单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 28786 篇文献，本页显示第 221 - 240 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 221 | 2025-06-13 |
Folliculin deletion in the mouse kidney results in cystogenesis of the loops of Henle via aberrant TFEB activation
2025-Jun-09, The American journal of pathology
DOI:10.1016/j.ajpath.2025.05.010
PMID:40499782
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research paper | 该研究探讨了在小鼠肾脏中删除Folliculin（FLCN）基因如何通过异常的TFEB激活导致Henle环的囊肿形成 | 揭示了FLCN-TFEB信号通路在肾单位发育中的关键作用，特别是在Henle环中，为Birt-Hogg-Dubé（BHD）综合征的发病机制提供了新的见解 | 研究仅限于小鼠模型，未涉及人类肾脏组织的验证 | 探究FLCN基因在肾单位发育中的作用及其与BHD综合征的关系 | 小鼠肾脏中的肾单位，特别是Henle环 | 分子生物学 | Birt-Hogg-Dubé综合征 | 单细胞RNA测序 | 基因敲除小鼠模型 | 基因表达数据 | 未明确提及样本数量 |
| 222 | 2025-06-13 |
Primitive Hepatoblasts Driving Early Liver Development
2025-Jun-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.08.658502
PMID:40501632
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research paper | 该研究识别并描述了一种在早期肝芽发育过程中源自Cdx2阳性内胚层祖细胞的原始肝母细胞群 | 发现了一种新的原始肝母细胞群，揭示了其在早期肝发育中的贡献以及WNT抑制和RA许可对原始肝母细胞出现的调控机制 | 原始肝母细胞在晚期胎儿和出生后发育中的贡献减弱，具体机制尚不明确 | 研究早期肝脏发育过程中的细胞谱系异质性 | 小鼠和人类的原始肝母细胞 | 发育生物学 | NA | 单细胞转录组学、谱系追踪、表观遗传和功能扰动研究 | NA | 转录组数据 | 小鼠和人类样本 |
| 223 | 2025-06-13 |
Evidence for Transcriptomic Conservation Between the Main Cells of the Drosophila Prostate-Like Accessory Gland and Basal Cells of the Mammalian Prostate
2025-Jun-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.05.658085
PMID:40501690
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research paper | 该研究通过单细胞RNA测序数据比较了果蝇前列腺样附属腺体与哺乳动物前列腺基底细胞的转录组相似性 | 提供了果蝇前列腺样附属腺体与哺乳动物前列腺基底细胞之间转录组相似性的新证据 | 不确定这些相似性是否反映共同的进化同源性，还是由于共享组织功能而独立衍生的特征 | 探索果蝇前列腺样附属腺体与哺乳动物前列腺基底细胞之间的转录组相似性 | 果蝇前列腺样附属腺体和哺乳动物前列腺基底细胞 | 生物信息学 | 前列腺疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 来自Fly Cell Atlas和哺乳动物成人前列腺单细胞数据集的数据 |
| 224 | 2025-06-13 |
scMetaIntegrator: a meta-analysis approach to paired single-cell differential expression analysis
2025-Jun-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.04.657898
PMID:40501846
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research paper | 提出了一种新的元分析方法scMetaIntegrator，用于处理配对单细胞RNA测序数据中的差异基因表达分析 | 该方法考虑了生物学重复和细胞变异性，提供了稳健的效应量估计和可重复的p值 | 未明确提及具体局限性 | 改进配对单细胞RNA测序数据的差异基因表达分析方法 | 配对单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq | meta-analysis | 单细胞RNA测序数据 | 真实和合成数据集 |
| 225 | 2025-06-13 |
Single-cell transcriptomics showed that maternal PCB exposure dysregulated ER stress-mediated cell type-specific responses in the liver of female offspring
2025-Jun-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.04.657944
PMID:40501930
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研究论文 | 本研究利用单细胞转录组学技术，探究母体暴露于多氯联苯（PCBs）对雌性后代肝脏发育的细胞类型特异性影响 | 首次在单细胞分辨率下揭示了母体PCB暴露通过内质网应激途径对雌性后代肝脏细胞类型特异性反应的调控机制 | 研究仅针对雌性后代小鼠，未涉及雄性后代或更长期的影响 | 探究母体PCB暴露对后代肝脏发育的细胞特异性影响 | 出生后28天的雌性小鼠肝脏组织 | 单细胞转录组学 | 代谢紊乱 | scRNA-seq, RT-qPCR | NA | 单细胞RNA测序数据 | 出生后28天的雌性小鼠肝脏组织样本 |
