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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 221 | 2026-05-28 |
Systems Biology Identifies TARS2 as a Cardiomyocyte Regulator of Mitochondrial Oxidative Stress in Dilated Cardiomyopathy
2026-May, JACC. Basic to translational science
DOI:10.1016/j.jacbts.2026.101535
PMID:42048853
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研究论文 | 通过系统生物学方法鉴定TARS2为扩张型心肌病中心肌细胞线粒体氧化应激的关键调控因子 | 首次通过整合批量、单细胞和空间转录组学与机器学习,鉴定TARS2为心肌细胞富集的线粒体氧化应激调控因子,并揭示其在扩张型心肌病中的病理作用 | 未提及具体局限性 | 阐明扩张型心肌病中线粒体氧化应激的分子驱动因子 | 扩张型心肌病患者心脏组织及心肌细胞 | 计算机视觉, 自然语言处理, 机器学习 | 心血管疾病 | 转录组测序, 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | 机器学习模型 | 图像, 文本 | NA | 10x Genomics, Illumina | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 批量RNA测序 | 10x Chromium, 10x Visium, Illumina NovaSeq | 10x Chromium单细胞3'测序, 10x Visium空间转录组学, Illumina NovaSeq批量RNA测序 |
| 222 | 2026-05-28 |
Single-Cell Dissection of Malignant Cell Heterogeneity Reveals Functional Programs and Clinically Relevant Subtypes in Head and Neck Squamous Cell Carcinoma
2026-May, IUBMB life
IF:3.7Q2
DOI:10.1002/iub.70104
PMID:42068156
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示头颈部鳞状细胞癌中恶性细胞的异质性、功能程序及临床相关亚型 | 首次整合58例HNSCC患者的scRNA-seq数据,系统描绘恶性细胞亚群及其分化轨迹、空间定位和临床关联,并开发恶性细胞评分(MCScore)用于预后和免疫治疗反应预测 | 未明确说明,但从研究设计推测可能包括样本量有限、缺乏独立验证队列、scRNA-seq数据整合中的批次效应处理等 | 解析头颈部鳞状细胞癌恶性细胞异质性,识别功能性表达程序及临床相关亚型,以改善预后和治疗分层 | 58例头颈部鳞状细胞癌患者的181,003个恶性细胞 | 数字病理学 | 头颈部鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序 | hdWGCNA, NMF | 单细胞转录组数据、批量RNA测序数据 | 58例患者,181,003个细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 223 | 2026-05-28 |
Random Projection Methods Outperform Principal Component Analysis for Dimensionality Reduction in Single Cell RNA-Seq
2026 May-Jun, Journal of computational biology : a journal of computational molecular cell biology
IF:1.4Q2
DOI:10.1177/15578666261436821
PMID:42041160
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研究论文 | 系统地比较了主成分分析和随机投影方法在单细胞RNA测序数据降维中的性能 | 引入了一种匹配稀疏随机投影算法,可根据输入数据稀疏模式自适应调整投影矩阵密度,并在多个scRNA-seq数据集上综合评估了多种RP方法相比PCA在计算速度和聚类质量方面的优势 | 未提及具体限制 | 为下游分析中平衡计算需求、可扩展性和分析质量的降维策略选择提供关键指导 | 多个公开可用的scRNA-seq数据集,包括有标签和无标签场景 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 主成分分析、随机投影、稀疏随机投影、高斯随机投影、匹配稀疏随机投影 | 基因表达数据 | 多个公开scRNA-seq数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 224 | 2026-05-28 |
Glial multicellular programs reveal distinct patient stratification in Parkinson's disease
2026-Apr-30, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-9520754/v1
PMID:42094040
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研究论文 | 通过整合单核RNA测序和空间转录组学,揭示帕金森病中胶质细胞的多细胞程序,并实现患者分层 | 首次发现帕金森病中胶质细胞存在两种互斥的多细胞程序(炎症相关和内质网应激相关),且这些程序能覆盖传统帕金森病分子变化的不同方面,重新定义了疾病为全脑范围内的系统性胶质细胞多细胞状态 | 未明确提及 | 解析帕金森病背侧纹状体中胶质细胞协调的多细胞反应及其对患者分层的意义 | 56名捐赠者的背侧纹状体样本(涉及不同Lewy小体疾病阶段) | 数字病理学 | 帕金森病 | 单核RNA测序,空间转录组学 | NA | 基因表达数据,空间转录组数据 | 56名捐赠者 | 10x Genomics | 单核RNA-seq, 空间转录组学 | 10x Chromium, 10x Visium | 10x Chromium单核RNA测序,10x Visium空间转录组学 |
