单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
221	2025-09-28	Single-cell transcriptomic reconstruction of the human hair cycle: Capturing the temporal dynamics of skin tissue remodeling 2025-Sep-23, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.116196 PMID:40884793	研究论文	通过单细胞转录组测序重建人类毛发生长周期的时空动态变化	首次建立人类毛发周期的伪时间序列模型，揭示16种细胞群体在组织重塑中的动态基因表达	样本量有限（19个皮肤组织），仅包含单个毛囊样本	解析人类皮肤组织重塑过程中的分子和细胞机制	人类皮肤组织中的毛囊及相关细胞群体	单细胞组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	伪时间序列分析	单细胞转录组数据	19个人类皮肤组织样本（每个样本含单个毛囊）
222	2025-09-28	Advances in artificial intelligence for spatial transcriptomics in cancer: Special focus on Yin Yang 1 (YY1) and Raf kinase inhibitor protein (RKIP) 2025-Sep-22, Biochimica et biophysica acta. Reviews on cancer DOI:10.1016/j.bbcan.2025.189456 PMID:40992707	综述	本文综述人工智能在癌症空间转录组学中的应用，特别关注YY1和RKIP基因	聚焦AI与空间转录组学融合的新兴领域，通过YY1和RKIP案例展示机器学习方法如何揭示癌症微环境新机制	作为综述文章未涉及原始实验数据验证	探讨人工智能技术解析空间转录组数据在癌症研究中的应用价值	癌症微环境中的基因表达模式（重点关注YY1和RKIP）	生物信息学	癌症	空间转录组学、机器学习、统计分析	支持向量机(SVM)、随机森林(RF)、PCA、t-SNE、UMAP	空间基因表达数据	NA
223	2025-09-28	Epac1 deletion attenuates Müller glial pathological activation and mitigates retinal neurodegeneration in ischemia-induced retinopathy 2025-Sep-19, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2025.09.031 PMID:40976555	研究论文	本研究通过基因敲除技术探讨Epac1在缺血性视网膜病变中对Müller胶质细胞病理激活和视网膜神经变性的作用机制	首次揭示Epac1通过调节Müller细胞中VEGF信号通路促进视网膜神经变性的新机制	研究仅限于小鼠OIR模型，临床转化价值需进一步验证	探究Epac1在缺血性视网膜病变中的作用及其分子机制	氧诱导视网膜病变（OIR）小鼠模型和原代Müller细胞	眼科疾病机制研究	缺血性视网膜病变	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、免疫染色、qPCR、Western blot、邻近连接分析	基因敲除小鼠模型	基因表达数据、蛋白质数据、组织形态学数据	OIR小鼠模型（具体数量未明确说明）
224	2025-09-28	Immune microenvironment and fibroblast subpopulation in diabetic wound healing 2025-Sep-19, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.113440 PMID:40995117	研究论文	通过单细胞RNA测序分析糖尿病足溃疡愈合过程中的免疫微环境和成纤维细胞亚群	首次在单细胞水平揭示糖尿病伤口愈合中炎症单核细胞轴和成纤维细胞亚群的特定变化	NA	探究糖尿病足溃疡愈合障碍的细胞分子机制	糖尿病足溃疡患者的肉芽组织	数字病理学	糖尿病足溃疡	单细胞RNA测序、荧光成像	NA	单细胞转录组数据、蛋白质影像数据	NA
225	2025-09-28	Single-cell analysis of heterogeneity and molecular changes in cultured corneal epithelial stem cells during serial passage 2025-Sep-17, Stem cells (Dayton, Ohio) DOI:10.1093/stmcls/sxaf041 PMID:40574692	研究论文	利用单细胞转录组学分析长期传代培养中角膜上皮干细胞群体的异质性和分子变化	首次通过单细胞分辨率揭示角膜缘干细胞在长期培养中存在三个功能各异的祖细胞亚群，并发现小分子RepSox可部分维持干细胞特性	研究仅限于体外培养模型，未验证体内功能；分子机制有待深入解析	探究长期传代培养中角膜缘干细胞特性丧失的分子机制	体外培养的人角膜缘干细胞	单细胞组学	角膜疾病	单细胞转录组测序	NA	单细胞基因表达数据	22,708个细胞
