单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
221	2025-07-16	Uncovering Heterogeneous Effects via Localized Feature Selection 2025-Jun-07, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.03.657761 PMID:40661389	研究论文	提出一种利用局部化测试统计量识别疾病相关特征的新框架，以解决现有方法在个体水平异质性上的不足	采用局部化测试统计量和knockoffs方法控制选择集的噪声水平，发现数据中的隐藏异质性效应	未明确说明方法在更大规模数据集上的适用性或计算效率	开发精准医学研究工具，识别疾病相关特征并考虑人群异质性	单细胞RNA测序数据中的疾病相关特征	机器学习	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序	knockoffs方法	基因表达数据	NA
222	2025-07-16	Effect of Chronic Stress on Whole Blood Transcriptome: A Meta-Analysis of Publicly Available Datasets from Rodent Models 2025-Jun-01, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.30.657043 PMID:40661584	meta-analysis	通过荟萃分析研究慢性压力对小鼠全血转录组的影响	利用公开数据集进行荟萃分析，探讨慢性压力对全血转录组的影响，为跨物种比较提供分子层面的见解	研究仅基于三个数据集，样本量相对较小（n=92），且仅限于小鼠模型	研究慢性压力对全血转录组的影响，以改善神经精神疾病的诊断和治疗	小鼠的全血转录组	生物信息学	神经精神疾病	转录组分析，scRNA-Seq	随机效应模型	转录组数据	92只小鼠（45只非压力组，47只压力组）
223	2025-07-16	Immune cell type divergence in a basal chordate 2025-May-23, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.20.655184 PMID:40661343	research paper	该研究通过单细胞RNA测序等技术，定义了基础脊索动物血细胞状态的身份，揭示了其免疫细胞类型的多样性	首次在基础脊索动物中详细描述了血细胞的分化层次和免疫细胞类型的多样性，扩展了脊索动物免疫细胞的已知库	无脊椎动物免疫细胞与脊椎动物免疫细胞的同源性仍不明确	研究基础脊索动物免疫细胞类型的进化和功能	基础脊索动物的血细胞	进化生物学	NA	单细胞RNA测序、杂交、活体报告基因	NA	RNA测序数据	NA
224	2025-07-16	Longitudinal single cell RNA-sequencing reveals evolution of micro- and macro-states in chronic myeloid leukemia 2025-May-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.14.653262 PMID:40661452	研究论文	通过纵向单细胞RNA测序揭示慢性髓性白血病中微观和宏观状态的演变	利用状态转换理论揭示了细胞类型特异性贡献如何调控稳健的疾病表型状态转换，建立了理论框架解释离散疾病表型在单细胞尺度隐藏而在宏观状态水平显现的原因	NA	解析单细胞数据中疾病定义状态的涌现机制	慢性髓性白血病(CML)进展过程	单细胞测序分析	慢性髓性白血病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	状态转换理论	单细胞转录组数据	NA
225	2025-07-16	Decoding sexual dimorphism of the sex-shared nervous system at single-neuron resolution 2025-May-08, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.27.630541 PMID:40654890	研究论文	利用单细胞RNA测序技术研究成年雄性和雌雄同体个体中共享神经元的转录组，揭示神经系统中的分子二态性	首次在单神经元水平上揭示共享神经系统的性别二态性，发现神经肽和信号相关基因的性别偏向表达	研究仅关注转录组水平，未涉及蛋白质或功能层面的验证	理解遗传性别如何影响神经系统的分子结构	成年雄性和雌雄同体个体的共享神经元	神经科学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	成年雄性和雌雄同体个体的神经元
226	2025-07-16	Splicing regulatory dynamics for precision analysis and treatment of heterogeneous leukemias 2025-May-07, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adr1471 PMID:40333990	研究论文	该研究开发了一种名为OncoSplice的无监督计算工作流程，用于全面定义肿瘤分子景观，特别是在急性和儿童急性髓系白血病（AML）中	发现了一种在缺乏特定突变的情况下，广泛剪接失调作为异质性白血病治疗靶点的新见解	研究主要集中在AML，对其他类型癌症的适用性尚不明确	探索剪接失调在癌症中的作用，特别是在无剪接因子突变的情况下	成人和儿童急性髓系白血病（AML）	数字病理学	白血病	长读单细胞RNA测序	OncoSplice（无监督计算工作流程）	RNA测序数据	跨多个AML队列的成人和儿童样本
227	2025-07-16	Epitenon-derived cells comprise a distinct progenitor population that contributes to both fibrosis and regeneration following acute flexor tendon injury in a spatially-dependent manner 2025-May-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.01.30.526242 PMID:36778469	研究论文	本研究揭示了腱外膜细胞在肌腱急性损伤后的纤维化和再生过程中的重要作用	首次确定腱外膜细胞是肌腱损伤后纤维化和再生的重要细胞来源，并通过单细胞RNA测序和遗传谱系追踪技术进行了验证	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证相对有限	探索肌腱损伤后纤维化和再生过程中的关键细胞群体	小鼠和人类肌腱组织	组织再生	肌腱损伤	遗传谱系追踪、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、免疫荧光染色	小鼠肌腱损伤模型	基因表达数据、组织学图像	未明确说明具体样本数量，涉及小鼠模型和人类瘢痕组织样本
228	2025-07-16	Single-cell and spatial analyses reveal the effect of VSIG4+S100A10+TAMs on the immunosuppression of glioblastoma and anti-PD-1 immunotherapy 2025-May, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.142415 PMID:40127797	研究论文	本研究通过单细胞和空间分析揭示了VSIG4+S100A10+TAMs对胶质母细胞瘤免疫抑制及抗PD-1免疫疗法的影响	首次证明VSIG4S100A10TAM是胶质母细胞瘤不良预后的独立预测指标，并在对抗PD-1免疫疗法无反应的患者中显著积累	研究样本量有限（16例患者样本），可能需要更大规模的验证	探索巨噬细胞对免疫疗法效果的影响，以改善胶质母细胞瘤的治疗效果	胶质母细胞瘤相关的肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）	数字病理学	胶质母细胞瘤	bulk RNA-seq, scRNA-seq, 空间转录组学, 流式细胞术, 多重免疫荧光（mIF）	NA	RNA测序数据, 空间转录组数据, 流式细胞数据, 免疫荧光图像	16例患者样本
229	2025-07-16	SCassist: An AI Based Workflow Assistant for Single-Cell Analysis 2025-Apr-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.04.22.650107 PMID:40492199	研究论文	介绍了一个基于AI的单细胞分析工作流助手SCassist，旨在简化scRNA-seq数据分析过程	利用大型语言模型(LLM)指导scRNA-seq分析，提供过滤、标准化和聚类参数的建议，以及细胞类型注释和富集分析的智能解释	未提及具体性能评估或与其他工具的对比结果	开发一个简化单细胞RNA测序数据分析的工具	单细胞RNA测序(scRNA-seq)数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	大型语言模型(LLM)，包括Google's Gemini、OpenAI's GPT和Meta's Llama3	单细胞RNA测序数据	NA
230	2025-07-16	Identification and characterization of early human photoreceptor states and cell-state-specific retinoblastoma-related features 2025-Apr-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.02.28.530247 PMID:38915659	研究论文	该研究通过深度全长单细胞RNA测序（scRNA-seq）鉴定了人类视锥细胞和视杆细胞的发育状态，并揭示了与视网膜母细胞瘤发生相关的视锥细胞特异性特征	揭示了未解决的感光细胞前体状态，并提出了早期视锥前体内在表达在视网膜母细胞瘤起始中的作用	NA	理解人类视锥细胞和视杆细胞发育状态的差异及其在视网膜母细胞瘤发生中的作用	人类视锥细胞和视杆细胞的发育状态	单细胞转录组学	视网膜母细胞瘤	全长单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA-seq数据	NA
231	2025-07-16	A Single-Cell Transcriptome Atlas of Epithelial Subpopulations in HPV-Positive and HPV-Negative Head and Neck Cancers 2025-03-24, Viruses DOI:10.3390/v17040461 PMID:40284904	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术分析了HPV阳性和HPV阴性头颈癌中的上皮亚群，旨在揭示其转录组特征和潜在生物标志物	首次在HPV阳性和HPV阴性头颈癌中系统比较上皮亚群的单细胞转录组特征，并识别新的生物标志物	研究基于已发表的单细胞RNA测序数据，可能受限于原始数据的样本量和质量	优化头颈鳞状细胞癌的治疗方案，特别是针对HPV阳性和阴性肿瘤的差异化治疗	HPV阳性和HPV阴性头颈鳞状细胞癌的上皮细胞亚群	数字病理学	头颈癌	单细胞RNA测序(scRNAseq)	NA	单细胞转录组数据	已发表的HPV+和HPV-头颈癌单细胞RNA测序数据集
232	2025-07-16	Shared Lineage, Distinct Outcomes: Yap and Taz Loss Differentially Impact Schwann and Olfactory Ensheathing Cell Development Without Disrupting GnRH-1 Migration 2025-Feb-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.13.638196 PMID:40027653	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和基因敲除技术，探讨了Yap和Taz转录因子在嗅觉鞘细胞（OECs）和雪旺细胞发育中的不同作用及其对GnRH-1神经元迁移的影响	揭示了Yap和Taz在OECs和雪旺细胞发育中的差异性作用，并发现尽管这些细胞的发育受到影响，GnRH-1神经元的迁移仍不受影响	研究仅基于小鼠胚胎鼻组织，未涉及人类或其他模型	探究Yap和Taz在OECs和雪旺细胞发育中的作用及其对GnRH-1神经元迁移的影响	小鼠胚胎鼻组织中的OECs、雪旺细胞和GnRH-1神经元	神经科学	NA	单细胞RNA测序、基因敲除	NA	RNA测序数据	小鼠胚胎鼻组织
233	2025-07-16	Histopathologic Evaluation and Single-Cell Spatial Transcriptomics of the Colon Reveal Cellular and Molecular Abnormalities Linked to J-Pouch Failure in Patients with Inflammatory Bowel Disease 2025-Jan-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.27.635092 PMID:39974918	研究论文	本研究通过组织病理学评估和单细胞空间转录组学分析，揭示了与炎症性肠病患者J型储袋失败相关的细胞和分子异常	首次结合组织病理学特征和单细胞空间转录组学技术，系统研究了结肠切除术后储袋失败的预测因素和分子机制	研究为回顾性病例对照设计，样本量虽大但来自单一医疗中心	探究结肠切除术标本的组织病理学特征与储袋失败的关联，并揭示其分子机制	417例接受回肠储袋肛管吻合术(IPAA)的溃疡性结肠炎患者	数字病理学	炎症性肠病	单细胞空间转录组学	NA	组织病理学图像和转录组数据	417例患者（其中部分进行空间转录组分析）
234	2025-07-16	Single Cell Spatial Transcriptomics Reveals Immunotherapy-Driven Bone Marrow Niche Remodeling in AML 2025-Jan-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.24.634753 PMID:39975227	研究论文	本研究利用多组学方法研究了免疫治疗对急性髓系白血病患者骨髓微环境中白血病细胞与免疫细胞时空相互作用的影响	整合单细胞RNA测序数据与单细胞分辨率空间转录组数据，克服了测序深度限制，并采用深度学习特征进行图像分析	研究样本可能有限，且仅针对特定免疫治疗方案（pembrolizumab联合地西他滨）	探究免疫治疗对急性髓系白血病患者骨髓微环境的重塑作用	难治性或复发性急性髓系白血病患者的骨髓微环境	数字病理学	急性髓系白血病	单细胞RNA测序、空间转录组学	深度学习模型	单细胞RNA测序数据、空间转录组数据	未明确提及具体样本数量（难治性或复发性急性髓系白血病患者）
235	2025-07-16	The chromatin remodeler ADNP regulates neurodevelopmental disorder risk genes and neocortical neurogenesis 2025-Jan-21, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2405981122 PMID:39808658	研究论文	本文研究了染色质重塑复合物ChAHP在神经发育障碍（NDDs）风险基因和新皮质神经发生中的作用	揭示了Adnp通过两步过程调控新皮质发育中上层神经元的产生，并识别了与NDDs相关的风险基因网络	研究主要基于小鼠模型，人类神经发育的适用性需要进一步验证	探索染色质重塑复合物ChAHP在神经发育障碍中的作用机制	小鼠新皮质发育过程中的神经发生和基因表达	神经科学	神经发育障碍	单细胞转录组学、cut&run-seq、组织学方法	条件性突变小鼠模型	基因表达数据、染色质结合数据	NA
236	2025-07-16	Exploration of M2 macrophage-related biomarkers and a candidate drug for glioblastoma using high-dimensional weighted gene co-expression network analysis 2025, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2025.1587258 PMID:40661076	研究论文	本研究通过高维加权基因共表达网络分析（hdWGCNA）探索了与M2巨噬细胞相关的基因生物标志物，并预测了胶质母细胞瘤（GBM）的候选药物	利用hdWGCNA方法筛选M2巨噬细胞相关基因，并预测候选药物，为GBM的机制理解和治疗提供新视角	研究依赖于公开数据库的数据，未进行实验验证	识别M2巨噬细胞相关基因生物标志物并预测GBM的候选药物	胶质母细胞瘤（GBM）中的M2巨噬细胞	生物信息学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、高维加权基因共表达网络分析（hdWGCNA）、分子对接	诊断模型	基因表达数据	来自GEO数据库的scRNA-seq数据（GSE162631）和表达数据（GSE4290）
237	2025-07-16	Silencing NEDD4L Effectively Inhibits the Malignant Behaviors of Hepatocellular Carcinoma 2025, Journal of hepatocellular carcinoma IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JHC.S511466 PMID:40661237	research paper	本研究探讨了NEDD4L在肝细胞癌(HCC)中的表达、生存影响及其调控机制，并通过体外功能实验验证了NEDD4L对HCC恶性生物学行为的影响	首次系统性地研究了NEDD4L在HCC中的功能及其作为独立预后标志物的潜力，并揭示了其通过泛素化调控细胞周期和DNA损伤修复的新机制	研究主要基于体外实验和生物信息学分析，缺乏体内实验验证	探究NEDD4L在HCC发生发展中的作用及其作为治疗靶点的潜力	肝细胞癌(HCC)	肿瘤生物学	肝细胞癌	RNA-seq, 微阵列分析, 单细胞测序, Edu, CCK-8, Transwell, 伤口愈合实验	NA	基因表达数据, 单细胞测序数据	多个数据库的HCC患者数据
238	2025-07-16	Single-cell RNA-sequencing highlights a curtailed NK cell function in convalescent COVID-19 pregnant women 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1560391 PMID:40661959	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序和流式细胞术，揭示了COVID-19康复孕妇中NK细胞功能的持续减弱	首次发现SARS-CoV-2感染会重编程康复孕妇中NK细胞、单核细胞、T细胞和B细胞的基因表达谱，并持续影响其免疫功能	研究样本量有限，且仅针对孕妇群体，结果可能无法推广到其他人群	探究SARS-CoV-2感染如何改变孕妇在感染期间和康复后的免疫景观	COVID-19康复孕妇和健康孕妇的免疫细胞	免疫学	COVID-19	scRNA-seq, 流式细胞术	NA	单细胞转录组数据, 流式细胞数据	两个独立地理队列的孕妇样本
239	2025-07-16	Development of a Starvation Response-Based Model and Its Application in Prognostic Assessment of Liver Hepatocellular Carcinoma 2025, Mediators of inflammation IF:4.4Q2 DOI:10.1155/mi/8828435 PMID:40662145	研究论文	基于饥饿反应相关基因构建风险模型，用于肝细胞癌的预后评估	首次构建基于饥饿反应相关基因的风险模型，用于预测肝细胞癌的预后	研究依赖于公共数据库的数据，未进行独立队列验证	开发肝细胞癌的预后评估模型	肝细胞癌患者	数字病理	肝细胞癌	scRNA-seq, WGCNA, ssGSEA, MCP-Counter, ESTIMATE, TIMER	RiskScore模型	转录组数据, 单细胞RNA测序数据	公共数据库中的肝细胞癌患者数据
240	2025-07-16	Inflammatory Monocytes Increase Prior to Detectable HIV-1 Rebound Viremia 2024-Dec-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.24.630257 PMID:39763863	research paper	研究HIV-1治疗停止后病毒反弹前的免疫反应变化	发现病毒反弹前CD16单核细胞的显著增加及其抗病毒基因表达的变化	未提及样本量是否足够大以支持广泛结论	识别治疗停止后病毒反弹前的早期信号，以延长病毒反弹时间和治愈HIV-1	外周血单个核细胞（PBMCs）和血浆蛋白组	免疫学	HIV-1感染	血浆蛋白质组学和单细胞转录组学	NA	蛋白质组数据和转录组数据	NA