单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新，已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价10元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 28344 篇文献，本页显示第 221 - 240 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 221 | 2025-05-31 |
Decoupled GNNs based on multi-view contrastive learning for scRNA-seq data clustering
2025-May-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf198
PMID:40366859
|
研究论文 | 提出了一种基于多视图对比学习的解耦图神经网络方法（scDeGNN），用于单细胞RNA测序数据的聚类 | 通过解耦图神经网络和多视图对比学习，解决了传统方法在处理高维复杂数据时计算复杂度高的问题 | 未提及具体的数据规模限制或计算资源需求 | 提高单细胞RNA测序数据聚类的准确性和效率 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 解耦图神经网络（GNN）、多层感知机（MLP） | 基因表达数据 | 九个来自不同生物体和组织的真实scRNA-seq数据集 |
| 222 | 2025-05-31 |
Transcriptomic signatures of host immune responses in aphthous ulcers, the earliest lesions of Crohn's disease, suggest that bacterial uptake, rather than global dysbiosis, is the initiating factor
2025-05, Immunology and cell biology
IF:3.2Q3
DOI:10.1111/imcb.70031
PMID:40386941
|
研究论文 | 该研究通过转录组分析揭示了克罗恩病最早病变——阿弗他溃疡中的宿主免疫反应特征，提出细菌摄取而非整体菌群失调是疾病起始因素 | 首次在克罗恩病最早病变阶段发现特定免疫反应特征，挑战了传统菌群失调致病理论 | 样本来源局限于特定病变部位，未涵盖疾病全病程 | 探究克罗恩病最早病变阶段的发病机制 | 克罗恩病患者的阿弗他溃疡组织、派尔集合淋巴结及正常黏膜 | 转录组学 | 克罗恩病 | total RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | 转录组数据 | 患者与对照组的黏膜组织样本（具体数量未明确说明） |
| 223 | 2025-05-31 |
SOX4 as a Key Oncogene Driving Tumor Invasion in Retinoblastoma
2025-May-01, Investigative ophthalmology & visual science
IF:5.0Q1
DOI:10.1167/iovs.66.5.24
PMID:40402518
|
研究论文 | 本研究探讨了SOX4在视网膜母细胞瘤（RB）中促进侵袭的作用及其潜在的致癌通路 | 揭示了SOX4在RB侵袭中的关键作用，并发现其通过调控Wnt/β-catenin和cyclin D1信号通路促进肿瘤侵袭 | 研究主要基于体外细胞实验和小鼠模型，尚未在临床患者中进行验证 | 探索SOX4在RB侵袭中的作用及其分子机制 | 视网膜母细胞瘤（RB）组织和细胞系（Y79, WERI-RB1） | 肿瘤生物学 | 视网膜母细胞瘤 | RNA-seq, scRNA-seq, siRNA介导的基因敲除 | NA | RNA测序数据 | 人类视网膜、眼内RB和眼外RB样本，以及RB细胞系 |
| 224 | 2025-05-31 |
Distinct Transcriptomic Profiles of Cultured Anterior and Posterior Populations of Human Infant Scleral Fibroblasts: Including Dopamine Receptors
2025-May-01, Investigative ophthalmology & visual science
IF:5.0Q1
DOI:10.1167/iovs.66.5.29
PMID:40402520
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了婴儿巩膜成纤维细胞的异质性，特别是前后区域在转录组学上的差异，并探讨了多巴胺受体在巩膜重塑中的调控作用 | 首次对婴儿巩膜成纤维细胞进行了全面的转录组分析，揭示了前后区域在转录组上的差异以及多巴胺受体在巩膜重塑中的调控机制 | 研究仅针对婴儿巩膜成纤维细胞，结果可能不适用于其他年龄段 | 探究巩膜成纤维细胞的异质性及其在多巴胺信号调控下的巩膜重塑机制 | 婴儿巩膜成纤维细胞 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq), 10x Genomics平台 | NA | RNA测序数据 | 来自3个月至2岁婴儿巩膜前部、赤道部和后部区域的成纤维细胞 |
| 225 | 2025-05-31 |
UCS: A Unified Approach to Cell Segmentation for Subcellular Spatial Transcriptomics
2025-05, Small methods
IF:10.7Q1
