单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
221	2025-04-26	A tumor cornification and immune-infiltration-based scheme for anti-PD-1 plus chemotherapy response in advanced squamous cell lung carcinoma 2025-Feb-14, Med (New York, N.Y.) DOI:10.1016/j.medj.2024.09.005 PMID:39395411	研究论文	该研究通过RNA测序和免疫组化技术，探索了鳞状细胞肺癌中肿瘤角质化和免疫浸润对抗PD-1联合化疗反应的预测作用	提出了一种基于肿瘤角质化和免疫浸润特征的LICC分类方案，用于预测抗PD-1联合化疗的疗效	研究结果需要进一步的大规模临床验证	探索鳞状细胞肺癌中预测抗PD-1联合化疗反应的生物标志物	鳞状细胞肺癌患者	数字病理	肺癌	RNA-seq, 流式细胞术, 多重免疫组化(mIHC), 单细胞RNA-seq	NA	RNA测序数据, 免疫组化数据	349例来自ORIENT-12临床试验的LUSC样本，外加其他临床队列样本
222	2025-04-26	B-cell signatures characterize the immune landscape and predict LUAD prognosis via the integration of scRNA-seq and bulk RNA-seq 2025-02-14, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-89213-8 PMID:39953119	研究论文	通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，研究B细胞特征在肺腺癌免疫景观中的作用并构建预后风险模型	首次通过整合scRNA-seq和bulk RNA-seq数据，识别B细胞相关差异表达基因并构建预后风险模型，为肺腺癌预后和免疫治疗提供新视角	研究依赖于公共数据库数据，缺乏独立验证队列	阐明B细胞在肺腺癌中的作用并构建预后预测模型	肺腺癌患者和B细胞	数字病理	肺癌	scRNA-seq, bulk RNA-seq	LASSO回归模型	RNA测序数据	来自GEO数据库的GSE164983、GSE50081、GSE37745和GSE30219数据集，以及TCGA-LUAD数据集
223	2025-04-26	B-cell interleukin 1 receptor 1 modulates the female adipose tissue immune microenvironment during aging 2025-Feb-13, Journal of leukocyte biology IF:3.6Q2 DOI:10.1093/jleuko/qiae219 PMID:39378334	研究论文	研究探讨了B细胞白细胞介素1受体1（Il1r1）在女性脂肪组织免疫微环境老化过程中的作用	揭示了IL-1β-B细胞信号在多个细胞类型中支持炎症反应的新机制，并提供了对老化vWAT复杂微环境的深入理解	研究主要关注女性，可能无法完全代表男性或其他群体的老化过程	探究IL-1β是否在老化过程中促进AAB相关炎症	老化过程中的内脏白色脂肪组织（vWAT）和B细胞	免疫学	老年疾病	单细胞RNA测序	B细胞特异性敲除小鼠（BKO mice）	基因表达数据	未明确说明样本数量，但使用了BKO小鼠模型
224	2025-04-26	Glioblastoma Cortical Organoids Recapitulate Cell-State Heterogeneity and Intercellular Transfer 2025-Feb-07, Cancer discovery IF:29.7Q1 DOI:10.1158/2159-8290.CD-23-1336 PMID:39373549	research paper	该研究通过将胶质母细胞瘤（GBM）培养成长期培养的人皮质类器官，模拟了GBM在神经胶质微环境中的生态系统	相比匹配的胶质瘤球模型，GBM皮质类器官更忠实地再现了患者肿瘤中恶性细胞状态的多样性和表达程序，并观察到GBM转录本和GFP在类器官中非恶性细胞间的广泛转移	研究未明确GBM转录本和GFP转移对微环境重编程的具体影响机制	模拟GBM在神经胶质微环境中的生态系统，研究恶性与非恶性细胞间的信息传递	胶质母细胞瘤（GBM）皮质类器官	digital pathology	glioblastoma	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	organoid model	RNA sequencing data	未明确提及具体样本数量
