单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
221	2025-08-03	Protocol for automated graph-based clustering of single-cell RNA-seq data with application in mouse intestinal stem cells 2025-Jul-31, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2025.104000 PMID:40748762	研究论文	本文介绍了一种从小鼠肠道中分离高度纯化的隐窝上皮细胞进行单细胞RNA测序的协议，并展示了其在肠道干细胞数据集中的应用	提出了一个优化的单细胞RNA测序协议，并引入了ACDC这一高效的Python包，用于自动化基于图的细胞群体聚类	协议主要针对小鼠空肠优化，虽然可以适应其他肠道区域，但可能需要额外调整	开发并验证一个高效的单细胞RNA测序数据分析流程，用于识别细胞群体	小鼠肠道隐窝上皮细胞	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	基于图的聚类	基因表达数据	NA
222	2025-08-03	Semaglutide ameliorates retinal vascular permeability destruction in diabetic retinopathy by AnxA2-mediated MMP-9 activation and basement membrane remodeling 2025-Jul-31, Biomedicine & pharmacotherapy = Biomedecine & pharmacotherapie DOI:10.1016/j.biopha.2025.118409 PMID:40749340	research paper	本研究探讨了semaglutide通过AnxA2介导的MMP-9激活和基底膜重塑改善糖尿病视网膜病变中视网膜血管通透性破坏的机制	揭示了semaglutide通过上调内皮AnxA2激活MMP-9降解病理增厚的基底膜并改善视网膜血管通透性破坏的葡萄糖非依赖性血管保护作用	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体临床试验中验证	探究semaglutide在糖尿病视网膜病变中的保护机制	高脂饮食/链脲佐菌素诱导的2型糖尿病小鼠模型	糖尿病视网膜病变研究	糖尿病视网膜病变	蛋白质组学、单细胞RNA测序、Western blot、免疫荧光和免疫组化	小鼠糖尿病模型	组织病理学、血管通透性、超微结构数据	糖尿病小鼠模型
223	2025-08-03	Isorhapontigenin alleviates pulmonary fibrosis by inhibiting oxidative stress-induced senescence via STAT3/PRDX2 signals in alveolar epithelial cells 2025-Jul-31, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.115287 PMID:40749611	研究论文	本文研究了异鼠李素通过抑制氧化应激诱导的衰老来缓解肺纤维化的作用机制	发现异鼠李素通过STAT3/PRDX2信号通路抑制氧化应激诱导的肺泡上皮细胞衰老，为肺纤维化治疗提供了新的治疗策略	研究主要基于小鼠模型和BEAS-2B细胞，尚未进行临床试验	探索异鼠李素在肺纤维化治疗中的作用机制	肺泡上皮细胞和肺纤维化组织	生物医学	肺纤维化	网络药理学、蛋白质组学、分子对接、DARTS分析、LC-MS/MS、单细胞测序	小鼠模型和BEAS-2B细胞模型	蛋白质组学数据和单细胞测序数据	未明确提及样本数量，但使用了小鼠模型和BEAS-2B细胞
224	2025-08-03	Comprehensive analysis of cholesterol metabolism-related genes in prostate cancer: integrated analysis of single-cell and bulk RNA sequencing 2025-Jul-30, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-03294-5 PMID:40736630	研究论文	本研究通过整合单细胞和批量RNA测序数据，构建并验证了一个与胆固醇代谢基因相关的预后特征，用于预测前列腺癌患者的预后	首次整合单细胞和批量RNA测序数据，构建胆固醇代谢基因相关的预后特征，并探索其生物学、临床和治疗意义	研究依赖于公共数据库的数据，可能受到数据质量和样本量的限制	构建和验证一个胆固醇代谢基因相关的预后特征，以预测前列腺癌患者的预后	前列腺癌患者	数字病理	前列腺癌	RNA测序, 单细胞RNA测序	LASSO	RNA测序数据	TCGA PRAD数据集及三个外部队列
225	2025-08-03	CYCLONE: recycle contrastive learning for integrating single-cell gene expression data 2025-Jul-30, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-025-06214-0 PMID:40739171	研究论文	本文介绍了一种名为CYCLONE的新方法，用于通过循环对比学习网络整合单细胞基因表达数据	CYCLONE通过循环更新MNN对和结合KNN对来增强正样本对的置信度，同时避免批次效应的过度校正，保留批次特异性信息	NA	整合单细胞转录组测序数据以减少批次效应，提高细胞聚类准确性	单细胞基因表达数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	循环对比学习网络, VAE	基因表达数据	模拟和真实的scRNA-seq数据集