DOI:10.1002/smtd.202400975
PMID:39763408
|
研究论文 | 提出了一种针对亚细胞空间转录组学（SST）数据的统一细胞分割方法（UCS） | UCS方法通过整合核染色和转录数据，利用深度学习技术，为不同平台的SST数据提供高精度的细胞分割 | 未提及具体的数据集大小或验证范围 | 提高亚细胞空间转录组学数据中细胞分割的准确性 | 亚细胞空间转录组学数据 | 数字病理学 | NA | 亚细胞空间转录组学（SST） | 深度学习 | 图像和转录数据 | NA |
| 226 | 2025-05-31 |
Feedback regulation of VISTA and Treg by TNF-α controls T cell responses in drug allergy
2025-May, Allergy
IF:12.6Q1
DOI:10.1111/all.16393
PMID:39526799
|
研究论文 | 研究TNF-α通过调控VISTA和Treg细胞在药物过敏中控制T细胞反应的反馈机制 | 揭示了TNF-α在不同阶段的药物特异性T细胞反应中对VISTA和Treg细胞的反馈调控机制，并提出了使用Treg激动剂而非TNF-α拮抗剂治疗进行性SCARs的新策略 | 免疫发病机制的多样性和复杂性可能影响治疗方案的普适性 | 阐明SCARs的精确病理过程并优化治疗方案 | SCARs患者 | 免疫学 | 药物过敏 | 单细胞测序、体外功能分析和临床分析 | NA | 临床数据和实验数据 | SCARs患者样本 |
| 227 | 2025-05-31 |
Multi-view clustering for single-cell RNA-seq data based on graph fusion
2025-May-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf193
PMID:40413869
|
研究论文 | 提出了一种基于图融合的多视图聚类算法scMCGF，用于单细胞RNA测序数据的细胞聚类 | 利用多视图数据（包括线性与非线性特征、细胞通路评分矩阵等）进行图融合，提高了聚类的准确性和鲁棒性 | 未明确提及具体局限性，但可能受限于多视图数据的生成与融合计算复杂度 | 解决单细胞RNA测序数据高维性和频繁丢失事件带来的聚类挑战 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 多视图聚类算法（scMCGF） | 基因表达数据 | 13个真实数据集 |
| 228 | 2025-05-31 |
GAEDGRN: reconstruction of gene regulatory networks based on gravity-inspired graph autoencoders
2025-May-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf232
PMID:40415678
|
研究论文 | 提出了一种基于重力启发的图自动编码器（GIGAE）的新框架GAEDGRN，用于从单细胞RNA测序数据重建高分辨率基因调控网络（GRNs） | GAEDGRN通过GIGAE捕捉GRN中的复杂有向网络拓扑，并设计了一种基因重要性评分方法，关注GRN重建过程中的重要基因 | 未明确提及具体局限性 | 从单细胞RNA测序数据重建高分辨率基因调控网络，以深入了解疾病发病机制 | 基因调控网络（GRNs） | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 图自动编码器（GIGAE） | 基因表达数据 | 三种GRN类型的七种细胞类型 |
| 229 | 2025-05-31 |
Scleraxis-expressing progenitor cells are critical for the maturation of the annulus fibrosus and demonstrate therapeutic potential
2025-May, Journal of orthopaedic translation
IF:5.9Q1
DOI:10.1016/j.jot.2025.04.009
PMID:40421145
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序等方法，揭示了表达Scleraxis（Scx）的祖细胞在纤维环（AF）成熟和修复中的关键作用及其治疗潜力 | 首次发现Scx能特异性标记外层AF的祖细胞群，并证实其在AF成熟和损伤修复中的关键作用，为AF修复提供了新的细胞治疗策略 | 研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证 | 探索纤维环（AF）祖细胞的特性及其在AF成熟和修复中的作用 | 小鼠椎间盘中的Scx表达祖细胞 | 细胞生物学 | 脊柱疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、遗传谱系追踪、体外干细胞实验、消融模型和细胞移植 | NA | RNA测序数据 | 小鼠椎间盘细胞 |
| 230 | 2025-05-31 |
Endothelial Changes at Different Stages After Ischemic Stroke Contribute to the Regulation of Immune Cell Infiltration
2025-May, CNS neuroscience & therapeutics
IF:4.8Q1
DOI:10.1111/cns.70456
PMID:40421577
|
