单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
221	2025-05-17	Single-cell RNA sequencing reveals SLC31A1-mediated M2 polarization of macrophages promotes malignant progression in triple-negative breast cancer 2025-May-14, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-025-06191-0 PMID:40360897	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示SLC31A1介导的巨噬细胞M2极化促进三阴性乳腺癌的恶性进展	发现SLC31A1在巨噬细胞中的过表达与M2极化及TNBC恶性表型相关	未涉及SLC31A1调控M2极化的具体分子机制	探究三阴性乳腺癌免疫微环境中的关键调控基因及其功能	三阴性乳腺癌组织中的巨噬细胞亚群	肿瘤免疫学	三阴性乳腺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、qPCR、流式细胞术、Transwell实验、划痕实验	NA	单细胞转录组数据	未明确说明样本数量
222	2025-05-17	Comprehensive single-cell transcriptomic reveals different destinies of melanocytes and dynamic changes of immune microenvironment in a psychological stress-induced leukoderma and leukotrichia mouse model 2025-May-14, Molecular medicine (Cambridge, Mass.) DOI:10.1186/s10020-025-01236-z PMID:40361040	research paper	通过单细胞转录组学分析心理压力诱导的白癜风和白毛小鼠模型中黑色素细胞的不同命运及免疫微环境的动态变化	发现了两种具有不同命运的黑色素细胞簇以及CXCL16-CXCR6轴激活的促炎微环境，为压力诱导的白癜风发病机制提供了新见解	研究仅基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探究心理压力诱导的白癜风和白毛的发病机制	C57BL/6 J小鼠模型中的黑色素细胞和免疫微环境	digital pathology	vitiligo	single-cell RNA sequencing, immunohistochemistry	chronic unpredictable mild stimulation (CUMS) mouse model	RNA-seq data, immunohistochemistry data	C57BL/6 J小鼠模型
223	2025-05-17	Dual oxic-anoxic co-culture enables direct study of anaerobe-host interactions at the airway epithelial interface 2025-May-14, mBio IF:5.1Q1 DOI:10.1128/mbio.01338-24 PMID:40366160	research paper	该研究介绍了一种双氧-缺氧共培养（DOAC）方法，用于研究厌氧菌与宿主细胞在气道上皮界面的相互作用	开发了一种新的双氧-缺氧共培养（DOAC）平台，能够在维持宿主细胞氧供的同时，研究厌氧菌与上皮细胞的相互作用	共培养时间限制在约48小时，可能无法完全模拟长期相互作用	研究厌氧菌与宿主细胞在气道疾病病理生理学中的相互作用机制	厌氧菌和气道上皮细胞	微生物学与细胞生物学	气道疾病	双氧-缺氧共培养（DOAC）、bulk RNAseq、单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
224	2025-05-17	scSTD: A Swin Transformer-Based Diffusion Model for Recovering scRNA-seq Data 2025-May-14, IEEE journal of biomedical and health informatics IF:6.7Q1 DOI:10.1109/JBHI.2025.3570265 PMID:40366848	research paper	介绍了一种名为scSTD的新型框架，结合Swin Transformer和潜在扩散模型，用于恢复单细胞RNA测序数据	首次将Swin Transformer架构与潜在扩散模型结合，用于scRNA-seq数据的恢复，能够更准确地恢复基因表达谱并保留细微的生物变异	未提及具体的数据集规模或计算资源需求，可能在实际应用中存在限制	解决单细胞RNA测序数据中的丢失事件和技术噪声问题，提高下游分析的可靠性	单细胞RNA测序数据	machine learning	NA	scRNA-seq	Swin Transformer, latent diffusion model	gene expression data	NA
225	2025-05-17	Potential mechanisms of epigenetic regulation in diabetic retinopathy from the perspectives of multi-omics 2025-May-14, Diabetology & metabolic syndrome IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s13098-025-01723-7 PMID:40369608	research paper	本研究通过多组学数据探索了糖尿病视网膜病变（DR）的表观遗传调控机制	构建了DR相关的全面表观遗传调控网络，并鉴定了关键调控基因	研究依赖于公共数据库数据，未进行实验验证	探索糖尿病视网膜病变的表观遗传调控机制	糖尿病视网膜病变（DR）相关的表观遗传修饰	生物信息学	糖尿病视网膜病变	DNA甲基化分析、mRNA和miRNA表达分析、单细胞RNA测序	NA	基因组学数据、转录组学数据	包括10,716个差异甲基化基因、1,181个差异表达mRNA和615个差异表达miRNA
226	2025-05-17	Compromised adenosine-A2AR axis contributes to recurrent spontaneous abortion by promoting proinflammatory macrophage polarization 2025-May-14, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.114838 PMID:40373597	research paper	本研究探讨了复发性自然流产(RSA)与巨噬细胞极化之间的关系，发现腺苷(Ado)可能作为生物标志物和治疗靶点	揭示了腺苷-A2AR轴在RSA中的作用机制，以及糖酵解过程可能参与其中	研究样本量未明确说明，且机制研究主要基于体外实验	探究复发性自然流产的发病机制并寻找潜在治疗靶点	RSA患者的蜕膜组织和正常妊娠组织	生殖医学	复发性自然流产	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	未明确说明数量的RSA患者和正常妊娠样本
227	2025-05-17	Competing dynamic gene regulatory networks involved in fibroblast reprogramming to hematopoietic progenitor cells 2025-May-13, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2025.102473 PMID:40185089	研究论文	研究通过诱导系统将成纤维细胞重编程为造血祖细胞，揭示了重编程过程中的基因调控网络	开发了通过表达SCL和LMO2转录因子诱导成纤维细胞重编程为造血祖细胞的系统，并识别了早期/中期重编程事件及相关通路	重编程过程的随机性限制了策略的应用	提高体细胞直接重编程为造血细胞的效率和功能性	成纤维细胞和造血祖细胞	基因调控与细胞重编程	NA	转录组和表观基因组分析、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据、表观遗传数据	NA
228	2025-05-17	Direct microglia replacement reveals pathologic and therapeutic contributions of brain macrophages to a monogenic neurological disease 2025-May-13, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2025.03.019 PMID:40311614	研究论文	本文探讨了Krabbe病中巨噬细胞的作用，并通过直接替换小胶质细胞揭示了其在病理和治疗中的贡献	使用单细胞测序揭示了早期干扰素反应特征，并通过直接小胶质细胞替换显著改善了疾病模型小鼠的生存和病理	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需进一步验证	探究巨噬细胞在Krabbe病病理生理和造血干细胞移植中的作用	Krabbe病小鼠模型和人类脑标本	神经科学	Krabbe病	单细胞测序	twitcher (Galc) 小鼠模型	基因表达数据	NA
229	2025-05-17	Microglia transcriptional states and their functional significance: Context drives diversity 2025-May-13, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2025.04.009 PMID:40328255	综述	探讨小胶质细胞在不同环境下的转录状态多样性及其功能意义	综述了单细胞测序技术揭示的小胶质细胞转录状态多样性，并评估非稳态条件如何诱导特定环境下的转录特征	未提及具体实验数据或样本量，主要基于现有研究的总结	理解小胶质细胞转录状态与功能的关系，并推动针对小胶质细胞的治疗策略	小胶质细胞	神经科学	NA	单细胞测序	NA	转录组数据	NA
230	2025-05-17	Combining spatial transcriptomics with tissue morphology 2025-May-13, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-58989-8 PMID:40360467	review	本文介绍了一种将空间转录组学与组织形态学相结合的框架，重点讨论了将形态学特征转化为或整合到空间转录组学中的方法	提出了一个分类框架，用于结合空间转录组学和组织形态学，包括转化和整合两种方法	NA	探索空间转录组学与组织形态学相结合的方法及其应用	空间转录组学数据和组织形态学特征	digital pathology	NA	spatial transcriptomics, imaging AI	NA	gene expression data, morphological features	NA
231	2025-05-17	Single-cell and spatial transcriptomics reveals an anti-tumor neutrophil subgroup in microwave thermochemotherapy-treated lip cancer 2025-May-13, International journal of oral science IF:10.8Q1 DOI:10.1038/s41368-025-00366-8 PMID:40360503	research paper	该研究利用单细胞转录组学和空间转录组学揭示了微波热化疗治疗唇鳞状细胞癌中抗肿瘤中性粒细胞亚群的作用机制	发现了MTC治疗后具有抗肿瘤活性的MNDA TANs亚群(N1表型)，并构建了与预后正相关的N1-TANs标记物MX2，开发了基于深度学习的H&E图像预测MX2表达的方法	研究样本量未明确说明，临床转化应用仍需进一步验证	探究微波热化疗治疗唇鳞状细胞癌的分子机制和免疫微环境变化	唇鳞状细胞癌(LSCC)患者样本和肿瘤微环境中的免疫细胞	digital pathology	lip cancer	scRNA-seq, ST, deep learning	deep learning	single-cell transcriptomics data, spatial transcriptomics data, H&E-stained images	NA
232	2025-05-17	TAT-CRE inhalation enables tumor induction corresponding to adenoviral Cre-recombinase in a lung cancer mouse model 2025-May-13, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-08146-0 PMID:40360735	research paper	该研究比较了TAT-CRE和腺病毒Cre重组酶在诱导小鼠肺癌模型中的效果，发现TAT-CRE是一种安全且有效的替代方法	提出TAT-CRE作为一种生物安全级别S1的替代方法，用于诱导肺癌，并可能应用于其他癌症模型	研究中发现的TAT-CRE诱导的肺肿瘤在微血管和巨噬细胞方面存在差异，可能影响某些研究结果	比较TAT-CRE和腺病毒Cre重组酶在诱导肺癌模型中的效果，寻找更安全的基因工程方法	小鼠肺癌模型	癌症研究	肺癌	计算机断层扫描、单细胞RNA测序、免疫组织化学和流式细胞术	NA	图像、RNA序列数据	NA
233	2025-05-17	Arginine methylation modulates tumor fate and prognosis in clear cell renal cell carcinoma 2025-May-13, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02505-3 PMID:40360844	research paper	该研究探讨了精氨酸甲基化相关基因在透明细胞肾细胞癌(ccRCC)中的预后价值，并开发了一个基于精氨酸甲基化的预后模型	首次系统地评估了精氨酸甲基化相关基因在ccRCC中的预后意义，并构建了一个具有临床指导价值的预后特征模型	需要进一步的临床验证来确认模型的预测准确性，并且未涉及实验验证	评估精氨酸甲基化相关基因在ccRCC中的预后价值并开发预后模型	透明细胞肾细胞癌(ccRCC)患者	digital pathology	肾癌	RNA-seq, 单细胞RNA测序	Cox回归模型	转录组数据	来自TCGA、E-MTAB-1980和ICGC数据库的公共数据集
234	2025-05-17	Profiling triple-negative breast cancer-specific super-enhancers identifies high-risk mesenchymal development subtype and BETi-Targetable vulnerabilities 2025-May-13, Molecular cancer IF:27.7Q1 DOI:10.1186/s12943-025-02342-6 PMID:40361105	研究论文	该研究通过分析三阴性乳腺癌（TNBC）中的超级增强子（SEs）异质性，识别出一个高风险间充质发育亚型，并发现其对BET抑制剂（BETi）具有更高的敏感性	发现了由SE-VAX2核心转录调控回路驱动的高风险间充质发育亚型，并验证了其对BETi的敏感性	临床样本和实验模型的多样性可能影响结果的广泛适用性	研究TNBC中SEs的异质性及其对BETi疗效的影响，以推进BETi的精准治疗策略	三阴性乳腺癌（TNBC）细胞系和临床样本	肿瘤生物学	三阴性乳腺癌	H3K27ac ChIP-Seq, bulk RNA-Seq, scRNA-Seq, stRNA-Seq, CERES评分	NA	测序数据	TNBC细胞系和临床样本
235	2025-05-17	The immunological age prediction of monocytes indicates that gestational diabetes mellitus accelerates the aging of monocytes in offspring 2025-May-13, Immunity & ageing : I & A IF:5.2Q1 DOI:10.1186/s12979-025-00513-z PMID:40361109	research paper	该研究通过单细胞测序技术探索了妊娠期糖尿病（GDM）对子代单核细胞衰老的影响	首次在单细胞水平上揭示了GDM加速子代单核细胞衰老的转录组特征，并建立了预测单核细胞免疫年龄的随机森林模型	样本量相对有限，且部分数据来自公开数据库	探究GDM对子代免疫细胞衰老的影响	56名健康个体（0-100岁）的单核细胞，包括GDM母亲子代的单核细胞	生物医学	妊娠期糖尿病	单细胞测序，随机森林模型	随机森林	单细胞转录组数据	56个样本（6个自测样本+50个GEO公开数据）
236	2025-05-17	Targeting mesenchymal monocyte-derived macrophages to enhance the sensitivity of glioblastoma to temozolomide by inhibiting TNF/CELSR2/p65/Kla-HDAC1/EPAS1 axis 2025-May-13, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2025.05.032 PMID:40373963	研究论文	本研究通过靶向MES-MDM亚型，揭示了其通过TNF/CELSR2/p65/Kla-HDAC1/EPAS1轴促进胶质母细胞瘤对替莫唑胺耐药性的机制，并提出了增强TMZ敏感性的潜在治疗策略	首次鉴定出MES-MDM亚型，并阐明其通过组蛋白去乙酰化酶1（HDAC1）Kla修饰促进肿瘤细胞亚型转换和TMZ耐药性的分子机制	研究主要基于体外模型和小鼠颅内原位模型，临床转化效果尚需进一步验证	探索胶质母细胞瘤微环境中单核细胞来源巨噬细胞亚型对TMZ耐药性的影响机制	胶质母细胞瘤微环境中的MES-MDM亚型及其介导的TMZ耐药机制	肿瘤免疫学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学、患者来源GBM类器官模型	GBM细胞亚型模型、颅内原位GBM小鼠模型	基因表达数据、空间转录组数据	未明确说明样本数量，但涉及患者来源GBM类器官和小鼠模型
237	2025-05-17	Immune-endothelial cell crosstalk in hepatic endothelial injury of liver fibrotic mice 2025-May-13, European journal of pharmacology IF:4.2Q1 DOI:10.1016/j.ejphar.2025.177730 PMID:40374060	研究论文	本研究探讨了肝纤维化中肝内皮细胞损伤的机制及细胞间通讯的潜在调控途径	揭示了肝内皮细胞与免疫细胞之间的细胞通讯机制，并鉴定了Ptprc-Mrc1和Sell-Podxl信号通路在肝纤维化过程中的重要作用	研究仅使用了CCl4诱导的肝纤维化小鼠模型，未涉及其他病因导致的肝纤维化	探索肝纤维化中肝内皮细胞损伤的机制及细胞间通讯的调控途径	C57BL/6雄性小鼠的肝内皮细胞和免疫细胞	肝脏病理学	肝纤维化	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、扫描电子显微镜(SEM)、PCR技术	CCl4诱导的肝纤维化小鼠模型	单细胞转录组数据、组织学图像	24,534个细胞被聚类为10个主要细胞亚群
238	2025-05-17	Recent advances in multimodal approaches for investigating placental development and related diseases 2025-May-09, Placenta IF:3.0Q2 DOI:10.1016/j.placenta.2025.05.004 PMID:40374418	综述	本文总结了多模态方法在研究胎盘发育及相关疾病中的最新进展	整合了先进成像、单细胞和空间组学以及人工智能（AI）的多模态方法，提供了对胎盘发育和疾病的全面分析	数据标准化、AI模型的可解释性以及伦理问题	推进对胎盘相关疾病的科学理解和临床管理	胎盘发育及相关疾病	数字病理学	妊娠相关疾病	超声、MRI、单细胞转录组学、空间分析、AI预测模型	AI	图像、分子数据	NA
239	2025-05-17	Spatial and multiomics analysis of human and mouse lung adenocarcinoma precursors reveals TIM-3 as a putative target for precancer interception 2025-May-08, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2025.04.003 PMID:40345189	研究论文	本文通过空间免疫分析和多组学技术，研究了人类和小鼠肺腺癌前体的免疫微环境变化，提出了TIM-3作为干预靶点的潜在价值	揭示了TIM-3在肺腺癌前体阶段的高表达特征及其作为干预靶点的潜力，并通过小鼠模型验证了TIM-3阻断在癌前阶段的效果	研究样本量相对有限，人类样本114例，小鼠模型仅5个，且未涉及其他可能的免疫检查点	探究肺腺癌前体阶段的肿瘤微环境变化及潜在干预靶点	人类和小鼠的肺腺癌及癌前病变组织	肿瘤免疫学	肺腺癌	空间免疫分析、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、空间转录组学	小鼠模型	空间多组学数据、单细胞转录组数据	人类样本114例，小鼠模型5个
240	2025-05-17	Piezo1 regulates fibrocartilage stem cell in cartilage growth and osteoarthritis 2025-May-08, Osteoarthritis and cartilage IF:7.2Q1 DOI:10.1016/j.joca.2025.04.013 PMID:40345612	research paper	本研究探讨了机械敏感离子通道Piezo1在颞下颌关节（TMJ）软骨生长和骨关节炎中的作用	首次揭示了Piezo1在调节纤维软骨干细胞（FCSC）分化和维持颞下颌关节稳态中的关键作用，并发现其在骨关节炎病理条件下的保护性作用	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限	探究Piezo1在颞下颌关节发育和骨关节炎中的作用机制	人类TMJ样本和小鼠模型	骨科学	骨关节炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、条件性基因敲除（CKO）、组织学和免疫组化分析	Gli1-CreERT2; Piezo1fl/fl 条件敲除小鼠	基因表达数据、组织学图像	人类TMJ样本和小鼠模型（具体数量未提及）