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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 221 | 2025-11-02 |
Multi-omics dissection of RAD21-PON1 axis reveals metabolic-immune crosstalk and prognostic significance in hepatocellular carcinoma
2025-Dec, Mammalian genome : official journal of the International Mammalian Genome Society
IF:2.7Q2
DOI:10.1007/s00335-025-10166-4
PMID:41143965
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研究论文 | 本研究通过多组学分析揭示了RAD21-PON1轴在肝细胞癌中连接代谢与免疫的核心调控作用 | 首次发现RAD21通过结合PON1启动子调控代谢通路活性并塑造免疫微环境,建立了RAD21-PON1风险特征用于预后分层 | 研究主要基于组学数据分析,需要进一步的实验验证机制细节 | 探究RAD21是否调控PON1以及该轴如何在肝细胞癌中整合代谢和免疫信号 | 肝细胞癌 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | 转录组学, ChIP-seq, 单细胞RNA测序, GSVA, TIDE, LASSO建模 | LASSO | 基因组数据, 转录组数据, 表观遗传数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, ChIP-seq, 转录组测序 | NA | NA |
| 222 | 2025-11-02 |
Single-cell RNA sequencing reveals T and B cell-related immune features in foot and mouth disease virus-infected mice
2025-Dec, Virulence
IF:5.5Q1
DOI:10.1080/21505594.2025.2580141
PMID:41144693
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示口蹄疫病毒感染小鼠脾脏中T细胞和B细胞的免疫特征 | 首次在单细胞水平系统解析口蹄疫病毒感染过程中T细胞和B细胞的组成变化、基因表达、细胞通讯和调控网络 | 研究仅针对小鼠模型,未在自然宿主中验证 | 探究口蹄疫病毒感染过程中适应性免疫反应的特征 | 口蹄疫病毒感染小鼠脾脏中的T细胞和B细胞 | 单细胞生物学 | 口蹄疫 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | FMDV感染组和模拟感染对照组小鼠脾脏样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 223 | 2025-11-02 |
Lessons learned from spatial transcriptomic analyses in clear-cell renal cell carcinoma
2025-Nov, Nature reviews. Urology
DOI:10.1038/s41585-024-00980-x
PMID:39789293
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综述 | 总结了空间转录组学在透明细胞肾细胞癌研究中的应用与发现 | 首次系统总结空间转录组学在透明细胞肾癌中的研究发现,揭示了肿瘤微环境中空间依赖的细胞互作关系 | 目前仅针对透明细胞肾癌这一亚型进行研究,缺乏其他肾癌亚型的空间转录组数据 | 探讨空间转录组学在肾细胞癌研究中的应用价值 | 透明细胞肾细胞癌的肿瘤微环境 | 空间转录组学 | 肾细胞癌 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 224 | 2025-11-02 |
Gain-of-function PPM1D mutations attenuate ischemic stroke
2025-Nov, Cell death and differentiation
IF:13.7Q1
DOI:10.1038/s41418-025-01523-6
PMID:40399534
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研究论文 | 本研究通过全基因组测序发现功能获得性PPM1D突变可减轻缺血性脑卒中,并鉴定出小分子稳定剂T2755作为潜在治疗方法 | 首次发现功能获得性PPM1D突变对缺血性脑卒中的保护作用,并鉴定出首个PPM1D小分子稳定剂T2755 | 仅在小鼠模型中验证T2755的治疗效果,尚未进行临床试验 | 探索PPM1D基因在缺血性脑卒中中的作用机制并开发新型治疗方法 | 10,241名缺血性脑卒中患者和Ppm1d基因缺陷小鼠 | 基因组学 | 缺血性脑卒中 | 全基因组测序, 空间转录组学, 蛋白质组学 | 集成计算建模, 虚拟筛选 | 基因组数据, 转录组数据, 蛋白质组数据 | 10,241名患者和基因缺陷小鼠模型 | NA | 全基因组测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 225 | 2025-11-02 |
Systemic activation of NRF2 contributes to the therapeutic efficacy of clinically-approved KRAS-G12C anti-cancer drugs
2025-Nov, British journal of cancer
IF:6.4Q1
DOI:10.1038/s41416-025-03162-7
PMID:40890297
