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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 221 | 2026-07-03 |
GPNMB-directed CAR T cell therapy against MiT/TFE-family fusion-driven solid tumors
2026-Jul-01, Nature cancer
IF:23.5Q1
DOI:10.1038/s43018-026-01194-3
PMID:42387022
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研究论文 | 开发针对GPNMB的CAR-T细胞疗法GCAR1,用于治疗MiT/TFE家族融合驱动的实体肿瘤,并在临床试验中展示初步疗效 | 首次鉴定GPNMB作为MiT/TFE家族融合驱动蛋白在ASPS和转位肾细胞癌中高度一致稳定表达,并开发相应的CAR-T细胞产品GCAR1,首次进行人体临床试验评估 | 临床试验为单臂开放标签,仅纳入一例受试者,样本量极小,且稳定期仅持续3个月,长期疗效和安全性需进一步验证 | 开发针对GPNMB的CAR-T细胞疗法,为MiT/TFE家族融合驱动实体肿瘤提供治疗新策略 | 肺泡状软组织肉瘤(ASPS)和转位肾细胞癌(tRCC)患者的肿瘤样本、细胞、类器官及异种移植模型 | 免疫治疗 | 肺泡状软组织肉瘤,肾细胞癌 | CAR-T细胞疗法,空间转录组学 | NA | 基因表达数据,空间转录组数据 | 1例复发/难治性转移性ASPS患者(临床试验),以及患者匹配的细胞、类器官和异种移植模型 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 222 | 2026-07-03 |
Microglial tunneling nanotubes: an intercellular transfer facilitating mitochondrial dysfunction and neuroinflammation in experimental cerebral malaria
2026-Jul-01, Apoptosis : an international journal on programmed cell death
IF:6.1Q1
DOI:10.1007/s10495-026-02370-7
PMID:42387204
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研究论文 | 探究微胶质细胞隧道纳米管在实验性脑疟中介导线粒体功能障碍和神经炎症的细胞间传递机制 | 首次揭示隧道纳米管在脑疟中介导微胶质细胞间线粒体和疟色素转移,并阐明其放大神经炎症的分子机制 | 主要基于体外和动物模型,缺乏临床样本验证;隧道纳米管抑制剂的长期效果和安全性未评估 | 阐明隧道纳米管在实验性脑疟微胶质细胞激活和神经炎症中的具体作用机制 | 实验性恶性疟疾模型小鼠的微胶质细胞 | 数字病理学 | 疟疾 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 实验性恶性疟疾模型小鼠 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序 |
| 223 | 2026-07-03 |
An AI-Driven Multi-Omics Framework Identifies CASP8 as a Clinically Actionable Pyroptosis Biomarker in Bladder Cancer
2026 Jul-Aug, BioFactors (Oxford, England)
DOI:10.1002/biof.70130
PMID:42387317
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研究论文 | 本研究开发了一个AI驱动的多组学框架,整合单细胞RNA测序、多队列转录组学和机器学习,鉴定出CASP8作为膀胱癌中临床可操作的焦亡生物标志物 | 创新性地将人工智能与多组学数据整合,从单细胞分辨率下分析染色体非整倍性和拷贝数变异,构建共识焦亡评分系统并通过机器学习筛选关键生物标志物,最终发现CASP8与基因组不稳定性及焦亡失调的临床关联 | 未在文中明确提及局限性 | 开发一种AI驱动的多组学发现框架,以克服将复杂基因组不稳定性与可解释生物学过程相关联的困难,加速膀胱癌生物标志物的临床转化 | 膀胱癌恶性细胞群体及其微环境中的焦亡活性与CASP8表达 | 机器学习 | 膀胱癌 | 单细胞RNA测序、多队列转录组学、机器学习基因组推断 | 机器学习模型(未具体说明类型) | 单细胞RNA测序数据、转录组学数据、基因组变异数据 | 多个队列的样本(具体数量未在摘要中说明) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 224 | 2026-07-03 |
A pan-cancer single-cell atlas uncovers the role of sex hormones and chromosomes in sex-divergent reprogramming of the tumor microenvironment
2026-Jul-01, Cell communication and signaling : CCS
IF:8.2Q1
DOI:10.1186/s12964-026-02995-w
PMID:42387342
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 225 | 2026-07-03 |
