单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
221	2025-06-26	Single-cell transcriptome analysis reveals three sequential phases of gene expression during zebrafish sensory hair cell regeneration 2022-03-28, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2022.03.001 PMID:35316618	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示了斑马鱼感觉毛细胞再生过程中基因表达的三个连续阶段	首次在斑马鱼感觉毛细胞再生过程中发现了三个顺序激活的基因模块，并提供了前所未有的时空分辨率	研究结果主要基于斑马鱼模型，可能不完全适用于哺乳动物	理解感觉毛细胞再生的分子机制，并为哺乳动物毛细胞再生提供潜在策略	斑马鱼感觉毛细胞	单细胞转录组学	听力缺陷	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	NA
222	2025-06-26	CRISPR/Cas9-based genetic screen of SCNT-reprogramming resistant genes identifies critical genes for male germ cell development in mice 2021-07-29, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-021-94851-9 PMID:34326397	研究论文	通过CRISPR/Cas9基因筛选技术，研究小鼠体细胞核移植重编程抗性基因（SRRGs）在雄性生殖细胞发育中的关键作用	首次利用CRISPR技术系统性筛选SRRGs基因，并发现Cox7b2、Gm773和Tuba3a/3b对精子生成的关键调控作用	研究仅针对小鼠模型，人类生殖医学的转化应用仍需进一步验证	揭示SRRGs基因在雄性生殖细胞发育中的分子机制	C57BL/6N小鼠的五个未表征SRRGs基因（Cox8c、Cox7b2、Tuba3a/3b、Faiml和Gm773）	生殖生物学	男性不育症	CRISPR/Cas9基因编辑、单细胞RNA测序、RT-qPCR	基因敲除小鼠模型	基因表达数据、组织形态学数据	C57BL/6N小鼠（具体数量未明确说明）
223	2025-06-24	Kidney diseases and single-cell sequencing research: a bibliometric analysis from 2015 to 2024 2025-Dec, Renal failure IF:3.0Q1 DOI:10.1080/0886022X.2025.2521457 PMID:40545992	研究论文	本文通过文献计量学方法分析了2015年至2024年间单细胞RNA测序（scRNA-seq）在肾脏疾病研究中的应用	揭示了scRNA-seq技术在肾脏疾病研究中的快速发展和应用趋势，包括疾病进展机制、基因调控表达等新兴研究方向	研究仅基于Web of Science Core Collection数据库，可能未涵盖所有相关文献	评估scRNA-seq在肾脏疾病研究中的应用现状和未来趋势	2015年至2024年间发表的关于scRNA-seq在肾脏疾病研究中应用的文献	数字病理学	肾脏疾病	scRNA-seq	NA	文本	1,210篇出版物
224	2025-06-24	Sex-specific neurotoxicity induced by long-term bisphenol A exposure: Single-cell sequencing reveals dual mechanisms involving hippocampal gliosis and neuronal apoptosis 2025-Aug-10, The Science of the total environment DOI:10.1016/j.scitotenv.2025.179810 PMID:40505511	研究论文	本研究探讨了长期暴露于双酚A（BPA）对成年小鼠行为记忆和神经系统的影响，揭示了性别特异性的神经毒性机制	首次结合单细胞测序技术，揭示了BPA暴露引起的性别特异性神经毒性机制，包括雌性小鼠海马胶质增生和雄性小鼠海马齿状回颗粒神经元凋亡	研究仅在小鼠模型中进行，结果向人类外推需谨慎	探究长期BPA暴露对神经系统的影响及其性别特异性机制	成年小鼠	神经毒理学	神经退行性疾病	单细胞测序	小鼠模型	行为数据、形态学数据、单细胞测序数据	未明确说明小鼠数量
225	2025-06-24	Dual nature of type I interferon responses and feedback regulations by SOCS1 dictate malaria mortality 2025-Jul, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2024.08.027 PMID:39181199	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析和数学模型，揭示了I型干扰素(IFN-I)在抗疟疾免疫中的双重作用及其调控机制	首次采用两种疟原虫模型比较研究IFN-I反应的机制，并揭示SOCS1通过负反馈和前馈环路调控IFN-α/β动态的新机制	研究仅使用了小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	阐明I型干扰素在疟原虫感染中的双重作用及其调控机制	疟原虫感染的小鼠模型(17XL和PbANKA)	免疫学	疟疾	scRNA-seq, 流式细胞术, 数学模型	数学模型	基因表达数据	NA
