单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
221	2025-07-02	dbscATAC: a resource of single-cell super-enhancers/enhancers and gene markers derived from scATAC-seq data 2025-Jun-23, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf364 PMID:40581357	研究论文	介绍了一个名为dbscATAC的单细胞数据库，用于注释来自scATAC-seq数据的超级增强子、基因标记和增强子-基因相互作用	开发了一个综合资源，能够对顺式调控元件及其动态增强子-基因联系进行细胞类型特异性注释，填补了scATAC-seq领域的空白	NA	促进单细胞表观基因组学中增强子景观、基因调控和细胞类型特异性特征的探索	来自13个物种的1,668,076个单细胞	生物信息学	NA	scATAC-seq	改进的机器学习算法	单细胞表观遗传数据	1,668,076个单细胞，涵盖13个物种的1,028种组织/细胞类型
222	2025-07-02	SeuratIntegrate: an R package to facilitate the use of integration methods with Seurat 2025-Jun-23, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf358 PMID:40581358	research paper	介绍了一个名为SeuratIntegrate的R包，旨在扩展Seurat用户的集成方法选择，并提供一个全面的工具箱用于比较集成分析	开发了一个开源R包SeuratIntegrate，扩展了Seurat的集成方法，包括基于Python的方法，同时完全在R环境中运行，并提供了集成基准测试、自动化Python环境管理、跨语言对象转换以及分数处理和可视化工具	未提及具体的性能对比结果或在实际数据集上的应用效果	支持更有效和灵活的单细胞数据集成工作流程	单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据集	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	NA
223	2025-07-02	Shedding light on patterns of unconventional expression of opsin genes in Hydra vulgaris 2025-Jun-23, Integrative and comparative biology IF:2.2Q1 DOI:10.1093/icb/icaf100 PMID:40581592	研究论文	本研究通过分析Hydra vulgaris的单细胞RNA测序和ATAC测序数据，探讨了视蛋白基因在神经元和非神经元细胞类型中的非传统表达模式	揭示了Hydra vulgaris中视蛋白基因在非神经元细胞类型中的广泛表达及其在细胞分化状态中的多样性，为视蛋白在非传统光感受功能中的作用提供了新见解	研究主要基于已发表的测序数据，缺乏实验验证	探究刺胞动物中非神经元视蛋白表达的普遍性及其潜在功能	Hydra vulgaris（水螅）	分子生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）, ATAC测序	NA	基因表达数据, 染色质可及性数据	NA
224	2025-07-02	SpaceBF: Spatial coexpression analysis using Bayesian Fused approaches in spatial omics datasets 2025-Jun-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.29.646124 PMID:40236135	research paper	提出了一种名为SpaceBF的贝叶斯融合建模框架，用于在空间组学数据集中进行空间共表达分析	首次引入贝叶斯融合建模框架，用于同时估计局部和全局水平的分子共表达，提供了对细胞间通讯的更精细理解	未提及具体的样本量限制或技术限制	开发一种更强大的方法来检测分子对之间的空间变化共表达	空间转录组学和质谱成像数据中的分子（基因、肽、脂质、N-聚糖）	空间组学	多种癌症	空间转录组学, 质谱成像	Bayesian fused modeling framework (SpaceBF)	空间组学数据	NA
225	2025-07-02	Plasmablast-like lymphoma cells as a distinct subpopulation confers multidrug resistance in PCNSL 2025-Jun-21, Neuro-oncology IF:16.4Q1 DOI:10.1093/neuonc/noaf154 PMID:40580931	研究论文	该研究通过单细胞转录组学和B细胞受体测序等方法，揭示了原发性中枢神经系统淋巴瘤（PCNSL）中浆母细胞样淋巴瘤细胞（PBLCs）的独特亚群及其在多药耐药中的作用	首次在PCNSL中鉴定出PBLCs这一独特B细胞亚群，并阐明其通过特定基因表达模式导致多药耐药的分子机制	样本量相对有限（56例患者），且PBLCs在肿瘤中的比例较低（1.3%-8.1%）	探究PCNSL的分子特征和多药耐药机制	56例新诊断的PCNSL患者的肿瘤样本	肿瘤生物学	淋巴瘤	单细胞转录组学、B细胞受体测序、转录组信息多重免疫组化、离体药物反应试验	NA	转录组数据、免疫组化数据、药物反应数据	56例PCNSL患者活检样本
226	2025-07-02	Spatial proteo-transcriptomic profiling reveals the molecular landscape of borderline ovarian tumors and their invasive progression 2025-Jun-20, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2025.06.004 PMID:40578359	研究论文	通过空间蛋白质组学和转录组学分析，揭示了卵巢交界性肿瘤及其侵袭性进展的分子景观	整合细胞类型分辨的空间蛋白质组学和转录组学，阐明了从SBT到LGSC及其转移的演变过程，并验证了16个药物靶点	研究样本可能有限，且未详细讨论所有潜在的治疗靶点	理解卵巢交界性肿瘤（SBT）向低级别浆液性癌（LGSC）的转化机制	上皮性浆液性交界性肿瘤（SBT）及其侵袭性进展为低级别浆液性癌（LGSC）的过程	数字病理学	卵巢癌	空间蛋白质组学和转录组学	NA	蛋白质组和转录组数据	未明确提及具体样本数量
227	2025-07-02	[Analysis of the number, type, and functional heterogeneity of senescent cells in the radiation-induced skin wounds in mice] 2025-Jun-20, Zhonghua shao shang yu chuang mian xiu fu za zhi DOI:10.3760/cma.j.cn501225-20240604-00209 PMID:40588406	研究论文	本研究通过实验和生物信息学分析，探讨了辐射诱导小鼠皮肤伤口中衰老细胞的数量、类型及功能异质性	揭示了辐射诱导皮肤损伤中衰老细胞的积累与辐射剂量和时间的关系，以及不同类型衰老细胞的功能和SASP表达谱的差异	研究仅在小鼠模型中进行，未涉及人类样本，且样本量相对有限	研究辐射诱导皮肤伤口中衰老细胞的特性和功能	p16转基因小鼠和健康大鼠的皮肤组织	生物医学	皮肤损伤	免疫荧光法、流式细胞术、生物信息学分析	NA	实验数据和单细胞转录组测序数据	49只p16转基因小鼠（40只用于实验，9只用于流式细胞术）和公开的大鼠单细胞转录组数据
228	2025-07-02	Tumoroid model recreates clinically relevant phenotypes of high grade serous ovarian cancer (HGSC) cells, carcinoma associated fibroblasts, and macrophages 2025-Jun-19, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-6614892/v1 PMID:40585272	研究论文	该研究开发了一种异质性三组分肿瘤模型，用于模拟高级别浆液性卵巢癌（HGSC）的临床相关表型，包括癌细胞、癌相关成纤维细胞和巨噬细胞的相互作用	创新性地构建了包含HGSC细胞、原代MSC和U937来源的M2样巨噬细胞的异质性三组分肿瘤模型，能够重现HGSC的关键表型，如化疗抗性、癌症干细胞富集、迁移、侵袭和上皮间质转化	研究中仅使用了三种HGSC细胞系（OVCAR3、OVCAR4、OVCAR8），可能无法完全代表HGSC的异质性	研究高级别浆液性卵巢癌（HGSC）微环境中癌细胞、癌相关成纤维细胞和巨噬细胞的相互作用及其对化疗抗性和肿瘤进展的影响	高级别浆液性卵巢癌（HGSC）细胞、癌相关成纤维细胞（CAFs）和巨噬细胞	数字病理学	卵巢癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、流式细胞术	3D异质性三组分肿瘤模型	RNA测序数据、流式细胞数据	使用了三种HGSC细胞系（OVCAR3、OVCAR4、OVCAR8）、原代MSC和U937来源的M2样巨噬细胞
229	2025-07-02	SOX2 regulates foregut squamous epithelial homeostasis and is lost during Barrett's esophagus development 2025-Jun-19, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI190374 PMID:40587339	研究论文	本研究探讨了SOX2在前肠鳞状上皮稳态中的作用及其在Barrett食管发展中的缺失	建立了人类BE类器官生物库，揭示了BE分化中SOX2和CDX2转录因子的平衡作用，并通过小鼠模型验证了SOX2在鳞状上皮分化中的关键作用	研究主要基于小鼠模型和体外类器官，人类样本的验证仍需进一步研究	探究Barrett食管（BE）发展的分子机制，特别是SOX2在前肠鳞状上皮稳态中的作用	人类BE类器官和小鼠模型	分子生物学	食管腺癌	单细胞转录组学、CUT&RUN分析	小鼠模型（Krt5CreER/+; Sox2∆/∆; ROSA26tdTomato/+）	转录组数据、组织分析数据	人类BE类器官生物库和小鼠模型
230	2025-07-02	Single-cell transcriptomic and chromatin dynamics of the human brain in PTSD 2025-Jun-18, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-09083-y PMID:40533550	研究论文	该研究通过单细胞转录组和染色质动态分析，揭示了创伤后应激障碍（PTSD）在人脑中的分子调控机制	首次在单细胞水平上详细描述了PTSD相关的神经元和非神经元细胞类型的基因表达变化和转录调控因子，并发现了与糖皮质激素信号、GABA能传递和神经炎症相关的基因和通路	研究样本均为死后收集的人脑组织，可能无法完全反映活体状态下的分子变化	揭示PTSD在人脑中的细胞特异性分子调控机制	111个人类大脑的背外侧前额叶皮层中的超过两百万个细胞核	神经科学	创伤后应激障碍	单细胞转录组测序、空间转录组学	NA	单细胞转录组数据、表观基因组数据	111个人类大脑的超过两百万个细胞核
231	2025-07-02	Morphodynamics of human early brain organoid development 2025-Jun-18, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-09151-3 PMID:40533563	研究论文	本研究通过长期活体光片显微镜技术，探索了人类早期脑类器官发育的形态动力学	提出了一种新颖的双通道、多马赛克和多蛋白标记策略，结合计算去复用方法，实现了类器官发育过程中不同亚细胞特征的同步量化	研究主要依赖于体外培养的脑类器官模型，可能与体内真实脑发育存在差异	研究人类脑发育的机制和自我组织过程	人类诱导多能干细胞生成的脑类器官	发育生物学	NA	光片显微镜、单细胞转录组测序	NA	图像、转录组数据	未明确提及具体样本数量，使用荧光标记的人类诱导多能干细胞生成的脑类器官
232	2025-07-02	A statistical framework for inferring genetic requirements from embryo-scale single-cell sequencing experiments 2025-Jun-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.04.03.646654 PMID:40236139	研究论文	本文介绍了一个统计框架和两个软件工具（Hooke和Platt），用于从胚胎尺度的单细胞测序实验中推断遗传需求	利用单细胞数据集中的丰富统计模式来表征实验扰动的直接分子和细胞后果，并揭示了命运决定转录因子的新作用	需要处理包含数百万个细胞和数千个样本的数据集，计算挑战较大	推断遗传需求并揭示细胞在脊椎动物发育程序中如何依赖基因和彼此	斑马鱼胚胎的单细胞图谱	生物信息学	NA	单细胞测序	统计框架	单细胞测序数据	数千个斑马鱼胚胎的数百万个细胞
233	2025-07-02	HLA-DQB1*03:01 strongly affects age of onset of type 1 narcolepsy independently of DQA1 and ethnicity 2025-Jun-16, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2025.06.14.25328971 PMID:40585110	研究论文	本研究探讨了HLA-DQB1*03:01对1型发作性睡病发病年龄的影响，并进行了首个跨种族研究	首次跨种族研究HLA-DQB1*03:01对发作性睡病发病年龄的影响，发现该基因独立于DQA1和种族背景显著影响发病年龄	尚未确定导致疾病的T细胞，病理生理学机制仍需进一步研究	探究HLA-DQB1*03:01对1型发作性睡病发病年龄的影响	5,339例来自中国、欧洲、韩国、日本和美国的1型发作性睡病患者	遗传学	发作性睡病	GWAS, HIBAG, RNA-seq	NA	基因数据	5,339例患者（来自5个国家）
234	2025-07-02	Cambridge Neoadjuvant Cancer of the Prostate (CANCAP03): A Window Study into the Effects of Olaparib ± Degarelix in Primary Prostate Cancer 2025-Jun-13, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-1304 PMID:40358364	研究论文	本研究探讨了PARP抑制剂与雄激素抑制联合治疗在原发性前列腺癌中的作用及其生物学机制	在无同源重组修复通路突变的情况下，探索了PARP抑制剂与雄激素抑制联合治疗的临床效果及生物学机制	研究样本量较小，且未明确长期治疗效果	研究PARP抑制剂与雄激素抑制联合治疗在原发性前列腺癌中的效果及生物学机制	原发性前列腺癌患者	肿瘤学	前列腺癌	IHC、肿瘤基因测序、突变分析、RNA-seq（包括bulk和single-cell RNA-seq）	NA	组织样本	未明确具体样本数量，但涉及诊断活检和根治性前列腺切除术样本
235	2025-07-02	Azacitidine, Venetoclax, and Magrolimab in Newly Diagnosed and Relapsed Refractory Acute Myeloid Leukemia: Phase Ib/II Study and Correlative Analysis 2025-Jun-13, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-25-0229 PMID:40198272	研究论文	评估阿扎胞苷、维奈托克和magrolimab三联疗法在新诊断和复发难治性急性髓系白血病中的安全性和有效性	首次在临床研究中评估了针对CD47的单克隆抗体magrolimab与阿扎胞苷-维奈托克联合使用的效果	生存结果不够理想，样本量相对较小	评估三联疗法在急性髓系白血病患者中的疗效和安全性	成人急性髓系白血病患者（初治不适合强化疗和复发难治性）	临床肿瘤学	急性髓系白血病	单细胞RNA测序	NA	临床数据和基因表达数据	106名患者（54名初治患者和52名复发难治患者）
236	2025-07-02	Decoding Cellular Communication Networks and Signaling Pathways in Bone, Skeletal Muscle, and Bone-Muscle Crosstalk Through Spatial Transcriptomics 2025-Jun-12, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-6701121/v1 PMID:40585205	研究论文	通过空间转录组学解码骨骼、骨骼肌及骨肌交互中的细胞通讯网络和信号通路	首次提供了骨骼和骨骼肌之间细胞通讯的空间解析图谱，揭示了13个关键的信号通路和特定的配体-受体对	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类样本	研究骨骼和骨骼肌之间的分子交互作用及其在维持组织完整性和疾病中的作用	小鼠的股骨和相邻的骨骼肌组织	空间转录组学	骨质疏松症、肌肉减少症、代谢综合征	10X Genomics Visium 空间转录组分析	NA	空间转录组数据	小鼠的股骨和骨骼肌组织样本
237	2025-07-02	Single-cell transcriptomics reveal differences between chorionic and basal plate cytotrophoblasts and trophoblast stem cells 2025-Jun-11, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-6797967/v1 PMID:40585209	研究论文	本研究通过单细胞转录组学技术，揭示了早期妊娠人类胎盘中绒毛细胞滋养层细胞(CTB)与滋养层干细胞(TSC)之间的转录差异	首次通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，系统比较了不同妊娠期和胎盘区域的CTB细胞，并确定了TSC的细胞来源及其与特定CTB亚型的相似性	研究仅针对妊娠6-14周的人类胎盘样本，未涉及更早期或晚期的发育阶段	探究早期妊娠人类胎盘中CTB细胞的转录多样性及其与TSC的关系	人类胎盘绒毛组织中的CTB细胞和TSC细胞系	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq), GeoMx空间转录组学, 流式细胞术	NA	单细胞转录组数据, 空间转录组数据	早期(6-8周)和晚期(12-14周)妊娠胎盘样本, 3个TSC细胞系, 6个TSC细胞系的流式分析
238	2025-07-02	A Reflux Linked GATA Factor Fulcrum Dictates Lineage Commitment Through GPRC5B During the Esophageal Dysplastic Transition 2025-Jun-07, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101552 PMID:40490196	research paper	本研究探讨了GATA家族转录因子在食管腺癌（EAC）和Barrett食管（BE）化生-异型增生转变过程中的作用机制	发现了GATA因子通过GPRC5B在BE相关高级别异型增生（HGD）中的关键作用，并揭示了GPRC5B作为功能性标记物的潜力	研究主要基于体外实验和器官芯片模型，需要进一步体内验证	阐明GATA家族成员在食管腺癌发生发展过程中的调控机制	食管癌细胞系、病变来源的成体干细胞（ASCs）和TCGA数据	癌症生物学	食管腺癌	RNAseq分析、shRNA/CRISPR基因沉默、空间转录组学、器官芯片技术	器官芯片模型	基因组数据、转录组数据	TCGA EAC病例数据、食管细胞系和ASC样本
239	2025-07-02	Dissection of the immune landscape in psoriatic arthritis defines immunoproteasome up-regulation in treatment resistance 2025-06-06, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.adu0284 PMID:40478933	研究论文	通过单细胞RNA测序分析银屑病关节炎患者的滑液免疫景观，揭示了治疗抵抗患者中免疫蛋白酶体和MHC I类基因的上调	首次在治疗抵抗的银屑病关节炎患者中鉴定出免疫蛋白酶体和MHC I类基因的上调，并验证了选择性免疫蛋白酶体抑制剂的治疗潜力	样本量相对较小（41例PsA患者和9例OA对照），且需要进一步临床验证免疫蛋白酶体抑制剂的效果	探索银屑病关节炎治疗抵抗的免疫学机制并寻找新的治疗靶点	银屑病关节炎患者的滑液免疫细胞	免疫学	银屑病关节炎	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	41例银屑病关节炎患者和9例骨关节炎对照的滑液样本
240	2025-07-02	An engineered viral protein activates STAT5 to prevent T cell suppression 2025-05-23, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.adn9633 PMID:40408430	研究论文	本文展示了一种通过工程化病毒蛋白激活STAT5以增强T细胞功能的方法	利用工程化的疱疹病毒蛋白TIP非经典激活STAT蛋白，实现细胞因子非依赖的T细胞功能维持	研究主要基于体外和小鼠模型，尚未在人体临床试验中验证	解决T细胞疗法中JAK-STAT信号通路失调导致的功能障碍问题	CD8+ T细胞	免疫治疗	肿瘤	单细胞转录组分析	NA	基因表达数据	NA