单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
221	2025-09-27	SPACE: Spatially variable gene clustering adjusting for cell type effect for improved spatial domain detection 2025-Sep-23, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkaf936 PMID:40985765	研究论文	提出SPACE框架通过调整细胞类型混杂效应改进空间可变基因聚类，以提升空间域检测效果	无需预先设定基因簇数量、空间模式或细胞类型信息即可实现SVG的自动聚类	NA	改进空间转录组数据分析中的空间域检测方法	空间可变基因(SVGs)	生物信息学	NA	空间转录组学(ST)	SPACE框架	空间转录组数据	模拟数据和真实数据分析
222	2025-09-27	Comprehensive characterization of the molecular feature of acetylation in colorectal cancer using integrated single-cell and bulk RNA sequencing 2025-Sep-23, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-21081-8 PMID:40987803	研究论文	本研究通过整合单细胞和批量RNA测序技术，系统表征结直肠癌中乙酰化的分子特征及其与预后和免疫微环境的关系	首次结合单细胞RNA测序和WGCNA分析揭示结直肠癌乙酰化特征，开发了基于101种机器学习算法的乙酰化相关预后标志物	NA	探索结直肠癌中乙酰化特征与预后及免疫微环境的关联	结直肠癌患者样本	生物信息学	结直肠癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、批量RNA测序、加权基因共表达网络分析(WGCNA)、ssGSEA方法	机器学习算法(101种)	RNA测序数据	来自GEO数据库的两个单细胞RNA测序数据集
223	2025-09-27	High expression of Fgr in the left ventricle attenuates myocardial injury in the infarcted region via regulating the phosphorylation level of PI3K/Akt 2025-Sep-23, Bioscience reports IF:3.8Q2 DOI:10.1042/BSR20253737 PMID:41004172	研究论文	本研究通过多组学数据分析发现Fgr基因在急性心肌梗死中显著上调，并通过调控PI3K/Akt磷酸化水平发挥心脏保护作用	首次揭示Fgr基因在心血管疾病特别是急性心肌梗死中的保护作用机制，并通过体内外实验验证其通过PI3K/Akt信号通路发挥作用	研究主要基于动物模型和细胞实验，尚未在临床患者中进行验证	探究左心室Fgr高表达是否通过调控PI3K/Akt磷酸化减轻心肌梗死区域损伤	大鼠左前降支冠状动脉结扎模型、H9C2细胞系、人类空间转录组数据	心血管疾病研究	心血管疾病	转录组关联分析、bulk-RNA测序、空间转录组学、单核RNA测序、siRNA敲低、药理抑制	NA	转录组数据、基因表达数据、细胞实验数据、动物模型数据	大鼠模型和H9C2细胞系，具体样本数量未明确说明
224	2025-09-27	Comparative single-cell and spatial profiling of anti-SSA-positive and anti-centromere-positive Sjögren's disease reveals common and distinct immune activation and fibroblast-mediated inflammation 2025-Sep-22, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-63935-9 PMID:40983612	研究论文	通过单细胞和空间转录组技术比较不同自身抗体阳性的干燥综合征患者唾液腺病变，揭示免疫激活和成纤维细胞介导炎症的共同与独特特征	首次结合单细胞RNA测序、T/B细胞受体测序和空间转录组学多模态技术，系统解析不同自身抗体谱对应的分子特征	NA	阐明不同自身抗体谱相关的共同和独特细胞及转录特征	干燥综合征患者的唾液腺病变组织	单细胞生物学	干燥综合征	单细胞RNA测序、T细胞和B细胞受体测序、空间转录组学	NA	单细胞转录组数据、空间转录组数据	NA
225	2025-09-27	Myasthenia thymus reprograms class switched B cells into BAFF dependent survivors 2025-Sep-21, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.09.19.677075 PMID:41000735	研究论文	本研究通过单细胞技术揭示重症肌无力胸腺中B细胞通过BAFF依赖机制逃避免疫耐受检查的新发病机制	首次发现病理性类别转换B细胞在胸腺生发中心发生耐受检查点转换，从T细胞依赖激活转向BAFF驱动生存的新机制	NA	探究重症肌无力胸腺中自身反应性B细胞逃避免疫耐受检查的分子机制	人类胸腺样本中的B细胞和T滤泡辅助细胞	免疫学	重症肌无力	单细胞RNA测序、V(D)J受体库分析、空间转录组学	NA	单细胞转录组数据、空间转录组数据	237,661个细胞（迄今最大的MG图谱）
