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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 221 | 2025-11-06 |
Neoadjuvant Immunotherapy Promotes the Formation of Mature Tertiary Lymphoid Structures in a Remodeled Pancreatic Tumor Microenvironment
2025-Nov-03, Cancer immunology research
IF:8.1Q1
DOI:10.1158/2326-6066.CIR-25-0387
PMID:40815230
|
研究论文 | 本研究通过构建胰腺导管腺癌的空间多组学图谱,揭示了新辅助免疫治疗促进成熟三级淋巴结构形成及其在肿瘤微环境重塑中的作用 | 首次报道了新辅助免疫治疗在胰腺癌中促进成熟三级淋巴结构形成的空间特征,并发现了与患者生存改善相关的TLS特异性空间基因表达特征 | 研究样本量有限,且主要关注特定免疫治疗方案下的反应机制 | 探究三级淋巴结构在胰腺导管腺癌免疫治疗中的作用及其空间分布特征 | 接受新辅助免疫治疗联合治疗的胰腺导管腺癌患者肿瘤组织及肿瘤邻近淋巴结 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 成像质谱流式技术,空间转录组学,无监督基因表达矩阵分解 | 机器学习分类模型,无监督学习 | 图像,基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学,成像质谱流式 | NA | NA |
| 222 | 2025-11-06 |
Highly accurate reference and method selection for universal cross-data set cell type annotation with CAMUS
2025-Nov-03, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.280821.125
PMID:41034048
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研究论文 | 提出一种通用参考数据和方法选择策略CAMUS,用于跨数据集细胞类型注释 | 开发了首个通用参考数据和方法选择策略,显著提升细胞类型注释准确性 | NA | 提高单细胞数据中细胞类型注释的准确性和效率 | 单细胞RNA测序数据和单细胞ATAC测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序,单细胞ATAC测序 | NA | 单细胞测序数据 | 672对跨物种scRNA-seq数据集,80个scST数据集,5个scATAC-seq数据集 | NA | single-cell RNA-seq, single-cell ATAC-seq | NA | NA |
| 223 | 2025-11-06 |
Evaluation of Proton Minibeam Radiotherapy on Antitumor Immune Responses in a Rat Model of Glioblastoma
2025-Nov-03, Cancer immunology research
IF:8.1Q1
DOI:10.1158/2326-6066.CIR-24-0902
PMID:40833465
|
研究论文 | 评估质子微束放疗在胶质母细胞瘤大鼠模型中对抗肿瘤免疫反应的影响 | 首次在临床前胶质母细胞瘤模型中系统研究质子微束放疗的免疫调节作用,发现其优于传统质子疗法的免疫激活特性 | 研究仅限于大鼠模型,尚未在人体验证;单细胞转录组学分析可能未完全捕捉所有免疫细胞亚群 | 探索质子微束放疗对胶质母细胞瘤免疫反应的调节机制 | 胶质母细胞瘤原位大鼠模型 | 放射肿瘤学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞转录组学,质子微束放疗 | NA | 基因表达数据,免疫细胞密度数据 | 胶质母细胞瘤大鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 224 | 2025-11-06 |
Protocol for decoding immune predictors of response to immunotherapy through pan-cancer multiomics analysis
2025-Nov-03, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2025.104183
PMID:41187056
|
研究论文 | 提出一种通过单细胞多组学分析解码免疫检查点阻断治疗反应预测因子的实验方案 | 整合单细胞RNA测序、免疫分型和质谱流式技术,结合基因调控网络和细胞互作分析,建立跨癌种的免疫预测模型 | NA | 开发识别免疫治疗反应相关T细胞亚群和预测生物标志物的分析方法 | 多种癌症类型中的T细胞动态 | 生物信息学 | 多种癌症 | 单细胞RNA测序, 单细胞免疫分型, 质谱流式技术 | 基因调控网络分析, 细胞互作分析 | 单细胞转录组数据, 蛋白质表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞免疫分析, 质谱流式细胞术 | NA | NA |
