本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!


除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 221 | 2026-05-17 |
Fosb promotes ferroptosis in vascular smooth muscle cells via the NF-κB pathway to exacerbate abdominal aortic aneurysm progression
2026-Aug, Cellular signalling
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.cellsig.2026.112544
PMID:42013987
|
研究论文 | 本研究揭示了Fosb通过NF-κB通路促进血管平滑肌细胞铁死亡,从而加剧腹主动脉瘤进展的机制 | 首次发现Fosb作为平滑肌细胞表型转换的关键驱动因子,通过激活NF-κB通路触发铁死亡,促进AAA发展 | 仅通过细胞和动物模型验证,缺乏大规模临床样本验证;未探索Fosb在AAA中的其他潜在信号通路 | 阐明Fosb在腹主动脉瘤进展中通过平滑肌细胞表型转换和铁死亡调控的分子机制 | 腹主动脉瘤患者的单细胞RNA测序数据、T/G HA-VSMC人类血管平滑肌细胞、ApoE-/-小鼠AAA模型 | 机器学习 | 腹主动脉瘤 | 单细胞RNA测序、qRT-PCR、蛋白质印迹、ELISA、组织学染色 | NA | 基因表达数据、蛋白质表达数据、细胞图像 | AAA患者scRNA-seq数据(具体样本量未明确)、T/G HA-VSMC细胞系、ApoE-/-小鼠(具体数量未提及) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 222 | 2026-05-17 |
RARG promotes gastric cancer progression by activating PMEPA1 transcription and Wnt/β-catenin signalling
2026-Aug, Cellular signalling
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.cellsig.2026.112552
PMID:42025891
|
研究论文 | 揭示RARG通过转录激活PMEPA1及增强Wnt/β-catenin信号通路促进胃癌进展的机制 | 首次发现RARG作为PMEPA1的转录调节因子,并通过双重机制(激活PMEPA1转录和直接结合β-catenin)促进胃癌进展 | 研究未提及具体局限性 | 探究RARG在胃癌中的功能及其调控机制 | 胃癌细胞及胃癌组织样本 | 机器学习 | 胃癌 | CUT&Tag测序, 单细胞RNA测序, 蛋白质印迹法, 免疫组化 | NA | 基因表达数据, 蛋白质表达数据 | 具体样本量未在标题和摘要中提及 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序系统 |
| 223 | 2026-05-17 |
PHC2 promotes hepatocellular carcinoma progression and serves as a robust prognostic biomarker: A pancancer multiomics and clinical validation study
2026-Aug, Cellular signalling
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.cellsig.2026.112555
PMID:42025893
|
研究论文 | 通过泛癌多组学分析和临床验证,揭示PHC2在肝细胞癌中促进肿瘤进展并作为稳健的预后生物标志物 | 首次系统阐明PHC2在肝细胞癌中的表达模式、预后价值及致癌作用,并结合多组学数据、临床组织芯片和体内外实验进行验证 | 研究未明确PHC2与巨噬细胞浸润相关性背后的具体机制,且临床验证样本量有限 | 探究PHC2在肝细胞癌进展中的临床意义和生物学功能 | 肝细胞癌患者样本和细胞系 | 机器学习 | 肝细胞癌 | 多组学分析、单细胞RNA测序、组织芯片免疫组化 | NA | 多组学数据和图像 | 94例肝细胞癌患者样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 224 | 2026-05-17 |
Quercetin targets the TNF-a/TNF pathway to activate mitochondrial autophagy to improve nucleus pulposus cell function and delay disc degeneration
2026-Aug, Tissue & cell
IF:2.7Q3
DOI:10.1016/j.tice.2026.103468
PMID:41880862
|
