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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 221 | 2026-07-09 |
Tissue-Specific High-Quality Protoplast Isolation for Single-Cell Analyses in Arabidopsis
2026-Feb-06, Journal of visualized experiments : JoVE
DOI:10.3791/69330
PMID:41729799
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研究论文 | 介绍一种从拟南芥多个组织中高效分离高质量原生质体的稳健可重复方案,以支持单细胞分析 | 针对不同组织类型优化酶解和纯化条件,确保高产量和细胞类型广泛代表性,可用于多种应用场景 | 未提及局限性信息 | 建立标准化原生质体分离方案以促进植物单细胞RNA测序等应用 | 拟南芥(Arabidopsis thaliana)的地上组织(叶片、茎、花)和根组织 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序, 流式细胞术 | NA | 细胞悬液 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 222 | 2026-07-09 |
Decoding hepatocellular carcinoma prognosis: a machine learning-derived methylation signature integrating transcriptomic and tumor microenvironment insights
2026-Feb-01, International journal of surgery (London, England)
DOI:10.1097/JS9.0000000000003942
PMID:41731861
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研究论文 | 整合转录组、甲基组和临床数据,通过机器学习算法开发并验证了肝细胞癌预后相关的10基因甲基化特征 | 首次系统结合数百种机器学习算法,从甲基化与转录组差异表达基因中构建多维度预后特征,并整合单细胞RNA测序和空间转录组学揭示肿瘤微环境调控机制 | 未提及明确的局限性 | 开发基于甲基化与转录组整合的肝细胞癌预后生物标志物及风险分层模型 | 肝细胞癌患者的肿瘤组织及癌旁组织样本 | 机器学习 | 肝细胞癌 | RNA测序, 甲基化测序, 定量PCR, 蛋白质印迹法 | 机器学习算法(数百种算法组合) | 转录组数据, 甲基化数据, 临床数据, 单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据 | 10对肝细胞癌肿瘤与癌旁组织(用于验证) | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 223 | 2026-07-09 |
Screening Biomarkers for Nerve Injury Using Weighted Gene Co-Expression Network Analysis and Machine Learning
2026-Feb, Brain and behavior
IF:2.6Q3
DOI:10.1002/brb3.71279
PMID:41733593
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研究论文 | 通过加权基因共表达网络分析和机器学习筛选神经损伤生物标志物 | 结合多转录组数据集和机器学习方法识别并验证了神经损伤的新型生物标志物Atf3、Bin2、Fcgr2b和Ucn,并阐明了它们在神经免疫串扰中的双重作用 | 该研究主要基于公开数据集,缺乏体内实验验证,且样本量可能有限 | 识别和验证神经损伤的关键调控基因及其功能机制 | 神经损伤和假手术样本的RNA-seq和单细胞转录组数据 | 机器学 | 神经损伤 | RNA-seq | 加权基因共表达网络分析(WGCNA)和三种机器学习算法 | 基因表达数据 | 多个GEO数据集中的神经损伤和假手术样本 | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 224 | 2026-07-09 |
Microglia heterogeneity and therapeutic strategies in Parkinson's disease
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1739341
PMID:41727462
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综述 | 系统描述小胶质细胞在帕金森病中的生物学特性、功能异质性及靶向治疗策略 | 结合单细胞转录组学技术揭示小胶质细胞在帕金森病中的功能、空间、遗传和性别相关差异,并总结新兴靶向小胶质细胞的干预治疗策略 | 未详细讨论临床转化中的具体障碍及不同治疗策略的成本效益比较 | 阐明小胶质细胞异质性在帕金森病神经退行性变中的作用机制并指导精准治疗 | 小胶质细胞及帕金森病患者 | 数字病理学 | 帕金森病 | NA | NA | NA | NA | NA | 单细胞转录组学 | NA | NA |
| 225 | 2026-07-09 |
Unique chicken B cell development: species-specific mechanisms and contradictory requirements of B cell receptor for post-hatched B cell development
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1755331
