单细胞与空转测序相关文章

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当前共找到 29352 篇文献,本页显示第 221 - 240 篇。
序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量
221 2025-07-04
Pathological α-synuclein dysregulates epitranscriptomic writer METTL3 to drive neuroinflammation in microglia
2025-May-27, Cell reports IF:7.5Q1
研究论文 本文研究了m6A甲基转移酶复合物中的METTL3在α-突触核蛋白和锰诱导的神经炎症中的作用 揭示了METTL3在α-突触核蛋白和锰诱导的神经炎症中的新功能,并发现其在阿尔茨海默病、帕金森病和路易体痴呆患者中的上调 研究主要基于体外和动物模型,人类组织样本的验证仍需进一步扩大 探究m6A RNA修饰在神经退行性疾病中的作用机制 人类小胶质细胞、星形胶质细胞、阿尔茨海默病、帕金森病和路易体痴呆患者的死后组织 神经科学 阿尔茨海默病, 帕金森病, 路易体痴呆 单细胞RNA测序(scRNA-seq) NA RNA测序数据 人类死后组织样本及体外细胞模型
222 2025-07-04
A multi-kingdom genetic barcoding system for precise clone isolation
2025-May-21, Nature biotechnology IF:33.1Q1
研究论文 介绍了一种多界遗传条形码系统CloneSelect,用于从复杂细胞群中精确分离目标克隆 开发了CloneSelect系统,通过CRISPR碱基编辑技术触发目标克隆表达报告基因以实现分离,适用于多种细胞类型 未提及该系统在临床应用中的效果或可能存在的技术障碍 开发一种能够从复杂细胞群中精确分离目标克隆的技术 人类胚胎肾293T细胞、小鼠胚胎干细胞、人类多能干细胞、酵母细胞和细菌细胞 基因工程 NA CRISPR碱基编辑、单细胞RNA测序 NA 遗传数据 多种细胞类型(人类胚胎肾293T细胞、小鼠胚胎干细胞、人类多能干细胞、酵母细胞和细菌细胞)
223 2025-07-04
MALADAPTIVE IMMUNE-FIBROTIC AXIS DRIVES IMPAIRED LONG BONE REGENERATION UNDER MECHANICAL INSTABILITY
2025-May-13, bioRxiv : the preprint server for biology
research paper 该研究通过工程化小鼠延迟愈合模型,探讨了机械不稳定性如何通过免疫-纤维化轴影响长骨再生 开发了一种可调谐髓内钉小鼠模型,模拟人类肥大性骨不连,揭示了机械不稳定性如何通过免疫-基质细胞相互作用驱动病理过程 研究仅使用小鼠模型,尚未在人类临床样本中验证 探究机械不稳定性对骨折愈合的影响及其免疫学机制 小鼠长骨骨折模型 骨再生医学 骨折愈合障碍 空间转录组学、系统免疫分析 多变量建模 基因表达数据、生物力学数据 未明确说明具体样本量的小鼠实验
224 2025-07-04
scTsI: an effective two-stage imputation method for single-cell RNA-seq data
2025-May-01, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1
research paper 提出了一种名为scTsI的两阶段插补方法,用于处理单细胞RNA-seq数据中的丢失事件 scTsI通过两阶段插补算法,保持高表达值不变,避免引入新噪声,并支持稀疏矩阵输入以加速插补过程 在处理高丢失率数据、不同类型数据及针对各种下游分析时,现有方法性能可能低于预期 减轻单细胞RNA-seq数据中丢失事件对下游分析的影响 单细胞RNA-seq数据 生物信息学 NA 单细胞RNA-seq ridge regression 基因表达数据 多种模拟和真实数据
225 2025-07-02
Correction to: ScInfeR: an efficient method for annotating cell types and sub-types in single-cell RNA-seq, ATAC-seq, and spatial omics
2025-May-01, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1
NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
226 2025-07-04
