单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
221	2025-06-26	Proteomic profiling of nasal fluids and serum for type 2 nasal polyps diagnosis 2025-Apr-24, Annals of allergy, asthma & immunology : official publication of the American College of Allergy, Asthma, & Immunology DOI:10.1016/j.anai.2025.04.007 PMID:40280274	研究论文	通过蛋白质组学分析和机器学习框架，研究鼻腔液体和血清中蛋白质表达对2型鼻息肉（T2 CRSwNP）的诊断价值	首次结合蛋白质组学与机器学习，利用非侵入性样本（鼻腔液体和血清）中的生物标志物诊断T2 CRSwNP，并验证了四种关键生物标志物的预测价值	样本量较小（82例患者），且未涉及其他亚型的鼻息肉比较	评估鼻腔液体和血清中蛋白质表达对T2 CRSwNP的预测价值	2型与非2型慢性鼻窦炎伴鼻息肉（T2/non-T2 CRSwNP）患者	数字病理学	鼻息肉	邻近延伸分析（PEA）、免疫组织化学、单细胞RNA测序、逆转录定量PCR	机器学习（LASSO回归）	蛋白质表达数据	82例患者（鼻腔液体和血清匹配样本）
222	2025-06-26	Spatial transcriptomic analysis of HIV and tuberculosis coinfection in a humanized mouse model reveals specific transcription patterns, immune responses and early morphological alteration signaling 2025-Jan-30, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.29.635571 PMID:39975088	research paper	该研究通过空间转录组学分析，揭示了HIV和结核分枝杆菌共感染在小鼠模型中的早期转录模式、免疫反应和形态学改变信号	首次在人类化小鼠模型中，使用空间转录组学技术研究HIV和结核分枝杆菌共感染的早期免疫细胞浸润和转录模式	研究仅关注了感染后三周的早期阶段，未探讨长期感染效应	理解HIV和结核分枝杆菌共感染早期的表型和功能变化	人类化小鼠模型的肺组织	digital pathology	lung cancer	spatial transcriptomics	humanized mouse model	spatial transcriptomic data	多组人类化小鼠（单感染HIV、单感染结核分枝杆菌、共感染组）
223	2025-06-26	A Toolkit for Single-Nucleus Characterization of Glioblastoma 2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-4654-0_18 PMID:40553287	研究论文	本文介绍了一个用于胶质母细胞瘤单核表征的工具包，包括核分离、计数和质量控制的详细协议	提供了一个优化的单核制备流程，适用于冷冻样本和难以解离的组织，如脑或脑肿瘤组织	未提及该工具包在不同实验室条件下的可重复性和适用性	开发一个高效的单核RNA测序（snRNA-seq）工具包，用于胶质母细胞瘤的表征	胶质母细胞瘤（GBM）的临床标本和患者来源的GBM细胞系	数字病理学	胶质母细胞瘤	单核RNA测序（snRNA-seq）	NA	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量
224	2025-06-26	Single-cell and spatial transcriptomics reveal a stress-induced EMT-like epithelial subset driving immune activation in silica-injured lung 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1609616 PMID:40547038	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，揭示了二氧化硅暴露下小鼠肺部上皮细胞动态变化及其在免疫激活中的作用	发现了一种新型应激诱导的上皮细胞亚群C0，该亚群具有混合表型，能够通过特定信号通路驱动免疫细胞的招募和激活	研究仅基于小鼠模型，尚未在人体中得到验证	探究慢性损伤过程中肺上皮细胞调控免疫反应的机制	二氧化硅暴露的小鼠肺部上皮细胞	数字病理	肺损伤	单细胞RNA测序, 空间转录组学	NA	RNA测序数据	二氧化硅暴露的小鼠肺部组织样本