PMID:41727463
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综述 | 文章记录了鸡B细胞在三个发育阶段(前法氏囊期至法氏囊后阶段)的发育过程,并与人类B细胞发育进行比较 | 揭示了鸡B细胞发育的物种特异性机制,包括法氏囊作为主要B细胞受体依赖性发育器官的同时支持非依赖性早期定殖,以及通过激活诱导胞苷脱氨酶介导的基因转换而非V(D)J重组实现抗体多样化 | 未明确提及具体研究限制 | 探讨鸡B细胞发育的独特机制及其与哺乳动物发育的差异 | 鸡B细胞发育过程 | 基因组学 | 不适用 | 单细胞RNA测序,基因敲除 | 不适用 | 单细胞转录组数据 | 不适用 | 不适用 | 单细胞RNA测序 | 不适用 | 不适用 |
| 226 | 2026-07-09 |
Blinatumomab-driven T-cell activation in αβ and γδ T-cell subsets: insights from in vitro assays
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1739493
PMID:41727470
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research paper | 该研究通过体外实验系统比较了博纳吐单抗驱动的αβ和γδ T细胞亚群活化效应,揭示了两种T细胞亚群对BLN反应的特异性差异 | 首次在健康供体来源的αβ和γδ T细胞中系统比较BLN驱动的效应功能,并发现唑来膦酸扩增的Vγ9Vδ2 γδ T细胞系在高肿瘤负荷下需要更高BLN浓度,同时γδ T细胞表现出更稳定的效应记忆表型 | 实验仅基于健康供体来源的T细胞,未涉及患者样本;单细胞转录组分析仅使用一个供体,样本量有限 | 阐明博纳吐单抗对αβ和γδ T细胞亚群免疫学机制的差异影响 | 健康成人供体的αβ和γδ T细胞 | machine learning | 急性淋巴细胞白血病 | NA | NA | 流式细胞术数据、单细胞转录组数据 | 健康供体(具体数量未明确);单细胞转录组分析使用1个供体 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 探索性靶向单细胞转录组分析(一个供体) |
| 227 | 2026-07-09 |
Diversity and function of tumor-associated macrophages in brain metastases: mechanisms and therapeutic prospects
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1756299
PMID:41727473
|
综述 | 探讨脑转移瘤中肿瘤相关巨噬细胞的多样性与功能,概述其在肿瘤进展中的作用机制及治疗前景 | 突破传统M1/M2二元分类,强调单细胞技术揭示的多种功能性亚群(如脂质相关、干扰素应答、促血管生成TAM),并系统梳理其从转移前微环境形成到肿瘤定植的全过程机制 | TAM异质性高且靶向特异性不足,血脑屏障递送障碍仍是主要挑战,未来需结合单细胞测序和空间转录组学开发个性化治疗 | 系统总结脑转移瘤中TAM的生物学特性、调控机制及治疗策略,为开发新型免疫疗法提供依据 | 脑转移瘤中的肿瘤相关巨噬细胞(TAMs)及其亚群 | 数字病理学 | 脑转移瘤 | 单细胞测序, 空间转录组学 | NA | 单细胞数据, 空间转录组数据, 基因表达数据 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | 10x Chromium, 10x Visium | 单细胞测序和空间转录组学用于解码TAM异质性 |
| 228 | 2026-07-09 |
ECM remodeling-associated immune signatures and hub proteins: predictive markers and therapeutic targets for metastatic gastric cancer
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1765095
PMID:41727482
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研究论文 | 通过蛋白质组学和单细胞RNA测序鉴定与胃癌转移相关的细胞外基质重塑免疫特征和核心蛋白,验证RPS29在转移机制中的作用 | 整合蛋白质组学与单细胞转录组学,首次系统解析细胞外基质重塑在胃癌转移中的分子机制,并鉴定RPS29作为新的转移相关核心蛋白 | 未明确提及局限性,可能包括样本量有限、功能验证仅限体外实验等 | 探索细胞外基质重塑在胃癌转移中的分子机制,鉴定预测标志物和治疗靶点 | 胃癌患者样本、胃癌细胞系 | 机器学习 | 胃癌 | 蛋白质组学、单细胞RNA测序 | NA | 蛋白质组数据、单细胞转录组数据 | 未明确提及样本具体数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 229 | 2026-07-08 |
Integrative single-cell and spatial transcriptomic approaches to decipher the tumor microenvironment and therapeutic resistance in pancreatic cancer
2026-Dec-31, Cancer biology & therapy
IF:4.4Q2
DOI:10.1080/15384047.2026.2699508
PMID:42411636