Cross-scale bioanalytical integration for decoding tumour regulatory plasticity in oncology
2026-Jun-30, Critical reviews in oncology/hematology
DOI:10.1016/j.critrevonc.2026.105466
PMID:42379504
|
综述 | 回顾用于解码肿瘤调控可塑性的跨尺度生物分析集成技术及其在精准肿瘤学中的应用 | 强调将单细胞组学、空间组学、质谱成像等多层次技术与AI驱动计算分析整合,实现肿瘤高分辨率分子谱分析和时空动态监测 | 面临跨尺度数据整合、疾病动态追踪和临床可解释分析工具开发等挑战 | 阐述先进生物分析方法在解码肿瘤调控可塑性及推动精准肿瘤学发展中的作用 | 肿瘤的遗传变异、进化变化、肿瘤微环境互作及诊断、预后和治疗选择 | 机器学习 | 肿瘤学 | 液体活检、单细胞组学、空间组学、质谱成像、多层级蛋白质组学和代谢组学、AI计算分析 | NA | 单细胞转录组数据、染色质可及性数据、空间转录组数据、多重成像数据、质谱数据、蛋白质组数据、代谢组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序、单细胞ATAC测序、空间转录组学、多重成像、质谱成像 | NA | NA |
| 226 | 2026-07-02 |
CTSS regulates macrophage lipid metabolic reprogramming and white matter repair after intracerebral hemorrhage
2026-Jun-30, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-026-08523-1
PMID:42381008
|
研究论文 | 本文研究了组织蛋白酶S在脑出血后巨噬细胞脂质代谢重编程和白质修复中的作用及其机制 | 首次明确CTSS通过调控巨噬细胞溶酶体胆固醇转运和脂质外排支持脑出血后白质修复,并揭示其通过LXR通路影响少突胶质前体细胞分化的新机制 | 主要基于小鼠模型,尚未在人类样本中验证;CTSS抑制可能影响其他免疫细胞功能,且LXR激动剂的长期安全性需进一步评估 | 探究CTSS在脑出血后巨噬细胞介导的白质修复中的作用及其分子机制 | 脑出血后小鼠血肿周围组织的巨噬细胞及少突胶质前体细胞 | 数字病理学 | 脑出血 | 单细胞RNA测序、流式细胞术、免疫荧光、荧光髓鞘碎片摄取和脂质转运实验、透射电镜 | NA | 基因表达数据、图像数据 | 脑出血小鼠模型(未明确具体数量) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 227 | 2026-07-03 |
Glutathione metabolism-linked ferroptosis in human seminoma: a spatial multi-omics mapping study
2026-Jun-29, Redox biology
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.redox.2026.104284
PMID:42385389
|
研究论文 | 对精原细胞瘤进行空间多组学分析,揭示谷胱甘肽代谢与铁死亡之间的关联 | 首次通过整合空间转录组学和空间代谢组学技术,在组织原位揭示精原细胞瘤中谷胱甘肽代谢重编程及其与铁死亡的关键调控关系 | 样本量有限(仅4例患者),且功能验证仅限于TCam-2细胞系和异种移植小鼠模型 | 阐明精原细胞瘤的分子机制,探索靶向谷胱甘肽代谢或铁死亡的新型治疗策略 | 精原细胞瘤患者的肿瘤组织以及TCam-2细胞系和异种移植小鼠模型 | 数字病理学 | 睾丸癌(精原细胞瘤) | 空间转录组学, 空间代谢组学 | NA | 基因表达数据, 代谢物数据 | 4例患者的精原细胞瘤新鲜冷冻组织 | NA | 空间转录组学, 空间代谢组学 | NA | NA |
| 228 | 2026-07-03 |
Unveiling tumor heterogeneity by single cell RNA-sequencing: From basic considerations to clinical applications
2026-Jun-28, Seminars in cancer biology
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.semcancer.2026.06.005
PMID:42365863
|
综述 | 本文综述了单细胞RNA测序在解析肿瘤异质性方面的技术基础、平台演变及临床应用,并强调了其在肺癌研究中的具体进展 | 系统梳理了scRNA-seq从基础考量到临床应用的完整路径,并结合机器学习方法加速生物标志物发现和个体化治疗预测 | 成本高、可扩展性有限,且在常规临床应用前需严格验证 | 探讨scRNA-seq在解析肿瘤异质性并推动精准医学中的潜力 | 肺癌中的肿瘤细胞、免疫微环境及治疗耐药机制 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | 深度学习分类器、图模型 | 单细胞转录组数据 | 约380项已完成或正在进行的研究(来自ClinicalTrials.gov) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | 从手动显微操作到高通量系统 |
| 229 | 2026-07-03 |
Single-cell transcriptomic profiling identifies TIMP1 as a diagnostic marker linked to macrophage ferroptosis in ulcerative colitis
