单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
221	2025-05-04	GRACE: Unveiling Gene Regulatory Networks With Causal Mechanistic Graph Neural Networks in Single-Cell RNA-Sequencing Data 2025-May, IEEE transactions on neural networks and learning systems IF:10.2Q1 DOI:10.1109/TNNLS.2024.3412753 PMID:38896510	研究论文	本文介绍了一种名为GRACE的新型图因果自编码器框架，用于从单细胞RNA测序数据中推断基因调控网络并进行基因因果推理	结合结构因果模型和图神经网络，明确建模基因间的因果关系，提高了基因调控网络和基因因果推理的准确性	NA	从单细胞RNA测序数据中推断基因调控网络并进行基因因果推理	基因调控网络和基因因果关系	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	图神经网络(GNN)和因果自编码器	基因表达数据	七个基准数据集和人类外周血单个核细胞(PBMC)样本
222	2025-05-04	Sympathetic hyperinnervation drives abdominal aortic aneurysm development by promoting vascular smooth muscle cell phenotypic switching 2025-May, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2024.05.028 PMID:38821358	research paper	本研究探讨了交感神经过度支配在腹主动脉瘤（AAA）发展中的作用及其机制	揭示了交感神经过度支配通过释放eATP激活eATP-P2rx4-p38信号通路促进VSMC表型转换的新机制，并发现破骨样细胞分泌的Sema4D诱导交感神经扩散和过度支配	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限	探究交感神经过度支配在AAA发展中的作用及潜在机制	小鼠AAA模型和AAA患者	心血管疾病研究	腹主动脉瘤	Western blotting, 免疫化学染色, 转录组分析, 单细胞RNA测序	小鼠模型	分子生物学数据, 组织学数据	小鼠模型和AAA患者样本
223	2025-05-04	Single-Nucleus RNA Sequencing and Spatial Transcriptomics for Squamous Cell Carcinoma Arising From Ovarian Mature Teratoma 2025-May, Cancer science IF:4.5Q1 DOI:10.1111/cas.70022 PMID:39948701	研究论文	本研究通过单核RNA测序和空间转录组学技术，分析了卵巢成熟畸胎瘤衍生的鳞状细胞癌（SCC-MT）的分子病理学特征，并探索了潜在的治疗靶点	首次应用单核RNA测序和空间转录组学技术全面解析SCC-MT的分子特征，并发现KLF5基因在肿瘤发展中的关键作用	研究样本量有限，且功能验证仅在一个细胞系中进行	阐明SCC-MT的分子病理学特征并探索新的治疗靶点	卵巢成熟畸胎瘤衍生的鳞状细胞癌（SCC-MT）	数字病理学	卵巢癌	单核RNA测序（snRNA-seq），空间转录组学	NA	RNA测序数据，空间转录组数据	临床SCC-MT样本和一个细胞系（NOSCC-1）
224	2025-05-04	Comprehensive single-cell analysis deciphered the immunoregulatory mechanism of TPPU in alleviating sepsis-related acute liver injury 2025-May, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2025.02.018 PMID:39956402	研究论文	本研究通过全面的单细胞分析揭示了TPPU在缓解脓毒症相关急性肝损伤中的免疫调节机制	首次在单细胞分辨率下揭示了TPPU通过调节肝脏巨噬细胞和中性粒细胞发挥免疫调节作用的机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体验证	探究TPPU对脓毒症相关急性肝损伤的免疫调节作用	脓毒症相关急性肝损伤小鼠模型	免疫学	脓毒症	单细胞RNA测序、飞行时间质谱流式细胞术、RNA测序和蛋白质组学分析	小鼠盲肠结扎穿孔模型	单细胞转录组数据、蛋白质组数据	未明确说明具体样本数量，使用小鼠模型
225	2025-05-04	Spatial Transcriptomics of Intraductal Papillary Mucinous Neoplasms Reveals Divergent Indolent and Malignant States 2025-May-01, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-1529 PMID:39969959	研究论文	通过空间转录组学研究导管内乳头状粘液性肿瘤（IPMN），揭示了惰性和恶性状态的分化	利用数字空间RNA分析（DSP-RNA）技术，首次在IPMN中定义了三种不同的上皮转录组状态，并与癌症风险相关联	样本量较小（10个IPMN标本），可能影响结果的广泛适用性	提高对IPMN恶性转化风险的预测能力，改善风险分层	导管内乳头状粘液性肿瘤（IPMN）标本	数字病理学	胰腺癌	数字空间RNA分析（DSP-RNA），全转录组分析	NA	RNA表达数据	10个IPMN标本，涵盖从正常导管到癌症的发育不良变化谱