| 225 | 2025-11-06 |
Monohaloacetamide disinfection by-products are potential risk factors for the quality of mouse oocytes
2025-Nov-03, Ecotoxicology and environmental safety
IF:6.2Q1
DOI:10.1016/j.ecoenv.2025.119343
PMID:41187544
|
研究论文 | 本研究系统评估了单卤乙酰胺消毒副产物对雌性小鼠生殖系统的毒性作用及分子机制 | 首次系统比较不同单卤乙酰胺的生殖毒性等级,并通过单细胞RNA测序揭示其分子作用机制 | 研究仅使用小鼠模型,未涉及人类样本;暴露浓度和时长可能无法完全反映真实环境暴露情况 | 评估单卤乙酰胺消毒副产物的生殖毒性及其分子机制 | 雌性小鼠卵母细胞 | 生殖毒理学 | 生殖系统疾病 | 单细胞RNA测序,氧化应激生物标志物检测,线粒体功能测定,卵巢组织病理学分析 | 小鼠动物模型 | 基因表达数据,组织病理图像,生化指标数据 | 雌性小鼠群体(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA测序 | Smart-seq2 | Smart-seq2单细胞RNA测序技术 |
| 226 | 2025-11-06 |
A phenotypic brain organoid atlas and biobank for neurodevelopmental disorders
2025-Nov-03, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2025.10.006
PMID:41187745
|
研究论文 | 本研究建立了神经发育障碍的表型脑类器官图谱和生物样本库 | 创建了首个包含352个遗传多样性患者来源iPSCs的NDD生物样本库,并系统分析了6000多个脑类器官的组织学和单细胞转录组特征 | 仅从35名代表性患者中深入分析,样本规模相对有限 | 建立神经发育障碍的疾病模型并探索其细胞机制 | 神经发育障碍患者来源的诱导多能干细胞和脑类器官 | 发育神经生物学 | 神经发育障碍 | 单细胞转录组测序,组织学分析 | 脑类器官模型 | 单细胞RNA-seq数据,影像数据,基因组数据 | 352个iPSC系,35名代表性患者,6000多个脑类器官,10名神经典型对照 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 227 | 2025-11-06 |
Insights into the relevance of targeting fibroblasts to control cancer
2025-Nov-03, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2025.102395
PMID:41187743
|
综述 | 本文总结了以癌症相关成纤维细胞为靶点控制癌症的最新研究进展 | 探讨了通过单细胞RNA测序和蛋白质组学等高通量技术揭示CAF亚群复杂性,并提出利用AI平台解析大数据以开发靶向CAF的新疗法 | 未提及具体研究样本量和数据来源的局限性 | 探索靶向癌症相关成纤维细胞控制癌症的策略 | 癌症相关成纤维细胞及其在肿瘤微环境中的作用 | 肿瘤生物学 | 癌症 | 单细胞RNA测序, 蛋白质组学, AI平台分析 | NA | 转录组数据, 蛋白质组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 228 | 2025-11-06 |
Atlas-Guided Discovery of Transcription Factors for T Cell Programming
2025-Nov-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.01.03.522354
PMID:36711632
|
研究论文 | 本研究通过构建CD8+ T细胞状态图谱,系统鉴定调控T细胞分化的转录因子 | 整合转录组和表观基因组数据构建T细胞状态图谱,结合体内CRISPR筛选发现新型T细胞状态特异性转录因子 | NA | 系统定义驱动CD8+ T细胞不同分化状态的转录因子 | CD8+ T细胞的九种分化状态,特别是终末耗竭T细胞和组织驻留记忆T细胞 | 生物信息学 | 癌症 | 单细胞RNA测序,表观遗传分析,体内CRISPR筛选 | NA | 转录组数据,表观遗传数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 229 | 2025-11-06 |
Ciao3 knockout causes acute lung injury through immune activation using single cell sequencing
2025-Nov-02, Life sciences
IF:5.2Q1
DOI:10.1016/j.lfs.2025.124063
PMID:41187899
|
