单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
221	2025-09-30	Single-cell RNA sequencing reveals NFATc1-mediated regulatory mechanisms of vascular smooth muscle cell osteogenic transformation in the osteosarcoma microenvironment 2025-Sep-29, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-03606-9 PMID:41021149	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示骨肉瘤微环境中血管平滑肌细胞成骨转化的NFATc1介导调控机制	首次在单细胞分辨率下揭示NFATc1在骨肉瘤微环境中血管平滑肌细胞成骨转化中的关键作用及其共表达网络	需要功能扰动实验来建立因果关系	研究骨肉瘤微环境中血管平滑肌细胞成骨转化的调控机制	骨肉瘤组织中的血管平滑肌细胞	单细胞测序分析	骨肉瘤	单细胞RNA测序（10x Genomics Chromium平台）	k-近邻/Louvain聚类	单细胞RNA测序数据	新鲜骨肉瘤组织（具体样本数量未明确说明）
222	2025-09-30	Integrating single-cell and bulk RNA sequencing data establishes a cuproptosis-related gene predictive signature in breast cancer 2025-Sep-29, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-03525-9 PMID:41021161	研究论文	本研究通过整合单细胞和批量RNA测序数据，建立了乳腺癌中铜死亡相关基因的预后预测模型	首次系统评估铜死亡相关基因在乳腺癌中的预后价值，并构建了基于四个关键基因的预后特征模型	研究主要基于公共数据库数据，需要进一步实验验证	评估铜死亡相关基因在乳腺癌中的预后意义并构建预测模型	乳腺癌患者和相关的基因表达数据	生物信息学	乳腺癌	单细胞RNA测序、批量RNA测序、加权基因共表达网络分析	预后风险评分模型	基因表达数据	来自TCGA和GEO数据库的多组学数据队列
223	2025-09-30	Identification of prognostic biomarkers associated with T and melanoma cell subpopulations in melanoma through integrating machine learning and multiomics 2025-Sep-29, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-03701-x PMID:41021162	研究论文	本研究通过整合机器学习和多组学数据，识别了与黑色素瘤预后相关的T细胞和黑色素瘤细胞亚群，并构建了新的预后风险评分模型	首次识别出MITF+T细胞和M2细胞亚群与黑色素瘤预后的关联，并采用72种机器学习算法组合开发共识预后模型	研究基于公共数据库数据，需要进一步实验验证	识别黑色素瘤预后相关的细胞亚群并构建预后预测模型	黑色素瘤患者单细胞RNA测序数据和基因表达数据	机器学习	黑色素瘤	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、机器学习算法	预后风险评分(PRS)模型、共识预后模型	基因表达数据、单细胞测序数据	来自GEO数据库的GSE200218、GSE215121、GSE65904和TCGA-SKCM数据集
224	2025-09-30	Cell division cycle 25 C (CDC25C) mediates cell-cycle progression and immune evasion in glioma 2025-Sep-29, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-03596-8 PMID:41021167	研究论文	本研究探讨CDC25C在胶质瘤细胞周期进展和免疫逃逸中的关键作用	首次系统揭示CDC25C通过调控CDK1-Cyclin B1轴促进胶质瘤增殖并与免疫抑制微环境形成关联	研究主要基于细胞系实验和生物信息学分析，缺乏体内实验验证	阐明CDC25C在胶质瘤进展和肿瘤免疫中的分子机制	胶质瘤组织和U87MG胶质瘤细胞系	肿瘤生物学	胶质瘤	RNA测序、单细胞RNA测序、流式细胞术、Western blot	NA	转录组数据、单细胞测序数据、蛋白质表达数据	TCGA、CGGA、GEO数据库的胶质瘤样本和U87MG细胞系
225	2025-09-30	Deciphering key chemotherapeutic drug targets within tyrosine metabolism for breast cancer and advancing a wide-ranging diagnostic strategy 2025-Sep-29, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-03577-x PMID:41021173	研究论文	本研究通过整合分析乳腺癌转录组数据，探索酪氨酸代谢在乳腺癌中的作用及其与化疗反应的关系	开发了酪氨酸代谢共表达预后模型，其AUC值达0.735优于传统临床指标；鉴定出MAOA和MAOB两个关键基因；构建了基于机器学习的早期诊断模型	NA	探索酪氨酸代谢在乳腺癌早期诊断和治疗中的作用机制	乳腺癌患者转录组数据	生物信息学	乳腺癌	转录组分析、差异表达分析、富集分析、免疫浸润分析、单细胞RNA测序分析、hdWGCNA分析、分子对接、机器学习	Extra Trees (BO)	转录组数据	来自TCGA和GEO数据库的乳腺癌样本数据