226	2025-05-04	Novel CHI3L1-Associated Angiogenic Phenotypes Define Glioma Microenvironments: Insights From Multi-Omics Integration 2025-May, Cancer science IF:4.5Q1 DOI:10.1111/cas.70028 PMID:39989140	research paper	该研究通过多组学整合分析，提出了一种新的CHI3L1相关血管表型分类，用于定义胶质瘤微环境	首次提出CHI3L1相关血管表型分类，并构建了血管相关风险(VR)评分，为胶质瘤的治疗策略优化提供了新见解	研究主要基于回顾性数据分析，需要进一步的前瞻性研究验证	探究CHI3L1信号通路在胶质瘤血管生成和肿瘤微环境中的作用	胶质瘤及其微环境	digital pathology	glioma	bulk and single-cell transcriptome, genomics, digital pathology	machine learning algorithms	transcriptome, genomics, digital pathology, clinical data	多个数据集（具体样本量未明确说明）
227	2025-05-04	The correlation between immune profiles and pathological changes in pulmonary tuberculosis granulomas revealed by bioinformatic analysis and experimental validation 2025-May, Tuberculosis (Edinburgh, Scotland) DOI:10.1016/j.tube.2025.102614 PMID:39999566	研究论文	通过生物信息学分析和实验验证揭示了免疫特征与肺结核肉芽肿病理变化之间的相关性	首次结合单细胞转录组和微环境空间特征分析免疫细胞对肉芽肿扩展的贡献，并通过机器学习筛选出6种与肉芽肿大小相关的细胞因子	研究结果需要在更大规模的队列中进行进一步验证	探究免疫系统在肺结核肉芽肿结构形成中的作用	肺结核肉芽肿和患者外周血免疫细胞	生物信息学	肺结核	单细胞转录组测序、免疫荧光、流式细胞术	机器学习	转录组数据、图像数据	已发表的Mtb感染患者和健康对照的外周血转录组数据，以及本地队列的验证数据
228	2025-05-04	Selective changes in vasopressin neurons and astrocytes in the suprachiasmatic nucleus of Prader-Willi syndrome subjects 2025-May, Journal of neuroendocrinology IF:3.3Q2 DOI:10.1111/jne.70015 PMID:40055943	research paper	该研究探讨了Prader-Willi综合征(PWS)患者下丘脑视交叉上核(SCN)中精氨酸加压素(AVP)神经元和星形胶质细胞的选择性变化	首次揭示了PWS患者SCN中AVP神经元数量增加和星形胶质细胞减少的特定变化	研究样本来自尸检组织，可能存在死后变化影响结果	探究PWS患者昼夜节律紊乱的神经生物学基础	PWS患者和匹配对照的下丘脑视交叉上核组织	神经生物学	Prader-Willi综合征	单细胞RNA测序、免疫组织化学	NA	基因表达数据、组织图像数据	PWS患者和对照的尸检下丘脑组织样本(具体数量未明确说明)
229	2025-05-04	Mitochondrial fatty acid oxidation regulates adult muscle stem cell function through modulating metabolic flux and protein acetylation 2025-May, The EMBO journal DOI:10.1038/s44318-025-00397-1 PMID:40065099	研究论文	本文揭示了线粒体脂肪酸氧化（FAO）在卫星细胞完整性和功能中的作用	发现脂肪酸氧化通过调节代谢流和蛋白质乙酰化控制卫星细胞功能	未探讨其他能量来源对卫星细胞代谢的影响	研究卫星细胞代谢调控机制	成年肌肉干细胞（卫星细胞）	细胞生物学	肌肉疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	未明确说明样本数量
230	2025-05-04	Systemic inflammation impairs myelopoiesis and interferon type I responses in humans 2025-May, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-025-02136-4 PMID:40251340	研究论文	该研究通过LPS诱导的系统性炎症模型，揭示了急性高炎症期和晚期免疫抑制期的机制，并提出了IFNβ作为潜在治疗选项	发现了一种炎症性单核细胞样亚群infMono，并揭示了IFNβ在恢复I型干扰素反应和促炎细胞因子产生中的作用	研究主要基于LPS诱导的模型，虽然在细菌性败血症和COVID-19患者中也有所发现，但需要更多临床验证	探究系统性炎症条件下急性高炎症期和晚期免疫抑制期的分子机制	人类系统性炎症模型及患者队列（细菌性败血症和COVID-19患者）	免疫学	细菌性败血症, 冠状病毒病	单细胞RNA测序	LPS诱导的系统性炎症模型	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量
