单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
221	2025-07-12	Origin, structure, and composition of the spider major ampullate silk fiber revealed by genomics, proteomics, and single-cell and spatial transcriptomics 2024-08-16, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adn0597 PMID:39141739	研究论文	通过基因组学、蛋白质组学、单细胞和空间转录组学揭示了蜘蛛主要壶腹丝纤维的起源、结构和组成	鉴定了18种构成蜘蛛最强丝纤维的蛋白质，并揭示了腺体分泌上皮的六种细胞类型及其在三个不同腺体区域中的分布	NA	理解蜘蛛丝纤维的生物加工过程和组成	蜘蛛主要壶腹丝纤维	生物材料	NA	基因组学、蛋白质组学、单细胞RNA测序、空间转录组学	NA	基因组数据、蛋白质组数据、转录组数据、图像数据	NA
222	2025-07-12	Nanos2 marks precursors of somatic lineages and is required for germline formation in the sea anemone Nematostella vectensis 2024-08-16, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.ado0424 PMID:39151009	研究论文	本研究通过转基因报告基因和单细胞转录组学技术，在海葵中鉴定出表达生殖系相关标记的细胞群体，并发现Nanos2对生殖系形成不可或缺	揭示了Nanos2在刺胞动物体细胞和生殖系干细胞中的保守作用，为刺胞动物干细胞系统的共同进化起源提供了证据	研究仅针对海葵Nematostella vectensis，未涵盖其他刺胞动物物种	表征刺胞动物中保守的干细胞标记基因	海葵Nematostella vectensis	发育生物学	NA	转基因报告基因、单细胞转录组学、基因敲除	NA	基因表达数据	NA
223	2025-07-12	RAS/RAF landscape in monoclonal plasma cell conditions 2024-07-11, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2023022295 PMID:38643494	research paper	该研究分析了超过10,000名不同浆细胞疾病患者的RAS/RAF通路突变情况，揭示了其在多发性骨髓瘤中的分子异质性	首次在大规模浆细胞疾病患者队列中描述了RAS/RAF突变景观，并通过单细胞测序证实突变主要发生在不同亚克隆中	研究主要基于诊断或复发时的突变情况，对疾病进展过程中的动态变化缺乏长期追踪	阐明浆细胞疾病中RAS/RAF通路的突变特征及其临床意义	10,000多名不同浆细胞疾病患者	肿瘤基因组学	多发性骨髓瘤	NGS, 单细胞测序	NA	基因组测序数据	>10,000例患者（包括29例进行单细胞测序）
224	2025-07-12	Exploring the immune landscape and drug prediction of an M2 tumor-associated macrophage-related gene signature in EGFR-negative lung adenocarcinoma 2024-07, Thoracic cancer IF:2.3Q2 DOI:10.1111/1759-7714.15375 PMID:38886907	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，构建了一个基于M2型肿瘤相关巨噬细胞的预后特征，以揭示EGFR阴性肺腺癌的免疫景观并筛选药物	构建了一个基于M2-TAM的预后特征，探索了EGFR阴性LUAD的免疫景观，并预测患者对免疫治疗的反应	研究仅基于RNA测序数据，未考虑其他可能的分子机制	提高EGFR阴性肺腺癌患者的免疫治疗效果	EGFR阴性肺腺癌患者	数字病理学	肺癌	scRNA-seq, bulk RNA-seq	LASSO回归分析	RNA测序数据	NA
225	2025-07-12	Unleashed monocytic engagement in Sézary syndrome during the combination of anti-CCR4 antibody with type I interferon 2024-05-28, Blood advances IF:7.4Q1 DOI:10.1182/bloodadvances.2023010043 PMID:38489234	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析和高通量T细胞受体测序，揭示了Sézary综合征（SS）中恶性CD4+ T细胞的免疫学转变及其与单细胞功能失调的关系	发现I型干扰素与抗CCR4抗体联合使用可激活单细胞吞噬作用并清除Sézary细胞，为SS治疗提供了新的靶向联合疗法	研究主要基于体外实验和小规模患者数据，需要更大规模的临床试验验证	探索Sézary综合征的发病机制及优化治疗方案	恶性CD4+ T细胞和功能失调的单细胞	免疫学	Sézary综合征	单细胞转录组分析, 高通量T细胞受体测序	NA	转录组数据, 临床数据	未明确说明患者数量