226	2025-09-27	Per- and Polyfluoroalkyl Substances Induces Salt-Sensitive Hypertension by Upregulating Epithelial Sodium Channel - The First Experimental Evidence Supporting Causality 2025-Sep-21, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.09.19.677469 PMID:41000895	研究论文	本研究首次通过动物实验证实PFAS暴露通过上调肾脏上皮钠通道诱发盐敏感性高血压	首次提供PFAS暴露与高血压因果关系的实验证据，发现PFAS通过降低Nedd4-2磷酸化增加αENaC表达的分子机制	研究仅使用129S6小鼠模型，性别差异机制尚未完全阐明	探究PFAS暴露对血压调节和肾脏损伤的因果机制	129S6小鼠（雄性和雌性）	毒理学与心血管疾病研究	高血压与肾脏疾病	单细胞RNA测序、蛋白质印迹、病理学分析	NA	实验数据（生理指标、基因表达、蛋白水平）	129S6小鼠群体（具体数量未明确）
227	2025-09-27	Principles of protein abundance regulation across single cells in a mammalian tissue 2025-Sep-20, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.09.17.676955 PMID:41000751	研究论文	本研究首次在哺乳动物组织中系统量化了单细胞水平的蛋白质合成与清除调控机制	首次在原始组织中实现超过4,200个单细胞的蛋白质合成与清除系统量化，揭示翻译和蛋白质清除对细胞生长速率的线性依赖关系	NA	探究哺乳动物组织中单细胞基因表达的蛋白质丰度调控原理	原始哺乳动物组织中的4,200多个单细胞	单细胞生物学	NA	单细胞转录组学与蛋白质组学整合分析	NA	单细胞多组学数据（转录组和蛋白质组）	超过4,200个原始组织单细胞
228	2025-09-27	Constructing Gene Regulatory Network using Chatterjee's Rank Correlation with Single-cell Transcriptomic Data 2025-Sep-20, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.09.17.676530 PMID:41000795	研究论文	提出基于Chatterjee秩相关系数的单细胞转录组基因调控网络推断新方法	首次将Chatterjee秩相关系数应用于GRN推断，开发了数据驱动的检验阈值估计算法，并提出定向调控检验新方法	NA	从单细胞RNA测序数据中推断基因调控网络	基因调控网络	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	非参数统计方法	单细胞转录组数据	模拟数据集和真实数据集
229	2025-09-27	Network dynamics underlying activity-timescale differences between cortical regions 2025-Sep-20, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.09.19.677442 PMID:41000864	研究论文	通过整合空间转录组学和双光子成像技术，揭示小鼠大脑皮层不同区域网络动力学的时间尺度差异及其分子基础	首次将功能成像与空间转录组学数据联合分析，并通过光遗传学操控直接比较视觉皮层与前额叶皮层对局部兴奋输入的差异化网络响应机制	研究局限于小鼠模型，尚未验证在灵长类或人类皮层中的普适性	探究大脑皮层不同区域在活动时间尺度上的网络动力学差异及其形成机制	小鼠大脑皮层（重点关注短时间尺度的初级视觉皮层VISp和长时间尺度的前额叶皮层MOs）	神经科学	NA	空间转录组学、双光子成像、光遗传学	NA	神经成像数据、基因表达数据	小鼠皮层多区域神经元网络
230	2025-09-27	A cross model spatial and single-cell atlas reveals the conserved involvement of osteopontin in polycystic kidney disease 2025-Sep-20, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.09.17.676846 PMID:41000888	研究论文	通过构建跨模型单细胞和空间转录组图谱，揭示骨桥蛋白在多囊肾病中的保守作用机制	首次建立跨PKD小鼠模型的整合单细胞空间转录组图谱，发现骨桥蛋白（SPP1）信号通路在疾病进展中的保守作用	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类患者中进行验证	阐明多囊肾病进展的细胞和分子机制，寻找新的治疗靶点	多囊肾病小鼠模型	单细胞生物学	多囊肾病	单细胞RNA测序（scRNAseq）、空间转录组学	NA	单细胞转录组数据、空间转录组数据	多个PKD小鼠模型（具体数量未明确说明）
231	2025-09-27	Rod-shaped microglia interact with neuronal dendrites to attenuate cortical excitability during TDP-43-related neurodegeneration 2025-Sep-19, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2025.08.016 PMID:40975067	研究论文	本研究揭示杆状小胶质细胞通过重塑兴奋性突触输入缓解TDP-43相关神经退行性疾病中的皮层过度兴奋	首次发现杆状小胶质细胞亚群通过直接与神经元树突相互作用发挥神经保护功能	研究局限于TDP-43转基因小鼠模型，人类相关性需进一步验证	探究小胶质细胞在神经退行性疾病相关皮层兴奋性调节中的作用机制	rNLS8转基因小鼠模型的皮层神经元和微胶质细胞	神经科学	神经退行性疾病	多通道探针记录、纵向活体钙成像、空间和单细胞RNA测序	转基因小鼠模型	电生理记录、成像数据、基因表达数据	rNLS8转基因小鼠模型（具体数量未明确说明）
232	2025-09-27	Multi-omics integrated analysis identifies key biomarkers for hepatocellular carcinoma 2025-Sep-19, Medicine IF:1.3Q2 DOI:10.1097/MD.0000000000044642 PMID:40988212	研究论文	通过多组学整合分析鉴定肝细胞癌的关键生物标志物CNIH4	首次结合空间转录组、瘤内感染数据和免疫微环境分析，发现CNIH4在肝细胞癌中的异质性及其与免疫调控的关联	需要临床样本进一步验证结论	探索肝细胞癌的关键病因和新治疗方法	肝细胞癌生物标志物CNIH4	生物信息学	肝细胞癌	转录组全关联研究、孟德尔随机化分析、加权基因共表达网络分析、机器学习、空间转录组、分子对接、虚拟筛选、表型全关联研究	机器学习	多组学数据（转录组、空间转录组、感染数据）	NA
233	2025-09-27	Hypertension-Induced Neurovascular and Cognitive Dysfunction at Single-Cell Resolution 2025-Sep-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.04.14.648770 PMID:41000655	研究论文	通过单细胞RNA测序技术研究高血压诱导的神经血管和认知功能障碍的分子机制	首次在单细胞分辨率下揭示高血压早期（3天）即出现内皮细胞、少突胶质细胞和中间神经元的分子水平异常	研究基于小鼠模型，结果需要进一步在人类中验证	阐明高血压影响脑细胞的分子机制及其与认知功能障碍的关系	高血压小鼠模型的新皮质细胞	神经科学	心血管疾病	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	血管紧张素II诱导的高血压小鼠模型	单细胞转录组数据	高血压小鼠新皮质细胞（3天和42天两个时间点）
234	2025-09-27	Lipoxin B 4 Mitigates TRPV4-Activated Müller Cell Gliosis During Ocular Hypertension 2025-Sep-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.09.17.673801 PMID:41000836	研究论文	本研究探讨脂氧素B4在眼高压条件下通过调节TRPV4通道抑制Müller细胞胶质化反应的神经保护机制	首次发现Müller胶质细胞是视网膜中LXB4的内源性来源，并揭示TRPV4激活同时触发胶质化和保护性脂质信号的双重作用	研究主要基于小鼠模型和体外实验，人类临床相关性尚需验证	探究LXB4是否调节TRPV4驱动的Müller胶质细胞活化及其在视网膜脂氧素通路中的作用	小鼠Müller胶质细胞（原代和永生化细胞系）及眼高压模型	神经科学	青光眼	流式细胞术、免疫染色、qPCR、Western blot、LC-MS/MS脂质组学、单细胞RNA测序	NA	转录组数据、蛋白质表达数据、脂质代谢数据	小鼠眼高压模型及体外培养的Müller细胞
235	2025-09-27	Clonal dynamics shaped by diverse drug-tolerant persister states in melanoma resistance 2025-Sep-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.09.16.676608 PMID:41000875	研究论文	本研究通过开发MeRLin平台追踪黑色素瘤靶向治疗过程中的克隆动态和转录变化，揭示耐药持久细胞通过四种保守状态驱动肿瘤复发	开发整合细胞条形码、单细胞转录组、RNA-FISH和计算分析的MeRLin平台，首次系统揭示黑色素瘤耐药持久细胞的四种保守状态及其空间互作网络	研究基于患者来源的黑色素瘤模型，临床转化价值需进一步验证	解析黑色素瘤靶向治疗耐药机制和肿瘤异质性	患者来源的黑色素瘤模型和耐药持久细胞	癌症生物学	黑色素瘤	细胞条形码、单细胞转录组学、RNA荧光原位杂交(FISH)、空间转录组学、计算分析	MeRLin平台（整合多组学分析）	单细胞转录组数据、空间转录组数据、RNA-FISH图像数据	患者来源的黑色素瘤模型（具体样本数量未明确说明）
