单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
221	2025-05-04	Perivascular RELMα-positive synovial macrophages recruit monocytes at the onset of inflammatory arthritis 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1567661 PMID:40313955	research paper	该研究揭示了在炎症性关节炎发病初期，RELMα阳性的滑膜巨噬细胞如何通过分泌CCL2招募单核细胞至滑膜间质	首次定位了RELMα阳性巨噬细胞在滑膜间质及血管周围的具体位置，并阐明了它们在单核细胞招募中的作用机制	研究主要基于小鼠模型，结果在人类疾病中的适用性尚需验证	探究炎症性关节炎发病初期单核细胞招募的细胞机制	RELMα阳性滑膜巨噬细胞和单核细胞	免疫学	类风湿性关节炎	scRNA-seq, 报告基因小鼠模型	抗原诱导关节炎小鼠模型	基因表达数据	NA
222	2025-05-04	TCR transgenic clone selection guided by immune receptor analysis and single-cell RNA expression of polyclonal responders 2024-Dec-30, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.98344 PMID:39854619	研究论文	本文介绍了一种利用单细胞测序和TCR库分析快速选择最佳TCR转基因克隆的方法，并成功生成了针对SARS-CoV-2 Spike蛋白的特异性TCR转基因小鼠	结合单细胞测序和TCR库分析，无需杂交瘤筛选即可快速选择最佳TCR克隆，并生成特异性TCR转基因小鼠	方法依赖于单细胞测序和TCR库分析技术，可能对实验条件和技术要求较高	开发一种快速选择抗原特异性TCR序列并生成TCR转基因小鼠的方法	T细胞受体(TCR)转基因克隆和SARS-CoV-2 Spike蛋白特异性CD8 T细胞	免疫学	COVID-19	单细胞测序、TCR库分析、PCR克隆	CORSET8转基因小鼠模型	单细胞RNA表达数据、TCR序列数据	NA
223	2025-05-04	NK cell exhaustion in Wilson's disease revealed by single-cell RNA sequencing predicts the prognosis of cholecystitis 2024-Dec-30, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.98867 PMID:39854622	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示威尔逊病中NK细胞耗竭与胆囊炎预后的关系	首次在威尔逊病中发现NK细胞耗竭现象，并证实其与胆囊炎不良预后的相关性	研究为回顾性临床研究，需要进一步的前瞻性研究验证	探究威尔逊病中代谢异常如何影响胆囊炎风险及预后的机制	威尔逊病患者及其肝脏免疫细胞	数字病理学	威尔逊病, 胆囊炎	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据, 临床数据	未明确说明样本量的威尔逊病患者队列
224	2025-05-04	scMMAE: masked cross-attention network for single-cell multimodal omics fusion to enhance unimodal omics 2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf010 PMID:39851073	研究论文	提出了一种名为scMMAE的新型框架，通过掩码自编码器和交叉注意力机制融合单细胞多组学数据，以增强单组学分析	scMMAE不仅关注不同组学间的对齐，还捕捉每种组学的独特信息，并将多组学知识迁移到单组学分析中	NA	开发计算方法来整合单细胞多组学数据并提升单组学分析性能	单细胞转录组学和蛋白质组学数据	生物信息学	NA	单细胞多组学分析	掩码自编码器（masked autoencoder）与交叉注意力机制（cross-attention）	单细胞转录组和蛋白质组数据	多个单细胞队列数据（具体数量未明确说明）
225	2025-05-04	Complex hierarchical structures analysis in single-cell data with Poincaré deep manifold transformation 2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae687 PMID:39851075	研究论文	提出了一种名为PoincaréDMT的方法，用于在单细胞RNA测序数据中分析复杂的层次结构	通过将高维scRNA-seq数据映射到双曲Poincaré盘，结合图拉普拉斯矩阵和结构模块，实现了全局和局部结构的保留与校正，并整合批次图减轻批次效应	未明确提及具体局限性	解决scRNA-seq数据分析中结构保留不完整和嵌入高失真等问题，有效建模多分支复杂细胞轨迹	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	PoincaréDMT	基因表达数据	模拟和真实scRNA-seq数据集