226	2025-09-30	Simultaneous Measurement of RNA Synthesis and Degradation Rates in Single Cells Unveils the Regulatory Mechanisms of Temporal RNA Dynamics 2025-Sep-28, Angewandte Chemie (International ed. in English) DOI:10.1002/anie.202510939 PMID:41017207	研究论文	开发了scDUAL-seq方法，首次在单细胞水平同时测量RNA合成和降解速率	整合双核苷类似物脉冲标记、化学核苷转化和单细胞RNA测序，实现单细胞中转录组范围内RNA合成和降解的同时记录	NA	解析动态过程中RNA调控机制	异质性细胞群体中的RNA动态	单细胞测序技术	NA	scDUAL-seq（双核苷类似物脉冲标记+化学核苷转化+单细胞RNA测序）	NA	单细胞RNA测序数据	NA
227	2025-09-30	Immune cell dynamics and their role in cardiac injury: Mechanisms and therapeutic implications 2025-Sep-27, Biomedicine & pharmacotherapy = Biomedecine & pharmacotherapie DOI:10.1016/j.biopha.2025.118608 PMID:41016152	综述	本文系统阐述了免疫细胞在心脏损伤中的动态变化机制及其治疗意义	整合单细胞转录组学、空间组学、免疫代谢和神经内分泌-免疫相互作用等多维度数据，提出精准免疫治疗框架	NA	阐明免疫细胞在心脏疾病中的动态作用机制并探索治疗策略	中性粒细胞、巨噬细胞、树突状细胞、T细胞等免疫细胞及其与心肌细胞、成纤维细胞、内皮细胞的相互作用	心血管免疫学	心血管疾病	单细胞转录组学、空间组学、免疫代谢分析	NA	组学数据、分子机制数据	NA
228	2025-09-30	Intervention of Rutin and Ochnaflavone in the Attenuation of Neuroinflammation and Neuronal Apoptosis in Spinal Cord Injury 2025-Sep-26, Global spine journal IF:2.6Q1 DOI:10.1177/21925682251383489 PMID:41001708	研究论文	本研究探讨芦丁和奥纳黄酮通过调控PI3K/AKT和NF-κB信号通路减轻脊髓损伤后神经炎症和神经元凋亡的机制	首次发现芦丁和奥纳黄酮的协同作用能通过抑制PI3K/AKT和NF-κB通路磷酸化来调节小胶质细胞活化和神经元凋亡	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类临床试验中验证	阐明芦丁和奥纳黄酮在脊髓损伤中的神经保护机制	小鼠脊髓损伤模型、BV2小胶质细胞系、小胶质细胞-神经元共培养系统	神经科学	脊髓损伤	单细胞RNA测序、网络药理学、Western blotting、免疫荧光、ELISA	小鼠SCI模型、细胞共培养模型	基因表达数据、蛋白质表达数据、细胞成像数据	未明确样本数量，使用小鼠模型和细胞系进行实验
229	2025-09-30	Integrated multi-omics analysis reveals PTM networks as key regulators of colorectal cancer progression and immune evasion 2025-Sep-26, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-03445-8 PMID:41003898	研究论文	通过整合多组学分析揭示翻译后修饰网络在结直肠癌进展和免疫逃逸中的关键调控作用	首次系统阐明PTM网络在CRC中的全局作用，发现GALNT6介导的糖基化通过稳定PD-L1和排斥CD8+T细胞驱动免疫逃逸，并开发了5基因PTM活性特征	研究主要基于回顾性数据分析，需要进一步实验验证PTM网络的具体调控机制	探索翻译后修饰在结直肠癌进展和免疫逃逸中的综合作用机制	结直肠癌患者的多组学数据	生物信息学	结直肠癌	多组学分析、RNA-seq、单细胞转录组、孟德尔随机化、空间转录组	LASSO、SVM、随机森林	转录组数据、单细胞数据	批量RNA-seq数据1783例，单细胞转录组41143个细胞
230	2025-09-30	Multi-omics analysis reveals the prognostic value and immunomodulatory role of CTSW in breast cancer 2025-Sep-26, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-03550-8 PMID:41003895	研究论文	通过多组学分析揭示CTSW在乳腺癌中的预后价值和免疫调节作用	首次采用多组学框架系统研究CTSW在乳腺癌免疫微环境中的关键作用，发现其不仅反映T细胞数量更反映功能质量	基于生物信息学分析的发现需要后续实验验证	探索乳腺癌新型生物标志物和潜在治疗靶点	乳腺癌患者和相关的分子数据	生物信息学	乳腺癌	转录组学、甲基化组学、数量性状位点分析、全基因组关联研究、单细胞RNA测序	Cox回归、Kaplan-Meier生存分析、孟德尔随机化	基因组数据、转录组数据、表观遗传数据	未明确具体样本数量，但使用了多种公共数据库的乳腺癌相关数据