226	2025-08-03	Comprehensive insight on immune landscape in intracerebral hemorrhage patients with single-cell RNA sequencing: from blood to hematoma 2025-Jul-30, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1 DOI:10.1186/s12974-025-03518-z PMID:40739271	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，探究了脑出血患者血肿和血液样本中免疫细胞的转录组特征	首次从血肿样本中研究脑出血患者的免疫细胞转录组特征，并揭示了Toll样受体4在脑出血中的作用	样本量较小（4名脑出血患者和3名健康志愿者）	探究脑出血患者血肿和血液中免疫细胞的转录组特征及其在疾病中的作用	脑出血患者的血肿和血液样本，以及健康志愿者的血液样本	单细胞转录组学	脑出血	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	NA	RNA测序数据	4名脑出血患者和3名健康志愿者
227	2025-08-03	CanCellCap: robust cancer cell capture across tissue types on single-cell RNA-seq data by multi-domain learning 2025-Jul-30, BMC biology IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s12915-025-02337-1 PMID:40739511	研究论文	提出了一种名为CanCellCap的多领域学习框架，用于在单细胞RNA测序数据中跨组织类型识别癌细胞	结合领域对抗学习和专家混合模型，同时提取不同组织中基因表达谱的共同和特定模式，并通过掩蔽-重建策略适应不同测序平台的数据	未明确提及具体局限性	开发一个鲁棒且准确的框架，用于跨平台、组织类型和癌症类型识别癌细胞	单细胞RNA测序数据中的癌细胞	生物信息学	癌症	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	多领域学习框架(结合领域对抗学习和Mixture of Experts)	单细胞RNA测序数据	在13种组织类型、23种癌症类型和7种测序平台的33个基准数据集上进行测试
228	2025-08-03	Aggrecan protects against plaque accumulation and is essential for proper microglial responses to plaques 2025-Jul-30, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.116064 PMID:40748756	研究论文	本文探讨了聚集蛋白聚糖（ACAN）在阿尔茨海默病（AD）中对斑块积累的保护作用及其对微胶质细胞反应的影响	研究发现ACAN的缺失会导致斑块沉积增加、斑块球形度降低以及微胶质细胞与斑块关联受损，并通过单细胞空间转录组学鉴定了5xFAD ACAN cKO小鼠中增强的疾病相关微胶质细胞（DAM）表型	研究仅使用了5xFAD小鼠模型，未涉及人类样本，可能限制了结果的普适性	探索神经元周围网络（PNNs）在阿尔茨海默病中的作用及其对微胶质细胞反应的影响	5xFAD小鼠模型及其中ACAN基因的条件性敲除（cKO）	神经科学	阿尔茨海默病	单细胞空间转录组学	5xFAD小鼠模型	基因表达数据	5xFAD ACAN cKO小鼠
229	2025-08-03	Hemocyte diversity in crustaceans 2025-Jul-30, Fish & shellfish immunology IF:4.1Q1 DOI:10.1016/j.fsi.2025.110612 PMID:40750028	review	本文综述了甲壳动物血细胞的多样性及其免疫功能，强调了单细胞RNA测序等新技术对传统分类方法的挑战	利用单细胞RNA测序技术揭示了新的血细胞分子标记，表明传统基于形态的分类方法过于简单，可能存在更多具有特殊功能的血细胞类型	NA	探讨甲壳动物血细胞的分类、功能及其在免疫防御中的作用	甲壳动物的血细胞，特别是小龙虾和虾等常见研究模型	免疫学	NA	单细胞RNA测序	NA	分子数据	NA
230	2025-08-03	Identification of immune signatures associated with both SARS-CoV-2 infection and lung transplantation 2025-Jul-29, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2025.102262 PMID:40749682	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和多重细胞因子分析，揭示了COVID-19相关肺损伤患者在接受肺移植后的免疫特征变化	发现了肺移植患者中RBD特异性抗体的显著减少以及特定白细胞亚群的扩增，这些免疫特征与COVID-19感染和肺移植均相关	样本量有限，且仅针对COVID-19相关肺损伤的肺移植患者进行研究	探究COVID-19相关肺损伤患者在接受肺移植后的免疫特征变化	COVID-19相关肺损伤的肺移植患者	免疫学	COVID-19	单细胞RNA测序，多重细胞因子分析	NA	RNA测序数据，细胞因子数据	未明确提及具体样本数量，但包括CALI肺移植患者和血清阴性对照组
231	2025-08-03	Nitidine chloride may mediate its antitumor effects by targeting kinesin family member 20A in colorectal cancer cells 2025-Jul-24, World journal of clinical oncology IF:2.6Q3 DOI:10.5306/wjco.v16.i7.108666 PMID:40741189	研究论文	本研究探讨了氯化硝基嘧啶（NC）通过靶向驱动蛋白家族成员20A（KIF20A）在结直肠癌细胞中发挥抗肿瘤作用的机制	首次揭示了NC与KIF20A的高亲和力结合及其在结直肠癌细胞中的表达下调作用	需要进一步通过KIF20A敲除实验确认NC的结合特异性和机制作用	研究KIF20A在结直肠癌细胞中的表达特征及其作为NC抑制结直肠癌治疗的潜在靶基因	结直肠癌细胞及临床样本（208例结直肠癌组织和208例非癌对照组织）	癌症研究	结直肠癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学、免疫组织化学染色、CRISPR技术、分子对接、RNA测序	NA	RNA测序数据、免疫组织化学数据、分子对接数据	416例临床样本（208例结直肠癌组织和208例非癌对照组织）及多种结直肠癌细胞系
232	2025-08-03	Chronic Alcohol Consumption Enhances the Differentiation Capacity of Hematopoietic Stem and Progenitor Cells into Osteoclast Precursors 2025-Jul-17, The American journal of pathology DOI:10.1016/j.ajpath.2025.06.010 PMID:40683559	研究论文	本研究探讨了长期酒精摄入如何增强造血干细胞和祖细胞向破骨细胞前体的分化能力	首次揭示了长期酒精摄入通过改变造血干细胞和祖细胞的转录组和表观基因组，增强其向破骨细胞前体的分化能力	研究仅使用了恒河猴模型，尚未在人类中进行验证	探究长期酒精摄入对造血干细胞和祖细胞向破骨细胞分化的影响	造血干细胞和祖细胞（HSPCs）及其分化的破骨细胞	生物医学	骨质疏松症	光谱流式细胞术、单细胞RNA测序	恒河猴自愿饮酒模型	细胞、基因表达数据	恒河猴模型中的HSPCs
233	2025-08-03	Integration of Untargeted Metabolomics, Network Pharmacology, Single-Cell RNA Sequencing, and Molecular Dynamics Simulation Reveals GOT1, CYP1A2, and CA2 as Potential Targets of Huang Qin Decoction Preventing Colorectal Cancer Liver Metastasis 2025-Jul-17, Pharmaceuticals (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/ph18071052 PMID:40732339	研究论文	本研究通过整合代谢组学、网络药理学、单细胞RNA测序和分子动力学模拟，揭示了黄芩汤预防结直肠癌肝转移的潜在靶点GOT1、CYP1A2和CA2	首次整合多种技术手段（代谢组学、网络药理学、scRNA-seq、分子动力学模拟）系统解析黄芩汤抗结直肠癌肝转移的多靶点作用机制	研究主要基于计算预测和体外实验，缺乏大规模临床样本验证	阐明黄芩汤治疗结直肠癌肝转移的活性成分、作用靶点及分子机制	黄芩汤（HQD）及其对结直肠癌肝转移的治疗作用	网络药理学	结直肠癌	非靶向代谢组学、网络药理学、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、分子动力学模拟、原子力显微镜（AFM）	分子对接模型、分子动力学模拟模型	代谢组数据、单细胞转录组数据、分子相互作用数据	小鼠模型（具体数量未明确）及体外细胞实验
234	2025-08-03	Ongoing genome doubling shapes evolvability and immunity in ovarian cancer 2025-Jul-16, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-09240-3 PMID:40670783	研究论文	探讨全基因组加倍（WGD）对卵巢癌体细胞进化和免疫逃逸的影响	揭示了WGD是一种持续的突变过程，并开发了新的WGD时序方法doubleTime	样本量相对较小，仅针对高级别浆液性卵巢癌	研究WGD在卵巢癌中的作用及其对肿瘤进化和免疫系统的影响	高级别浆液性卵巢癌患者肿瘤样本	基因组学	卵巢癌	单细胞全基因组测序，单细胞RNA测序，高分辨率免疫荧光显微镜	NA	基因组数据，RNA表达数据，图像数据	41名患者的70个高级别浆液性卵巢癌样本（30,260个肿瘤基因组）