226	2025-07-12	High-throughput RNA isoform sequencing using programmed cDNA concatenation 2024-Apr, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-023-01815-7 PMID:37291427	研究论文	介绍了一种名为MAS-ISO-seq的高通量RNA异构体测序技术，通过编程方式连接cDNA以提高长读长测序的通量	提出了一种新的技术MAS-ISO-seq，能够将cDNA编程连接成适合长读长测序的分子，使测序通量提高了15倍以上	NA	提高RNA异构体测序的通量，以更高效地捕获完整的转录异构体	互补DNA（cDNA）和肿瘤浸润T细胞的单细胞RNA测序	基因组学	肿瘤	MAS-ISO-seq，长读长测序	NA	RNA测序数据	每次测序运行产生近4000万cDNA读取
227	2025-07-12	Thyroid hormone receptor α1: a novel regulator of thyroid cancer cell differentiation 2023-10, Oncogene IF:6.9Q1 DOI:10.1038/s41388-023-02815-2 PMID:37634007	研究论文	研究甲状腺激素受体α1（TRα1）在甲状腺癌细胞分化中的新调控作用	首次发现TRα1通过调控PAX8基因表达，促进未分化甲状腺癌（ATC）细胞向分化状态转变	研究仅基于两种ATC细胞系和小样本TCGA数据分析，未进行体内实验验证	阐明TRα1在甲状腺癌中的功能机制及其治疗潜力	未分化甲状腺癌（ATC）细胞系THJ-11T和THJ-16T	癌症生物学	甲状腺癌	单细胞转录组测序（scRNA-seq）、TCGA数据分析	NA	基因表达数据、单细胞转录组数据	2种ATC细胞系（THJ-11T和THJ-16T）的多个克隆
228	2025-07-12	Single-cell transcriptome analysis reveals a cancer-associated fibroblast marker gene signature in hepatocellular carcinoma that predicts prognosis 2023-Mar, ILIVER.. DOI:10.1016/j.iliver.2022.12.002 PMID:40636406	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示了肝细胞癌中癌症相关成纤维细胞的标记基因特征，该特征可预测预后	创建了一个预后相关的CAF标记基因特征（CAFMGS），为CAFs作为预后因素和治疗靶点的效用提供了新视角	CAFs在癌症发展过程中动态变化，当前针对CAFs的治疗策略大多失败	研究CAFs作为肝细胞癌预后因素和治疗靶点的效用	肝细胞癌（HCC）中的癌症相关成纤维细胞（CAFs）	数字病理学	肝细胞癌	单细胞RNA测序（Sc-RNA-seq）	CAFMGS模型	基因表达数据	使用GEO和TCGA数据库的数据，ICGC数据集用于验证
229	2025-07-11	Comparison of single-cell long-read and short-read transcriptome sequencing via cDNA molecule matching: quality evaluation of the MAS-ISO-seq approach 2025-Sep, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqaf089 PMID:40630932	研究论文	比较单细胞长读长和短读长转录组测序方法，评估MAS-ISO-seq方法的质量	通过cDNA分子匹配比较长读长和短读长测序方法，揭示了两种方法在转录本恢复和基因表达分析中的偏差	研究仅基于10x Genomics 3' cDNA样本，可能不适用于其他类型的样本或测序平台	评估长读长和短读长单细胞RNA测序方法的可比性及其在转录本恢复和基因表达分析中的偏差	单细胞RNA测序数据	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq），长读长测序（Pacific Biosciences），短读长测序（Illumina）	NA	转录组数据	相同10x Genomics 3' cDNA样本的长读长和短读长测序数据
230	2025-07-11	Identify critical genes of breast cancer and corresponding leading natural product compounds of potential therapeutic targets 2025-Aug, Molecular diversity IF:3.9Q2 DOI:10.1007/s11030-024-11035-z PMID:39656376	研究论文	通过多组学研究识别乳腺癌的关键基因及潜在天然产物治疗靶点	采用多组学方法（WGCNA、差异基因表达分析、ChIP-seq、scRNA-seq和空间转录组学）综合识别乳腺癌关键基因，并通过大规模虚拟筛选发现靶向SQLE的天然产物化合物	未提及具体样本量及临床验证阶段的局限性	识别乳腺癌的关键基因、治疗靶点及潜在天然产物疗法	乳腺癌细胞系及天然产物化合物	生物信息学	乳腺癌	WGCNA, ChIP-seq, scRNA-seq, 空间转录组学, 虚拟筛选	NA	基因表达数据、表观遗传数据、单细胞转录组数据、空间转录组数据	NA
231	2025-07-11	RNA binding proteins PCBP1 and PCBP2 regulate pancreatic β cell translation 2025-Aug, Molecular metabolism IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.molmet.2025.102175 PMID:40451383	研究论文	研究RNA结合蛋白PCBP1和PCBP2在调节胰腺β细胞翻译中的作用	揭示了PCBP1和PCBP2在维持β细胞mRNA翻译和葡萄糖稳态中的关键作用，特别是通过结合和稳定核心翻译起始因子和核糖体mRNAs	研究主要基于小鼠模型，结果在人类β细胞中的适用性尚需进一步验证	探究PCBP1和PCBP2在β细胞稳态和翻译调控中的关系	胰腺β细胞	分子生物学	糖尿病	单细胞RNA测序、qRT-PCR、western blot、RNA免疫沉淀、CRISPR-Cas9、shRNA、嘌呤霉素标记	NA	RNA序列数据、蛋白质数据	小鼠β细胞特异性缺失Pcbp1和Pcbp1/2的小鼠模型
