单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
221	2025-06-07	Exploring Key Genes of Glutathione Metabolism in Systemic Lupus Erythematosus Based on Mendelian Randomisation, Single-Cell RNA Sequencing and Multiple Machine Learning Approaches 2025 Jan-Dec, IET systems biology IF:1.9Q3 DOI:10.1049/syb2.70021 PMID:40458850	研究论文	本研究通过孟德尔随机化、单细胞RNA测序和多种机器学习方法，探索了谷胱甘肽代谢在系统性红斑狼疮中的关键基因	结合多组学整合和多种机器学习模型，揭示了谷胱甘肽代谢通路在系统性红斑狼疮中的关键作用，并识别出LAP3基因的重要贡献	研究样本量有限，且未进行实验验证	探索系统性红斑狼疮的病因及潜在诊断和治疗靶点	系统性红斑狼疮患者及谷胱甘肽代谢相关基因	生物信息学	系统性红斑狼疮	孟德尔随机化、单细胞RNA测序、机器学习	LASSO回归、CatBoost、XGBoost、NGBoost	多组学数据、scRNA-seq数据	1400种血清代谢物及多个数据集验证
222	2025-06-07	Single-cell transcriptomics reveals cellular dynamics and chemokine CXCL2-mediated smooth muscle cell proliferation in arterial repair 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1591557 PMID:40463365	研究论文	本研究通过单细胞转录组学揭示了动脉修复中的细胞动态变化以及趋化因子CXCL2介导的平滑肌细胞增殖机制	识别了一个炎症性平滑肌细胞亚群(SMC2)，该亚群主动分泌趋化因子CXCL2，促进平滑肌细胞增殖并介导损伤后的动脉重塑	研究主要基于动物模型，结果在人类中的适用性尚需进一步验证	探究PCI术后动脉修复的细胞机制及趋化因子CXCL2的作用	股动脉损伤模型中的细胞	单细胞转录组学	心血管疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	RNA测序数据	NA
223	2025-06-07	Succinylation-related molecular activities in cancer: metabolic adaptations, immune landscape, and prognostic significance in colorectal cancer 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1571446 PMID:40463370	research paper	该研究探讨了琥珀酰化在癌症中的分子活动，特别是其在代谢调节、肿瘤免疫微环境和结直肠癌预后中的作用	首次系统性地进行了琥珀酰化相关分子活动的泛癌分析，并构建了一个基于琥珀酰化的预后模型，同时发现了PCED1A在结直肠癌中的潜在治疗靶点作用	研究主要基于生物信息学分析，实验验证部分仅限于结直肠癌和PCED1A基因	探索琥珀酰化在癌症中的分子机制及其临床意义	泛癌样本和结直肠癌特异性样本	肿瘤生物学	结直肠癌	转录组分析、单细胞RNA测序、空间转录组分析、免疫组化、Western blotting	预后模型	转录组数据、单细胞数据、空间转录组数据、蛋白质表达数据	来自TCGA、GEO、TISCH等多个数据库的泛癌样本和结直肠癌特异性队列
224	2025-06-07	Single-cell RNA sequencing identifies two fibroblast subtypes and a Trem2+ macrophage subtype as the possible specific cellular targets in abdominal aortic aneurysms 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1551308 PMID:40463378	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，识别出两种成纤维细胞亚型和一个Trem2+巨噬细胞亚型，作为腹主动脉瘤可能的特异性细胞靶点	首次在腹主动脉瘤中识别出特定的成纤维细胞亚型和巨噬细胞亚型，并揭示了它们在疾病发展中的协同作用	研究仅基于小鼠模型，临床治疗效果尚未验证	探究腹主动脉瘤发病机制并寻找新的治疗靶点	腹主动脉瘤小鼠模型中的细胞组成和功能表型	单细胞测序	腹主动脉瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	小鼠模型样本（具体数量未提及）
