单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
221	2025-08-09	Inferring Metabolic Flux from Gene Expression Data Using METAFlux 2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-4566-6_10 PMID:40779111	研究论文	介绍了一种名为METAFlux的计算技术，用于从RNA测序数据推断代谢反应的通量	开发了METAFlux技术，利用通量平衡分析从RNA测序数据推断代谢反应的通量，并扩展到表征代谢异质性和细胞类型间的代谢相互作用	当前代谢组学技术的局限性限制了肿瘤代谢组的广泛和深入表征	理解癌症生物学并改善患者护理	肿瘤和肿瘤微环境中的代谢途径	计算生物学	癌症	RNA测序（RNA-seq）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	通量平衡分析（FBA）	RNA测序数据	NA
222	2025-08-09	Inferring Phenotypes of Copy Number Clones in Cancer Populations Using TreeAlign 2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-4566-6_7 PMID:40779108	研究论文	介绍了一种名为TreeAlign的计算方法，用于将单细胞RNA数据与单细胞全基因组序列数据中的克隆进行匹配，以联合分析拷贝数和基因表达	TreeAlign方法能够结合系统发育信息，稳健地模拟基因剂量对基因表达的影响	需要同时具备单细胞RNA测序和单细胞全基因组测序数据，这在当前并不常见	开发一种计算方法，以联合分析单细胞水平的拷贝数变异和基因表达变化	癌症细胞中的拷贝数克隆和基因表达表型	计算生物学	癌症	scRNA-seq, scWGS	TreeAlign	基因组序列数据, 基因表达数据	NA
223	2025-08-09	Genome-scale modeling identifies dynamic metabolic vulnerabilities during the epithelial to mesenchymal transition 2024-Dec-27, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-07408-7 PMID:39730911	研究论文	通过基因组尺度代谢建模，研究上皮-间质转化(EMT)过程中的动态代谢脆弱性	整合多种组学数据，利用计算模型揭示EMT过程中的时间依赖性和细胞状态特异性代谢依赖关系	研究主要基于细胞培养模型，可能无法完全反映体内复杂情况	探索上皮-间质转化过程中的代谢网络重构	TGF-β刺激的细胞培养模型	计算生物学	肺癌	基因组尺度代谢建模、时间序列转录组学、时间序列蛋白质组学、单细胞转录组学、CRISPR-Cas9筛选	基因组尺度代谢模型	转录组数据、蛋白质组数据	多个细胞培养模型的组学数据集
224	2025-08-09	Associations between cuprotosis-related genes and the spectrum of metabolic dysfunction-associated fatty liver disease: An exploratory study 2024-12, Diabetes, obesity & metabolism DOI:10.1111/dom.15946 PMID:39285685	研究论文	探讨铜死亡相关基因（CRGs）与代谢功能障碍相关脂肪性肝病（MAFLD）不同阶段（包括肝细胞癌HCC）的关联	首次探索铜死亡相关基因在MAFLD及其进展至HCC过程中的作用机制，发现GLS基因通过铜死亡和T细胞激活促进MAFLD进展	研究样本量相对有限，且主要依赖回顾性数据分析，需要进一步实验验证	揭示铜死亡相关基因在MAFLD疾病谱中的分子机制	MAFLD患者（n=331）、MAFLD相关HCC患者（n=271）及温州PERSONS队列（n=656）	生物医学研究	代谢功能障碍相关脂肪性肝病（MAFLD）和肝细胞癌（HCC）	RNA测序（bulk RNA-seq和单细胞RNA-seq）、全基因组关联分析（GWAS）	逻辑回归分析、差异相关性分析	基因表达数据、临床指标数据	总样本量1258例（MAFLD 331例，MAFLD-HCC 271例，验证队列656例）
225	2025-08-09	Mapping the gene space at single-cell resolution with gene signal pattern analysis 2024-Dec, Nature computational science IF:12.0Q1 DOI:10.1038/s43588-024-00734-0 PMID:39706866	research paper	本文提出了一种名为基因信号模式分析（GSPA）的图信号处理方法，用于从单细胞数据中学习丰富的基因表示	GSPA利用细胞-细胞图上的扩散小波字典学习基因表示，能够基于基因在细胞流形上的模式和定位进行表征	NA	解决单细胞测序分析中基因空间映射或嵌入的问题	单细胞测序数据中的基因	computational biology	NA	single-cell sequencing	graph signal processing	single-cell data	NA