2026-Jun-28, Tissue & cell
IF:2.7Q3
DOI:10.1016/j.tice.2026.103743
PMID:42385606
|
研究论文 | 通过单细胞转录组分析,鉴定TIMP1为溃疡性结肠炎中与巨噬细胞铁死亡相关的诊断标志物 | 首次在溃疡性结肠炎小鼠模型中揭示巨噬细胞铁死亡的发生,并发现TIMP1作为关键诊断标志物与免疫浸润和NOD样受体信号通路相关 | 研究仅基于小鼠模型和体外实验,临床验证和人类样本的确认仍需进一步研究 | 探讨溃疡性结肠炎中巨噬细胞铁死亡的特征,并评估TIMP1在诊断和治疗中的潜在价值 | 溃疡性结肠炎小鼠模型中的结肠巨噬细胞及原代巨噬细胞 | 机器学习和生物信息学 | 溃疡性结肠炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | DSS诱导的溃疡性结肠炎小鼠模型,具体样本数量未说明 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 230 | 2026-07-03 |
Integrative transcriptomic and CRISPR dependency analysis identifies hepatoblastoma-specific essential genes and actionable vulnerabilities
2026-Jun-24, Cancer genetics
IF:1.4Q4
DOI:10.1016/j.cancergen.2026.06.008
PMID:42385356
|
研究论文 | 整合转录组学和CRISPR依赖性分析,识别肝母细胞瘤特异性必需基因和可利用的药物靶点 | 首次结合转录组分析、CRISPR依赖性图谱、机器学习及药物基因组学注释,系统识别肝母细胞瘤特异性必需基因和预测性分子标志物 | 未提及潜在限制 | 识别肝母细胞瘤特异性必需基因和可利用的药物脆弱性 | 肝母细胞瘤肿瘤样本与正常肝组织 | 机器学习 | 肝母细胞瘤 | CRISPR-Cas9, RNA-seq | 弹性网络回归, 深度学习分类器 | 转录组数据, 单细胞RNA-seq数据, CRISPR依赖性数据 | 训练队列和外部队列,具体样本数量未提及 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 231 | 2026-07-03 |
Heterogeneous expression patterns of the T2D-associated kinesin-4 KIF21A in pancreatic islet endocrine cells
2026-Jun-23, Molecular metabolism
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.molmet.2026.102408
PMID:42336059
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研究论文 | 研究T2D相关驱动蛋白KIF21A在胰岛内分泌细胞中的异质性表达模式 | 首次揭示KIF21A在胰岛内分泌细胞中的细胞类型特异性异质性表达,并发现其在血管取向分泌热点(玫瑰花结和层粘连蛋白富集界面)的空间富集 | NA | 探索KIF21A在胰岛内分泌细胞中的表达模式及其与2型糖尿病的潜在关联 | 人类和小鼠胰岛内分泌细胞(包括β细胞、α细胞、δ细胞) | 机器学习和数字病理学 | 2型糖尿病 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 免疫荧光, 超分辨率显微镜, 定量蛋白质组学 | NA | 转录组和蛋白质组数据以及图像 | 人类胰岛(T2D组和对照组)和小鼠胰岛 | Illumina | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | Illumina NovaSeq | NA |
| 232 | 2026-07-03 |
Targeting a Myeloid-Regulatory B Cell Network Reverses Immune Paralysis in Periprosthetic Joint Infections
2026-Jun-22, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.76149
PMID:42325123
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示假体周围关节感染中骨髓调节性B细胞网络,并发现阿仑膦酸钠可逆转免疫麻痹 | 首次鉴定出高表达CXCR4的多形核骨髓源性抑制细胞(PMN-MDSC)与AHR和TIM1调节性B细胞(Breg)相互作用形成免疫抑制轴,并筛选出阿仑膦酸钠作为特异性抑制剂通过STAT3途径发挥作用 | 主要基于小鼠模型,需要进一步在人体中验证该免疫抑制网络和治疗策略的临床转化潜力 | 探索可逆转假体周围关节感染中免疫麻痹的免疫调节策略 | 假体周围关节感染小鼠模型中的骨髓源性抑制细胞和调节性B细胞 | 机器学习 | 骨关节感染 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠模型样本,具体数量未明确 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序平台 |
| 233 | 2026-07-03 |
Establishment and validation of the NEX-RiboTag system for profiling the excitatory neuronal translatome in the postnatal mouse forebrain
