单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
221	2025-06-06	Toward precision oncology in LUAD: a prognostic model using single-cell sequencing and WGCNA based on a disulfidptosis relative gene signature 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1581915 PMID:40469299	研究论文	本文通过单细胞测序和WGCNA构建了一个基于二硫化物凋亡相关基因特征的预后模型，用于评估其在肺腺癌(LUAD)中的预后价值	首次将二硫化物凋亡机制与LUAD预后模型相结合，并发现KCNK1作为潜在治疗靶点	研究主要基于生物信息学分析，需要更多实验验证	开发肺腺癌预后模型并探索新的治疗靶点	肺腺癌患者及其相关基因	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq), WGCNA, ssGSEA, LASSO回归	Cox回归模型	基因表达数据	TCGA LUAD数据集中的样本
222	2025-06-06	Exploring the landscape of Parkinson's disease transcriptomics: a quantitative review of research progress and future directions 2025, Frontiers in aging neuroscience IF:4.1Q2 DOI:10.3389/fnagi.2025.1505374 PMID:40469842	综述	本文通过文献计量分析揭示了帕金森病转录组学的研究现状和新兴趋势	首次对2011年至2025年帕金森病转录组学研究进行了全面的文献计量分析，揭示了单细胞和空间转录组学技术进步推动的研究活动激增	数据异质性和生物标志物验证高失败率等挑战仍然存在	探索帕金森病转录组学的研究进展和未来方向	帕金森病转录组学相关文献	生物信息学	帕金森病	文献计量分析	NA	文献数据	208篇研究文章
223	2025-06-06	Expression and potential regulatory mechanism of cellular senescence-related genes in Alzheimer's disease based on single-cell and bulk RNA datasets 2025, Frontiers in neuroscience IF:3.2Q2 DOI:10.3389/fnins.2025.1595847 PMID:40470298	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和批量测序数据，识别了阿尔茨海默病(AD)中细胞衰老相关基因的调控枢纽	首次通过整合多组学分析识别AD中细胞衰老相关基因的调控因子，并发现特定细胞亚型中的关键基因表达	研究结果需要进一步的实验验证，且样本来源和数量未明确说明	探究细胞衰老在AD发病机制中的作用并寻找潜在治疗靶点	阿尔茨海默病患者脑组织中的细胞衰老相关基因	生物信息学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序，批量RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
224	2025-06-06	Single-cell transcriptomics reveals aberrant skin-resident cell populations and identifies fibroblasts as a determinant in rosacea 2024-10-09, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-52946-7 PMID:39384741	research paper	该研究通过单细胞转录组学揭示了酒渣鼻患者面部皮肤中异常的细胞群，并发现成纤维细胞在酒渣鼻发展中起关键作用	首次构建了酒渣鼻患者面部皮肤的单细胞图谱，并鉴定出成纤维细胞作为酒渣鼻发展的关键决定因素	研究样本仅来自女性患者，可能限制了结果的普适性	探究酒渣鼻的细胞和分子机制	酒渣鼻患者和健康个体的面部皮肤细胞	digital pathology	rosacea	single-cell transcriptomics	NA	transcriptomic data	女性酒渣鼻患者和健康个体的面部皮肤样本
225	2025-06-06	Multiomic single-cell sequencing defines tissue-specific responses in Stevens-Johnson syndrome and toxic epidermal necrolysis 2024-10-08, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-52990-3 PMID:39379371	研究论文	通过单细胞多组学测序技术研究Stevens-Johnson综合征和中毒性表皮坏死松解症（SJS/TEN）的组织特异性反应	首次使用单细胞转录组、表面蛋白质组和T细胞受体（TCR）测序技术对SJS/TEN患者的未受影响皮肤、受影响皮肤和水疱液进行综合分析，揭示了HLA I类限制性CD8 T细胞的免疫病理机制	样本量较小（15名患者），且为罕见疾病，可能限制结果的普遍性	揭示SJS/TEN的细胞免疫病理机制并识别潜在的治疗靶点	15名SJS/TEN患者的未受影响皮肤、受影响皮肤和水疱液	单细胞测序	Stevens-Johnson综合征和中毒性表皮坏死松解症	单细胞转录组测序、表面蛋白质组测序、T细胞受体（TCR）测序	NA	单细胞多组学数据	15名SJS/TEN患者的109,888个细胞
226	2025-06-06	Single-cell RNA sequencing reveals the pro-inflammatory roles of liver-resident Th1-like cells in primary biliary cholangitis 2024-10-07, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-53104-9 PMID:39375367	研究论文	利用单细胞RNA测序技术揭示原发性胆汁性胆管炎（PBC）中肝脏驻留Th1样细胞的促炎作用	首次在PBC患者和小鼠PBC模型中鉴定出具有JAK-STAT激活的肝脏驻留Th1样细胞群，并通过阻断JAK-STAT通路减轻肝脏炎症	传统检测方法的局限性导致PBC的局部肝脏免疫发病机制尚未完全阐明	揭示PBC的免疫细胞景观和分子机制	PBC患者和小鼠PBC模型的肝脏细胞	单细胞转录组学	原发性胆汁性胆管炎	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	PBC患者和小鼠PBC模型的肝脏样本