226	2025-06-24	Mucosal Macrophages Govern Intestinal Regeneration in Response to Injury 2025-Jul, Gastroenterology IF:25.7Q1 DOI:10.1053/j.gastro.2025.01.252 PMID:40086603	研究论文	本研究揭示了黏膜巨噬细胞在肠道损伤后再生过程中的关键作用	首次发现巨噬细胞通过分泌neuregulin 1和osteopontin分子诱导肠道上皮细胞胎儿样重编程和增殖	研究主要基于小鼠模型，人类临床应用的转化需要进一步验证	阐明辐射性肠炎后肠道再生的分子机制	肠道巨噬细胞与肠道干细胞	分子生物学	辐射性肠炎	RNA-seq、单细胞RNA-seq、流式细胞术、器官共培养系统	小鼠辐射损伤模型、人类肠道类器官模型	基因表达数据、细胞成像数据	未明确说明具体样本数量（小鼠模型和人类类器官）
227	2025-06-24	Targeting FGFR Attenuates Tumor Growth in an Anal Squamous Cell Carcinoma Patient Derived Xenograft Model 2025-Jul, Molecular carcinogenesis IF:3.0Q2 DOI:10.1002/mc.23919 PMID:40256931	研究论文	通过患者来源的异种移植模型和单细胞RNA测序，研究发现FGFR抑制能有效减缓肛门鳞状细胞癌的肿瘤生长	首次在肛门鳞状细胞癌患者来源的异种移植模型中验证FGFR抑制剂的治疗效果，并通过单细胞RNA测序揭示了肿瘤细胞的异质性	研究仅基于一个转移性肛门鳞状细胞癌样本，样本量较小	寻找肛门鳞状细胞癌的可操作治疗靶点	肛门鳞状细胞癌患者来源的异种移植模型	肿瘤学	肛门鳞状细胞癌	单细胞RNA测序, 傅里叶变换红外光谱	患者来源的异种移植模型(PDX)	基因表达数据, 光谱数据	1例转移性肛门鳞状细胞癌样本
228	2025-05-14	Simultaneous single-cell sequencing of RNA and DNA at scale with DEFND-seq 2025-Jul, Nature reviews. Genetics DOI:10.1038/s41576-025-00853-y PMID:40355601	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
229	2025-06-22	Deciphering Macrophage-Fibroblast Cross Talk in Obesity-Induced Adipose Tissue Fibrosis: Insights From Single-Cell and Spatial Transcriptomics 2025-Jul-01, Diabetes IF:6.2Q1 DOI:10.2337/db25-0337 PMID:40540667	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
230	2025-06-24	Deciphering the Regulatory Networks of the Migrasome-Associated Cell Subpopulation in Heterotopic Ossification via Multi-Omics Analysis 2025-Jun-30, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202500965R PMID:40540299	研究论文	通过多组学分析解析异位骨化中迁移体相关细胞亚群的调控网络	识别了异位骨化中的关键细胞亚群和分子（Ppib和Tagln），并构建了它们的调控网络和空间分布	NA	阐明异位骨化（HO）的关键生物分子网络	异位骨化中的迁移体相关细胞亚群	多组学分析	异位骨化	单细胞转录组、批量转录组、空间转录组、hdWGCNA、机器学习	NA	转录组数据	来自GEO数据库的多个数据集和临床样本
231	2025-06-24	Integrating Single-Cell and Experimental Analyses Uncover Macrophage Ferroptosis Is a Key Event in the Development of Chronic Obstructive Pulmonary Disease 2025-Jun-30, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202501120R PMID:40542598	研究论文	本文通过整合单细胞和实验分析，揭示了巨噬细胞铁死亡在慢性阻塞性肺疾病（COPD）发展中的关键作用	首次发现巨噬细胞铁死亡是COPD发展的关键事件，并揭示了相关基因表达的变化	研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验，人类样本验证有限	探究COPD发病机制中巨噬细胞铁死亡的作用	巨噬细胞和COPD患者及小鼠模型	生物医学	慢性阻塞性肺疾病	单细胞测序、免疫荧光、免疫组化、qRT-PCR、Western blotting	小鼠COPD模型	基因表达数据、蛋白质表达数据	公共数据库GSE171541和GSE173896的单细胞测序数据，RAW264.7细胞系和BMDM细胞系，COPD小鼠模型
