单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
221	2025-07-03	Identification of matrix stiffness-related molecular subtypes in HCC via integrating multi-omics analysis and machine learning algorithms 2025-Jul-01, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06733-7 PMID:40598539	研究论文	通过整合多组学分析和机器学习算法，识别肝细胞癌（HCC）中与基质硬度相关的分子亚型	结合10种聚类算法和101种机器学习算法组合，构建了一个包含57个基因的基质硬度相关特征，并验证了关键基因PPARG的作用	研究结果需要在更大规模的临床样本中进行验证	研究基质硬度在肝细胞癌（HCC）预后和治疗反应中的作用	肝细胞癌（HCC）患者的多组学数据	数字病理学	肝癌	多组学分析、scRNA-seq、空间转录组学（ST）	机器学习算法组合	多组学数据	NA
222	2025-07-03	A single-cell transcriptomic atlas of human lens epithelium: identification and functional insights into lens stem/progenitor cells 2025-Jul-01, Stem cell research & therapy IF:7.1Q1 DOI:10.1186/s13287-025-04436-w PMID:40598599	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术构建了人类晶状体上皮细胞的转录组图谱，并鉴定了晶状体干细胞/祖细胞	首次在人类晶状体上皮中鉴定出四种亚型细胞及其发育轨迹，发现TOP2A可作为TAC细胞的生物标志物，ID1维持LPLCs的去分化状态，PTN信号通路在晶状体稳态中的重要作用	样本量相对较小（8对供体样本），未探讨其他潜在影响因素	揭示人类晶状体上皮细胞的异质性及其与年龄相关性白内障的关系	人类供体晶状体上皮样本（4对<65岁和4对>65岁）、晶状体类器官、兔再生晶状体、小鼠晶状体和细胞系	单细胞转录组学	白内障	scRNA-seq、免疫荧光、轨迹推断、细胞间通讯分析	UMAP、CytoTRACE	单细胞转录组数据	8对人类供体晶状体上皮样本（4年轻+4老年）及多种验证模型
223	2025-07-03	Single-Cell Transcriptome Profiling Reveals Conserved IFNγ-IL8 Signaling-Induced Antibacterial Neutrophil States during Bacterial Infection 2025-Jul-01, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202504840 PMID:40598825	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示了细菌感染期间保守的IFNγ-IL8信号通路诱导的抗菌中性粒细胞状态	首次在尼罗罗非鱼中通过单细胞转录组和流式细胞术分析揭示了IFNγ驱动的il8⁺中性粒细胞转变，并验证了IL8在增强抗菌反应中的作用	研究主要基于尼罗罗非鱼模型，人类中性粒细胞验证数据有限	探究细菌感染期间免疫细胞亚型的动态变化及其调控机制	尼罗罗非鱼和人类的中性粒细胞	免疫学	细菌感染	单细胞转录组测序，流式细胞术	NA	单细胞转录组数据，流式细胞数据	113,356个来自头肾和脾脏的免疫单细胞，多个感染时间点
224	2025-07-03	Identification of Crucial Genes Associated With MYCN-Driven Neuroblastoma Based on Single-Cell Analysis and Machine Learning 2025-Jul, Cancer medicine IF:2.9Q2 DOI:10.1002/cam4.71008 PMID:40600620	研究论文	通过单细胞分析和机器学习识别与MYCN驱动的神经母细胞瘤相关的关键基因	结合单细胞转录组分析和机器学习方法（随机生存森林和列线图分析）识别与MYCN扩增神经母细胞瘤预后相关的关键基因，并探讨这些基因在免疫浸润和肿瘤进展中的作用	研究样本量有限，且仅基于转录组数据，未进行功能实验验证基因的具体作用机制	阐明MYCN扩增神经母细胞瘤的分子机制，为个性化治疗提供潜在靶点	神经母细胞瘤（NB）患者样本和细胞系	数字病理学	神经母细胞瘤	单细胞转录组分析、随机生存森林（RSF）、列线图分析、RT-qPCR	随机生存森林（RSF）	转录组数据	GSE218450数据集中的神经母细胞瘤样本
225	2025-07-03	CD38 ligation in sepsis promotes nicotinamide phosphoribosyltransferase-mediated IL-6 production in kidney stromal cells 2025-Jun-30, Nephrology, dialysis, transplantation : official publication of the European Dialysis and Transplant Association - European Renal Association DOI:10.1093/ndt/gfae269 PMID:39568061	研究论文	本研究通过单细胞和单核RNA测序技术，探讨了CD38连接在脓毒症中对肾脏基质细胞产生IL-6的影响，并提出了NAMPT信号作为治疗靶点的新发现	揭示了CD38连接通过NAMPT信号促进肾脏基质细胞产生IL-6的新机制，并验证了其在人和小鼠脓毒症模型中的一致性	研究主要基于LPS诱导的脓毒症模型，可能无法完全反映其他类型脓毒症的病理过程	阐明CD38连接在脓毒症中的作用机制并寻找新的治疗靶点	小鼠腹膜免疫细胞、LPS诱导的脓毒症模型、人类脓毒症组织	免疫学	脓毒症	scRNA-seq, snRNA-seq	LPS诱导的脓毒症小鼠模型	RNA测序数据、组织学数据	小鼠模型和人类脓毒症组织样本（具体数量未明确说明）
