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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 221 | 2026-04-02 |
Sparser2Sparse: Single-shot Sparser-to-Sparse Learning for Spatial Transcriptomics Imputation with Natural Image Co-learning
2026-Mar-31, IEEE journal of biomedical and health informatics
IF:6.7Q1
DOI:10.1109/JBHI.2026.3679252
PMID:41915529
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研究论文 | 提出了一种名为S2S-ST的新型单次稀疏到稀疏学习框架,用于空间转录组学数据插补,并利用自然图像进行协同训练 | 1) 提出稀疏到稀疏的自监督学习策略,利用ST数据内在空间模式从更稀疏子集预测部分观测稀疏区域;2) 引入与自然图像的跨域协同学习以增强特征表示;3) 设计级联数据一致性插补网络(CDCIN),在迭代优化预测的同时保持采样基因数据的保真度 | NA | 解决高分辨率空间转录组学数据成本高、稀缺性的挑战,实现从稀疏输入进行准确数据插补 | 空间转录组学数据 | 空间转录组学 | 乳腺癌 | 空间转录组学 | 级联数据一致性插补网络(CDCIN) | 空间转录组学数据,自然图像 | 多种组织类型(包括乳腺癌、肝脏和淋巴组织) | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 222 | 2026-04-02 |
Biomimetic Bamboo-Inspired Bone Repair Scaffold: Reversing Degraded States and Promoting Mesenchymal Stem Cell Differentiation
2026-Mar-31, ACS applied bio materials
IF:4.6Q2
DOI:10.1021/acsabm.6c00387
PMID:41915781
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研究论文 | 本研究报道了一种受竹子和骨小梁结构启发的多功能骨修复支架,旨在通过上调关键基因逆转骨质疏松中骨髓间充质干细胞的衰老表型,从而促进骨再生 | 设计了一种结合聚乳酸纳米取向纤维和I型胶原的仿生支架,其独特的纺锤形互连孔隙结构模拟了骨小梁的管腔陷窝,并通过上调Slc25a33和Crabp1基因来逆转细胞衰老 | 研究主要在老年骨质疏松大鼠模型中进行,尚未在更广泛的骨质疏松模型或临床患者中验证其长期安全性和有效性 | 开发一种能够逆转骨髓间充质干细胞衰老、促进骨质疏松性骨缺损修复的新型骨支架材料 | 骨髓间充质干细胞(BMSCs)、老年骨质疏松大鼠 | 组织工程与再生医学 | 骨质疏松症 | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据、组织学数据、力学性能数据 | 15月龄老年骨质疏松大鼠 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 223 | 2026-04-02 |
Pulmonary fibroblast activation during Aspergillus fumigatus infection enhances lung defense via immunomodulation and tissue remodeling
2026-Mar-31, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-71027-5
PMID:41917025
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研究论文 | 本研究揭示了肺成纤维细胞在烟曲霉感染期间被激活,通过免疫调节和组织重塑增强肺部防御功能 | 首次在免疫正常和免疫抑制宿主中,利用细胞谱系追踪、靶向细胞消融和单细胞RNA测序技术,系统研究了肺成纤维细胞对烟曲霉感染的功能响应,并发现了一个具有获得性免疫调节特性和增强细胞外基质分泌能力的成纤维细胞亚群 | NA | 探究肺成纤维细胞在烟曲霉感染引起的肺部损伤中的功能响应及其在宿主防御中的作用 | 烟曲霉感染的小鼠模型中的肺成纤维细胞 | 数字病理学 | 肺部感染/侵袭性曲霉病 | 单细胞RNA测序,细胞谱系追踪,靶向细胞消融 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 224 | 2026-04-02 |
Generative cerebral vasculature visualization using spatial transcriptomic data
2026-Mar-31, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-026-46455-4
PMID:41917199
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研究论文 | 本文提出了一种基于空间转录组数据的生成式AI模型,用于预测大脑血管系统的空间组织结构 | 利用空间mRNA引导的生成模型Tera-MIND,通过Cldn5和Acta2基因的共表达模式及其学习到的注意力图,在细胞级别分辨率上预测大脑血管空间组织 | NA | 探索大脑血管系统的结构变异性和区域特异性功能,以解释疾病模型中的神经学改变 | 小鼠大脑血管系统 | 数字病理学 | 神经疾病 | 空间转录组学 | 生成式AI模型,基于patch和边界感知的扩散模型 | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 225 | 2026-04-02 |
