单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 30851 篇文献，本页显示第 221 - 240 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 221 | 2025-09-09 |
Astaxanthin promotes in vitro maturation of mouse oocytes by regulating mitochondrial functions and protein homeostasis†
2025-Aug-13, Biology of reproduction
IF:3.1Q2
DOI:10.1093/biolre/ioaf107
PMID:40324205
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研究论文 | 本研究探讨虾青素通过调节线粒体功能和蛋白质稳态促进小鼠卵母细胞体外成熟 | 首次报道虾青素在卵母细胞体外成熟中的作用，并采用单细胞转录组测序和微蛋白质组学揭示其作用机制 | 研究仅限于小鼠模型，未涉及其他物种或临床前试验 | 提高小鼠卵母细胞体外成熟质量及早期胚胎发育能力 | 小鼠卵母细胞 | 生殖生物学 | NA | 单细胞转录组测序, 微蛋白质组学, 透明带激光打孔辅助体外受精 | NA | 转录组数据, 蛋白质组数据 | 小鼠卵母细胞样本（具体数量未明确说明） |
| 222 | 2025-07-06 |
Developmental cues from epicardial cells simultaneously promote cardiomyocyte proliferation and electrochemical maturation
2025-Aug-12, Stem cell reports
IF:5.9Q2
DOI:10.1016/j.stemcr.2025.102572
PMID:40614731
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研究论文 | 研究探讨心外膜细胞如何同时促进心肌细胞增殖和电化学成熟 | 通过共培养hiPSC-CM与EPCs及EPD-FBs，揭示了心肌细胞增殖与成熟之间的新关系 | 3D-EHTs中的增殖效果有限，且研究未涉及体内环境验证 | 探究心外膜细胞对心肌细胞增殖和成熟的影响 | 人类诱导多能干细胞衍生的心肌细胞(hiPSC-CMs)和心外膜细胞(EPCs) | 细胞生物学 | 心血管疾病 | 单细胞转录组学、2D共培养、3D工程心脏组织(EHTs) | NA | 基因表达数据、电生理数据 | NA |
| 223 | 2025-09-09 |
A clonally expanded nodal T-cell population diagnosed as T-cell lymphoma after CAR-T therapy
2025-Aug-12, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-62709-7
PMID:40796743
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研究论文 | 报道一例CAR-T治疗后出现T细胞淋巴瘤的克隆性扩增淋巴结T细胞群体 | 首次结合基因组测序和单细胞空间转录组学揭示CAR-T后T细胞淋巴瘤的克隆特征和空间分布 | 单病例报告，样本量有限 | 探讨CAR-T治疗后继发T细胞恶性肿瘤的分子特征 | 弥漫性大B细胞淋巴瘤患者 | 数字病理学 | 淋巴瘤 | 基因组测序，单细胞空间转录组学 | NA | 基因组数据，转录组数据，空间转录组数据 | 1例患者 |
| 224 | 2025-09-09 |
Singletrome enhances detection of long noncoding RNAs in single cell transcriptomes
2025-Aug-12, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-13528-9
PMID:40796606
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研究论文 | 介绍Singletrome工具，用于增强单细胞转录组中长链非编码RNA的检测与分析 | 开发了Singletrome这一Singularity镜像工具，能整合蛋白质编码基因和lncRNA的GTF注释，考虑基因的正反义重叠，生成增强注释并支持下游分析 | NA | 提升单细胞RNA测序数据中长链非编码RNA的检测和注释准确性 | 长链非编码RNA（lncRNAs）和单细胞转录组数据 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq, 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA |
| 225 | 2025-09-09 |
Multi-omics single-cell data alignment and integration with enhanced contrastive learning and differential attention mechanism
2025-Aug-02, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf443
PMID:40795161
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研究论文 | 提出一种基于增强对比学习和差异注意力机制的单细胞多组学数据对齐与整合方法scECDA | 采用独立设计的自编码器自主学习各组学数据特征分布，结合增强对比学习和差异注意力机制有效降低噪声干扰 | NA | 提高单细胞多组学数据整合的准确性和细胞类型识别精度 | 单细胞多组学数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序技术，包括10X Multiome、CITE-seq和TEA-seq | 自编码器、对比学习、注意力机制 | 单细胞多组学数据 | 八个配对单细胞多组学数据集 |
| 226 | 2025-09-09 |
A Single-Cell Atlas-Inspired Hitchhiking Therapeutic Strategy for Acute Pancreatitis by Restricting ROS in Neutrophils
2025-Aug, Advanced materials (Deerfield Beach, Fla.)
