单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
221	2025-10-03	After the bite: cellular responses to mosquito blood feeding 2025-Sep, Trends in parasitology IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.pt.2025.07.018 PMID:40803965	研究论文	通过单细胞转录组学和代谢组学分析埃及伊蚊中肠和脂肪组织在吸血后的细胞反应	首次在单细胞水平系统表征蚊子吸血后中肠和脂肪组织的转录组和代谢组响应，揭示了新型细胞类型和昆虫特异性病毒感染动态	NA	研究蚊子吸血后的细胞水平生理响应机制	埃及伊蚊的中肠和脂肪组织	单细胞组学	虫媒传染病	单细胞转录组学、代谢组学	NA	转录组数据、代谢组数据	NA
222	2025-10-03	SMAD1/5-mediated recruitment of the histone demethylase KDM1A controls cell fate programs in embryonic stem cells 2025-Sep, The Journal of biological chemistry IF:4.0Q2 DOI:10.1016/j.jbc.2025.110591 PMID:40812426	研究论文	本研究揭示了SMAD1/5通过招募组蛋白去甲基化酶KDM1A调控小鼠胚胎干细胞命运程序的新机制	首次发现SMAD1/5通过招募KDM1A介导H3K4me1/2去甲基化，从而抑制特定基因表达的转录抑制机制	SMAD1/5缺失仅引起轻微转录组变化，其具体功能仍需进一步研究	探究SMAD信号通路在小鼠胚胎干细胞命运决定中的作用机制	小鼠胚胎干细胞(mESCs)	干细胞生物学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、染色质免疫沉淀测序(ChIP-seq)	Smad1/5双敲除(S1/5 dKO)小鼠胚胎干细胞模型	基因组学数据、转录组数据	野生型和Smad1/5双敲除小鼠胚胎干细胞
223	2025-10-03	Plant metabolism: Zoom in to the single-cell level 2025-Sep-01, Plant physiology IF:6.5Q1 DOI:10.1093/plphys/kiaf375 PMID:40889291	综述	本文综述了单细胞水平植物代谢研究的最新进展，重点介绍了单细胞多组学技术在揭示代谢物积累模式和调控网络中的应用	强调从单组学向多组学方法的转变，利用单细胞分辨率技术直接可视化和量化代谢物与基因表达	NA	揭示植物代谢在细胞类型水平上的区室化调控机制	模式植物和药用植物中的稀有或特化细胞类型	植物代谢组学	NA	质谱成像、单细胞转录组学、多组学技术	NA	代谢组数据、转录组数据、表观遗传数据	多个模型和药用植物物种的案例研究
224	2025-10-03	TGF-β-Enriched Exosomes from Acute Myeloid Leukemia Activate Smad2/3-MMP2 and ERK1/2 Signaling to Promote Leukemic Cell Proliferation, Migration, and Immune Modulation 2025-Aug-27, Current issues in molecular biology IF:2.8Q3 DOI:10.3390/cimb47090690 PMID:41020812	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和外泌体转录组分析，揭示急性髓系白血病来源的TGF-β富集外泌体通过激活Smad2/3-MMP2和ERK1/2信号通路促进白血病进展	首次整合单细胞转录组与外泌体分析，发现AML外泌体通过TGF-β介导的信号通路同时增强白血病侵袭性和免疫微环境重塑的双重作用机制	AML外泌体的精确功能尚未完全阐明，研究样本量有限	探究急性髓系白血病来源外泌体在疾病进展中的具体功能和分子机制	急性髓系白血病患者骨髓样本和外泌体	肿瘤生物学	急性髓系白血病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、转录组分析、功能实验	NA	基因组数据、转录组数据、功能实验数据	AML患者和健康供者的骨髓样本
225	2025-10-03	Profibrotic monocyte-derived alveolar macrophages as a biomarker and therapeutic target in systemic sclerosis-associated interstitial lung disease 2025-Aug-11, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.08.07.669006 PMID:40832362	研究论文	本研究探讨了促纤维化单核来源肺泡巨噬细胞在系统性硬化相关间质性肺病中的生物标志物和治疗靶点潜力	首次在SSc-ILD患者中发现MoAM与疾病严重程度相关，并证实其转录组变化与治疗反应相关	样本量较小（仅9例患者），需要更大规模研究验证	探究MoAM在SSc-ILD中的生物标志物价值和治疗靶点潜力	系统性硬化相关间质性肺病患者和健康对照	呼吸病学	系统性硬化相关间质性肺病	流式细胞术、单细胞RNA测序、空间转录组学	NA	支气管肺泡灌洗液、肺组织样本	9例SSc-ILD患者和13例健康对照