232	2025-07-11	METRNL represses beta-to-alpha cell trans-differentiation to maintain beta cell function under diabetic metabolic stress in mice 2025-Aug, Diabetologia IF:8.4Q1 DOI:10.1007/s00125-025-06459-7 PMID:40495021	研究论文	本研究探讨了METRNL蛋白在糖尿病代谢压力下维持β细胞功能和防止β细胞向α细胞转分化中的作用	首次揭示了METRNL在维持β细胞完整性和功能中的关键作用，特别是在代谢压力下防止β细胞向α细胞转分化	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	研究METRNL在糖尿病中维持β细胞功能和身份的作用	小鼠β细胞	糖尿病研究	糖尿病	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 葡萄糖刺激胰岛素分泌(GSIS)测定	基因敲除小鼠模型	基因表达数据, 蛋白质数据	未明确说明具体数量，但使用了多种小鼠模型(正常饮食、高脂饮食、db/db小鼠)
233	2025-07-11	FAM83A Promotes the Progression and Metastasis of Head and Neck Squamous Cell Carcinoma via PKM2-Mediated Aerobic Glycolysis 2025-Jul-31, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202500989RR PMID:40637278	研究论文	本研究首次探讨了FAM83A与PKM2在头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）中的关系，揭示了FAM83A通过PKM2介导的有氧糖酵解促进HNSCC的进展和转移	首次发现FAM83A通过激活Wnt/β-catenin信号通路促进PKM2的转录激活，进而调控HNSCC的糖代谢重编程	研究主要基于体外实验和动物模型，临床样本验证仍需进一步扩大	探究FAM83A在HNSCC代谢中的作用及其与PKM2的调控关系	头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）	肿瘤代谢	头颈部鳞状细胞癌	单细胞RNA测序、RNA测序分析	NA	基因表达数据、临床样本数据	HNSCC临床样本及小鼠模型
234	2025-07-11	The mechanism of Akkermansia muciniphila inhibiting the proliferation of colorectal cancer cells via ferroptosis 2025-Jul-10, Clinical & translational oncology : official publication of the Federation of Spanish Oncology Societies and of the National Cancer Institute of Mexico IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12094-025-03984-0 PMID:40637947	研究论文	本研究探讨了Akkermansia muciniphila通过铁死亡途径抑制结直肠癌细胞增殖的机制	首次揭示了Akkermansia muciniphila代谢物通过铁死亡途径抑制结直肠癌细胞增殖的具体机制	研究仅使用了Caco-2细胞系，未进行体内实验验证	阐明Akkermansia muciniphila抑制结直肠癌细胞增殖的分子机制	Caco-2结直肠癌细胞系	肿瘤生物学	结直肠癌	单细胞转录组分析、流式细胞术、细胞划痕实验	NA	细胞实验数据	使用Caco-2细胞系进行的体外实验
235	2025-07-11	Myeloid MAS-driven macrophage efferocytosis promotes resolution in ischemia-stressed mouse and human livers 2025-Jul-09, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adr2725 PMID:40632838	研究论文	本研究探讨了MAS受体在骨髓细胞先天免疫和维持肝组织稳态中的具体作用，特别是在肝脏缺血再灌注损伤（LIRI）中的保护机制	揭示了MAS受体通过PKA/CREB信号通路调控KLF4/MERTK轴在巨噬细胞胞葬作用中的新机制，并证明了其在人和小鼠缺血应激肝脏中的治疗潜力	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证相对有限	阐明MAS受体在肝脏缺血再灌注损伤中的保护机制	小鼠和人类缺血应激肝脏中的巨噬细胞和衰老中性粒细胞	分子生物学与免疫学	肝脏疾病	单细胞RNA测序、空间转录组学、活体成像	基因敲除小鼠模型	基因表达数据、影像数据	未明确说明具体样本数量，但涉及基因修饰小鼠和人类肝脏样本
