单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
221	2025-07-18	USP14-IMP2-CXCL2 axis in tumor-associated macrophages facilitates resistance to anti-PD-1 therapy in gastric cancer by recruiting myeloid-derived suppressor cells 2025-07, Oncogene IF:6.9Q1 DOI:10.1038/s41388-025-03425-w PMID:40269263	研究论文	该研究揭示了USP14-IMP2-CXCL2轴在肿瘤相关巨噬细胞中通过招募髓系来源的抑制细胞促进胃癌抗PD-1治疗耐药性的机制	首次阐明了USP14通过去泛素化稳定m6A阅读器IMP2，从而增强CXCL2表达和分泌的分子机制，并提出了通过抑制USP14/IMP2/CXCL2信号轴增强抗PD-1治疗敏感性的新策略	研究主要基于临床样本和动物实验，尚未在更大规模的临床试验中验证	探究胃癌抗PD-1治疗耐药性的机制并寻找潜在治疗靶点	胃癌患者的肿瘤相关巨噬细胞和髓系来源的抑制细胞	肿瘤免疫学	胃癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据	来自无法手术胃癌患者的内镜活检样本
222	2025-07-18	Single-Cell Transcriptome Reveals Aquaporin-Mediated Carbon Nanosol-Induced Growth Promotion of Plants 2025-Jul, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202504459 PMID:40305768	研究论文	该研究通过单细胞转录组分析揭示了碳纳米溶胶（CNS）通过水通道蛋白介导促进植物生长的机制	首次在单细胞水平上解析了CNS促进植物生长的异质性响应机制，并明确了水通道蛋白的关键作用	研究仅针对烟草根系细胞，尚未在其他植物或组织中验证	探究碳纳米材料促进植物生长的分子机制	烟草根系细胞	植物分子生物学	NA	单细胞转录组测序、荧光标记追踪、伪时间轨迹分析	NA	单细胞转录组数据、生理指标数据	7,897个烟草根系细胞（13种细胞类型）
223	2025-07-18	PP1A Modulates the Efficacy of Lenvatinib Plus ICIs Therapy by Inhibiting Ferroptosis in Hepatocellular Carcinoma 2025-Jul, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202501730 PMID:40344394	研究论文	本文探讨了PP1A通过抑制铁死亡调节Lenvatinib联合ICIs疗法在肝细胞癌中的疗效	发现PP1A通过去磷酸化Keap1抑制铁死亡，并揭示其在调节抗肿瘤免疫中的新作用	研究主要基于体外和动物实验，临床转化效果需进一步验证	探索PP1A在肝细胞癌治疗抵抗中的作用机制	肝细胞癌细胞系和动物模型	肿瘤学	肝细胞癌	转录组分析、铁死亡代谢物分析、单细胞测序	NA	分子生物学数据、测序数据	未明确说明具体样本数量
224	2025-07-18	Angiopoietin-TIE2 feedforward circuit promotes PIK3CA-driven venous malformations 2025-Jul, Nature cardiovascular research IF:9.4Q1 DOI:10.1038/s44161-025-00655-9 PMID:40410415	research paper	该研究揭示了PIK3CA驱动的静脉畸形中血管生成素-TIE2正反馈回路的作用机制	发现了静脉特异性信号回路通过自分泌和旁分泌机制放大上游TIE2受体信号，促进疾病进展	mTOR阻断对晚期静脉畸形小鼠模型效果有限	探究PIK3CA相关静脉畸形的核心驱动机制并寻找潜在治疗靶点	PIK3CA突变导致的静脉畸形小鼠模型和人类静脉畸形样本	血管生物学	静脉畸形	单细胞转录组学、谱系追踪	小鼠疾病模型	基因表达数据	小鼠模型和人类静脉畸形样本（具体数量未说明）
225	2025-07-18	Mechanisms and therapeutic potential of epithelial-immune crosstalk in airway inflammation 2025-Jul, Expert review of clinical immunology IF:3.9Q2 DOI:10.1080/1744666X.2025.2514604 PMID:40452271	综述	本文探讨了上皮细胞与免疫细胞在气道炎症中的相互作用机制及其治疗潜力	详细讨论了单细胞测序技术在这一新兴领域的发现，并总结了单克隆抗体靶向治疗的最新进展	气道炎症的复杂病理生理学尚未完全阐明	探讨上皮细胞与免疫细胞在气道炎症中的相互作用机制及其治疗潜力	慢性鼻窦炎(CRS)、过敏性鼻炎(AR)、哮喘、囊性纤维化(CF)和慢性阻塞性肺病(COPD)等慢性气道炎症疾病	医学研究	气道炎症疾病	单细胞测序	NA	NA	NA
226	2025-07-18	Microbiome Single Cell Atlases Generated with a Commercial Instrument 2025-Jul, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202409338 PMID:40462354	研究论文	本文介绍了EASi-seq方法，通过改造商业仪器Mission Bio Tapestri的单细胞工作流程，实现对单个微生物基因组的高效测序	开发了EASi-seq方法，使商业仪器能够用于微生物单细胞测序，并开发了配套的生物信息学流程以提高基因组分析质量	未明确提及具体局限性	开发适用于微生物单细胞测序的商业化解决方案	人类和环境微生物组中的微生物	基因组学	NA	单细胞测序	NA	基因组数据	每次运行可测序数万个微生物
227	2025-07-18	Inactivation of Histone Chaperone HIRA Unmasks a Link Between Normal Embryonic Development of Melanoblasts and Maintenance of Adult Melanocyte Stem Cells 2025-Jul, Aging cell IF:8.0Q1 DOI:10.1111/acel.70070 PMID:40669469	研究论文	本研究探讨了组蛋白伴侣HIRA在小鼠色素系统中的双重作用，揭示了其在胚胎发育和成年黑色素干细胞维持中的关键功能	首次揭示了HIRA在胚胎发育阶段的功能对成年黑色素干细胞维持的长效影响，而非直接的出生后需求	研究仅限于小鼠模型，人类相关性尚需验证	探索组蛋白伴侣HIRA在胚胎发育与成年干细胞维持之间的分子联系	小鼠黑色素细胞系统（胚胎黑色素细胞和成年黑色素干细胞）	发育生物学	衰老相关疾病	条件性基因敲除、单细胞RNA测序、ATAC-seq	基因敲除小鼠模型	基因表达数据、染色质可及性数据	未明确说明具体样本数量的小鼠模型
228	2025-07-18	Itaconate suppresses neonatal intestinal inflammation via metabolic reprogramming of M1 macrophage 2025-Jul, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70419 PMID:40673634	研究论文	研究衣康酸（ITA）通过代谢重编程M1巨噬细胞对新生儿坏死性小肠结肠炎（NEC）的保护作用	揭示了ITA作为NEC中巨噬细胞分化的代谢检查点，并提出了4OI作为NEC治疗药物的潜力	研究主要基于小鼠模型，临床样本验证有限	探究ITA在NEC中对巨噬细胞代谢重编程的调控作用及其治疗潜力	新生儿坏死性小肠结肠炎（NEC）患者样本及ACOD1-/-和ACOD1fl/flLysMcre NEC小鼠模型	代谢重编程	坏死性小肠结肠炎	免疫荧光染色、液相色谱-质谱联用、单细胞测序	小鼠模型	临床样本数据、实验数据	临床NEC样本及小鼠模型
229	2025-07-18	Unveiling the Immune Landscape: Single-Cell Sequencing of Infectious Mononucleosis Patients 2025-Jul, Journal of medical virology IF:6.8Q1 DOI:10.1002/jmv.70491 PMID:40673701	研究论文	本研究利用单细胞测序技术分析了儿童传染性单核细胞增多症（IM）中的免疫动态，重点关注EB病毒与宿主的相互作用	揭示了EB病毒在B细胞亚群中的特异性感染模式，以及NK细胞亚群的不同反应，为EBV相关疾病的靶向治疗提供了新思路	研究主要针对儿科IM患者，结果可能不适用于其他年龄段或其他EBV相关疾病	阐明传染性单核细胞增多症的免疫病理学机制，探索EBV持久性与免疫逃逸的关系	儿童传染性单核细胞增多症患者	免疫学	传染性单核细胞增多症	单细胞测序	NA	单细胞测序数据	未明确说明样本数量，研究对象为儿科IM患者
230	2025-07-18	Applications of Spatial Transcriptomics in Veterinary Medicine: A Scoping Review of Research, Diagnostics, and Treatment Strategies 2025-Jun-26, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26136163 PMID:40649940	综述	本文综述了空间转录组学在兽医医学中的应用，包括研究、诊断和治疗策略	全面梳理了空间转录组学在兽医医学中的应用现状，并指出了该领域的研究空白和未来方向	兽医医学中的应用研究相对有限，存在物种、器官和地理偏见	评估空间转录组学在兽医医学中的研究、诊断和治疗应用	人类和动物健康研究	数字病理学	NA	空间转录组学（10× Visium, Slide-seq, Nanostring, MERFISH）	NA	基因表达数据	1398项符合纳入标准的研究
231	2025-07-18	Decoding Cellular Communication Networks and Signaling Pathways in Bone, Skeletal Muscle, and Bone-Muscle Crosstalk Through Spatial Transcriptomics 2025-Jun-12, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-6701121/v1 PMID:40585205	研究论文	通过空间转录组学解码骨骼、骨骼肌及骨肌互作中的细胞通讯网络和信号通路	首次提供了骨骼和骨骼肌之间细胞通讯的空间解析图谱，揭示了新的分子互作机制	研究仅限于小鼠模型，人类样本的验证尚未进行	研究骨骼和骨骼肌之间的分子互作机制及其在疾病中的作用	小鼠的股骨和邻近骨骼肌	空间转录组学	骨质疏松症、肌肉减少症、代谢综合征	10X Genomics Visium 空间转录组分析	NA	空间转录组数据	小鼠的股骨和邻近骨骼肌样本
232	2025-07-18	Comprehensive profiling of migratory primordial germ cells reveals niche-specific differences in non-canonical Wnt and Nodal-Lefty signaling in anterior vs posterior migrants 2025-Jun-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.08.29.610420 PMID:39257761	research paper	该研究通过单细胞RNA测序技术，全面分析了小鼠原始生殖细胞（PGCs）在迁移过程中的转录异质性及其与不同体细胞微环境的相互作用	揭示了前后迁移PGCs在非经典Wnt和Nodal-Lefty信号通路上的差异，并发现这些差异与迁移速度、细胞状态转变及表观遗传重编程相关	研究主要基于小鼠模型，人类数据的验证仅通过重新分析已发表数据集进行，缺乏直接实验验证	探究迁移过程中PGCs的转录异质性及其与微环境的相互作用机制	小鼠原始生殖细胞（PGCs）及其周围体细胞	发育生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、全胚胎免疫荧光染色	NA	单细胞转录组数据、免疫荧光图像数据	13,262个小鼠PGCs和7,868个周围体细胞，采集时间点为E9.5、E10.5和E11.5
233	2025-07-18	Interpretable Trajectory Inference with Single Cell Linear Adaptive Negative-binomial Expression (scLANE) Testing 2025-May-23, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.12.19.572477 PMID:38187622	研究论文	本文提出了一种名为scLANE的可解释轨迹推断方法，用于单细胞RNA-seq数据分析	提出基于可解释广义线性模型的scLANE测试方法，通过经验选择的基础样条处理基因表达的非线性变化	未明确提及具体局限性	开发更可靠且可解释的单细胞轨迹差异表达分析方法	单细胞RNA-seq数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	广义线性模型	基因表达数据	多个生物数据集（未明确样本量）
234	2025-07-18	Variational inference of single cell time series 2025-May-16, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.08.29.610389 PMID:39257806	研究论文	提出了一种名为SNOW的深度学习算法，用于解析单细胞时间序列数据	SNOW算法能够将单细胞时间序列数据分解为时间依赖和时间独立的贡献，构建具有生物学意义的潜在空间，并去除批次效应	未提及具体的数据集规模或实验验证的局限性	解决单细胞RNA测序数据中基因表达受时间和细胞身份共同影响的问题	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	scRNA-seq	深度学习算法	基因表达数据	合成和真实的scRNA-seq数据（未提及具体数量）
235	2025-07-18	Inferring gene regulatory networks by hypergraph generative model 2025-Apr-21, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2025.101026 PMID:40220759	research paper	提出了一种基于超图变分自编码器（HyperG-VAE）的贝叶斯深度生成模型，用于单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据的基因调控网络（GRN）推断	利用超图表示和结构方程模型处理细胞异质性，结合超图自注意力机制识别基因模块，协同优化编码器以提高GRN推断、单细胞聚类和数据可视化	未明确提及具体局限性	改进单细胞RNA测序数据分析及基因调控网络构建	单细胞RNA测序数据和基因调控网络	machine learning	NA	scRNA-seq	HyperG-VAE (超图变分自编码器)	单细胞RNA测序数据	骨髓B细胞发育数据（未明确样本数量）
236	2025-07-18	A cost- and time-efficient method for high-throughput cryoprocessing and tissue analysis using multiplexed tissue molds 2025-Apr-21, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2025.101023 PMID:40262526	研究论文	本文介绍了一种高效、低成本的高通量冷冻处理和组织分析方法，使用多路复用组织模具（MTMs）	引入了多路复用组织模具（MTMs），显著降低了冷冻处理的成本和工作量，同时允许处理不同大小和来源的组织	未提及该方法在临床应用中的具体效果或潜在问题	开发一种高效、低成本的冷冻处理和组织分析方法，以促进常规和诊断使用	不同大小和来源的组织，包括19种不同的成年小鼠组织和约110个不同年龄和大小的神经类器官	组织病理学	NA	冷冻切片技术	NA	组织样本	19种成年小鼠组织和约110个神经类器官
237	2025-07-18	CellCover Defines Marker Gene Panels Capturing Developmental Progression in Neocortical Neural Stem Cell Identity 2025-Apr-09, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.04.06.535943 PMID:37383947	研究论文	提出了一种名为CellCover的新方法，用于通过组合优化选择标记基因面板，以更准确地定义细胞类型	将标记基因面板选择视为组合优化中的'最小集合覆盖问题'，克服了传统差异表达方法的局限性，减少了基因冗余并捕获了细胞类型特异性信号	方法依赖于单细胞RNA测序数据的质量和覆盖度，可能受到数据零膨胀问题的影响	开发一种更有效的方法来定义细胞类型的标记基因面板，以分析单细胞RNA测序数据	血液和脑组织中的细胞，特别是新皮质神经干细胞	生物医学信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	组合优化模型	基因表达数据	多个公共数据集，包括小鼠、灵长类和人类数据
238	2025-07-18	Exploration of M2 macrophage-related biomarkers and a candidate drug for glioblastoma using high-dimensional weighted gene co-expression network analysis 2025, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2025.1587258 PMID:40661076	研究论文	本研究通过高维加权基因共表达网络分析(hdWGCNA)探索了与M2巨噬细胞相关的基因生物标志物，并预测了一种用于胶质母细胞瘤(GBM)的候选药物	利用hdWGCNA方法筛选M2巨噬细胞相关基因模块，并预测候选药物沙利度胺	研究依赖于公开数据库数据，未进行实验验证	识别M2巨噬细胞相关基因标志物并寻找GBM潜在治疗药物	胶质母细胞瘤(GBM)中的M2巨噬细胞	生物信息学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 高维加权基因共表达网络分析(hdWGCNA), 分子对接	诊断模型	基因表达数据	来自GEO数据库的GSE162631和GSE4290数据集
239	2025-07-18	Silencing NEDD4L Effectively Inhibits the Malignant Behaviors of Hepatocellular Carcinoma 2025, Journal of hepatocellular carcinoma IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JHC.S511466 PMID:40661237	研究论文	本研究探讨了NEDD4L在肝细胞癌（HCC）中的表达、生存影响及其调控机制，并验证了沉默NEDD4L对HCC恶性行为的抑制作用	首次全面揭示了NEDD4L在HCC中的表达模式及其通过泛素化调控细胞周期和免疫检查点的双重作用机制	研究主要基于体外实验和数据库分析，缺乏体内实验验证	探究NEDD4L在HCC发生发展中的作用及其作为治疗靶点的潜力	肝细胞癌（HCC）	肿瘤生物学	肝癌	RNA-seq、微阵列分析、单细胞测序、Edu、CCK-8、Transwell、伤口愈合实验	NA	基因表达数据、单细胞测序数据	多个数据库的HCC患者数据及体外培养的HCC细胞系
240	2025-07-18	Single-cell RNA-sequencing highlights a curtailed NK cell function in convalescent COVID-19 pregnant women 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1560391 PMID:40661959	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序和流式细胞术，揭示了COVID-19康复孕妇中NK细胞功能的持续减弱	首次在COVID-19康复孕妇中发现NK细胞功能持续减弱，并揭示了SARS-CoV-2感染对免疫细胞基因表达谱的重编程作用	研究样本量相对较小，且仅针对孕妇群体，结果可能无法推广到其他人群	研究SARS-CoV-2感染如何改变孕妇在感染期间和康复后的免疫景观	COVID-19康复孕妇的免疫细胞（特别是NK细胞）	免疫学	COVID-19	scRNA-seq, 流式细胞术	NA	单细胞RNA测序数据，流式细胞数据	两个独立地理队列的孕妇样本（具体数量未明确说明）