research paper | 研究槲皮素通过靶向TNF-α/TNF通路激活线粒体自噬以改善髓核细胞功能并延缓椎间盘退变 | 首次揭示了槲皮素通过干预TNF信号调控线粒体自噬平衡来逆转髓核细胞纤维化表型转化的完整机制链条,并构建了“成分-靶点-表型”的证据链 | 研究主要基于体外细胞模型和大鼠模型,缺乏大规模临床样本验证,且槲皮素的具体分子靶点相互作用网络需进一步细化 | 探究槲皮素通过干扰TNF信号调控线粒体自噬延缓椎间盘退变的分子机制 | 髓核细胞、巨噬细胞以及椎间盘退变大鼠模型 | 生物信息学 | 椎间盘退变 | 单细胞测序、转录组分析、分子对接、动物模型验证 | NA | 基因表达数据、单细胞测序数据、病理图像 | 未明确提及具体样本量,涉及大鼠模型和细胞实验 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 225 | 2026-05-17 |
CLIC5B attenuates pro-inflammatory fibroblast migration through inhibition of the CLIC1/CLIC4-PIP5K1 axis
2026-Aug, Tissue & cell
IF:2.7Q3
DOI:10.1016/j.tice.2026.103493
PMID:41922125
|
研究论文 | 本研究揭示了CLIC5B通过抑制CLIC1/CLIC4-PIP5K1轴来减弱促炎性成纤维细胞迁移的机制 | 首次发现CLIC5B在类风湿关节炎滑膜组织中显著下调,并阐明其作为负调控因子通过CLIC1/CLIC4-PIP5K1轴抑制成纤维细胞迁移的新机制 | NA | 探究CLIC5在类风湿关节炎滑膜及成纤维细胞功能中的作用及其调控机制 | 类风湿关节炎患者的滑膜组织和成纤维样滑膜细胞 | 生物信息学 | 类风湿关节炎 | RNA-seq | NA | 基因表达数据 | 多个公共数据库的bulk和单细胞RNA测序数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 226 | 2026-05-17 |
Identification of key driver genes in idiopathic pulmonary arterial hypertension by single-cell RNA sequencing and experimental validation
2026-Jul-09, Biochemical and biophysical research communications
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.bbrc.2026.153869
PMID:42068750
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序和实验验证鉴定特发性肺动脉高压的关键驱动基因 | 结合单细胞RNA测序分析与体内外实验验证,识别出四个关键枢纽基因(COL1A1、MYL9、COL1A2和TPM2),并在肺动脉高压大鼠模型中验证了其促进肺动脉平滑肌细胞增殖和迁移的作用 | 仅使用一个公共数据集进行分析,且体外敲低实验仅针对HMGB1诱导的细胞增殖和迁移,未全面探索其他通路或细胞类型 | 鉴定特发性肺动脉高压的关键驱动基因并阐明其分子机制 | 特发性肺动脉高压患者肺组织样本及单细胞RNA测序数据,以及单克隆碱诱导的肺动脉高压大鼠模型 | 生物信息学 | 肺动脉高压 | 单细胞RNA测序、实时定量PCR、蛋白质印迹、siRNA敲低 | NA | 基因表达数据 | 一个公共数据集(GSE169471),包含肺动脉高压患者和对照样本;大鼠模型样本数量未明确 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | GSE169471数据集来源平台未在摘要中说明 |
| 227 | 2026-05-17 |
Integrated single-cell transcriptomics and in vivo investigation reveal the role of ANXA1 in intestinal barrier dysfunction during heat stroke by mediating neutrophil-monocyte interaction and regulating the TLR4/ERK/NF-κB pathway
2026-Jul-09, Biochemical and biophysical research communications
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.bbrc.2026.153873
PMID:42070539
|
研究论文 | 通过整合单细胞转录组学和体内实验,揭示了ANXA1在中暑诱导肠屏障功能障碍中的作用机制 | 首次发现ANXA1通过介导中性粒细胞-单核细胞相互作用并调控TLR4/ERK/NF-κB通路保护中暑诱导的肠屏障功能障碍 | NA | 探究ANXA1在中暑诱导肠屏障功能障碍中的作用 | 中暑患者和健康对照的scRNA-seq数据,以及中暑小鼠模型 | 机器学-习 | 中暑 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 中暑患者和健康对照的scRNA-seq数据,以及中暑小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 228 | 2026-05-17 |
Endothelial-perivascular mural partitioning and multicellular signaling in injury-associated corneal neovascularization
2026-Jul, Experimental eye research
IF:3.0Q1
DOI:10.1016/j.exer.2026.111039
PMID:42055274
|
研究论文 | 利用单细胞RNA测序分析创伤后角膜新生血管中内皮-血管周壁分层和多细胞信号传导 | 首次通过单细胞RNA测序揭示创伤性角膜新生血管中内皮细胞和血管周细胞两种主要血管状态,并系统分析其与周围多种细胞群的配体-受体信号交互 | 仅使用兔模型,样本时间点为创伤后2周,可能未涵盖新生血管的完整动态过程 | 表征创伤性角膜新生血管的细胞异质性和多细胞信号传导机制 | 兔角膜内皮细胞和血管周细胞 | 数字病理学 | 角膜新生血管 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞基因表达数据 | 2只兔角膜(正常组和创伤组各1只) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 229 | 2026-05-17 |
Integration of Flow Cytometry and Single-Cell RNA Sequencing Analysis to Explore the Fibroblast Subpopulations in Keloid that Correlate with Recurrence
2026-Jun, Advances in wound care
IF:5.8Q1
DOI:10.1089/wound.2024.0262
PMID:40177712
|
研究论文 | 整合流式细胞术和单细胞RNA测序分析,探索与瘢痕疙瘩复发相关的成纤维细胞亚群 | 揭示了成纤维细胞分子表型和功能异质性对瘢痕疙瘩复发的影响 | NA | 鉴定与瘢痕疙瘩复发相关的关键致病靶细胞亚群 | 瘢痕疙瘩组织和正常组织中的成纤维细胞亚群 | 机器学习 | 瘢痕疙瘩 | 单细胞RNA测序, 流式细胞术 | NA | 基因表达数据, 流式细胞术数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 230 | 2026-05-17 |
Curcumin Targets Crispld2 to Suppress Hepatic Stellate Cell Activation via PI3K/AKT Pathway Inhibition in Hepatic Fibrosis
2026-Jun, Liver international : official journal of the International Association for the Study of the Liver
IF:6.0Q1
DOI:10.1111/liv.70696
PMID:42130159
|
研究论文 | 该研究通过单细胞RNA测序等技术,发现姜黄素通过靶向Crispld2并抑制PI3K/AKT通路来抑制肝星状细胞活化,从而缓解肝纤维化 | 首次利用单细胞RNA测序结合体内外实验,揭示姜黄素通过Crispld2/PI3K/AKT轴抑制肝星状细胞活化的新机制,为肝纤维化治疗提供了新靶点 | 未提及具体局限性 | 阐明姜黄素在肝纤维化中的分子机制及其抗纤维化作用 | 肝纤维化小鼠模型和LX-2肝星状细胞系 | 机器学习 | 肝纤维化 | 单细胞RNA测序 | NA | 文本 | NA(涉及小鼠模型和细胞系,但未给出具体数量) | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序 |
| 231 | 2026-05-17 |
Scientific highlights and perspectives from the International Inflammatory Breast Cancer Symposium 2025
2026-May-15, Cancer
IF:6.1Q1
DOI:10.1002/cncr.70447
PMID:42133847
|
综述 | 总结了2025年国际炎性乳腺癌研讨会的主要科学亮点和未来研究视角 | 聚焦肿瘤栓子形成与微环境互作、分子免疫图谱指导个体化治疗、新型药物与合理联合策略,以及空间转录组学、人工智能和液体活检等前沿技术 | 未提及具体研究数据或实验验证,仅基于专家讨论和共识 | 描述炎性乳腺癌的生物学机制、治疗策略及新兴技术进展,明确研究和临床优先事项 | 炎性乳腺癌患者及肿瘤样本 | 机器学习, 数字病理学 | 炎性乳腺癌 | 空间转录组学, 液体活检 | NA | 文本 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 232 | 2026-05-17 |
Glomerular endothelial rarefaction associated with hypoxic neutrophils marks renal pathology activity in lupus nephritis
2026-May-15, Arthritis & rheumatology (Hoboken, N.J.)
DOI:10.1002/art.70220
PMID:42138328
|
研究论文 | 本研究利用空间转录组学分析狼疮性肾炎患者肾组织中的缺氧及免疫介导损伤,并揭示缺氧中性粒细胞与肾小球内皮稀疏的相关性 | 首次将空间转录组学与多重循环免疫荧光相结合,系统探究狼疮性肾炎中肾小球缺氧与中性粒细胞NETosis的关联,并揭示其与病理活动指数的相关性 | 未提及具体局限性 | 探究狼疮性肾炎患者肾组织中缺氧和免疫介导损伤的空间转录组特征 | 狼疮性肾炎患者与肾移植健康对照的肾活检组织 | 数字病理学 | 狼疮性肾炎 | 空间转录组学、多重循环免疫荧光、ELISA | NA | 基因表达数据、图像数据 | 狼疮性肾炎患者肾活检样本及肾移植对照样本 | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | 10x Visium空间转录组学分析 |
| 233 | 2026-05-17 |
Bridging Kidney Organoid Innovation and Regenerative Medicine: Current Advances and Future Directions
2026-May-15, Cell proliferation
IF:5.9Q2
DOI:10.1111/cpr.70228
PMID:42138431
|
review | 这篇综述总结了肾脏类器官在发育、疾病机制、药物发现及再生医学中的最新进展,并讨论了其在临床应用中的挑战与未来方向 | 强调生物工程调控与高分辨率功能评估的融合是实现类器官复杂性和生理效用的同步提升的关键范式转变 | 当前优化框架主要集中于提高分化效率和限制谱系定型,不足以弥合临床转化的差距 | 综述肾脏类器官从实验室到再生医学的转化现状及未来策略 | 肾脏类器官 | 机器学习和数字病理学 | 慢性肾病 | 单细胞转录组学 | NA | NA | NA | NA | 单细胞转录组学 | NA | NA |
| 234 | 2026-05-17 |
Corrigendum to 'Multiomic, Histologic, and scRNA-seq Profiling of Pleural Mesothelioma Reveals Negative Prognosis Associated With a Novel Uncommitted Molecular Phenotype' [Journal of Thoracic Oncology Volume 21 Issue 4 (2026) 103529]
2026-May-15, Journal of thoracic oncology : official publication of the International Association for the Study of Lung Cancer
IF:21.0Q1
DOI:10.1016/j.jtho.2026.103915
PMID:42138664
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 235 | 2026-05-17 |
Fibrosis as the Engine of Kidney Functional Decline: Donald W. Seldin Young Investigator Award Lecture
2026-May-15, Journal of the American Society of Nephrology : JASN
IF:10.3Q1
DOI:10.1681/ASN.0000001154
PMID:42138991
|
综述 | 本文总结了肾小管间质纤维化作为慢性肾病进展关键驱动因素的机制,并讨论了单细胞转录组学、空间转录组学及肾脏类器官技术如何加速抗纤维化药物开发 | 系统整合了高分辨率转录组学与人类多能干细胞衍生的肾脏类器官模型,阐述了它们在验证抗纤维化靶点中的协同作用 | 未提供具体定量数据或荟萃分析结果,对新兴技术(如空间转录组学)的局限性讨论较少 | 阐明肾纤维化机制并探索加速抗纤维化药物发现的技术路径 | 肾小管上皮细胞、肌成纤维细胞、周细胞、细胞外基质及微血管系统 | 数字病理学 | 慢性肾病 | 单细胞RNA测序、空间转录组学、类器官培养、NA | NA | 转录组数据、组织图像 | NA | 10x Genomics, NA, NA | 单细胞RNA测序、空间转录组学、NA | 10x Chromium, 10x Visium, NA | 10x Chromium单细胞3'端测序, 10x Visium空间转录组学, NA |
| 236 | 2026-05-17 |
Cooperative response loops enhanced by histamine signaling during tumor-neutrophil crosstalk in pleural mesothelioma
2026-May-14, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2026.117361
PMID:42139053
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 237 | 2026-05-17 |
Balancing off-target and on-target considerations for optimized CRISPR-Cas9 knockout library design
2026-May-13, Cell genomics
IF:11.1Q1
DOI:10.1016/j.xgen.2026.101190
PMID:41887225
|
研究论文 | 提出一种平衡脱靶与靶向效应的CRISPR-Cas9敲除文库优化设计策略,构建并验证了Jacquere和Julianna文库 | 首次提出同时权衡脱靶活性与靶向效率的筛选策略,避免过度排除高效靶向gRNA,并创建了更新的人源和鼠源全基因组敲除文库 | 未提及具体验证实验的局限性或可能存在的偏差 | 优化CRISPR-Cas9敲除文库设计,平衡脱靶与靶向效应,支持高通量功能基因组筛选 | 人类和小鼠基因组中的gRNA设计 | 机器学习 | NA | CRISPR-Cas9 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 238 | 2026-05-17 |
Comparison between a conventional tool and deep learning models for RNA velocity analysis of scRNA-Seq data
2026-May-13, Molecular genetics and genomics : MGG
IF:2.3Q3
DOI:10.1007/s00438-026-02429-9
PMID:42126634
|
研究论文 | 系统比较经典RNA速度分析工具scVelo与多种深度学习方法(如DeepVelo、VeloVI等)在单细胞RNA测序数据上的性能 | 首次全面评估基于变分自编码器的深度学习方法在RNA速度分析中的优势,包括方向一致性和轨迹连续性 | 深度学习方法计算需求高且依赖准确的剪接定量 | 评估深度学习RNA速度工具相比经典动力学模型的性能优势 | 公开单细胞RNA测序数据集(GSE149689和GSE203233) | 机器学习 | NA | RNA-seq, 单细胞RNA测序 | 变分自编码器 | 基因表达数据 | 两个公开数据集(GSE149689和GSE203233) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 239 | 2026-05-17 |
Dissecting and steering cell dynamics using spatially-informed RNA velocity with veloAgent
2026-May-06, Molecular systems biology
IF:8.5Q1
DOI:10.1038/s44320-026-00213-w
PMID:42092184
|
研究论文 | 提出veloAgent框架,利用空间信息增强RNA速度推断,实现大规模空间转录组数据的细胞动态分析 | 首次整合空间信息到RNA速度推断中,通过基于智能体的模拟整合局部微环境;引入原位扰动模块实现细胞命运调控的模拟预测;实现亚线性内存扩展支持大规模数据集高效分析 | 未提及实际应用验证或与其他方法在多个数据集上的全面基准测试结果 | 开发可扩展的框架以解析空间解析的细胞动态并指导细胞命运操控 | 单细胞转录组中剪接和未剪接mRNA数据以及空间转录组数据 | 计算生物学 | NA | RNA-seq | 生成模型, 智能体模型 | 转录组数据, 空间数据 | 大规模多批次空间数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 240 | 2026-05-17 |
Cardiomyocyte-Specific Plakophilin-2 Loss Is Sufficient to Induce Aging and Senescence of Nonmyocytes: Relevance to Arrhythmogenic Cardiomyopathy
2026-May-05, Journal of the American Heart Association
IF:5.0Q1
DOI:10.1161/JAHA.125.047447
PMID:42047205
|
研究论文 | 仅心肌细胞特异性缺失PKP2足以诱发非心肌细胞的衰老与早衰,与致心律失常性心肌病的相关性研究 | 首次将细胞衰老和早衰与桥粒致心律失常性心肌病联系起来 | 未明确说明 | 验证仅心肌细胞中的PKP2缺失是否足以诱发非心肌细胞的过早衰老和促炎性衰老 | 心肌细胞特异性PKP2条件性敲除小鼠 | 分子生物学 | 致心律失常性心肌病 | 空间转录组学、多重成像、表观遗传钟、扩张显微镜、结构化照明显微镜、细胞因子阵列 | 条件性基因敲除小鼠模型 | 影像数据、转录组数据、蛋白质组数据 | 小鼠(具体数量未提及) | NA | 空间转录组学 | NA | NA |