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当前共找到 33643 篇文献，本页显示第 221 - 240 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 221 | 2025-12-04 |
Integrating bulk and single-cell transcriptome to identify novel gene markers for germinal center B cells (GCB) subtype of diffuse large B-cell lymphoma
2025-Nov, Annals of hematology
IF:3.0Q2
DOI:10.1007/s00277-025-06517-5
PMID:41120675
|
研究论文 | 本研究通过整合批量与单细胞转录组数据，开发了一个包含19个基因对的定性特征（19-GPS），用于区分弥漫性大B细胞淋巴瘤（DLBCL）的生发中心B细胞（GCB）亚型与非GCB亚型 | 利用基因的相对表达顺序（REO）模式，开发了高度稳定、抗批次效应和样本质量变化的定性特征，用于DLBCL的GCB亚型分类，并在多个独立数据集中验证了其准确性和预后分层能力 | 未明确说明样本的具体来源或临床背景的局限性，且研究主要基于转录组数据，可能未涵盖其他分子层面的信息 | 开发一个稳定的定性基因特征，以改善DLBCL的GCB亚型分类，并评估其预后和治疗指导潜力 | 弥漫性大B细胞淋巴瘤（DLBCL）的生发中心B细胞（GCB）亚型与非GCB亚型，以及相关基因标记 | 自然语言处理 | 淋巴瘤 | 批量转录组测序，单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | 多个独立数据集，具体样本数量未在摘要中明确说明 | NA | 批量RNA-seq，单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 222 | 2025-12-04 |
SpaBatch: Deep Learning-Based Cross-Slice Integration and 3D Spatial Domain Identification in Spatial Transcriptomics
2025-Nov, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202509090
PMID:40953305
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研究论文 | 本研究提出了一个名为SpaBatch的深度学习框架，用于整合和分析多切片空间转录组数据，以进行跨切片的3D空间域识别 | SpaBatch是首个能够有效校正批次效应并实现跨切片3D空间域识别的框架，克服了现有方法仅关注单一切片内2D空间域识别且忽略切片间空间相关性的局限 | 论文未明确提及该方法的计算复杂度或对大规模数据集的可扩展性限制 | 开发一个鲁棒可靠的多切片空间转录组数据整合框架，以实现准确的3D空间域识别 | 人类皮层切片、小鼠脑切片、小鼠胚胎切片、人类胚胎心脏切片、HER2+乳腺癌组织和小鼠下丘脑切片 | 空间转录组学 | 乳腺癌 | 空间转录组学 | 深度学习 | 空间转录组数据 | 八个真实空间转录组数据集 | MERFISH | 空间转录组学 | MERFISH平台 | 使用MERFISH平台分析的小鼠下丘脑切片和HER2+乳腺癌组织 |
| 223 | 2025-12-04 |
Spatial Transcriptional Dynamics of CD74⁺ B Cells in Tertiary Lymphoid Structures Drive Immune Evolution in Penile Squamous Cell Carcinoma
2025-Nov, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202509742
PMID:41111459
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研究论文 | 本研究整合空间转录组学、单细胞测序和免疫组化技术，揭示了阴茎鳞状细胞癌中三级淋巴结构内CD74⁺ B细胞的空间转录动态及其驱动免疫演化的机制 | 首次在PSCC中系统阐明了三级淋巴结构内CD74⁺ B细胞的空间分布动态、与初始T细胞的相互作用机制及其通过HLA-DRA激活NF-κB等转录因子的免疫调控网络 | 研究样本量有限，未在独立队列中验证CD74⁺ B细胞的预后价值，机制研究主要基于转录组数据缺乏功能实验验证 | 解析阴茎鳞状细胞癌三级淋巴结构的免疫架构与功能机制 | 阴茎鳞状细胞癌组织样本及其中的三级淋巴结构、CD74⁺ B细胞、初始T细胞 | 空间转录组学 | 阴茎鳞状细胞癌 | 空间转录组学、单细胞RNA测序、bulk RNA测序、免疫组织化学 | NA | 空间转录组数据、单细胞转录组数据、bulk RNA-seq数据、组织图像 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 空间转录组学, 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 224 | 2025-12-04 |
ResNet50 and Single-Cell Multi-Omics analysis identify key cellular and molecular features in pediatric acute lymphoblastic leukemia
2025-Nov, Annals of hematology