226	2025-08-09	Advancing toward a unified eosinophil signature from transcriptional profiling 2024-Nov-27, Journal of leukocyte biology IF:3.6Q2 DOI:10.1093/jleuko/qiae188 PMID:39213186	review	本文总结了小鼠和人类嗜酸性粒细胞在血液和组织中的转录分析研究，讨论了各种方法的优势和潜在缺陷	提出了建立嗜酸性粒细胞转录特征的最小基因集，以及人类疾病活动期与缓解期或发育阶段的比较研究	嗜酸性粒细胞细胞脆弱性和高质量RNA分离困难限制了转录分析的研究	提高嗜酸性粒细胞相关疾病的诊断精确度和治疗选择	小鼠和人类的嗜酸性粒细胞	转录组学	嗜酸性粒细胞相关疾病	单细胞RNA测序、批量RNA测序、微阵列	NA	转录组数据	NA
227	2025-08-09	[Ionizing radiation-induced damage (IRD) to and repair mechanisms of the male reproductive system: Report of testicular function changes in a case of IRD] 2024-Aug, Zhonghua nan ke xue = National journal of andrology PMID:40778793	research paper	研究电离辐射对睾丸结构和功能的影响，并提供预防和治疗辐射损伤的策略	使用单细胞转录组测序技术分析电离辐射对睾丸细胞功能的影响，并探索通过改善脂质代谢来减轻辐射损伤	研究仅基于一个病例和小鼠模型，样本量较小	探讨电离辐射对男性生殖系统的损伤机制及修复策略	睾丸结构和功能、精子、激素水平、Leydig细胞和巨噬细胞	生殖医学	辐射损伤	辐射剂量模拟、精液分析、激素检测、电子显微镜、单细胞转录组测序	小鼠模型	生物医学数据	一个病例和小鼠模型
228	2025-08-09	Distinct mesenchymal cell states mediate prostate cancer progression 2024-01-08, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-44210-1 PMID:38191471	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了前列腺癌进展中肿瘤间质细胞的分子变化及其作用	识别了8个具有跨物种一致性的基质细胞亚群，并发现了periostin在侵袭和分化中的作用，提出了超越传统Gleason评分的转移预测基因特征	主要基于小鼠模型数据，人类样本验证仍需进一步研究	阐明间质细胞在前列腺癌进展中的具体作用机制	前列腺癌肿瘤微环境中的间质细胞	肿瘤生物学	前列腺癌	单细胞RNA测序	基因工程小鼠模型(GEMMs)	RNA测序数据	4种基因工程小鼠模型和人类肿瘤样本
229	2025-08-09	Distinct mesenchymal cell states mediate prostate cancer progression 2023-Apr-01, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.03.29.534769 PMID:37034687	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序比较了不同阶段前列腺癌小鼠模型与野生型小鼠的间质细胞，揭示了间质细胞在前列腺癌进展中的作用	识别了8个转录和功能上不同的间质细胞群体，并构建了一个能预测前列腺癌转移进展的基因特征	研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证相对有限	探究间质细胞在前列腺癌进展中的作用及其分子机制	前列腺癌小鼠模型和人类前列腺癌样本	癌症研究	前列腺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	RNA测序数据	四种基因工程小鼠模型(GEMMs)及对应野生型小鼠，以及人类肿瘤样本
230	2025-08-09	Universal prediction of cell-cycle position using transfer learning 2022-01-31, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-021-02581-y PMID:35101061	research paper	介绍了一个名为tricycle的R/Bioconductor包，用于通过单细胞RNA-seq数据高分辨率推断细胞周期位置	利用细胞周期的生物学特征、周期性函数主成分分析的数学特性以及迁移学习，开发了一种通用的细胞周期位置预测方法	NA	开发一种通用的方法来高分辨率推断细胞周期位置	单细胞RNA-seq数据	生物信息学	NA	单细胞RNA-seq	迁移学习	RNA-seq数据	NA