| 225 | 2026-05-28 |
Diverse high-fat diets drive multi-omic reprogramming that persists after dietary reversal
2026-Apr-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.03.17.708620
PMID:41889866
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研究论文 | 本研究探讨了不同高脂饮食对宿主和肠道微生物组的多组学重编程影响,以及这些变化在饮食逆转后的持久性 | 首次系统揭示了高脂饮食来源、基线微生物组结构和饮食历史如何共同塑造宿主-微生物组相互作用,并发现饮食逆转后部分微生物和宿主基因表达的改变持续存在,形成“微生物组记忆”效应 | 研究仅在动物模型中进行,对人类影响的直接推断需谨慎;饮食逆转观察时间窗口有限,未能完全捕捉所有改变的恢复过程 | 定义高脂饮食中不同脂肪来源对宿主和微生物组的长期影响,并评估这些影响在饮食逆转后的可逆性 | 小鼠及肠道微生物组 | 数字病理学 | NA | 多组学技术,包括粪便宏基因组学、粪便代谢组学、血浆代谢组学、脂质组学和肠道单细胞RNA测序 | NA | 多组学数据(宏基因组、代谢组、脂质组、单细胞转录组) | 小鼠多个队列,包括一年饲养和饮食逆转实验,具体样本量文中未明述 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 用于肠道单细胞RNA测序 |
| 226 | 2026-05-28 |
The heterogeneity and sexual-dimorphism of human TCRαβ+CD4-CD8- double negative T cells
2026-Apr-18, Journal of genetics and genomics = Yi chuan xue bao
DOI:10.1016/j.jgg.2026.04.008
PMID:42009279
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研究论文 | 通过单细胞转录组、TCR库和染色质可及性分析,揭示了人类外周血TCRαβ+CD4-CD8-双阴性T细胞的异质性和性别二态性 | 首次系统描绘了外周血双阴性T细胞的单细胞多组学特征,发现了其亚群在基因表达、转录调控、发育特征和性别异质性方面的差异,并揭示了这些亚群在溃疡性结肠炎和1型糖尿病中的变化 | 仅基于10个健康供体的样本,且未对功能机制进行深入验证 | 探究人类外周血TCRαβ+CD4-CD8-双阴性T细胞的分子和功能特征及其在疾病中的潜在作用 | 10名健康供体的外周血双阴性T细胞 | 数字病理学 | 溃疡性结肠炎, 1型糖尿病 | 单细胞RNA测序, 单细胞TCR测序, 单细胞ATAC测序 | 未明确提及 | 单细胞转录组数据, TCR库数据, 染色质可及性数据 | 10名健康供体的外周血样本,以及公开数据中的溃疡性结肠炎和1型糖尿病患者样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' 和单细胞ATAC测序平台 |
| 227 | 2026-04-18 |
Single-Cell Transcriptomics Identifies a Pivotal Role of SPHK1+ Macrophage-Driven Inflammation in Mechanism of Aortic Dissection and Highlights SPHK1 as a Therapeutic Target
2026-Apr-16, Inflammation
IF:4.5Q2
DOI:10.1007/s10753-026-02505-7
PMID:41991732
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 228 | 2026-04-18 |
Exploring and experimental validation of SLC7A11 and ferroptosis related prognostic genes in non-small cell lung cancer using bulk RNA sequencing and single-cell RNA sequencing
2026-Apr-16, Biology direct
IF:5.7Q1
DOI:10.1186/s13062-026-00786-4
PMID:41992345
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 229 | 2026-05-28 |
RTCB is essential for early mouse embryogenesis
2026-04-13, Biology of reproduction
IF:3.1Q2
DOI:10.1093/biolre/ioag008
PMID:41524728
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研究论文 | 通过条件性敲除小鼠模型,发现RTCB对早期小鼠胚胎发生至关重要,其缺失导致原肠胚形成失败 | 首次揭示RTCB在小鼠胚胎原肠胚形成中的关键作用,并提出了YY1-RTCB-NUSAP1调控轴 | 研究主要基于小鼠模型,人类胚胎中相关机制的验证仍需进一步实验 | 探索RTCB在哺乳动物生殖和早期胚胎发育中的功能 | 小鼠胚胎组织和NIH 3T3细胞 | 机器学习 | NA | 条件性基因敲除、组织学分析、免疫组化、定量PCR、单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 单细胞RNA测序数据 | 小鼠胚胎样本(E3.5至E7.5)及NIH 3T3细胞系 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 230 | 2026-05-28 |
Characterization and regulatory mechanism evaluation of C8orf33 in hepatocellular carcinoma through multiomics profiling
2026-Apr-11, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-026-04951-z
PMID:41965457
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研究论文 | 通过多组学分析表征C8orf33在肝细胞癌中的表达谱及其调控机制 | 首次整合bulk RNA-seq、单细胞RNA-seq和空间转录组学多组学方法,全面解析C8orf33在肝细胞癌中的表达景观及其与巨噬细胞免疫调节的潜在联系 | 仅使用Huh7细胞系进行功能验证,缺乏其他细胞系及体内模型的深入验证 | 探究C8orf33在肝细胞癌中的生物学功能及调控机制 | C8orf33基因及其在肝细胞癌中的表达与功能 | 计算机视觉 | 肝细胞癌 | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 免疫组织化学 | NA | 基因表达数据, 单细胞数据, 空间转录组数据 | 多个癌症样本(具体数量未说明)及肝细胞癌细胞系Huh7 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, bulk RNA-seq | 10x Chromium, 10x Visium | 10x Chromium单细胞3'测序, 10x Visium空间转录组学 |
| 231 | 2026-05-28 |
Hexokinase 3 promoted cytokine production of monocytes by targeting metabolic reprogramming and histone lactylation in sepsis
2026-Apr-10, Clinical epigenetics
IF:4.8Q1
DOI:10.1186/s13148-026-02129-6
PMID:41964014
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研究论文 | 研究了己糖激酶3(HK3)通过代谢重编程和组蛋白乳酰化促进脓毒症中单核细胞细胞因子产生的机制 | 首次发现HK3作为代谢检查点,通过H3K18乳酰化依赖性激活IL-6和TNF-α基因增强炎症反应,并鉴定HK3为脓毒症的有前景治疗靶点 | 研究主要基于体外LPS诱导模型,未在体内模型中验证;样本量有限且缺乏临床验证 | 阐明糖酵解相关调控基因HK3在脓毒症发病中的作用及其分子机制 | 脓毒症患者外周血单核细胞及LPS诱导的单核细胞模型 | NA | 脓毒症 | 单细胞RNA测序, 基因表达分析, ROC曲线分析, 免疫细胞浸润分析 | NA | 基因表达数据, 单细胞转录组数据 | GEO数据库中的脓毒症患者样本(具体数量未明确提及) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 分析GEO数据库中的单细胞RNA测序数据 |
| 232 | 2026-04-11 |
Single-cell and spatial transcriptomics analyses reveal tumor microenvironment-driven proliferation of NF2-associated vestibular schwannomas
2026-Apr-09, Journal of neuroinflammation
IF:9.3Q1
DOI:10.1186/s12974-026-03799-y
PMID:41957607
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 233 | 2026-04-11 |
Integrating single-cell and spatial transcriptomics to reveal the spatiotemporal dynamics of retinal cells during ischemia-reperfusion injury progression in rats
2026-Apr-09, Cell & bioscience
DOI:10.1186/s13578-026-01571-6
PMID:41957682
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 234 | 2026-05-28 |
Integrating single-cell transcriptomics and epigenetics in a multi-omics MR framework identifies PARK7 as a causal gene in streptococcal septicemia
2026-Apr-05, Epigenetics & chromatin
IF:4.2Q1
DOI:10.1186/s13072-026-00673-2
PMID:41937214
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 235 | 2026-04-06 |
Integration of machine learning-based screening approaches and single-cell sequencing technique to identify cancer stemness genes associated with radiotherapy resistance in lung adenocarcinoma
2026-Apr-04, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-026-04873-w
PMID:41934581
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 236 | 2026-05-28 |
Helicobacter pylori-linked gene CFAP73 rewires epithelial programs and shapes the gastric cancer microenvironment
2026-Apr-04, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-026-04891-8
PMID:41934579
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研究论文 | 该研究揭示了HP感染相关基因CFAP73通过重编程上皮程序并塑造胃癌微环境,促进肿瘤抑制和免疫激活的作用 | 首次发现CFAP73作为HP感染过程中进行性下调的肿瘤保护基因,并明确其通过抑制增殖、EMT和激活p53/凋亡通路来维持上皮抑癌状态,同时通过配体-受体分析和空间转录组学揭示其重塑纤维细胞和T细胞状态以维持抗肿瘤免疫微环境的机制 | 研究主要基于公共数据库和体外/体内实验,尚需更大规模的前瞻性队列验证CFAP73作为生物标志物的临床价值,且CFAP73在HP感染早期下调的具体分子机制有待进一步阐明 | 探究胃上皮细胞在HP感染过程中逐渐紊乱的分子程序,并寻找与恶性转化相关的关键基因 | HP感染相关的胃黏膜上皮细胞和胃癌微环境中的免疫细胞、成纤维细胞 | 数字病理学 | 胃癌 | RNA-seq | 随机森林 | 文本 | 多个公共数据集(GSE60662、GSE60427、TCGA-STAD)及单细胞RNA-seq数据集GSE249874 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 237 | 2026-05-28 |
Cell neighborhood topology directs rare cell population identification
2026-Mar-30, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-71180-x
PMID:41912521
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研究论文 | 介绍了一种名为RareQ的快速可扩展框架,通过评估单细胞组学数据中每个细胞的k近邻团度来检测罕见细胞群 | 提出基于细胞邻域拓扑结构的团度评估方法,能同时识别模态特异性和共享罕见细胞,并在模拟和真实数据集上展现卓越的准确性、灵敏度和效率 | NA(摘要未提及局限性) | 开发高效方法识别复杂生物系统中关键但低丰度的罕见细胞群 | 模拟和真实单细胞组学数据,包括空间转录组学数据 | 单细胞组学 | NA(摘要未指定具体疾病) | 单细胞组学技术(包括空间转录组学) | 图论中的团度分析 | 单细胞组学数据(包括空间转录组数据) | NA(摘要未提及具体样本量) | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 238 | 2026-05-28 |
NT-I7, a long-acting interleukin-7, increases lymphocyte counts and induces CD8+ T cell clonotype expansion in patients with newly diagnosed high-grade gliomas
2026-Mar-25, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-25-2953
PMID:41880597
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research paper | NT-I7是一种长效白细胞介素-7,能增加新诊断高级别胶质瘤患者的淋巴细胞计数并诱导CD8+ T细胞克隆型扩增 | 首次在人类新诊断高级别胶质瘤患者中评估NT-I7的安全性、最大耐受剂量及其对免疫细胞的影响,并发现其选择性诱导CD8+ T细胞克隆型扩增 | 仅探讨了NT-I7单药治疗的效果,未涉及与其他免疫疗法的联合应用;样本量较小且仅在一部分患者中进行了单细胞RNA测序分析 | 评估NT-I7在高级别胶质瘤患者中的安全性、最大耐受剂量及对淋巴细胞的影响 | 新诊断高级别胶质瘤患者 | NA | 高级别胶质瘤 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 基因表达数据 | 新诊断高级别胶质瘤患者,部分患者进行了单细胞RNA测序(具体数量未提供) | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序平台 |
| 239 | 2026-05-28 |
Spatial transcriptomics from pancreas and local draining lymph node tissue reveals a lymphotoxin-β signature in human type 1 diabetes
2026-Mar-23, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2026.117144
PMID:41875135
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研究论文 | 利用空间转录组学技术揭示1型糖尿病胰腺和局部引流淋巴结组织中的淋巴毒素β特征 | 首次通过多细胞分辨率空间转录组学在人类1型糖尿病中识别出淋巴结滤泡和胰岛炎病变中的LTB上调及下游趋化因子特征 | 未提及,样本量可能有限 | 探索1型糖尿病自然病程中胰腺和胰腺淋巴结的炎症反应 | 无糖尿病个体、自身抗体阳性风险个体及1型糖尿病供体的胰腺和胰腺淋巴结组织 | 空间转录组学 | 1型糖尿病 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 多例供体组织样本(无糖尿病、自身抗体阳性及1型糖尿病供体) | NA | 空间转录组学 | NA | 多细胞分辨率空间转录组平台及正交亚细胞分辨率空间转录组平台 |
| 240 | 2026-05-28 |
Gene regulatory network determinants of rapid recall in human memory CD4+ T cells
2026-Mar-20, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2026.117103
PMID:41865369
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研究论文 | 利用单核多组学测序技术,研究人类记忆CD4+ T细胞快速回忆的基因调控网络决定因素 | 通过单核多组学测序同时分析基因表达和染色质可及性,首次重建了CD4 T细胞动态激活过程中的基因调控网络,并识别出五个与记忆相关的转录因子(MAF、PRDM1、RUNX2、SMAD3和KLF6)可能调控快速回忆过程 | 转录因子与靶基因的结合预测需要进一步通过ChIP-seq验证,且记忆相关转录因子活性在独立单细胞RNA测序研究中的复制仍需更多验证 | 阐明记忆CD4+ T细胞快速回忆的基因调控机制,以及这些机制在免疫介导疾病遗传风险中的作用 | 人类CD4+ T细胞的记忆和初始亚群及其快速回忆反应 | 机器学习 | 免疫介导疾病 | 单核多组学测序(基因表达和染色质可及性)、染色质免疫沉淀测序(ChIP-seq)、全基因组关联研究(GWAS) | 基因调控网络 | 基因表达数据、染色质可及性数据 | NA | 10x Genomics | 单核多组学 | 10x Chromium | 单核多组学测序同时分析基因表达和染色质可及性 |