226	2025-05-04	Immunotherapy drives mesenchymal tumor cell state shift and TME immune response in glioblastoma patients 2024-08-05, Neuro-oncology IF:16.4Q1 DOI:10.1093/neuonc/noae085 PMID:38695342	研究论文	该研究通过单细胞RNA-seq分析，探讨了免疫检查点抑制剂nivolumab治疗胶质母细胞瘤患者时的肿瘤细胞和肿瘤微环境的表型和转录动态	发现了一种与免疫治疗相关的肿瘤细胞向间充质干细胞样状态转变的抵抗机制特征，并开发了一个潜在的免疫特征	研究样本量相对较小（76个肿瘤样本），虽然在大规模外部数据集（n=298）中验证了结果，但可能仍需更多独立研究验证	识别胶质母细胞瘤免疫治疗抵抗机制，为设计新型治疗策略提供依据	胶质母细胞瘤患者肿瘤样本	肿瘤免疫学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA-seq	NA	RNA-seq数据	76个肿瘤样本（临床试验）+ 298个外部数据集样本
227	2025-05-04	APOE Christchurch enhances a disease-associated microglial response to plaque but suppresses response to tau pathology 2024-Jun-04, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.03.597211 PMID:38895362	research paper	研究APOE Christchurch变异在淀粉样斑块和tau病理中对小胶质细胞反应的影响	首次在小鼠模型中研究APOE Christchurch变异对淀粉样斑块和tau病理的不同影响，揭示了其对小胶质细胞反应的差异性调控	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中得到验证	探究APOE Christchurch变异在阿尔茨海默病病理发展中的作用机制	5xFAD淀粉样变性小鼠模型和PS19 tau病变小鼠模型	神经科学	阿尔茨海默病	免疫组织化学、生化分析、单细胞空间转录组学和蛋白质组学	小鼠模型	基因表达数据、蛋白质数据	未明确说明具体样本数量，使用两种转基因小鼠模型
228	2025-05-04	Integrated cancer cell-specific single-cell RNA-seq datasets of immune checkpoint blockade-treated patients 2024-Apr-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.01.17.576110 PMID:38328153	research paper	本文整合了来自九种癌症类型的八个单细胞RNA测序数据集，旨在研究癌细胞对免疫检查点阻断治疗的反应	整合了多个单细胞RNA测序数据集，提供了一个独特的资源，并设计了用户友好的界面，便于研究人员探索	样本量虽大但仍有限，且需要一定的编码技能进行数据探索	研究癌细胞对免疫检查点阻断治疗的反应	174名患者的90,270个癌细胞	digital pathology	various cancers	scRNA-seq	NA	RNA-seq data	174名患者的90,270个癌细胞
229	2025-05-04	Heterogeneity and synaptic plasticity analysis of hippocampus based on db-/- mice induced diabetic encephalopathy 2024-01, Psychoneuroendocrinology IF:3.4Q2 DOI:10.1016/j.psyneuen.2023.106412 PMID:37898037	research paper	该研究通过单细胞RNA测序分析了糖尿病脑病模型中海马细胞的异质性和突触可塑性变化	首次在糖尿病认知障碍模型中构建了海马区单细胞转录图谱，发现了5个独特的少突胶质前体细胞亚群及其标记基因	研究仅基于db/db小鼠模型，结果向人类糖尿病脑病的推广需要进一步验证	探究长期高血糖状态下海马细胞异质性及其与认知功能障碍的关系	db/db糖尿病小鼠模型的海马组织细胞	神经科学	糖尿病脑病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)，新物体识别(NOR)行为测试	db/db小鼠糖尿病模型	单细胞转录组数据	实验组21,379个细胞，对照组20,045个细胞
230	2025-05-04	Single-cell mitophagy patterns within the tumor microenvironment modulate intercellular communication, impacting the progression and prognosis of hepatocellular carcinoma 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1448878 PMID:39835122	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序分析肝细胞癌肿瘤微环境中的线粒体自噬模式，探讨其对细胞间通讯及患者预后的影响	首次在单细胞水平揭示肝细胞癌肿瘤微环境中线粒体自噬的异质性模式及其与细胞通讯的关系	未证实线粒体自噬对免疫治疗效果的直接影响	探究肝细胞癌肿瘤微环境中线粒体自噬的细胞特异性模式及其临床意义	肝细胞癌患者的肿瘤微环境细胞	肿瘤微环境研究	肝细胞癌	scRNA-seq, NMF聚类, CellChat, Monocle, SCENIC	NA	单细胞转录组数据	来自肝细胞癌患者的25,189个细胞