DeepExDC interprets genomic compartmentalization changes in single-cell Hi-C data
2025-May-01, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1
研究论文 提出了一种名为DeepExDC的可解释一维卷积神经网络,用于在单细胞Hi-C数据中进行基因组区室差异分析 DeepExDC无需任何分布假设和差异模式限制,能够解释跨多个条件的基因组区室变化,且在模拟和实验数据中显示出更高的准确性 单细胞水平上的区室化变化计算分析领域尚处于起步阶段 开发一种方法用于单细胞Hi-C数据中的基因组区室差异分析 单细胞Hi-C数据 基因组学 NA scHi-C, scRNA-seq, scATAC-seq 1D CNN 基因组数据 模拟和实验scHi-C数据
227 2025-07-04
Computational modeling of single-cell dynamics data
2025-May-01, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1
综述 本文综述了单细胞动态数据的计算建模方法及其在理解生命机制和疾病治疗中的应用 概述了单细胞动态数据整合与分析的最新算法进展,并讨论了生物技术和人工智能算法在探索复杂生命过程中的前沿发展 未提及具体算法的性能比较或实际应用中的具体限制 探讨单细胞动态数据的计算建模方法及其在生物医学研究中的应用 单细胞动态数据 计算生物学 NA 单细胞测序技术 NA 单细胞动态数据 NA
228 2025-07-04
An order-preserving batch-effect correction method based on a monotonic deep learning framework
2025-May-01, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1
研究论文 本文提出了一种基于单调深度学习框架的保留顺序的批次效应校正方法 该方法首次在批次效应校正中引入了保留顺序的特性,通过单调深度学习网络实现 未提及具体的计算复杂度或在大规模数据集上的性能表现 开发一种能够保留基因表达顺序的批次效应校正方法 单细胞RNA测序数据 生物信息学 NA 单细胞RNA测序(scRNA-seq) 单调深度学习网络 基因表达数据 NA
229 2025-07-04
Plasma exosomes from individuals with type 2 diabetes drive breast cancer aggression in patient-derived organoids
2025-Apr-30, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 该研究探讨了2型糖尿病患者血浆外泌体如何通过影响肿瘤微环境中的免疫细胞,促进乳腺癌的侵袭性 首次开发了一种从乳腺癌切除标本中生成患者来源类器官(PDOs)的新方法,并保留了肿瘤浸润淋巴细胞(TILs),用于研究外泌体信号传导 研究仅关注了2型糖尿病对乳腺癌的影响,未涉及其他代谢疾病或癌症类型 研究2型糖尿病如何通过外泌体信号传导影响乳腺癌的侵袭性和免疫微环境 2型糖尿病患者的血浆外泌体和乳腺癌患者来源的类器官 数字病理学 乳腺癌 单细胞RNA测序 NA RNA测序数据 未明确提及具体样本数量,但涉及2型糖尿病和非糖尿病患者的血浆外泌体及乳腺癌患者来源的类器官
230 2025-07-04
Stable isotope tracing in human plasma-like medium reveals metabolic and immune modulation of the glioblastoma microenvironment
2025-Apr-26, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本文介绍了一种在体外使用类人血浆培养基(HPLM)进行稳定同位素追踪的方法,用于研究胶质母细胞瘤微环境中的代谢和免疫调节 开发了在HPLM中培养胶质瘤外植体并进行稳定同位素追踪的新方法,能够更好地模拟体内微环境 NA 研究胶质瘤在生理营养水平和完整肿瘤微环境(TME)下的代谢特征 人胶质瘤外植体和胶质瘤干细胞样细胞系(GSC) 肿瘤代谢研究 胶质母细胞瘤 稳定同位素追踪(15N2-谷氨酰胺追踪),空间转录组学 NA 代谢组数据,转录组数据 NA
231 2025-07-04
SORBET: Automated cell-neighborhood analysis of spatial transcriptomics or proteomics for interpretable sample classification via GNN
2025-Apr-21, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 介绍了一种名为SORBET的几何深度学习框架,用于分析空间转录组学或蛋白质组学数据,以进行可解释的样本分类 SORBET是首个在空间转录组学数据上进行表型预测的框架,利用图卷积网络分析相邻细胞图,并通过新颖的数据增强技术确保预测的稳健性 未明确提及具体限制,但可能受限于数据质量和样本量 通过整合空间信息与分子数据,准确预测临床表型,如免疫治疗反应 转移性黑色素瘤、非小细胞肺癌和结直肠癌样本 空间组学 黑色素瘤、非小细胞肺癌、结直肠癌 空间转录组学、空间蛋白质组学(IMC、CODEX) GNN(图卷积网络) 空间转录组学数据、空间蛋白质组学数据 CosMx空间转录组学数据集(转移性黑色素瘤)、IMC和CODEX数据集(非小细胞肺癌和结直肠癌)
232 2025-07-04
Precision and Accuracy in Quantitative Measurement of Gene Expression from Single-Cell/Nuclei RNA Sequencing Data
2025-Apr-14, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究系统评估了单细胞/单核RNA测序数据中基因表达定量测量的精确性和准确性,并提出了优化研究设计的实用指南 首次系统评估了sc/snRNA-Seq数据的定量精确性和准确性,开发了VICE工具用于评估数据质量和预测差异表达基因的真阳性率 研究主要基于单核吞噬细胞数据,可能不适用于所有细胞类型 提高单细胞/单核RNA测序研究的可靠性和可重复性 单细胞/单核RNA测序数据 生物医学研究 NA sc/snRNA-Seq NA RNA测序数据 23个数据集,包含3,682,576个细胞,来自339个样本
233 2025-07-04
Sp140L Is a Novel Herpesvirus Restriction Factor
2025-Apr-12, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 该研究揭示了Sp140L作为一种新型疱疹病毒限制因子,其在抵抗疱疹病毒感染中的作用机制 首次发现Sp140L作为疱疹病毒的限制因子,并揭示了其在干扰素非依赖性先天免疫反应中的作用 研究主要关注EB病毒和疱疹病毒saimiri,对其他DNA病毒的适用性需要进一步验证 探究疱疹病毒如何逃避宿主防御机制,特别是EBNA-LP蛋白在其中的作用 EB病毒(EBV)和疱疹病毒saimiri 病毒学 多发性硬化症 单细胞RNA测序 EBNA-LP敲除模型 RNA-seq数据 未明确说明样本数量,使用EBNA-LP敲除感染的B细胞
234 2025-07-04
[Research Advances in the Replication of Animal Models for Periodontal Diseases]
2025-Mar-20, Sichuan da xue xue bao. Yi xue ban = Journal of Sichuan University. Medical science edition
综述 本文综述了近年来牙周病动物模型的复制方法及其特点,并提出了一个整合空间转录组学、单细胞测序和荧光成像技术的多模态评估框架 提出了整合空间转录组学、单细胞测序和荧光成像技术的多模态评估框架,以克服现有研究挑战 当前可用的牙周炎动物模型难以同时捕捉疾病复杂性、追踪动态修复过程并满足转化需求 研究牙周病的病理机制及治疗方法 啮齿类动物模型 牙周病研究 牙周病 空间转录组学、单细胞测序、荧光成像 NA NA NA
235 2025-07-04
Human Neonatal MR1T Cells Have Diverse TCR Usage, are Less Cytotoxic and are Unable to Respond to Many Common Childhood Pathogens
2025-Mar-18, bioRxiv : the preprint server for biology
research paper 该研究探讨了新生儿MR1T细胞的TCR使用多样性、细胞毒性降低以及对常见儿童病原体反应能力的不足 揭示了新生儿MR1T细胞与成人相比具有更广泛的TCR使用多样性、较低的细胞毒性和对常见儿童病原体反应能力的限制 研究样本量较小(n=5),且仅针对特定MR1-5-OP-RU-tetramer(+)细胞进行分析 了解新生儿MR1T细胞的免疫特性及其在新生儿败血症中的作用 新生儿脐带血和成人外周血中的MR1T细胞 免疫学 新生儿败血症 单细胞RNA测序/TCR测序(scRNA-seq/scTCR-seq) NA 基因表达数据和TCR序列数据 5例新生儿脐带血样本和5例成人外周血样本
236 2025-07-04
SpatialDeX Is a Reference-Free Method for Cell-Type Deconvolution of Spatial Transcriptomics Data in Solid Tumors
2025-Jan-02, Cancer research IF:12.5Q1
研究论文 开发了一种名为SpatialDeX的参考自由方法,用于在固体肿瘤的空间转录组数据中进行细胞类型去卷积 SpatialDeX是一种基于回归模型的方法,无需单细胞RNA-seq参考即可估计肿瘤ST点中的细胞类型比例,并在性能上与基于参考的方法相当,优于其他参考自由方法 NA 开发一种无需单细胞RNA-seq参考的方法,用于解析空间转录组数据中的细胞类型比例,以更深入地了解肿瘤微环境的动态 固体肿瘤的空间转录组数据 数字病理学 肿瘤 空间转录组学(ST) 回归模型 基因表达数据 NA
237 2025-07-04
Clearance of p21 highly expressing senescent cells accelerates cutaneous wound healing
2025-Jan, Nature aging IF:17.0Q1
research paper 该研究通过Xenium空间转录组学技术识别了一种在伤口愈合过程中诱导产生的具有促炎特征的p21高表达衰老细胞群,并发现清除这些细胞可以加速伤口闭合 首次识别并描述了p21高表达衰老细胞群在伤口愈合中的独特作用,揭示了其通过NF-κB抑制部分介导的机制 未明确p21高表达衰老细胞群的具体分子机制及其与其他类型衰老细胞的相互作用 探究衰老细胞在组织重塑中的多功能性,特别是p21高表达细胞在伤口愈合中的作用 p21高表达的衰老细胞 生物医学 伤口愈合 Xenium空间转录组学 NA 空间转录组数据 NA
238 2025-07-04
Triple-Negative Breast Cancer on the Rise: Breakthroughs and Beyond
2025, Breast cancer (Dove Medical Press)
综述 本文综述了三阴性乳腺癌(TNBC)的发病率上升、分子遗传学特征、治疗进展及个性化诊断和治疗的新趋势 总结了TNBC的最新治疗进展,包括免疫检查点抑制剂、PARP抑制剂和抗体药物偶联物的应用,以及机器学习成像和空间转录组学等诊断工具的进展 作为综述文章,未涉及原始研究数据,主要依赖已有文献的综合分析 探讨TNBC的发病率、分子机制、治疗选择和诊断技术的进展 三阴性乳腺癌(TNBC)及其患者群体 数字病理学 乳腺癌 机器学习成像、空间转录组学 NA NA NA
239 2025-07-04
Identification of anoikis-related subtypes and a risk score prognosis model, the association with TME landscapes and therapeutic responses in hepatocellular carcinoma
2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1
研究论文 本研究通过分析肝癌中与失巢凋亡相关基因的表达、突变和拷贝数变异,建立了预后风险评分模型,并探讨了其与肿瘤微环境特征和免疫治疗反应的关系 首次在肝癌中鉴定了两种不同的失巢凋亡亚型,并开发了一个基于TTC26和TPX2的双基因预后模型,揭示了TTC26在肝癌细胞增殖、迁移和侵袭中的促进作用 研究主要基于公共数据集,需要更多独立队列验证模型的临床适用性 阐明失巢凋亡相关基因在肝癌中的预后意义和治疗相关性 肝癌患者和肝癌细胞系 肿瘤基因组学 肝癌 WGCNA, LASSO Cox回归, 单细胞RNA-seq 预后风险评分模型 基因表达数据, 突变数据, 拷贝数变异数据 公共数据集中的肝癌样本
240 2025-07-04
Single-cell RNA sequencing: new insights for pulmonary endothelial cells
2025, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1
review 本文综述了单细胞RNA测序(scRNA-seq)在肺内皮细胞(PECs)研究中的新见解及其在生理和病理条件下的应用 利用scRNA-seq技术揭示了PECs在表型多样性和分子特征上的异质性,及其在肺微环境中的空间定位依赖性 未提及具体的技术限制或样本量不足等问题 探讨scRNA-seq在PECs研究中的应用及其对肺病理生理学治疗的推动作用 肺内皮细胞(PECs) digital pathology lung cancer scRNA-seq NA RNA-seq数据 NA
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