226	2025-07-03	Molecular mechanisms of diquat-induced brain injury: Insights from network toxicology and single-cell RNA sequencing 2025-Jun-30, Ecotoxicology and environmental safety IF:6.2Q1 DOI:10.1016/j.ecoenv.2025.118597 PMID:40592154	研究论文	本研究通过整合网络毒理学、单细胞RNA测序和分子对接技术，探讨了敌草快(DQ)诱导脑损伤的分子机制	结合网络毒理学、单细胞RNA测序和分子对接技术，首次系统性地揭示了DQ诱导脑损伤的分子机制	研究主要基于生物信息学分析和体外实验验证，缺乏体内实验数据支持	探究敌草快(DQ)诱导脑损伤的分子机制	敌草快(DQ)及其诱导的脑损伤相关分子靶点	分子毒理学	脑损伤	单细胞RNA测序、分子对接、网络毒理学	NA	基因表达数据	NA
227	2025-07-03	Mosaic loss of chromosome Y in blood is associated with male susceptibility for idiopathic pulmonary fibrosis 2025-Jun-28, Communications medicine IF:5.4Q1 DOI:10.1038/s43856-025-00966-9 PMID:40581694	研究论文	探讨男性特发性肺纤维化（IPF）中Y染色体嵌合缺失（mLOY）与疾病易感性及严重性的关联	首次在人类中验证mLOY通过上调促纤维化基因和增强TGF-β信号通路加剧IPF的机制，此前仅在鼠类模型中发现	研究主要基于流行病学和临床数据集，未进行实验验证mLOY与IPF的直接因果关系	揭示男性IPF发病率高于女性的生物学机制	男性IPF患者及血液中检测到mLOY的个体	医学遗传学	特发性肺纤维化（IPF）	单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	基因组数据、临床数据	UK Biobank及两个队列中的男性受试者
228	2025-07-03	Multi-omics analysis of polyamine metabolism implicates NT5E/CD73 in the progression of pancreatic cancer 2025-Jun-27, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2025.217887 PMID:40582491	研究论文	通过多组学分析探究多胺代谢在胰腺癌进展中的作用，并鉴定NT5E/CD73作为关键调控基因	首次系统性地通过多组学方法（包括转录组和单细胞RNA测序）分析多胺代谢在胰腺癌中的作用，并开发了基于多胺代谢的预后模型（PMscore）	研究主要基于体外和体内功能实验，临床转化潜力尚需进一步验证	探究多胺代谢在胰腺导管腺癌（PDAC）中的全面作用和临床意义	胰腺导管腺癌（PDAC）及其肿瘤微环境（TME）	肿瘤代谢	胰腺癌	bulk transcriptomics, scRNA-seq, 随机森林算法	随机森林算法	转录组数据	未明确提及具体样本数量
229	2025-07-03	CCR1hi/CCL5hi macrophage-mediated CCL5hi T cell chemotaxis in salivary gland aggravates Sjögren's syndrome 2025-Jun-27, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2025.06.076 PMID:40582566	research paper	该研究揭示了CCR1hi/CCL5hi巨噬细胞通过CCL5介导的T细胞趋化作用在唾液腺中加剧干燥综合征(SS)的发病机制	首次揭示了CCR1hi/CCL5hi巨噬细胞通过CCL5介导的T/B细胞顺序浸润在SS发病中的关键作用，并提出了CCR1/CCL5作为潜在治疗靶点	研究主要基于小鼠模型和体外实验，人类样本验证仍需扩大样本量	探究CCR1/CCL5在唾液腺淋巴细胞浸润和SS进展中的作用	干燥综合征患者和NOD小鼠的唾液腺组织	免疫学	干燥综合征	scRNA-seq, bulk RNA-seq, mIF	NOD小鼠模型	RNA测序数据, 免疫荧光图像	SS患者和NOD小鼠的唾液腺组织样本
230	2025-07-03	Co-development of mesoderm and endoderm enables organotypic vascularization in lung and gut organoids 2025-Jun-27, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2025.05.041 PMID:40592324	研究论文	通过共分化中胚层和内胚层在同一个球体中，实现了从诱导多能干细胞（iPSCs）生成血管化的肺和肠道类器官	利用BMP信号调节内胚层与中胚层的比例，生成具有组织特异性的内皮和上皮祖细胞，揭示了内皮特异性驱动的关键配体	NA	研究人类器官发生和疾病中复杂的细胞间通讯	肺和肠道类器官	干细胞与再生医学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	NA