232	2025-06-24	Potential of SPHK1 as a prognostic marker and therapeutic target in colorectal cancer: insights from bioinformatics and experimental analysis 2025-Jun-24, International journal of surgery (London, England) DOI:10.1097/JS9.0000000000002506 PMID:40434736	research paper	本研究探讨了SPHK1在结直肠癌（CRC）进展中的作用及其作为预后标志物和治疗靶点的潜力	首次通过生物信息学和实验分析全面评估SPHK1在CRC中的功能及其与免疫浸润和肿瘤微环境的关系	研究样本量有限（90例CRC组织），且部分机制尚未完全阐明	探究SPHK1在CRC进展中的分子机制及其临床意义	结直肠癌组织和细胞系	生物信息学与肿瘤学	结直肠癌	多组学分析、单细胞RNA测序、孟德尔随机化（MR）、多重荧光免疫组化	NA	基因表达数据、甲基化数据、免疫组化数据	90例CRC组织及对应正常组织
233	2025-06-24	IL-1β signaling modulates T follicular helper and regulatory cells in human lymphoid tissues 2025-Jun-23, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.188724 PMID:40392614	研究论文	本研究探讨了IL-1β信号在人类淋巴组织中T滤泡辅助细胞（Tfh）和T滤泡调节细胞（Tfr）中的作用	揭示了IL-1β通过IL-1R1和IL-1R2受体调节人类Tfh和Tfr细胞的机制，并发现IL-1β信号与自身免疫疾病中自身抗体产生的关联	研究主要基于体外实验和有限的组织样本，未进行体内功能验证	阐明IL-1β信号在人类淋巴组织中Tfh和Tfr细胞平衡中的作用及其与自身免疫疾病的关联	人类次级淋巴器官（扁桃体、脾脏和肠系膜淋巴结）中的Tfh和Tfr细胞	免疫学	自身免疫疾病	流式细胞术、单细胞转录组学、体外培养	NA	细胞表型数据、基因表达数据	人类次级淋巴器官样本及自身免疫患者样本
234	2025-06-24	Tumor suppressors in Sox2-mediated lung cancers promote distinct cell-intrinsic and immunologic remodeling 2025-Jun-23, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.171364 PMID:40327401	研究论文	研究探讨了TP53和PTEN肿瘤抑制因子在SOX2介导的非小细胞肺癌（NSCLC）中的作用及其对肿瘤微环境的影响	揭示了TP53和PTEN在SOX2介导的NSCLC肿瘤进展中的协同作用，以及它们对肿瘤粘蛋白产生和免疫微环境重塑的影响	研究主要基于小鼠模型，人类临床样本验证有限	探究TP53和PTEN肿瘤抑制因子在SOX2介导的NSCLC中的作用机制	非小细胞肺癌（NSCLC）中的肺鳞癌（LUSC）和肺腺癌（LUAD）	肿瘤学	肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	小鼠模型	基因表达数据	多种基因工程小鼠模型（SNL、SNL-Trp53、SNL-Pten、LN2A）
235	2025-06-24	Oral immunotherapy directs systemic transcriptomic changes in children with hen's egg allergy 2025-Jun-22, Asian Pacific journal of allergy and immunology IF:2.3Q3 DOI:10.12932/AP-011124-1965 PMID:40544372	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了鸡蛋过敏儿童在口服免疫治疗过程中的系统性免疫表型和转录组变化	首次使用单细胞RNA测序技术揭示鸡蛋口服免疫治疗引起的系统性免疫细胞转录组变化	样本量较小(16名儿童)，且仅分析了治疗前后的两个时间点	探究鸡蛋过敏儿童的系统性免疫表型及口服免疫治疗期间的转录组变化	3-12岁被诊断为鸡蛋过敏的儿童	免疫学	食物过敏	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	16名3-12岁鸡蛋过敏儿童
236	2025-06-24	Imbalances in adrenal hormones and their effects on bone metabolism 2025-Jun-21, Endocrine journal IF:1.3Q4 DOI:10.1507/endocrj.EJ25-0117 PMID:40545362	综述	本文综述了肾上腺激素失衡对骨代谢的影响，重点关注自主皮质醇分泌、原发性醛固酮增多症和嗜铬细胞瘤/副神经节瘤这三种病理状况	利用最新的类固醇分析和单细胞转录组分析技术，揭示了肾上腺皮质腺瘤中多种类固醇激素共同影响骨代谢，而非单一激素作用	主要基于现有文献进行综述，缺乏新的实验数据支持	探讨肾上腺激素失衡对骨代谢的影响机制	肾上腺激素及其对骨代谢的影响	内分泌学	骨质疏松症	类固醇分析、单细胞转录组分析	NA	文献数据	NA
