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当前共找到 32645 篇文献，本页显示第 221 - 240 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 221 | 2025-11-15 |
Comprehensive Analysis of scRNA-Seq and Bulk RNA-Seq Identified TIMP1 as a Prognostic Marker in Colorectal Cancer
2025-Oct, Immune network
IF:4.3Q2
DOI:10.4110/in.2025.25.e38
PMID:41220845
|
研究论文 | 通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，构建结直肠癌免疫预后模型并鉴定TIMP1作为预后标志物 | 首次结合scRNA-seq和bulk RNA-seq数据构建结直肠癌免疫预后模型，并实验验证TIMP1的生物学功能 | NA | 解析结直肠癌免疫异质性并开发预后预测模型 | 结直肠癌患者 | 生物信息学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序,批量RNA测序,差异表达分析,功能富集分析,随机森林分析,LASSO方法 | 随机森林,LASSO | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,批量RNA测序 | NA | NA |
| 222 | 2025-11-15 |
[RNA Sequencing Reveals Molecular Alternations of Splenocytes Associated with Anti-FⅧ Immune Response in Hemophilia A Murine Model]
2025-Oct, Zhongguo shi yan xue ye xue za zhi
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研究论文 | 通过RNA测序技术研究血友病A小鼠模型中与抗FⅧ免疫反应相关的脾细胞分子变化 | 首次结合bulk RNA-seq和单细胞RNA-seq技术系统分析血友病A小鼠抗FⅧ免疫反应的分子机制 | 研究仅限于小鼠模型，未在人类样本中验证 | 探究血友病A中抗FⅧ免疫反应的分子机制 | 血友病A小鼠模型的脾细胞 | 生物信息学 | 血友病A | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 流式细胞术 | NA | 基因表达数据 | 血友病A小鼠模型 | Illumina | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | CASAVA碱基识别技术 |
| 223 | 2025-11-15 |
[Research Progress of Epigenetic Modification in Hematopoietic Stem Cell Functional Regulation--Review]
2025-Oct, Zhongguo shi yan xue ye xue za zhi
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综述 | 本文综述了表观遗传修饰在造血干细胞发育、功能调控和扩增中的研究进展 | 整合了单细胞测序、空间转录组和追踪技术等新兴技术对造血干细胞表观遗传调控机制的最新研究成果 | NA | 探讨表观遗传修饰在造血干细胞功能调控中的作用机制 | 造血干细胞 | 表观遗传学 | NA | 单细胞测序技术, 空间转录组技术, 追踪技术 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 224 | 2025-11-15 |
Precision and Accuracy in Quantitative Measurement of Gene Expression from Single-cell/nucleus RNA Sequencing Data
2025-Sep-22, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1093/gpbjnl/qzaf077
PMID:40857558
|
研究论文 | 系统评估单细胞/单核RNA测序数据中基因表达定量测量的精确度和准确度 | 首次系统评估sc/snRNA-seq数据的定量精确度和准确度，建立了数据驱动的研究设计阈值，并开发了VICE工具评估数据质量 | 研究主要基于单核吞噬细胞数据，可能不适用于所有细胞类型 | 提高单细胞/单核RNA测序研究的可靠性和可重复性 | 单核吞噬细胞 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序,单核RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 3,682,576个细胞来自339个样本 | NA | 单细胞RNA测序,单核RNA测序 | NA | NA |
| 225 | 2025-11-15 |
SIGEL: a context-aware genomic representation learning framework for spatial genomics analysis
2025-Sep-22, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-025-03748-7
PMID:40983914
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研究论文 | 提出SIGEL框架，通过利用空间基因组上下文从空间转录组数据中学习基因表示 | 开发了成本效益高的空间感知基因表示学习框架，生成的基因表示具有上下文感知、生物学意义明确和跨样本鲁棒性强的特点 | NA | 解决空间转录组学中生成空间信息基因表示的方法有限且计算密集的问题 | 空间转录组数据中的基因表示 | 空间基因组学 | NA | 空间转录组学 | 基因组表示学习框架 | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 226 | 2025-11-15 |
KEGNI: knowledge graph enhanced framework for gene regulatory network inference
2025-Sep-22, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-025-03780-7
PMID:40983951
|
