单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
221	2025-08-07	Single-cell transcriptomic analyses reveal cellular and molecular patterns of rose petal responses to gray mold infection 2025-Sep, Horticulture research IF:7.6Q1 DOI:10.1093/hr/uhaf152 PMID:40756631	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术揭示了玫瑰花瓣对灰霉病感染的细胞和分子响应模式	首次在单细胞水平上解析了玫瑰花瓣对灰霉病感染的防御机制，鉴定了7个不同的细胞群和多个关键基因	研究仅针对'Jumilia'玫瑰品种，结果可能不适用于其他玫瑰品种	探究玫瑰花瓣对灰霉病感染的防御机制	玫瑰花瓣细胞	植物病理学	灰霉病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	未明确说明样本数量（玫瑰花瓣细胞）
222	2025-08-07	WGCNA and single-cell analysis reveal ferroptosis-related gene signatures for hepatocellular carcinoma prognosis and therapy 2025-Aug-06, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-03335-z PMID:40767898	研究论文	通过WGCNA和单细胞分析揭示与肝细胞癌预后和治疗相关的铁死亡相关基因特征	结合WGCNA和单细胞RNA测序技术，首次系统地研究了铁死亡相关基因在肝细胞癌中的表达异质性及其与临床预后的关联	研究主要基于公共数据库的回顾性数据，缺乏实验验证	探索铁死亡相关基因在肝细胞癌中的表达模式及其临床意义	肝细胞癌患者	生物信息学	肝细胞癌	WGCNA, 单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	来自TCGA和GEO数据库的肝细胞癌样本
223	2025-08-07	Cellular senescence in renal ischemia-reperfusion injury 2025-Aug-05, Chinese medical journal IF:7.5Q1 DOI:10.1097/CM9.0000000000003698 PMID:40625295	综述	本文综述了肾缺血再灌注损伤（IRI）中的细胞衰老现象及其在急性肾损伤（AKI）向慢性肾病（CKD）转化中的关键作用	探讨了细胞衰老在IRI-AKI向慢性肾损伤转变中的核心机制，并讨论了针对细胞衰老的新兴疗法如senolytics和senomorphics	综述性质的文章，未涉及具体实验数据或样本量的限制	阐明细胞衰老在肾缺血再灌注损伤中的作用及其治疗潜力	肾缺血再灌注损伤（IRI）及其相关细胞衰老过程	病理学	肾病	单细胞测序技术、人工智能辅助药物筛选	NA	NA	NA
224	2025-08-07	Decoding the immune microenvironment of secondary chronic myelomonocytic leukemia due to diffuse large B-cell lymphoma with CD19 CAR-T failure by single-cell RNA-sequencing 2025-Aug-05, Chinese medical journal IF:7.5Q1 DOI:10.1097/CM9.0000000000003690 PMID:40625291	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，解码了因CD19 CAR-T治疗失败导致的弥漫性大B细胞淋巴瘤继发慢性粒单核细胞白血病的免疫微环境	首次报道了CAR-T治疗后出现的一种新型继发肿瘤CMML，并详细描述了其免疫微环境特征	研究样本量较小，仅基于单个病例	阐明CAR-T治疗后继发肿瘤的发病机制并寻找潜在治疗靶点	CD19 CAR-T治疗失败的DLBCL患者继发CMML的骨髓样本	数字病理学	慢性粒单核细胞白血病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	RNA测序数据	1例患者的治疗前后骨髓样本
225	2025-08-07	High-resolution spatial transcriptomics in fixed tissue using a cost-effective PCL-seq workflow 2025-Aug-05, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.279906.124 PMID:40764053	研究论文	介绍了一种名为PCL-seq的空间转录组学技术，用于固定组织中的高分辨率基因表达分析	开发了光控DNA标记策略的空间索引方法PCL-seq，适用于冷冻和FFPE组织，并实现亚细胞分辨率	NA	开发一种成本效益高且通用的空间转录组学工作流程	小鼠胚胎冷冻和FFPE组织切片	空间转录组学	NA	PCL-seq（光解和连接测序）	NA	基因表达数据	小鼠胚胎冷冻和FFPE组织切片，检测到约170,000个UMIs和8,600个基因
