单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
221	2025-05-18	Single-cell RNA sequencing reveals immunological link between house dust mite allergy and childhood asthma 2025-May-14, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-01538-6 PMID:40368964	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了儿童哮喘与屋尘螨过敏之间的免疫学联系，并探索了潜在的诊断标志物	首次在单细胞分辨率下揭示了屋尘螨过敏儿童哮喘的免疫特征，并鉴定了HLA-DR和HLA-DP作为主要标志受体	样本量较小（仅8名儿童），且年龄范围有限（4-11岁）	探索屋尘螨过敏儿童哮喘的免疫学特征，寻找潜在的诊断标志物	屋尘螨过敏的哮喘儿童	免疫学	哮喘	单细胞RNA测序	LASSO回归	基因表达数据	8名4-11岁的经医生诊断的哮喘儿童
222	2025-05-18	Taurine from tumour niche drives glycolysis to promote leukaemogenesis 2025-May-14, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-09018-7 PMID:40369079	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序技术揭示了骨髓基质微环境中的牛磺酸-牛磺酸转运体(TAUT)轴在促进白血病干细胞(LSCs)生长和白血病发生中的关键作用	首次系统描绘了白血病进展过程中基质信号的时序变化，并鉴定出牛磺酸作为髓系恶性肿瘤的关键调节因子	研究主要聚焦于髓系白血病，对其他类型白血病的适用性尚不明确	探索骨髓微环境信号在白血病发生发展中的作用机制	白血病干细胞(LSCs)和骨髓基质细胞	癌症生物学	急性髓系白血病(AML)	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、CRISPR筛选、多组学分析	TAUT功能缺失小鼠模型	单细胞转录组数据、CRISPR筛选数据、多组学数据	患者来源的AML细胞和小鼠模型
223	2025-05-18	The surface protein Gbp of Fusobacterium nucleatum inhibits osteogenic differentiation by inactivating the Wnt/β-catenin pathway via binding to Annexin A2 2025-May-14, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06569-1 PMID:40369630	研究论文	本研究揭示了具核梭杆菌及其效应蛋白Gbp通过结合ANXA2抑制Wnt/β-catenin通路，从而破坏成骨细胞分化的机制	首次发现具核梭杆菌的Gbp蛋白通过结合宿主蛋白ANXA2抑制Wnt/β-catenin通路，揭示了牙周炎中成骨功能障碍的新机制	研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验，人体内的实际作用机制仍需进一步验证	阐明牙周炎中成骨细胞功能障碍的细胞和分子机制	具核梭杆菌(Fn)及其效应蛋白Gbp对成骨细胞分化的影响	分子生物学	牙周炎	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、基因集富集分析(GSEA)、蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络分析	小鼠实验性牙周炎模型	RNA测序数据、蛋白质相互作用数据	人类牙龈组织样本(牙周炎患者和健康对照)、小鼠模型、原代成骨细胞培养