231	2025-05-04	Single-cell sequencing analysis reveals cancer-associated pericyte subgroup in esophageal squamous cell carcinoma to predict prognosis 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1474673 PMID:39835116	research paper	通过单细胞测序分析揭示了食管鳞状细胞癌中与癌症相关的周细胞亚群，用于预测预后	识别了六种周细胞亚型，并发现其中两种亚型与预后显著相关，为免疫治疗提供了新的靶点	研究仅基于转录组数据，未深入探讨这些亚型在肿瘤微环境中的具体作用机制	探究食管鳞状细胞癌中癌症相关周细胞的异质性及其在肿瘤微环境中的作用	食管鳞状细胞癌中的癌症相关周细胞	digital pathology	esophageal squamous cell carcinoma	scRNA-seq, Bulk RNA-seq, 多重免疫荧光, 药物预测与分子对接	NA	转录组数据, 图像数据	大样本单细胞转录组测序数据
232	2025-05-04	Single-cell transcriptome atlas of peripheral immune features to Omicron breakthrough infection under booster vaccination strategies 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1460442 PMID:39835127	研究论文	本研究通过单细胞转录组和T细胞/B细胞受体测序，分析了加强疫苗接种策略下Omicron突破感染的免疫特征	揭示了Omicron突破感染后免疫细胞的I型干扰素通路激活、T和B淋巴细胞的分化特征以及TCR/BCR克隆扩增的模式，并发现第四剂雾化Ad5-nCoV疫苗可能诱导'训练免疫'现象	样本量较小（15例PBMC样本），且仅针对特定疫苗（Ad5-nCoV）的效果进行了观察	探究加强疫苗接种策略下Omicron突破感染的免疫特征	外周血单个核细胞（PBMC）	免疫学	COVID-19	单细胞转录组测序、TCR/BCR测序	NA	单细胞RNA测序数据	15例PBMC样本（来自Omicron感染者和未感染的疫苗接种者）
233	2025-05-04	Single-cell RNA sequencing and immune microenvironment analysis reveal PLOD2-driven malignant transformation in cervical cancer 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1522655 PMID:39840054	研究论文	通过单细胞RNA测序和免疫微环境分析，揭示了PLOD2在宫颈癌恶性转化中的作用	鉴定了宫颈癌中的8种细胞类型和5种恶性上皮细胞亚群，建立了NNMT CAEPCs风险评分（NCRS）模型，并验证了PLOD2作为预后基因的重要性	研究主要基于公共数据库数据，实验验证部分仅限于体外实验	探索宫颈癌肿瘤微环境，寻找潜在治疗靶点	宫颈癌恶性上皮细胞（EPCs）及其亚群	数字病理学	宫颈癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序（bulk RNA-seq）	NCRS模型	RNA测序数据	来自UCSC和ArrayExpress数据库的数据
234	2025-05-04	Targeting immune cellular populations and transcription factors: unraveling the therapeutic potential of JQF for NAFLD 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1445924 PMID:39840059	研究论文	本研究探讨了降糖清热方（JQF）对非酒精性脂肪肝病（NAFLD）的治疗潜力及其作用机制	首次使用单细胞RNA测序和空间转录组学技术揭示JQF通过调节特定免疫细胞亚群和转录因子发挥治疗作用	研究仅限于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探索JQF对NAFLD的治疗机制	高脂饮食诱导的NAFLD小鼠模型	NA	非酒精性脂肪肝病	单细胞RNA测序, 空间转录组学	NA	RNA测序数据, 组织病理学数据	NAFLD小鼠模型（具体数量未说明）
235	2025-05-04	Single-cell transcriptomics reveals the heterogeneity and function of mast cells in human ccRCC 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1494025 PMID:39840068	research paper	该研究通过单细胞转录组学揭示了人类透明细胞肾癌（ccRCC）中肥大细胞的异质性和功能	首次在ccRCC中进行了全面的肥大细胞单细胞研究，鉴定了四种肥大细胞特征基因，并揭示了肥大细胞在ccRCC中的表型转变	样本量较小（仅4名ccRCC患者），且需要进一步验证肥大细胞在ccRCC中的具体作用机制	探究ccRCC中肥大细胞的异质性和功能	透明细胞肾癌（ccRCC）患者组织样本	digital pathology	肾癌	单细胞测序、空间转录组学、多重免疫组化（mIHC）	NA	单细胞转录组数据、批量组织测序数据	4名ccRCC患者的组织样本，整合了在线测序数据库的数据