IF:3.0Q2
DOI:10.1007/s00277-025-06675-6
PMID:41125957
|
研究论文 | 本研究通过整合基于深度学习的图像分析与单细胞转录组和T细胞受体测序，揭示了儿童急性淋巴细胞白血病的细胞和分子特征 | 首次将ResNet50深度学习模型用于白血病单细胞图像分类，并与单细胞多组学分析相结合，以阐明疾病机制和发现潜在生物标志物 | 未提及样本量是否足够大以覆盖所有亚型，且深度学习模型的可解释性仍有提升空间 | 改善儿童急性淋巴细胞白血病的早期诊断、复发预测和个体化治疗 | 儿童急性淋巴细胞白血病（ALL）患者样本 | 数字病理学 | 白血病 | 单细胞RNA测序，T细胞受体测序（TCR-seq） | CNN（ResNet50） | 图像，单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞多组学 | NA | NA |
| 225 | 2025-12-04 |
Role of Mitophagy in Ischemia-Reperfusion Renal Injury: New Insights from Bioinformatics Analysis
2025-Oct-30, Nephron
IF:2.3Q2
DOI:10.1159/000548962
PMID:41166509
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研究论文 | 本研究通过生物信息学分析结合单细胞测序，探讨了线粒体自噬在缺血再灌注肾损伤中的作用，并识别了关键基因SLC3A2作为潜在治疗靶点 | 结合转录组测序、单细胞测序和机器学习算法，筛选出与线粒体自噬相关的差异表达基因SLC3A2和TXN，并通过多层面实验验证了SLC3A2在缺血再灌注肾损伤中的关键作用 | 研究中TXN在细胞实验中的结果与先前分析相反，表明可能存在未考虑的调控机制或实验条件差异 | 阐明线粒体自噬在急性肾损伤（AKI）发病机制中的分子相互作用，以开发新的治疗策略 | 缺血再灌注损伤（IRI）相关的急性肾损伤（AKI） | 生物信息学 | 急性肾损伤 | 转录组测序，单细胞测序，生物信息学分析，机器学习算法 | 机器学习算法（未指定具体类型） | 转录组数据，单细胞数据 | 未明确指定样本数量，但涉及体外实验、体内大鼠实验和临床AKI病例 | NA | 单细胞测序，转录组测序 | NA | NA |
| 226 | 2025-12-04 |
Coxiella burnetii Strains Elicit Distinct Inflammatory Responses in Human Macrophages
2025-Oct-29, Pathogens (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/pathogens14111101
PMID:41305339
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研究论文 | 本研究通过RNA测序和单细胞RNA测序，揭示了不同毒力的贝氏柯克斯体菌株在人巨噬细胞中引发差异化的炎症反应和极化状态 | 首次系统比较了不同毒力贝氏柯克斯体菌株在人肺泡巨噬细胞和THP-1细胞中引发的宿主转录组反应异质性，并揭示了菌株特异性和细胞特异性因素在塑造宿主免疫中的重要性 | 研究主要基于体外细胞模型，未在动物模型或临床样本中验证；单细胞RNA测序仅针对NMII菌株感染的THP-1细胞 | 阐明贝氏柯克斯体不同菌株与宿主巨噬细胞相互作用的分子机制，为Q热的靶向治疗提供依据 | 人肺泡巨噬细胞(hAMs)和THP-1巨噬细胞系 | 感染免疫学 | Q热 | RNA测序(RNA-seq), 单细胞RNA测序(scRNA-seq), 细胞因子检测 | NA | 转录组数据, 单细胞转录组数据 | 未明确样本数量，使用人肺泡巨噬细胞和THP-1细胞系进行感染实验 | NA | RNA测序, 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 227 | 2025-12-04 |
Discovery of disease-associated cellular states using ResidPCA in single-cell RNA and ATAC sequencing data
2025-Oct-27, HGG advances
DOI:10.1016/j.xhgg.2025.100538
PMID:41157948
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为ResidPCA的鲁棒方法，用于在单细胞RNA和ATAC测序数据中发现疾病相关的细胞状态 | ResidPCA通过显式建模细胞类型异质性，在检测跨多种细胞类型表达的状态时，比传统PCA和NMF方法具有更高的准确性 | NA | 推进对单细胞测序数据中疾病相关细胞异质性的理解 | 小鼠视觉皮层细胞和阿尔茨海默病队列的单细胞数据 | 机器学习 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序，单细胞ATAC测序 | PCA | 单细胞RNA和ATAC测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 228 | 2025-12-04 |
Decoding the human PBMC isonome: Isoform-level resolution with single-cell long-read transcriptomics
2025-Oct-16, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.16.682832