研究论文 | 提出一种知识图谱增强的基因调控网络推断框架KEGNI，利用图自编码器从单细胞RNA测序数据中推断细胞类型特异性基因调控网络 | 首次将知识图谱与图自编码器相结合用于基因调控网络推断，能够识别驱动基因并阐明不同细胞背景下的调控机制 | NA | 开发更准确的细胞类型特异性基因调控网络推断方法 | 基因调控网络 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序，单细胞ATAC测序 | 图自编码器 | 单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 227 | 2025-11-15 |
Epiblast-derived CX3CR1+ progenitors generate cardiovascular cells during cardiogenesis
2025-Aug, The EMBO journal
DOI:10.1038/s44318-025-00488-z
PMID:40551012
|
研究论文 | 本研究揭示了胚胎CX3CR1+细胞作为多能性上胚层来源祖细胞群，在心脏发育过程中生成心肌细胞、内皮细胞和巨噬细胞 | 首次发现CX3CR1+细胞来源于E6.5时期的上胚层细胞，并证实其通过新生分化和细胞融合双重机制生成心血管细胞 | 研究主要基于小鼠模型，人类中的相关性尚需验证 | 探究CX3CR1+细胞在心脏发育过程中的起源和命运 | 小鼠胚胎和成年小鼠心脏中的CX3CR1+细胞及其谱系 | 发育生物学 | 心血管疾病 | 遗传谱系追踪、单细胞RNA测序、体外分化实验 | NA | 基因表达数据、细胞谱系数据 | 小鼠胚胎发育不同阶段（E6.5-E9.5）及成年小鼠心脏组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 228 | 2025-11-15 |
scooby: Modeling multi-modal genomic profiles from DNA sequence at single-cell resolution
2025-Jul-16, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.19.613754
PMID:39345504
|
研究论文 | 提出首个从DNA序列建模单细胞分辨率多组学数据的框架scooby | 首个在单细胞分辨率从序列建模scRNA-seq覆盖度和scATAC-seq插入谱的框架，通过细胞特异性解码器和预训练模型微调实现 | NA | 理解调控DNA元件如何影响单个细胞中的基因表达，建立统一的基因调控模型 | 造血系统数据集中的单细胞多组学数据 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序, 多组学分析 | 基于Borzoi预训练模型的深度学习框架 | 基因组序列, 单细胞多组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq, 单细胞多组学 | NA | NA |
| 229 | 2025-11-15 |
Integrative machine learning and multi-omics framework identifies shared biomarkers for rheumatoid arthritis and ulcerative colitis
2025, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0336243
PMID:41212891
|
研究论文 | 通过整合机器学习和多组学方法识别类风湿关节炎和溃疡性结肠炎的共享生物标志物 | 开发了包含12种算法和交叉验证的综合机器学习框架，首次系统识别RA和UC的共享生物标志物，并通过单细胞RNA测序验证 | 研究主要基于公共基因表达数据集，需要进一步实验验证生物标志物的临床适用性 | 识别类风湿关节炎和溃疡性结肠炎的共享诊断生物标志物 | 类风湿关节炎和溃疡性结肠炎患者的基因表达数据 | 机器学习 | 自身免疫性疾病 | 单细胞RNA测序, qRT-PCR, 机器学习 | 集成学习框架(包含12种算法) | 基因表达数据 | 公共基因表达数据集 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 230 | 2025-11-15 |
Metalloproteinase-9 as a Pyroptosis-Hypoxia Synergy Effector Drives Immune Remodeling in Ischemic Stroke: A Multi-Omics Validated Diagnostic Biomarker and Therapeutic Target
2025, International journal of general medicine
IF:2.1Q2
DOI:10.2147/IJGM.S550007
PMID:41220599
|
研究论文 | 本研究通过多组学分析鉴定基质金属蛋白酶-9(MMP9)作为缺血性脑卒中诊断生物标志物和治疗靶点 | 首次系统探索细胞焦亡与缺氧在缺血性脑卒中中的协同调控作用，并通过多组学验证MMP9的诊断价值 | 研究样本量有限，需要更大规模临床验证 | 探索缺血性脑卒中早期诊断生物标志物和治疗靶点 | 缺血性脑卒中患者外周血样本 | 生物信息学 | 缺血性脑卒中 | 转录组测序,单细胞测序,RT-qPCR,分子对接 | LASSO,支持向量机,随机森林 | 基因表达数据 | 三个独立数据集(GSE66724,GSE58294,GSE16561)和RT-qPCR验证样本 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 231 | 2025-11-15 |
Intratumoral heterogeneity and potential treatment strategies in small cell lung cancer
2025, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2025.1657441
PMID:41220942
|
综述 | 本文综述了小细胞肺癌的分子亚型分类、瘤内异质性、肿瘤可塑性及相关治疗策略的最新研究进展 | 通过基因组学和单细胞测序技术揭示了SCLC存在动态分子亚型及其空间互斥与共存关系，提出了肿瘤可塑性的新视角 | NA | 探讨小细胞肺癌的瘤内异质性特征及潜在治疗策略 | 小细胞肺癌细胞系、动物模型和肿瘤组织 | 肿瘤学 | 肺癌 | 基因组学，单细胞测序 | NA | 基因组数据，单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 232 | 2025-11-15 |
SPP1+ TAM: CD8+ T Cell Crosstalk Associates with Blocking Radiotherapy Efficacy in Lung Cancer
2025, Research (Washington, D.C.)