236	2025-05-04	Comprehensive bioinformatics analysis identifies metabolic and immune-related diagnostic biomarkers shared between diabetes and COPD using multi-omics and machine learning 2024, Frontiers in endocrinology IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fendo.2024.1475958 PMID:39845878	研究论文	通过多组学和机器学习方法，识别糖尿病和慢性阻塞性肺疾病（COPD）共有的代谢和免疫相关诊断生物标志物	首次通过多中心患者队列、多组学分析和多种机器学习算法，识别出糖尿病和COPD共有的4个生物标志物（CADPS、EDNRB、THBS4和TMEM27），并在单细胞测序、临床样本和动物模型中验证了其稳健性	未明确说明样本的具体数量或来源限制，且未提及外部验证队列的结果	探索糖尿病和COPD之间的分子机制联系，并识别共有的诊断生物标志物	糖尿病和COPD患者的多中心队列数据、临床样本和动物模型	生物信息学	糖尿病, 慢性阻塞性肺疾病	多组学分析（包括基因表达分析）、机器学习算法、单细胞测序	多种机器学习算法（未具体说明）、WGCNA	基因表达数据、临床数据、单细胞测序数据	多中心患者队列（具体数量未说明）、临床样本和动物模型
237	2025-05-04	Deciphering hub genes and immune landscapes related to neutrophil extracellular traps in rheumatoid arthritis: insights from integrated bioinformatics analyses and experiments 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1521634 PMID:39845946	研究论文	通过整合生物信息学分析和实验，揭示了类风湿性关节炎中与中性粒细胞胞外陷阱相关的枢纽基因和免疫景观	首次阐明了RA滑膜微环境中中性粒细胞的异质性与成纤维细胞的通讯机制，并鉴定和验证了4个潜在的NET相关生物标志物	研究结果需要进一步在更大规模的临床队列中进行验证	探索NETs在RA发病机制中的分子机制和关键基因	类风湿性关节炎患者和佐剂诱导的关节炎大鼠模型	生物信息学	类风湿性关节炎	单细胞RNA测序、加权基因共表达网络分析、免疫组织化学、实时定量PCR	机器学习（三种技术）	RNA测序数据、微阵列数据	多个GEO数据集和临床队列
238	2025-05-04	Impact of glioma metabolism-related gene ALPK1 on tumor immune heterogeneity and the regulation of the TGF-β pathway 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1512491 PMID:39845963	研究论文	该研究通过整合多源胶质瘤数据集，利用NMF和WGCNA方法识别关键代谢基因，并构建预测模型，探讨ALPK1基因在胶质瘤免疫异质性和TGF-β通路调控中的作用	采用多数据集策略和101种机器学习技术组合构建预测模型，首次阐明ALPK1基因在胶质瘤免疫调控中的相关性	研究结果需要进一步实验验证，且样本来源可能影响模型的泛化能力	探索胶质瘤分子分型、寻找新的预后生物标志物并理解其免疫微环境特征	胶质瘤患者及其相关基因表达数据	数字病理学	胶质瘤	NMF, WGCNA, 单细胞测序	LASSO+GBM	基因表达数据	多源胶质瘤数据集（未明确具体数量）
239	2025-05-04	Exploring the shared mechanism of fatigue between systemic lupus erythematosus and myalgic encephalomyelitis/chronic fatigue syndrome: monocytic dysregulation and drug repurposing 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1440922 PMID:39845969	研究论文	探索系统性红斑狼疮(SLE)和肌痛性脑脊髓炎/慢性疲劳综合征(ME/CFS)之间疲劳的共同机制，包括单核细胞失调和药物再利用	首次识别了SLE和ME/CFS共有的58个重叠基因，并确定了5个关键靶点(IL1β、CCL2、TLR2、STAT1、IFIH1)，发现这些靶点在单核细胞中富集，并通过RT-qPCR验证了在激活的单核细胞中的上调表达	研究主要基于生物信息学分析和体外实验，缺乏体内实验验证	探索SLE和ME/CFS中疲劳的共同机制并预测潜在治疗药物	系统性红斑狼疮(SLE)和肌痛性脑脊髓炎/慢性疲劳综合征(ME/CFS)	生物信息学	自身免疫性疾病/神经系统疾病	生物信息学分析(GO、KEGG、PPI网络构建)、单细胞聚类、RT-qPCR、分子对接	THP-1细胞炎症模型	基因表达数据	NA
240	2025-05-04	Exploring the role of metabolic pathways in TNBC immunotherapy: insights from single-cell and spatial transcriptomics 2024, Frontiers in endocrinology IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fendo.2024.1528248 PMID:39850483	review	本文综述了三阴性乳腺癌（TNBC）中代谢途径与免疫功能之间的相互作用，强调了单细胞和空间转录组学技术的最新进展	探讨了代谢重编程在调节免疫细胞功能中的关键作用，并提出了针对代谢途径的策略可能增强免疫检查点抑制剂（ICI）治疗的响应性	NA	研究TNBC中代谢途径与免疫功能的相互作用及其对免疫治疗的影响	三阴性乳腺癌（TNBC）及其肿瘤微环境中的免疫细胞	digital pathology	breast cancer	single-cell transcriptomics, spatial transcriptomics	NA	transcriptomics data	NA