226	2025-09-28	Consistent self-organized emergence of hyaline cartilage in human induced pluripotent stem cell-derived multi-tissue organoids 2025-Sep-17, Stem cells (Dayton, Ohio) DOI:10.1093/stmcls/sxaf043 PMID:40577622	研究论文	开发了一种利用人多能干细胞生成透明软骨的简化多组织类器官方案	建立了无需异源成分和饲养层的简单培养方案，通过多组织类器官实现透明软骨的稳定生成	NA	建立稳定生成透明软骨的标准化培养方案	人诱导多能干细胞衍生的多组织类器官	组织工程	软骨相关疾病	RNA测序、生物信息学分析、组织学检测、免疫组化、单细胞RNA测序	多组织类器官模型	基因表达数据、组织学图像数据	NA
227	2025-09-28	A TLR4-dependent fibroblast-monocyte axis in tumor-draining lymph nodes contributes to metastasis in triple-negative breast cancer 2025-Sep-15, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2025.08.015 PMID:40957419	研究论文	本研究揭示了三阴性乳腺癌中肿瘤引流淋巴结通过TLR4依赖的成纤维细胞-单核细胞轴促进转移的免疫抑制机制	首次发现TLR4依赖的FRC-单核细胞轴在TDLNs中形成免疫抑制微环境，并证明局部TLR4抑制联合αPD-1疗法可增强抗肿瘤免疫	机制研究主要基于小鼠模型，人类样本验证仍需扩展	探究三阴性乳腺癌肿瘤引流淋巴结的免疫微环境重组及其在转移中的作用	三阴性乳腺癌小鼠模型和人类TNBC样本	肿瘤免疫学	三阴性乳腺癌	空间转录组学、体外共培养实验	小鼠肿瘤模型	基因表达数据、免疫组织化学数据	小鼠模型和人类TNBC样本（具体数量未明确说明）
228	2025-09-28	Human-mouse cross-species comparison identifies common and unique aspects of intestinal mesenchyme development 2025-Sep-07, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.09.03.674033 PMID:40950081	研究论文	通过单细胞RNA测序和组学方法比较小鼠与人类肠道间质发育的异同	首次开展跨物种单细胞水平肠道间质细胞发育的系统性对比研究	未探讨物种特异性基因功能差异的生物学机制	解析哺乳动物肠道间质细胞发育的进化保守性与物种特异性	小鼠和人类胚胎期肠道间质细胞	发育生物学	NA	scRNA-seq, FISH, 免疫荧光	NA	单细胞转录组数据, 空间转录组数据	小鼠和人类胚胎肠道组织样本（具体数量未明确）
229	2025-09-28	Development of an electroconductive Heart-on-a-chip model to investigate cellular and molecular response of human cardiac tissue to gold nanomaterials 2025-Sep, Biomaterials IF:12.8Q1 DOI:10.1016/j.biomaterials.2025.123275 PMID:40138961	研究论文	开发了一种导电心脏芯片模型，用于研究人类心脏组织对金纳米材料的细胞和分子响应	首次将导电水凝胶支架与微流控芯片结合，构建具有原生心肌电导特性的3D心脏芯片模型	未明确说明模型在长期稳定性和药物测试验证方面的局限性	开发仿生心脏组织模型并研究电传导对心脏发育的影响	人诱导多能干细胞来源的心肌细胞和心脏成纤维细胞	组织工程	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、微流控技术	3D心脏芯片模型	基因表达数据、功能分析数据	使用hiPSC来源的细胞构建工程化心脏组织，并与已发表成人心脏数据集进行比较
230	2025-09-28	Single cell transcription revealing key transcription factors in embryonic kidney development 2025-Sep, Molecular and cellular biochemistry IF:3.5Q3 DOI:10.1007/s11010-025-05307-x PMID:40392427	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示胚胎肾脏发育过程中肾祖细胞分化的关键转录因子	利用单细胞RNA测序技术首次在肾祖细胞中发现明显亚群并鉴定出调控分化的关键转录因子	需要进一步研究验证发现结果及其治疗潜力	探索肾脏发育过程中肾祖细胞分化的分子机制	胚胎肾脏发育过程中的肾祖细胞及其分化的肾小管上皮细胞和足细胞	单细胞组学	肾脏发育疾病	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	未明确样本数量