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研究论文 | 研究发现临床批准的KRAS-G12C抗癌药物通过激活NRF2通路增强其治疗效果 | 首次揭示KRAS-G12C抑制剂通过靶向KEAP1半胱氨酸传感器激活NRF2通路,这是抗癌药物正向调控通常被认为是致癌基因的独特案例 | 未明确说明研究样本的具体数量和来源 | 探索异常激活的NRF2如何影响KRASG12C抑制剂的临床反应 | KRAS突变肺癌患者,特别是伴有KEAP1-NRF2通路共突变的患者 | 癌症治疗 | 肺癌 | 基因敲除,单细胞RNA测序,表面等离子共振 | NA | 基因表达数据,蛋白质相互作用数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 226 | 2025-11-02 |
Unraveling cellular dynamic changes in tumor evolution induced by long-term low dose-rate radiation
2025-Nov, British journal of cancer
IF:6.4Q1
DOI:10.1038/s41416-025-03128-9
PMID:40913060
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序技术揭示了长期低剂量率辐射诱导肿瘤细胞恶性演化的动态过程 | 首次发现长期低剂量率辐射通过ANGPTL4-SDC4配体-受体对促进肿瘤血管生成并增强细胞恶性表型 | 研究仅使用BEAS-2B细胞系,未涉及其他细胞类型或体内直接验证 | 探究长期低剂量率辐射对肿瘤细胞恶性演化的影响机制 | BEAS-2B细胞系及其辐射诱导的肿瘤细胞 | 肿瘤生物学 | 肺癌 | scRNA-seq, FACS, 分子对接, 多重免疫组化, qRT-PCR, 免疫共沉淀 | 细胞轨迹分析, 细胞通讯分析 | 单细胞转录组数据, 基因组数据, 蛋白互作数据 | BEAS-2B细胞系及其辐射处理后的衍生细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 227 | 2025-11-02 |
Novel Genetic Loci for Nontuberculous Mycobacterial Pulmonary Disease and Potential Protective Effect of Body Mass Index
2025-Nov, American journal of respiratory and critical care medicine
IF:19.3Q1
DOI:10.1164/rccm.202406-1253OC
PMID:40938630
|
研究论文 | 通过全基因组关联研究识别与非结核分枝杆菌肺病相关的遗传位点,并探讨体重指数的潜在保护作用 | 发现两个新的NTM-PD遗传位点并验证一个已知位点,首次通过孟德尔随机化揭示体重指数与NTM-PD的潜在因果关系 | 研究样本主要来自东亚人群,欧洲队列样本量相对较小 | 识别NTM-PD的遗传结构并评估风险因素关联 | 非结核分枝杆菌肺病患者和健康对照人群 | 基因组学 | 肺部疾病 | 全基因组关联研究, 单细胞转录组分析, 孟德尔随机化 | NA | 基因组数据, 转录组数据 | 韩国队列1949例患者和2955例对照,日本队列1137例患者和1546例对照,欧洲队列243例患者和570例对照 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 228 | 2025-11-02 |
Tool Comparison for Detecting Tumour Cells in Endometrial Cancer via Single-Cell Copy Number Variations Analysis
2025-Nov, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.70932
PMID:41160707
|
研究论文 | 比较四种单细胞拷贝数变异分析工具在检测子宫内膜癌细胞方面的性能 | 首次系统比较SCEVAN、CopyKAT、InferCNV和sciCNV四种工具在子宫内膜癌单细胞数据分析中的表现 | InferCNV和sciCNV无法直接预测肿瘤细胞,CNV评分分布曲线未能清晰区分恶性和非恶性细胞群体 | 评估单细胞CNV分析工具在检测子宫内膜癌细胞中的可靠性 | 子宫内膜癌细胞 | 生物信息学 | 子宫内膜癌 | 单细胞RNA测序 | SCEVAN, CopyKAT, InferCNV, sciCNV | 单细胞转录组数据 | 公开可用的scRNA-seq数据 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 229 | 2025-11-02 |
VEGF-D Protects the Lung in Neonatal Hyperoxia-induced Lung Injury
2025-Nov, American journal of respiratory cell and molecular biology
IF:5.9Q1
DOI:10.1165/rcmb.2024-0544OC
PMID:40343859
|
研究论文 | 本研究探讨VEGF-D在新生儿高氧诱导肺损伤中的保护作用及其机制 | 首次揭示肺泡成纤维细胞通过表达VEGF-D调控淋巴管生成和淋巴管结构在BPD中的关键作用 | 研究基于小鼠模型,临床转化需进一步验证 | 阐明VEGF-D在支气管肺发育不良发病机制中的保护作用 | 新生小鼠肺组织 | 病理生理学 | 支气管肺发育不良 | 单细胞RNA测序, 定量PCR, 基因敲除 | 动物疾病模型 | 基因表达数据 | 未明确样本数量的小鼠肺组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 230 | 2025-11-02 |
Reply to 'Enhancing spatial transcriptomics in clear-cell renal cell carcinoma'