| 226 | 2025-06-13 |
Robust self-supervised machine learning for single cell embeddings and annotations
2025-Jun-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.05.658097
PMID:40502088
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研究论文 | 本文提出了一种名为DR-GEM的自监督元算法，用于改进单细胞和空间基因组学研究中的降维和聚类方法 | DR-GEM结合了分布鲁棒优化和平衡共识机器学习的原理，通过自监督机制提高对稀有细胞类型和状态的检测能力，并减少技术噪声的影响 | NA | 改进单细胞基因组学中的降维和聚类方法，以更好地支持数据驱动的发现 | 单细胞和空间基因组学数据 | 机器学习 | NA | 单细胞分辨率空间转录组学、Perturb-seq | 自监督元算法（DR-GEM） | 单细胞组学数据 | 合成和真实世界的单细胞组学数据集 |
| 227 | 2025-06-13 |
A multi-step immune-competent genetic mouse model reveals phenotypic plasticity in uveal melanoma
2025-Jun-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.04.657841
PMID:40502063
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研究论文 | 开发了一种多步骤免疫能力遗传小鼠模型，用于研究葡萄膜黑色素瘤的表型可塑性 | 通过逐步引入人类UM进展相关的遗传改变，创建了一个能够模拟人类疾病进展的免疫能力小鼠模型 | 模型可能无法完全捕捉人类UM的所有复杂性 | 研究葡萄膜黑色素瘤的生物学特性并开发免疫治疗策略 | 葡萄膜黑色素瘤 | 癌症研究 | 葡萄膜黑色素瘤 | 单细胞RNA测序 | 遗传工程小鼠模型 | 基因表达数据 | NA |
| 228 | 2025-06-13 |
An updated and spatially validated somatic single-cell atlas of Hydractinia symbiolongicarpus
2025-Jun-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.03.657738
PMID:40502179
|
研究论文 | 本文通过整合新的固定细胞数据集与先前发表的活细胞数据，更新并验证了Hydractinia symbiolongicarpus的体细胞单细胞图谱 | 发现了新的假定免疫细胞群、先前未描述的神经亚型、两个空间上不同的腺细胞群、一个茎干特异性细胞类型，并探索了完整的刺细胞发育轨迹 | 先前图谱在细胞数量和转录组深度上仍有限制，且细胞类型分配主要基于推测 | 推进对Hydractinia symbiolongicarpus细胞多样性和动态的理解 | Hydractinia symbiolongicarpus的体细胞 | 单细胞转录组学 | NA | scRNA-seq | NA | 单细胞RNA测序数据 | 超过47,000个细胞，来自摄食息肉和茎干组织 |
| 229 | 2025-06-13 |
Exploring the causal links between inflammation-related genes and atherosclerosis through Mendelian randomization analysis
2025-Jun-06, Medicine
IF:1.3Q2
DOI:10.1097/MD.0000000000042584
PMID:40489880
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研究论文 | 本研究通过孟德尔随机化分析探讨炎症相关基因与动脉粥样硬化之间的因果关系 | 利用多个数据集综合分析动脉粥样硬化斑块中的基因表达谱和分子机制，并通过单细胞RNA测序数据揭示不同细胞类型中的基因表达特征 | 研究依赖于公开数据集，可能受限于数据的质量和样本量 | 探讨炎症相关基因在动脉粥样硬化中的作用及其潜在治疗靶点 | 动脉粥样硬化斑块中的基因表达和分子机制 | 生物信息学 | 心血管疾病 | RNA-seq, 单细胞RNA测序, 孟德尔随机化分析 | DESeq2, clusterProfiler, Cytoscape, TwoSampleMR | 基因表达数据 | 多个公开数据集（GSE198600, GSE120521, GSE253903, GSE224273） |
| 230 | 2025-06-13 |
Reference Vector-guided Evolutionary Algorithm for cluster analysis of single-cell transcriptomes
2025-Jun-06, Computer methods and programs in biomedicine
IF:4.9Q1
DOI:10.1016/j.cmpb.2025.108873
PMID:40499345
|
研究论文 | 本文提出了一种基于参考向量引导的进化算法（RVEA-CAST），用于单细胞转录组数据的聚类分析 | 采用多目标优化视角解决单细胞RNA测序数据的聚类问题，设计了三个问题感知的变异算子以优化聚类偏差、聚类紧凑性和Davies-Bouldin指数 | NA | 解决单细胞RNA测序数据聚类这一具有挑战性的任务 | 单细胞转录组数据 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq | RVEA-CAST（基于参考向量引导的进化算法） | 基因表达数据 | 十个真实的scRNA-seq数据集 |
| 231 | 2025-06-13 |
Fine particulate matter exacerbates asthma by activating STC2-mediated mitophagy through METTL3/YTHDF2-dependent m6A methylation
2025-Jun-06, Journal of hazardous materials
IF:12.2Q1
DOI:10.1016/j.jhazmat.2025.138854
PMID:40499413
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研究论文 | 本研究探讨了细颗粒物（PM）通过激活STC2介导的线粒体自噬加剧哮喘的分子机制，重点关注m6A甲基化、线粒体自噬以及STC2和SQSTM1的调控作用 | 揭示了PM通过METTL3/YTHDF2依赖的m6A甲基化上调STC2表达并激活线粒体自噬的新机制 | 研究主要基于小鼠模型，人体样本仅检测了血清标志物水平 | 阐明PM加剧哮喘的分子机制 | 哮喘小鼠模型和哮喘患者外周血样本 | 分子生物学 | 哮喘 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 小鼠哮喘模型 | 基因表达数据、血清标志物数据 | 未明确说明小鼠数量，哮喘患者样本跨季节采集 |
| 232 | 2025-06-13 |
CXCR4-LASP1-G9a-SNAIL axis drives NEPC transdifferentiation via induction of EMT and downregulation of REST
2025-Jun-06, Cell genomics
IF:11.1Q1
DOI:10.1016/j.xgen.2025.100916
PMID:40499539
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研究论文 | 该研究通过纵向单细胞RNA测序，揭示了CXCR4-LASP1-G9a-SNAIL轴在前列腺癌神经内分泌转化中的关键作用 | 首次发现CXCR4-LASP1-G9a-SNAIL轴通过诱导EMT和下调REST驱动NEPC转化，并验证了CXCR4或G9a抑制可逆转NEPC细胞表型 | 研究主要基于LTL331 PDX模型，需要在更广泛的临床样本中验证 | 探究前列腺癌神经内分泌转化的早期调控信号 | LTL331前列腺腺癌患者来源的异种移植模型(PDX) | 癌症生物学 | 前列腺癌 | 纵向单细胞RNA测序 | PDX模型 | RNA测序数据 | NA |
| 233 | 2025-06-13 |
Cell-surface proteomic profiling identifies CD72 as a regulator of microglial tiling
2025-Jun-05, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.02.657480
PMID:40501958
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研究论文 | 通过细胞表面蛋白质组学分析，识别出CD72作为调节小胶质细胞平铺现象的关键分子 | 首次将细胞表面邻近标记与质谱技术结合，系统性分析稳态下小胶质细胞表面蛋白质组，并开发基于图像的六项形态/空间指标的功能筛选方法 | 研究主要基于体外模型和脑片实验，尚未在完整生物体内验证CD72的调控机制 | 揭示小胶质细胞平铺现象（非重叠突触空间分布）的分子调控机制 | 小胶质细胞的表面蛋白质组及其空间分布特征 | 神经科学 | NA | 细胞表面邻近标记技术、质谱分析、单细胞RNA测序、磷酸化蛋白质组学 | NA | 蛋白质组数据、转录组数据、显微图像数据 | NA（未明确说明具体样本数量） |
| 234 | 2025-06-13 |
A spatial transcriptomic atlas of acute neonatal lung injury across development and disease severity
2025-Jun-05, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.02.656433
PMID:40502191
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研究论文 | 通过基于成像的空间转录组学分析17个人类婴儿肺在不同发育和损伤阶段的基因表达模式，创建了一个包含约120万个细胞的空间转录组图谱 | 首次创建了一个涵盖不同发育阶段和疾病严重程度的急性新生儿肺损伤的空间转录组图谱，并应用计算聚类方法识别共享分子模式 | 样本量相对较小（17个婴儿肺），且仅关注了急性新生儿肺损伤 | 揭示肺器官发生过程中的细胞转变时机和调控机制，以及疾病中这些过程的破坏 | 人类婴儿肺组织 | 空间转录组学 | 新生儿肺损伤 | 成像空间转录组学 | 计算聚类方法 | 空间转录组数据 | 17个人类婴儿肺样本，约120万个细胞 |
| 235 | 2025-06-13 |
Human microglia in brain assembloids display region- specific diversity and respond to hyperexcitable neurons carrying SCN2A mutation: Microglial diversity and response in assembloids
2025-Jun-04, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.04.657874
PMID:40501840
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research paper | 研究通过构建区域特异性大脑类器官并结合人类小胶质细胞，揭示了小胶质细胞在人类大脑不同区域的特性和作用 | 首次在区域特异性大脑类器官中整合人类小胶质细胞，并发现其对携带SCN2A突变的神经元过度兴奋的反应 | 研究主要基于体外模型，可能无法完全反映体内复杂环境 | 探讨小胶质细胞在人类大脑不同区域的特性和其在神经环路中的作用 | 人类小胶质细胞和区域特异性大脑类器官 | 神经科学 | 自闭症 | 单细胞RNA测序，化学遗传学 | 大脑类器官模型 | 基因表达数据，钙信号数据 | 多种区域特异性大脑类器官（皮质、纹状体和中脑） |
| 236 | 2025-06-13 |
NOTCH3 Drives Fatty Acid Oxidation and Ferroptosis Resistance in Aggressive Meningiomas
2025-Jun-04, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-6779386/v1
PMID:40502769
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research paper | 该研究探讨了NOTCH3在侵袭性脑膜瘤中驱动脂肪酸氧化和抗铁死亡的作用机制 | 首次揭示了NOTCH3通过调控脂肪酸氧化代谢重编程促进脑膜瘤恶性表型的新机制 | 研究主要基于细胞系模型，临床样本验证有限 | 探究NOTCH3信号在脑膜瘤代谢重编程中的作用 | NOTCH3+人脑膜瘤细胞系和患者来源的原代脑膜瘤细胞 | 肿瘤代谢 | 脑膜瘤 | 单细胞RNA测序，代谢组学，脂质组学，bulk RNA测序 | 细胞系模型(CH157-MN) | 基因表达数据，代谢数据 | 未明确说明具体样本数量，涉及多组细胞系实验 |
| 237 | 2025-06-13 |
Cell states and neighborhoods in distinct clinical stages of primary and metastatic esophageal adenocarcinoma
2025-Jun-03, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2025.102188
PMID:40499545
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research paper | 通过多组学分析揭示食管腺癌（EAC）原发性和转移性肿瘤的细胞状态和微环境特征 | 识别了五种恶性细胞程序，包括未分化、中间、分化、上皮-间质转化和循环程序，并预测了它们与微环境细胞类型的显著相互作用 | 研究结果需要在外部队列中进一步验证 | 解析EAC疾病进展和治疗反应的机制 | 原发性和转移性EAC肿瘤 | digital pathology | esophageal adenocarcinoma | single-nuclei transcriptomic sequencing, chromatin accessibility sequencing, spatial profiling, single-cell RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | transcriptomic data, chromatin accessibility data, spatial data | 一个EAC肿瘤队列及三个外部单细胞RNA-seq和三个批量RNA-seq研究 |
| 238 | 2025-06-13 |
Novel mouse model reveals neurodevelopmental origin of PMM2-CDG brain pathology
2025-Jun-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.01.657261
PMID:40501776
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research paper | 该研究通过新型小鼠模型揭示了PMM2-CDG脑病理的神经发育起源 | 通过配对flox等位基因和催化失活的knock-in等位基因，模拟患者相关的复合杂合致病变异，克服了全身敲除导致的胚胎致死性 | 研究主要基于小鼠模型，人类临床数据的验证有限 | 探究PMM2-CDG脑病理的神经发育机制 | PMM2-CDG患者和小鼠模型 | 神经遗传学 | 先天性糖基化障碍 | 多组学分析（代谢组学、糖组学、单细胞转录组学、蛋白质组学、糖蛋白组学） | 小鼠模型 | 多组学数据 | 小鼠模型和PMM2-CDG患者死后小脑组织 |
| 239 | 2025-06-13 |
Spatial Heterogeneity of Macrophages in the Human Lung
2025-Jun-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.30.657106
PMID:40501812
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序技术，研究了人类肺部不同解剖结构中巨噬细胞的分布及其在吸烟状态下的变化 | 首次报告了人类肺部巨噬细胞亚群在不同解剖结构中的积累比例，并提出了一个新的三级层次命名法来区分转录定义的肺部巨噬细胞亚群 | 样本量较小，仅包括8名无肺部疾病的捐赠者（4名吸烟者和4名非吸烟者） | 确定转录定义的人类巨噬细胞在主要肺部解剖结构中的分布，并识别吸烟引起的分布和编程变化 | 人类肺部巨噬细胞亚群 | 生物医学研究 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）和免疫荧光显微镜 | NA | 基因表达数据 | 8名人类捐赠者的肺部组织（4名吸烟者和4名非吸烟者） |
| 240 | 2025-06-13 |
Dissecting crosstalk induced by cell-cell communication using single-cell transcriptomic data
2025-Jun-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.31.657197
PMID:40501904
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research paper | 该论文介绍了一种基于机器学习的SigXTalk方法，用于分析单细胞RNA测序数据中的细胞间通讯（CCC）诱导的途径间串扰 | 提出了一种新的机器学习方法SigXTalk，专注于量化信号保真度和特异性，以分析CCC途径间的串扰，并利用超图学习方法编码调控途径中的高阶关系 | 未提及具体的数据集规模或实验验证的局限性 | 研究细胞间通讯（CCC）诱导的调控网络，特别是途径间的串扰 | 单细胞RNA测序数据中的受体、转录因子和靶基因 | machine learning | NA | scRNA-seq | hypergraph learning | RNA-seq data | NA |