231	2025-09-28	FemXpress: Systematic Analysis of X Chromosome Inactivation Heterogeneity in Female Single-Cell RNA-Seq Samples 2025-Sep, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202504754 PMID:40583143	研究论文	开发了一种名为FemXpress的计算工具，用于分析女性单细胞RNA测序数据中的X染色体失活异质性	首次提出不依赖亲本基因组信息即可基于X连锁SNPs对单细胞进行X染色体失活起源分类的计算方法	NA	开发分析X染色体失活异质性的计算工具	女性单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-Seq)	NA	单细胞RNA测序数据	食蟹猴多组织样本、胚胎和结肠肿瘤数据集
232	2025-09-28	Tracing and Capturing the Epiblast Pluripotency of Sheep Preimplantation Embryos 2025-Sep, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202417764 PMID:40586282	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析建立了绵羊形成态和始发态多能干细胞，并揭示了绵羊胚胎发育过程中的多能性调控机制	首次在绵羊中成功捕获形成态和始发态多能干细胞，并进行了跨物种（小鼠、猪、绵羊）早期胚胎发育比较分析	NA	研究绵羊着床前胚胎上胚层多能性的变化规律和调控机制	绵羊着床前胚胎（E1-E14天）	发育生物学	NA	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	绵羊胚胎发育E1至E14天的单细胞样本
233	2025-09-28	Integrated Transcriptome and Metabolomics Analyses Show MYC as a Potential Therapeutic Target for Behçet's Uveitis 2025-Sep, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202417843 PMID:40586758	研究论文	本研究通过整合转录组和代谢组学分析，揭示MYC作为贝赫切特葡萄膜炎潜在治疗靶点	首次结合代谢组学和单细胞RNA测序技术揭示MYC通过调控糖酵解通路驱动T细胞异常反应的机制	研究样本量有限，机制验证主要依赖小鼠模型	探索贝赫切特葡萄膜炎的代谢特征并寻找潜在治疗靶点	贝赫切特葡萄膜炎患者和实验性自身免疫性葡萄膜炎小鼠模型	生物医学研究	自身免疫性葡萄膜炎	非靶向代谢组学、单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	代谢组数据、单细胞转录组数据	贝赫切特葡萄膜炎患者与健康对照组的临床样本及EAU小鼠模型
234	2025-09-28	Choroid Plexus Fibroblast-ILC2 Niche Promotes Adult Hippocampal Neurogenesis after Traumatic Brain Injury 2025-Sep, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202415984 PMID:40605604	研究论文	本研究揭示创伤性脑损伤后脉络丛中ILC2细胞的积累及其通过调节免疫微环境和促进海马神经发生改善神经功能的机制	首次发现脉络丛成纤维细胞-ILC2生态位在TBI后促进成年海马神经发生的作用机制	NA	探究创伤性脑损伤后脉络丛的结构变化和免疫细胞浸润特征及其对神经再生的影响	创伤性脑损伤小鼠模型、脉络丛组织、海马组织	神经科学	创伤性脑损伤	单细胞RNA测序、单核RNA测序、组织学分析	NA	基因表达数据、组织学图像数据	NA
235	2025-09-28	Roadmap for spatial transcriptomics of HIV in tissues 2025-Sep-01, Current opinion in HIV and AIDS IF:4.5Q1 DOI:10.1097/COH.0000000000000961 PMID:40626838	综述	本文概述了空间转录组学平台及其在HIV组织持久性研究中的应用工作流程	提出将空间转录组学技术应用于HIV组织持久性机制研究的路线图，实现HIV感染细胞与微环境的高分辨率分析	靶向捕获中目标数量增加会降低灵敏度，需避免报告生物学意义不明的特征	探讨空间转录组学在揭示HIV组织持久性机制及指导治疗策略中的应用	HIV感染的组织细胞及其微环境	空间转录组学	HIV/艾滋病	空间转录组学、ATAC-seq、蛋白质捕获、T细胞受体测序	NA	空间转录组数据	NA