2025-Nov, Nature reviews. Urology
DOI:10.1038/s41585-025-01086-8
PMID:40866723
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 231 | 2025-11-02 |
Enhancing spatial transcriptomics in clear-cell renal cell carcinoma
2025-Nov, Nature reviews. Urology
DOI:10.1038/s41585-025-01085-9
PMID:40866724
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 232 | 2025-11-02 |
Duplicated genes find their space: Spatial transcriptomics illuminates evolutionary fates
2025-Nov-01, The Plant cell
DOI:10.1093/plcell/koaf265
PMID:41175099
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 233 | 2025-11-02 |
Intestinal fibroblast heterogeneity: unifying RNA-seq studies and introducing consensus-driven nomenclature
2025-Oct-31, Journal of cell science
IF:3.3Q3
DOI:10.1242/jcs.264147
PMID:41170756
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序技术识别小鼠结肠黏膜中六个不同的成纤维细胞亚群,并提出标准化的肠道成纤维细胞命名体系 | 首次系统鉴定结肠黏膜成纤维细胞亚群并建立统一命名标准,整合多数据集揭示保守细胞群体 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证尚不充分 | 解析肠道成纤维细胞异质性并建立标准化分类体系 | 小鼠结肠黏膜成纤维细胞 | 单细胞生物学 | 肠道疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠结肠黏膜样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 234 | 2025-11-02 |
CellSNVReg: a multidimensional resource for SNV-mediated regulatory perturbations in single-cell and spatial omics
2025-Oct-31, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaf1076
PMID:41171131
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研究论文 | 介绍CellSNVReg——一个系统表征单核苷酸变异在细胞类型和空间分辨率下调控扰动效应的多维资源数据库 | 首次整合单细胞和空间组学数据,在六个维度系统分析SNV介导的调控扰动,并提供定性和定量评估 | NA | 解析单核苷酸变异在多分子层面的调控扰动及其对细胞功能状态的影响 | 人类正常组织、肿瘤组织及其他疾病组织 | 生物信息学 | 肿瘤 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 单细胞ATAC测序 | NA | 单细胞测序数据, 空间转录组数据 | 460万个细胞谱 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 235 | 2025-11-02 |
SEA version 4.0: a major expansion and update of the Super-Enhancer Archive
2025-Oct-31, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaf1114
PMID:41171129
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研究论文 | 介绍超级增强子数据库SEA版本4.0的重大扩展和更新 | 新增H3K4me1组蛋白标记,扩展至14个物种,引入基于香农熵的算法识别特异性SE,提供交互式调控网络和细胞特异性SE检测器 | NA | 阐明超级增强子在细胞命运和疾病中的表观遗传调控作用 | 超级增强子和增强子 | 生物信息学 | 癌症 | 单细胞RNA测序,组蛋白修饰分析 | 香农熵算法 | 基因组数据,表观遗传数据 | 12个癌症和正常样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 236 | 2025-11-02 |
connectomeDB2025: a rigorously curated, multi-species resource of experimentally supported ligand-receptor interactions
2025-Oct-31, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaf1108
PMID:41171146
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研究论文 | 介绍更新版connectomeDB2025,一个经过严格筛选、包含多物种实验支持的配体-受体相互作用的开放获取数据库 | 通过AI辅助文献挖掘和手动筛选,新增827对配体-受体相互作用和718篇支持文献,其中264对为2020年后首次描述,包含2359个独有的证据链接 | 仅包含脊椎动物的肽基配体-受体相互作用,不涵盖其他类型的分子相互作用 | 构建一个经过严格筛选、具有实验支持的配体-受体相互作用参考数据库 | 脊椎动物的配体-受体相互作用 | 生物信息学 | NA | AI辅助文献挖掘,手动筛选 | NA | 文献数据,实验证据 | 3579个脊椎动物相互作用,来自2803篇研究文章,5429个证据链接 | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | NA | NA |