236	2025-07-11	STING agonists drive recruitment and intrinsic type I interferon responses in monocytic lineage cells for optimal anti-tumor immunity 2025-Jul-09, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950) DOI:10.1093/jimmun/vkaf131 PMID:40633091	研究论文	本研究探讨了单核细胞谱系细胞在STING激动剂诱导的IFN-I信号传导中的作用及其在抗肿瘤免疫中的关键功能	揭示了STING激动剂通过CCR5依赖性迁移机制招募单核细胞谱系细胞，并促进其获得炎症性单核细胞表型，进而增强CD8+ T细胞抗肿瘤反应	研究主要基于小鼠模型，临床转化效果尚需进一步验证	阐明单核细胞谱系细胞在STING激动剂诱导的抗肿瘤免疫应答中的作用机制	单核细胞谱系细胞(MCs)及其与CD8+ T细胞或自然杀伤细胞的相互作用	肿瘤免疫学	黑色素瘤	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	CCR2缺陷小鼠模型、Lyz2-Cre-IFNAR1fl/fl小鼠模型	基因表达数据	MC38和B16F10肿瘤小鼠模型
237	2025-07-11	Guard cells on the adaxial and abaxial leaf surfaces use different compositions of potassium ion channels to drive light-induced stomatal opening 2025-Jul-09, Nature plants IF:15.8Q1 DOI:10.1038/s41477-025-02026-5 PMID:40634560	研究论文	本研究探讨了草本植物叶片上下表面气孔对光响应差异的分子机制	揭示了上下表皮保卫细胞利用不同钾离子通道驱动光诱导气孔开放的分子机制	研究仅使用了拟南芥和烟草两种模式植物，结果在其他植物中的普适性有待验证	探究植物叶片上下表面气孔对光响应差异的分子基础	拟南芥和烟草的保卫细胞	植物分子生物学	NA	单细胞RNA测序、转录组测序、OnGuard计算机模拟	NA	基因表达数据	两种模式植物(拟南芥和烟草)的保卫细胞
238	2025-07-11	Comprehensive molecular characterization of craniopharyngiomas using whole transcriptome and spatial transcriptomics approaches 2025-Jul-09, Brain tumor pathology IF:2.7Q2 DOI:10.1007/s10014-025-00509-z PMID:40634824	研究论文	本研究通过全转录组和空间转录组学方法对颅咽管瘤进行了全面的分子特征分析	首次结合全转录组测序和高分辨率空间转录组学技术，全面分析颅咽管瘤的分子差异	样本量相对较小（24个肿瘤样本），且健康垂体数据来自公共数据库	阐明颅咽管瘤两种亚型的分子差异，为诊断和治疗提供依据	颅咽管瘤（包括ACP和PCP亚型）和健康垂体组织	分子病理学	颅咽管瘤	全转录组测序、空间转录组学、RNA测序、Sanger测序	CTAT突变分析流程	转录组数据、空间基因表达数据	24个肿瘤样本（来自患者）和GTEx数据库中的健康垂体数据
239	2025-07-11	UBE2D1 as a key biomarker in systemic juvenile idiopathic arthritis: a new perspective on diagnosis and disease activity assessment 2025-Jul-09, Arthritis research & therapy IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s13075-025-03606-8 PMID:40635084	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和批量RNA测序，发现UBE2D1作为系统性幼年特发性关节炎(sJIA)的潜在生物标志物，并探讨其在疾病活动性评估中的作用	首次将UBE2D1与sJIA的疾病活动性水平联系起来，并揭示其通过激活NLRs通路促进疾病进展的机制	研究结果需要进一步验证，且样本来自中国人群，可能限制结果的普适性	寻找sJIA的非侵入性生物标志物以提高早期诊断效率	系统性幼年特发性关节炎(sJIA)患者的外周血单个核细胞(PBMCs)	数字病理学	幼年特发性关节炎	scRNA-seq, Bulk RNA-seq, Western blot, Co-IP	NA	RNA测序数据, 蛋白质数据	中国sJIA队列的PBMCs样本
240	2025-07-11	KAT6A Promotes Macrophage Inflammation and Periodontitis 2025-Jul-09, Journal of clinical periodontology IF:5.8Q1 DOI:10.1111/jcpe.14203 PMID:40635126	研究论文	本研究探讨了KAT6A在牙周炎中通过调控巨噬细胞炎症反应的作用机制	首次揭示了KAT6A通过调节巨噬细胞表型影响牙周炎进展的分子机制，并发现其通过H3K27乙酰化调控炎症基因表达	研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性需要进一步验证	探究KAT6A在牙周炎发病机制中的作用	巨噬细胞和牙周炎小鼠模型	表观遗传学与免疫学	牙周炎	单细胞RNA测序、qRT-PCR、RNA-seq、流式细胞术、Cut&tag技术	基因敲除小鼠模型	基因表达数据、表观遗传数据、细胞表型数据	未明确说明样本量，使用基因敲除小鼠和野生型对照小鼠