225	2025-06-26	A CD8+ T Cell Infiltration-Driven Prognostic Signature for Gastric Cancer: Bridging Tumor Immunity and Clinical Outcomes 2025, International journal of genomics IF:2.6Q2 DOI:10.1155/ijog/6629479 PMID:40547199	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和批量转录组数据，揭示了胃癌中CD8+ T细胞的异质性及其与临床预后的关系	首次系统解析了胃癌微环境中CD8+ T细胞的功能亚群，并鉴定了一个由SELL、CD79B和RAMP2组成的三基因预后标志物	样本量相对较小（23例胃癌组织），且需要进一步的前瞻性临床验证	探究胃癌微环境中CD8+ T细胞异质性及其与肿瘤进展和免疫治疗反应的关系	胃癌组织中的CD8+ T细胞	肿瘤免疫学	胃癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量转录组分析、蛋白质-蛋白质相互作用网络分析	无监督聚类、伪时间轨迹分析	单细胞转录组数据、批量转录组数据	23例胃癌组织（来自GEO数据库）和TCGA-STAD数据集
226	2025-06-26	Interrogation of macrophage-related prognostic signatures reveals a potential immune-mediated therapy strategy by histone deacetylase inhibition in glioma 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1554845 PMID:40548122	研究论文	该研究通过分析胶质瘤相关巨噬细胞（GAMs）的基因特征，构建了一个预后模型，并筛选出Vorinostat作为潜在的治疗药物	结合单细胞RNA测序和WGCNA分析，识别了14个与GAMs相关的预后基因，并验证了Vorinostat在胶质瘤微环境中的抑制作用	研究主要基于生物信息学分析，实验验证部分仅使用了胶质瘤细胞-巨噬细胞共培养模型，未进行体内实验	探索胶质瘤相关巨噬细胞的分子机制，寻找潜在的治疗靶点和药物	胶质瘤相关巨噬细胞（GAMs）	肿瘤免疫学	胶质瘤	scRNA-seq, WGCNA, Cox回归分析, LASSO回归分析	预后模型	基因表达数据	NA
227	2025-06-26	Development of a machine learning-derived dendritic cell signature for prognostic stratification in lung adenocarcinoma 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1621370 PMID:40552290	研究论文	开发了一种基于机器学习的树突状细胞特征，用于肺腺癌的预后分层	首次构建了树突状细胞相关特征（DCRS），并验证其在多个外部队列中的预后性能，同时揭示了PLEK2在肺腺癌中的功能作用	研究依赖于单细胞RNA测序数据，可能受到样本量和数据质量的限制	探索树突状细胞在肺腺癌中的转录多样性和预后价值	肺腺癌（LUAD）患者和正常组织的树突状细胞	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、高维加权基因共表达网络分析（hdWGCNA）、伪时间分析	Lasso-Cox、RSF、CoxBoost、Stepwise-Cox	RNA测序数据	七个外部队列的临床样本和肺腺癌细胞系
228	2025-06-26	Substrate Stiffness Dictates Unique Doxorubicin-induced Senescence-associated Secretory Phenotypes and Transcriptomic Signatures in Human Pulmonary Fibroblasts 2024-Nov-21, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.18.623471 PMID:39605579	研究论文	研究机械张力如何通过细胞培养基底刚度影响人类原发性肺成纤维细胞的衰老标志物和分泌表型	揭示了机械张力对细胞衰老及其分泌表型的影响，特别是在高刚度条件下观察到的独特分泌蛋白谱和转录组特征	研究主要基于体外细胞培养模型，可能无法完全反映体内复杂环境	探讨物理刺激对细胞衰老和衰老相关分泌表型(SASP)的影响	人类原发性肺成纤维细胞(IMR-90)	细胞生物学	肺纤维化	质谱分析, 转录组分析, 单细胞RNA测序	NA	蛋白质组数据, 转录组数据	人类原发性肺成纤维细胞在不同刚度基底(2 kPa, 50 kPa, ~3 GPa)上的培养
229	2025-06-26	scEMB: Learning context representation of genes based on large-scale single-cell transcriptomics 2024-Sep-26, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.24.614685 PMID:39386549	研究论文	介绍了一种基于transformer的深度学习模型scEMB，用于从大规模单细胞转录组数据中学习基因的上下文表示	scEMB采用创新的分箱策略整合多平台数据，有效保留基因表达层次和细胞类型特异性，并在下游任务中表现优于现有模型	未明确提及具体局限性	从复杂基因表达数据中提取有生物学意义的见解，加速精准医学和治疗开发的发现	大规模单细胞转录组数据	机器学习	阿尔茨海默病	单细胞转录组技术	transformer	单细胞转录组数据	超过3000万个单细胞转录组