225	2025-06-07	Single-cell transcriptomics in colorectal cancer uncover the potential of metastasis and immune dysregulation of a cell cluster overexpressed PRSS22 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1586428 PMID:40463392	research paper	该研究通过单细胞转录组学技术，在结直肠癌中发现了一个过度表达PRSS22的细胞亚群，该亚群具有转移和免疫失调的潜力	发现了一个与结直肠癌进展、免疫失调和预后密切相关的细胞亚群，并确定了PRSS22作为其枢纽基因，具有成为新的免疫治疗靶点的潜力	样本量相对较小，仅包括25个结直肠癌和10个相邻正常组织样本	探究结直肠癌中肿瘤细胞亚群的特征及其生物学意义，寻找新的免疫治疗靶点	结直肠癌组织和相邻正常组织	digital pathology	colorectal cancer	single-cell RNA sequencing	Boruta feature selection algorithm	RNA-seq	25个结直肠癌样本和10个相邻正常组织样本
226	2025-06-07	Unveiling the Therapeutic Potential of Baicalin in Intervertebral Disc Degeneration: Integrative Bulk and Single-Cell Transcriptome Analysis with Experimental Validation of PANoptosis Inhibition 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S519179 PMID:40463856	研究论文	本文通过整合批量转录组和单细胞RNA-seq分析，结合实验验证，探讨了PANoptosis在椎间盘退变中的作用及黄芩素的治疗潜力	首次揭示了PANoptosis在椎间盘退变中的关键作用，并验证了黄芩素通过抑制PANoptosis缓解椎间盘退变的新机制	研究主要基于动物模型和体外实验，临床样本验证有限	探索PANoptosis在椎间盘退变中的作用及黄芩素的治疗机制	椎间盘退变(IVDD)及其相关细胞死亡过程	生物医学研究	椎间盘退变	批量转录组分析、单细胞RNA-seq、体外细胞模型、动物模型	IL-1β诱导的NPC退变模型、穿刺诱导的大鼠IVDD模型	转录组数据、临床样本数据	多个公开数据集(GSE167199, GSE245147, GSE266883, GSE244889)及实验样本
227	2025-06-07	Depletion of Adipose Stroma-Like Cancer-Associated Fibroblasts Potentiates Pancreatic Cancer Immunotherapy 2025-01-01, Cancer research communications IF:2.0Q3 DOI:10.1158/2767-9764.CRC-24-0298 PMID:39620946	研究论文	本研究探讨了表达血小板衍生生长因子受体β（Pdgfrb）和脂肪基质细胞（ASC）标记的癌症相关成纤维细胞（CAF）在胰腺导管腺癌小鼠模型中的作用，并发现靶向ASC样CAF可增强免疫检查点阻断疗法的效果	揭示了不同CAF亚群对胰腺癌进展和治疗抵抗的独特影响，特别是ASC样CAF的耗竭可增强免疫检查点阻断疗法的抗肿瘤和抗转移效果	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体临床试验中验证	探究CAF亚群在胰腺癌进展和免疫治疗抵抗中的作用，并开发新的联合治疗策略	胰腺导管腺癌小鼠模型中的CAF亚群	肿瘤免疫学	胰腺癌	单细胞RNA测序	小鼠胰腺导管腺癌模型	基因表达数据	未明确说明，但涉及雌性和雄性小鼠
228	2025-06-07	Randomized Spatial PCA (RASP): a computationally efficient method for dimensionality reduction of high-resolution spatial transcriptomics data 2024-Dec-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.20.629785 PMID:39763720	research paper	介绍了一种名为RASP的计算高效降维方法，用于处理高分辨率空间转录组学数据	提出了一种新颖的空间感知降维方法RASP，其计算速度比现有技术快几个数量级，并能扩展到具有数十万个位置的空间转录组数据	NA	开发一种计算高效的降维方法，以促进高分辨率空间转录组数据的分析	空间转录组学数据	生物信息学	NA	随机化两阶段主成分分析(PCA)框架	PCA	空间转录组数据	四个公开可用的空间转录组数据集（10x Visium, Stereo-Seq, MERFISH, 和 10x Xenium）
229	2025-06-07	Single-Cell Analysis of Bone Marrow CD8+ T Cells in Myeloid Neoplasms Reveals Pathways Associated with Disease Progression and Response to Treatment with Azacitidine 2024-12-01, Cancer research communications IF:2.0Q3 DOI:10.1158/2767-9764.CRC-24-0310 PMID:39485042	研究论文	通过单细胞分析骨髓CD8+ T细胞在髓系肿瘤中的作用，揭示了与疾病进展和阿扎胞苷治疗反应相关的通路	发现了CD57+CXCR3+ CD8+ T细胞亚群与阿扎胞苷治疗反应及患者生存率的关系，并揭示了IFN和TGF-β信号通路在治疗反应中的作用	样本量相对较小（104例），且仅针对髓系肿瘤患者	探究CD8+ T细胞在髓系肿瘤进展和治疗反应中的作用	骨髓CD8+ T细胞	数字病理学	髓系肿瘤（包括骨髓增生异常综合征和急性髓系白血病）	质谱流式细胞术、流式细胞术、单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据、流式细胞数据	104例治疗前骨髓样本
230	2025-06-07	Tumor Expression of CD83 Reduces Glioma Progression and Is Associated with Reduced Immunosuppression 2024-12-01, Cancer research communications IF:2.0Q3 DOI:10.1158/2767-9764.CRC-24-0281 PMID:39601621	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序揭示了胶质瘤中CD83表达对肿瘤进展和免疫抑制的影响	首次发现胶质瘤细胞表达CD83可抑制肿瘤生长并增强T细胞抗肿瘤反应	尚未验证CD83表达是否能增强免疫治疗效果并改善患者预后	探究胶质瘤细胞CD83表达对肿瘤微环境和免疫治疗的影响	人类和小鼠胶质瘤样本	肿瘤免疫学	胶质瘤	单细胞RNA测序	免疫活性小鼠模型	RNA测序数据	未明确说明样本数量
231	2025-06-07	DLL1/NOTCH1 signaling pathway maintain angiogenesis in meniscus development and degeneration 2024-07, The international journal of biochemistry & cell biology DOI:10.1016/j.biocel.2024.106589 PMID:38772475	研究论文	研究探讨了DLL1/NOTCH1信号通路在半月板发育和退化过程中维持血管生成的作用	揭示了DLL1/NOTCH1信号通路在半月板血管生成中的关键作用，为骨关节炎治疗提供了新的潜在靶点	研究主要基于人类胚胎和成熟半月板组织，未涉及其他年龄段或更广泛的样本	探究半月板发育和退化过程中内皮细胞和血管的特征	人类胚胎和成熟半月板组织	生物医学	骨关节炎	单细胞RNA测序、计算机分析、多种染色技术	NA	RNA测序数据、组织学图像	人类胚胎和成熟半月板组织样本
232	2025-06-07	Defining mesenchymal stem/stromal cell-induced myeloid-derived suppressor cells using single-cell transcriptomics 2024-Jun-05, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2024.04.026 PMID:38627968	研究论文	通过单细胞转录组学定义间充质干细胞/基质细胞诱导的髓系来源的抑制细胞	揭示了MSC诱导的MDSCs的独特转录谱，并鉴定出CSF-1R作为检测和治疗性富集MDSCs的关键细胞表面标记物	RELM-γ对T细胞增殖、Treg扩增或脾细胞活化无直接影响，其具体作用机制尚不明确	探究间充质干细胞/基质细胞如何通过调节免疫细胞来缓解自身免疫性炎症	间充质干细胞/基质细胞(MSCs)及其诱导的髓系来源的抑制细胞(MDSCs)	免疫学	自身免疫性葡萄膜视网膜炎	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	未明确说明具体样本数量，但涉及小鼠模型和体外培养细胞
233	2025-06-07	Single-nucleus RNA sequencing demonstrates an autosomal dominant Alzheimer's disease profile and possible mechanisms of disease protection 2024-Jun-05, Neuron IF:14.7Q1 DOI:10.1016/j.neuron.2024.02.009 PMID:38417436	研究论文	通过单核RNA测序技术比较了常染色体显性阿尔茨海默病(ADAD)与散发性阿尔茨海默病的转录组差异，并探讨了可能的疾病保护机制	首次在单细胞水平上揭示了ADAD与散发性AD的转录组差异，并发现APOE3-Christchurch变异可能通过调节特定基因表达提供神经保护	样本量相对较小(27例)，且仅针对PSEN1-E280A这一特定ADAD突变进行研究	比较不同形式阿尔茨海默病的细胞水平差异并探索神经保护机制	PSEN1-E280A ADAD携带者、散发性AD患者和对照组	基因组学	阿尔茨海默病	单核RNA测序(snRNA-seq)、空间转录组学	NA	转录组数据	27例(包括ADAD携带者、散发性AD患者和对照组)
234	2024-08-07	Single-cell transcriptomics unveil a unique molecular profile of mesenchymal stem/stromal cell-induced myeloid-derived immune suppressor cells 2024-Jun-05, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2024.05.009 PMID:38795702	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