DOI:10.34133/research.0851
PMID:41221295
|
研究论文 | 本研究揭示了SPP1+肿瘤相关巨噬细胞通过抑制CD8+ T细胞浸润限制肺癌放疗疗效的机制 | 首次发现放疗后上调的SPP1是免疫抑制性巨噬细胞的关键因子，并证明靶向SPP1可增强放疗效果 | NA | 探索肺癌放疗疗效受限的免疫机制并寻找联合治疗策略 | 非小细胞肺癌肿瘤微环境中的巨噬细胞和CD8+ T细胞 | 肿瘤免疫学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 233 | 2025-11-15 |
Single-cell atlas of human penile corpus cavernosum reveals cellular and functional heterogeneity of aging-related erectile dysfunction
2025, Frontiers in endocrinology
IF:3.9Q2
DOI:10.3389/fendo.2025.1671482
PMID:41234230
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序构建人类阴茎海绵体细胞图谱，揭示与衰老相关的勃起功能障碍的细胞和功能异质性 | 首次在单细胞水平揭示衰老阴茎海绵体的细胞异质性和免疫微环境特征，识别关键细胞亚群和分子特征 | 样本量较小（6例ARED患者），且对照组使用公共数据 | 阐明衰老相关勃起功能障碍的细胞和转录组异质性及免疫微环境 | 人类阴茎组织样本 | 单细胞生物学 | 勃起功能障碍 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 6例老年ARED患者（4例轻度，2例重度）和3例年轻健康对照 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 234 | 2025-11-15 |
A spatially resolved single-cell landscape of colorectal cancer liver metastasis reveals a stromal-tumor glycolytic signaling interaction
2025, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2025.1687485
PMID:41234356
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序和空间转录组数据，揭示了结直肠癌肝转移中基质-肿瘤糖酵解信号相互作用的分子机制 | 首次在空间分辨率水平识别出高恶性度CRC亚群，发现基质成纤维细胞通过HGF-MET-MYC信号轴促进肿瘤恶性进展的代谢微环境 | 研究样本量相对有限，功能验证主要基于体外实验 | 解析结直肠癌肝转移的分子和空间动态机制 | 结直肠癌原发肿瘤、肝转移灶及匹配正常组织 | 空间转录组学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序,空间转录组学,免疫组织化学 | inferCNV,CytoTRACE,CellChat,NicheNet | 单细胞RNA测序数据,空间转录组数据 | 35个单细胞RNA测序数据集 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 235 | 2025-11-15 |
SegDecon bridges histology and transcriptomics through AI-based nuclei segmentation and image-informed spatial deconvolution
2025, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2025.10.041
PMID:41234485
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研究论文 | 提出SegDecon计算框架，通过AI驱动的细胞核分割和图像信息空间解卷积连接组织学与转录组学 | 将图像衍生的细胞计数估计整合到贝叶斯解卷积中，使用HSV色彩空间转换、形态学过滤和深度学习实例分割增强细胞核分割 | 仅在鼠脑空间转录组数据上评估，未在其他组织或物种中验证 | 提高空间转录组学中细胞组成的精确空间定位 | 鼠脑组织 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | 深度学习实例分割，改进的cell2location模型 | 组织图像，空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 236 | 2025-11-15 |
Single-cell sequencing reveals cellular heterogeneity and molecular mechanisms in tendon and enthesis injury repair
2025, Frontiers in physiology
IF:3.2Q2
DOI:10.3389/fphys.2025.1685955
PMID:41234689
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综述 | 本文通过单细胞测序技术揭示了肌腱和止点损伤修复过程中的细胞异质性和分子机制 | 利用多模态整合方法识别肌腱和止点细胞的精确亚群，阐明细胞间通讯和愈合过程中的分化路径 | NA | 探索肌腱和止点损伤修复的细胞多样性及分子机制 | 肌腱和止点组织细胞 | 单细胞生物学 | 肌腱和止点损伤 | 单细胞测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 237 | 2025-11-15 |