2026-Jun-21, Neuroscience
IF:2.9Q2
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研究论文 | 建立并验证了一种名为NEX-RiboTag的小鼠系统,用于特异性分析出生后小鼠前脑中兴奋性神经元的翻译组 | 首次通过Neurod6-Cre与RiboTag报告小鼠的杂交,实现了对皮层和海马兴奋性神经元核糖体相关mRNA的靶向分析,填补了转录组与细胞类型特异性翻译输出之间的空白 | 该研究仅针对出生后1周的小鼠,未涵盖其他发育阶段;技术依赖于小鼠模型,可能不完全适用于其他物种;翻译组的分析局限于核糖体相关mRNA,未能直接检测蛋白质水平 | 建立一种能够特异性捕获兴奋性神经元翻译组的方法,以研究出生后神经元成熟和突触形成的分子调控机制 | 出生后1周小鼠皮层和海马的兴奋性神经元 | 分子生物学 | NA | RNA-seq, 核糖体相关mRNA捕获(RiboTag) | NA | 序列数据(RNA-seq) | 小鼠模型(具体数量未在摘要中提及) | Illumina | bulk RNA-seq | Illumina NovaSeq | 通过RiboTag免疫沉淀核糖体相关mRNA后进行RNA-seq |
| 234 | 2026-07-03 |
PD-1 H (VISTA) drives immunosuppressive reprogramming of glioma-associated myeloid cells to promote glioma progression
2026-Jun-21, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-026-08497-0
PMID:42324467
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研究论文 | 该研究揭示了PD-1 H(VISTA)作为髓系限制性免疫检查点,驱动胶质瘤相关髓系细胞的免疫抑制重编程,促进胶质瘤进展 | 首次系统研究了PD-1 H在胶质瘤相关髓系细胞中的功能角色,发现其通过AKT/NF-κB通路驱动髓系细胞免疫抑制重编程,并验证了靶向PD-1 H的免疫治疗潜力 | 研究主要基于小鼠模型和临床样本分析,PD-1 H阻断在人体中的治疗效果和潜在副作用仍需进一步验证 | 探究PD-1 H在胶质瘤相关髓系细胞中的功能及其对胶质瘤进展的影响 | 人胶质瘤组织、胶质瘤相关髓系细胞(包括小胶质细胞和浸润巨噬细胞)、CD8+ T细胞 | 机器学习 | 胶质瘤 | NA | NA | 转录组数据、单细胞RNA测序数据 | 人类胶质瘤临床队列样本、原位胶质瘤小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 235 | 2026-07-03 |
Inferring cell-specific gene regulatory networks based on causal graph embedding
2026-Jun-15, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2026.101423
PMID:42061403
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研究论文 | 提出一种基于因果图嵌入的监督计算框架CSGRN,从单细胞RNA测序数据中推断细胞特异性基因调控网络 | 将图嵌入与条件细胞特异性网络相结合,整合因果调控结构及局部与全局表征,提升调控网络推断的准确性和鲁棒性 | 未提及局限性 | 开发能从单细胞RNA测序数据中推断细胞特异性基因调控网络的监督计算方法 | 单个细胞的基因调控网络 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 图嵌入模型 | 基因表达数据 | 三个数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 236 | 2026-07-03 |
scParadise: tunable, highly accurate multi-level cell type annotation, unknown cell type identification, and modality imputation
2026-Jun-08, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkag612
PMID:42312491
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研究论文 | 提出scParadise工具套件,用于单细胞RNA测序数据的多水平细胞类型注释、未知细胞类型识别和跨组织模态数据填补 | scParadise整合三个独立工具(scAdam、scEve、scNoah),实现高精度的多水平细胞注释、未知细胞类型检测及跨组织蛋白质表达填补,并在人类内脏脂肪组织中鉴定出三种新的自然杀伤T细胞亚群 | 基于标题和摘要未提及明显的局限性 | 解决单细胞RNA测序数据稀疏性和异质性带来的细胞类型注释、多组学状态解释及可重复结论的挑战 | Tabula Muris Senis图谱以及人类内脏脂肪组织样本 | 机器学习 | 肥胖相关慢性炎症 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 包含Tabula Muris Senis图谱数据及人类内脏脂肪组织样本(具体样本量未明确) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 237 | 2026-07-03 |