Perspectives from machine learning and multi-omics to decoding the effects of VDAC2 malignant subsets on tumor evolution
2026-Mar-31, NPJ precision oncology
IF:6.8Q1
DOI:10.1038/s41698-026-01394-1
PMID:41917254
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研究论文 | 本研究通过多组学分析和机器学习方法,系统性地揭示了VDAC2在泛癌中的致癌作用及其通过VDAC2-BAK1-IFNγ通路影响肿瘤进展和免疫逃逸的机制 | 首次在泛癌层面系统性地整合了批量RNA测序、单细胞RNA测序和空间转录组学数据来研究VDAC2,并识别了VDAC2-BAK1-IFNγ这一在消化系统癌症中重要的新通路 | 体外实验验证主要集中于胃癌细胞,需要在更多癌症类型和体内模型中进行进一步验证 | 系统性地挖掘VDAC2在泛癌中的作用,探索其作为预后标志物和治疗靶点的潜力 | 泛癌数据集、胃癌细胞系 | 机器学习 | 泛癌(重点关注消化系统癌症) | 批量RNA测序, 单细胞RNA测序, 空间转录组学, RT-PCR, 细胞共培养, CCK-8检测, Transwell侵袭实验, ELISA | NA | 转录组数据, 细胞实验数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 226 | 2026-04-02 |
Spatial transcriptomics of urothelial carcinoma with basal/squamous differentiation identifies Galectin-7 as a specific marker of squamous lineage commitment
2026-Mar-31, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-026-04927-z
PMID:41917522
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 227 | 2026-04-02 |
Compact and informative representation learning for scRNA-seq data clustering with masked information bottleneck
2026-Mar-31, BMC biology
IF:4.4Q1
DOI:10.1186/s12915-026-02590-y
PMID:41917934
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研究论文 | 提出了一种名为scMIB的掩码信息瓶颈框架,用于从单细胞RNA测序数据中学习紧凑且信息丰富的表示,以提升细胞聚类的准确性和鲁棒性 | 结合了基于掩码的去噪策略与信息瓶颈目标,通过扰动基因表达模式并训练模型恢复信息结构,同时压缩冗余信号并保留对聚类最相关的信息,还引入了掩码一致性学习机制以捕获稳定的基因水平模式 | NA | 解决单细胞RNA测序数据中高稀疏性、噪声和冗余性对细胞聚类准确性的挑战 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 掩码信息瓶颈框架 | 基因表达数据 | 多个公共scRNA-seq数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 228 | 2026-04-02 |
Neutrophil aconitate decarboxylase 1/itaconate axis suppresses extracellular traps via alkylating GSDMD and alleviates murine liver injury
2026-Mar-30, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2026.116578
PMID:41915992
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研究论文 | 本文探讨了ACOD1/ITA轴通过烷基化GSDMD抑制中性粒细胞胞外陷阱形成,从而减轻小鼠肝损伤的机制 | 首次揭示了ACOD1/ITA轴通过烷基化GSDMD抑制NETs形成,为肝病治疗提供了新思路 | 研究主要基于小鼠模型,尚未在人类样本中验证 | 探索ACOD1与NETs在肝损伤中的关系及其机制 | 小鼠中性粒细胞和肝损伤模型 | NA | 肝损伤 | 单细胞RNA测序 | NA | 测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 229 | 2026-04-02 |
Tobacco exposure and peripheral artery disease: A multi-omics investigation integrating epidemiology, genetics, toxicology, and single-cell transcriptomics
2026-Mar-30, Ecotoxicology and environmental safety
IF:6.2Q1
DOI:10.1016/j.ecoenv.2026.120083
PMID:41916120
