单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
221	2025-07-11	Parenchymal and inflammatory responses to ozone exposure in the aging healthy and surfactant protein C mutant lung 2025-Mar-01, American journal of physiology. Lung cellular and molecular physiology DOI:10.1152/ajplung.00261.2024 PMID:39832482	研究论文	本研究探讨了臭氧暴露对健康老年小鼠和表面活性蛋白C突变小鼠肺部的结构和免疫反应的影响	结合年龄因素和基因突变，研究臭氧暴露对肺部的影响，并利用空间转录组学分析炎症和细胞外基质组织信号的变化	研究仅关注急性臭氧暴露的影响，未涉及长期暴露的效果	理解臭氧暴露在老年和基因突变个体中对肺部结构和免疫功能的影响	年轻、中年和老年小鼠，以及表面活性蛋白C突变小鼠	呼吸病理学	呼吸系统疾病	流式细胞术、空间转录组学	NA	生物学数据	不同年龄段的小鼠（年轻：8-14周，中年：44-52周，老年：>80周）和SP-C突变小鼠
222	2025-07-11	Effects of maternal edible THC consumption on offspring lung growth and function in a rhesus macaque model 2025-Mar-01, American journal of physiology. Lung cellular and molecular physiology DOI:10.1152/ajplung.00360.2024 PMID:39903192	研究论文	本研究通过恒河猴模型探讨了母体食用THC对后代肺生长和功能的影响	首次在恒河猴模型中系统评估产前THC暴露对后代肺发育和功能的长期影响，并揭示了表观遗传调控机制	样本量较小，且仅评估了单一剂量THC的影响	评估产前THC暴露对后代肺发育和功能的潜在危害	恒河猴及其后代	发育生物学	呼吸系统疾病	MRI, RNAseq, 全基因组亚硫酸氢盐测序, 空间转录组学	恒河猴动物模型	影像数据、分子生物学数据	接受THC或安慰剂处理的怀孕恒河猴及其后代
223	2025-07-11	SeuratExtend: streamlining single-cell RNA-seq analysis through an integrated and intuitive framework 2025-Jan-06, GigaScience IF:11.8Q1 DOI:10.1093/gigascience/giaf076 PMID:40627366	research paper	介绍了一个名为SeuratExtend的R包，旨在简化单细胞RNA测序数据分析	SeuratExtend通过整合多种工具和数据库，提供了一个用户友好且直观的界面，用于执行包括功能富集、轨迹推断等多种分析	未明确提及具体的技术或应用限制	简化单细胞RNA测序数据分析流程，提高分析的可及性和效率	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	NA
224	2025-07-11	Molecular insights into glioblastoma progression: role of CHCHD2P9 in tumor heterogeneity and prognosis 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1581850 PMID:40630954	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序和细胞实验探讨了CHCHD2P9在胶质母细胞瘤进展中的作用及其与预后的关系	发现CHCHD2P9作为胶质母细胞瘤终末亚群的关键标志物，并揭示其表达水平与临床预后不良相关	研究未明确CHCHD2P9调控胶质瘤细胞增殖和迁移的具体分子机制	探索胶质母细胞瘤进展中的分子特征和细胞间相互作用	胶质母细胞瘤亚群	数字病理学	胶质瘤	单细胞RNA测序、流式细胞术	NA	RNA测序数据	未明确样本数量
225	2025-07-11	Immunogenic cell death-related biomarkers in heart failure probed by transcriptome and single-cell sequencing 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1560903 PMID:40630963	研究论文	本研究通过转录组和单细胞测序技术，识别并验证了与心力衰竭（HF）相关的免疫原性细胞死亡（ICD）生物标志物	首次识别并验证了CD163、FPR1和VSIG4作为HF的ICD相关生物标志物，为HF的临床诊断和治疗提供了新的理论基础	研究依赖于公共数据库的数据，可能受到样本量和数据质量的限制	识别HF患者中与ICD相关的生物标志物并探索其潜在机制	心力衰竭患者和动物模型	生物信息学	心血管疾病	转录组测序、单细胞RNA测序、RT-qPCR	机器学习方法、PPI网络、nomogram模型	基因表达数据	来自GSE57338、GSE3586和GSE5406数据集的数据，以及GSE183852单细胞数据集