Unraveling porcine dendritic-cell diversity: welcome tDC and DC3
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1639553
PMID:41235223
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研究论文 | 本研究通过流式细胞术和RNA测序技术鉴定了猪血液中相当于人类tDC和DC3的新型树突状细胞亚群 | 首次在猪体内发现并表征了过渡性树突状细胞(tDC)和DC3亚群，扩展了对跨物种树突状细胞异质性的认识 | tDC和DC3的核心功能尚未完全阐明，需要进一步功能验证实验 | 研究猪树突状细胞的异质性和亚群分类 | 猪血液中的树突状细胞 | 免疫学 | NA | 流式细胞术,RNA-seq,单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据,细胞表型数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,批量RNA测序 | NA | NA |
| 238 | 2025-11-15 |
Single-cell/spatial integration reveals an MES2-like glioblastoma program orchestrated by immune communication and regulatory networks
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1699134
PMID:41235227
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序、空间转录组和bulk转录组数据，揭示了胶质母细胞瘤中MES2样程序的分子特征及其与免疫微环境的相互作用 | 首次系统性地识别并表征了胶质母细胞瘤中的MES2样间充质程序，结合多组学数据构建了细胞类型感知的图神经网络模型，并发现了空间限制的效应分子ARRDC3 | 样本量相对有限，功能验证主要在U251细胞系中进行，需要更多临床样本和体内实验验证 | 阐明胶质母细胞瘤间充质程序的分子机制、空间分布特征及其临床意义 | 胶质母细胞瘤患者样本和U251细胞系 | 数字病理学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA-seq, 空间转录组, bulk RNA-seq, 细胞功能实验 | 图神经网络(GNN), WGCNA, hdWGCNA, 因果网络 | 基因表达数据, 空间定位数据, 临床生存数据 | TCGA队列157例, CGGA队列共225例, 外加组织样本和细胞系实验 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq, 空间转录组 | 10x Visium | Visium空间转录组技术 |
| 239 | 2025-11-15 |
Integrative single-cell and spatial transcriptomics analysis reveals FLAD1 as a regulator of the immune microenvironment in hepatocellular carcinoma
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1680101
PMID:41235234
|
研究论文 | 本研究整合单细胞RNA测序和空间转录组学分析，揭示FLAD1作为肝细胞癌免疫微环境调控因子的作用 | 首次整合单细胞RNA测序和空间转录组学技术，系统分析线粒体相关基因在肝细胞癌中的作用，并发现FLAD1作为新型生物标志物 | 未明确说明样本数量和研究队列的具体规模 | 探索肝细胞癌中分子和结构景观，识别与疾病进展相关的关键基因 | 肝细胞癌组织和相关细胞类型 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 批量RNA测序, DNA甲基化分析, Western blotting | 九种机器学习算法的92种组合 | 基因表达数据, 空间转录组数据, 甲基化数据, 蛋白质数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 240 | 2025-11-15 |
The role of the MYL12A liquid-liquid phase separation in neutrophil improves the prognosis of acute respiratory distress syndrome: a multi-omics analysis
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1662680
PMID:41235230
|
研究论文 | 本研究通过多组学分析揭示了MYL12A液-液相分离在急性呼吸窘迫综合征中性粒细胞中的保护作用机制 | 首次发现MYL12A通过磷酸化依赖性相分离动态调控中性粒细胞迁移，并证明LLPS评分可作为ARDS预后生物标志物 | 研究样本量有限，需要更大规模临床队列验证 | 探究液-液相分离在急性呼吸窘迫综合征进展中的机制和临床意义 | 急性呼吸窘迫综合征患者的中性粒细胞 | 多组学分析 | 急性呼吸窘迫综合征 | 单细胞转录组测序,蛋白质组学,免疫荧光,Western blotting,功能实验 | NA | 转录组数据,蛋白质组数据,临床数据 | 来自GEO数据库的单细胞转录组数据集(GSE157789)和蛋白质组数据集(GSE32707/GSE76293)，以及临床队列样本 | NA | 单细胞RNA-seq,蛋白质组学 | NA | NA |