230	2025-06-26	scHD4E: Novel ensemble learning-based differential expression analysis method for single-cell RNA-sequencing data 2024-08, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2024.108769 PMID:38897145	研究论文	提出了一种基于集成学习的单细胞RNA测序数据差异表达分析方法scHD4E	scHD4E仅使用四种顶级方法进行集成学习，相比现有方法scDEA（使用12种方法）表现更优	未提及具体局限性	开发更准确稳定的单细胞RNA测序数据差异表达分析方法	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	集成学习	基因表达数据	六个真实scRNA-seq数据集和五个实验数据集
231	2025-06-26	Historic obstacles and emerging opportunities in the field of developmental metabolism - lessons from Heidelberg 2024-Jun-15, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.202937 PMID:38912552	综述	本文总结了2023年EMBO研讨会'发育代谢：能量、物质和信息的流动'中的关键讨论，强调了现代发育生物学面临的挑战与机遇	探讨了代谢组学、小分子传感器、单细胞RNA测序和计算模型等新技术如何为发育代谢领域带来全新的研究方向	NA	探索发育代谢领域的新机遇与技术进展	细胞特异性和组织特异性代谢网络、器官间代谢通讯以及基因与代谢物在时空上的相互作用	发育生物学	NA	代谢组学、小分子传感器、单细胞RNA测序、计算模型	NA	代谢数据、基因表达数据	NA
232	2025-06-26	Single-cell landscape analysis unravels molecular programming of the human B cell compartment in chronic GVHD 2023-06-08, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.169732 PMID:37129971	研究论文	通过单细胞RNA测序分析揭示人类B细胞区室在慢性移植物抗宿主病中的分子编程	首次在allo-HCT患者中通过scRNA-Seq揭示了B细胞区室的分子编程，并识别了与cGVHD相关的潜在致病性非典型B细胞	研究样本可能不足以代表所有cGVHD患者，且未深入探讨发现的分子机制如何具体导致疾病	理解异基因造血干细胞移植后B细胞在慢性移植物抗宿主病中的分子编程	来自异基因造血干细胞移植患者的纯化B细胞	数字病理学	移植物抗宿主病	scRNA-Seq	NA	单细胞RNA测序数据	大量来自患者的纯化B细胞
233	2025-06-26	Single-cell transcriptome analysis reveals three sequential phases of gene expression during zebrafish sensory hair cell regeneration 2022-03-28, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2022.03.001 PMID:35316618	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示了斑马鱼感觉毛细胞再生过程中基因表达的三个连续阶段	首次在斑马鱼感觉毛细胞再生过程中发现了三个顺序激活的基因模块，并提供了前所未有的时空分辨率	研究结果主要基于斑马鱼模型，可能不完全适用于哺乳动物	理解感觉毛细胞再生的分子机制，并为哺乳动物毛细胞再生提供潜在策略	斑马鱼感觉毛细胞	单细胞转录组学	听力缺陷	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	NA
234	2025-06-26	CRISPR/Cas9-based genetic screen of SCNT-reprogramming resistant genes identifies critical genes for male germ cell development in mice 2021-07-29, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-021-94851-9 PMID:34326397	研究论文	通过CRISPR/Cas9基因筛选技术，研究小鼠体细胞核移植重编程抗性基因（SRRGs）在雄性生殖细胞发育中的关键作用	首次利用CRISPR技术系统性筛选SRRGs基因，并发现Cox7b2、Gm773和Tuba3a/3b对精子生成的关键调控作用	研究仅针对小鼠模型，人类生殖医学的转化应用仍需进一步验证	揭示SRRGs基因在雄性生殖细胞发育中的分子机制	C57BL/6N小鼠的五个未表征SRRGs基因（Cox8c、Cox7b2、Tuba3a/3b、Faiml和Gm773）	生殖生物学	男性不育症	CRISPR/Cas9基因编辑、单细胞RNA测序、RT-qPCR	基因敲除小鼠模型	基因表达数据、组织形态学数据	C57BL/6N小鼠（具体数量未明确说明）