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研究论文 | 本研究通过整合流行病学、遗传学、毒理学和单细胞转录组学方法,探讨烟草暴露与血清可替宁水平对周围动脉疾病的影响及其炎症通路机制 | 首次将流行病学分析、网络毒理学、孟德尔随机化、分子对接动力学和单细胞转录组学整合,系统揭示可替宁通过IL6/STAT3信号通路介导烟草暴露与周围动脉疾病关联的新机制 | 分子对接和动力学分析仅提示可替宁与IL6/STAT3可能存在瞬时相互作用,需进一步实验验证;单细胞数据未明确说明样本来源和数量 | 阐明烟草暴露通过血清可替宁介导的炎症通路导致周围动脉疾病的分子机制 | 烟草暴露人群、周围动脉疾病患者、血管相关免疫细胞和基质细胞 | 单细胞转录组学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序、孟德尔随机化、分子对接与动力学、网络毒理学 | NA | 流行病学数据、遗传数据、分子模拟数据、单细胞转录组数据 | 基于NHANES数据库的流行病学队列(具体样本数未说明) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 230 | 2026-04-02 |
Pre-existing cell states predict resistance to multiple treatments
2026-Mar-30, Cell genomics
IF:11.1Q1
DOI:10.1016/j.xgen.2026.101191
PMID:41916275
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研究论文 | 本研究通过多治疗、高通量克隆追踪和单细胞RNA测序技术,揭示了癌症细胞在治疗前的预存状态如何预测其对多种治疗产生耐药性 | 首次在平行多治疗条件下追踪稀有克隆的耐药性发展过程,并识别出与多治疗耐药相关的细胞状态,特别是发现治疗前CD44高表达可作为多治疗耐药的预测指标 | 研究主要基于体外实验模型,尚未在临床样本中得到充分验证 | 探究癌症细胞预存状态对多种治疗耐药性的预测机制 | 癌症细胞克隆 | 单细胞组学 | 癌症 | DNA条形码技术、单细胞RNA测序 | NA | 单细胞基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 231 | 2026-04-02 |
Single-cell spatial transcriptomics reveals tumor microenvironment heterogeneity in primary and lymph node-metastatic small cell lung cancer
2026-Mar-30, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2026.102713
PMID:41916294
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研究论文 | 本研究利用单细胞空间转录组学技术,揭示了小细胞肺癌原发灶和淋巴结转移灶中肿瘤微环境的异质性 | 首次在小细胞肺癌中应用单细胞空间转录组学技术,系统描绘了淋巴结转移过程中的空间细胞生态系统,并识别了与免疫排斥相关的恶性亚群及血管-免疫互作机制 | 研究样本主要来自特定患者群体,可能无法完全代表所有小细胞肺癌亚型;空间转录组学技术分辨率虽高,但仍受限于检测通量和基因覆盖度 | 探究小细胞肺癌淋巴结转移过程中肿瘤微环境的空间异质性及其对预后的影响 | 75名小细胞肺癌患者的105个原发灶和转移淋巴结样本 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 105个组织标本,超过600,000个细胞 | NA | 单细胞空间转录组学 | CosMx Spatial Molecular Imager | CosMx空间分子成像仪 |
| 232 | 2026-04-02 |
Multiscale domain identification for spatial transcriptomics via persistent homology
2026-Mar-30, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2026.101376
PMID:41916308
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研究论文 | 本文提出了一种基于持续同调的多尺度空间域识别方法PHD-MS,用于分析空间转录组数据 | 首次将拓扑数据分析(TDA)中的持续同调方法应用于空间转录组学,能够识别跨多个形态尺度的组织空间结构 | 未在摘要中明确说明 | 开发能够识别多尺度空间域的算法,以克服传统聚类方法仅关注单一尺度的问题 | 空间转录组数据中的基因表达空间模式 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 持续同调(拓扑数据分析) | 空间基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 233 | 2026-04-02 |
Perturb-seq uncovers pathological obstacles to direct cardiac reprogramming in vivo
2026-Mar-30, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2026.03.006
PMID:41916284
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研究论文 | 本研究利用Perturb-seq平台系统识别了体内心脏重编程的障碍,发现calreticulin (Calr)是主要抑制剂,其敲除可显著提高诱导心肌细胞效率并改善心肌梗死后的心脏功能 | 开发了适用于复杂病理环境的Perturb-seq平台,首次系统比较并排名了140个潜在体内心脏重编程障碍,揭示了Calr作为关键抑制剂的新机制 | 研究主要基于shRNA筛选和单细胞RNA-seq数据,体内实验验证可能受模型特异性限制,未全面探讨其他潜在障碍的长期影响 | 识别并克服体内直接心脏重编程的病理障碍,以提高心肌细胞诱导效率,促进心脏再生 | 成纤维细胞向心肌细胞的直接转分化过程,特别是在心肌梗死后的病理微环境中 | 单细胞组学 | 心血管疾病 | Perturb-seq, 单细胞RNA-seq, shRNA筛选 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 涉及140个潜在障碍的筛选 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | 定制化Perturb-seq平台,适用于复杂病理环境 |
| 234 | 2026-04-02 |
mRNA lipid-nanoparticle-mediated mitochondrial apoptosis augments adoptive T cell immunotherapy
2026-Mar-30, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2026.102706
PMID:41916290
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研究论文 | 本研究开发了一种基于mRNA脂质纳米颗粒的组合策略,通过编码激活型蛋白的BH3结构域触发线粒体凋亡,以增强过继性T细胞免疫疗法的抗肿瘤效果 | 利用mRNA脂质纳米颗粒递送BH3结构域来特异性诱导肿瘤细胞的免疫原性细胞死亡,并重塑免疫抑制微环境,与过继性T细胞疗法协同增强疗效 | NA | 增强过继性T细胞免疫疗法对实体瘤的治疗效果 | 肿瘤细胞和过继性T细胞 | NA | 癌症 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 235 | 2026-04-02 |
Robust transcriptomic hallmarks targeting intratumor heterogeneity in intrahepatic cholangiocarcinoma
2026-Mar-30, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2026.102708
PMID:41916296
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研究论文 | 本研究通过整合多区域、单区域和单细胞RNA测序数据,系统表征了肝内胆管癌的基因表达瘤内异质性,并开发了一种瘤内异质性不敏感的分类系统 | 识别了低瘤内异质性/高瘤间变异性基因集,并基于此定义了五个具有不同临床和分子特征的亚组,提供了新的生物标志物和治疗策略 | 未明确说明样本来源的多样性或潜在的技术偏差 | 克服肝内胆管癌中瘤内异质性对转录组分层的影响,建立稳健的分子分类框架 | 肝内胆管癌肿瘤组织 | 数字病理学 | 肝内胆管癌 | 多组学数据整合、单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据、多组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 236 | 2026-04-02 |
Taming Autoimmunity: Alpha-1 Antitrypsin Overexpressing Mesenchymal Stem/Stromal Cells Promote Regulatory T Cell Crosstalk to Reverse Diabetes
2026-Mar-30, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.ymthe.2026.03.032
PMID:41918165
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研究论文 | 本研究探讨了过表达α-1抗胰蛋白酶的间充质干细胞/基质细胞(AAT-MSCs)如何通过调节T细胞反应来逆转小鼠糖尿病 | 首次结合单细胞RNA测序、流式细胞术和功能分析,系统揭示了AAT-MSCs通过增强调节性T细胞(Tregs)的细胞间通讯来抑制自身免疫反应的新机制 | 研究主要基于小鼠模型,人类细胞的体外实验结果仍需体内验证,且长期疗效和安全性未评估 | 阐明AAT-MSCs在1型糖尿病治疗中的免疫调节机制,为其临床转化提供依据 | 非肥胖糖尿病(NOD)小鼠的胰腺淋巴结和胰岛细胞,以及小鼠和人类的体外细胞 | 单细胞组学 | 1型糖尿病 | 单细胞RNA测序,流式细胞术,功能分析 | NA | 单细胞转录组数据,流式细胞数据 | 未明确样本数量,但涉及NOD小鼠模型及体外小鼠/人类细胞实验 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 237 | 2026-04-02 |
Association between craniosynostosis and phospholipid metabolism: Insights from single-cell and transcriptomic analysis
2026-Mar-27, Medicine
IF:1.3Q2
DOI:10.1097/MD.0000000000048030
PMID:41894269