226	2025-10-03	Histology-Based Virtual RNA Inference Identifies Pathways Associated With Metastasis Risk in Colorectal Cancer 2025-Aug-11, Modern pathology : an official journal of the United States and Canadian Academy of Pathology, Inc IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.modpat.2025.100866 PMID:40803647	研究论文	本研究开发了一种基于组织学图像的虚拟RNA推断方法，用于识别结直肠癌转移风险相关的通路	首次利用深度学习模型直接从H&E染色组织图像推断空间转录组水平的分子信息，无需进行昂贵的空间转录组测序	仅凭组织学图像无法完全捕获某些肿瘤相关通路	开发从标准H&E组织图像推断分子信息的方法，以改善结直肠癌的预后评估和疾病管理	结直肠癌患者组织样本	数字病理	结直肠癌	空间转录组学、虚拟RNA推断、深度学习	UNI、ResNet-50、Vision Transformer、Vision Mamba	组织图像、空间转录组数据	45名患者，超过300,000个Visium位点
227	2025-10-03	High-resolution spatial mapping of cell state and lineage dynamics in vivo with PEtracer 2025-Jul-24, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.adx3800 PMID:40705858	研究论文	开发并验证了PEtracer技术，一种基于prime editing的演化谱系追踪技术，用于在体内高分辨率绘制细胞状态和谱系动态	结合了单细胞测序和多模态成像方法，能够在保持组织细胞空间结构的同时联合分析细胞状态和谱系关系	NA	表征发育和疾病过程中细胞命运决定的时空动态	小鼠肿瘤转移模型中的肿瘤细胞	生物技术	肿瘤转移	prime editing、MERFISH空间转录组分析、单细胞测序	NA	空间转录组数据、成像数据	同基因小鼠肿瘤转移模型
228	2025-10-03	Increased inflammation as well as decreased endoplasmic reticulum stress and translation differentiate pancreatic islets from donors with pre-symptomatic stage 1 type 1 diabetes and non-diabetic donors 2025-Jul, Diabetologia IF:8.4Q1 DOI:10.1007/s00125-025-06417-3 PMID:40457096	研究论文	本研究通过蛋白质组学分析比较了1型糖尿病前期患者与非糖尿病供体的胰岛蛋白质差异	首次在人类胰岛中揭示1型糖尿病前期阶段蛋白质组变化特征，发现免疫反应增强与内质网应激和蛋白质翻译减弱并存的现象	样本量较小（mAAb+组n=3，对照组n=3），供体间变异较大限制了统计分析	识别1型糖尿病前期胰岛β细胞功能障碍的分子机制和通路变化	来自nPOD的胰岛自身抗体阳性器官供体（AAb+）和匹配的非糖尿病对照供体的胰岛组织	蛋白质组学	1型糖尿病	激光显微切割，质谱蛋白质组学，无标记定量分析	NA	蛋白质组数据	多抗体阳性供体3例，匹配非糖尿病对照3例
229	2025-10-03	Targeting the Epigenetic Regulator CBX5 Promotes Fibroblast Metabolic Reprogramming and Inhibits Lung Fibrosis 2025-Jun, American journal of respiratory cell and molecular biology IF:5.9Q1 DOI:10.1165/rcmb.2024-0255OC PMID:39642371	研究论文	本研究揭示了表观遗传调控因子CBX5在肺纤维化过程中通过调控成纤维细胞代谢重编程促进纤维化发展的机制	首次发现CBX5作为表观遗传调控因子连接代谢异常与肺成纤维细胞持续活化状态，并证明靶向CBX5可抑制纤维化发展	研究主要基于体外细胞实验和动物模型，在人体内的实际疗效仍需进一步验证	探究表观遗传调控在肺成纤维细胞代谢重编程和纤维化发展中的作用机制	肺成纤维细胞、IPF肺组织样本、博来霉素诱导的肺损伤模型	分子生物学	肺纤维化	单细胞RNA测序、免疫组织化学、bulk RNA测序、代谢评估	NA	基因表达数据、代谢数据、组织图像	IPF成纤维细胞、IPF肺组织外植体、动物模型样本
230	2025-10-03	Histology-Based Virtual RNA Inference Identifies Pathways Associated with Metastasis Risk in Colorectal Cancer 2025-Apr-23, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2025.04.22.25326170 PMID:40313260	研究论文	本研究开发了一种基于组织学图像的虚拟RNA推断方法，用于识别结直肠癌转移风险相关的通路	首次利用匹配的结直肠癌空间转录组数据集训练模型，直接从H&E染色组织图像推断空间转录组水平的分子信息	仅凭组织学图像无法完全捕获某些肿瘤相关通路	开发从标准H&E组织图像推断空间分子信息的方法，用于结直肠癌转移风险评估	结直肠癌患者组织样本	数字病理	结直肠癌	空间转录组学，H&E染色	UNI, ResNet-50, ViT, VMamba	图像	45名患者，超过300,000个Visium位点