研究论文 | 本研究通过单细胞测序技术揭示Ciao3基因敲除通过免疫激活导致急性肺损伤的机制 | 首次在Ciao3条件性敲除小鼠模型中结合单细胞RNA测序技术系统阐明免疫细胞在急性肺损伤中的核心作用 | 研究仅聚焦于内皮细胞特异性敲除模型,未探索其他细胞类型中Ciao3缺失的影响 | 阐明Ciao3基因缺失导致急性肺损伤的分子机制 | Ciao3基因突变患者和内皮细胞特异性Ciao3敲除小鼠 | 单细胞生物学 | 急性肺损伤 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 免疫组织化学 | NA | 基因表达数据, 单细胞转录组数据 | 1名纯合子患者和基因敲除小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 230 | 2025-11-06 |
Transcriptomic profiling of individual bacteria by MATQ-seq
2025-Nov, Nature protocols
IF:13.1Q1
DOI:10.1038/s41596-025-01157-5
PMID:40204970
|
研究论文 | 开发了一种基于MATQ-seq的细菌单细胞转录组测序方法,能够高效分析单个细菌的基因表达谱 | 将真核生物MATQ-seq方法成功应用于细菌单细胞转录组分析,实现了95%的细胞保留率,显著优于现有方法 | NA | 建立高效可靠的细菌单细胞转录组测序方法 | 单个细菌细胞,以鼠伤寒沙门氏菌为模型生物 | 单细胞测序技术 | NA | 单细胞RNA测序,荧光激活细胞分选,rRNA去除 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | MATQ-seq | 基于多重退火和dC加尾的定量单细胞RNA测序方法 |
| 231 | 2025-11-06 |
Improving predictive accuracy in multiple myeloma using a plasma cell profile derived from single-cell RNA sequencing
2025-Nov-01, Haematologica
IF:8.2Q1
DOI:10.3324/haematol.2025.287586
PMID:40438979
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析多发性骨髓瘤肿瘤细胞异质性,发现了一个侵袭性细胞亚群并建立了七基因标志物的整合风险分层模型 | 首次在单细胞分辨率下识别出多发性骨髓瘤中具有染色体不稳定性和高耐药性的侵袭性细胞亚群,并开发了基于七基因标志物的新型风险分层模型 | 样本量相对较小(12例新诊断患者),需要在更大队列中进一步验证 | 改善多发性骨髓瘤的风险分层和预后预测准确性 | 多发性骨髓瘤患者的肿瘤细胞 | 单细胞测序分析 | 多发性骨髓瘤 | 单细胞RNA测序,数字PCR | Cox比例风险模型,整合风险分层模型 | 单细胞转录组数据 | 12例新诊断多发性骨髓瘤患者,并在5个独立数据集中验证 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 232 | 2025-11-06 |
Integrative Transcriptomic Analysis Decodes the Interplay Between Aging, Senescence, and Cancer
2025-Nov, Cancer science
IF:4.5Q1
DOI:10.1111/cas.70178
PMID:40899323
|
研究论文 | 通过整合基因组学、表观基因组学及单细胞转录组学分析,揭示细胞衰老与肿瘤发生之间的反向转录特征 | 首次在单细胞分辨率下系统比较正常衰老、细胞衰老和癌症的特征,发现648个衰老依赖性衰老相关共调控模块 | 研究主要关注17种组织,可能未覆盖所有组织类型;机制研究仍需进一步实验验证 | 解析衰老、细胞衰老与癌症之间的相互作用机制 | 17种人体组织中的内皮细胞、T细胞、上皮细胞、巨噬细胞和成纤维细胞 | 生物信息学 | 癌症 | 基因组学、表观基因组学、单细胞转录组学 | NA | 基因组数据、表观基因组数据、转录组数据 | 17种组织类型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 233 | 2025-11-06 |
Increased AIF-1-mediated p38 MAPK phosphorylation in the mid-secretory endometrium impairs endometrial receptivity in women with recurrent implantation failure
2025-Nov-01, Human reproduction (Oxford, England)
DOI:10.1093/humrep/deaf174
PMID:41003697