235	2025-06-07	The reparative immunologic consequences of stem cell transplantation as a cellular therapy for refractory Crohn's disease 2024-Jun-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.05.30.596699 PMID:38895305	research paper	该研究探讨了自体造血干细胞移植（SCT）作为难治性克罗恩病（CD）细胞疗法的免疫修复机制	提出将SCT重新构想为一种细胞疗法，通过造血祖细胞恢复免疫细胞群体，实现免疫“重置”，并揭示了SCT如何通过高维细胞表型和功能研究重建细胞免疫	研究样本来自难治性CD患者，可能不适用于所有CD患者，且HSCs的异质性可能影响SCT效果	探索SCT作为难治性CD细胞疗法的免疫修复机制及其临床效果	难治性克罗恩病患者的外周血和肠道组织样本，以及造血干细胞移植的干细胞移植物	免疫学	克罗恩病	CyTOF、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、T细胞受体（TCR）测序、流式细胞术、异种移植模型	NA	外周血和肠道组织样本的免疫表型和功能数据	难治性克罗恩病患者的样本，具体数量未明确说明
236	2025-06-07	Protocol to dissect and dissociate the mouse brainstem for single-cell RNA-seq applications 2024-03-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.102908 PMID:38461411	研究论文	本文提出了一种用于小鼠脑干单细胞RNA测序的解剖、解离和冷冻保存方案	该方案允许异步样本收集和下游处理，适用于脑干组织中的细胞，特别是新生儿小鼠	虽然该方案以孤立的preBötzinger复合体和SmartSeq3 cDNA文库制备为例，但可能不适用于所有脑干区域和文库制备方法	开发一种适用于小鼠脑干单细胞RNA测序的样本处理方案	小鼠脑干组织，特别是新生儿小鼠的脑干细胞	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq），SmartSeq3 cDNA文库制备	NA	RNA测序数据	新生儿小鼠的脑干组织
237	2025-06-07	Protocol for acquiring high-quality fresh mouse lung spatial transcriptomics data 2024-03-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2023.102825 PMID:38280199	研究论文	本文提出了一种获取高质量新鲜小鼠肺空间转录组数据的实验方案	针对肺肺泡中存在空腔导致切片困难的问题，提出了一种新的实验方案，包括肺灌注、获取冷冻切片、收集肺切片cDNA及数据分析等步骤	NA	解决肺组织空间转录组实验中切片困难的问题，获取高质量的空间转录组数据	小鼠肺组织	空间转录组学	NA	空间转录组分析	NA	空间转录组数据	NA
238	2025-06-07	An optimized protocol for isolation of murine pancreatic single cells with high yield and purity 2024-03-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.102836 PMID:38219150	研究论文	本文提出了一种从小鼠胰腺中快速分离单细胞的优化方案，旨在减少消化酶对胰腺外分泌细胞的损伤	优化了解剖顺序、酶组成和操作步骤，从而获得高产量且高纯度的胰腺单细胞	NA	开发一种高效的小鼠胰腺单细胞分离方案	小鼠胰腺单细胞	细胞生物学	NA	单细胞分离技术	NA	NA	NA
239	2025-06-07	Protocol for flow cytometry-assisted single-nucleus RNA sequencing of human and mouse adipose tissue with sample multiplexing 2024-03-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.102893 PMID:38416649	研究论文	开发了一种用于人类和小鼠脂肪组织的流式细胞术辅助单核RNA测序工作流程，整合了样本多重标记	整合流式细胞术进行质量控制、计数和精确核池化，显著减少低质量核、环境RNA污染及试剂浪费	未提及具体样本量或实验验证的广泛性	优化脂肪组织的单核RNA测序流程，提高信息内容和成本效率	人类和小鼠脂肪组织	单细胞测序	NA	流式细胞术, 单核RNA测序, 10× Chromium控制器	NA	RNA测序数据	未提及具体样本数量
240	2025-06-07	Protocol for inferring epithelial-to-mesenchymal transition trajectories from single-cell RNA sequencing data using R 2024-03-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2023.102819 PMID:38183653	研究论文	介绍了一个名为COMET的R包，用于从单细胞RNA测序数据推断上皮-间质转化(EMT)轨迹和状态间转换速率	开发了COMET这一新工具，能够优化EMT基因数量并拟合连续时间马尔可夫链来估计状态转换速率	未提及具体验证数据集或应用范围的限制	开发从单细胞RNA测序数据推断EMT轨迹的分析方法	上皮-间质转化过程	生物信息学	癌症	单细胞RNA测序	连续时间马尔可夫链	基因表达数据	NA