226	2025-08-07	Microneedle Delivery of Small Extracellular Vesicles From Young Blood to Treat Endothelial Senescence 2025-Aug-05, Advanced materials (Deerfield Beach, Fla.) DOI:10.1002/adma.202418352 PMID:40765122	研究论文	该研究探讨了年轻血液中的小细胞外囊泡（Y-sEVs）通过微针贴片递送对老年小鼠内皮细胞衰老的调节作用	首次使用微针贴片递送年轻血液中的小细胞外囊泡（Y-sEVs），并证明其能有效减轻老年小鼠的内皮细胞衰老和炎症	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体中验证其效果	研究年轻血液中的小细胞外囊泡（Y-sEVs）对老年内皮细胞衰老的调节作用	老年小鼠（22-24个月大）的内皮细胞	生物医学工程	老年疾病	单细胞RNA测序	小鼠模型	RNA测序数据	老年小鼠（22-24个月大）
227	2025-08-07	Identification of prognostic genes related to T cell proliferation in papillary thyroid cancer based on single-cell RNA sequencing and bulk RNA sequencing data 2025-Aug-02, Clinical and experimental medicine IF:3.2Q2 DOI:10.1007/s10238-025-01826-5 PMID:40753315	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，识别了与甲状腺乳头状癌（PTC）中T细胞增殖相关的预后基因	首次结合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，识别了KLRB1、TSHZ2和TRABD2A作为PTC的新型预后基因，并构建了风险模型	研究依赖于公共数据库的数据，可能受到样本来源和数量的限制	探索T细胞增殖相关基因在PTC中的预后价值和潜在分子机制	甲状腺乳头状癌（PTC）患者	生物信息学	甲状腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量RNA测序（bulk RNA-seq）	Cox回归、机器学习算法	RNA测序数据	公共数据库中的PTC样本
228	2025-08-07	Decoding Cellular Stress States for Toxicology Using Single-Cell Transcriptomics 2025-Aug-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.10.657506 PMID:40766395	研究论文	利用单细胞转录组学技术解码细胞应激状态，以应用于毒理学研究	使用TempO-LINC®平台生成单细胞转录组数据，详细分析多种应激反应通路，并揭示细胞亚群对化学物质的动态响应	研究仅针对HepaRG细胞，未涉及其他细胞类型或体内环境	解码细胞应激状态，以理解毒理学中的细胞适应性和终末转变	约40,000个暴露于不同化学物质的HepaRG细胞	单细胞转录组学	NA	单细胞转录组测序(SCTr)	NA	转录组数据	约40,000个HepaRG细胞
229	2025-08-07	PTEN restrains SHH medulloblastma growth through cell autonomous and nonautonomous mechanisms 2025-Aug-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.07.31.667996 PMID:40766638	research paper	该研究探讨了PTEN在抑制SHH髓母细胞瘤生长中的作用，通过细胞自主和非自主机制	揭示了PTEN缺失如何通过影响细胞增殖、分化状态及肿瘤微环境中的巨噬细胞浸润，加速SHH髓母细胞瘤的生长	研究主要基于小鼠模型，结果在人类患者中的适用性尚需进一步验证	阐明PTEN在SHH髓母细胞瘤生长中的调控机制及其对疾病预后的影响	SHH髓母细胞瘤小鼠模型及小脑颗粒细胞前体细胞(GCPs)	肿瘤生物学	髓母细胞瘤	scRNA-seq	小鼠肿瘤模型	基因表达数据	未明确说明具体样本数量，但涉及多个小鼠模型
230	2025-08-07	Multi-region spatial transcriptomics reveals region specific differences in response to amyloid beta (Aβ) plaque induced changes in Alzheimer's Disease (AD) 2025-Aug-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.07.31.667719 PMID:40766691	研究论文	本研究通过多区域空间转录组学技术，揭示了阿尔茨海默病中不同脑区对β-淀粉样蛋白斑块诱导变化的区域特异性差异	首次在多个脑区同时进行空间转录组学和Aβ免疫荧光染色分析，揭示了神经元亚型和分子机制在区域特异性差异中的作用	研究仅基于两名Braak III和Thal 4期AD患者的样本，样本量较小	探究阿尔茨海默病中不同脑区对Aβ斑块诱导变化的区域特异性差异的细胞和分子机制	阿尔茨海默病患者的内嗅皮层、枕颞皮层、背外侧前额叶皮层和纹状皮层	数字病理学	阿尔茨海默病	空间转录组学, 免疫荧光染色	NA	转录组数据, 图像数据	两名Braak III和Thal 4期AD患者的多个脑区样本