PMID:41279381
|
研究论文 | 本研究利用单细胞长读长转录组学技术，解码了人类外周血单个核细胞的异构体组，实现了异构体水平的分辨率 | 通过改进的PIPseq工作流程和计算管道，生成了迄今为止最大的人类PBMC长读长单细胞数据集，并发现了128个新异构体，其中一些具有细胞类型特异性模式 | NA | 理解人类健康和疾病在异构体水平上的细胞多样性和疾病机制 | 人类外周血单个核细胞（PBMCs） | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞长读长RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA | Oxford Nanopore | 单细胞RNA-seq | NA | Oxford Nanopore长读长测序 |
| 229 | 2025-12-04 |
Induction of menstruation in mice reveals the regulation of menstrual shedding
2025-Oct-09, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.08.681007
PMID:41332577
|
研究论文 | 本研究通过转基因小鼠模型模拟人类月经过程，揭示了子宫内膜周期性脱落与再生的空间调控机制 | 首次建立能重现人类月经关键特征的转基因小鼠模型，并利用单细胞空间转录组学定义了驱动子宫内膜分层和脱落的空间调控成纤维细胞分化新范式 | 转基因小鼠模型与人类自然月经过程仍存在生理差异，且研究主要关注成纤维细胞分化机制，其他细胞类型的作用有待进一步探索 | 研究月经过程中子宫内膜选择性脱落的调控机制 | 转基因小鼠子宫内膜组织 | 空间转录组学 | 妇科生理 | 单细胞空间转录组学、化学遗传学激活 | 转基因小鼠模型 | 空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞空间转录组学 | NA | NA |
| 230 | 2025-09-18 |
Author Correction: Spatial transcriptomics reveals the distinct organization of mouse prefrontal cortex and neuronal subtypes regulating chronic pain
2025-Oct, Nature neuroscience
IF:21.2Q1
DOI:10.1038/s41593-025-02077-z
PMID:40958041
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 231 | 2025-12-04 |
Identification of novel biomarkers and drug targets for frailty-related skeletal muscle aging: a multi-omics study
2025-Sep-01, QJM : monthly journal of the Association of Physicians
DOI:10.1093/qjmed/hcaf108
PMID:40343466
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研究论文 | 本研究通过多组学方法识别了与衰弱相关骨骼肌衰老的新型生物标志物和药物靶点 | 首次发现24个生物标志物基因，并利用单细胞RNA测序数据集揭示内皮细胞在肌肉退化中的关键作用 | NA | 早期检测和治疗干预衰弱相关骨骼肌衰老 | 人类骨骼肌 | 机器学习 | 老年疾病 | 转录组学，单细胞RNA测序 | 机器学习预测模型 | 转录组数据，单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 232 | 2025-12-04 |
APOBEC3B Promotes SARS-CoV-2 Through Activation of PKR/eIF2⍺ and AMPD2 Dysregulation
2025-Aug-28, Viruses
DOI:10.3390/v17091176
PMID:41012606
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研究论文 | 本研究揭示了APOBEC3B通过激活PKR/eIF2α通路和调控AMPD2表达，在SARS-CoV-2感染中发挥促病毒作用 | 首次发现A3B在重症COVID-19患者中过表达，并通过整合应激反应和嘌呤代谢调控网络促进SARS-CoV-2感染 | 研究主要基于细胞模型和测序数据，缺乏体内实验验证；不同细胞系中A3B的作用机制存在差异 | 阐明APOBEC3B在SARS-CoV-2感染中的分子机制及其与COVID-19严重程度的关联 | 支气管肺泡灌洗液细胞、Caco-2细胞、A549-ACE2细胞、重症与轻症COVID-19患者样本 | 生物信息学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序、批量RNA测序、基因敲降、机器学习预测 | Transformer（Geneformer） | RNA测序数据、临床样本数据 | 未明确样本数量，包括重症与轻症COVID-19患者的BALF细胞及多种细胞系 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 233 | 2025-12-04 |