235	2025-06-24	Kidney diseases and single-cell sequencing research: a bibliometric analysis from 2015 to 2024 2025-Dec, Renal failure IF:3.0Q1 DOI:10.1080/0886022X.2025.2521457 PMID:40545992	研究论文	本文通过文献计量学方法分析了2015年至2024年间单细胞RNA测序（scRNA-seq）在肾脏疾病研究中的应用	揭示了scRNA-seq技术在肾脏疾病研究中的快速发展和应用趋势，包括疾病进展机制、基因调控表达等新兴研究方向	研究仅基于Web of Science Core Collection数据库，可能未涵盖所有相关文献	评估scRNA-seq在肾脏疾病研究中的应用现状和未来趋势	2015年至2024年间发表的关于scRNA-seq在肾脏疾病研究中应用的文献	数字病理学	肾脏疾病	scRNA-seq	NA	文本	1,210篇出版物
236	2025-06-24	Sex-specific neurotoxicity induced by long-term bisphenol A exposure: Single-cell sequencing reveals dual mechanisms involving hippocampal gliosis and neuronal apoptosis 2025-Aug-10, The Science of the total environment DOI:10.1016/j.scitotenv.2025.179810 PMID:40505511	研究论文	本研究探讨了长期暴露于双酚A（BPA）对成年小鼠行为记忆和神经系统的影响，揭示了性别特异性的神经毒性机制	首次结合单细胞测序技术，揭示了BPA暴露引起的性别特异性神经毒性机制，包括雌性小鼠海马胶质增生和雄性小鼠海马齿状回颗粒神经元凋亡	研究仅在小鼠模型中进行，结果向人类外推需谨慎	探究长期BPA暴露对神经系统的影响及其性别特异性机制	成年小鼠	神经毒理学	神经退行性疾病	单细胞测序	小鼠模型	行为数据、形态学数据、单细胞测序数据	未明确说明小鼠数量
237	2025-06-24	Dual nature of type I interferon responses and feedback regulations by SOCS1 dictate malaria mortality 2025-Jul, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2024.08.027 PMID:39181199	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析和数学模型，揭示了I型干扰素(IFN-I)在抗疟疾免疫中的双重作用及其调控机制	首次采用两种疟原虫模型比较研究IFN-I反应的机制，并揭示SOCS1通过负反馈和前馈环路调控IFN-α/β动态的新机制	研究仅使用了小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	阐明I型干扰素在疟原虫感染中的双重作用及其调控机制	疟原虫感染的小鼠模型(17XL和PbANKA)	免疫学	疟疾	scRNA-seq, 流式细胞术, 数学模型	数学模型	基因表达数据	NA
238	2025-06-24	Mucosal Macrophages Govern Intestinal Regeneration in Response to Injury 2025-Jul, Gastroenterology IF:25.7Q1 DOI:10.1053/j.gastro.2025.01.252 PMID:40086603	研究论文	本研究揭示了黏膜巨噬细胞在肠道损伤后再生过程中的关键作用	首次发现巨噬细胞通过分泌neuregulin 1和osteopontin分子诱导肠道上皮细胞胎儿样重编程和增殖	研究主要基于小鼠模型，人类临床应用的转化需要进一步验证	阐明辐射性肠炎后肠道再生的分子机制	肠道巨噬细胞与肠道干细胞	分子生物学	辐射性肠炎	RNA-seq、单细胞RNA-seq、流式细胞术、器官共培养系统	小鼠辐射损伤模型、人类肠道类器官模型	基因表达数据、细胞成像数据	未明确说明具体样本数量（小鼠模型和人类类器官）
239	2025-06-24	Targeting FGFR Attenuates Tumor Growth in an Anal Squamous Cell Carcinoma Patient Derived Xenograft Model 2025-Jul, Molecular carcinogenesis IF:3.0Q2 DOI:10.1002/mc.23919 PMID:40256931	研究论文	通过患者来源的异种移植模型和单细胞RNA测序，研究发现FGFR抑制能有效减缓肛门鳞状细胞癌的肿瘤生长	首次在肛门鳞状细胞癌患者来源的异种移植模型中验证FGFR抑制剂的治疗效果，并通过单细胞RNA测序揭示了肿瘤细胞的异质性	研究仅基于一个转移性肛门鳞状细胞癌样本，样本量较小	寻找肛门鳞状细胞癌的可操作治疗靶点	肛门鳞状细胞癌患者来源的异种移植模型	肿瘤学	肛门鳞状细胞癌	单细胞RNA测序, 傅里叶变换红外光谱	患者来源的异种移植模型(PDX)	基因表达数据, 光谱数据	1例转移性肛门鳞状细胞癌样本
240	2025-05-14	Simultaneous single-cell sequencing of RNA and DNA at scale with DEFND-seq 2025-Jul, Nature reviews. Genetics DOI:10.1038/s41576-025-00853-y PMID:40355601	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA