单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
221	2025-07-24	Quantification of single cell-type-specific alternative transcript initiation 2025-May-04, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.04.29.651292 PMID:40654755	研究论文	开发了一种新的生物信息学方法TSRdetector，用于检测不同组织、细胞类型或疾病中基因转录起始区域（TSR）的显著使用变化	TSRdetector是一种专门设计用于检测基因TSR在不同条件下使用变化的新方法，能够处理单细胞RNA测序和批量RNA测序数据	未明确提及方法的局限性	探索基因转录起始区域（TSR）在不同组织和细胞类型中的选择性激活机制	人类健康与糖尿病肾脏、小鼠B细胞分化、人类胚胎干细胞多能性转变	生物信息学	糖尿病	scRNA-seq, bulk-RNA-seq, Smart-seq2	NA	RNA-seq数据	10X snRNA-seq数据集、Smart-seq2数据集、批量RNA-seq数据集
222	2025-07-24	Neural signaling contributes to heart formation and growth in the invertebrate chordate, Ciona robusta 2025-May-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.04.28.651085 PMID:40654768	研究论文	该研究揭示了神经肽tachykinin与经典Wnt信号通路在调控脊索动物模型心肌祖细胞增殖中的作用	首次阐明了神经肽tachykinin及其受体在心肌祖细胞增殖和心肌心管形成中的具体作用机制	研究仅基于Ciona robusta模型，在高等脊椎动物中的普适性有待验证	探究神经信号对心脏发育和生长的调控机制	Ciona robusta（一种脊索动物）的心脏发育过程	发育生物学	心血管疾病	scRNA-seq（单细胞RNA测序）, CRISPR-Cas9基因敲除	NA	基因表达数据	成年Ciona robusta心脏组织
223	2025-07-24	Integrating Single-Cell Sequencing and Transcriptome Analysis to Investigate the Role of Ferroptosis in Ischemic Stroke and the Molecular Mechanisms of Immune Checkpoints 2025-05, World neurosurgery IF:1.9Q2 DOI:10.1016/j.wneu.2025.123908 PMID:40118372	研究论文	本研究通过整合单细胞测序和转录组分析，探讨铁死亡在缺血性卒中中的作用及免疫检查点的分子机制	利用单细胞转录组数据和机器学习算法识别了与铁死亡相关的关键基因，并验证了其诊断价值	研究仅基于公开数据集，缺乏实验验证	识别缺血性卒中中铁死亡相关的关键基因，探索其分子机制和潜在生物标志物	缺血性卒中患者和对照组的星形胶质细胞及T细胞亚群	生物信息学	缺血性卒中	单细胞转录组测序，Lasso回归，支持向量机算法	机器学习算法	转录组数据	公开数据集GSE247474
224	2025-07-24	Distinct adipose progenitor cells emerging with age drive active adipogenesis 2025-Apr-25, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.adj0430 PMID:40273250	研究论文	研究揭示了中年时期脂肪祖细胞（APCs）在促进内脏脂肪形成中的关键作用及其机制	发现了一种新的脂肪祖细胞亚群CP-A，其在中年时期活跃增殖并促进脂肪生成，揭示了白血病抑制因子受体信号在此过程中的关键作用	研究主要基于小鼠模型，人类中的相关性需要进一步验证	探究年龄依赖性脂肪重塑的分子机制	小鼠脂肪祖细胞（APCs）	细胞生物学	代谢性疾病	单细胞RNA测序、谱系追踪、移植实验	NA	基因表达数据	小鼠模型
225	2025-07-24	Adipose-derived leptin and complement factor D mediate osteoarthritis severity and pain 2025-Apr-25, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adt5915 PMID:40279436	research paper	研究肥胖与骨关节炎（OA）严重程度和疼痛之间的关系，特别关注脂肪分泌的瘦素和补体因子D的作用	首次明确瘦素通过调控补体因子D（adipsin）影响OA的结构和疼痛表型，证实脂肪-关节的跨组织通讯	研究主要基于小鼠模型，人类OA的类似机制尚未验证	探究肥胖相关脂肪因子在OA发病机制中的具体作用机制	脂肪组织分泌的瘦素和补体因子D对OA的影响	骨关节疾病研究	骨关节炎	空间转录组学、多组学分析	小鼠脂肪营养不良模型	基因表达数据、蛋白质组数据	脂肪营养不良小鼠模型及脂肪移植实验
226	2025-07-24	AI-based phenotyping of hepatic fiber morphology to inform molecular alterations in metabolic dysfunction-associated steatotic liver disease 2025-Apr-22, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000001360 PMID:40262132	研究论文	利用AI技术对代谢功能障碍相关脂肪性肝病（MASLD）中的肝纤维形态进行表型分析，以揭示其分子改变	开发了基于AI的FibroNest算法，用于量化肝纤维形态表型，并发现这些表型能更敏感地捕捉MASLD相关分子改变	样本量较小（94例肝活检），且仅部分样本（13%）同时患有HCC	全面表征MASLD中肝纤维形态表型及其相关分子改变	代谢功能障碍相关脂肪性肝病（MASLD）患者的肝活检样本	数字病理学	代谢功能障碍相关脂肪性肝病	多层组学分析、空间单细胞转录组（CosMx）	FibroNest算法	肝活检图像、转录组数据	94例MASLD患者的肝活检样本（其中12例并发HCC）
227	2025-07-24	Glutathione accelerates the cell cycle and cellular reprogramming in plant regeneration 2025-04-21, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.12.019 PMID:39755116	研究论文	该研究探讨了谷胱甘肽在植物细胞周期和细胞重编程中的作用	发现谷胱甘肽通过缩短G1期加速细胞分裂和重编程，并提出了一个模型解释其在伤口附近的细胞周期调控机制	研究仅限于拟南芥根部细胞，尚未在其他植物或组织中验证	研究细胞周期在细胞重编程中的作用	拟南芥根部细胞	植物生物学	NA	单细胞RNA测序、活体成像	NA	基因表达数据、图像数据	NA
228	2025-07-24	Integrating short-read and long-read single-cell RNA sequencing for comprehensive transcriptome profiling in mouse retina 2025-Apr-14, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.279167.124 PMID:40050124	研究论文	本文通过整合短读长和长读长单细胞RNA测序技术，对小鼠视网膜进行了全面的转录组分析	开发了一种结合短读长和长读长测序技术的方法，显著提高了转录异构体的识别能力，发现了大量先前未表征的转录异构体	研究仅限于小鼠视网膜细胞，结果在人类或其他组织中的适用性尚需验证	建立一种高效方法来表征组织样本中的转录异构体	小鼠视网膜细胞	基因组学	NA	单细胞RNA测序（短读长Illumina测序和长读长Oxford Nanopore测序）	NA	RNA测序数据	约30,000个小鼠视网膜细胞，包含15.4亿条Illumina短读长和14亿条Oxford Nanopore长读长数据
229	2025-07-24	A simplified preparation method for single-nucleus RNA-sequencing using long-term frozen brain tumor tissues 2025-Apr-14, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-97053-9 PMID:40229354	研究论文	本文优化了一种从长期冷冻的儿童胶质瘤组织中分离完整细胞核的方法，用于单核RNA测序	提出了一种快速、简单且低成本的细胞核分离方案，适用于冷冻脑肿瘤组织，并改进了3'测序文库以包含更短的RNA片段	方法主要针对冷冻脑肿瘤组织，可能不适用于其他类型的组织或新鲜样本	优化单核RNA测序方法，以研究罕见肿瘤实体	长期冷冻的儿童胶质瘤组织	数字病理学	脑肿瘤	单核RNA测序（snRNA-seq）	NA	RNA序列数据	冷冻的原发性胶质瘤组织
230	2025-07-24	Long-lasting B cell convergence to distinct broadly reactive epitopes following vaccination with chimeric influenza virus hemagglutinins 2025-Apr-08, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2025.02.025 PMID:40132593	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序和B细胞受体库测序，确定了嵌合血凝素（cHA）疫苗接种诱导的B细胞的特异性、功能和亚群	研究发现cHA疫苗能够诱导B细胞对血凝素茎部保守区域的广泛中和表位产生持久的反应，并重塑HA特异性记忆B细胞池	研究仅基于一期临床试验数据，样本量和长期效果需要进一步验证	评估嵌合血凝素疫苗诱导的B细胞反应的特异性和持久性	接种cHA疫苗的受试者的B细胞	免疫学	流感	单细胞RNA测序，B细胞受体库测序	NA	RNA序列数据	一期临床试验的受试者
231	2025-07-24	Expansion of OSMR expression and signaling in the human dorsal root ganglion links OSM to neuropathic pain 2025-Apr-01, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.26.645611 PMID:40236060	研究论文	该研究探讨了OSM-OSMR信号在人类背根神经节(DRG)中的表达及其与神经病理性疼痛的关联	揭示了OSM通过MAPK信号通路直接激活人类感觉神经元的新机制，并发现OSM单独即可诱导与疼痛相关的转录组特征	研究主要基于体外实验和测序数据，需要更多体内实验验证	探究OSM-OSMR信号通路在人类神经病理性疼痛中的作用机制	人类背根神经节(hDRG)组织及培养的神经元	神经生物学	神经病理性疼痛	RNA测序(RNA-seq)、单核RNA测序(single-nuclei RNA-seq)、单细胞RNA测序(single-cell RNA-seq)、CRISPR编辑、免疫组化、膜片钳电生理	NA	基因表达数据、电生理数据	来自神经病理性疼痛患者的hDRG组织
232	2025-07-24	DNTT-mediated DNA damage response drives inotuzumab ozogamicin resistance in B-cell acute lymphoblastic leukemia 2025-Mar-13, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2024026085 PMID:39791601	研究论文	本文研究了B细胞急性淋巴细胞白血病中DNTT介导的DNA损伤反应如何驱动inotuzumab ozogamicin（InO）耐药性	通过全基因组CRISPR筛选发现DNTT缺失是InO耐药的主要驱动因素，并揭示了DNTT在白血病中对calicheamicin反应的关键调控作用	研究主要基于体外实验和动物模型，需要更多临床数据验证DNTT作为生物标志物的可靠性	探究B细胞急性淋巴细胞白血病患者对InO治疗反应差异的遗传基础	B细胞急性淋巴细胞白血病（B-ALL）细胞	癌症生物学	B细胞急性淋巴细胞白血病	全基因组CRISPR筛选、单细胞RNA测序	患者来源异种移植模型	基因组数据、转录组数据	参与儿童肿瘤学组AALL1621试验的B-ALL患者样本
233	2025-07-24	Efficient count-based models improve power and robustness for large-scale single-cell eQTL mapping 2025-Mar-05, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2025.01.18.25320755 PMID:40093202	research paper	提出了一种名为jaxQTL的高效单细胞eQTL映射框架，用于分析大规模单细胞转录组数据	jaxQTL采用基于计数的高效模型，能够识别低表达eGenes，并在大规模数据集中保持计算可行性	虽然提高了识别能力，但仍未完全解决GWAS与eQTLs之间的缺失关联问题	开发高效的单细胞eQTL映射方法，以识别疾病相关eQTLs	单细胞转录组数据（scRNA-seq）	生物信息学	类风湿性关节炎	scRNA-seq	负二项模型	单细胞转录组数据	982个样本（OneK1K scRNA-seq数据）
234	2025-07-24	Endogenously generated Dutch-type Aβ nonfibrillar aggregates dysregulate presynaptic neurotransmission in the absence of detectable inflammation 2025-Mar-01, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.25.639746 PMID:40060689	研究论文	本研究探讨了荷兰型Aβ非纤维聚集体在内源性生成情况下对突触前神经传递的调节作用，且未检测到炎症反应	揭示了荷兰型Aβ非纤维聚集体在无炎症情况下对突触前神经传递的异常调节作用	研究仅在小鼠模型中进行，未涉及人类样本	探究荷兰型Aβ非纤维聚集体对神经传递的影响	转基因小鼠模型	神经科学	阿尔茨海默病	A11免疫组化、循环D,L-α-肽-FITC显微镜、单细胞RNA测序	转基因小鼠模型	图像数据、转录组数据	转基因小鼠样本
235	2025-07-24	Metabolic stress and age drive inflammation and cognitive decline in mice and humans 2025-Mar, Alzheimer's & dementia : the journal of the Alzheimer's Association DOI:10.1002/alz.70060 PMID:40110679	研究论文	研究代谢应激和年龄如何驱动小鼠和人类的炎症及认知衰退	揭示了代谢应激通过微胶质细胞介导的炎症机制促进认知障碍的新机制，并发现SPP1基因在代谢驱动的认知障碍中的潜在作用	研究主要基于小鼠模型和有限的人类尸检组织，可能无法完全反映活体人类的复杂情况	探讨代谢应激如何导致认知障碍及其潜在的炎症机制	小鼠模型和人类AD及T2D患者的脑组织	神经科学	阿尔茨海默病, 2型糖尿病	空间转录组学, 单细胞RNA测序	高脂饮食小鼠模型	基因表达数据	小鼠模型和人类AD及T2D患者的脑组织样本
236	2025-07-24	TAp63γ is the primary isoform of TP63 for tumor suppression but not development 2025-Feb-06, Cell death discovery IF:6.1Q1 DOI:10.1038/s41420-025-02326-x PMID:39915463	研究论文	本研究通过CRISPR-cas9技术删除p63γ特异性编码外显子10'，生成小鼠模型，探讨了TP63γ在肿瘤抑制和发育中的生物学功能	首次明确了TP63γ是TP63在肿瘤抑制中的主要亚型，而非发育过程，揭示了其通过维持正常炎症反应和脂质稳态来发挥肿瘤抑制作用的机制	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探究TP63γ亚型的生物学功能及其在肿瘤抑制和发育中的作用	p63γ缺陷小鼠模型	分子生物学	肿瘤	CRISPR-cas9基因编辑技术、单细胞RNA-seq	小鼠基因敲除模型	基因表达数据	NA
237	2025-07-24	Transcript-specific enrichment enables profiling of rare cell states via single-cell RNA sequencing 2025-Feb, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-024-02036-7 PMID:39779958	研究论文	本文开发了一种名为PERFF-seq的可扩展方法，用于通过特定RNA转录本的丰度来定义亚群，从而实现单细胞RNA测序分析	开发了PERFF-seq方法，通过RNA流式细胞术的可编程分选逻辑来分离稀有细胞群，克服了传统流式分选需要高保真抗体的限制	方法在新鲜冷冻和福尔马林固定、石蜡包埋的脑组织中的应用效果尚未全面验证	解决单细胞RNA测序中稀有细胞状态分析的技术限制	免疫细胞群和脑组织中的细胞核	单细胞基因组学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq), RNA流式细胞术	NA	RNA转录本数据	免疫细胞群(n=184,126个细胞), 新鲜冷冻和福尔马林固定、石蜡包埋的脑组织(n=33,145个细胞核)
238	2025-07-24	Development of Monoclonal Antibodies for Identifying Plant-Parasitic Nematodes 2025-Feb, Journal of nematology IF:1.4Q2 DOI:10.2478/jofnem-2025-0024 PMID:40687771	研究论文	开发用于识别植物寄生线虫的单克隆抗体	利用单细胞RNA-seq技术从免疫小鼠的成熟B细胞中生成数万种单克隆抗体的核苷酸序列信息，用于线虫识别，并通过体外合成两种单克隆抗体并利用ELISA验证其特异性	目前仅提供了概念验证，尚未大规模应用	开发更精确的植物寄生线虫识别技术，以区分病原性或毒力的变异	植物寄生线虫	分子生物学	植物寄生线虫病	单细胞RNA-seq, ELISA	NA	核苷酸序列数据	NA
239	2025-07-24	Highly multiplexed spatial transcriptomics in bacteria 2025-Jan-24, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.adr0932 PMID:39847624	research paper	该研究开发了一种名为bacterial-MERFISH的新方法，用于在细菌中实现高通量、空间分辨的转录组分析	结合1000倍体积扩展与多重错误鲁棒荧光原位杂交（MERFISH），解决了细菌mRNA高密度带来的技术挑战	未明确说明该方法在不同种类细菌中的适用性或潜在的技术限制	研究细菌在复杂环境中的单细胞决策行为	细菌（包括肠道共生菌）的mRNA和操作子	空间转录组学	NA	MERFISH（多重错误鲁棒荧光原位杂交）	NA	空间转录组数据	未明确说明具体样本数量，但涉及单个细菌内数千个操作子的分析
240	2025-07-24	Sitravatinib in combination with nivolumab plus ipilimumab in patients with advanced clear cell renal cell carcinoma: a phase 1 trial 2025-Jan-10, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-55642-8 PMID:39794332	research paper	一项I期临床试验，评估sitravatinib联合nivolumab和ipilimumab在晚期透明细胞肾细胞癌患者中的安全性和疗效	首次评估sitravatinib与nivolumab和ipilimumab三联疗法在未治疗的晚期透明细胞肾细胞癌患者中的安全性和疗效，并通过单细胞RNA-seq分析揭示了治疗耐药性的潜在机制	样本量较小（22例患者），且为I期试验，主要关注安全性而非疗效	确定sitravatinib联合nivolumab和ipilimumab三联疗法在晚期透明细胞肾细胞癌患者中的最佳剂量和安全性	22例未治疗的晚期透明细胞肾细胞癌患者	临床医学	肾细胞癌	单细胞RNA-seq	NA	临床数据和基因表达数据	22例患者（其中12例进行了单细胞RNA-seq分析）