231	2025-09-30	Data-driven inference of Boolean networks from transcriptomes to predict cellular differentiation and reprogramming 2025-Sep-26, NPJ systems biology and applications IF:3.5Q1 DOI:10.1038/s41540-025-00569-z PMID:41006334	研究论文	提出一种从转录组数据自动推断布尔网络的方法，用于预测细胞分化和重编程	开发了整合转录组数据和先验知识自动生成布尔网络集合的通用方法，能够处理模型不确定性并预测稳健的重编程靶点	模型构建依赖于实验重复和二值化方法的选择，存在一定的不确定性	开发数据驱动的布尔网络推断方法以模拟细胞动态过程	基因调控网络和细胞分化过程	计算生物学	NA	RNA-seq，单细胞RNA测序，布尔网络建模	布尔网络	转录组数据	涉及造血过程和骨髓基质细胞分化的RNA-seq数据集
232	2025-09-30	Integrative analysis of molecular mechanisms in prostate cancer via single-cell RNA sequencing and weighted gene co-expression network analysis 2025-Sep-26, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-15682-6 PMID:41006377	研究论文	通过整合单细胞RNA测序和加权基因共表达网络分析研究前列腺癌的分子机制	首次结合scRNA-seq和hdWGCNA方法在前列腺癌中构建基因共表达网络，识别出6个关键基因并建立预后预测模型	需要进一步的临床验证	探索前列腺癌进展的分子机制并发现潜在治疗靶点	前列腺癌组织样本中的细胞	生物信息学	前列腺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、加权基因共表达网络分析(WGCNA)、PCA、t-SNE、Louvain聚类、Harmony批次校正、Cox回归、lasso回归	预后预测模型	基因表达数据、临床数据	9,809个高质量细胞，来自前列腺癌组织样本数据集
233	2025-09-30	Hypersonic levitation and spinning: paving the way for enhanced single-cell analysis via contactless tissue dissociation 2025-Sep-26, Communications engineering DOI:10.1038/s44172-025-00497-0 PMID:41006575	研究论文	本文介绍了一种新型非接触式组织解离技术——超音速悬浮旋转技术，用于提升单细胞分析效果	开发了基于三声谐振探头的超音速悬浮旋转技术，实现非接触式组织解离，通过微尺度'液体射流'施加精确流体动力	NA	开发高效、温和的组织解离方法以改善单细胞分析	人类肾癌组织	单细胞分析	肾癌	超音速悬浮旋转技术、流式细胞术、原代细胞培养、免疫荧光、单细胞RNA测序	NA	实验数据	NA
234	2025-09-30	Comprehensive characterization of lysosome-dependent cell death reveals prognostic significance and immune landscape in colon adenocarcinoma 2025-Sep-26, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-18267-5 PMID:41006689	研究论文	本研究全面分析了溶酶体依赖性细胞死亡相关基因在结肠腺癌中的预后价值和免疫景观特征	首次系统鉴定结肠腺癌中LDCD相关分子亚型并构建五基因预后特征，发现SLC11A1在调控肿瘤细胞增殖和侵袭中的关键作用	研究主要基于公共数据库的回顾性分析，实验验证仅限于细胞系水平	探索溶酶体依赖性细胞死亡相关基因在结肠腺癌中的预后意义和免疫调控作用	结肠腺癌患者组织和细胞系	生物信息学	结肠癌	转录组测序、单细胞RNA测序、LASSO和Cox回归分析、集落形成实验、Transwell迁移实验、Western blotting	预后特征模型	基因表达数据	来自TCGA和GEO数据库的结肠腺癌患者样本
235	2025-09-30	Decoding Gujin Luyan Xuming decoction: How ancient wisdom meets modern science in promoting angiogenesis to ameliorate cerebral infarction 2025-Sep-26, Journal of ethnopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.jep.2025.120652 PMID:41016542	研究论文	本研究解析古今录验续命汤通过RAB11A调控Wnt5a/β-catenin信号通路促进脑梗死后血管生成的分子机制	首次系统鉴定XMD的入血成分并揭示其通过RAB11A靶点调控Wnt5a/β-catenin通路促进血管生成的新机制	分子机制尚未完全阐明，需要进一步研究验证	阐明古今录验续命汤促进脑梗死后血管生成的分子机制	脑梗死模型动物和血管生成相关细胞	中医药研究	脑梗死	HPLC-MS/MS、RNA-seq、单细胞测序、网络药理学、分子对接、分子动力学模拟	NA	基因表达数据、蛋白质数据、细胞图像数据	使用公共数据集GSE137482和GSE225948，具体动物和细胞样本数量未明确说明
236	2025-09-30	Single-cell mapping of TMZ-resistant glioma reveals CXCL2/3-CXCR2-associated neutrophil communication 2025-Sep-25, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2025.152706 PMID:41016335	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析揭示了胶质母细胞瘤中与替莫唑胺耐药相关的肿瘤-中性粒细胞通讯机制	首次发现CXCL2/3-CXCR2趋化轴在胶质瘤耐药中的关键作用，并揭示了肿瘤细胞通过该信号通路与中性粒细胞建立特异性通讯	研究主要基于转录组数据分析，需要更多功能实验验证机制细节	探索胶质母细胞瘤中替莫唑胺耐药与肿瘤微环境的关联机制	胶质瘤细胞、肿瘤微环境中的免疫细胞（特别是中性粒细胞）	数字病理学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序、CellChat分析、功能验证实验	NA	转录组数据、单细胞RNA测序数据	基于已发表的大规模单细胞RNA-seq数据集
237	2025-09-30	Integrated Multiomics Analysis Identifies CDO1 as a Novel Therapeutic Target for Osteoarthritis 2025-Sep-25, Endocrine, metabolic & immune disorders drug targets DOI:10.2174/0118715303387442250918111006 PMID:41017094	研究论文	通过整合多组学分析鉴定CDO1作为骨关节炎的新型治疗靶点	首次通过整合单细胞RNA测序、批量RNA测序和WGCNA分析鉴定CDO1为骨关节炎的因果风险基因，并通过体内实验验证其治疗潜力	研究主要基于大鼠模型，需要在人类样本中进行进一步验证	识别骨关节炎进展中的关键基因和潜在治疗靶点	骨关节炎患者样本和大鼠骨关节炎模型	生物信息学	骨关节炎	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、批量RNA测序、WGCNA、孟德尔随机化分析、siRNA敲低	大鼠骨关节炎模型	基因表达数据	7个公共OA数据集和大鼠体内验证模型
238	2025-09-30	Expression patterns of desmosome family members during tooth development and the role of Desmocollin-3 in cytodifferentiation of stratum intermedium 2025-Sep-24, Archives of oral biology IF:2.2Q2 DOI:10.1016/j.archoralbio.2025.106404 PMID:41016088	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析发现桥粒蛋白家族成员在牙齿发育中的表达模式，并揭示Desmocollin-3对中间层细胞分化和成釉细胞谱系定向的重要作用	首次通过单细胞RNA测序鉴定中间层细胞特异性标志物，并揭示Dsc3在维持中间层细胞完整性和支持成釉细胞分化中的新功能	研究主要使用细胞系模型，缺乏体内实验验证；样本数量有限，仅使用出生后12天磨牙	探究桥粒蛋白家族成员在牙齿发育过程中的表达模式及Dsc3在中间层细胞分化中的功能	小鼠磨牙牙齿发育过程中的中间层细胞和SF2牙上皮细胞系	发育生物学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)，基因敲低	NA	基因表达数据，细胞形态数据	出生后12天小鼠磨牙，SF2牙上皮细胞系
239	2025-09-30	Spatiotemporal profiling reveals the impact of caloric restriction in the aging mammalian brain 2025-Sep-23, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.116165 PMID:40833855	研究论文	本研究通过单细胞转录组学和空间转录组学技术，揭示了热量限制对衰老小鼠大脑的细胞和分子影响	首次结合单细胞转录组学和空间转录组学，在时空维度上系统解析热量限制对衰老大脑的影响机制	研究仅针对小鼠模型，结果向人类转化的有效性需要进一步验证	探究热量限制在哺乳动物大脑衰老过程中的保护作用机制	36只对照和热量限制处理的小鼠大脑，涵盖三个年龄组	生物信息学	衰老相关疾病	EasySci单核转录组学、IRISeq空间转录组学	NA	转录组数据、空间转录组数据	超过50万个细胞，36只小鼠大脑，12个脑切片
240	2025-09-30	gwSPADE: gene frequency-weighted reference-free deconvolution in spatial transcriptomics 2025-Sep-23, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkaf966 PMID:41002029	研究论文	提出一种名为gwSPADE的基因频率加权无参考空间转录组解卷积方法	无需依赖外部单细胞参考数据，通过主题模型中适当的加权方案准确恢复细胞类型转录谱及其空间比例	NA	开发无参考的空间转录组数据解卷积方法以解析细胞类型组成	空间转录组数据	空间转录组学	NA	空间转录组技术	主题模型	基因计数矩阵	NA