单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
221	2025-05-14	INHBA+ macrophages and Pro-inflammatory CAFs are associated with distinctive immunosuppressive tumor microenvironment in submucous Fibrosis-Derived oral squamous cell carcinoma 2025-May-12, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-025-14261-2 PMID:40355814	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，揭示了口腔黏膜下纤维化衍生的口腔鳞状细胞癌(ODSCC)中独特的免疫抑制肿瘤微环境(TISME)	首次发现ODSCC中INHBA+巨噬细胞和促炎性CAFs的存在及其在免疫抑制微环境中的关键作用，并揭示了INHBA-ACVR1/ACVR2A/ACVR2B相互作用区域的共定位特征	研究主要基于生物信息学分析和体外实验，缺乏体内实验验证	阐明ODSCC中免疫抑制微环境的细胞组成和分子机制	口腔黏膜下纤维化衍生的口腔鳞状细胞癌(ODSCC)和普通口腔鳞癌(NODSCC)	数字病理学	口腔鳞状细胞癌	scRNA-seq, 空间转录组学(ST), 多重免疫荧光染色(mIF)	NA	转录组数据, 空间定位数据	GEO数据库中的scRNA-seq和ST数据，THP-1细胞体外实验
222	2025-05-14	Anti-Müllerian hormone signalling sustains circadian homeostasis in zebrafish 2025-May-10, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-59528-1 PMID:40348785	研究论文	该研究揭示了抗穆勒氏管激素（Amh）信号在维持斑马鱼昼夜节律稳态中的重要作用	首次发现Amh信号通路通过激活Smad1/5/9磷酸化来调控昼夜节律基因表达，揭示了新的激素信号通路在昼夜节律稳态中的作用	研究仅基于斑马鱼模型，尚未在高等生物中验证	探索维持昼夜节律稳态的关键信号通路	斑马鱼的昼夜节律系统	生物节律研究	NA	基因敲除、单细胞转录组分析	斑马鱼模型	基因表达数据、行为数据	NA
223	2025-05-14	KDELR3 and YOD1 proteins as critical endoplasmic reticulum stress mediators and potential therapeutic targets in diabetic foot ulcers: An integrated bioinformatics analysis 2025-May-10, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.144095 PMID:40354856	research paper	该研究通过生物信息学方法鉴定了与糖尿病足溃疡(DFU)相关的内质网应激反应蛋白，并评估了其作为生物标志物和治疗靶点的潜力	首次系统鉴定了32个DFU相关内质网应激蛋白，发现KDELR3和YOD1等关键蛋白的诊断价值，并确定甲硝唑作为潜在治疗药物	研究主要基于生物信息学分析，实验验证仅限于qRT-PCR，需要更多体内外实验进一步验证	探索内质网应激反应蛋白在糖尿病足溃疡发病机制中的作用并寻找新的生物标志物和治疗靶点	糖尿病足溃疡患者组织样本及相关基因表达数据	生物信息学	糖尿病足溃疡	WGCNA, 机器学习算法, 分子对接, 单细胞RNA测序, 孟德尔随机化分析, qRT-PCR	机器学习算法	基因表达数据	来自GEO数据库的DFU数据集
224	2025-05-14	Air pollutants and lung regeneration: impact on the fate of lung stem cells 2025-May-09, Environment international IF:10.3Q1 DOI:10.1016/j.envint.2025.109525 PMID:40354720	review	本文综述了空气污染物对肺干细胞命运的影响及其在肺疾病中的作用	从组织再生的角度探讨吸入污染物与肺干细胞的相互作用，并介绍了类器官和单细胞测序技术在这一领域的应用	NA	探讨空气污染物如何影响肺干细胞的再生能力及其在肺疾病中的作用	肺干细胞和空气污染物	毒理学	肺疾病	单细胞测序技术	NA	NA	NA
225	2025-05-14	scMINER: a mutual information-based framework for clustering and hidden driver inference from single-cell transcriptomics data 2025-May-08, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-59620-6 PMID:40341143	研究论文	介绍了一个基于互信息的框架scMINER，用于单细胞转录组数据的聚类和隐藏驱动因子推断	scMINER在细胞聚类和网络推断方面表现出更高的准确性，特别是在区分密切相关的细胞群和揭示关键转录因子驱动因子方面优于现有方法	NA	解决单细胞转录组数据由于固有的随机性和稀疏性带来的聚类和网络推断挑战	单细胞转录组数据	生物信息学	NA	单细胞转录组测序	互信息框架	单细胞转录组数据	NA