231	2025-08-07	Macrophage activation determines muscle wasting in pancreatic cancer 2025-Aug, Oncogene IF:6.9Q1 DOI:10.1038/s41388-025-03434-9 PMID:40442475	研究论文	该研究探讨了胰腺癌中巨噬细胞激活对肌肉消耗的影响	通过单细胞RNA测序分析，确定了CHI3L1和CHI3L3在巨噬细胞中的差异表达，揭示了它们在早期肌肉消耗中的作用	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	研究胰腺癌中非肿瘤微环境对恶病质的贡献	转基因Kras;Trp53;Pdx1-Cre (KPC) GEMM小鼠模型和C2C12成肌细胞	癌症研究	胰腺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	转基因小鼠模型	基因表达数据	PBMC (29,615个细胞) 和 MDST (23,151个细胞)
232	2025-08-07	Developing risk stratification strategies and biomarkers for recurrent hepatocellular carcinoma 2025-Aug, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70410 PMID:40741894	research paper	该研究旨在开发肝细胞癌（HCC）复发的风险分层策略和生物标志物	结合基因组学、转录组学、蛋白质组学和代谢组学生物标志物、液体活检技术以及AI驱动的组织学和放射组学分析，优化复发风险分层	传统临床和病理预测因子在准确识别高风险患者方面存在不足	提高肝细胞癌（HCC）复发的风险分层准确性并指导围手术期治疗	肝细胞癌（HCC）患者	digital pathology	liver cancer	genomic, transcriptomic, proteomic, metabolomic biomarkers, liquid biopsy, AI-driven histological and radiomic analyses, single-cell and spatial transcriptomics	NA	genomic, transcriptomic, proteomic, metabolomic data, histological and radiomic images	NA
233	2025-08-07	Dynamical systems theory as an organizing principle for single-cell biology 2025-Aug-01, NPJ systems biology and applications IF:3.5Q1 DOI:10.1038/s41540-025-00565-3 PMID:40750599	research paper	本文探讨了动力系统理论作为单细胞生物学组织原则的潜力	提出动力系统理论作为解释单细胞基因表达数据的理论框架	NA	为单细胞基因表达数据提供可解释、因果和定量的分析视角	单细胞转录组数据	单细胞生物学	NA	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	NA
234	2025-08-07	Single-cell spatial atlas of smoking-induced changes in human gingival tissues 2025-Aug-01, International journal of oral science IF:10.8Q1 DOI:10.1038/s41368-025-00385-5 PMID:40750693	研究论文	利用单细胞空间转录组学技术研究吸烟对人类牙龈组织的影响及其与牙周炎的关联	首次使用Visium HD单细胞空间转录组学技术，揭示了吸烟通过破坏上皮屏障完整性、改变成纤维细胞功能及调控细胞间通讯加剧牙周炎的机制	样本量较小（12人），且仅针对牙龈组织进行研究	探究吸烟导致牙周炎的具体分子机制	人类牙龈组织	数字病理学	牙周炎	Visium HD单细胞空间转录组学	NA	空间转录组数据	12名个体（包括牙周炎患者、吸烟相关牙周炎患者和健康对照）
235	2025-08-07	Aberrant pace of cortical neuron development in brain organoids from patients with 22q11.2 deletion syndrome-associated schizophrenia 2025-Aug-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-62187-x PMID:40750773	research paper	研究22q11.2缺失综合征相关精神分裂症患者大脑类器官中皮质神经元发育异常的机制	首次在22q11.2DS和SCZ患者的大脑类器官中发现细胞类型特异的发育异常，揭示了DGCR8单倍体不足通过调控成熟速度基因导致神经元发育延迟的机制	研究仅基于类器官模型，未在完整人脑组织中验证	探究22q11.2缺失如何影响早期人脑发育	22q11.2缺失综合征和精神分裂症患者的大脑类器官	神经科学	精神分裂症	单细胞RNA测序、微RNA分析、蛋白质-蛋白质相互作用网络分析	大脑类器官模型	基因表达数据、钙成像数据	22q11.2DS和SCZ患者来源的类器官样本