225	2025-04-26	An abnormal increase in CD26(-)CD28(-) cytotoxic effector CD4 and CD8 T cell populations in patients with systemic lupus erythematosus 2025-Feb-04, International immunology IF:4.8Q2 DOI:10.1093/intimm/dxae062 PMID:39383111	研究论文	本研究探讨了系统性红斑狼疮(SLE)患者中CD26(-)CD28(-)细胞毒性效应T细胞亚群的异常增加及其临床意义	首次发现SLE患者中CD26(-)CD28(-)细胞毒性CD4和CD8 T细胞亚群的异常扩增，并通过单细胞RNA测序揭示了这些细胞与自然杀伤T细胞的相似特征	样本量相对有限(57例SLE患者和31例健康对照)，且糖皮质激素治疗效果存在个体差异	阐明CD26 T细胞表面表达减少在SLE病理中的作用	系统性红斑狼疮患者和健康成年志愿者的外周血单个核细胞	免疫学	系统性红斑狼疮	流式细胞术、单细胞RNA测序	NA	流式细胞数据、RNA测序数据	57例SLE患者和31例健康对照
226	2025-04-26	Multimodal Profiling of Peripheral Blood Identifies Proliferating Circulating Effector CD4+ T Cells as Predictors for Response to Integrin α4β7-Blocking Therapy in Inflammatory Bowel Disease 2025-Feb, Gastroenterology IF:25.7Q1 DOI:10.1053/j.gastro.2024.09.021 PMID:39343250	研究论文	本研究通过多模态分析外周血，识别增殖性循环效应CD4+ T细胞作为炎症性肠病对整合素α4β7阻断疗法反应的预测因子	整合多模态参数和机器学习，首次发现增殖性CD4+记忆T细胞在无应答者治疗前显著增加，并构建了可靠的预测分类器	研究样本量有限，且仅针对vedolizumab一种生物疗法	寻找炎症性肠病生物治疗反应的可靠预测标志物	接受抗整合素α4β7抗体vedolizumab治疗的炎症性肠病患者	数字病理学	炎症性肠病	质谱流式细胞术、单细胞RNA测序、单细胞BCR/TCR测序、血清蛋白质组学、多参数流式细胞术	机器学习	多组学数据	2个前瞻性队列的炎症性肠病患者
227	2025-04-26	Spatial Transcriptomics of the Respiratory System 2025-Feb, Annual review of physiology IF:15.7Q1 DOI:10.1146/annurev-physiol-022724-105144 PMID:39353142	综述	本文综述了呼吸系统空间转录组学的最新技术进展及其在健康和疾病研究中的应用	结合机器学习与深度学习计算工具的空间解析基因表达技术，为理解呼吸系统细胞类型的三维空间互作提供了新视角	虽然技术前景广阔，但当前空间分析流程仍存在一定局限性，具体未详细说明	探讨呼吸系统在健康和疾病状态下的空间转录组学特征	肺部及气道的细胞类型及其三维空间互作	数字病理学	肺癌	空间转录组学	机器学习和深度学习	基因表达数据	NA
228	2025-04-26	Matrix stiffness regulates mitochondria-lysosome contacts to modulate the mitochondrial network, alleviate the senescence of MSCs 2025-Feb, Cell proliferation IF:5.9Q2 DOI:10.1111/cpr.13746 PMID:39353686	研究论文	研究探讨了基质硬度如何通过调节线粒体-溶酶体接触来影响间充质干细胞的衰老和线粒体功能	揭示了基质硬度通过线粒体-溶酶体接触调控线粒体网络和功能的机制，并提出了针对线粒体的抗衰老策略	未明确说明样本的具体数量和来源	探究基质硬度对间充质干细胞衰老的影响及其分子机制	间充质干细胞（MSCs）	细胞生物学	衰老相关疾病	单细胞RNA测序、原子力显微镜	NA	基因表达数据、力学测量数据	NA
229	2025-04-26	Maternal infection with SARS-CoV-2 during early pregnancy induces hypoxia at the maternal-fetal interface 2025-Feb, Cell proliferation IF:5.9Q2 DOI:10.1111/cpr.13749 PMID:39375953	研究论文	研究早期妊娠期间母体感染SARS-CoV-2对母胎界面缺氧的影响	首次揭示SARS-CoV-2早期感染导致母胎界面缺氧及细胞代谢异常，并随妊娠进展逐渐缓解	研究样本量未明确说明，长期影响需进一步验证	探究SARS-CoV-2早期感染对母胎界面的影响机制	妊娠早期感染SARS-CoV-2的孕妇胎盘样本	生殖医学	COVID-19	免疫荧光、免疫组化、单细胞RNA测序、代谢组学测序	NA	组织样本、转录组数据、代谢组数据	未明确说明（妊娠6-8周与12-16周样本对比）
230	2025-04-26	The role of fibroblast in chronic rhinosinusitis with nasal polyps: a key player in the inflammatory process 2025-Feb, Expert review of clinical immunology IF:3.9Q2 DOI:10.1080/1744666X.2024.2414774 PMID:39378160	综述	本文综述了鼻息肉来源的成纤维细胞在慢性鼻窦炎伴鼻息肉（CRSwNP）中的关键作用，特别是在组织重塑和炎症反应中的贡献	强调了单细胞RNA测序数据在揭示成纤维细胞异质性和功能机制中的新应用	针对成纤维细胞的靶向治疗在CRSwNP中的临床开发仍面临挑战	探讨成纤维细胞在CRSwNP发病机制中的具体作用，以开发靶向治疗	鼻息肉来源的成纤维细胞（NPDFs）	病理学	慢性鼻窦炎伴鼻息肉	单细胞RNA测序	NA	NA	NA
231	2025-04-26	Extraembryonic mesoderm cells derived from human embryonic stem cells rely on Wnt pathway activation 2025-Feb, Cell proliferation IF:5.9Q2 DOI:10.1111/cpr.13761 PMID:39385268	研究论文	本研究描述了一种通过激活Wnt通路将人类primed胚胎干细胞（hpESCs）分化为外胚层中胚层细胞（EXMCs）的三维分化方案，并进一步生成间充质干细胞（MSCs）	首次展示了hpESCs可分化为EXMCs并进一步生成MSCs，且这些MSCs具有独特的成软骨和成骨分化潜力而缺乏脂肪细胞分化能力	未探讨这些MSCs在体内环境中的功能表现	探索hpESCs分化为EXMCs及其后续生成MSCs的潜力	人类primed胚胎干细胞（hpESCs）及其分化的EXMCs和MSCs	干细胞研究	NA	三维分化、单细胞转录组分析、免疫染色、细胞分选	NA	转录组数据、蛋白质表达数据	未明确说明具体样本数量
232	2025-04-26	Single-Cell RNA Profiling of Ocular Adnexal Sebaceous Carcinoma Reveals a Complex Tumor Microenvironment and Identifies New Biomarkers 2025-Feb, American journal of ophthalmology IF:4.1Q1 DOI:10.1016/j.ajo.2024.10.001 PMID:39393421	研究论文	首次在单细胞分辨率下对眼附属器皮脂腺癌（OaSC）进行转录组分析，揭示肿瘤微环境的复杂性并识别新的生物标志物	首次在单细胞水平上对OaSC进行转录组分析，揭示了肿瘤微环境的复杂性并发现了CALML5作为敏感的诊断标志物	样本量较小，仅包括6例患者标本	探索OaSC的肿瘤组成和转录特征，以发现潜在的免疫疗法、靶向治疗和生物标志物	眼附属器皮脂腺癌（OaSC）的肿瘤组织	数字病理学	眼附属器皮脂腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和免疫组织化学	NA	RNA测序数据和免疫组织化学图像	6例患者标本（3例原发肿瘤，2例伴佩吉特样扩散的肿瘤，1例正常睑板样本）和28例OaSC病例的存档队列
233	2025-04-26	Evidence for a lipofibroblast-to-Cthrc1 + myofibroblast reversible switch during the development and resolution of lung fibrosis in young mice 2025-Feb, The European respiratory journal DOI:10.1183/13993003.00482-2023 PMID:39401861	研究论文	该研究揭示了在年轻小鼠肺纤维化发展和消退过程中，脂纤维母细胞与Cthrc1阳性肌纤维母细胞之间的可逆转换	首次识别出aMYFs的四个亚群，并证明具有高LIF特征的肺泡纤维母细胞既是aMYFs的起源也是其消退归宿	研究主要基于小鼠模型，人类数据仅通过数据挖掘获得	阐明肌纤维母细胞的异质性及其在纤维化消退过程中的分化轨迹	小鼠肺纤维化模型和人类IPF数据集	细胞生物学	肺纤维化	遗传谱系追踪、单细胞转录组学、类器官培养	NA	基因表达数据、转录组数据	小鼠模型和人类IPF数据集（具体数量未说明）
234	2025-04-26	Myeloid Mir34a suppresses colitis-associated colon cancer: characterization of mediators by single-cell RNA sequencing 2025-Feb, Cell death and differentiation IF:13.7Q1 DOI:10.1038/s41418-024-01380-9 PMID:39425000	研究论文	研究探讨了髓系细胞中Mir34a缺失如何通过单细胞RNA测序技术影响结肠炎相关结肠癌的发展	首次在体内证实髓系Mir34a通过调控巨噬细胞M1样状态抑制结肠炎相关结肠癌的作用机制	研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性需进一步验证	阐明髓系Mir34a在结肠炎相关结肠癌中的肿瘤抑制作用机制	髓系细胞特异性Mir34a敲除小鼠的结肠炎相关结肠癌模型	肿瘤免疫学	结肠癌	单细胞RNA测序(scRNA-Seq)	基因敲除小鼠模型	单细胞转录组数据	未明确说明实验小鼠数量
235	2025-04-26	Aging alters the effect of adiponectin receptor signaling on bone marrow-derived mesenchymal stem cells 2025-Feb, Aging cell IF:8.0Q1 DOI:10.1111/acel.14390 PMID:39462849	研究论文	本研究探讨了衰老如何改变脂联素受体信号对骨髓间充质干细胞的影响	揭示了衰老过程中脂联素受体1和受体2表达水平的变化及其对骨再生的不同影响，并发现脂联素受体激动剂AdipoRon在年轻和老年小鼠中具有相反的效果	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探究衰老对脂联素受体信号通路在骨髓间充质干细胞中作用的影响	年轻和老年小鼠的骨髓间充质干细胞	细胞生物学	骨质疏松症	单细胞测序和体内染色	小鼠模型	基因表达数据和细胞表型数据	年轻和老年小鼠的骨髓样本
236	2025-04-26	Sensory neuroimmune signaling in the pathogenesis of Stevens-Johnson syndrome and toxic epidermal necrolysis 2025-Feb, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2024.10.015 PMID:39481654	研究论文	本文探讨了感觉神经免疫信号在Stevens-Johnson综合征（SJS）和中毒性表皮坏死松解症（TEN）发病机制中的作用	揭示了神经肽CGRP及其受体RAMP1在调节CD8+ T细胞介导的炎症反应中的关键作用，为严重皮肤药物反应提供了新的潜在治疗靶点	研究主要关注CD8+ T细胞和神经肽的相互作用，未全面探讨其他免疫细胞或神经递质在SJS/TEN中的作用	研究SJS/TEN中潜在的神经免疫调节机制	健康对照者和SJS/TEN患者的循环CD8+ T细胞及皮肤组织	免疫学	皮肤药物反应	单细胞RNA测序、流式细胞术、ELISA、LEGENDplex检测、免疫荧光染色、钙成像、Smart-seq、3-D皮肤模型	3-D皮肤模型	RNA测序数据、流式细胞数据、免疫荧光图像	健康对照者和SJS/TEN患者的样本（具体数量未提及）
237	2025-04-26	FBXO2 as a switch guides a special fate of tumor clones evolving into a highly malignant transcriptional subtype in oral squamous cell carcinoma 2025-Feb, Apoptosis : an international journal on programmed cell death IF:6.1Q1 DOI:10.1007/s10495-024-02033-5 PMID:39487312	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序数据构建口腔鳞状细胞癌（OSCC）肿瘤细胞的进化轨迹，发现FBXO2是导致肿瘤细胞转变为高度恶性转录亚型的关键开关基因	首次鉴定出FBXO2作为关键开关基因调控OSCC肿瘤细胞向高度恶性亚型的转变，并揭示了其在肿瘤进展中的多功能调控网络	研究主要基于体外实验和单细胞测序数据，缺乏体内动物模型的验证	揭示口腔鳞状细胞癌中肿瘤细胞克隆异质性及其恶性进展的分子机制	口腔鳞状细胞癌肿瘤细胞及其克隆亚群	癌症生物学	口腔鳞状细胞癌	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	未明确说明样本数量，但包含正常样本和不同临床分期的OSCC样本
238	2025-04-26	Dysregulation of R-loop homeostasis shapes the immunosuppressive microenvironment and induces malignant progression in melanoma 2025-Feb, Apoptosis : an international journal on programmed cell death IF:6.1Q1 DOI:10.1007/s10495-024-02039-z PMID:39487313	研究论文	该研究探讨了R-loop稳态失调在黑色素瘤恶性进展中的作用及其对免疫微环境的影响	建立了基于单细胞RNA测序数据的R-loop评分模型，揭示了CENPA介导的R-loop分布变化在黑色素瘤进展中的作用机制	研究主要基于体外实验和计算模型，需要更多临床样本验证	阐明R-loop稳态失调如何促进黑色素瘤进展并影响免疫微环境	黑色素瘤细胞和免疫微环境	肿瘤生物学	黑色素瘤	单细胞RNA测序、DNA/RNA免疫沉淀测序(DRIP-seq)	R-loop评分模型	基因表达数据	未明确说明具体样本量（基于单细胞RNA测序数据集）
239	2025-04-26	From metabolomics to therapeutics: identifying causal metabolites and potential drugs for the treatment of osteoarthritis 2025-Feb, Inflammopharmacology IF:4.6Q1 DOI:10.1007/s10787-024-01594-w PMID:39488818	研究论文	通过代谢组学和孟德尔随机化研究，识别与骨关节炎（OA）相关的因果代谢物及潜在治疗靶点	首次利用大规模代谢组和基因组关联研究数据，结合多种分析方法，识别出与OA风险相关的10种代谢物及7个潜在治疗靶点基因	研究结果主要基于欧洲人群数据，可能不适用于其他种族群体	探索代谢物与骨关节炎之间的因果关系并寻找潜在治疗靶点	人类血液代谢物与骨关节炎	生物医学研究	骨关节炎	孟德尔随机化（MR）、共定位分析、表达数量性状位点（eQTL）分析、单细胞测序、蛋白质-蛋白质相互作用网络分析	NA	基因组关联研究（GWAS）数据、代谢组数据	总计涉及1,091种血液代谢物和超过100万例OA病例及对照样本
240	2025-04-26	Regionalized cell and gene signatures govern esophageal epithelial homeostasis 2025-Jan-20, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.09.025 PMID:39426382	研究论文	通过区域化Smart-seq3单细胞测序技术，构建了成年小鼠食管的全面细胞图谱，揭示了食管上皮稳态的区域化细胞和基因特征	首次揭示了食管上皮基底细胞、成纤维细胞和免疫细胞的非均匀分布，以及位置依赖的转录特征，为理解食管区域化提供了细胞和转录框架	研究仅基于小鼠模型，人类食管可能存在差异	探究食管上皮稳态的区域化细胞和基因特征	成年小鼠食管	单细胞测序	食管疾病	Smart-seq3单细胞测序	NA	单细胞转录组数据	成年小鼠食管组织