231	2025-07-03	Targeting Annexin A2 to reactivate tumor-associated antigens presentation and relieve immune tolerance in liver cancer 2025-Jun-26, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2025-011716 PMID:40571481	研究论文	本研究探讨了靶向Annexin A2在肝癌中重新激活肿瘤相关抗原呈递和缓解免疫耐受的作用	揭示了Annexin A2在肿瘤相关抗原呈递和免疫逃逸中的新机制，并验证了其作为癌症免疫治疗靶点的可行性	研究主要基于体外和动物模型，临床转化效果需进一步验证	探索肝癌免疫逃逸的分子机制并寻找干预措施	肝癌细胞和CD8+ T细胞	癌症免疫治疗	肝癌	CRISPR-Cas9基因敲除、单细胞测序、免疫共沉淀结合液相色谱-串联质谱(LC-MS/MS)	化学和基因诱导的原发性肝癌模型、原位植入肝肿瘤模型	测序数据、质谱数据、细胞实验数据	未明确说明具体样本数量，使用了多种肝癌模型和体外实验
232	2025-07-03	Cell-specific nanoengineering strategy to disrupt tolerogenic signaling from myeloid-derived suppressor cells and invigorate antitumor immunity in pancreatic cancer 2025-Jun-23, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-025-04096-y PMID:40549154	research paper	开发了一种纳米工程策略，特异性靶向PMN-MDSCs，以破坏其免疫抑制信号并增强胰腺癌的抗肿瘤免疫	利用CXCR2作为PMN-MDSC特异性靶点，设计了CXCR2-NP纳米颗粒，实现了对PMN-MDSCs的特异性药物递送，避免了系统性抑制的副作用	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体临床试验中验证其安全性和有效性	开发一种特异性靶向PMN-MDSCs的纳米工程策略，以克服系统性抑制的局限性并增强抗肿瘤免疫	胰腺导管腺癌（PDAC）中的PMN-MDSCs	纳米医学	胰腺癌	单细胞RNA测序，流式细胞术，纳米颗粒工程	KPC小鼠模型	RNA测序数据，流式细胞数据，体内外实验数据	人类和小鼠PDAC样本，治疗初治PDAC患者的外周血细胞
233	2025-07-03	Identification of conserved and tissue-restricted transcriptional profiles for lipid associated macrophages 2025-Jun-23, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-08387-z PMID:40550904	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，在小鼠和人类多个组织及炎症条件下，分析了脂质相关巨噬细胞（LAMs）的多样性，定义了共享的LAM转录特征及组织特异性基因程序	首次在多组织和炎症条件下系统分析LAMs的转录特征，发现其标记基因在人类炎症中高度保守，为LAMs在疾病中的治疗干预提供了分子靶点	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证仍需进一步扩展	揭示脂质相关巨噬细胞在不同组织和炎症条件下的转录特征，为相关疾病治疗提供靶点	小鼠和人类多个组织中的脂质相关巨噬细胞（LAMs）	免疫学	动脉粥样硬化, 肥胖症, 代谢功能障碍相关脂肪性肝病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	多组织来源的小鼠和人类样本（具体数量未明确说明）
234	2025-07-03	Elucidating brain transport pathways and cell type-dependent gene silencing of a durable lipid-siRNA conjugate administered into cerebrospinal fluid 2025-Jun-20, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkaf600 PMID:40598893	研究论文	本研究探讨了脂质-siRNA共轭物（L2-siRNA）在脑脊液中注射后在大脑中的传输路径及细胞类型依赖性基因沉默效果	开发了一种新型脂质-siRNA共轭物（L2-siRNA），在脑脊液中注射后能有效传输至全脑，并在单次注射后5个月内实现持久基因沉默且无毒性	研究主要基于小鼠和大鼠模型，尚未在人类中进行验证	探索脂质-siRNA共轭物在大脑中的传输机制及其在神经系统疾病治疗中的应用潜力	小鼠和大鼠的大脑组织	神经科学	神经系统疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	小鼠和大鼠模型
235	2025-07-03	Spatial and genomic profiling of residual breast cancer after neoadjuvant chemotherapy unveil divergent fates for each breast cancer subtype 2025-Jun-17, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2025.102164 PMID:40482645	研究论文	通过单细胞空间转录组学和基因组分析，研究乳腺癌新辅助化疗后残留癌症的基因组和微环境特征	揭示了不同乳腺癌亚型在新辅助化疗后残留癌症的基因组和微环境特征，以及这些特征如何影响预后	研究仅针对乳腺癌，未涉及其他癌症类型	探索乳腺癌新辅助化疗后残留癌症的基因组和微环境特征及其对预后的影响	乳腺癌患者	数字病理学	乳腺癌	单细胞空间转录组学、基因组分析	NA	基因组数据、转录组数据	NA
236	2025-07-03	Cell states and neighborhoods in distinct clinical stages of primary and metastatic esophageal adenocarcinoma 2025-Jun-17, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2025.102188 PMID:40499545	研究论文	通过多组学分析揭示食管腺癌的肿瘤微环境特征、恶性细胞程序及其与临床结果的关系	识别了五种恶性细胞程序，并揭示了它们与表观遗传可塑性和临床结果的关联，同时预测了这些细胞与微环境细胞类型的显著相互作用	研究结果需要在更大规模的队列中进行验证	理解食管腺癌的异质性、疾病进展和治疗反应	原发性和转移性食管腺癌肿瘤	数字病理学	食管腺癌	单核转录组测序、染色质可及性测序、空间分析	NA	转录组数据、染色质可及性数据、空间数据	一组原发性和转移性食管腺癌肿瘤样本
237	2025-07-03	Positionally distinct interferon-stimulated dermal immune-acting fibroblasts promote neutrophil recruitment in Sweet syndrome 2025-Jun-16, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2025.05.029 PMID:40516577	研究论文	该研究通过单细胞和批量转录组学分析，揭示了Sweet综合征皮肤中的干扰素特征及其在成纤维细胞中的表达，阐明了该疾病中中性粒细胞浸润的分子机制	首次在Sweet综合征皮肤中鉴定出显著的干扰素特征，并发现位置不同的干扰素激活成纤维细胞亚群在疾病发病机制中的作用	研究样本来自存档的临床皮肤样本，可能影响细胞活性分析；样本量未明确说明	明确Sweet综合征患者皮肤的细胞和分子特征	Sweet综合征患者、坏疽性脓皮症患者和健康对照者的皮肤样本	皮肤病理学	Sweet综合征	单细胞转录组学、批量转录组学、空间转录组学	NA	转录组数据	未明确说明样本数量
238	2025-07-03	Gene Spatial Integration: enhancing spatial transcriptomics analysis via deep learning and batch effect mitigation 2025-Jun-13, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf350 PMID:40511994	研究论文	本文提出了一种名为Gene Spatial Integration (GSI)的深度学习方法，用于增强空间转录组学分析，通过整合多个ST数据并解决批次效应问题	利用表示学习方法提取基因的空间分布特征，并将其与基因表达特征整合到同一特征空间，同时解决了批次效应问题	方法仅在人类DLPFC数据集上进行了验证，未在其他组织或疾病类型中测试	提高空间转录组学数据分析的性能，特别是基因空间分布特征的利用	空间转录组学数据	生物信息学	NA	空间转录组学(ST)	Autoencoder	基因表达数据	人类DLPFC数据集（具体样本包括151673和151672）
239	2025-07-03	EZH2 inhibition and 5-azacytidine enhance antitumor immunity in PTEN-deficient glioblastoma by activation viral mimicry response 2025-Jun-13, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2025-011650 PMID:40514071	研究论文	本研究探讨了PTEN缺陷型胶质母细胞瘤(GBM)中EZH2抑制和5-氮杂胞苷通过激活病毒模拟反应增强抗肿瘤免疫的机制	首次揭示了PTEN缺陷通过ERV-MAVS-IFN通路失调抑制I型干扰素反应的机制，并开发了EZH2i联合5-AZA的新型联合疗法	研究主要基于体外和动物模型，尚未进行临床试验验证	探索PTEN缺陷型GBM免疫逃逸机制并开发新型免疫治疗策略	PTEN缺陷型胶质母细胞瘤及其肿瘤微环境	肿瘤免疫治疗	胶质母细胞瘤	流式细胞术、单细胞RNA测序、表观遗传调控分析	NA	基因表达数据、表观遗传数据	未明确说明具体样本数量
240	2025-07-03	Genetic deficiency of EXOSC10 ribonuclease disrupts spermatogenesis and male fertility in mice 2025-Jun-11, The Journal of biological chemistry IF:4.0Q2 DOI:10.1016/j.jbc.2025.110364 PMID:40513949	研究论文	本研究探讨了EXOSC10核糖核酸酶在小鼠雄性生殖细胞减数分裂中的关键作用	揭示了EXOSC10在雄性生殖细胞减数分裂中的新功能，填补了该领域的研究空白	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类或其他哺乳动物中验证	探究EXOSC10在雄性生殖细胞减数分裂调控中的作用机制	小鼠雄性生殖细胞	生殖生物学	男性不育症	条件性基因敲除、单细胞RNA测序	基因敲除小鼠模型	RNA测序数据	未明确说明样本数量，使用基因敲除小鼠模型