An artificial intelligence optimized hepatic differentiation unveils NR5A2 and AP-1 transcriptional regulation in hepatic maturation
2026-Jun, The Journal of biological chemistry
IF:4.0Q2
DOI:10.1016/j.jbc.2026.111435
PMID:41962865
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研究论文 | 利用机器学习人工智能工具优化肝细胞分化方案,发现NR5A2和AP-1在肝细胞成熟中的转录调控机制 | 开发基于机器学习的人工智能工具,利用肝祖细胞明场图像优化肝分化方案,无需免疫染色或谱系追踪,结合转录组和表观基因组分析揭示NR5A2和AP-1的关键调控作用 | 未明确说明 | 提高肝分化成功率并解析肝细胞成熟的基因调控机制 | 人多能干细胞衍生的肝祖细胞和肝细胞样细胞 | 机器学习 | 肝脏疾病 | 单细胞RNA测序、转录组分析、表观基因组分析 | 机器学习模型 | 明场图像 | 未明确说明 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 238 | 2026-07-03 |
Spermidine Mitigates Immune Cell Senescence and Boosts Vaccine Responses in Healthy Older Adults-A Pilot Study
2026-06, Aging cell
IF:8.0Q1
DOI:10.1111/acel.70545
PMID:42169618
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研究论文 | 一项随机双盲安慰剂对照试验,评估亚精胺对健康老年人免疫细胞衰老和疫苗应答的影响 | 首次在老年人临床试验中证明亚精胺可通过增强自噬改善疫苗无应答者的免疫反应,并鉴定出免疫衰老标志物可作为疫苗失败的预测指标 | 样本量较小(40人),仅针对SARS-CoV-2疫苗,需在更大样本和不同疫苗中验证 | 评估亚精胺补充剂对老年人疫苗诱导免疫的改善效果及其安全性 | 65岁以上健康老年人在接种第三剂SARS-CoV-2疫苗后的免疫应答 | 机器学习 | 老年疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | scRNA-seq数据 | 40名65岁以上健康老年人 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序 |
| 239 | 2026-07-03 |
Praxis-BGM: clustering of omics data using semi-supervised transfer learning for Gaussian mixture models via natural-gradient variational inference
2026-Jun-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btag395
PMID:42308558
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研究论文 | 提出了一个名为Praxis-BGM的半监督迁移学习框架,通过自然梯度变分推断对高斯混合模型进行聚类,以改善小样本组学数据的稳定性与泛化能力 | 将半监督迁移学习引入高斯混合模型,利用大规模参考数据的稳健聚类结构作为先验,结合自然梯度变分推断实现小样本条件下的高效聚类 | 仅针对组学数据的有限样本量场景进行评估,未涵盖其他数据类型或更大规模异质性样本的验证 | 开发一种针对高维小样本组学数据的高斯混合模型聚类方法,提升聚类性能与生物可解释性 | 乳腺癌批量转录组数据(亚型恢复)和单细胞转录组数据(跨平台细胞类型标签迁移) | 机器学习和数字病理学 | 乳腺癌 | 转录组测序(批量RNA-seq和单细胞RNA-seq) | 高斯混合模型 (GMM) | 基因表达数据(转录组) | 模拟数据及两个真实数据集(乳腺癌批量转录组和单细胞转录组样本) | NA | 批量RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 240 | 2026-07-03 |
Exploring mechanisms of scar-free skin wound healing in adult zebrafish in comparison to mouse
2026-Jun, PLoS genetics
IF:4.0Q1
DOI:10.1371/journal.pgen.1012200
PMID:42341061
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序和空间转录组学比较成年斑马鱼与小鼠皮肤伤口愈合机制,揭示斑马鱼无疤痕愈合的分子基础 | 首次利用HCR-based空间转录组学分析斑马鱼皮肤伤口愈合过程中细胞动态,发现斑马鱼成纤维细胞缺乏胶原表达但表达促纤维化基因,且TGFβ信号诱导plod2表达但不影响肉芽组织消退 | 斑马鱼基因组缺乏retln基因,但仍存在plod2表达和胶原交联,提示存在其他未明确的促进暂时性纤维化消退的途径 | 探究成年斑马鱼无疤痕皮肤伤口愈合的细胞和分子机制,并与小鼠进行比较 | 成年斑马鱼和小鼠的皮肤伤口愈合过程 | 数字病理学 | 皮肤损伤 | 单细胞RNA测序、HCR-based空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 斑马鱼和小鼠的皮肤伤口样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序和HCR-based空间转录组学 |