235	2025-08-03	A Novel Hypoxia-Immune Signature for Gastric Cancer Prognosis and Immunotherapy: Insights from Bulk and Single-Cell RNA-Seq 2025-Jul-16, Current issues in molecular biology IF:2.8Q3 DOI:10.3390/cimb47070552 PMID:40729021	研究论文	本研究开发了一种新的缺氧-免疫相关基因特征，用于胃癌的预后评估和免疫治疗策略指导	整合了bulk和单细胞RNA-seq数据，识别了与缺氧和免疫相关的五个关键基因，构建了一个新的预后特征	研究依赖于公开数据库的数据，未进行实验验证	开发胃癌预后评估和免疫治疗响应的生物标志物	胃癌患者	生物信息学	胃癌	RNA-seq（包括bulk和单细胞）	Cox回归分析	基因表达数据	TCGA-STAD数据集和GSE84437队列
236	2025-08-03	Cell-type-directed network-correcting combination therapy for Alzheimer's disease 2025-Jul-15, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2025.06.035 PMID:40695276	研究论文	本文提出了一种基于细胞类型特异性、多靶点的药物发现策略，用于阿尔茨海默病的治疗	结合单细胞转录组学、药物扰动数据库和临床记录，开发了一种针对不同细胞类型的组合疗法	研究结果基于小鼠模型，尚未在人类患者中进行验证	开发针对阿尔茨海默病的细胞类型导向的组合疗法	阿尔茨海默病小鼠模型	精准医学	阿尔茨海默病	单细胞转录组学	NA	转录组数据、临床记录	阿尔茨海默病小鼠模型
237	2025-08-03	DGAT: A Dual-Graph Attention Network for Inferring Spatial Protein Landscapes from Transcriptomics 2025-Jul-09, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.07.05.662121 PMID:40672156	研究论文	提出了一种名为DGAT的双图注意力网络，用于从转录组数据推断空间蛋白质景观	DGAT通过构建整合转录组、蛋白质组和空间信息的异构图，利用图注意力网络学习RNA-蛋白质关系，从而从仅含转录组的空间转录组数据中预测蛋白质表达	NA	填补空间组学中蛋白质水平测量的空白，增强对癌症、免疫学和精准医学的功能解释	空间转录组数据	机器学习	癌症（包括乳腺癌、胶质母细胞瘤和恶性间皮瘤）	空间转录组技术、CITE-seq	双图注意力网络（DGAT）	转录组和蛋白质组数据	公共和内部数据集（包括扁桃体、乳腺癌、胶质母细胞瘤和恶性间皮瘤样本）
238	2025-08-03	A New Tool to Decrease Interobserver Variability in Biomarker Annotation in Solid Tumor Tissue for Spatial Transcriptomic Analysis 2025-Jul-09, Current issues in molecular biology IF:2.8Q3 DOI:10.3390/cimb47070531 PMID:40728999	研究论文	开发了一种新工具以减少在固体肿瘤组织中生物标志物注释的观察者间变异性，用于空间转录组分析	开发了一种基于MATLAB的新工具，通过研究者定义的参数自动注释γH2AX阳性或阴性区域，减少了人工注释的变异性	工具的性能依赖于研究者定义的参数，可能在不同实验室或不同条件下需要调整	减少空间转录组数据分析中的观察者间变异性，提高数据注释的准确性和可重复性	辐照后的胶质母细胞瘤组织中的γH2AX标记	数字病理学	胶质母细胞瘤	免疫荧光和空间转录组学	NA	图像和RNA表达数据	NA
239	2025-08-03	Spatia: Multimodal Model for Prediction and Generation of Spatial Cell Phenotypes 2025-Jul-07, ArXiv PMID:40671942	研究论文	提出了一种名为Spatia的多模态模型，用于预测和生成空间细胞表型，整合细胞形态、基因表达和空间背景信息	Spatia模型通过跨注意力机制融合细胞形态和转录组数据，并使用transformer模块在生态位和组织水平上捕获空间依赖性，同时采用生成扩散解码器合成高分辨率细胞图像	未明确提及具体局限性	学习统一的、空间感知的表征，整合细胞形态、基因表达和空间背景信息	细胞形态、基因表达和空间组织	数字病理学	NA	空间转录组学	transformer, 生成扩散模型	图像, 基因表达数据	来自49名捐赠者的1700万细胞-基因对、100万生态位-基因对和1万组织-基因对，涵盖17种组织类型和12种疾病状态
240	2025-08-03	Genetic deficiency of EXOSC10 ribonuclease disrupts spermatogenesis and male fertility in mice 2025-Jul, The Journal of biological chemistry IF:4.0Q2 DOI:10.1016/j.jbc.2025.110364 PMID:40513949	研究论文	本研究探讨了EXOSC10核糖核酸酶在小鼠雄性生殖细胞减数分裂中的关键作用	首次揭示了EXOSC10在雄性生殖细胞减数分裂中的具体功能及其对精子发生和雄性生育力的影响	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探究EXOSC10在雄性生殖细胞减数分裂调控中的作用机制	小鼠雄性生殖细胞	生殖生物学	男性不育症	条件性基因敲除、单细胞RNA-Seq分析	基因敲除小鼠模型	RNA测序数据	未明确说明具体样本数量，使用基因工程小鼠模型