236	2025-08-07	Deciphering antigen-specific T cell navigation tactics and cancer immune evasion in co-cultures 2025-Jul-31, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-08568-w PMID:40745217	研究论文	本研究通过定量细胞轨迹分析、计算建模和批量/单细胞RNA测序，系统表征了细胞相互作用对T细胞运动行为和癌症免疫逃逸的影响	揭示了在2.5D共培养系统中，癌症特异性T细胞表现出增强的方向持久性，并形成与癌细胞的长时间相互作用，同时发现癌细胞亚群具有免疫抑制特性	研究基于2.5D共培养系统，可能与体内实际情况存在差异	探究T细胞在肿瘤微环境中的运动行为及癌症免疫逃逸机制	抗原特异性T细胞和癌细胞	癌症免疫学	癌症	定量细胞轨迹分析、计算建模、批量/单细胞RNA测序	NA	细胞轨迹数据、RNA测序数据	NA
237	2025-08-07	Single-cell map of the healthy human immune system across the lifespan reveals unique infant immune signatures 2025-Jul-31, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.07.28.667181 PMID:40766403	research paper	该研究通过单细胞测序技术绘制了健康人类免疫系统从婴儿到老年的连续变化图谱，揭示了婴儿免疫系统的独特特征	首次在单细胞水平上全面描绘了人类免疫系统在整个生命周期中的动态变化，并特别强调了婴儿免疫系统的独特特征	样本量相对有限（95人），且仅研究了外周血单个核细胞，未涉及其他免疫组织	揭示人类免疫系统从婴儿期到老年期的连续重塑过程	95名健康人（年龄2个月至88岁）的外周血单个核细胞	免疫学	NA	scRNA-seq, snATAC-seq	NA	单细胞转录组数据，染色质可及性数据	95名健康人（婴儿27名，儿童23名，成人18名，老年人27名）
238	2025-08-07	Maternal opioid use with and without hepatitis C infection disrupts the structure and immune landscape of the maternal-fetal interface 2025-Jul-31, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.07.30.667651 PMID:40766448	研究论文	本研究探讨了母体阿片类药物使用障碍（OUD）对胎盘结构和免疫环境的影响，特别关注了伴随丙型肝炎病毒（HCV）感染的情况	首次结合流式细胞术、组织学、空间转录组学和单细胞转录组学技术，全面揭示了OUD对胎盘组织的多层面影响，并分析了HCV感染的附加效应	研究样本量未明确说明，且未探讨不同阿片类药物类型可能产生的差异效应	阐明母体OUD对母胎界面结构和免疫环境的破坏机制	胎盘组织及其免疫细胞群体	生殖医学	药物成瘾与肝炎	流式细胞术、组织学分析、空间转录组学、单细胞转录组学、CellChat分析	NA	组织样本、转录组数据、细胞表型数据	NA
239	2025-08-07	Cannabidiol exerts anti-inflammatory effects but maintains T effector memory cell differentiation: A Single-Cell Study in Humans 2025-Jul-31, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.07.30.667742 PMID:40766582	研究论文	该研究通过单细胞分析探讨了人类服用大麻二酚（CBD）后对外周免疫细胞分布的影响	首次在人类研究中发现CBD在增加T效应记忆细胞比例的同时表现出混合的免疫调节作用	样本量较小（23名参与者），且未明确说明参与者基线特征	评估CBD对免疫系统的调节作用	人类外周免疫细胞	免疫学	肾脏疾病	scRNA-seq、流式细胞术、细胞增殖检测、细胞因子检测、串联质谱	NA	单细胞转录组数据、蛋白质表达数据	23名接受口服CBD的参与者
240	2025-08-07	Tranquillyzer: A Flexible Neural Network Framework for Structural Annotation and Demultiplexing of Long-Read Transcriptomes 2025-Jul-31, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.07.25.666829 PMID:40766630	research paper	提出了一种名为Tranquillyzer的灵活神经网络框架，用于长读长转录组的结构注释和解复用	采用混合神经网络架构和全局上下文感知设计，能够精确识别结构元素，即使在元素移位、部分降解或重复的情况下也能处理	未明确提及具体局限性	开发一个灵活、可扩展的框架，用于处理长读长单细胞RNA测序数据	长读长单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	Oxford Nanopore Technologies (ONT), 单细胞RNA测序	混合神经网络	RNA测序数据	NA