231	2025-08-09	Single-Cell RNA-Seq Analysis of Retinal Development Identifies NFI Factors as Regulating Mitotic Exit and Late-Born Cell Specification 2019-06-19, Neuron IF:14.7Q1 DOI:10.1016/j.neuron.2019.04.010 PMID:31128945	研究论文	通过单细胞RNA测序分析视网膜发育过程，鉴定NFI转录因子在调控有丝分裂退出和晚期出生细胞命运决定中的作用	首次利用单细胞RNA测序技术全面解析视网膜神经发生过程中的基因表达变化，并发现NFI转录因子在调控晚期视网膜祖细胞命运决定中的新功能	研究仅关注视网膜发育过程，未验证NFI因子在其他神经发育系统中的功能	揭示视网膜神经发生过程中的基因调控网络	视网膜发育过程中的细胞	单细胞组学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞转录组数据	涵盖视网膜神经发生全过程的10个发育阶段样本
232	2025-08-09	Decomposing Cell Identity for Transfer Learning across Cellular Measurements, Platforms, Tissues, and Species 2019-05-22, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2019.04.004 PMID:31121116	研究论文	本文介绍了scCoGAPS和projectR工具，用于通过转移学习在单细胞RNA测序数据中分解和验证细胞状态的潜在空间	提出了scCoGAPS和projectR工具，通过转移学习在不同数据集间验证潜在空间，避免了批次效应和技术特征的影响	潜在空间的解释和验证仍是一个挑战	探索单细胞RNA测序数据的潜在空间表示，以比较和识别细胞	小鼠视网膜、人视网膜发育时间序列、发育中的脑单细胞RNA测序数据集、染色质可及性数据和小鼠细胞类型图谱	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	基因表达数据	多个数据集，包括小鼠和人的视网膜、脑发育数据等
233	2025-08-08	Roadmap for spatial transcriptomics of HIV in tissues 2025-Sep-01, Current opinion in HIV and AIDS IF:4.5Q1 DOI:10.1097/COH.0000000000000961 PMID:40626838	review	本文综述了空间转录组学在HIV组织持久性研究中的应用及其技术平台和工作流程	空间转录组学以高分辨率（<1μm）捕获RNA分子，实现近单细胞水平的全基因组分析，并揭示了HIV感染细胞与周围微环境的相互作用	靶向RNA捕获在增加目标数量的同时可能降低灵敏度，且需避免报告未知生物学意义的特征	探讨HIV在组织中的持久性机制并为治疗策略提供信息	HIV感染细胞及其周围微环境	空间转录组学	HIV感染	空间转录组学平台、ATAC-seq、蛋白质捕获、T细胞受体测序	NA	RNA分子数据	NA
234	2025-08-08	Single cell analyses of the HIV reservoir in the CNS and CSF: recent insights and implications 2025-Sep-01, Current opinion in HIV and AIDS IF:4.5Q1 DOI:10.1097/COH.0000000000000958 PMID:40742782	review	本文综述了单细胞组学技术在理解中枢神经系统（CNS）和脑脊液（CSF）中HIV病毒库的最新进展	应用单细胞和单核RNA-seq、ATAC-seq、CITE-seq、AIRR-seq、多组学平台和空间转录组学技术，揭示了HIV在CNS中的持续存在机制	研究主要基于尸检脑组织和CSF样本，可能无法完全反映活体动态	探讨HIV在CNS和CSF中的病毒库特性及其对治疗策略的影响	中枢神经系统（CNS）和脑脊液（CSF）中的HIV病毒库	生物医学研究	HIV感染	单细胞RNA-seq、ATAC-seq、CITE-seq、AIRR-seq、多组学平台、空间转录组学	NA	单细胞组学数据	尸检脑组织和CSF样本
235	2025-08-08	Single-cell sequencing technologies: a multiomics toolbox for investigating HIV-1 persistence 2025-Sep-01, Current opinion in HIV and AIDS IF:4.5Q1 DOI:10.1097/COH.0000000000000966 PMID:40772512	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
236	2025-08-08	HDGF derived from Müller cells enhances the activation of microglia in diabetic retinopathy 2025-Aug-25, Journal of biomedical research IF:2.2Q3 DOI:10.7555/JBR.38.20240386 PMID:40770862	研究论文	本研究探讨了肝细胞瘤衍生生长因子（HDGF）在糖尿病视网膜病变（DR）中介导炎症的作用	首次揭示了HDGF在DR中主要由Müller细胞产生并靶向小胶质细胞，促进其激活和炎症反应	研究主要基于体外实验和动物模型，尚未进行人体临床试验	阐明HDGF在糖尿病视网膜病变炎症反应中的作用机制	Müller细胞和小胶质细胞	眼科疾病研究	糖尿病视网膜病变	ELISA、qPCR、western blot、荧光免疫染色	动物模型（DR小鼠）	RNA测序数据、蛋白质表达数据	未明确说明样本数量，涉及体外培养细胞和DR小鼠模型
237	2025-08-08	Coordinated regulation of self-renewal and cell cycle during human lympho-myeloid lineage restriction 2025-Aug-07, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2024026936 PMID:40258184	研究论文	本研究开发了支持早期B淋巴细胞分化的大量和克隆培养系统，揭示了人类淋巴-髓系限制过程中自我更新和细胞周期的协调调控机制	开发了新型培养系统支持早期人类淋巴分化，揭示了增殖控制的共享机制及B和NM谱系限制过程中的生物学和转录异质性	研究主要基于体外培养系统，可能无法完全反映体内情况	阐明人类淋巴-髓系限制过程中自我更新和细胞周期的调控机制	CD34+人类脐带血细胞	细胞生物学	NA	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	人类脐带血CD34+细胞
238	2025-08-08	Insight into pericytes in glioblastoma angiogenesis: In vivo tracking by two-photon microscopy and proteomic profiling 2025-Aug-07, Animal models and experimental medicine IF:3.8Q2 DOI:10.1002/ame2.70073 PMID:40772404	研究论文	本研究通过双光子显微镜和蛋白质组学分析，探讨了胶质母细胞瘤血管生成中周细胞的动态变化和分子重编程	揭示了周细胞在胶质母细胞瘤血管生成中的时空角色和分子变化，并开发了集成的成像-蛋白质组学框架	研究主要基于转基因小鼠模型，人类样本验证有限	探究胶质母细胞瘤血管生成中周细胞的作用和分子机制	胶质母细胞瘤中的周细胞和血管系统	数字病理学	胶质母细胞瘤	双光子显微镜、LC-MS/MS蛋白质组学、scRNA-seq	转基因小鼠模型	图像、蛋白质组数据、单细胞RNA测序数据	转基因小鼠模型和人类胶质母细胞瘤样本
239	2025-08-08	Single-cell sequencing reveals potential novel insights into appendage-patterning and joint-development in a spider 2025-Aug-07, Developmental dynamics : an official publication of the American Association of Anatomists IF:2.0Q3 DOI:10.1002/dvdy.70069 PMID:40772585	研究论文	通过单细胞测序技术研究蜘蛛胚胎中附肢模式和关节发育的潜在新遗传因子	发现了与附肢模式和关节发育相关的新基因，如dysfusion (dysf)、spätzle3 (spz3)和seven-up (svp)，并研究了这些基因在远缘螯肢动物中的进化起源	研究仅基于蜘蛛和螯肢动物的胚胎数据，未涉及其他节肢动物或更广泛的物种比较	理解节肢动物附肢模式和关节发育的基因调控网络	蜘蛛Parasteatoda tepidariorum和螯肢动物Phalangium opilio的胚胎	发育生物学	NA	单细胞测序(SCS)	NA	基因表达数据	蜘蛛和螯肢动物的胚胎细胞群
240	2025-08-08	Paired single-cell and spatial transcriptional profiling reveals a central osteopontin macrophage response mediating tuberculous granuloma formation 2025-Aug-07, mBio IF:5.1Q1 DOI:10.1128/mbio.01559-25 PMID:40772762	研究论文	通过单细胞和空间转录组测序揭示了结核性肉芽肿形成的核心机制，特别是富含骨桥蛋白的巨噬细胞的作用	首次结合单细胞和空间转录组技术全面解析结核性肉芽肿的细胞组成、空间结构及关键调控基因SPP1的作用	研究主要基于活检样本，可能无法完全反映活体动态过程；斑马鱼模型与人类疾病的直接相关性有待进一步验证	阐明结核性肉芽肿的细胞组成和形成机制	结核病患者肉芽肿活检样本及斑马鱼感染模型	单细胞组学	结核病	单细胞RNA测序、空间转录组测序	NA	转录组数据	结核病患者肉芽肿活检样本（具体数量未明确）及斑马鱼模型