231	2025-10-03	Long-read single-cell RNA sequencing enables the study of cancer subclone-specific genotypes and phenotypes in chronic lymphocytic leukemia 2025-Apr-14, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.279049.124 PMID:39965935	研究论文	本研究利用长读长单细胞RNA测序技术研究慢性淋巴细胞白血病中癌症亚克隆的基因型和表型特征	结合scBayes分析方法和MAS-seq长读长单细胞RNA测序技术，显著提高转录本覆盖度，实现单个细胞水平的亚克隆突变分析	研究样本量较小（仅6名患者），且仅在部分患者中观察到明显的转录组差异	研究携带BTK C481S突变的癌症亚克隆，识别共存的CLL驱动突变，并比较突变亚克隆的转录组特征	6名在接受BTK抑制剂治疗期间产生C481S突变的慢性淋巴细胞白血病患者	单细胞测序分析	慢性淋巴细胞白血病	长读长单细胞RNA测序（MAS-seq）、批量DNA测序、单细胞RNA测序	scBayes（整合分析方法）	单细胞RNA测序数据、DNA测序数据	6名CLL患者
232	2025-10-03	Integrating short-read and long-read single-cell RNA sequencing for comprehensive transcriptome profiling in mouse retina 2025-Apr-14, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.279167.124 PMID:40050124	研究论文	本研究通过整合短读长和长读长单细胞RNA测序技术，对小鼠视网膜进行全面的转录组分析	首次系统比较单细胞长读长与传统短读长RNA测序技术，发现38%未表征和17%细胞亚类特异性表达的新转录本亚型	研究仅限于小鼠视网膜组织，未验证其他组织或物种的适用性	建立有效的组织样本转录本亚型表征方法	约30,000个小鼠视网膜细胞	单细胞转录组学	视网膜疾病	单细胞RNA测序（短读长Illumina和长读长Oxford Nanopore Technologies）	NA	RNA测序数据	30,000个细胞，29.4亿条测序 reads（15.4亿短读长+14.0亿长读长）
233	2025-10-03	Timing neural development and regeneration 2025-Apr, Current opinion in neurobiology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.conb.2025.102976 PMID:40010202	综述	探讨哺乳动物神经祖细胞时间身份调控机制及其在胶质细胞向神经元重编程中的潜在应用	整合时间身份调控与促神经因子过表达以增强重编程效率并扩展神经元亚型多样性	NA	解析神经祖细胞时间身份调控机制及其在神经再生治疗中的应用潜力	哺乳动物中枢神经系统神经祖细胞和胶质细胞	神经发育生物学	神经系统疾病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
234	2025-10-03	Single-cell RNA sequencing identifies molecular biomarkers predicting late progression to CDK4/6 inhibition in patients with HR+/HER2- metastatic breast cancer 2025-Feb-15, Molecular cancer IF:27.7Q1 DOI:10.1186/s12943-025-02226-9 PMID:39955556	研究论文	通过单细胞RNA测序识别预测HR+/HER2-转移性乳腺癌患者对CDK4/6抑制剂晚期进展的分子生物标志物	首次在单细胞水平分析CDK4/6抑制剂治疗前后肿瘤微环境变化，发现晚期进展者特有的分子特征和免疫细胞动态变化	样本来源多样（肝、胸水、腹水、骨），可能影响结果一致性；需要在更大队列中进一步验证	寻找预测HR+/HER2-转移性乳腺癌患者对CDK4/6抑制剂治疗反应的可靠生物标志物	HR+/HER2-转移性乳腺癌患者	癌症基因组学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	来自多个转移部位（肝、胸水、腹水、骨）的肿瘤样本，并在2个独立队列中验证
235	2025-10-03	Dissecting tumor transcriptional heterogeneity from single-cell RNA-seq data by generalized binary covariance decomposition 2025-Jan, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-024-01997-z PMID:39747597	研究论文	提出一种名为广义二元协方差分解(GBCD)的统计方法，用于从单细胞RNA测序数据中解析肿瘤转录异质性	开发了能分解肿瘤转录异质性的新统计方法，可识别跨肿瘤共享的微妙模式，在强肿瘤间异质性情况下比现有方法产生更可解释的结果	NA	解决单细胞RNA测序数据分析中肿瘤间强异质性掩盖共享转录模式的问题	胰腺导管腺癌肿瘤细胞	生物信息学	胰腺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	广义二元协方差分解(GBCD)	单细胞RNA测序数据	NA