231	2025-05-04	Unveiling the immune microenvironment of complex tissues and tumors in transcriptomics through a deconvolution approach 2025-May-01, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-025-14089-w PMID:40307726	研究论文	开发了一个名为DOCexpress_fastqc的docker化工具包和mySORT网络应用，用于从转录组数据中解析肿瘤浸润白细胞的组成	提出了一个简化的两步工作流程，整合了hisat2-stringtie管道和定制脚本，并通过mySORT应用使用反卷积算法解析21种免疫细胞亚类	虽然验证了合成伪批量数据，但可能仍需进一步在真实临床数据中验证	提高从转录组数据中解析肿瘤浸润白细胞组成的准确性，以推进癌症免疫治疗策略	肿瘤浸润白细胞的组成	生物信息学	黑色素瘤,头颈癌	RNA-seq, scRNA-seq	反卷积算法	转录组数据	使用来自黑色素瘤和头颈癌患者的scRNA-seq数据集生成的合成伪批量数据进行验证
232	2025-05-04	Molecular landscape of atherosclerotic plaque progression: insights from proteomics, single-cell transcriptomics and genomics 2025-May-01, BMC medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1186/s12916-025-04058-2 PMID:40307879	研究论文	本研究通过蛋白质组学、单细胞转录组学和基因组学方法，深入分析了颈动脉粥样硬化斑块的分子特征，以识别潜在的生物标志物和治疗靶点	首次采用数据非依赖性采集（DIA）蛋白质组学、单细胞RNA测序和孟德尔随机化（MR）技术，对87例人类颈动脉斑块进行综合分析，揭示了斑块不同阶段的蛋白质表达谱	研究样本量相对较小（87例），且仅针对颈动脉斑块，可能无法完全代表其他部位的动脉粥样硬化病变	深入理解动脉粥样硬化斑块的分子特征，识别潜在的生物标志物和治疗靶点	87例人类颈动脉粥样硬化斑块（AHA IV-VI型）	分子生物学	心血管疾病	DIA蛋白质组学、单细胞RNA测序、孟德尔随机化（MR）	NA	蛋白质组数据、单细胞转录组数据、基因组数据	87例人类颈动脉斑块
233	2025-05-04	Inborn errors of immunity underlie clonal T cell expansions in large granular lymphocyte leukemia 2025-May-01, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI184431 PMID:40309770	研究论文	本研究探讨了先天性免疫缺陷（IEI）在T细胞大颗粒淋巴细胞白血病（T-LGLL）中的作用，揭示了免疫缺陷特征如何导致克隆性T细胞扩增	首次在T-LGLL患者中发现先天性免疫缺陷（IEI）的遗传变异，并揭示了这些变异与克隆性T细胞扩增的关联	样本量相对较小（92例患者），且研究结果需要更大规模的队列验证	研究T-LGLL中克隆性T细胞扩增的潜在免疫缺陷机制	T细胞大颗粒淋巴细胞白血病（T-LGLL）患者	血液肿瘤学	白血病	全外显子测序、单细胞RNA测序、TCR测序	NA	基因组数据、转录组数据	92例T-LGLL患者（来自271例的队列）
234	2025-05-04	CXCL12+ fibroblastic reticular cells in lymph nodes facilitate immune tolerance by regulating T cell-mediated alloimmunity 2025-May-01, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI182709 PMID:40309773	research paper	研究探讨了淋巴结中CXCL12高表达的纤维网状细胞（FRCs）在通过调节T细胞介导的同种免疫反应促进免疫耐受中的作用	首次揭示了CXCL12hi FRCs在淋巴结微环境中通过表达免疫调节基因促进心脏移植耐受的新机制	研究主要基于小鼠模型，人类淋巴结数据有限，需要进一步验证	探究特定FRC亚群在控制同种免疫反应中的作用及其机制	小鼠和人类淋巴结中的CXCL12hi FRCs	免疫学	器官移植	scRNA-Seq	NA	基因表达数据	小鼠和人类淋巴结样本
235	2025-05-04	Transcriptome associated with single-cell analysis reveal the role of S-palmitoylation in coronary artery disease 2025-Apr-30, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-99648-8 PMID:40307438	研究论文	本研究通过生物信息学方法探讨了S-棕榈酰化在冠状动脉疾病中的作用，并鉴定了关键的棕榈酰化相关基因	首次通过单细胞测序和生物信息学分析揭示了S-棕榈酰化在冠状动脉疾病中的关键作用，并确定了三个核心基因CXCL12、KRTAP4-7和PPP2R2B	研究主要基于生物信息学分析，需要进一步的实验验证	阐明S-棕榈酰化在冠状动脉疾病中的作用机制	冠状动脉疾病相关基因和细胞	生物信息学	心血管疾病	单细胞测序、WGCNA、PPI网络分析、CIBERSORT免疫浸润分析	机器学习算法	基因表达数据	GSE113079和GSE121893数据集