226	2025-07-11	Taurine-mediated metabolic immune crosstalk indicates and promotes immunosuppression with anti-PD-1 resistance in bladder cancer 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1618439 PMID:40630945	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序、空间转录组学和批量转录组分析，揭示了膀胱癌肿瘤微环境中牛磺酸代谢失调的分子机制及其在免疫抑制中的作用	开发了牛磺酸代谢失调指数（TMs）作为独立的预后生物标志物，并揭示了其在免疫治疗抵抗中的作用	研究主要基于计算分析和体外实验，需要进一步的体内实验验证	探索牛磺酸代谢在膀胱癌肿瘤微环境中的作用及其对免疫治疗的影响	膀胱癌（BLCA）患者样本和肿瘤微环境中的细胞亚群	肿瘤免疫学	膀胱癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学（ST）、批量转录组分析	机器学习方法	转录组数据	TCGA队列中的膀胱癌患者样本
227	2025-07-11	Single-cell analysis with childhood and adult systemic lupus erythematosus 2024-12, Autoimmunity IF:3.3Q3 DOI:10.1080/08916934.2023.2281228 PMID:38347676	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析儿童和成人系统性红斑狼疮(SLE)患者的外周血单个核细胞(PBMCs)组成和转录特征，揭示了两者之间的差异和潜在的治疗靶点	首次在单细胞水平比较儿童和成人SLE患者的PBMC组成和转录特征，并鉴定出潜在的治疗靶点	样本量可能有限，且未进行功能验证实验	探究儿童和成人SLE患者在PBMC组成和转录特征上的差异	儿童和成人SLE患者及健康对照者的PBMCs	单细胞组学	系统性红斑狼疮	scRNA-seq	NA	单细胞转录组数据	儿童和成人SLE患者及匹配的健康供体
228	2025-07-11	Understanding disease-associated metabolic changes in human colon epithelial cells using i ColonEpithelium metabolic reconstruction 2024-Oct-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.22.619644 PMID:39484551	研究论文	本研究通过构建首个结肠上皮细胞特异性基因组尺度代谢模型iColonEpithelium，揭示了与炎症性肠病相关的代谢变化	首次构建了人类结肠上皮细胞的特异性基因组尺度代谢模型iColonEpithelium，并整合单细胞RNA测序数据预测疾病相关代谢特征	模型预测结果需要进一步实验验证，且目前仅关注结肠上皮细胞，未全面考虑其他细胞类型的影响	解析人类结肠上皮细胞的代谢活动及其在疾病状态下的变化	人类结肠上皮细胞及其在炎症性肠病(克罗恩病和溃疡性结肠炎)中的代谢特征	系统生物学	炎症性肠病(包括克罗恩病和溃疡性结肠炎)	基因组尺度代谢模型(GEM)、单细胞RNA测序	iColonEpithelium代谢网络模型	基因组数据、转录组数据	NA
229	2025-07-11	Metabolic coordination between skin epithelium and type 17 immunity sustains chronic skin inflammation 2024-07-09, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2024.04.022 PMID:38772365	研究论文	本研究探讨了皮肤炎症中上皮细胞与17型免疫之间的代谢协调机制	揭示了HIF1α在IL-17信号下游驱动银屑病上皮重塑的作用，并发现糖酵解自主促进上皮病理和乳酸产生，进而增强γδ T17细胞反应	研究主要基于小鼠模型和体外人类银屑病病变，可能不完全反映人类体内复杂情况	探究炎症性上皮疾病中免疫和上皮细胞如何同时维持其高度代谢需求	皮肤上皮细胞和17型免疫细胞	免疫代谢	银屑病	单细胞转录组学、空间转录组学(ST)、免疫荧光	小鼠皮肤炎症模型	转录组数据、图像数据	未明确说明具体样本数量，涉及人类银屑病病变和小鼠模型
230	2025-07-11	Transcriptomic Approaches to Cardiomyocyte-Biomaterial Interactions: A Review 2024-Jul-08, ACS biomaterials science & engineering IF:5.4Q2 DOI:10.1021/acsbiomaterials.4c00303 PMID:38934720	review	本文综述了转录组学方法在心肌细胞与生物材料相互作用研究中的应用及其在心脏生物工程和再生医学中的重要性	强调了转录组学方法在揭示心肌细胞与生物材料相互作用中的基因表达模式、调控通路和细胞过程方面的创新应用	存在成本高、细胞尺寸限制、样本差异和分析过程复杂等挑战	探讨转录组学方法在心肌细胞与生物材料相互作用研究中的应用，以促进心脏健康和疾病治疗	心肌细胞与生物材料的相互作用	再生医学	心血管疾病	bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq, single-nucleus RNA-seq, spatial transcriptomics	NA	转录组数据	NA
231	2025-07-11	SpotSweeper: spatially-aware quality control for spatial transcriptomics 2024-Jun-09, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.06.597765 PMID:38895212	research paper	本文介绍了SpotSweeper，一种用于空间转录组学数据的空间感知质量控制方法	SpotSweeper能够识别局部异常值和区域伪影，减少生物异质性带来的偏差，并改进下游聚类和标记基因检测	目前尚无针对SRT特有的组织学伪影的识别方法	开发适用于空间转录组学数据的质量控制方法	空间转录组学数据	digital pathology	NA	spatially-resolved transcriptomics (SRT), single-nucleus RNA sequencing (snRNA-seq)	NA	spatial transcriptomics data	公开可用的Visium数据
232	2025-07-11	Dynamic Transcriptional Programs During Single NK Cell Killing: Connecting Form to Function in Cellular Immunotherapy 2024-Jun, Cellular and molecular bioengineering IF:2.3Q3 DOI:10.1007/s12195-024-00812-3 PMID:39050513	研究论文	该研究通过结合单细胞RNA测序和活细胞成像技术，探索了自然杀伤（NK）细胞在杀伤过程中的动态转录程序	首次将单细胞RNA测序与活细胞成像技术结合，用于研究NK细胞杀伤功能与转录因子活性的关系	研究仅使用了NK-92细胞系和HeLa宫颈癌细胞系作为模型，可能无法完全反映体内复杂环境	探索NK细胞杀伤功能与细胞内信号传导的关系，以改进基于NK细胞的免疫治疗方法	NK-92细胞系和HeLa宫颈癌细胞系	细胞免疫治疗	宫颈癌	单细胞RNA测序（10× Genomics平台）、活细胞成像、ViPER和DoRothEA R包分析	NA	转录组数据、显微成像数据	NK-92细胞系与HeLa细胞的共培养系统
233	2025-07-11	Single-cell RNA sequencing reveals aberrant sphingolipid metabolism in non-small cell lung cancer impacts tumor-associated macrophages and stimulates angiogenesis via macrophage inhibitory factor signaling 2024-05, Thoracic cancer IF:2.3Q2 DOI:10.1111/1759-7714.15283 PMID:38587042	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，揭示了非小细胞肺癌中鞘脂代谢异常如何影响肿瘤相关巨噬细胞并通过巨噬细胞抑制因子信号刺激血管生成	首次整合批量RNA-seq和单细胞RNA-seq数据，全面分析肿瘤微环境中鞘脂代谢的作用，并识别出关键的MIF-CD74配体-受体对	研究主要基于公开数据集，缺乏实验验证	探究鞘脂代谢在非小细胞肺癌肿瘤微环境中的作用及其对巨噬细胞极化和血管生成的影响	非小细胞肺癌组织及肿瘤微环境中的巨噬细胞	数字病理	肺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 批量RNA测序(bulk RNA-seq)	NA	RNA测序数据	多个公开scRNA-seq数据集（具体数量未说明）
234	2025-07-11	Immune cell-related prognostic risk model and tumor immune environment modulation in esophageal carcinoma based on single-cell and bulk RNA sequencing 2024-05, Thoracic cancer IF:2.3Q2 DOI:10.1111/1759-7714.15301 PMID:38587029	研究论文	本研究利用单细胞和批量RNA测序技术，探讨了食管癌中免疫细胞的作用及其对肿瘤微环境的影响，并构建了一个基于免疫细胞的预后风险模型	首次在单细胞水平上构建食管癌的独立预后模型，并深入分析了免疫浸润和免疫检查点表达的差异	当前生物标志物不足以完全捕捉肿瘤免疫微环境的复杂性和多样性	探索食管癌中免疫细胞的组成、功能及其对患者预后的影响	食管癌患者的免疫细胞和肿瘤微环境	数字病理学	食管癌	单细胞RNA测序，批量RNA测序	预后风险模型	RNA测序数据	NA
235	2025-07-11	Single-cell sequencing reveals the immune landscape of breast cancer patients with brain metastasis 2024-03, Thoracic cancer IF:2.3Q2 DOI:10.1111/1759-7714.15243 PMID:38316626	研究论文	通过单细胞RNA测序技术分析乳腺癌脑转移患者的脑脊液免疫细胞，揭示其免疫微环境景观	首次使用scRNA-seq技术非侵入性地描述乳腺癌脑转移患者的肿瘤免疫微环境，并发现促进和抑制肿瘤免疫功能的基因	研究样本可能有限，且仅分析了脑脊液中的免疫细胞，未涵盖其他可能的免疫微环境组成部分	揭示乳腺癌脑转移患者的免疫微环境特征，以指导免疫治疗	乳腺癌脑转移患者的脑脊液免疫细胞	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	乳腺癌脑转移患者的脑脊液样本
236	2024-08-07	Single-cell RNA-seq reveals the links between the metabolic heterogeneity and cell identity in NBM and AML 2024-03, British journal of haematology IF:5.1Q1 DOI:10.1111/bjh.19233 PMID:38009537	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
237	2025-07-11	Single-cell RNA sequencing reveals immune microenvironment of small cell lung cancer-associated malignant pleural effusion 2024-01, Thoracic cancer IF:2.3Q2 DOI:10.1111/1759-7714.15145 PMID:38010064	研究论文	利用单细胞RNA测序技术揭示小细胞肺癌相关恶性胸腔积液的肿瘤免疫微环境特征	首次在恶性胸腔积液背景下应用单细胞RNA测序技术分析小细胞肺癌的免疫微环境	样本量较小（仅1例患者），未进行功能验证实验	解析小细胞肺癌恶性胸腔积液的免疫微环境特征	小细胞肺癌患者的恶性胸腔积液样本	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序（10x Genomics）	NA	单细胞转录组数据	8008个高质量细胞（来自1例患者）
238	2025-07-11	Inference after latent variable estimation for single-cell RNA sequencing data 2023-12-15, Biostatistics (Oxford, England) DOI:10.1093/biostatistics/kxac047 PMID:36511385	研究论文	本文提出了一种名为count splitting的新框架，用于在单细胞RNA测序数据分析中实现有效的统计推断	引入了count splitting框架，能够在单细胞RNA测序数据分析中实现有效的统计推断，适用于几乎任何潜在变量估计技术和推断方法	方法基于泊松假设，可能不适用于不符合该假设的数据	解决单细胞RNA测序数据分析中潜在变量估计后的统计推断问题	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	模拟研究和多能干细胞分化为心肌细胞的数据集
239	2025-07-11	T cell-Mediated Development of Stromal Fibroblasts with an Immune-Enhancing Chemokine Profile 2023-08-01, Cancer immunology research IF:8.1Q1 DOI:10.1158/2326-6066.CIR-22-0593 PMID:37216570	研究论文	本研究探讨了癌症相关成纤维细胞(CAFs)在炎症组织中的适应性及其对免疫微环境的影响	首次发现CAFs具有表型可塑性，能够从免疫抑制表型转变为免疫激活表型	研究主要基于小鼠模型，人类CAFs的类似机制需要进一步验证	探究CAFs如何适应不同的免疫微环境并调节免疫反应	小鼠胰腺腺癌中的癌症相关成纤维细胞(CAFs)和CD8+ T细胞	肿瘤免疫学	胰腺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据	小鼠胰腺腺癌模型中的CAFs
240	2025-07-10	Gut microbial Nordihydroguaiaretic acid suppresses macrophage pyroptosis to regulate epithelial homeostasis and inflammation 2025-Dec, Gut microbes IF:12.2Q1 DOI:10.1080/19490976.2025.2518338 PMID:40596758	研究论文	研究探讨了衰老相关的肠道菌群失调如何通过减少Nordihydroguaiaretic acid (NDGA)的产生加剧炎症性肠病(IBD)，并发现NDGA通过下调GSDMD/NR4A1/NLRP3轴介导的巨噬细胞焦亡来缓解结肠炎	揭示了肠道微生物NDGA在调节巨噬细胞焦亡中的新作用，并提出了其作为老年相关IBD治疗靶点的潜力	研究主要基于小鼠模型，人类样本数据有限，需要进一步验证NDGA在人类IBD中的治疗效果	探究衰老相关肠道菌群失调对结肠炎发展的影响及其机制	野生型和IL-10缺陷小鼠、IBD患者和老年人	肠道微生物组学	炎症性肠病(IBD)	粪便微生物移植(FMT)、16S rDNA测序、代谢组学、单细胞RNA测序(scRNA-seq)	小鼠结肠炎模型	微生物组数据、代谢组数据、单细胞转录组数据	未明确说明具体样本数量，涉及小鼠模型、IBD患者和老年人样本