的深度生成模型，用于整合和可视化正常与扰动条件下的单细胞RNA测序数据，以揭示细胞状态轨迹的异常变化 | 开发了一种能够联合建模和可视化基因表达与细胞状态的深度生成模型，有效表征正常到异常细胞状态的转变 | NA | 开发计算工具以整合跨条件的单细胞基因组学数据并表征细胞状态轨迹的异常 | 单细胞RNA测序数据，涵盖正常和扰动条件 | 计算生物学 | 胰腺炎、急性髓系白血病、胃癌 | 单细胞RNA测序 | 深度生成模型 | 基因表达数据 | NA |
| 234 | 2025-09-15 |
Mapping mesenchymal diversity in the developing human intestine and organoids
2025-Jul-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.07.22.665939
PMID:40777494
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研究论文 | 利用单细胞RNA测序和空间转录组学构建人类小肠发育过程中间充质细胞的高分辨率图谱 | 首次在组织尺度上定义了人类肠道发育中的5种主要间充质细胞群体及其空间分布特征 | NA | 解析人类肠道发育过程中间充质细胞的时空组织模式 | 人类小肠发育过程中的间充质细胞群体 | 空间转录组学 | NA | 单细胞RNA测序, Xenium空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | NA |
| 235 | 2025-09-15 |
Activation of IL-17+ ILC subsets in IL-18R-deficient mice during fungal allergen exposure
2025-Jul-21, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.07.17.665289
PMID:40777291
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研究论文 | 本研究探讨了IL-18R缺失小鼠在真菌过敏原暴露下IL-17+ ILC亚群的激活机制及其对哮喘炎症的影响 | 首次揭示IL-18信号通过抑制ILC2s产生IL-17A来防止嗜酸性粒细胞增多，明确了IL-18/IL-18R在肺部ILC2应答中的调控作用 | 研究局限于小鼠模型，人类相关性需进一步验证；机制细节如信号通路尚未完全阐明 | 阐明IL-18/IL-18R信号在先天淋巴样细胞（ILC）可塑性及哮喘相关炎症中的作用 | IL-18R基因敲除小鼠和对照小鼠的肺部ILC细胞 | 免疫学 | 哮喘 | 单细胞RNA测序、基因敲除模型、细胞因子检测 | NA | 基因表达数据、细胞表型数据 | 使用IL-18R-/-和对照小鼠，具体数量未明确说明 |
| 236 | 2025-09-15 |
ETS1 Orchestrates a Hybrid EMT Program Driving in vivo Metastasis and Immune Evasion
2025-Jul-21, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.07.17.665404
PMID:40777467
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研究论文 | 本研究揭示转录因子ETS1通过调控混合上皮间质转化程序驱动上呼吸道鳞状细胞癌的体内转移和免疫逃逸 | 首次发现ETS1作为hEMT程序的主调控因子，同时协调转移扩散和免疫冷微环境形成 | 研究主要聚焦UASCC，其他癌症类型的普适性需进一步验证 | 探究转录异质性程序如何驱动肿瘤转移和免疫逃逸机制 | 上呼吸道鳞状细胞癌（UASCC）细胞和患者肿瘤样本 | 癌症生物学 | 上呼吸道鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序，药物筛选 | NA | 单细胞转录组数据 | 多个患者队列的肿瘤样本 |
| 237 | 2025-09-15 |
GatorST: A Versatile Contrastive Meta-Learning Framework for Spatial Transcriptomic Data Analysis
2025-Jul-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.07.01.662625
PMID:40672304
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研究论文 | 提出了一种名为GatorST的空间转录组数据分析框架，结合图建模与对比元学习策略 | 首次将图结构建模、伪标签对比学习和元学习 episodic 训练策略整合到空间转录组分析中，同时捕捉局部和全局空间上下文 | NA | 开发一个通用框架以提升空间转录组数据的下游分析任务性能 | 空间转录组数据 | 生物信息学 | NA | 空间转录组技术 | 对比学习框架，结合图神经网络和元学习策略 | 基因表达空间数据 | 14个空间转录组数据集 |
| 238 | 2025-09-15 |
Motor learning drives region-specific transcriptomic remodeling in the motor cortex and dorsal striatum
2025-Jul-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.07.11.664268
PMID:40791319
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研究论文 | 本研究结合活动依赖性遗传标记和单细胞RNA测序技术，揭示了运动学习过程中运动皮层和背侧纹状体的细胞类型特异性转录组重塑 | 首次通过单细胞分辨率创建行为参与群体的转录图谱，发现Htr3a中间神经元在精细运动中的特异性招募以及神经胶质细胞的阶段依赖性基因调控 | NA | 阐明运动学习相关的分子机制及突触和环路重塑 | 运动皮层(M1)和背侧纹状体(dSTR)的神经元和胶质细胞 | 神经科学 | NA | TRAP（活动依赖性遗传标记）, 单细胞RNA测序, 双光子钙成像 | NA | 转录组数据, 钙成像数据 | NA |
| 239 | 2025-09-15 |
Single-cell profiling of EZH2-mediated immune signaling perturbations in NSCLC
2025-Jul-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.07.12.663845
PMID:40791397
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序计算分析EZH2抑制对非小细胞肺癌免疫信号和转录活性的影响 | 揭示EZH2抑制可重塑肿瘤微环境为免疫原性状态，并发现EZH2具有不依赖甲基转移酶活性的T细胞分化功能 | NA | 研究EZH2抑制对肺癌免疫微环境的调控机制 | 非小细胞肺癌肿瘤微环境中的免疫细胞 | 计算生物学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA |
| 240 | 2025-09-15 |
Cell type-specific master metabolic regulators of Alzheimer's disease
2025-Jul-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.07.11.664443
PMID:40791427
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研究论文 | 本文开发了scFUMES算法，用于识别阿尔茨海默病中细胞类型特异性的主代谢调控因子 | 开发了整合多组学数据的scFUMES算法，首次系统性地揭示了AD中神经元和小胶质细胞的代谢调控网络 | 研究仅针对AD易感脑区，未涵盖所有脑区域；算法预测需要实验验证 | 解析阿尔茨海默病的细胞类型特异性代谢调控机制 | 人类脑组织样本，重点关注神经元和小胶质细胞 | 生物信息学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序，相互作用组学，基因组学，转录组学，代谢组学 | scFUMES算法 | 多组学数据 | 来自人脑生物样本库的样本，涵盖中颞回和背外侧前额叶皮层两个脑区 |