237	2025-06-24	Comprehensive single-cell chromatin and transcriptomic profiling of peripheral immune cells in nonsegmental vitiligo 2025-Jun-20, The British journal of dermatology DOI:10.1093/bjd/ljaf041 PMID:39888372	research paper	该研究通过单细胞多组学方法分析了非节段性白癜风患者外周血单个核细胞的转录组和染色质可及性，揭示了系统性免疫失调的机制	首次对非节段性白癜风患者外周血单个核细胞进行单细胞多组学研究，整合了转录组和染色质可及性数据，揭示了系统性免疫失调的新机制	样本量相对较小（NSV患者11例，健康对照5例），虽然通过流式细胞术在扩展队列中进行了验证，但可能影响结果的普遍性	研究非节段性白癜风患者外周免疫细胞的系统性免疫失调机制	非节段性白癜风患者和健康对照者的外周血单个核细胞	digital pathology	autoimmune disease	scRNAseq, scATACseq, spectral flow cytometry	NA	single-cell transcriptomic data, chromatin accessibility data	初始队列：NSV患者11例，健康对照5例；验证队列：NSV患者16例，健康对照9例
238	2025-06-24	Colorectal cancer cell line-derived organoid model with stem cell properties captures the regrowing state of residual cancer cells after neoadjuvant chemotherapy 2025-Jun-20, Cell death discovery IF:6.1Q1 DOI:10.1038/s41420-025-02567-w PMID:40537472	research paper	该研究建立了一种具有干细胞特性的结直肠癌细胞系衍生的类器官模型，用于模拟新辅助化疗后残留癌细胞的再生状态	通过单细胞RNA测序分析揭示了非循环细胞中的不同状态和动态变化，并识别了高表达蛋白质翻译相关基因RPL17和EEF1G的亚群	研究仅基于患者来源的细胞系建立的类器官模型，可能无法完全反映临床实际情况	探索针对耐受药物的残留癌细胞的独特治疗靶点	结直肠癌细胞系衍生的类器官模型	digital pathology	colorectal cancer	single-cell RNA sequencing	organoid model	RNA-seq data	患者来源的细胞系
239	2025-06-24	NAT10 regulates tumor progression and immune microenvironment in pancreatic ductal adenocarcinoma via the N4-acetylated LAMB3-mediated FAK/ERK pathway 2025-Jun-20, Cancer communications (London, England) DOI:10.1002/cac2.70045 PMID:40540648	研究论文	本研究探讨了NAT10在胰腺导管腺癌（PDAC）中的肿瘤进展和免疫微环境调控作用及其机制	首次揭示了NAT10通过N4-乙酰化修饰LAMB3激活FAK/ERK通路调控PDAC肿瘤进展和免疫微环境的机制	研究主要基于体外和动物模型，临床转化应用仍需进一步验证	阐明NAT10在PDAC肿瘤恶性和肿瘤微环境中的作用机制	胰腺导管腺癌（PDAC）组织和细胞系	肿瘤免疫学	胰腺癌	乙酰化RNA免疫沉淀、定量PCR、RNA免疫沉淀、Western blotting、单细胞RNA测序、多重免疫荧光、流式细胞术	小鼠皮下肿瘤模型	基因表达数据、蛋白质数据、免疫细胞表型数据	PDAC组织和细胞系，小鼠模型
240	2025-06-24	Quantitative measurement of phenotype dynamics during cancer drug resistance evolution using genetic barcoding 2025-Jun-20, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-59479-7 PMID:40541962	research paper	提出了一种数学框架，通过遗传谱系追踪和种群大小数据推断癌症耐药性动态，无需直接测量耐药表型	开发了一个无需直接测量耐药表型的数学框架，能够准确推断耐药性动态	未提及具体局限性	理解癌症耐药性机制	结直肠癌细胞系SW620和HCT116	digital pathology	colorectal cancer	scRNA-seq, scDNA-seq	mathematical framework	genetic lineage tracing, population size data	结直肠癌细胞系SW620和HCT116