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研究论文 | 本研究探讨了同种异体移植炎症因子-1(AIF-1)通过p38 MAPK磷酸化途径损害复发性种植失败患者子宫内膜容受性的机制 | 首次揭示AIF-1在子宫内膜基质细胞中通过p38 MAPK磷酸化途径抑制细胞增殖和蜕膜化,从而降低子宫内膜容受性的新机制 | AIF-1在子宫内膜巨噬细胞在胚胎植入过程中的作用尚不明确 | 研究AIF-1对复发性种植失败患者子宫内膜容受性的影响机制 | 复发性种植失败患者和生育能力正常女性的子宫内膜组织、人子宫内膜基质细胞、子宫内膜基质细胞系、CD-1小鼠 | 生殖医学 | 复发性种植失败 | 单细胞RNA测序、定量PCR、Western blot、免疫组织化学、免疫荧光分析、RNA测序 | NA | 基因表达数据、蛋白质表达数据、组织图像数据 | 18例RIF患者、18例对照患者、30例不同月经周期阶段的额外对照患者、CD-1小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 234 | 2025-11-06 |
Identifying candidate genes for spermatogenic failure and predicting ICSI outcomes using single-cell RNA sequencing and protein-protein interaction networks
2025-Nov-01, Human reproduction (Oxford, England)
DOI:10.1093/humrep/deaf186
PMID:41033661
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研究论文 | 本研究整合单细胞RNA测序和蛋白质-蛋白质相互作用网络,通过机器学习框架识别精子发生障碍候选基因并预测ICSI治疗结局 | 首次将单细胞转录组数据与PPI网络结合,利用机器学习算法同时实现基因优先排序和临床结局预测 | 训练数据依赖文献整理和数据库标注,可能存在错误分类或注释偏差;缺乏实验验证;外部队列样本量有限且多样性不足 | 改进精子发生障碍的基因优先排序方法并预测ICSI治疗结局 | 精子发生障碍患者(包括无精子症、弱精子症、畸形精子症) | 机器学习 | 男性不育症 | 单细胞RNA测序, 全外显子组测序, 蛋白质-蛋白质相互作用网络分析 | 随机森林, Node2Vec | 单细胞转录组数据, 蛋白质相互作用数据, 临床数据 | 34名精子发生障碍亚型患者 | NA | 单细胞RNA测序, 全外显子组测序 | NA | NA |
| 235 | 2025-11-06 |
Single-Cell Transcriptomics Identifies Novel Prognostic Signatures in HNSCC Immunotherapy Response
2025-Nov, Cancer science
IF:4.5Q1
DOI:10.1111/cas.70171
PMID:40791099
|
研究论文 | 通过单细胞转录组分析头颈鳞状细胞癌免疫治疗反应,开发预后风险分层模型 | 首次结合单细胞和bulk RNA测序数据开发LASSO-Cox风险分层模型,识别治疗前后免疫细胞亚群变化 | 样本量较小(仅3例患者),需更大队列验证 | 分析HNSCC免疫微环境变化并建立免疫治疗预后预测模型 | 头颈鳞状细胞癌患者 | 单细胞转录组学 | 头颈鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序,bulk RNA测序 | LASSO-Cox回归模型 | 基因表达数据 | 3例HNSCC患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 236 | 2025-11-06 |
Single-Cell Transcriptomic Analysis Identifies a Novel OLR1+ SLC7A7+ Liver-Enriched Metastatic Subset With Immunometabolic Rewiring in Pancreatic Cancer
2025-Nov, Cancer medicine
IF:2.9Q2
DOI:10.1002/cam4.71345
PMID:41176774
|
研究论文 | 通过单细胞转录组分析识别胰腺癌肝转移中新型OLR1+SLC7A7+肝脏富集转移亚群及其免疫代谢重编程特征 | 首次发现并表征了胰腺癌肝转移中具有代谢重编程和免疫抑制通路超活化的终末分化恶性细胞亚群LEMS | 需要扩大临床队列和体内模型以全面阐明LEMS与巨噬细胞之间的具体机制相互作用 | 识别驱动PDAC肝转移的关键细胞亚群,阐明其与转移微环境的相互作用,定义肝脏定植的潜在机制 | 胰腺导管腺癌(PDAC)原发肿瘤和肝转移患者的临床样本 | 单细胞转录组学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | PDAC原发肿瘤和肝转移患者的临床样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 237 | 2025-11-06 |
Integrated single-cell transcriptomics and spatial metabolomics unveil cellular differentiation and ginsenosides biosynthesis in Panax root tips
2025-Nov, Horticulture research
IF:7.6Q1
DOI:10.1093/hr/uhaf202