Enhanced M2 Polarization of Retinal Microglia in Streptozotocin-Induced Diabetic Mice upon Autoimmune Stimulation
2025-Aug-22, Biomedicines
IF:3.9Q1
DOI:10.3390/biomedicines13092049
PMID:41007615
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研究论文 | 本研究探讨了糖尿病环境对实验性自身免疫性葡萄膜视网膜炎（EAU）发展的影响以及眼内小胶质细胞的激活状态 | 首次在链脲佐菌素诱导的糖尿病小鼠模型中，结合单细胞RNA测序技术，揭示了糖尿病环境下小胶质细胞向抗炎M2表型极化的转变及其对EAU的抑制作用 | 研究仅基于小鼠模型，未在人类样本中验证，且糖尿病模型的特定诱导方式可能影响结果的普适性 | 探究糖尿病环境如何影响自身免疫性疾病EAU的发病机制及小胶质细胞的激活状态 | 野生型小鼠和链脲佐菌素诱导的糖尿病小鼠 | 数字病理学 | 糖尿病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、流式细胞术、免疫组织化学、眼底镜检查、光学相干断层扫描（OCT） | NA | 基因表达数据、图像数据 | 未明确指定样本数量，但涉及野生型和糖尿病小鼠组 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 234 | 2025-12-04 |
Immune cell type divergence in a basal chordate
2025-May-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.20.655184
PMID:40661343
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序等技术，定义了基础脊索动物血细胞状态的身份，揭示了其分化层次和免疫细胞类型的多样性 | 首次在基础脊索动物中应用单细胞RNA测序结合杂交和活体报告基因技术，系统性地定义了血细胞状态，并扩展了脊索动物免疫细胞的已知谱系 | 研究主要基于单一物种，且无脊椎动物免疫细胞的分子特征描述有限，与脊椎动物免疫细胞类型的同源性仍不明确 | 探究基础脊索动物免疫细胞类型的进化与分化，以理解细胞类型在进化中的适应性变化 | 基础脊索动物的循环血细胞 | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序, 杂交, 活体报告基因 | NA | RNA序列数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 235 | 2025-12-04 |
Neural signaling contributes to heart formation and growth in the invertebrate chordate, Ciona robusta
2025-May-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.04.28.651085
PMID:40654768
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研究论文 | 本研究揭示了神经肽速激肽与经典Wnt信号通路共同调控海鞘心肌祖细胞增殖的机制 | 首次在海鞘模型中阐明神经信号（速激肽）与Wnt信号协同调控心脏发育，并发现神经元细胞直接支配心肌祖细胞 | 研究主要基于无脊椎脊索动物模型，结论在脊椎动物中的普适性需进一步验证 | 探究神经信号在心脏发育与生长调控中的作用机制 | 海鞘（Ciona robusta）成体心脏组织 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、CRISPR-Cas9基因敲除、药理学抑制 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 236 | 2025-12-04 |
Long-read sequencing transcriptome quantification with lr-kallisto
2025-Jan-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.07.19.604364
PMID:39071335
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研究论文 | 本文介绍了lr-kallisto方法，用于长读长测序数据的转录本定量分析，并展示了其在ONT数据上的应用和改进 | 开发了lr-kallisto方法，将kallisto的RNA-seq定量技术适配到长读长测序平台，并通过外显子捕获提高了准确性 | 未明确提及具体样本量或实验验证的局限性，可能依赖于特定长读长数据类型的假设 | 实现长读长测序数据中转录本异构体的快速准确定量 | RNA转录本，特别是全长转录本异构体 | 自然语言处理 | NA | 长读长测序，外显子捕获 | kallisto（适配版本） | RNA-seq数据 | NA | Oxford Nanopore Technologies | 长读长RNA测序 | ONT平台 | NA |
| 237 | 2025-12-04 |
CXCL6 Orchestrates Macrophage-Driven Inflammation in Diabetic Kidney Disease and Represents a Druggable Target
2025 Jan-Dec, Kidney diseases (Basel, Switzerland)
DOI:10.1159/000548806
PMID:41321788
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研究论文 | 本研究通过整合分析转录组数据，发现CXCL6是糖尿病肾病中驱动肾小管间质炎症的关键介质，并筛选出潜在抑制剂水溶性丹酚酸B | 首次将CXCL6确立为糖尿病肾病中连接肾小管损伤与巨噬细胞驱动炎症的核心枢纽基因，并通过虚拟筛选发现其新型抑制剂 | 研究主要基于细胞和小鼠模型，临床转化效果需进一步验证；虚拟筛选发现的抑制剂需更多实验确认其特异性 | 阐明糖尿病肾病肾小管间质损伤的分子机制并寻找治疗靶点 | 糖尿病肾病患者的肾脏组织、HK-2和THP-1细胞系、糖尿病肾病小鼠模型 | 生物信息学与分子生物学 | 糖尿病肾病 | 加权基因共表达网络分析、差异表达分析、单细胞RNA测序、虚拟筛选 | NA | 转录组数据、单细胞RNA测序数据 | 三个糖尿病肾病转录组数据集、患者肾脏组织、细胞系和小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 238 | 2025-12-04 |
CancerTrace: Multi-stage single-cell analysis of networked cancer evolution for driver and modulator gene identification
2025, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2025.11.014
PMID:41322005
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研究论文 | 本文介绍了一种名为CancerTrace的时间感知计算框架，用于从单细胞RNA测序数据中识别癌症驱动基因及其上游调控因子 | 该框架结合转移熵和稀疏条件结构于变分贝叶斯模型中，能够直接从scRNA-seq数据中恢复动态、患者特异性的调控机制，无需匹配DNA或外部扰动数据 | 研究仅基于三名肺腺癌患者的九个纵向scRNA-seq文库，样本量较小，可能限制结果的普遍性 | 识别患者特异性癌症驱动基因及其上游调控因子，以推进机制理解和精准肿瘤学 | 肺腺癌患者的单细胞RNA测序数据 | 计算生物学 | 肺腺癌 | 单细胞RNA测序 | 变分贝叶斯模型 | 单细胞RNA测序数据 | 三名肺腺癌患者的九个纵向scRNA-seq文库 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 239 | 2025-12-04 |
HeartMAP: A multi-chamber spatial framework for cardiac cell-cell communication
2025, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2025.11.015
PMID:41322007
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研究论文 | 本研究提出了一个名为HeartMAP的计算框架，用于在心脏腔室分辨率下推断细胞间通讯网络 | 开发了首个能够整合单细胞RNA-seq共表达模式和配体-受体相互作用数据库，以解析心脏四个不同腔室特异性细胞通讯网络的计算平台 | 研究基于七名健康供体的数据，未包含疾病状态样本，且框架的性能依赖于现有配体-受体数据库的完整性 | 阐明心脏四个不同腔室内及腔室间的细胞通讯网络，为精准心脏病学提供分子基础 | 人类心脏细胞 | 计算生物学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | 计算框架（包含基础流程分析、高级通讯建模和多腔室图谱构建的三层分析方法） | 单细胞RNA-seq数据 | 来自7名健康人类心脏供体的287,269个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 240 | 2025-12-04 |
NK cell-associated long non-coding RNAs reveal heterogeneity of colorectal cancer immune microenvironment
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1615942
PMID:41322425
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA-seq和TCGA-COAD/READ批量转录组数据，构建了一个基于NK细胞相关长链非编码RNA的预后模型，用于预测结直肠癌患者的预后 | 首次系统性地利用NK细胞相关lncRNAs构建结直肠癌预后模型，并揭示了AC010319.3通过抑制IFN-γ和颗粒酶B表达来减弱NK细胞毒性、促进结直肠癌细胞增殖和侵袭的新机制 | 研究主要基于回顾性数据，需要进一步的前瞻性临床验证；样本量相对有限，特别是独立临床样本仅76例 | 开发基于NK细胞相关lncRNAs的预后模型，以预测结直肠癌患者的预后并探索其在肿瘤免疫微环境中的调控作用 | 结直肠癌患者及其肿瘤组织样本 | 生物信息学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA-seq, 批量转录组测序 | Cox回归模型, LASSO回归 | RNA-seq数据 | TCGA-COAD/READ数据集及76例独立临床样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | Smartseq2 | GSE146771_Smartseq2单细胞RNA-seq平台 |