236	2025-09-28	The Evolutionary Trajectory and Prognostic Value of GITR+ Tregs Reprogramed by Tumor-Intrinsic PD-1/c-MET Signaling in Pancreatic Cancer 2025-Sep, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202500806 PMID:40673866	研究论文	本研究揭示了胰腺癌中肿瘤内在PD-1/c-MET信号通路通过驱动GITR⁺ Tregs的积累促进免疫逃逸的新机制	首次发现MET-IL-23-STAT4轴调控GITR⁺ Tregs介导的免疫逃逸，并证实MET抑制剂与GITR激动剂的协同抗肿瘤作用	研究主要基于胰腺导管腺癌模型，在其他癌症类型中的普适性需进一步验证	探究肿瘤内在PD-1/c-MET信号通路的免疫调控功能及其在胰腺癌免疫逃逸中的作用机制	胰腺导管腺癌（PDAC）肿瘤微环境中的T细胞亚群，特别是GITR⁺调节性T细胞	肿瘤免疫学	胰腺癌	单细胞RNA测序、磷酸化蛋白检测、原位肿瘤模型	NA	基因表达数据、蛋白质磷酸化数据、临床预后数据	胰腺癌患者组织样本及原位PDAC小鼠模型
237	2025-09-28	Enhanced Media Optimize Bovine Myogenesis in 2D and 3D Models for Cultivated Meat Applications 2025-Sep, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202413998 PMID:40720723	研究论文	通过多组学分析和小分子调控开发优化培养基，增强牛肌源性祖细胞在2D和3D模型中的肌源性分化能力	首次通过多组学方法系统表征牛MPC分化分子图谱，并开发出能同时促进肌细胞分化和维持祖细胞特性的增强培养基	未提及具体样本规模和研究局限性	优化培养肉生产技术中肌源性祖细胞的分化效率	牛肌源性祖细胞（MPCs）	组织工程	NA	多组学分析（批量转录组、单细胞转录组、蛋白质组学）、组织工程	NA	分子组学数据	NA
238	2025-09-28	Neuro-immuno-stromal context in colorectal cancer: An enteric glial cell-driven prognostic model via machine learning predicts survival, recurrence, and therapy response 2025-Sep-01, Experimental cell research IF:3.3Q2 DOI:10.1016/j.yexcr.2025.114733 PMID:40914542	研究论文	基于肠道胶质细胞相关基因构建机器学习预后模型，用于预测结直肠癌患者的生存、复发和治疗反应	首次整合肠道胶质细胞和结直肠癌相关基因表达构建预后模型，并系统评估其与肿瘤微环境、免疫调节和治疗反应的关系	需要进一步验证临床适用性	开发结直肠癌预后预测模型	结直肠癌患者	机器学习	结直肠癌	RNA测序（包括bulk和单细胞RNA测序）	RSF随机森林算法	基因表达数据	NA
239	2025-09-28	Role of Tunneling Nanotubes in Arachidonic Acid Transfer and Macrophage Function Reprogramming in Intrahepatic Cholangiocarcinoma 2025-Sep, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202500148 PMID:40552574	研究论文	本研究揭示了隧道纳米管通过转移花生四烯酸重编程巨噬细胞功能促进肝内胆管癌进展的机制	首次阐明TNTs介导的肿瘤源性脂肪酸转移在巨噬细胞表型重编程中的关键作用，发现AA通过PI3K-AKT通路驱动TAMs向促瘤表型转化	研究主要基于异种移植模型，人类临床样本验证尚待完善	探究隧道纳米管在肿瘤微环境中调控巨噬细胞功能的分子机制	肝内胆管癌肿瘤微环境中的肿瘤相关巨噬细胞	肿瘤免疫学	肝内胆管癌	单细胞RNA测序、脂质组学、代谢组学、转录组分析、体外和体内实验	NA	基因组数据、代谢物数据、实验观测数据	未明确说明具体样本数量，但包含体外细胞实验和异种移植模型
240	2025-09-28	Maximizing Efficacy of Cancer Nanovaccines and Immune Cells Landscape in Responders and Non-Responders to Immunotherapy 2025-Sep, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202416756 PMID:40574416	研究论文	本研究通过优化纳米疫苗尺寸和配方开发高效癌症疫苗，并利用单细胞测序分析免疫细胞特征	确定≤400纳米和2.5微米为纳米/微米疫苗最佳尺寸，发现治愈小鼠的TCR/BCR多样性更高，并鉴定出可区分免疫疗法应答者的生物标志物	研究主要基于小鼠模型，人类临床应用效果需进一步验证	最大化癌症疫苗疗效并揭示免疫治疗应答差异的细胞机制	荷瘤小鼠（黑色素瘤、肺癌、胰腺癌模型）及癌症患者样本	免疫治疗	癌症（多癌种）	单细胞测序、纳米疫苗制备技术	NA	单细胞测序数据、免疫细胞受体数据	21个样本（包含小鼠和人类样本）