236	2025-10-03	Integrative Analysis of TLS-Associated Gene Signatures, Immune Infiltration and Drug Sensitivity in Pancreatic Cancer 2025 Jan-Dec, IET systems biology IF:1.9Q3 DOI:10.1049/syb2.70038 PMID:41016829	研究论文	通过整合分析胰腺癌中三级淋巴结构相关基因特征、免疫浸润和药物敏感性，开发个性化治疗策略	首次系统鉴定9个TLS相关基因并建立TLS评分系统，结合TMB提升生存预测能力，发现TLS_H组对多种化疗药物敏感性增强	研究基于生物信息学分析和细胞系验证，需要进一步临床样本验证	开发胰腺癌个性化化疗选择策略	胰腺腺癌患者和Mia PaCa2、Jurkat细胞系	数字病理	胰腺癌	单细胞RNA测序、实时荧光定量PCR	NA	基因表达数据、临床数据	生物信息学数据集和两种细胞系
237	2025-10-03	The Single-Cell Triaptosis Regulatory Pattern in the Immune Microenvironment of Keloids 2025, Clinical, cosmetic and investigational dermatology DOI:10.2147/CCID.S536776 PMID:41024856	研究论文	通过单细胞RNA测序分析瘢痕疙瘩免疫微环境中三亡调节模式及其对免疫细胞异质性的影响	首次在瘢痕疙瘩中发现三亡调节模式对免疫细胞异质性的影响，并鉴定出关键基因ELMO2	未明确说明样本量大小及临床验证的局限性	探究三亡在瘢痕疙瘩免疫微环境中的调节作用	瘢痕疙瘩组织中的成纤维细胞和免疫细胞亚群	单细胞测序分析	瘢痕疙瘩	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、基于汇总数据的孟德尔随机化、免疫荧光染色	NA	单细胞RNA测序数据	NA
238	2025-10-03	Practical approaches to advanced molecular biology techniques 2025, Methods in cell biology DOI:10.1016/bs.mcb.2025.02.022 PMID:41033726	综述	本章节详细介绍了多种先进分子生物学技术的实验方案和应用	系统整合了CRISPR-Cas9、单细胞RNA测序等前沿技术的实用操作指南	NA	为分子生物学研究提供先进技术的实践指导	分子生物学技术及其在细胞过程研究中的应用	分子生物学	NA	CRISPR-Cas9, Real-Time PCR, 流式细胞术, ChIP-Seq, scRNA-Seq, 质谱分析, FISH	NA	基因表达数据, 蛋白质数据, 细胞成像数据	NA
239	2025-10-03	Synergy Between NK Cells and Monocytes in Potentiating Cardiovascular Disease Risk in Severe COVID-19 2024-10, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.124.321085 PMID:38989579	研究论文	本研究探讨了严重COVID-19患者中单核细胞与NK细胞的相互作用如何增加心血管疾病风险	首次揭示了严重COVID-19期间单核细胞与NK细胞之间的协同作用在心血管疾病风险中的机制	样本量相对有限（严重组31例，康复组29例，对照组17例），需要更大规模研究验证	研究严重COVID-19期间免疫细胞改变与心血管疾病风险的关联机制	严重COVID-19患者、康复患者和未感染SARS-CoV-2的对照人群	免疫学	心血管疾病	光谱流式细胞术、体外实验、单细胞转录组分析	NA	流式细胞数据、转录组数据、血浆生物标志物数据	严重COVID-19患者31例，康复患者29例，未感染对照17例
240	2025-10-03	IRG1/ACOD1 promotes neutrophil reverse migration and alleviates local inflammation 2024-Oct-01, Journal of leukocyte biology IF:3.6Q2 DOI:10.1093/jleuko/qiae110 PMID:38713770	研究论文	本研究揭示了IRG1/ACOD1通过调控中性粒细胞表面ICAM-1表达促进其反向迁移并缓解局部炎症的机制	首次发现IRG1/ACOD1通过调控ICAM-1与Cd11a的结合力影响中性粒细胞反向迁移，提出新的炎症消退机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类样本中验证	探究中性粒细胞反向迁移的分子机制及其在炎症过程中的作用	中性粒细胞（PMN）及其迁移行为	免疫学	炎症性疾病	单细胞RNA测序、基因敲除、小鼠气袋模型	小鼠炎症模型	基因表达数据、细胞迁移数据	NA