226	2025-05-14	Patient-derived models of UBA5-associated encephalopathy identify defects in neurodevelopment and highlight potential therapeutic avenues 2025-May-07, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adn8417 PMID:40333994	研究论文	本研究开发了患者来源的皮质类器官模型，用于研究UBA5相关脑病的神经发育缺陷及潜在治疗途径	首次建立了人类神经元模型研究UBA5致病变异的细胞和分子后果，并评估了两种潜在治疗方式	研究仅基于两名患者的样本，样本量较小	研究UBA5相关脑病的神经发育缺陷及潜在治疗方法	UBA5相关脑病患者来源的皮质类器官	神经科学	脑病	单细胞RNA测序、CRISPRa、SINEUP	皮质类器官模型	RNA测序数据	两名患者的皮质类器官
227	2025-05-14	Extended culture of 2D gastruloids to model human mesoderm development 2025-May-07, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-025-02669-4 PMID:40335707	research paper	该研究扩展了2D胃泌素样体的培养时间，以模拟人类中胚层发育	发现了在2至4天期间高度可重复的形态发生阶段，并揭示了中胚层分化和形态发生的空间组织	NA	研究人类中胚层发育的模型	人类多能干细胞衍生的2D胃泌素样体	干细胞研究	NA	单细胞转录组学	2D胃泌素样体模型	转录组数据	NA
228	2025-05-14	A retinoic acid:YAP1 signaling axis controls atrial lineage commitment 2025-May-07, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115687 PMID:40343798	research paper	该研究揭示了视黄酸（RA）与YAP1信号轴在心脏祖细胞（CPCs）中调控心房谱系基因表达和心房细胞命运决定的机制	发现了Hippo效应子YAP1和TEAD4与心房转录因子增强子网络的整合，以及YAP1在CPCs中激活RA增强子的新功能	研究主要基于人类胚胎干细胞（hESC）和小鼠模型，尚未在更复杂的生理系统中验证	阐明视黄酸信号在心脏祖细胞中诱导心房谱系分化的分子机制	心脏祖细胞（CPCs）、人类胚胎干细胞（hESC）和小鼠胚胎	发育生物学	心血管疾病	scRNA-seq和snATAC-seq	hESC-derived CPCs和小鼠胚胎模型	基因组学和转录组学数据	未明确说明样本数量，涉及hESC来源的CPCs和小鼠胚胎
229	2025-05-14	Proximal Tubule Cells Contribute to the Thin Descending Limb of the Loop of Henle during Mouse Kidney Development 2025-May-06, Journal of the American Society of Nephrology : JASN IF:10.3Q1 DOI:10.1681/ASN.0000000721 PMID:40327839	研究论文	本研究通过整合小鼠肾脏发育的单细胞RNA测序数据，揭示了近端小管细胞在肾单位薄壁降支形成中的作用，并发现转录因子Hnf4a对此过程的关键调控	首次证实近端小管细胞可发育为薄壁降支细胞，并揭示Hnf4a转录因子在调控这一过程中的重要作用	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类肾脏发育中验证	探究肾单位薄壁降支细胞的发育起源及其调控机制	小鼠肾脏发育过程中的近端小管细胞和薄壁降支细胞	发育生物学	肾脏疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、谱系追踪	小鼠模型	基因表达数据	整合多个非突变发育小鼠肾脏数据集
230	2025-05-14	Integrating spatial transcriptomics and snRNA-seq data enhances differential gene expression analysis results of AD-related phenotypes 2025-May-05, HGG advances DOI:10.1016/j.xhgg.2025.100447 PMID:40329537	研究论文	通过整合空间转录组学和单核RNA测序数据，增强阿尔茨海默病相关表型的差异基因表达分析结果	首次整合空间转录组学(ST)和单核RNA测序(snRNA-seq)数据，提升空间信息差异基因表达(DGE)分析能力	空间转录组学数据样本量较小可能影响分析结果	增强阿尔茨海默病(AD)相关表型的空间信息差异基因表达分析能力	阿尔茨海默病(AD)相关表型(β-淀粉样蛋白、神经纤维缠结密度和认知衰退)	生物信息学	阿尔茨海默病	空间转录组学(ST)、单核RNA测序(snRNA-seq)	线性混合模型	基因表达数据	436例死后大脑背外侧前额叶皮层(DLPFC)组织的约150万个细胞
231	2025-05-14	Huoxue Tongluo tablet enhances atherosclerosis efferocytosis by promoting the differentiation of Trem2+ macrophages via PPARγ signaling pathway 2025-May, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology IF:6.7Q1 DOI:10.1016/j.phymed.2025.156579 PMID:40068297	研究论文	本研究探讨了活血通络片通过PPARγ信号通路促进Trem2+巨噬细胞分化，从而增强动脉粥样硬化中巨噬细胞的胞葬作用	首次揭示了活血通络片对巨噬细胞亚群的调控作用及其促进胞葬活性的机制	研究主要基于动物模型，未涉及人体临床试验	评估活血通络片在单细胞水平上治疗动脉粥样硬化的效果和机制	ApoE⁻/⁻小鼠和巨噬细胞	心血管疾病	动脉粥样硬化	UPLC-MS/MS，单细胞测序，免疫组化，qPCR，流式细胞术，免疫荧光染色，Western blotting	动物模型	转录组数据，蛋白质表达数据	ApoE⁻/⁻小鼠（具体数量未提及）
232	2025-05-14	Irreversible electroporation combined with PD-L1/IL-6 dual blockade promotes anti-tumor immunity via cDC2/CD4+T cell axis in MHC-I deficient pancreatic cancer 2025-May-01, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2025.217620 PMID:40068706	research paper	研究探讨了不可逆电穿孔（IRE）联合PD-L1/IL-6双阻断如何通过cDC2/CD4+T细胞轴在MHC-I缺陷型胰腺癌中促进抗肿瘤免疫	揭示了IRE疗法后PD-L1阻断激活cDC2-CD4T细胞轴的机制，并提出PD-L1/IL-6双阻断联合消融治疗作为MHC-I缺陷型肿瘤的新治疗策略	研究主要基于临床样本和小鼠模型，尚未在人类临床试验中验证	探究MHC-I缺陷型胰腺癌中CD4T细胞的补偿性免疫反应机制及增强抗肿瘤免疫的新方法	胰腺导管腺癌（PDAC）患者样本和小鼠模型	肿瘤免疫学	胰腺癌	scRNA-seq, 流式细胞术	小鼠模型	基因表达数据, 流式细胞数据	临床样本和小鼠模型（具体数量未明确说明）
233	2025-05-14	UBE2C mediates follicular thyroid carcinoma invasion and metastasis via K29-Specific vimentin ubiquitination 2025-May-01, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2025.217624 PMID:40074069	研究论文	本研究揭示了UBE2C通过K29特异性波形蛋白泛素化在滤泡性甲状腺癌(FTC)侵袭和转移中的双重功能	首次阐明UBE2C在FTC中通过K29特异性波形蛋白泛素化调控肿瘤进展的分子机制，并发现其在不同肿瘤微环境中的双相作用	动物模型中UBE2C敲除导致的转移促进效应需要进一步机制研究	探究UBE2C在滤泡性甲状腺癌进展中的具体作用机制	滤泡性甲状腺癌细胞及动物模型	肿瘤分子生物学	甲状腺癌	单细胞RNA测序，泛素化分析	动物模型	基因表达数据	未明确说明样本数量
234	2025-05-14	Single-cell and spatial analyses reveal the effect of VSIG4+S100A10+TAMs on the immunosuppression of glioblastoma and anti-PD-1 immunotherapy 2025-May, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.142415 PMID:40127797	研究论文	本研究通过单细胞和空间分析揭示了VSIG4+S100A10+TAMs对胶质母细胞瘤免疫抑制和抗PD-1免疫治疗的影响	首次证明VSIG4S100A10TAM是胶质母细胞瘤预后不良的独立指标，并在抗PD-1免疫治疗无反应患者中显著积累	研究样本量较小（16例患者样本），可能影响结果的普遍性	探索巨噬细胞对胶质母细胞瘤免疫治疗疗效的影响	胶质母细胞瘤相关巨噬细胞（TAMs）	数字病理学	胶质母细胞瘤	bulk RNA-seq, scRNA-seq, 空间转录组学, 流式细胞术, 多重免疫荧光	NA	RNA-seq数据, 单细胞数据, 空间转录组数据	16例患者样本
235	2025-05-14	Pitaya stem polysaccharide promotes wound healing by modulating macrophage polarization via single-cell RNA sequencing evidence 2025-May, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.142653 PMID:40158567	研究论文	研究火龙果茎多糖（PSP）通过调节巨噬细胞极化促进伤口愈合的作用	首次利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术分析PSP对巨噬细胞极化的影响，揭示了PSP诱导M2巨噬细胞极化的独特转录特征	未提及样本量大小及具体实验设计细节	探究PSP通过调控巨噬细胞M2/M1极化促进伤口愈合的机制	巨噬细胞极化及皮肤伤口愈合过程	生物医学	皮肤创伤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	NA
236	2025-05-14	Inborn errors of immunity underlie clonal T cell expansions in large granular lymphocyte leukemia 2025-May-01, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI184431 PMID:40309770	research paper	该研究探讨了先天性免疫缺陷（IEI）在T细胞大颗粒淋巴细胞白血病（T-LGLL）中的作用，揭示了免疫缺陷特征与克隆性T细胞扩增之间的关联	首次在T-LGLL患者中发现高比例的先天性免疫缺陷基因变异，揭示了免疫缺陷与克隆性T细胞扩增之间的潜在机制	样本量相对有限（92例患者），且未对所有发现的基因变异进行功能验证	研究T-LGLL中克隆性T细胞扩增的潜在免疫缺陷基础	92例T-LGLL患者及其临床实验室数据	血液肿瘤学	T细胞大颗粒淋巴细胞白血病	全外显子测序、单细胞RNA测序、TCR测序	NA	基因组数据、转录组数据	92例患者（来自271例的队列）
237	2025-05-14	An overview of computational methods in single-cell transcriptomic cell type annotation 2025-May-01, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf207 PMID:40347979	综述	本文系统综述了基于单细胞RNA测序数据的细胞类型注释计算方法	全面比较和分类了多种细胞类型注释方法，并探讨了深度学习技术在开放世界框架中识别新细胞类型的潜力	主要关注数据不平衡导致的罕见细胞类型长尾分布问题	系统评估单细胞转录组数据中的细胞类型注释方法	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	监督学习, 深度学习	基因表达谱	NA
238	2025-05-14	Integration of Single-Cell RNA Sequencing Data and Bulk Sequencing Data to Characterise the CD8+ T-Cell Exhaustion Mediated Immune Microenvironment in CRC 2025-May, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70556 PMID:40356050	研究论文	通过整合单细胞RNA测序和批量测序数据，研究结直肠癌中CD8+ T细胞耗竭介导的免疫微环境	首次整合scRNA-seq和批量测序数据揭示MIF和CD99是CRC中CD8+ T细胞耗竭的关键调控因子，并开发了基于XGBoost的预后模型	未明确说明样本量大小及模型在独立队列中的验证情况	解析结直肠癌中CD8+ T细胞耗竭的分子机制并开发预后预测模型	结直肠癌组织中的CD8+ T细胞和上皮细胞	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 批量测序, CellMarker 2.0, scType, CellChat分析	XGBoost	RNA测序数据	NA
239	2025-05-14	SCGB3A1-Epi and KLK10-Epi Crosstalk With Fibroblasts Promotes Liver Metastasis of Breast Cancer and Pancreatic Ductal Adenocarcinoma 2025-May, Cancer medicine IF:2.9Q2 DOI:10.1002/cam4.70904 PMID:40357856	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序技术揭示了乳腺癌和胰腺导管腺癌肝转移的关键上皮细胞亚型及其与成纤维细胞的相互作用机制	首次鉴定出SCGB3A1-Epi和KLK10-Epi作为乳腺癌和PDAC肝转移的关键驱动亚型，并阐明了它们与成纤维细胞的特异性配体-受体相互作用	研究主要基于单细胞测序数据，需要进一步实验验证这些亚型的功能机制	探究乳腺癌和胰腺导管腺癌肝转移的细胞亚型及其作用机制	乳腺癌和胰腺导管腺癌(PDAC)的肝转移样本	癌症生物学	乳腺癌, 胰腺导管腺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞转录组数据	未明确说明样本数量
240	2025-05-14	Activated polyreactive B cells are clonally expanded in autoantibody positive and patients with recent-onset type 1 diabetes 2025-Apr-22, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115425 PMID:40117290	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和BCR测序技术，分析了1型糖尿病（T1D）患者及自身抗体阳性供体中外周血中胰岛抗原反应性B细胞的基因表达和克隆扩增情况	揭示了自身抗体阳性和新发T1D供体中胰岛抗原反应性B细胞的基因表达变化和克隆扩增现象，并发现这些B细胞中多反应性细胞的比例显著增加	样本来源仅限于外周血，未直接分析胰腺组织中的B细胞	探究1型糖尿病中自身反应性B细胞的作用及其特征	非糖尿病自身抗体阴性一级亲属、自身抗体阳性供体和新发T1D供体的外周血胰岛抗原反应性B细胞	免疫学	1型糖尿病	单细胞RNA测序，BCR测序	NA	基因表达数据，BCR序列数据	未明确说明具体样本数量，涉及三类供体（非糖尿病自身抗体阴性一级亲属、自身抗体阳性供体和新发T1D供体）