236	2025-09-27	Size-Modulated Mesoderm-Endoderm Divergence and Myocardial Cavitation in Micropatterned Cardioids 2025-Sep-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.09.17.676874 PMID:41000917	研究论文	利用微图案心脏类器官模型研究中胚层-内胚层协同发育与心肌空腔形成机制	整合微图案心脏类器官、CRISPR工程化hiPSCs、深层组织成像和单细胞RNA测序技术，首次系统揭示图案尺寸调控中胚层-内胚层分化与心脏腔室形成的关系	模型仍处于早期发育阶段模拟，未涵盖完整心脏发育过程	探究中胚层和内胚层在心脏发育过程中的协同信号交流机制	人诱导多能干细胞衍生的心脏类器官	发育生物学	心血管疾病	单细胞RNA测序、CRISPR基因编辑、深层组织成像	心脏类器官模型	基因表达数据、影像数据	基于不同尺寸微图案（重点分析600µm直径）制备的多批次心脏类器官样本
237	2025-09-27	A Human Glomerular Disease Atlas defines the APOL1-JAK-STAT feed forward loop in focal segmental glomerulosclerosis 2025-Sep-19, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2025.09.12.25335572 PMID:41001468	研究论文	通过构建人类肾小球疾病图谱，揭示了局灶节段性肾小球硬化中APOL1-JAK-STAT前馈环路机制	首次整合大规模单核RNA测序数据构建OCEAN图谱，发现APOL1与JAK-STAT通路的新型前馈调控机制	样本来源主要限于肾病综合征研究网络，需要更多独立队列验证	解析罕见肾小球疾病的转录调控程序	人类肾脏活检组织（120例）和参考肾脏组织（50例）	数字病理	肾脏疾病	单核RNA测序(snRNAseq)、单细胞测序(scRNAseq)	无监督分析	基因表达数据	170例肾脏组织样本（120例活检+50例参考组织）
238	2025-09-27	VEGFR2 blockade overcomes acquired KRAS G12D inhibitor resistance driven by PI3Kγ activation 2025-Sep-18, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.09.16.676456 PMID:41000780	研究论文	本研究揭示了KRAS G12D抑制剂获得性耐药的新机制，并提出VEGFR2阻断联合疗法可克服耐药性	首次发现PI3Kγ激活通过VEGFA-VEGFR2信号环路驱动KRAS G12D抑制剂耐药，并验证联合治疗策略	研究主要基于临床前模型，尚未进行临床试验验证	探索KRAS G12D抑制剂获得性耐药机制并开发克服策略	胃肠道癌细胞系和患者来源类器官(PDOs)	肿瘤生物学	胰腺癌、胃癌、结直肠癌	单细胞RNA测序、蛋白质免疫印迹、小鼠异种移植模型	NA	基因表达数据、蛋白质磷酸化数据、体内成像数据	9个人类胃肠道癌症模型（包括3个患者来源类器官）
239	2025-09-27	Pancreatic tumor microenvironment reprogramming via alloantigen-expressing virotherapy elicits tumor rejection and improves immunotherapy response 2025-Sep-18, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.09.15.675641 PMID:41000962	研究论文	本研究开发了一种表达异体抗原的溶瘤病毒疗法，通过重编程胰腺癌免疫抑制微环境来增强免疫治疗效果	首次利用移植排斥机制，通过表达H-2Kk异体抗原的溶瘤病毒诱导肿瘤特异性抗原错配反应，将免疫冷肿瘤转化为免疫热肿瘤	病毒疗法同时诱导了补偿性免疫抑制通路（如抗病毒反应基因和PD-L2上调）	开发新型免疫治疗策略以克服胰腺癌免疫抑制微环境	胰腺导管腺癌（PDAC）小鼠模型	肿瘤免疫治疗	胰腺癌	溶瘤病毒疗法、多重免疫组化、空间转录组学	重组溶瘤rVMG病毒载体（rVMG-H-2Kk）	体内实验数据、免疫表型分析、基因表达数据	两个独立的免疫活性PDAC小鼠模型
240	2025-09-27	A Novel Proteoglycan-4 Isoform Drives Skeletal Regeneration 2025-Sep-18, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.09.15.676417 PMID:41001003	研究论文	本研究通过小鼠胫骨骨折模型发现PRG4蛋白的新型剪接异构体在骨骼再生中的关键作用	首次发现PRG4的新型剪接异构体（缺失三个编码外显子）具有促成骨功能，突破了PRG4仅在关节软骨润滑中作用的传统认知	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类临床样本中验证	探究PRG4在骨骼修复过程中的功能机制	小鼠胫骨骨折模型及骨折骨痂组织	骨骼再生医学	骨折修复	RNA-seq、单细胞RNA-seq、siRNA局部敲降	NA	转录组数据	多个骨折后时间点的小鼠骨痂样本