| 237 | 2025-11-02 |
Cancer-associated fibroblast miR-148a-5p/CALD1/collagen VI pathway promotes proliferation in Helicobacter pylori-positive gastric cancer
2025-Oct-31, Cellular oncology (Dordrecht, Netherlands)
DOI:10.1007/s13402-025-01116-y
PMID:41171370
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研究论文 | 本研究揭示了幽门螺杆菌阳性胃癌中癌症相关成纤维细胞通过miR-148a-5p/CALD1/胶原蛋白VI通路促进肿瘤增殖的机制 | 首次在幽门螺杆菌阳性胃癌中发现并验证了CAFs中TLR/miR-148a-5p/CALD1/胶原蛋白VI信号通路的关键作用 | NA | 探究幽门螺杆菌对癌症相关成纤维细胞的影响及潜在治疗靶点 | 幽门螺杆菌阳性胃癌中的癌症相关成纤维细胞 | 癌症生物学 | 胃癌 | microRNA测序,转录组测序,单细胞测序,分子生物学实验,体外细胞共培养,CDX模型,PDX模型 | NA | 测序数据,实验数据 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 238 | 2025-11-02 |
Ex Vivo Spatiotemporal Characterization of Spermatogenesis in Mouse Testicular Organoids
2025-Oct-31, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202512670
PMID:41173796
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研究论文 | 开发了一种小鼠睾丸类器官培养策略,实现了体外精子发生的时空特征表征 | 建立了单细胞悬浮液自重组形成睾丸类器官的方法,首次在体外实现了包含单倍体精子的完整精子发生过程 | 类器官中精子样细胞仅占总生殖细胞的约2.43%,效率仍有待提高 | 研究睾丸类器官中精子发生的时空特征及其在生育力保存中的应用 | 新生小鼠睾丸单细胞悬浮液和睾丸类器官 | 发育生物学 | 生殖系统疾病 | 单细胞RNA测序,形态学分析,谱系特异性标记分析 | 小鼠睾丸类器官模型 | 单细胞RNA测序数据,图像数据 | 新生小鼠睾丸细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 239 | 2025-11-02 |
Exploration of Novel Biomarkers Through a Precision Medicine Approach Using Multi-Omics and Brain Organoids in Patients With Atypical Depression and Psychotic Symptoms
2025-Oct-31, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202508383
PMID:41173797
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研究论文 | 通过整合临床数据、白细胞单细胞RNA测序、血浆蛋白质组学和脑类器官模型,探索非典型抑郁症伴精神病性症状患者的新型生物标志物 | 首次将白细胞单细胞转录组、血浆蛋白质组和患者来源脑类器官模型相结合,构建理解精神疾病病理生理学的新框架 | 白细胞计数差异在年龄校正后不显著,样本量未明确说明 | 探索非典型抑郁症伴精神病性症状的精准医学生物标志物 | 非典型抑郁症伴精神病性症状患者 | 精准医学 | 抑郁症 | 单细胞RNA测序, 蛋白质组学, 脑类器官模型 | 脑类器官模型 | 临床数据, 转录组数据, 蛋白质组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 蛋白质组学 | NA | NA |
| 240 | 2025-11-02 |
Systematic production of human kidney organoids for transplantation in porcine kidneys during ex vivo machine perfusion
2025-Oct-31, Nature biomedical engineering
IF:26.8Q1
DOI:10.1038/s41551-025-01542-1
PMID:41174010
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研究论文 | 开发可规模化生产的人源肾脏类器官并将其移植到离体猪肾中的方法 | 建立了可扩展、可重复且经济高效的人多能干细胞肾脏类器官分化体系,并首次实现在离体机器灌注的猪肾中进行人源类器官移植 | 未明确说明类器官长期存活率和功能整合效果,临床试验可行性仍需进一步验证 | 开发用于移植治疗的人类肾脏类器官规模化生产技术 | 人多能干细胞衍生的肾脏类器官和离体猪肾 | 组织工程 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序, CRISPR-Cas9基因编辑, 免疫组化, 流式细胞术, 共聚焦显微镜 | 类器官模型 | 基因表达数据, 图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |