单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
221	2025-08-29	deMULTIplex2: robust sample demultiplexing for scRNA-seq 2023-Apr-12, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.04.11.536275 PMID:37090649	研究论文	介绍一种用于单细胞RNA测序数据样本解复用的新型计算算法deMULTIplex2	基于标签交叉污染物理机制构建统计模型，采用广义线性模型和期望最大化算法实现高精度样本识别	NA	开发能够处理大规模、噪声数据和样本不平衡的单细胞样本解复用算法	单细胞RNA测序数据中的样本标签和细胞标签	生物信息学	NA	scRNA-seq	广义线性模型, 期望最大化算法	测序数据	大规模和具有挑战性的单细胞数据集
222	2025-08-29	Cisplatin Neurotoxicity Targets Specific Subpopulations and K+ Channels in Tyrosine-Hydroxylase Positive Dorsal Root Ganglia Neurons 2022, Frontiers in cellular neuroscience IF:4.2Q2 DOI:10.3389/fncel.2022.853035 PMID:35586548	研究论文	本研究揭示顺铂通过靶向酪氨酸羟化酶阳性背根神经节神经元亚群及K+通道导致神经毒性	首次在单细胞层面鉴定顺铂特异性靶向TH阳性DRG神经元亚群，并发现K2P18.1钾通道的关键作用	研究局限于小鼠模型，人类临床相关性需进一步验证	探究顺铂化疗诱导外周神经病变的细胞机制和维生素E的神经保护潜力	小鼠酪氨酸羟化酶阳性背根神经节神经元	神经科学	化疗诱导外周神经病变	单细胞转录组分析、电生理记录、异源表达	NA	转录组数据、电生理数据	野生型和维生素E缺乏小鼠的TH阳性DRG神经元
223	2025-08-29	Cell type hierarchy reconstruction via reconciliation of multi-resolution cluster tree 2021-09-20, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkab481 PMID:34125905	研究论文	提出一种名为MRtree的算法，通过整合多分辨率聚类结果构建细胞类型层次树，用于单细胞RNA测序数据分析	开发了灵活的多分辨率调和树算法，能够从不同分辨率的扁平聚类结果中自动构建层次结构，无需人工选择分辨率参数	NA	解决单细胞RNA测序数据聚类分析中分辨率参数选择困难的问题，实现细胞群体的层次化表征	单细胞RNA测序数据中的细胞亚群	生物信息学	NA	scRNA-seq	树构建算法	基因表达数据	多个单细胞RNA测序数据集（包括胎儿脑细胞数据）
224	2025-08-29	Single-Cell RNA-seq Reveals Profound Alterations in Mechanosensitive Dorsal Root Ganglion Neurons with Vitamin E Deficiency 2019-Nov-22, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2019.10.064 PMID:31733517	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示维生素E缺乏对背根神经节机械敏感性神经元的分子和功能影响	发现维生素E缺乏主要影响机械敏感性神经元而非预期中的本体感受神经元，并揭示了电压门控离子通道上调导致兴奋性降低的新机制	研究基于Ttpa基因敲除小鼠模型，人类AVED疾病可能存在物种差异	探究维生素E缺乏对背根神经节神经元分子特征和功能特性的影响	背根神经节神经元（DRGNs），特别是酪氨酸羟化酶阳性（TH+）的机械敏感性神经元	生物医学研究	神经系统疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	Ttpa基因敲除小鼠模型的背根神经节神经元
225	2025-08-12	Immune landscape of isocitrate dehydrogenase-stratified primary and recurrent human gliomas 2024-Dec-05, Neuro-oncology IF:16.4Q1 DOI:10.1093/neuonc/noae139 PMID:39126294	研究论文	该研究通过单细胞转录组学和光谱流式细胞术分析了48个人类胶质瘤的免疫景观，揭示了IDH状态分层下原发性和复发性胶质瘤的免疫特征	发现了表达粒细胞溶解素的新型炎症性小胶质细胞亚群，并提出了超越M1/M2范式的巨噬细胞极化基因组框架及胶质瘤特异性肿瘤免疫微环境参考标记(GlioTIME-36)	样本量相对有限(48例胶质瘤)，且未明确说明不同治疗方式对免疫景观的具体影响	解析IDH分层下人类胶质瘤的免疫微环境特征及其在复发过程中的变化	48例人类原发性和复发性胶质瘤样本	肿瘤免疫学	胶质瘤	单细胞转录组测序(scRNA-seq)，光谱流式细胞术	NA	单细胞转录组数据，流式细胞数据	48例人类胶质瘤样本(包含144,678个单细胞转录组数据和超过200万个免疫细胞的流式数据)
226	2025-08-12	ScRNA-seq reveals novel immune-suppressive T cells and investigates CMV-TCR-T cells cytotoxicity against GBM 2024-04-30, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-008967 PMID:38688579	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序揭示了新型免疫抑制性T细胞，并研究了CMV-TCR-T细胞对胶质母细胞瘤的细胞毒性	发现了两种新型免疫细胞亚群：双阳性CD68+SOX2+肿瘤相关巨噬细胞和FXYD6+ T细胞，并证实FXYD6+ T细胞是一种新型免疫抑制性T细胞	研究主要基于体外实验和小鼠模型，尚未在人体临床试验中验证	探究CMV感染如何影响GBM肿瘤微环境中的免疫细胞，并开发针对GBM的新型免疫治疗策略	胶质母细胞瘤(GBM)患者肿瘤组织和免疫细胞	数字病理学	胶质母细胞瘤	scRNA-seq, 免疫电子显微镜, 免疫荧光, 液滴数字PCR, 单细胞TCR/BCR测序	人类来源的GBM小鼠模型	基因表达数据, 细胞互作数据	CMV感染的GBM患者样本和小鼠模型
227	2025-08-12	Dysregulation of CD4+ and CD8+ resident memory T, myeloid, and stromal cells in steroid-experienced, checkpoint inhibitor colitis 2024-04-19, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2023-008628 PMID:38642938	research paper	该研究通过单细胞转录组学和蛋白质组学分析，探讨了类固醇治疗后的检查点抑制剂（CPI）结肠炎中CD4+和CD8+驻留记忆T细胞、骨髓细胞及基质细胞的失调机制	研究发现CD4+驻留记忆T细胞和CD8+细胞毒性T细胞在类固醇治疗后的CPI结肠炎中富集，并揭示了基质细胞代谢紊乱对上皮细胞存活和炎症的影响	研究样本主要来自类固醇治疗后的患者，可能无法完全代表未接受类固醇治疗的患者情况	阐明类固醇治疗后CPI结肠炎的发病机制	CPI结肠炎患者的结肠活检组织和血液样本	免疫学	结肠炎	单细胞转录组学、蛋白质组学	NA	转录组数据、蛋白质组数据	主要来自类固醇治疗后的CPI结肠炎患者的结肠活检和血液样本
228	2025-08-12	Supermultipotency and unpredictability in the developing superior colliculus 2024-04, Trends in neurosciences IF:14.6Q1 DOI:10.1016/j.tins.2024.03.001 PMID:38514350	research paper	该研究结合谱系追踪和单细胞RNA测序技术，揭示了发育中上丘的意外特征	发现上丘发育中极其多能的祖细胞能够生成所有类型的神经元和胶质细胞，且其定位模式非预先确定，展示了上丘发育的高度不可预测性	NA	探索发育中上丘的细胞生成模式和机制	发育中的上丘(SC)	发育生物学	NA	谱系追踪, scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	NA
229	2025-08-12	Integrative single-cell meta-analysis reveals disease-relevant vascular cell states and markers in human atherosclerosis 2023-11-28, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2023.113380 PMID:37950869	research paper	通过整合22个单细胞RNA测序库进行荟萃分析，生成了一个包含118,578个细胞的人类动脉粥样硬化综合图谱，揭示了疾病相关的血管细胞状态和标志物	整合多个单细胞RNA测序数据集，创建了一个全面的人类动脉粥样硬化图谱，并发现了平滑肌细胞表型在冠状动脉疾病中的关键作用	NA	研究人类动脉粥样硬化的细胞状态和标志物，以促进心血管疾病的机制和转化研究	人类动脉粥样硬化中的血管和免疫细胞谱系	digital pathology	cardiovascular disease	scRNA-seq, 基因组关联研究(GWAS), 空间成像分析	NA	单细胞RNA测序数据, 基因组数据, 空间成像数据	118,578个细胞来自22个scRNA-seq库
230	2025-08-12	A single-cell CRISPRi platform for characterizing candidate genes relevant to metabolic disorders in human adipocytes 2023-09-01, American journal of physiology. Cell physiology DOI:10.1152/ajpcell.00148.2023 PMID:37486064	研究论文	本文介绍了一种结合CRISPR干扰和单细胞RNA测序的CROP-Seq平台，用于研究人类脂肪细胞的代谢紊乱相关候选基因	开发了CROP-Seq这一无假设工具，能同时研究多个候选基因在脂肪生成过程中的转录结果	研究仅基于SGBS细胞系，可能无法完全代表体内脂肪细胞的行为	鉴定与代谢疾病相关的脂肪生成和脂肪细胞功能的新调控因子	人类前脂肪细胞SGBS细胞系	基因组学	代谢疾病	CROP-Seq（CRISPR干扰与单细胞RNA测序结合技术）	KRAB-dCas9系统	单细胞转录组数据	未明确说明具体样本数量，使用SGBS细胞系在不同时间点进行实验
231	2025-08-12	ZetaSuite: computational analysis of two-dimensional high-throughput data from multi-target screens and single-cell transcriptomics 2022-07-25, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-022-02729-4 PMID:35879727	研究论文	介绍了一种名为Zeta的新统计方法和软件包ZetaSuite，用于分析二维高通量数据	开发了Zeta统计方法和ZetaSuite软件包，用于处理二维高通量数据，特别是在多靶点筛选和单细胞转录组学中的应用	未提及具体的技术限制或数据处理的局限性	解决二维高通量数据分析中的挑战，特别是在功能基因组学研究中的应用	二维高通量数据，包括RNAi筛选、癌症依赖性筛选和单细胞转录组学数据	生物信息学	NA	RNAi筛选、单细胞转录组学	NA	二维高通量数据	NA
232	2025-08-12	Single-cell analysis of the cellular heterogeneity and interactions in the injured mouse spinal cord 2021-08-02, The Journal of experimental medicine IF:12.6Q1 DOI:10.1084/jem.20210040 PMID:34132743	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了小鼠脊髓损伤部位的细胞异质性和相互作用	发现了新的细胞亚群，并通过受体-配体对的表达值识别了调控血管生成、胶质增生和纤维化过程中特定细胞相互作用的信号通路	研究仅针对小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需验证	深入理解脊髓损伤后的伤口愈合过程及其对组织修复的影响	小鼠脊髓损伤部位的细胞	单细胞分析	脊髓损伤	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
233	2025-08-11	Shared Lineage, Distinct Outcomes: Yap and Taz Loss Differentially Impact Schwann and Olfactory Ensheathing Cell Development Without Disrupting GnRH-1 Migration 2025-Oct, Glia IF:5.4Q1 DOI:10.1002/glia.70057 PMID:40631762	research paper	该研究通过单细胞RNA测序和基因敲除实验，探讨了Yap和Taz在嗅觉鞘细胞（OECs）和雪旺细胞发育中的作用及其对GnRH-1神经元迁移的影响	揭示了Yap和Taz在OECs和雪旺细胞发育中的不同作用，并发现尽管这些细胞发育受到影响，GnRH-1神经元的迁移仍不受影响	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类或其他哺乳动物中验证	探究Yap和Taz在嗅觉鞘细胞和雪旺细胞发育中的作用及其对GnRH-1神经元迁移的影响	小鼠胚胎鼻部组织中的嗅觉鞘细胞、雪旺细胞和GnRH-1神经元	发育生物学	NA	单细胞RNA测序、基因敲除	Sox10-Cre小鼠模型	RNA测序数据、基因表达数据	小鼠胚胎鼻部组织
234	2025-08-11	Diverse Subpopulations of Reactive Astrocytes Following Chronic Toxoplasma Infection 2025-Oct, Glia IF:5.4Q1 DOI:10.1002/glia.70053 PMID:40635167	research paper	该研究探讨了慢性弓形虫感染后反应性星形胶质细胞的多样亚群及其功能特征	揭示了慢性神经炎症期间反应性星形胶质细胞亚群的动态变化及其功能特征，特别是表达转甲状腺素蛋白（Ttr）的星形胶质细胞在免疫调节中的新作用	研究主要基于小鼠模型，人类慢性神经炎症中的星形胶质细胞亚群可能有所不同	研究慢性神经炎症中反应性星形胶质细胞的多样性和功能演变	慢性弓形虫感染小鼠模型中的反应性星形胶质细胞	神经科学	神经感染性疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	Lcn2CreERT2报告小鼠模型	基因表达数据	NA
235	2025-08-11	Multi-omics integrative analysis reveals novel genetic loci and candidate genes for ischemic stroke 2025-Sep-09, Molecular therapy. Nucleic acids DOI:10.1016/j.omtn.2025.102633 PMID:40777745	研究论文	本研究通过整合多组学数据，揭示了缺血性中风的新遗传位点和候选基因	发现了124个新的与缺血性中风相关的遗传位点，并通过多种分析方法验证了这些基因在脑血管功能、炎症和代谢中的作用	研究主要依赖于GWAS数据，可能忽略了某些罕见变异的影响	探索缺血性中风的遗传基础，为精准医学策略提供依据	缺血性中风相关的遗传位点和候选基因	遗传学	缺血性中风	GWAS, eQTL, pQTL, 单细胞RNA测序, Mendelian随机化分析	LLM (StrokeGene)	基因组数据, 表达数据, 蛋白质数据	三个大规模GWAS数据集（GWAS Catalog, MEGASTROKE, Open GWAS）
236	2025-08-11	Multi-omics insights of immune cells in the risk and prognosis of idiopathic membranous nephropathy 2025-Aug-10, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-08642-3 PMID:40783650	研究论文	该研究利用多组学数据和多种方法评估了731种免疫细胞表型与特发性膜性肾病(IMN)之间的因果关系，发现CD39调节性T细胞(Treg)与IMN风险及预后显著相关	首次通过孟德尔随机化分析发现CD39 Tregs与IMN的因果关系，并构建了107个复合机器学习模型用于MN识别	仅发现CD39 Tregs这一种免疫细胞亚型与IMN显著相关，可能忽略了其他潜在重要免疫细胞类型	探究免疫细胞在特发性膜性肾病(IMN)发病风险和预后中的作用机制	731种免疫细胞表型，重点关注CD39调节性T细胞(Tregs)	生物医学	特发性膜性肾病	多组学分析、孟德尔随机化、多重免疫荧光染色、单细胞转录组分析、流式细胞术、机器学习建模	复合机器学习模型	多组学数据、单细胞转录组数据、流式细胞数据	未明确说明样本量，涉及731种免疫细胞表型分析
237	2025-08-11	Mitochondrial metabolic reprogramming in colorectal cancer: mechanisms of resistance and future clinical interventions 2025-Aug-09, Cell death discovery IF:6.1Q1 DOI:10.1038/s41420-025-02670-y PMID:40783392	综述	探讨结直肠癌中线粒体代谢重编程在治疗抵抗中的作用及其临床干预策略	深入分析了线粒体代谢重编程如何通过代谢可塑性、氧化还原平衡和细胞器质量控制促进结直肠癌治疗抵抗，并讨论了相关技术在个体化治疗中的应用	主要聚焦于结直肠癌，对其他癌症类型的适用性有待验证	阐明线粒体代谢重编程在结直肠癌治疗抵抗中的作用机制并探索潜在临床干预手段	结直肠癌细胞及其线粒体代谢过程	肿瘤代谢	结直肠癌	空间转录组学、蛋白质组学、患者来源类器官	NA	NA	NA
238	2025-08-11	Comprehensive multi-omics analysis reveals the core role of glycerophospholipid metabolism in the influence of short-chain fatty acids on the development of sepsis 2025-Aug-09, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-13322-7 PMID:40783504	研究论文	通过多组学分析揭示了短链脂肪酸通过甘油磷脂代谢影响脓毒症发展的核心作用	整合小鼠模型、非靶向代谢组学、人类转录组学、单细胞RNA测序和孟德尔随机化等多种方法，首次系统性地研究了短链脂肪酸在脓毒症中的作用机制	研究主要基于小鼠模型和公共数据库数据，需要进一步临床验证	阐明短链脂肪酸改善脓毒症预后的具体分子机制	脓毒症患者和小鼠模型	多组学分析	脓毒症	非靶向代谢组学、转录组学、单细胞RNA测序、孟德尔随机化	SVM-RFE、LASSO回归	代谢组数据、转录组数据、单细胞数据	60只C57BL/6小鼠和多个公共数据库(GSE185263, GSE54514, GSE167363)
239	2025-08-11	Inhibition of astrocyte signaling leads to sex-specific changes in microglia phenotypes in a diet-based model of cerebral small vessel disease 2025-Aug-09, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1 DOI:10.1186/s12974-025-03523-2 PMID:40783543	研究论文	研究探讨了在高同型半胱氨酸血症（HHcy）诱导的饮食模型中，星形胶质细胞信号对微胶质细胞表型的性别特异性影响	揭示了星形胶质细胞通过CN/NFATs信号通路对微胶质细胞表型的性别特异性调控机制	样本量较小，需要更多的生物学重复和更严格的统计分析来支持结论	探究星形胶质细胞信号在脑小血管病中对微胶质细胞表型的影响	C57BL/6 J小鼠的星形胶质细胞和微胶质细胞	神经科学	脑小血管病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、免疫组织化学、Western blot	NA	基因表达数据、蛋白质数据	7-8周龄的雄性和雌性C57BL/6 J小鼠
240	2025-08-11	CAR-engineered cytolytic Tregs reverse pulmonary fibrosis and remodel the fibrotic niche with limited CRS 2025-Aug-08, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.182050 PMID:40627450	研究论文	该研究开发了一种靶向FAP1的CAR-cTregs细胞疗法，用于治疗特发性肺纤维化(IPF)，并在体外和体内模型中验证了其效果	首次将CAR-T细胞的靶向杀伤优势与Treg细胞的免疫抑制功能相结合，开发出CAR-cTregs用于治疗纤维化疾病	研究仅在体外和动物模型中进行验证，尚未进行临床试验	开发一种新型细胞疗法用于治疗特发性肺纤维化	FAP1+肺泡成纤维细胞和CAR-cTregs细胞	细胞免疫治疗	特发性肺纤维化	单细胞转录组分析、CAR-T细胞技术	CAR-cTregs细胞模型	基因表达数据、细胞实验数据	博来霉素诱导的肺纤维化动物模型