DOI:10.1002/adma.202502200
PMID:40395143
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序解析急性胰腺炎中中性粒细胞亚群，并开发了一种基于纳米反应器的靶向治疗策略以调控中性粒细胞极化 | 首次构建急性胰腺炎中性粒细胞单细胞图谱，并提出基于中性粒细胞'搭便车'的纳米治疗策略，实现原位合成抗氧化剂并同时抑制N1/N2极化 | NA | 开发针对急性胰腺炎的靶向治疗策略，通过调控中性粒细胞极化减轻炎症 | 中性粒细胞及其在急性胰腺炎中的亚群 | 数字病理 | 急性胰腺炎 | 单细胞测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA |
| 227 | 2025-09-09 |
Decoding neuronal diversity: Mechanisms governing neural cell fate in Drosophila
2025-Aug, Current opinion in neurobiology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.conb.2025.103061
PMID:40482397
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综述 | 本文综述了果蝇神经细胞命运决定的机制，重点探讨空间模式、时间模式和终端选择转录因子的作用 | 整合单细胞转录组学和全脑连接组学的最新突破，全面解析神经细胞身份编码机制 | NA | 揭示果蝇神经干细胞如何产生神经元多样性的机制 | 果蝇神经干细胞和神经元 | 神经科学 | NA | 单细胞转录组学、全脑连接组学、经典遗传学、标记工具 | NA | 转录组数据、连接组数据 | NA |
| 228 | 2025-09-09 |
Principles of synaptogenesis: Insights from Caenorhabditiselegans
2025-Aug, Current opinion in neurobiology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.conb.2025.103056
PMID:40483740
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综述 | 基于秀丽隐杆线虫模型探讨突触发生的原理、形成机制与调控过程 | 整合基因编辑、显微成像、单细胞转录组与计算分析技术，揭示发育和神经活动中突触组装的体内遗传基础 | NA | 阐明突触形成、组织与精细化的分子机制和调控原理 | 秀丽隐杆线虫的神经系统突触 | 神经科学 | NA | 基因编辑、显微成像、单细胞转录组分析、计算分析 | NA | 显微图像、转录组数据 | NA |
| 229 | 2025-09-09 |
Molecular characterization and functional prioritization of CD46, IL6R, KLRC1, LEAP2 and SMOX as candidate targets in acute kidney injury
2025-Aug, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.146096
PMID:40683494
|
研究论文 | 通过多组学整合框架鉴定并验证急性肾损伤的五个候选靶点（CD46、IL6R、KLRC1、LEAP2、SMOX）及其治疗潜力 | 首次系统性结合遗传学筛选和多组学数据（包括单细胞RNA测序）验证急性肾损伤的候选靶点，并开展计算药物重定位及体内外功能验证 | NA | 识别和验证急性肾损伤的潜在治疗靶点 | 候选基因（CD46、IL6R、KLRC1、LEAP2、SMOX）及其在肾小管细胞、免疫细胞和内皮细胞中的功能 | 生物医学 | 急性肾损伤 | 多组学整合分析、bulk RNA测序、单细胞RNA测序、计算机模拟药物重定位、体内外药理学实验 | NA | 基因组数据、转录组数据 | NA |
| 230 | 2025-09-09 |
Computational methods for alternative polyadenylation and splicing in post-transcriptional gene regulation
2025-Aug, Experimental & molecular medicine
DOI:10.1038/s12276-025-01496-z
PMID:40804481
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综述 | 本文全面回顾了用于选择性多聚腺苷酸化和选择性剪接检测与差异分析的计算方法 | 总结了单细胞RNA测序专用技术的最新进展，为群体和单细胞水平的基因调控提供新见解 | NA | 系统识别、量化和分析APA与AS事件在基因调控中的作用 | 转录组数据（特别是RNA测序数据） | 生物信息学 | NA | RNA-seq（包括bulk和single-cell） | NA | RNA测序数据 | NA |
| 231 | 2025-09-09 |
Clonal hematopoiesis is clonally unrelated to multiple myeloma and is associated with specific microenvironmental changes
2025-Jul-31, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood.2024026236
PMID:40112284
|
研究论文 | 本研究探讨克隆造血（CHIP）与多发性骨髓瘤（MM）的共存关系及其对肿瘤微环境（TME）的影响 | 首次证明CHIP与MM克隆起源无关，并通过单细胞RNA测序揭示CHIP阳性TME的特定炎症和免疫抑制特征 | 样本量有限（106例患者），血红蛋白差异趋势未达统计学显著性 | 分析CHIP在多发性骨髓瘤微环境中的作用及临床意义 | 多发性骨髓瘤患者（106例）及其肿瘤微环境 | 肿瘤生物学 | 多发性骨髓瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据、转录组数据 | 106例多发性骨髓瘤患者（其中16例进行单细胞RNA测序） |
| 232 | 2025-09-09 |
Barcoded monoclonal embryoids are a potential solution to confounding bottlenecks in mosaic organoid screens
2025-Jul-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.23.655669
PMID:40475436
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研究论文 | 本研究开发了一种单克隆来源且带条形码的胚胎体技术，以解决嵌合类器官筛选中由细胞瓶颈引起的统计效力不足和结果混淆问题 | 提出了单克隆胚胎体结合遗传条形码技术，有效克服了传统嵌合胚胎体筛选中克隆复杂性降低的局限性，提高了遗传扰动效应的量化准确性 | 目前仅在小鼠胚胎干细胞中进行了概念验证实验，尚未在人类细胞或更复杂的器官系统中广泛应用 | 优化CRISPR筛选技术在胚胎体研究中的应用，提高遗传筛选的可靠性和可重复性 | 小鼠胚胎干细胞（mESCs）和胚胎体（EBs） | 发育生物学 | NA | CRISPR筛选、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、遗传条形码 | NA | 单细胞转录组数据 | 使用靶向所有转录因子的gRNA文库的小鼠胚胎干细胞 |
| 233 | 2025-09-09 |
GatorST: A Versatile Contrastive Meta-Learning Framework for Spatial Transcriptomic Data Analysis
2025-Jul-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.07.01.662625
PMID:40672304
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研究论文 | 提出了一种名为GatorST的空间转录组数据分析框架，结合图建模与对比元学习策略 | 首次将图神经网络、伪标签对比学习和元学习 episodic 训练策略整合到空间转录组分析中，同时捕捉局部和全局空间上下文 | NA | 开发一个通用框架以提升空间转录组数据的下游分析任务性能 | 空间转录组数据 | 生物信息学 | NA | 空间转录组技术 | 图神经网络，对比学习，元学习 | 基因表达空间数据 | 14个空间转录组数据集 |
| 234 | 2025-09-09 |
Motor learning drives region-specific transcriptomic remodeling in the motor cortex and dorsal striatum
2025-Jul-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.07.11.664268
PMID:40791319
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研究论文 | 本研究通过结合活动依赖性遗传标记和单细胞RNA测序，揭示了运动学习过程中运动皮层和背侧纹状体的细胞类型特异性转录组重塑 | 首次创建了行为参与种群的无偏细胞类型分辨转录图谱，并发现Htr3a表达中间神经元在技能性抓取任务中的选择性招募 | NA | 阐明运动学习相关的分子机制和突触回路重塑 | 运动皮层(M1)和背侧纹状体(dSTR)的神经元和胶质细胞 | 神经科学 | NA | TRAP（活动依赖性遗传标记）、单细胞RNA测序、双光子钙成像 | NA | 转录组数据、成像数据 | NA |
| 235 | 2025-09-09 |
Cellular basis for cortical network aging in primates
2025-Jul-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.07.08.663725
PMID:40672262
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研究论文 | 通过整合皮层相似性网络和全脑空间转录组学，揭示灵长类动物大脑皮层网络老化的细胞基础 | 首次在灵长类动物生命周期队列中结合跨尺度数据，发现深层兴奋性神经元、少突胶质细胞和特定抑制性细胞类型与皮层网络老化的关联 | 研究基于猕猴模型，人类直接适用性需进一步验证；跨尺度数据整合存在方法学挑战 | 探究大脑皮层网络在老化和功能失调过程中的细胞水平变化机制 | 64只猕猴（年龄1-26岁）的大脑皮层组织和转录组数据 | 神经科学 | 老年疾病 | 空间转录组学、皮层相似性网络分析 | NA | 转录组数据、成像数据 | 64只猕猴 |
| 236 | 2025-09-09 |
Single-cell analysis unveils immune dysregulation and EBV-driven lymphoproliferative disorder in pediatric liver transplant recipients
2025-Jul, Human immunology
IF:3.1Q3
DOI:10.1016/j.humimm.2025.111309
PMID:40263002
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序技术揭示了儿童肝移植受者中EBV驱动的移植后淋巴增殖性疾病（PTLD）的免疫微环境异常 | 首次在单细胞分辨率下系统描绘PTLD患者的免疫失调特征，特别是EBV感染对记忆B细胞和浆细胞的靶向作用 | 样本量有限，且仅关注了外周血单核细胞，未涉及组织微环境 | 阐明儿童肝移植后EBV相关淋巴增殖性疾病的免疫机制 | 儿童肝移植受者（包括PTLD患者、EBV阳性非PTLD患者、EBV阴性患者）和健康儿童 | 免疫学 | 移植后淋巴增殖性疾病 | scRNA-seq（单细胞RNA测序） | NA | 单细胞转录组数据 | 四组研究对象：PTLD伴EBV感染组、EBV阳性非PTLD组、EBV阴性移植组和健康儿童组 |
| 237 | 2025-09-09 |
The Dual Molecular Identity of Vestibular Kinocilia: Bridging Structural and Functional Traits of Primary and Motile Cilia
2025-Jun-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.04.16.647417
PMID:40568142
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研究论文 | 本研究揭示前庭毛细胞动纤毛具有独特的分子特征，兼具初级纤毛和运动纤毛的特性 | 首次通过单细胞RNA测序发现前庭动纤毛同时富集初级纤毛和运动纤毛相关基因，并证实其具有自发运动能力 | NA | 阐明前庭动纤毛的结构、分子组成和功能特性 | 前庭毛细胞和耳蜗毛细胞 | 分子生物学 | NA | 单细胞RNA测序、免疫染色、活体成像 | NA | 基因表达数据、图像数据 | 成年动物（包括牛蛙、小鼠、斑马鱼和人类）的前庭毛细胞 |
| 238 | 2025-09-09 |
QCatch: A framework for quality control assessment and analysis of single-cell sequencing data
2025-Jun-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.15.659779
PMID:40667252
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研究论文 | 介绍了一个名为QCatch的Python框架，用于单细胞测序数据的质量控制和报告生成 | 开发了专门针对alevin-fry和simpleaf输出的标准化QC报告工具，提供交互式HTML报告和丰富的可视化功能 | NA | 为单细胞测序数据提供质量控制和标准化报告生成 | 单细胞测序数据的质量评估和分析 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序 | NA | 测序数据 | NA |
| 239 | 2025-09-09 |
Towards interpretable molecular and spatial analysis of the tumor microenvironment from digital histopathology images with HistoTME-v2
2025-Jun-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.11.658673
PMID:40747415
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研究论文 | 提出一种基于弱监督深度学习的框架HistoTME-v2，直接从H&E全玻片图像预测肿瘤微环境中细胞类型特异性转录组特征活性及空间分布 | 将HistoTME框架扩展到泛癌种分析（25种实体瘤），无需单细胞注释即可实现高精度转录组特征预测和空间分布解析 | 性能依赖于训练数据质量和规模，外部验证集相关系数（0.53）较内部验证（0.61）有所下降 | 开发低成本、高通量的肿瘤微环境分析工具，替代传统空间转录组/蛋白组技术 | 肿瘤微环境（TME）中的免疫和基质细胞类型 | 数字病理学 | 多癌种实体瘤（包括非小细胞肺癌等25种类型） | 弱监督深度学习，空间转录组验证（CODEX, IHC, Visium） | 深度学习框架（具体架构未明确说明） | H&E染色全玻片图像（WSI） | 内部验证：7,586 WSIs（6,901患者，24癌种）；外部验证：5,657 WSIs（1,775患者，9癌种）；空间验证：259 WSIs（154患者，7癌种） |
| 240 | 2025-09-09 |
Characterization of hyperoxia-induced senescent lung macrophages in neonatal mice
2025-May-10, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.09.652066
PMID:40654880
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析揭示了新生小鼠高氧诱导的衰老肺巨噬细胞的异质性及其代谢重编程特征 | 首次在高氧诱导的肺损伤模型中系统鉴定衰老巨噬细胞的亚群特征，发现其存在M1和肺泡巨噬细胞分化倾向及代谢通路转换 | 研究基于小鼠模型，结果向人类早产儿支气管肺发育不良的直接转化需进一步验证 | 探究高氧暴露下新生小鼠肺组织中衰老巨噬细胞的分子特征和功能异质性 | 新生小鼠肺组织中的巨噬细胞 | 数字病理学 | 支气管肺发育不良 | scRNA-seq（单细胞RNA测序） | NA | 基因表达数据 | 基于数据集GSE207866（含高氧暴露组和空气对照组小鼠肺细胞） |