236	2025-05-04	Single-cell sequencing unveils the transcriptomic landscape of castration-resistant prostate cancer-associated fibroblasts and their association with prognosis and immunotherapy response 2025-Apr-30, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-025-14212-x PMID:40307786	研究论文	通过单细胞测序揭示了去势抵抗性前列腺癌相关成纤维细胞的转录组学特征及其与预后和免疫治疗反应的关系	首次通过单细胞RNA测序揭示了CRPC-CAFs与PCa-CAFs的转录组差异，并发现TGF-β信号阻断可增强免疫治疗效果	研究样本量未明确说明，且体外模型可能无法完全模拟人体内复杂环境	探究去势抵抗性前列腺癌相关成纤维细胞的分子特征及其在肿瘤微环境中的作用	去势抵抗性前列腺癌相关成纤维细胞(CRPC-CAFs)	数字病理学	前列腺癌	scRNA-seq, bulk RNA-seq	皮下PCa模型	RNA测序数据	NA
237	2025-05-04	Multiple-omics analysis of aggrephagy-related cellular patterns and development of an aggrephagy-related signature for hepatocellular carcinoma 2025-Apr-30, World journal of surgical oncology IF:2.5Q1 DOI:10.1186/s12957-025-03816-z PMID:40307857	研究论文	通过多组学分析聚集自噬相关细胞模式并开发肝细胞癌的聚集自噬相关特征	首次系统地分析了聚集自噬相关基因（AGGRGs）在肝细胞癌（HCC）中的调控机制和临床意义，并构建了风险预测模型	研究主要基于公开数据库的数据，可能受到数据质量和样本量的限制	探索聚集自噬在肝细胞癌中的调控机制及其临床意义	肝细胞癌（HCC）患者及其肿瘤微环境中的细胞	癌症研究	肝细胞癌	RNA-seq, scRNA-seq, 组织微阵列	LASSO回归, 单细胞转录组分析	RNA测序数据, 单细胞转录组数据, 组织微阵列数据	TCGA和GEO数据库中的HCC患者数据
238	2025-05-04	Universal fibroblasts across tissues can differentiate into niche cells for hematopoietic stem cells 2025-Apr-30, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115620 PMID:40315055	研究论文	本文证明了存在于所有组织中的通用成纤维细胞可以分化为造血干细胞（HSC）的特定生态位细胞	首次提供了直接证据，证明通用成纤维细胞可以在远距离位置分化为特定组织成纤维细胞，如CAR/LepR细胞	未明确说明通用成纤维细胞分化为特定生态位细胞的具体分子机制	研究通用成纤维细胞分化为造血干细胞生态位细胞的潜能	CD248通用成纤维细胞（来自肺、结肠和肌肉）和造血干细胞生态位细胞（CAR/LepR细胞）	细胞生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
239	2025-05-04	A tumour necrosis factor-α responsive cryptic promoter drives overexpression of the human endogenous retrovirus ERVK-7 2025-Apr-30, The Journal of biological chemistry IF:4.0Q2 DOI:10.1016/j.jbc.2025.108568 PMID:40316021	研究论文	本文揭示了人类内源性逆转录病毒ERVK-7在肺腺癌中的过表达机制及其调控方式	发现了ERVK-7的两个新转录本ERVK-7.long和ERVK-7.short，并阐明了它们在肺腺癌中的细胞类型特异性起源和炎症信号调控机制	研究主要关注肺腺癌，未广泛验证其他癌症类型中ERVK-7的调控机制	探究ERVK-7在肺腺癌中的过表达机制及其作为生物标志物和治疗靶点的潜力	人类内源性逆转录病毒ERVK-7及其在肺腺癌中的表达调控	分子生物学	肺腺癌	单细胞转录组测序、表观遗传图谱分析	NA	RNA测序数据、表观遗传数据	肺腺癌患者样本和小气道上皮细胞(SAECs)
240	2025-05-04	DSG2 attenuates gemcitabine efficacy through PTX3 in lung adenocarcinoma 2025-Apr-30, Biochimica et biophysica acta. Molecular basis of disease DOI:10.1016/j.bbadis.2025.167881 PMID:40316058	研究论文	本研究探讨了DSG2在肺腺癌中对吉西他滨疗效的调节作用及其机制	首次揭示了DSG2通过PTX3/NFκB/STAT3信号轴调节吉西他滨耐药性的机制	研究主要基于体外实验，需要进一步的体内实验验证	探索DSG2在肺腺癌中对化疗药物疗效的影响及其分子机制	肺腺癌细胞和组织	肿瘤学	肺腺癌	单细胞测序、KEGG和GSEA多组学数据库分析、体外实验	NA	基因表达数据、蛋白质表达数据	TCGA数据库中的肺腺癌组织样本