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综述 | 综述单细胞RNA测序和空间转录组学在解析胰腺导管腺癌肿瘤微环境及治疗耐药中的应用 | 首次系统总结了scRNA-seq与ST技术整合在揭示胰腺癌异质性、基质-免疫相互作用及治疗耐药机制中的独特优势 | 未提及具体技术整合的挑战或方法局限性 | 探讨单细胞和空间转录组学整合方法如何促进胰腺癌的生物标志物发现和治疗策略开发 | 胰腺导管腺癌的肿瘤微环境 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 基因表达数据, 空间转录组数据 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | 10x Chromium, 10x Visium | 10x Chromium Single Cell 3', 10x Visium FFPE |
| 230 | 2026-07-08 |
Identification of novel diagnostic biomarkers and host-directed drug screening for Mycobacterium avium infection: A multi-omics and artificial intelligence study
2026-Sep, SLAS discovery : advancing life sciences R & D
IF:2.7Q2
DOI:10.1016/j.slasd.2026.100317
PMID:42276326
|
研究论文 | 结合多组学和人工智能识别鸟分枝杆菌感染的新型诊断标志物并进行宿主导向药物筛选 | 首次通过单细胞RNA测序与机器学习整合分析,揭示鸟分枝杆菌感染中髓系细胞重编程的MIF-APP轴机制,并基于113种机器学习算法筛选出高精度诊断模型及潜在免疫调节剂Wogonin | 依赖外周血样本,未验证组织或不同亚群中的免疫特征;临床验证样本量和动物模型数据有限 | 解析鸟分枝杆菌感染中的宿主免疫重塑机制,特别是髓系异质性,并识别精准诊断标志物与治疗靶点 | 鸟分枝杆菌感染患者的外周血样本 | 机器学习 | 鸟分枝杆菌感染 | 单细胞RNA测序, RT-qPCR, 分子对接 | Stepglm+GBM | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 231 | 2026-07-08 |
Polystyrene microplastics drive chondrotoxicity in osteoarthritis through inducing ER stress and apoptosis via NFKB1 activation
2026-Sep, Food and chemical toxicology : an international journal published for the British Industrial Biological Research Association
IF:3.9Q1
DOI:10.1016/j.fct.2026.116166
PMID:42162659
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研究论文 | 本研究结合网络毒理学和转录组学分析,发现聚苯乙烯微塑料通过激活NFKB1诱导内质网应激和细胞凋亡,从而加剧骨关节炎的软骨毒性 | 首次揭示聚苯乙烯微塑料通过NFKB1驱动内质网应激和凋亡通路促进骨关节炎进展的分子机制,并利用机器学习鉴定了六个潜在的早期诊断生物标志物 | 研究主要基于体外实验和单细胞RNA测序,缺乏体内动物模型验证,且NFKB1的上下游调控网络尚未完全阐明 | 阐明聚苯乙烯微塑料在骨关节炎发病机制中的作用及其分子通路 | 聚苯乙烯微塑料对软骨细胞的影响及骨关节炎相关分子机制 | 机器学习 | 骨关节炎 | 单细胞RNA测序、分子对接、动态模拟 | 机器学习模型、分子对接模型 | 转录组数据、单细胞RNA测序数据 | 未明确说明样本量,涉及网络毒理学分析和体外软骨细胞实验 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 232 | 2026-07-08 |
Integrated Multiomics Reveals Key Drivers and Immune Cell Phenotypes of Infrapopliteal Atherosclerosis and Calcification
2026-Sep, Annals of vascular surgery
IF:1.4Q3
DOI:10.1016/j.avsg.2026.05.073
PMID:42176975
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研究论文 | 整合多组学揭示膝下动脉粥样硬化和钙化的关键驱动因子及免疫细胞表型 | 首次整合bulk RNA-seq、单细胞RNA测序、空间转录组学和孟德尔随机化等多组学方法,鉴定出HLA-B是膝下动脉粥样硬化的关键致病基因,并识别出因果相关的免疫细胞表型 | 未提及具体局限性 | 识别驱动膝下动脉粥样硬化和钙化的关键基因和免疫细胞表型,开发靶向治疗策略 | 膝下动脉粥样硬化和钙化患者样本 | 机器学习 | 心血管疾病 | bulk RNA-seq, scRNA-seq, ST, SMR, MR | NA | 转录组数据 | NA | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 233 | 2026-07-08 |
Separable Decomposition for Ragged Tensors
2026-Aug, IEEE transactions on pattern analysis and machine intelligence
IF:20.8Q1
DOI:10.1109/TPAMI.2026.3679727
PMID:41945837
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研究论文 | 提出一种基于CP分解的几何感知可分离分解框架,用于直接分解多维不规则张量数据(即 ragged tensor) | 首次引入二元加权张量模型描述ragged tensor的有效域,利用CP因子行与有效元素间的关联将全局目标解耦为独立、良态的子问题,并设计基于近邻交替最小化的闭式稳定更新算法,理论收敛有保障 | 未明确说明,需进一步阅读全文 | 发展能够处理多维不规则索引模式(ragged tensor)的张量分解方法 | 多光谱、高光谱图像以及空间转录组数据 | 机器学习 | NA | 张量分解 | CANDECOMP/PARAFAC (CP) 分解 | 图像、空间转录组数据 | 多个挑战性数据集(具体数量未详述) | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 234 | 2026-07-08 |
Fusobacterium nucleatum-Derived Outer Membrane Vesicles Disrupt Epithelial Barrier in Oral Lichen Planus via JNK/c-JUN Mediated Claudin-4 Downregulation
2026-Aug, International dental journal
IF:3.2Q1
DOI:10.1016/j.identj.2026.109526
PMID:42048970
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研究论文 | 本研究揭示具核梭杆菌外膜囊泡通过JNK/c-JUN通路下调Claudin-4破坏口腔扁平苔藓上皮屏障 | 首次发现具核梭杆菌外膜囊泡通过激活JNK/c-JUN信号通路下调Claudin-4,揭示微生物驱动口腔扁平苔藓上皮屏障破坏的新机制 | 未开展体内动物模型验证实验,且主要基于体外细胞系研究,临床相关性需进一步验证 | 探究具核梭杆菌外膜囊泡在口腔扁平苔藓上皮屏障功能障碍中的作用机制 | 口腔扁平苔藓患者组织样本及HaCaT角质形成细胞 | 数字病理学 | 口腔扁平苔藓 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 免疫组化, RNA测序, qPCR, Western blot | NA | 基因表达数据, 组织图像 | 口腔扁平苔藓病变组织样本(具体数量未提及) | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 235 | 2026-07-08 |
In Vitro Single-Cell Transcriptomic Profiling of Cultured Stem Cells From Apical Papilla and Dental Pulp Stem Cells: Unveiling Cellular Heterogeneity
2026-Aug, International dental journal
IF:3.2Q1
DOI:10.1016/j.identj.2026.109577
PMID:42090950
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研究论文 | 利用单细胞RNA测序比较培养的根尖乳头干细胞和牙髓干细胞的细胞组成,揭示其细胞异质性和独特亚群 | 首次在单细胞水平上比较培养的根尖乳头干细胞和牙髓干细胞的转录组谱,发现了此前未表征的前体样亚群(簇9)共表达周细胞标志物和间充质基质细胞标志物,并识别出IGFBP3和IGFBP5在根尖乳头干细胞来源簇中特异性富集 | 基于培养细胞的转录相似性提出伪时间轨迹假设,而非验证性的谱系关系;需要后续使用NOTCH3+/PDGFRB+的前瞻性分离及体外体内功能验证来确认再生潜力 | 通过单细胞RNA测序比较培养的根尖乳头干细胞和牙髓干细胞的细胞组成,检测其不同再生行为背后的亚群,并识别有助于未来分离和功能靶向的标志物 | 来自3名人类供体的根尖乳头干细胞和牙髓干细胞,培养至第2代 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达谱 | 3名人类供体的根尖乳头和牙髓组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 使用Seurat包进行降维和聚类,统一流形逼近与投影可视化 |
| 236 | 2026-07-08 |
UPR-CEBPB-MIF Signaling Links to Macrophage Polarization and an Immunosuppressive Tumor Microenvironment in Clear Cell Renal Cell Carcinoma
2026-Aug, Annals of surgical oncology
IF:3.4Q1
DOI:10.1245/s10434-026-19598-x
PMID:41936685
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研究论文 | 该论文整合多组学数据,揭示了UPR-CEBPB-MIF信号轴与透明细胞肾细胞癌中巨噬细胞极化及免疫抑制性肿瘤微环境的关联 | 利用自编码器结合XGBoost鉴别UPR关键基因,并通过单细胞转录组分析映射UPR活性及免疫极化模式,首次阐明UPR-CEBPB-MIF信号轴在ccRCC免疫微环境中的作用 | 研究主要依赖公共数据库数据,需进一步实验验证信号轴的功能及临床转化潜力 | 解析UPR信号通路在ccRCC代谢重编程及免疫调控中的机制,并构建预后模型 | 透明细胞肾细胞癌(ccRCC)肿瘤样本及细胞通信模式 | 机器学习 | 肾癌 | 多组学分析、单细胞转录组分析 | 自编码器、XGBoost、LASSO-Cox回归 | 基因表达数据、转录组数据 | 来自TCGA、GEO和ArrayExpress的多个队列样本 | NA | NA | NA | NA |
| 237 | 2026-07-08 |
Multi-Omics Integration Reveals the Genetic Mechanisms of Periodontitis and Predicts Therapeutic Drugs
2026-Aug, International dental journal
IF:3.2Q1
DOI:10.1016/j.identj.2026.109678
PMID:42269280
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研究论文 | 该研究通过多组学整合分析揭示了牙周炎的遗传机制,并预测了潜在的治疗药物 | 首次整合GWAS、单细胞空间转录组学和单细胞RNA测序数据,利用人工智能驱动的药物筛选框架(DrugReflector)预测牙周炎的治疗化合物,并发现GNLY基因作为关键调控靶点 | 主要依赖公开数据集,药物预测结果需进一步的实验验证,且脑和肾脏组织的遗传富集机制仍需深入探索 | 系统解析牙周炎的遗传基础和关键调控因子,并预测潜在的治疗药物 | 牙周炎相关的遗传信号、免疫细胞亚群(单核细胞和自然杀伤细胞)及基因(如GNLY) | 数字病理学 | 牙周炎 | GWAS, 单细胞空间转录组学, 单细胞RNA-seq, Mendelian Randomization, 分子对接 | NA | 基因组数据, 单细胞转录组数据 | 基于Gene-Lifestyle Interactions in Dental Endpoints和FinnGen R11队列的GWAS摘要统计,以及单细胞空间转录组学和单细胞RNA测序数据,具体样本数量未明确 | 10x Genomics, Illumina | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | 10x Chromium, Illumina NovaSeq | 10x Chromium单细胞RNA测序和空间转录组学平台,Illumina NovaSeq测序平台 |
| 238 | 2026-07-08 |
Mitochondrial Metabolic Biomarkers in Periodontitis: Discovery and Clinical Validation
2026-Aug, International dental journal
IF:3.2Q1
DOI:10.1016/j.identj.2026.109682
PMID:42288013
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研究论文 | 通过综合生物信息学技术鉴定牙周炎中线粒体代谢相关生物标志物,并验证其诊断价值 | 首次通过整合转录组和单细胞RNA测序数据及机器学习方法,鉴定并临床验证了与牙周炎相关的线粒体代谢生物标志物,并构建了高诊断效能的列线图 | 未明确提及,可能缺乏大规模前瞻性队列验证 | 识别牙周炎中线粒体代谢相关的关键生物标志物并评估其诊断潜力 | 牙周炎患者及大鼠模型 | 机器学习 | 牙周炎 | RNA测序,单细胞RNA测序,反转录定量聚合酶链反应,免疫组织化学,Western blot分析 | 机器学习模型,列线图 | 转录组数据,单细胞RNA测序数据 | 临床样本(未明确数目)及大鼠模型样本 | NA | 单细胞RNA测序,bulk RNA测序 | NA | NA |
| 239 | 2026-07-08 |
Multi-Omics Framework Integrating Genetics, Microbiome, Metabolism, and Immunity for Deciphering Ulcerative Colitis Pathogenesis and Diagnostic Biomarker Discovery
2026-Jul-15, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology
IF:4.4Q2
DOI:10.1096/fj.202601379R
PMID:42411190
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研究论文 | 通过多组学框架整合遗传、微生物组、代谢和免疫因素,揭示溃疡性结肠炎发病机制并发现诊断生物标志物 | 首次将孟德尔随机化与单细胞及空间转录组学相结合,系统评估多组学因素与溃疡性结肠炎的因果关联,并发现Neutrophil_IFITM2细胞亚群及其潜在调控轴 | 孟德尔随机化分析基于GWAS汇总数据,可能存在未测量的混杂因素,且IFITM2敲低实验仅在体外巨噬细胞系中进行,缺乏体内验证 | 系统评估与溃疡性结肠炎易感性相关的多组学因素并识别可靠的诊断生物标志物 | 溃疡性结肠炎患者及健康对照的遗传数据、肠道微生物组、循环代谢物、免疫细胞表型及临床组织样本 | 机器学习, 数字病理学 | 溃疡性结肠炎 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, qRT-PCR, siRNA敲低 | 随机森林 | 基因表达数据, 单细胞转录组数据, 空间转录组数据 | 多个转录组数据集、独立临床组织样本及THP-1来源的巨噬细胞 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 240 | 2026-07-08 |
Interleukin-6 is critical in the development of pulmonary vascular disease in Gcn2-deficient mice
2026-Jul-14, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2531623123
PMID:42406961
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研究论文 | 研究揭示了GCN2缺失导致小鼠肺血管疾病中白细胞介素-6的关键作用 | 首次通过单细胞RNA测序鉴定出外膜成纤维细胞是GCN2缺失后转录变化最显著的细胞群,并证明IL-6是GCN2缺失和丝裂霉素C引发肺血管疾病的关键介质 | 未提及样本量及人类验证数据 | 探究GCN2缺乏与肺血管病理之间的关联机制 | Gcn2基因敲除小鼠和丝裂霉素C诱导的肺血管疾病小鼠模型 | 数字病理学 | 肺血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |