单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
221	2025-07-26	Subtypes and proliferation patterns of small intestine neuroendocrine tumors revealed by single-cell RNA sequencing 2025-Jul-23, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.101153 PMID:40699214	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示了小肠神经内分泌肿瘤的亚型和增殖模式	首次使用单细胞或单核RNA测序技术对低级别小肠神经内分泌肿瘤（SiNET）样本进行分析，揭示了两种不同的亚型，并发现神经内分泌细胞在两种亚型中均呈现非增殖状态，而B细胞和浆细胞在上皮样SiNET亚型中高度增殖	样本量较小，仅分析了10个SiNET样本和1个混合肺肿瘤样本	深入了解神经内分泌肿瘤的生物学特性，包括其肿瘤发生、肿瘤组成和混合神经内分泌非神经内分泌肿瘤（MiNEN）的现象	低级别小肠神经内分泌肿瘤（SiNET）和混合肺肿瘤	数字病理学	神经内分泌肿瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）或单核RNA测序（snRNA-seq）	NA	RNA测序数据	10个SiNET样本和1个混合肺肿瘤样本
222	2025-07-26	Multi-omic Data Integration Reveals Drug Targets of Skin Fibrosis 2025-Jul-23, Current medicinal chemistry IF:3.5Q2 DOI:10.2174/0109298673379521250630140948 PMID:40708517	研究论文	该研究通过多组学数据整合揭示了皮肤纤维化的药物靶点	首次在系统、局部和单细胞水平上通过双样本孟德尔随机化研究确定了瘢痕亚型特异性靶点，特别是NUDT2和PARK7	需要多民族队列研究来验证靶点的普遍性	寻找针对不同类型瘢痕（正常瘢痕、增生性瘢痕和瘢痕疙瘩）的药物靶点	正常瘢痕(NS)、增生性瘢痕(HS)和瘢痕疙瘩	生物信息学	皮肤纤维化	双样本孟德尔随机化(MR)、单细胞RNA测序	NA	多组学数据（蛋白质、mRNA、组织、单细胞）	来自DECODE、EQTLGen、GTEx、ScQTLbase和FinnGen数据库的数据
223	2025-07-26	BMP-2 generates a functional bone marrow niche by inducing the differentiation of local mesenchymal cells into CAR cells 2025-Jul-22, Blood advances IF:7.4Q1 DOI:10.1182/bloodadvances.2024014062 PMID:40080674	研究论文	研究BMP-2诱导的异位骨髓（BMP-eBM）是否能够提供与天然骨髓相似的功能性骨髓微环境	首次证明BMP-eBM能够支持造血干细胞和CAR细胞，并可作为功能性造血器官移植	研究主要在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探索BMP-2在生成功能性异位骨髓中的作用及其潜在应用	BMP-2诱导的异位骨髓（BMP-eBM）及其微环境	生物医学工程	骨髓相关疾病	单细胞RNA测序和移植模型	NA	RNA测序数据和移植实验数据	小鼠模型
224	2025-07-26	Cytokine-induced reprogramming of human macrophages toward Alzheimer's disease-relevant molecular and cellular phenotypes in vitro 2025-Jul-22, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115909 PMID:40570367	研究论文	研究探讨了细胞因子混合物对人类THP-1巨噬细胞的重新编程，使其表现出与阿尔茨海默病相关的分子和细胞表型	首次使用细胞因子混合物（IL-4、CSF1、IL-34和TGF-β）成功将人类THP-1巨噬细胞重编程为与阿尔茨海默病相关的表型	研究仅限于体外模型，未在体内验证	探究细胞因子对巨噬细胞重编程的作用及其在神经退行性疾病中的潜在应用	人类THP-1巨噬细胞	神经科学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序、转录组分析	NA	基因表达数据	NA
225	2025-07-26	Gene-regulatory programs that specify age-related differences during thymocyte development 2025-Jul-22, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115903 PMID:40570375	研究论文	本研究构建了新生和成年小鼠T细胞发育程序的转录和染色质可及性图谱，揭示了不同基因调控程序的个体发育及其与年龄相关差异的联系	识别了一个从发育早期阶段就随年龄变化的基因模块，并揭示了新生小鼠在早期胸腺细胞发育阶段具有更高的染色质可及性	研究仅基于小鼠模型，结果是否适用于人类尚需进一步验证	探索T细胞发育过程中年龄相关差异的基因调控机制	新生和成年小鼠的T细胞	免疫学	NA	单细胞RNA测序、CRISPR扰动技术	NA	转录组数据、染色质可及性数据	新生和成年小鼠的T细胞样本
226	2025-07-26	Evolution of SARS-CoV-2 T cell responses as a function of multiple COVID-19 boosters 2025-Jul-22, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115907 PMID:40580476	研究论文	研究探讨了多次COVID-19疫苗接种对适应性免疫的长期影响	首次通过3年跟踪研究揭示了多次疫苗接种后T细胞反应的稳定性和多样性	样本量较小(78人)，且仅针对无症状感染者	评估COVID-19疫苗加强针接种对免疫系统的长期影响	78名未报告症状性感染的个体	免疫学	COVID-19	单细胞RNA测序	NA	免疫反应数据	78名未感染症状的个体
227	2025-07-26	Lymph node fibroblast phenotypes and immune crosstalk regulated by podoplanin activity 2025-Jul-22, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115908 PMID:40581928	研究论文	研究探讨了淋巴节点中成纤维细胞表型及免疫细胞间相互作用受podoplanin活性调控的机制	首次直接测试了PDPN信号在成年淋巴节点成纤维网状细胞中的需求，揭示了PDPN缺失如何增加炎症信号并破坏基质-免疫细胞间的稳态和适应性免疫反应中的交流	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚待验证	探索PDPN在淋巴节点成纤维细胞功能和免疫调控中的作用	淋巴节点中的成纤维网状细胞(FRCs)及其与免疫细胞的相互作用	免疫学	NA	条件性体内删除模型PDGFRα, 单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据	NA
228	2025-07-26	Ex vivo model of functioning human lymph node reveals role for innate lymphocytes and stroma in response to vaccine adjuvant 2025-Jul-22, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115938 PMID:40608517	研究论文	本文描述了一种精确切割的人类淋巴结切片模型，用于研究疫苗佐剂在淋巴组织中的免疫激活过程	开发了一种保留结构完整性的全器官横截面模型系统，结合单细胞转录组学和多重成像技术，揭示了先天淋巴细胞和基质在疫苗佐剂反应中的作用	模型可能无法完全模拟体内复杂环境，研究仅关注早期炎症反应	阐明人类对疫苗佐剂的免疫反应机制	人类淋巴结组织及其免疫细胞	免疫学	NA	单细胞转录组学、多重成像	精确切割的人类淋巴结切片模型	转录组数据、图像数据	未明确说明样本数量的人类淋巴结组织
229	2025-07-26	Controlling mitochondrial membrane architecture via MIC60 determines viral replication to promote anti-viral immunity 2025-Jul-22, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115922 PMID:40628273	研究论文	探讨线粒体内膜结构对病毒复制及抗病毒免疫的影响	揭示了线粒体内膜结构（特别是FF ATP合成酶和MICOS复合物）与病毒复制及免疫激活之间的新联系	研究主要基于小鼠模型和特定细胞类型（树突状细胞），结果在人类或其他细胞类型中的普适性尚需验证	研究线粒体结构如何影响病毒复制和免疫反应	线粒体内膜结构、病毒复制、免疫反应	细胞生物学	病毒感染	单细胞转录组学、基因敲除小鼠模型	Mic60CD11c-Cre小鼠模型	基因表达数据	NA
230	2025-07-26	Horizontal gene transfer-mediated enhancement of gut antifungal defense facilitates host plant adaptation in an invasive pest 2025-Jul-22, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115970 PMID:40638393	研究论文	本文研究了入侵性害虫通过水平基因转移（HGT）获得几丁质酶基因（HcuChiA）以增强肠道抗真菌防御能力，从而促进对新宿主水杉的适应	揭示了HGT来源的酶通过增强免疫防御促进入侵性害虫的宿主扩展，为多宿主适应和HGT的进化意义提供了新见解	未明确说明实验样本的具体数量或范围	探究水平基因转移在入侵性害虫适应新宿主中的作用机制	入侵性害虫美国白蛾（Hyphantria cunea）及其新宿主水杉（Metasequoia glyptostroboides）	进化生物学	NA	比较转录组学、单细胞转录组学、系统发育分析、RNAi敲除	NA	基因表达数据	五种宿主植物和一种人工饲料
231	2025-07-26	Integrating transcriptomics, network analysis, and single-cell RNA sequencing to identify and validate key target genes of gynostemma in the treatment of non-alcoholic fatty liver disease 2025-Jul-22, European journal of pharmaceutical sciences : official journal of the European Federation for Pharmaceutical Sciences IF:4.3Q1 DOI:10.1016/j.ejps.2025.107214 PMID:40706769	研究论文	本研究通过整合转录组学、网络分析和单细胞RNA测序技术，探索了绞股蓝在非酒精性脂肪肝病（NAFLD）治疗中的靶基因及其作用机制	结合多种生物信息学方法和单细胞RNA测序技术，首次系统地鉴定了绞股蓝在NAFLD治疗中的关键靶基因PIM1、TYMS和SLC29A1，并验证了其调控机制	研究主要基于体外细胞模型和生物信息学分析，缺乏体内动物实验验证	探索绞股蓝治疗非酒精性脂肪肝病的分子机制和潜在靶点	绞股蓝活性代谢物在NAFLD中的靶基因	生物信息学	非酒精性脂肪肝病	RNA-seq, 单细胞RNA测序, WGCNA, 机器学习算法, RT-qPCR	NA	基因表达数据	涉及2569个差异表达基因、1279个关键模块基因和532个靶基因的分析，使用HepG2、HuH7和QSG7701细胞系进行体外验证
232	2025-07-26	Single cell sequencing deciphering the heterogeneous landscape of blastic plasmacytoid dendritic cell neoplasm with novel MYB-ZFAT fusion gene 2025-Jul-21, Cancer cell international IF:5.3Q1 DOI:10.1186/s12935-025-03899-4 PMID:40691845	research paper	该研究通过单细胞测序揭示了浆细胞样树突状细胞肿瘤（BPDCN）的异质性景观，并发现了一种新的MYB-ZFAT融合基因	发现了一种新的MYB-ZFAT融合基因，并揭示了BPDCN的细胞群体多样性，挑战了单一细胞类型的理论	NA	探索BPDCN的分子基础及其细胞群体多样性	浆细胞样树突状细胞肿瘤（BPDCN）患者	digital pathology	blood cancer	single-cell sequencing, FACS immunophenotyping, karyotype analysis, transcriptome and protein structure analysis	NA	clinical samples, histology, sequencing data	NA
233	2025-07-26	Predictive model for proliferative diabetic retinopathy using single-cell transcriptomics 2025-Jul-21, Experimental eye research IF:3.0Q1 DOI:10.1016/j.exer.2025.110536 PMID:40701535	研究论文	本研究利用单细胞转录组学数据开发了一个预测增生性糖尿病视网膜病变（PDR）的模型，并探索了其分子机制	首次整合了PDR患者的纤维血管膜（FVMs）和健康供体视网膜的单细胞RNA测序数据，开发了基于机器学习的预测模型	样本量较小，仅包含9例PDR患者的FVMs数据	探索PDR的细胞和分子机制，并开发预测模型用于PDR的检测和监测	PDR患者的纤维血管膜（FVMs）和健康供体的视网膜	数字病理学	糖尿病视网膜病变	scRNA-seq	机器学习模型	基因表达数据	9例PDR患者的FVMs和健康供体的视网膜数据
234	2025-07-26	HSD17B2 serves as a novel tumor-suppressive regulator in colorectal cancer progression 2025-Jul-21, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2025.152396 PMID:40706248	研究论文	本研究通过综合分析转录组数据集，发现HSD17B2在结直肠癌中作为新型肿瘤抑制因子发挥作用	首次发现HSD17B2在结直肠癌中作为肿瘤抑制因子的作用，并通过多种分析方法验证其功能	研究主要基于体外细胞实验和动物模型，尚未进行大规模临床验证	探索结直肠癌发病机制中的关键分子特征	结直肠癌组织样本、人类结直肠癌细胞系(Caco-2、HT-29和HCT-116)和AOM/DSS诱导的小鼠结直肠癌模型	癌症生物学	结直肠癌	转录组分析、差异表达分析、加权基因共表达网络分析(WGCNA)、单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	转录组数据、单细胞RNA测序数据	多个GEO数据集(GSE103512、GSE39923、GSE44076、GSE68468、GSE221575)和三种人类结直肠癌细胞系
235	2025-07-26	MeCP2 dysregulation inhibits mitophagy and impairs neural development in cortical organoids 2025-Jul-19, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2025.07.035 PMID:40691988	研究论文	本研究探讨了MeCP2在调控线粒体自噬中的作用及其功能障碍如何导致神经发育异常	揭示了MeCP2通过调控BNIP3L表达来调节线粒体自噬的新机制	研究仅基于皮质类器官模型，未在体内验证	探索MeCP2调控线粒体自噬的分子机制及其在神经发育异常中的作用	MeCP2突变诱导多能干细胞(iPSCs)衍生的皮质类器官(COs)	神经科学	神经发育障碍	CRISPR-Cas9, 单细胞RNA测序	皮质类器官模型	基因表达数据	MeCP2突变iPSCs衍生的皮质类器官
236	2025-07-26	A cluster-based cell-type deconvolution of spatial transcriptomic data 2025-Jul-19, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkaf714 PMID:40705925	研究论文	本文介绍了一种基于聚类的空间转录组数据去卷积方法DECLUST，用于准确估计细胞类型组成	DECLUST方法通过结合基因表达和空间坐标识别空间聚类，保留组织空间结构，并在聚类水平进行去卷积，克服了传统方法在低表达水平和忽视空间关系方面的限制	方法仅在人类乳腺癌、卵巢癌和小鼠脑组织的ST数据集上进行了评估，尚未在其他组织类型中验证	开发一种更准确和稳健的空间转录组数据去卷积方法	空间转录组数据中的细胞类型组成	数字病理学	乳腺癌, 卵巢癌	空间转录组学(ST)	聚类算法	空间转录组数据	模拟的人类乳腺癌组织数据集和两个真实ST数据集（人类卵巢癌和小鼠脑组织）
237	2025-07-26	VEGFA and APOE regulate distinct functional states of mast cells in hepatocellular carcinoma: A single-cell transcriptome analysis 2025-Jul-18, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.146131 PMID:40683486	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析揭示了肝细胞癌中肥大细胞的异质性及其对预后的影响	首次鉴定出四种功能不同的肿瘤相关肥大细胞亚群，并揭示了APOE和VEGFA在调节肥大细胞功能状态中的关键作用	样本量相对有限，需要更大规模的队列验证	探究肝细胞癌中肥大细胞的异质性及其对预后的影响	肝细胞癌患者肿瘤组织和癌旁组织中的肥大细胞	肿瘤免疫学	肝细胞癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、多重免疫组化(mIHC)	NA	单细胞转录组数据、免疫组化数据	32例HCC患者的肿瘤组织和5例患者的癌旁组织(单细胞测序)，90对肿瘤和癌旁组织(mIHC验证)
238	2025-07-26	Pathogenesis of Graves' Disease Determined Using Single-Cell Sequencing with Thyroid Autoantigen Peptide Stimulation in B Cells 2025-Jul-17, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells14141102 PMID:40710355	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术评估Graves病患者外周血单个核细胞和甲状腺内单个核细胞中的B细胞，通过甲状腺自身抗原肽刺激揭示B细胞反应差异	首次在Graves病中应用单细胞RNA测序结合甲状腺自身抗原肽刺激技术分析B细胞反应特征	样本来源限于接受甲状腺切除术的患者，可能无法完全代表所有Graves病患者	阐明Graves病发病机制中B细胞对甲状腺自身抗原的应答特征	Graves病患者的B细胞（来自外周血和甲状腺组织）	免疫学	Graves病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	接受甲状腺切除术的Graves病患者样本（具体数量未明确说明）
239	2025-07-26	Recreating pathophysiology of CLN2 disease and demonstrating reversion by TPP1 gene therapy in hiPSC-derived retinal organoids and retina-on-chip 2025-Jul-16, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2025.102244 PMID:40706588	研究论文	该研究利用hiPSC衍生的视网膜类器官和视网膜芯片系统，建立了CLN2疾病的体外模型，并展示了AAV介导的TPP1基因治疗的潜力	创新性地建立了人类相关的微生理视网膜疾病模型，揭示了CLN2病理生理学的新机制，并证明了AAV9.hCLN2基因治疗的潜力	研究仅基于体外模型，尚未在体内或临床试验中验证	研究CLN2疾病的病理生理学并探索基因治疗方法	hiPSC衍生的视网膜类器官、视网膜色素上皮细胞和视网膜芯片系统	基因治疗	神经元蜡样脂褐质沉积症2型(CLN2)	单细胞RNA测序、AAV介导的基因治疗	视网膜类器官模型、视网膜芯片系统	基因表达数据、组织学数据	NA
240	2025-07-26	Interferon-responsive HEVs drive tumor tertiary lymphoid structure formation and predict immunotherapy response in nasopharyngeal carcinoma 2025-Jul-15, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2025.102200 PMID:40543508	研究论文	该研究通过整合空间转录组学和泛癌单细胞图谱，揭示了鼻咽癌中三级淋巴结构（TLSs）的特征，并发现了一类干扰素反应性高内皮小静脉（IFN-HEVs）与肿瘤特异性趋化因子CXCL9的关联	首次揭示了IFN-HEVs在肿瘤TLS形成中的作用，并开发了预测免疫检查点阻断（ICB）治疗效果的CXCL9-TLS响应预测评分系统（CTRscore）	研究主要基于鼻咽癌，其他癌症类型中的IFN-HEVs作用尚不明确	探究肿瘤TLS形成的驱动因素及其在ICB治疗中的作用	鼻咽癌（NPC）患者	肿瘤免疫学	鼻咽癌	空间转录组学、泛癌单细胞图谱分析	NA	转录组数据、单细胞数据	三个独立的鼻咽癌队列