PMID:41180020
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞转录组学和空间代谢组学技术,揭示了人参属植物根尖细胞分化及人参皂苷生物合成的细胞异质性 | 首次在人参属植物中构建单细胞转录图谱,发现新型转录因子调控内皮层木栓化和人参皂苷生物合成,揭示跨物种保守及分化的配体-受体互作模式 | 研究仅聚焦于根尖发育早期阶段,未涵盖完整根系发育过程 | 探究人参属植物根尖细胞分化轨迹及人参皂苷生物合成的细胞特异性机制 | 三种人参属植物(Panax ginseng, Panax quinquefolius, Panax notoginseng)的根尖组织 | 植物生物学 | NA | 单细胞RNA测序, 空间代谢组学, 双荧光素酶报告基因检测, 电泳迁移率实验, RNA原位杂交, 质谱成像, LC-MS/MS | NA | 单细胞转录组数据, 空间代谢组数据, 质谱数据 | 三种人参属植物的根尖样本 | NA | 单细胞RNA测序, 空间代谢组学, 质谱成像 | NA | NA |
| 238 | 2025-11-06 |
Deciphering genetic associations with blood pressure in peripheral blood mononuclear cells through single-cell transcriptomic profiling
2025-Nov, Hypertension research : official journal of the Japanese Society of Hypertension
IF:4.3Q1
DOI:10.1038/s41440-025-02344-3
PMID:40877473
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研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示外周血单个核细胞中与血压相关的遗传关联 | 首次在14种不同免疫细胞类型中系统识别血压相关基因,并发现ERAP2基因在CD8+T细胞和自然杀伤细胞中的显著异常表达 | 样本量相对有限(18名个体),需要在更大规模人群中验证 | 识别免疫细胞中与血压相关的功能基因 | 外周血单个核细胞(PBMCs) | 单细胞转录组学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序,全基因组关联研究,基于汇总数据的孟德尔随机化 | SMR方法 | 单细胞转录组数据 | 18名个体(10名主要研究+8名验证),总计140,613个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 239 | 2025-11-06 |
Effect of the mitophagy inducer urolithin A on age-related immune decline: a randomized, placebo-controlled trial
2025-Oct-31, Nature aging
IF:17.0Q1
DOI:10.1038/s43587-025-00996-x
PMID:41174221
|
研究论文 | 一项随机双盲安慰剂对照试验,研究线粒体自噬诱导剂尿石素A对中年健康成年人免疫系统的影响 | 首次在人体临床试验中证明尿石素A能够通过调节免疫细胞组成和功能来对抗年龄相关的免疫衰退 | 样本量较小(50人),干预时间较短(4周),研究对象仅限于健康中年人群 | 评估尿石素A对年龄相关免疫衰退的干预效果 | 50名健康中年成年人 | NA | 老年性疾病 | 流式细胞术, 单细胞RNA测序, 代谢分析 | NA | 临床数据, 分子数据, 细胞数据 | 50名健康中年成年人 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 240 | 2025-11-06 |
Stress-NRF2 response axis polarizes tumor macrophages and undermines immunotherapy
2025-Oct-31, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2025-013063
PMID:41176316
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研究论文 | 本研究揭示NRF2转录因子通过应激反应轴极化肿瘤相关巨噬细胞,导致免疫抑制并削弱免疫治疗效果 | 首次发现NRF2介导的应激反应轴在肿瘤巨噬细胞极化中的关键作用,并证明其与免疫治疗抵抗的关联 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床验证仍需进一步开展 | 探究NRF2在肿瘤相关巨噬细胞极化及免疫治疗响应中的作用机制 | 肿瘤相关巨噬细胞、小鼠结肠癌模型MC38、乳腺癌模型MMTV-PyMT | 肿瘤免疫学 | 结肠癌、乳腺癌 | 空间转录组学、单细胞RNA测序、三维细胞培养、体内肿瘤模型 | 小鼠肿瘤模型 | 基因表达数据、空间转录组数据、单细胞RNA测序数据 | 多种小鼠肿瘤模型及人类癌症样本 | NA | 空间转录组学,单细胞RNA测序 | NA | NA |