224	2025-05-18	Disrupting lipid homeostasis with CAV2 in OSCC triggers apoptosis, lipolysis, and mitochondrial dysfunction by transcriptional repression of PPARγ 2025-May-14, Cell & bioscience DOI:10.1186/s13578-025-01399-6 PMID:40369665	研究论文	本研究探讨了CAV2在口腔鳞状细胞癌(OSCC)脂质稳态和进展中的作用，揭示了其通过转录抑制PPARγ触发细胞凋亡、脂解和线粒体功能障碍的机制	首次揭示了CAV2通过PPARγ/NCOR1轴调控OSCC脂质代谢的分子机制，并发现PPARγ反向激动剂T0070907可增强CAV2敲除的治疗效果	研究主要基于细胞和小鼠模型，临床转化潜力需要进一步验证	探究CAV2在OSCC脂质代谢异常和肿瘤进展中的分子机制	口腔鳞状细胞癌细胞系和裸鼠移植瘤模型	癌症生物学	口腔鳞状细胞癌	转录组测序、单细胞测序、RNA测序、脂质组学、分子对接、Seahorse线粒体功能分析	shRNA基因敲低模型	基因表达数据、脂质组数据、线粒体功能数据	未明确说明细胞系数量，使用裸鼠进行体内实验
225	2025-05-18	The impact of breast radiotherapy on the tumor genome and immune ecosystem 2025-May-14, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115703 PMID:40378044	研究论文	研究乳腺癌放疗对肿瘤基因组和免疫微环境的影响	通过单细胞DNA测序和RNA测序技术，揭示了放疗对ER阳性乳腺癌患者肿瘤微环境中免疫细胞和肿瘤细胞亚克隆的选择性影响	样本量较小（20例患者），且仅针对ER阳性乳腺癌患者	探索放疗如何调节乳腺癌肿瘤微环境	雌激素受体阳性（ER）乳腺癌患者	肿瘤学	乳腺癌	单细胞DNA测序（scDNA-seq）和单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞测序数据	20例ER阳性乳腺癌患者，其中8例进行scDNA-seq，11例进行scRNA-seq
226	2025-05-18	A Cold-Active Protease Tissue Dissociation Protocol for the Preservation of the Tendon Fibroblast Transcriptome 2025-May-05, Bio-protocol IF:1.0Q3 DOI:10.21769/BioProtoc.5293 PMID:40364987	research paper	本文提出了一种使用冷活性蛋白酶在4°C下解离组织的方案，以保护肌腱成纤维细胞的转录组	使用冷活性蛋白酶在低温下解离组织，减少转录细胞应激，提高RNA测序数据的质量	研究主要针对斑马鱼的肌腱和韧带，对其他组织和物种的适用性尚待验证	开发一种减少转录伪影的组织解离方法，以更好地反映体内组织微环境	斑马鱼的肌腱和韧带	digital pathology	NA	bulk RNA sequencing	NA	RNA-seq数据	斑马鱼肌腱和韧带组织
227	2025-05-18	Targeting HPV for the prevention, diagnosis, and treatment of cervical cancer 2025-May-02, Journal of molecular cell biology IF:5.3Q2 DOI:10.1093/jmcb/mjae046 PMID:39402008	综述	本文综述了人乳头瘤病毒（HPV）在宫颈癌预防、诊断和治疗中的关键作用，重点介绍了筛查和疾病干预的最新进展	整合HPV检测与现有方法（如宫颈细胞学和视觉检查）以提高筛查的敏感性和特异性，以及利用HPV感染相关生物标志物进行个性化干预	NA	探讨HPV在宫颈癌预防、诊断和治疗中的作用	宫颈癌及其与HPV感染的关系	医学研究	宫颈癌	单细胞RNA测序分析、类器官模型开发	NA	NA	NA
228	2025-05-18	Single-cell transcriptomics reveals extracellular matrix remodeling and collagen dynamics during lactation in sheep mammary gland 2025-May-02, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.143669 PMID:40319976	研究论文	利用单细胞转录组学技术研究了绵羊乳腺在哺乳期间的细胞结构和分子机制，特别是细胞外基质重塑和胶原蛋白动态变化	首次在绵羊乳腺中应用单细胞转录组学技术，揭示了哺乳期间细胞外基质重塑的关键机制和细胞间互作	研究仅针对产后60天和150天两个时间点，未能全面覆盖整个哺乳期的动态变化	探究绵羊乳腺在哺乳期间的细胞结构和分子机制，特别是细胞外基质重塑过程	绵羊乳腺组织	单细胞生物学	NA	scRNA-seq(单细胞转录组测序)	NA	单细胞转录组数据	产后60天和150天的绵羊乳腺组织样本