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研究论文 | 本研究通过多组学方法探讨了颅缝早闭与磷脂代谢之间的关联 | 首次从磷脂代谢角度系统研究颅缝早闭的发病机制,并结合单细胞RNA测序、孟德尔随机化和网络药理学方法 | 样本量有限导致统计显著性受限,遗传证据尚属探索性 | 阐明颅缝早闭的发病机制,探索潜在治疗靶点 | 儿童颅缝早闭患者和实验小鼠的颅缝组织 | 数字病理学 | 颅缝早闭 | 单细胞RNA测序, 转录组分析, 孟德尔随机化, 网络药理学, 分子对接 | NA | 转录组数据, 单细胞RNA测序数据 | 临床样本和实验小鼠组织,具体数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA-seq, 转录组学 | NA | NA |
| 238 | 2026-04-02 |
Circulating exhausted CD8+ effector memory cells differentiate immune checkpoint inhibitor-induced liver injury from other acute immune-mediated liver injuries
2026-Mar-27, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2025-014178
PMID:41895713
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研究论文 | 本研究通过多组学分析,鉴定了一种循环耗竭CD8+效应记忆T细胞亚群,可作为区分免疫检查点抑制剂诱导的肝损伤与其他急性免疫介导性肝损伤的潜在生物标志物 | 首次系统性地比较了免疫检查点抑制剂诱导的肝损伤与其他免疫介导性肝损伤的免疫特征差异,并鉴定出具有诊断潜力的特异性循环T细胞亚群 | 样本量相对有限,且为观察性研究,需要更大规模的前瞻性研究验证生物标志物的临床实用性 | 寻找能够区分免疫检查点抑制剂诱导的肝损伤与其他急性免疫介导性肝损伤的生物标志物 | 接受免疫治疗的癌症患者(包括发生和未发生肝损伤者)、健康对照者、药物性肝损伤患者、自身免疫性肝炎患者 | 免疫学 | 肝损伤 | 质谱流式细胞术、流式细胞术、单细胞RNA测序、bulk RNA测序、细胞因子分析、共聚焦显微镜 | NA | 单细胞转录组数据、bulk转录组数据、蛋白质表达数据、细胞图像数据 | 多个队列的患者样本,包括急性肝损伤期、治疗前及治疗后12周的样本,以及健康对照和疾病对照样本 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 239 | 2026-04-02 |
Endothelial cells recruit pro-inflammatory macrophage clusters via App-Cd74 exacerbating ICI-associated myocarditis
2026-Mar-27, Genomics
IF:3.4Q2
DOI:10.1016/j.ygeno.2026.111238
PMID:41905617
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析小鼠ICI相关心肌炎模型,发现内皮细胞通过App-Cd74轴招募促炎性巨噬细胞簇,揭示了ICI心肌炎的新免疫病理机制 | 首次通过单细胞RNA测序鉴定出ICI心肌炎中由Cxcl9和Cxcl10共表达的巨噬细胞亚群,并发现内皮细胞通过App-Cd74信号轴驱动其聚集,为靶向治疗提供了新方向 | 研究基于小鼠模型,人类临床样本验证尚缺;单细胞测序技术可能受限于细胞捕获效率和基因检测灵敏度 | 探究免疫检查点抑制剂相关心肌炎的发病机制,寻找潜在治疗靶点 | 小鼠心脏组织中的免疫细胞,特别是巨噬细胞亚群和内皮细胞 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | 深度学习框架scTenifoldXct | 单细胞转录组数据 | 小鼠ICI心肌炎模型的心脏组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 240 | 2026-04-02 |
Spatiotemporal multiomics reveal a default CD4 fate and a stem-like CD8 T cell subset in the thymus
2026-Mar-25, Journal of advanced research
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jare.2026.03.053
PMID:41895464
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞转录组学、蛋白质分析、染色质可及性和空间转录组学技术,构建了小鼠胸腺T细胞发育的多模态图谱,揭示了αβ和γδ谱系的早期分叉、CD4谱系的默认程序以及一个干细胞样CD8 T细胞亚群 | 首次结合单细胞多组学和空间转录组学技术,高分辨率地解析了胸腺T细胞发育的时空动态,明确了αβ和γδ谱系在DN1阶段的早期分叉,并发现CD4谱系是转录默认程序,而CD8谱系需要Runx3激活和I类MHC信号 | 研究基于小鼠模型,结果可能不完全适用于人类;空间转录组学分辨率有限,可能无法完全捕捉细胞间相互作用的细节 | 构建胸腺T细胞发育的全面多模态图谱,以阐明早期谱系决定、中间状态和空间检查点的分子机制 | 小鼠胸腺中的胸腺细胞 | 单细胞组学 | NA | 单细胞转录组学、CITE-seq、scATAC-seq、空间转录组学 | NA | 单细胞转录组数据、蛋白质表达数据、染色质可及性数据、空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq、单细胞ATAC-seq、空间转录组学 | NA | NA |