单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 38991 篇文献，本页显示第 221 - 240 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 221 | 2026-05-01 |
Human hippocampal neurogenesis in adulthood, ageing and Alzheimer's disease
2026-Apr, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-026-10169-4
PMID:41741649
|
研究论文 | 本研究利用多组学单细胞测序技术分析人类海马体样本，探究成年期、衰老及阿尔茨海默病中的神经发生机制 | 首次通过多组学单细胞测序技术揭示人类海马神经发生在成年、衰老及阿尔茨海默病中的分子调控机制，并发现SuperAger个体中的神经发生特征可能代表一种认知弹性标志 | 研究基于死后人脑样本，可能无法完全反映活体状态下的动态变化 | 阐明人类海马神经发生在成年、衰老及阿尔茨海默病中的分子调控网络及其与认知功能的关系 | 人类死后海马体样本，来自年轻成年人、健康老龄化老年人、高认知能力老年人、临床前阿尔茨海默病患者及阿尔茨海默病患者 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | 多组学单细胞测序（单细胞核RNA测序、单细胞核转座酶可及染色质测序） | NA | 基因表达数据 | 355,997个海马体细胞核 | NA | 单细胞核RNA测序、单细胞核ATAC测序 | NA | NA |
| 222 | 2026-05-01 |
RETN exacerbates sepsis by GBP5/NLRP3 signaling pathway-mediated pyroptosis of macrophage
2026-04, Genes and immunity
IF:5.0Q2
DOI:10.1038/s41435-026-00387-1
PMID:41764353
|
研究论文 | 本研究揭示RETN通过GBP5/NLRP3信号通路介导巨噬细胞焦亡加重脓毒症的机制 | 首次阐明RETN/GBP5/NLRP3信号轴调控巨噬细胞焦亡从而加重脓毒症的机制，为脓毒症的病理机制研究和临床治疗提供新的潜在靶点和理论支持 | 未明确提及具体局限性 | 探究RETN在脓毒症病理生理过程中的具体作用机制 | 脓毒症患者和脓毒症小鼠模型中的巨噬细胞 | 机器学习 | 心血管疾病 | 单细胞测序、RNA-seq | NA | 单细胞测序和RNA-seq数据 | 脓毒症患者样本及小鼠模型样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 223 | 2026-05-01 |
The AICL-KLRF1 axis supports CD4-CD8 T cell communication and cytokine competence in pre-exhausted CD8+ T cells
2026-Apr, EMBO reports
IF:6.5Q1
DOI:10.1038/s44319-026-00732-5
PMID:41851343
|
研究论文 | 该研究揭示了AICL-KLRF1轴在晚期分化CD8 T细胞中支持细胞因子产生，并促进CD4-CD8 T细胞通讯 | 首次发现KLRF1作为CD4-CD8通讯轴的一部分，通过识别其配体AICL来支持晚期分化CD8 T细胞的细胞因子产生能力 | 未详细说明研究的具体局限性 | 探究在慢性感染和癌症中，维持前体耗竭CD8 T细胞细胞因子产生的信号机制 | 人类CD8 T细胞、CD4 T细胞、肺腺癌组织及邻近组织 | 免疫学 | 肺癌 | 空间蛋白质组学, 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 | NA | 蛋白质组数据, 单细胞转录组数据, 表观遗传组数据 | 肺腺癌和邻近组织样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' 和单细胞ATAC测序 |
| 224 | 2026-05-01 |
The Impact of Low-Protein Diet on the Molecular and Cellular Development of the Fetal Kidney
2026-Mar-26, Journal of the American Society of Nephrology : JASN
IF:10.3Q1
DOI:10.1681/ASN.0000001053
PMID:41885952
|
研究论文 | 低蛋白饮食对胎儿肾脏分子和细胞发育的影响 | 首次结合断层成像、共聚焦成像和单细胞RNA测序，全面分析低蛋白饮食在发育过程中对肾元形成影响的细胞和分子机制，将祖细胞分化的破坏确定为肾元发育缺陷的核心机制 | 未提及明显的局限性 | 研究低蛋白饮食对胎儿肾脏细胞和分子发育的影响，特别是对肾元形成损伤的机制 | 低蛋白饮食诱导的宫内生长受限胎儿肾脏 | 数字病理学 | 肾脏疾病、高血压、慢性肾病 | 单细胞RNA测序、光学投影断层成像、共聚焦显微镜 | NA | 图像、基因表达数据 | 未明确说明样本数量 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3'试剂盒 |
| 225 | 2026-05-01 |
Histone deacetylases and cell-cycle regulators orchestrate cell-identity transitions during Arabidopsis root regeneration
2026-Mar-25, Molecular plant
IF:17.1Q1
DOI:10.1016/j.molp.2026.03.013
PMID:41889170
|
研究论文 | 利用单细胞RNA测序、ATAC测序、成像和突变体分析，表征拟南芥根再生过程中细胞重编程的轨迹 | 揭示了组蛋白去乙酰化酶HDA9和HDA19在关闭旧细胞身份和防止应激反应中的作用，以及DOF转录因子OBP1和SMR蛋白调控细胞分裂速率以促进新身份获取的机制 | NA | 解析植物细胞在再生过程中的身份转变机制 | 拟南芥根再生过程中的细胞 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 | NA | 单细胞基因表达数据, 单细胞染色质开放性数据 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序, 单细胞多组学 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' 和 10x Chromium Single Cell ATAC 测序 |
| 226 | 2026-05-01 |
Integrative machine learning analysis suggests novel molecular targets for liver cancer diagnosis and therapy
2026-Mar-22, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-026-04889-2
PMID:41866435
|
研究论文 | 通过综合机器学习分析，识别用于肝癌诊断和治疗的新型分子靶点 | 结合加权基因共表达网络分析、单细胞测序和多种机器学习算法构建8基因诊断标志物，该标志物在训练队列中AUC达1.000，并在外部数据集中得到稳健验证 | 未提及 | 通过识别关键分子靶点和通路，提高肝细胞癌的及时有效诊断和治疗 | 肝细胞癌患者与对照组的差异表达基因及相关分子通路 | 机器学习 | 肝癌 | 微阵列芯片、单细胞测序、基因集富集分析 | 机器学习算法（具体类型未明确） | 基因表达数据、单细胞数据 | 微阵列数据集来自NCBI基因表达综合数据库，含肝细胞癌患者和对照组样本 | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 227 | 2026-03-21 |
scZiva: imputation method for single-cell RNA-seq data with zero-inflated variational autoencoder
2026-Mar-19, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-026-06422-2
PMID:41857511
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 228 | 2026-03-20 |
Lactylation-related gene signature for prognosis prediction and immune infiltration assessment in lung adenocarcinoma via bulk and single-cell RNA sequencing
2026-Mar-18, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-026-04845-0
PMID:41851557
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 229 | 2026-05-01 |
Neuronal and glial networks interact with traumatic brain injury to modulate cognition in ABCD study
2026-Mar-13, NPJ systems biology and applications
IF:3.5Q1
DOI:10.1038/s41540-026-00681-8
PMID:41826372
|
研究论文 | 该研究整合基因与轻度创伤性脑损伤交互全基因组关联研究和单细胞RNA测序基因调控网络，揭示了脑细胞类型特异性关键调控因子及其影响学习记忆的分子机制 | 首次结合全基因组关联研究和单细胞RNA测序网络分析，在海马和皮层脑区鉴定出神经元和胶质细胞中调控轻度创伤性脑损伤神经认知结果的细胞类型特异性网络调控因子 | 未提及具体局限性 | 阐明轻度创伤性脑损伤影响儿童和青少年神经认知功能的细胞类型特异性分子机制 | 青少年大脑认知发展队列的儿童和青少年 | 机器学习 | 创伤性脑损伤 | 全基因组关联研究，单细胞RNA测序 | NA | 基因型数据，单细胞表达数据，神经认知表型数据 | 青年脑认知发展（ABCD）队列参与者 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 230 | 2026-05-01 |
Multicellular origins of murine ovarian inflammaging
2026-Mar-13, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-026-09826-1
PMID:41826404
|
研究论文 | 结合单细胞和空间转录组学定义小鼠卵巢衰老的组成和细胞间信号变化，揭示免疫细胞亚群对卵巢炎性衰老的贡献 | 首次整合单细胞和空间转录组学，系统识别卵巢衰老中特定巨噬细胞和T细胞亚群作为促炎信号关键来源，并预测其与颗粒细胞的双向信号传导 | 研究仅基于小鼠模型，可能无法完全反映人类卵巢炎性衰老机制 | 阐明卵巢炎性衰老的机制，特别是免疫细胞的功能及其与卵巢体细胞的相互作用 | 衰老小鼠卵巢中的细胞组成和细胞间信号变化 | 计算机视觉 | 老年疾病 | 单细胞测序, 空间转录组学 | NA | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据 | 小鼠卵巢样本（具体数量未提供） | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 231 | 2026-05-01 |
Heterogeneity and Regulatory Mechanisms of ALK-Mutant and Wild-Type Epithelial Cells in Non-Small-Cell Lung Cancer: Single-Cell Transcriptomics and Chromatin Accessibility
2026-Mar-12, Pharmacology
IF:2.9Q2
DOI:10.1159/000550967
PMID:41818350
|
研究论文 | 利用单细胞转录组和染色质可及性分析，揭示ALK突变型和野生型非小细胞肺癌上皮细胞的异质性与调控机制 | 首次整合scRNA-seq和scATAC-seq数据，比较ALK突变与野生型肿瘤的分子差异，并鉴定CEACAM6-AKT-EGR1信号轴在耐药和恶性进展中的作用 | 样本量较小，仅5例野生型和4例ALK突变型样本；未在动物模型中验证CEACAM6靶向治疗的疗效 | 解析ALK突变型和野生型NSCLC肿瘤上皮细胞的异质性和表观遗传调控差异 | 非小细胞肺癌患者的肿瘤组织样本（5例ALK野生型，4例ALK突变型） | 机器学习, 数字病理 | 肺癌 | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 | NA | 基因表达数据, 染色质可及性数据 | 9例非小细胞肺癌肿瘤组织样本（5例ALK野生型，4例ALK突变型） | Illumina | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | Illumina NovaSeq | 从GEO数据库获取GSE274934数据集的单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序数据 |
| 232 | 2026-05-01 |
The landscape of B and plasma cells in breast cancer: insights from single-cell and spatial transcriptomics
2026-Mar-12, NPJ breast cancer
IF:6.5Q1
DOI:10.1038/s41523-026-00917-0
PMID:41820356
|
研究论文 | 通过整合公开单细胞RNA测序数据和新生成的79份样本单细胞测序数据，构建了乳腺癌中B细胞和浆细胞的高分辨率图谱，揭示了其异质性和功能多样性 | 首次在乳腺癌中识别出两种肿瘤富集的B细胞亚群——CD200初始B细胞和ISG15非典型记忆B细胞，并验证了CD200 B细胞在抗肿瘤免疫和免疫检查点阻断治疗中的关键作用 | 未提及 | 解析乳腺癌中B细胞和浆细胞的异质性及其功能角色，探索其作为免疫治疗生物标志物和靶点的潜力 | 35名乳腺癌患者的79份样本（B细胞和浆细胞） | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序、单细胞BCR测序、空间转录组学 | 不适用 | 基因表达数据、BCR序列数据、空间转录组学数据 | 35名患者共79份样本 | 不适用 | 单细胞RNA测序、单细胞BCR测序、空间转录组学 | 不适用 | 不适用 |
| 233 | 2026-05-01 |
Artificial intelligence assisted multi-model pathological diagnosis of breast cancer based on multispectral autofluorescence images
2026-Mar-12, NPJ breast cancer
IF:6.5Q1
DOI:10.1038/s41523-026-00915-2
PMID:41820369
|
研究论文 | 提出一个结合多光谱自发荧光成像与优化深度学习架构的新框架，用于生成高质量、无标记、与苏木精-伊红染色等效的乳腺癌病理图像 | 通过引入显著性和全局特征一致性损失增强CycleGAN，实现无需像素级配准的非配对数据虚拟染色，且为非破坏性方法，同一组织切片可后续用于单细胞RNA测序或空间转录组学 | 未提及具体局限性 | 开发快速、非破坏性的诊断级乳腺癌病理图像生成方法，用于临床诊断和机制研究 | 临床样本、小鼠模型和类器官共培养样本 | 计算机视觉 | 乳腺癌 | 多光谱自发荧光成像 | CycleGAN | 图像 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 234 | 2026-05-01 |
STHELAR, a multi-tissue dataset linking spatial transcriptomics and histology for cell type annotation
2026-Mar-12, Scientific data
IF:5.8Q1
DOI:10.1038/s41597-026-06937-6
PMID:41820393
|
研究论文 | 介绍了一个整合空间转录组学与H&E组织学图像的多组织数据集STHELAR，用于细胞类型注释 | 首次构建了包含16种组织类型、超过1100万个细胞的大规模多组织空间转录组数据集，并关联了H&E全切片图像，为直接从组织学图像预测细胞类型提供了参考资源 | 未提及具体限制，但可能存在数据来源于特定平台（Xenium FFPE）和细胞类别为十种泛癌类别的泛化局限性 | 通过整合空间转录组学与组织学图像，开发用于细胞类型注释的大规模数据集，以促进肿瘤微环境研究 | 来自22名癌症患者和9名非癌症患者的31个人类Xenium FFPE组织切片，涵盖16种组织类型 | 数字病理学, 空间转录组学 | 肿瘤（泛癌） | 空间转录组学, H&E染色 | 人工智能模型（用于从组织学图像预测细胞类型注释） | 图像, 基因表达数据 | 31个组织切片，来自31名患者（22例癌症，9例非癌症），包含超过1100万个细胞和50万个组织图像块 | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Xenium | 10x Xenium FFPE组织切片 |
| 235 | 2026-05-01 |
scTWAS: a powerful statistical framework for single-cell transcriptome-wide association studies
2026-Mar-12, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-70374-7
PMID:41820391
|
研究论文 | 提出scTWAS统计框架，利用单细胞数据实现细胞类型特异性转录组关联研究 | 首次利用潜变量模型和矩估计解决单细胞数据的高噪声、高技术变异和高稀疏性挑战，实现细胞类型分辨率的TWAS分析 | 未提及具体局限性，可能需更多验证数据或计算效率优化 | 开发一种利用单细胞RNA测序数据进行细胞类型特异性转录组关联研究的方法 | 血细胞和脑组织的单细胞RNA测序数据，涉及29种血液性状、3种免疫相关疾病及阿尔茨海默病 | 自然语言处理, 机器学习 | 心血管疾病, 老年疾病 | RNA-seq | 潜变量模型 | 文本 | 涉及多种单细胞样本，具体数量未在摘要中明确 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 236 | 2026-05-01 |
Low-dose chemotherapy remodels hepatic immune landscape and potentiates antitumor response to immune checkpoint blockade in cholangiocarcinoma
2026-Mar-04, Hepatology (Baltimore, Md.)
DOI:10.1097/HEP.0000000000001735
PMID:41779955
|
研究论文 | 该研究探索低剂量吉西他滨/顺铂联合抗PD-L1治疗肝内胆管癌的疗效和机制 | 首次揭示低剂量化疗通过重塑肝内免疫景观并解除SPP1-VLA-4信号轴对CD8+T细胞的抑制，增强抗PD-L1免疫治疗的抗肿瘤应答 | 尚未明确低剂量化疗在不同肝内胆管癌亚型中的效果差异及长期疗效数据 | 优化肝内胆管癌治疗策略，降低化疗毒性并提高免疫治疗疗效 | 多种肝内胆管癌小鼠模型及患者来源的肿瘤组织和临床样本 | 机器学习 | 肝内胆管癌 | 单细胞RNA测序, 流式细胞术, 体内/体外功能实验 | NA | 单细胞转录组数据, 流式细胞数据 | 多种小鼠模型及部分肝内胆管癌患者样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序 |
| 237 | 2026-05-01 |
Neuro-epithelial circuits promote sensory convergence and intestinal immunity
2026-03, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-025-09921-z
PMID:41501470
|
研究论文 | 发现TRPV1疼痛感受神经元与上皮簇细胞协同驱动2型免疫反应的神经-上皮回路 | 首次揭示TRPV1疼痛感受神经元通过共选项上皮簇细胞启动2型免疫反应的神经-上皮回路机制 | 未明确其他感觉输入（如化学刺激）是否通过相同通路整合，且研究主要基于小鼠模型 | 探究上皮、神经元和免疫细胞如何协调感知输入并整合驱动2型炎症 | 小鼠肠道中的TRPV1疼痛感受神经元、上皮簇细胞和2型免疫反应 | 免疫学 | 寄生虫感染 | 空间转录组学、单细胞RNA测序、化学遗传学沉默/激活、化学消融 | NA | 基因表达数据 | 小鼠模型（具体样本量未在摘要中提及） | NA | 空间转录组学、单细胞RNA测序 | NA | 使用空间转录组学和单细胞RNA测序分析 |
| 238 | 2026-05-01 |
Reconstructing 3D transcriptional organization from spatial transcriptomics reveals consistent oncogenic translocations and developmental dynamics
2026-Mar-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbag177
PMID:42059481
|
研究论文 | 介绍Cytocraft计算框架，从2D空间转录组数据重建3D转录组织，并揭示致癌易位和发育动态 | 首次提出从2D空间数据推断细胞类型特异性3D转录中心构型的计算方法Cytocraft，并在非小细胞肺癌和蝾螈脑发育中验证其应用 | 未报告明显局限性 | 开发计算框架从2D空间转录组数据重建3D转录空间组织，探索疾病和发育中的空间规律 | 人类非小细胞肺癌样本和发育中的蝾螈脑 | 计算生物学 | 非小细胞肺癌 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 8例非小细胞肺癌患者样本和蝾螈脑发育样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 239 | 2026-05-01 |
Integrating and mapping single-cell transcriptomics across the entire gene expression space
2026-Mar-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbag204
PMID:42059480
|
研究论文 | 提出scGES深度学习框架，用于在全基因表达空间中整合单细胞转录组数据并校正批次效应 | 首次利用全部基因（包括高变和低变基因）进行批次效应校正，超越仅使用高变基因的现有方法 | NA | 开发能够校正全基因表达空间批次效应的深度学习框架，提升单细胞转录组数据整合与映射的准确性 | 单细胞转录组数据集 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 深度学习 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 240 | 2026-05-01 |
CaHoT-GRN: context-aware high-order topology learning for robust single-cell gene regulatory network inference
2026-Mar-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbag202
PMID:42059479
|
研究论文 | 提出了CaHoT-GRN框架，利用上下文感知的高阶拓扑学习实现稳健的单细胞基因调控网络推断 | 创新性地融合预训练生物大语言模型提取基因和蛋白质序列的深层语义嵌入，构建基于元路径生成的异质信息网络捕捉高阶基因交互，并设计相似性共注意力模块建模先验基因调控网络与异质信息网络之间的拓扑一致性 | 依赖蛋白质-蛋白质相互作用数据来约束元路径生成，可能限制了对非编码调控机制的覆盖范围 | 开发一种能整合序列语义上下文和转录因子理化属性的单细胞基因调控网络推断方法，提升网络推断的准确性并减少假阳性连接 | 单细胞转录组数据集中的基因调控网络 | 机器学习 | 不适用 | 单细胞RNA测序 | 大语言模型、相似性共注意力模块 | 单细胞转录组数据 | 不适用 | 不适用 | 单细胞RNA测序 | 不适用 | 不适用 |