229	2025-05-18	High-Viability Circulating Tumor Cells Sorting From Whole Blood at Single Cell Level Using Laser-Induced Forward Transfer-Assisted Microfiltration 2025-May, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202414195 PMID:39868845	research paper	该研究开发了一种激光诱导前向转移辅助微滤系统（LIFT-AMFS），用于从全血中高效富集和回收高活性的循环肿瘤细胞（CTCs）	采用激光诱导前向转移辅助微滤系统（LIFT-AMFS）和双步微滤器（DSMF）设计，实现了高捕获效率和高细胞活性的单细胞回收	NA	开发一种高效分离和分子分析循环肿瘤细胞（CTCs）的方法，以促进肿瘤转移研究和个性化治疗	循环肿瘤细胞（CTCs）	生物医学工程	肿瘤	激光诱导前向转移（LIFT）、微滤、RNA测序	NA	细胞样本、RNA测序数据	NA
230	2025-05-18	Dissecting the Spatial and Single-Cell Transcriptomic Architecture of Cancer Stem Cell Niche Driving Tumor Progression in Gastric Cancer 2025-May, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202413019 PMID:39950944	研究论文	本文通过空间和单细胞RNA测序技术，解析了胃癌中癌症干细胞（CSCs）微环境的转录组架构及其在肿瘤进展中的作用	揭示了CSCs微环境中肿瘤上皮的表型可塑性及从成熟胃主细胞到CSC状态的转录轨迹，发现了iCAFs通过AREG-ERBB2轴促进肿瘤干细胞性和耐药性的新机制	样本量相对较小（32例），且仅关注了胃癌，结果在其他癌症类型中的普适性有待验证	解析胃癌中CSCs微环境的转录组特征及其在肿瘤干细胞性和进展中的作用机制	人类胃黏膜组织（32例，不同恶性阶段）	数字病理学	胃癌	空间RNA测序，单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	32例人类胃黏膜组织
231	2025-05-18	Spatiotemporal Transcriptomic Profiling Reveals the Dynamic Immunological Landscape of Alveolar Echinococcosis 2025-May, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202405914 PMID:39985260	research paper	该研究通过整合bulk RNA-seq、scRNA-seq和空间转录组技术，揭示了多房棘球蚴感染的宿主免疫反应机制	首次提供了多房棘球蚴感染病灶的高分辨率空间图谱，并阐明了中性粒细胞、Spp1巨噬细胞和成纤维细胞在疾病进展中的功能作用	研究仅基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探究多房棘球蚴感染的宿主免疫反应机制	感染多房棘球蚴的小鼠肝脏样本	digital pathology	echinococcosis	bulk RNA-seq, scRNA-seq, spatial transcriptomics	NA	RNA-seq数据	感染后多个时间点（最长15个月）的小鼠肝脏样本
232	2025-05-18	Citrullination of NF-κB p65 by PAD2 as a Novel Therapeutic Target for Modulating Macrophage Polarization in Acute Lung Injury 2025-May, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202413253 PMID:40087815	研究论文	本文研究了PAD2通过瓜氨酸化NF-κB p65调控巨噬细胞极化在铜绿假单胞菌诱导的急性肺损伤中的作用，并开发了一种基于金纳米颗粒的靶向治疗策略	发现NF-κB p65上的新瓜氨酸化位点R171，并开发了一种结合PAD2抑制剂和ICAM-1抗体的金纳米颗粒靶向治疗策略	研究主要针对铜绿假单胞菌诱导的急性肺损伤，对其他病原体或肺损伤模型的适用性尚不明确	探索PAD2介导的瓜氨酸化在巨噬细胞极化中的作用，并开发针对急性肺损伤的新型纳米治疗方法	巨噬细胞极化、急性肺损伤	纳米医学	急性肺损伤	单细胞RNA测序、质谱蛋白质组学	NA	RNA测序数据、蛋白质组数据	NA
233	2025-05-18	PLXDC1+ Tumor-Associated Pancreatic Stellate Cells Promote Desmoplastic and Immunosuppressive Niche in Pancreatic Ductal Adenocarcinoma 2025-May, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202415756 PMID:40091495	研究论文	本研究通过RNA测序和ATAC-seq技术分析了胰腺星状细胞（PSCs）在胰腺导管腺癌（PDAC）中的转录和表观遗传激活，揭示了其在肿瘤微环境中的异质性和功能	首次通过单细胞和空间转录组学结合ATAC-seq技术，系统鉴定了PDAC中PSCs的异质性及其在免疫抑制和纤维化微环境形成中的作用，特别是PLXDC1+ TPSCs的功能	研究主要基于转录组和表观遗传学分析，缺乏直接的体内功能验证实验	探究胰腺星状细胞在胰腺导管腺癌进展和治疗抵抗中的具体功能	胰腺星状细胞（PSCs）及其在PDAC肿瘤微环境中的亚群	肿瘤微环境研究	胰腺导管腺癌	RNA测序, ATAC-seq, 单细胞转录组测序, 空间转录组, 原位测序	NA	转录组数据, 表观遗传数据	来自PDAC组织和邻近正常组织的PSCs样本
234	2025-05-18	Single-cell transcription reveals hepatocyte-to-cholangiocyte reprogramming and biliary gene profile in biliary atresia 2025-May-01, Hepatology communications IF:5.6Q1 DOI:10.1097/HC9.0000000000000710 PMID:40366121	research paper	该研究通过单细胞RNA测序揭示了胆道闭锁中肝细胞向胆管细胞的重新编程过程及胆管基因特征	首次在胆道闭锁中发现肝细胞向胆管细胞的重新编程现象，并鉴定了胆管特异性标记物和转录因子	样本量较小（4例BA和3例正常对照）	解析胆道闭锁中胆管反应的细胞来源和功能	胆道闭锁患者的肝脏上皮细胞	digital pathology	biliary atresia	scRNA-seq	NA	RNA sequencing data	4例胆道闭锁和3例正常对照肝脏样本
235	2025-05-18	Development and validation of tryptophan metabolism-related risk model and molecular subtypes for predicting postoperative biochemical recurrence in prostate cancer 2025-Apr-30, Translational andrology and urology IF:1.9Q3 DOI:10.21037/tau-2025-39 PMID:40376539	研究论文	本研究开发并验证了基于色氨酸代谢的风险模型和分子亚型，用于预测前列腺癌患者术后生化复发	首次将色氨酸代谢相关基因与前列腺癌术后生化复发风险预测相结合，并构建了分子亚型分类	研究主要基于TCGA数据库，需要更多外部数据验证模型的普适性	开发前列腺癌术后生化复发的预测工具	前列腺癌患者	数字病理学	前列腺癌	差异表达分析、单变量Cox分析、LASSO回归、免疫组化、单细胞测序	多变量Cox回归模型、共识聚类	基因表达数据	TCGA-PRAD数据集中的421例前列腺癌患者
236	2025-05-18	Cold-Induced DHRS4 Promotes Thermogenesis via Enhanced Fatty Acid β-Oxidation in Porcine Subcutaneous Adipocytes 2025-Apr-22, Animals : an open access journal from MDPI IF:2.7Q1 DOI:10.3390/ani15091190 PMID:40362005	研究论文	研究通过单细胞RNA测序和批量转录组分析，揭示了猪皮下脂肪组织在冷暴露下通过上调DHRS4表达促进脂肪酸β氧化和产热能力的机制	首次在缺乏经典棕色脂肪组织的大型哺乳动物（猪）中，发现冷诱导的DHRS4通过表观遗传调控促进脂肪酸β氧化和产热能力的新机制	研究仅关注了皮下脂肪组织，未涉及其他脂肪库或组织的适应性反应	探究大型哺乳动物（特别是猪）在冷暴露下脂肪组织适应性代谢重编程的表观遗传机制	猪皮下脂肪组织（subWAT）	表观遗传学	NA	单细胞RNA测序，批量转录组分析	NA	RNA测序数据	未明确说明样本数量，使用猪冷暴露模型
237	2025-05-18	Integrative single-cell analysis reveals transcriptional and epigenetic regulatory features of human developmental dysplasia of the hip 2025-Mar-26, Osteoarthritis and cartilage IF:7.2Q1 DOI:10.1016/j.joca.2025.02.788 PMID:40154730	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和单细胞转座酶可及染色质测序的整合分析，揭示了人类发育性髋关节发育不良（DDH）的转录和表观遗传调控特征	发现了DDH软骨中七种分子上不同的软骨细胞群体，包括一种具有独特分子特征的新型炎症性软骨细胞群体，并重建了软骨细胞的分化轨迹	NA	了解DDH发展过程中涉及的特定软骨细胞组成，识别DDH预测的有效生物标志物，并阐明驱动DDH进展的基因调控元件	人类发育性髋关节发育不良（DDH）	表观遗传学	髋关节发育不良	单细胞RNA测序（scRNA-seq），单细胞转座酶可及染色质测序（scATAC-seq），免疫组织化学检测	NA	单细胞转录组数据，染色质可及性数据	NA
238	2025-05-18	Spatially resolved mapping of cells associated with human complex traits 2025-Mar-19, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-08757-x PMID:40108460	研究论文	本文提出了一种名为gsMap的方法，通过整合空间转录组数据和全基因组关联研究的汇总统计数据，以空间分辨率的方式将细胞映射到人类复杂性状（包括疾病）	提出了一种新的方法gsMap，能够以空间分辨率的方式将细胞映射到人类复杂性状，并揭示了与精神分裂症和抑郁症相关的谷氨酸能神经元在空间分布上的差异	研究主要基于胚胎空间转录组数据集，可能无法完全代表成年个体的复杂性状	开发一种方法，用于空间解析地映射与人类复杂性状相关的细胞	人类复杂性状（包括疾病）相关的细胞	空间转录组学	精神分裂症, 抑郁症	空间转录组学, 全基因组关联研究	gsMap	空间转录组数据, 基因组数据	覆盖25个器官的胚胎空间转录组数据集
239	2025-05-18	Continuous replenishment of the dysfunctional CD8 T cell axis is associated with response to chemoimmunotherapy in advanced breast cancer 2025-Mar-18, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2025.101973 PMID:39983715	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序和T细胞受体测序，分析了接受化疗和免疫检查点阻断治疗的转移性三阴性乳腺癌患者的免疫特征	研究发现晚期功能障碍的CD8 T细胞克隆扩增与治疗反应相关，并提出了基线克隆扩增作为潜在反应预测因子	样本量较小(27例患者)，且仅针对三阴性乳腺癌	探索肿瘤免疫特征如何决定对化疗免疫治疗的免疫和临床反应	转移性三阴性乳腺癌患者	肿瘤免疫学	乳腺癌	scRNA-seq, scTCR-seq	NA	单细胞测序数据	27例患者的40份活检样本
240	2025-05-18	Systematic reconstruction of molecular pathway signatures using scalable single-cell perturbation screens 2025-Mar, Nature cell biology IF:17.3Q1 DOI:10.1038/s41556-025-01622-z PMID:40011560	研究论文	利用可扩展的单细胞扰动筛选系统重建分子通路特征	引入了改进的计算框架Mixscale以解决扰动效率中的细胞变异问题，并优化了统计方法来学习差异表达基因列表和保守分子特征	NA	预测因果调控关系并增强对信号调节因子及其靶标的理解	信号调节因子及其靶标	功能基因组学	NA	Perturb-seq, 组合索引, 下一代测序	Mixscale	单细胞测序数据	超过1,500个扰动，分布在六种细胞系和五种生物信号环境中