research paper | 研究探讨了缺血性中风后不同阶段内皮细胞的变化如何调节免疫细胞浸润 | 揭示了内皮细胞在中风后不同阶段的功能差异及其对免疫细胞浸润的调节机制 | 研究仅基于小鼠模型，未在人类中进行验证 | 探究缺血性中风后内皮细胞功能变化与免疫细胞浸润的关系 | 小鼠的中风模型中的内皮细胞和免疫细胞 | 脑血管疾病研究 | 缺血性中风 | 单细胞RNA测序、流式细胞术、免疫荧光染色 | NA | RNA测序数据、流式细胞数据、免疫荧光图像 | Sham和MCAO小鼠在术后3天和14天的样本 |
| 231 | 2025-05-31 |
Exploring the impact of the liver-intestine-brain axis on brain function in non-alcoholic fatty liver disease
2025-May, Journal of pharmaceutical analysis
IF:6.1Q1
DOI:10.1016/j.jpha.2024.101077
PMID:40433559
|
研究论文 | 本研究探讨了非酒精性脂肪肝病(NAFLD)通过肝-肠-脑轴对脑功能的影响及其潜在治疗干预 | 揭示了NAFLD中微生物群变化、代谢物改变及关键调控分子对脑功能的影响，并发现DCA通过激活JAK2/STAT3通路导致小胶质细胞炎症激活等新机制 | 研究主要基于小鼠模型，人类样本验证不足 | 阐明NAFLD通过肝-肠-脑轴影响脑功能的分子机制并探索潜在治疗靶点 | NAFLD患者和小鼠模型 | 医学研究 | 非酒精性脂肪肝病 | 16S rRNA测序、LC-MS非靶向代谢组学、scRNA-seq | 小鼠模型 | 微生物组数据、代谢组数据、单细胞转录组数据 | NAFLD患者和健康人的粪便样本、NAFLD小鼠模型 |
| 232 | 2025-05-31 |
Recent Advances in Stem Cells of Corneal Epithelia
2025-May-01, Investigative ophthalmology & visual science
IF:5.0Q1
DOI:10.1167/iovs.66.5.45
PMID:40440164
|
review | 本文综述了角膜上皮干细胞（CESCs）的最新研究进展，包括其位置、群体维持机制和异质性 | 通过角膜上皮谱系追踪、活体成像和单细胞RNA测序等新技术，揭示了CESCs的意外特性 | 讨论了当前研究的局限性，并指出CESCs领域亟待解决的关键问题 | 深入理解CESCs的特性以推动其在再生医学中的应用 | 角膜上皮干细胞（CESCs） | 再生医学 | 角膜疾病 | 谱系追踪、活体成像、单细胞RNA测序 | NA | NA | NA |
| 233 | 2025-05-31 |
A tumor necrosis factor-α-responsive cryptic promoter drives overexpression of the human endogenous retrovirus ERVK-7
2025-Apr-30, The Journal of biological chemistry
IF:4.0Q2
DOI:10.1016/j.jbc.2025.108568
PMID:40316021
|
研究论文 | 该研究揭示了人类内源性逆转录病毒ERVK-7在肺腺癌中的过度表达机制及其调控网络 | 发现了ERVK-7的两个新转录本ERVK-7.long和ERVK-7.short，并阐明了它们在肺腺癌中的细胞谱系特异性表达和炎症信号调控机制 | 研究主要聚焦于肺腺癌，未涉及其他癌症类型中ERVK-7的作用 | 探究ERVK-7在肺腺癌中的表达调控机制及其临床意义 | 人类内源性逆转录病毒ERVK-7及其在肺腺癌中的表达 | 基因组学 | 肺腺癌 | 单细胞转录组测序、表观遗传图谱分析 | NA | 基因组数据、转录组数据 | NA |
| 234 | 2025-05-31 |
Suppression of NOX2-Derived Reactive Oxygen Species (ROS) Reduces Epithelial-to-MesEnchymal Transition Through Blocking SiO2-Regulated JNK Activation
2025-Apr-30, Toxics
IF:3.9Q1
DOI:10.3390/toxics13050365
PMID:40423444
|
研究论文 | 研究探讨了NOX2和JNK信号通路在二氧化硅诱导的肺纤维化中的作用及其相互调控机制 | 揭示了JNK和NOX2信号通路之间的正反馈循环在二氧化硅诱导的上皮-间质转化(EMT)中的关键作用 | 研究主要基于体外细胞实验和小鼠模型，人类临床数据有限 | 阐明二氧化硅诱导肺纤维化的分子机制 | 人类上皮细胞和二氧化硅诱导的小鼠模型 | 分子病理学 | 肺纤维化/矽肺病 | 单细胞测序 | NA | 分子生物学数据 | NA |
| 235 | 2025-05-31 |
p63 co-opts the skin Krt8-to-Krt5 transition for enamel organ development
2025-Apr-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.11.637463
PMID:39990386
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了p63在牙釉质器官发育中调控Krt8到Krt5过渡的机制 | 发现p63在牙釉质器官发育中调控Krt8到Krt5过渡的机制，与皮肤发育中的功能相似 | 研究仅基于小鼠切牙，未涉及其他牙齿类型或物种 | 探究p63在牙釉质器官发育中的具体作用机制 | 小鼠切牙的牙釉质器官 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 小鼠切牙样本 |
| 236 | 2025-05-31 |
3D spatial transcriptomics reveals the molecular structure of input and output pathways in the mouse olfactory bulb
2025-Apr-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.19.639192
PMID:40060607
|
研究论文 | 使用3D空间转录组学技术重建小鼠嗅球的解剖和分子组织，揭示其分子结构 | 首次全面绘制了嗅球的分子结构图，揭示了嗅球分子结构如何受上皮基因表达程序的指导 | 研究仅针对小鼠嗅球，未涉及其他物种或脑区 | 探索脊椎动物大脑对称性的分子基础 | 小鼠嗅球 | 神经科学 | NA | 3D空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 近一千个分子上不同的肾小球 |
| 237 | 2025-05-31 |
Integrating Dynamical Systems Modeling with Spatiotemporal scRNA-Seq Data Analysis
2025-Apr-22, Entropy (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/e27050453
PMID:40422408
|
综述 | 本文综述了如何利用动态系统建模与时空单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据分析相结合来研究细胞动态行为 | 整合了时间分辨scRNA-seq、空间转录组学和时间序列空间转录组学数据，结合计算框架如马尔可夫链、随机微分方程和生成模型，重建细胞动态轨迹和命运决定 | NA | 从系统角度建模和推断细胞动态行为 | 单细胞RNA测序数据和时空转录组数据 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq, 空间转录组学, 时间序列空间转录组学 | 马尔可夫链, 随机微分方程（SDEs）, 生成模型（如最优传输和薛定谔桥） | 基因表达数据, 时空数据 | NA |
| 238 | 2025-05-31 |
CellSP: Module discovery and visualization for subcellular spatial transcriptomics data
2025-Apr-18, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.12.632553
PMID:39868198
|
research paper | 介绍了一个名为CellSP的计算框架，用于识别、可视化和描述mRNA的亚细胞空间模式 | 提出了'基因-细胞模块'的新概念，用于描述在许多细胞中具有协调亚细胞转录分布的基因集 | NA | 解决亚细胞转录分布功能相关空间模式的识别和解释工具缺乏的问题 | 亚细胞空间转录组数据 | 生物信息学 | 阿尔茨海默病、肾癌 | 空间转录组学 | NA | mRNA分布数据 | 多种组织和小鼠模型 |
| 239 | 2025-05-31 |
SMAD4 and KRAS Status Shapes Cancer Cell-Stromal Cross-Talk and Therapeutic Response in Pancreatic Cancer
2025-Apr-15, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-2330
PMID:39841099
|
research paper | 研究探讨了SMAD4和KRAS状态如何影响胰腺癌细胞与基质的相互作用及治疗反应 | 首次揭示了SMAD4缺失在KRASG12D和KRASG12V驱动的胰腺癌中对肿瘤微环境和治疗敏感性的不同影响 | 研究主要基于小鼠模型，结果在人类胰腺癌中的适用性需要进一步验证 | 阐明恶性细胞基因型如何影响胰腺癌细胞与基质细胞的表型及治疗效果 | Trp53突变小鼠模型驱动的KRASG12D或KRASG12V胰腺癌 | 肿瘤生物学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序 | 小鼠模型 | 基因表达数据 | 未明确说明样本数量，但涉及多种基因型的小鼠模型 |
| 240 | 2025-05-31 |
Lineage Tracing and Single-Cell RNA Sequencing Reveal a Common Transcriptional State in Breast Cancer Tumor-Initiating Cells Characterized by IFN/STAT1 Activity
2025-Apr-15, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-23-4022
PMID:40230213
|
研究论文 | 通过谱系追踪和单细胞RNA测序揭示了乳腺癌肿瘤起始细胞中由IFN/STAT1活性调控的共同转录状态 | 开发了一个STAT响应谱系追踪系统，结合单细胞RNA测序技术，识别了TICs中与IFN/STAT1信号相关的转录状态，并发现了新的细胞表面标记物 | STAT信号在某些基底样三阴性乳腺癌异种移植模型中无法检测到TICs，表明STAT信号具有TIC相关和TIC独立的功能 | 研究乳腺癌肿瘤起始细胞的分子表型及其调控机制 | 乳腺癌肿瘤起始细胞（TICs） | 癌症研究 | 乳腺癌 | 谱系追踪、单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA-seq数据 | 异种移植模型和临床样本 |