227	2025-06-06	Distinctive CD39+CD9+ lung interstitial macrophages suppress IL-23/Th17-mediated neutrophilic asthma by inhibiting NETosis 2024-10-04, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-53038-2 PMID:39366998	研究论文	本文发现了一类独特的CD39+CD9+肺间质巨噬细胞，能够通过抑制NETosis来抑制IL-23/Th17介导的中性粒细胞性哮喘	首次揭示了CD39+CD9+间质巨噬细胞通过CD9依赖的附着和CD39依赖的ATP清除机制抑制NETosis和Th17细胞激活	研究主要基于小鼠模型，人类患者数据仅作为验证	探索中性粒细胞性哮喘的免疫调节机制	CD39+CD9+肺间质巨噬细胞和中性粒细胞	免疫学	哮喘	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠模型和哮喘患者样本
228	2025-06-06	Oncogenic Calreticulin Induces Immune Escape by Stimulating TGFβ Expression and Regulatory T-cell Expansion in the Bone Marrow Microenvironment 2024-Sep-16, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-23-3553 PMID:38885318	研究论文	该研究揭示了致癌性钙网蛋白（CALRdel52）通过刺激TGFβ表达和调节性T细胞扩增在骨髓微环境中诱导免疫逃逸的机制	发现CALRdel52通过ERK/Sp1/TGFβ1轴介导免疫抑制，并证明靶向该轴可增强T细胞活性和糖酵解能力	研究主要基于小鼠模型和体外实验，临床转化效果需进一步验证	探索致癌性CALR突变在骨髓增殖性肿瘤（MPN）中介导免疫逃逸的机制	CALRdel52突变、骨髓微环境、TGFβ1、调节性T细胞（Treg）	肿瘤免疫学	骨髓增殖性肿瘤	单细胞RNA测序	小鼠MPN模型	基因表达数据	四个独立患者队列的骨髓样本
229	2024-09-04	Hydatidiform mole identification using non-invasive single-cell sequencing of fetal circulating extravillous trophoblasts isolated from maternal blood 2024-09, Ultrasound in obstetrics & gynecology : the official journal of the International Society of Ultrasound in Obstetrics and Gynecology IF:6.1Q1 DOI:10.1002/uog.27615 PMID:38354218	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
230	2025-06-06	CYBB-Mediated Ferroptosis Associated with Immunosuppression in Mycobacterium leprae-Infected Monocyte-Derived Macrophages 2024-04, The Journal of investigative dermatology IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.jid.2023.10.012 PMID:37925067	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了麻风分枝杆菌感染的单核细胞衍生巨噬细胞中CYBB介导的铁死亡与免疫抑制之间的关联	首次发现CYBB是促进麻风分枝杆菌感染巨噬细胞M2极化和铁死亡的关键分子，揭示了病原体通过诱导铁死亡逃避免疫的新机制	研究样本量较小（仅4名健康个体），且为体外实验，需进一步体内验证	探究麻风分枝杆菌感染巨噬细胞的极化机制及其与铁死亡的关系	人类单核细胞衍生巨噬细胞和麻风分枝杆菌	免疫学	麻风病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	4名健康个体的单核细胞衍生巨噬细胞
231	2025-06-06	Spatial transcriptomics reveal neuron-astrocyte synergy in long-term memory 2024-Mar, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-023-07011-6 PMID:38326616	研究论文	本研究利用空间和单细胞转录组学揭示了基底外侧杏仁核在长期记忆形成中的细胞和分子结构	发现了神经元和星形胶质细胞亚群中记忆特异性的转录特征，并揭示了神经元与星形胶质细胞的相互作用对长期记忆编码的必要性	NA	阐明基底外侧杏仁核在长期记忆形成中的作用机制	基底外侧杏仁核中的神经元和星形胶质细胞	神经科学	NA	空间转录组学、单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
232	2025-06-06	Multiomic single-cell sequencing defines tissue-specific responses in Stevens-Johnson Syndrome and Toxic epidermal necrolysis 2024-Feb-18, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.11.26.568771 PMID:38405793	研究论文	本研究通过单细胞多组学测序技术，定义了Stevens-Johnson综合征和中毒性表皮坏死松解症（SJS/TEN）在组织特异性中的反应	首次使用单细胞转录组、表面蛋白质组和TCR测序技术，全面评估SJS/TEN的细胞免疫病理机制，并发现SJS/TEN水疱液是驱动疾病病理的效应性CD8+ T细胞的丰富来源	样本量较小（17名患者），且仅针对SJS/TEN患者进行研究	研究SJS/TEN的细胞免疫病理机制	17名SJS/TEN患者的未受影响皮肤、受影响皮肤和水疱液	生物医学	Stevens-Johnson综合征和中毒性表皮坏死松解症	单细胞转录组测序、表面蛋白质组测序、TCR测序	NA	单细胞多组学数据	17名SJS/TEN患者的119,784个细胞
233	2025-06-06	Spatial analyses: Focusing on immune-stromal interactions to understand immunity in the tissue context 2024-02, Seminars in arthritis and rheumatism IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.semarthrit.2023.152319 PMID:38040516	研究论文	本文通过空间分析方法探讨免疫-基质相互作用，以理解组织环境中的免疫功能	结合多重免疫荧光组织学和机器学习方法识别罕见免疫细胞群，并发现其优先定位于纤维血管微环境	是否类似机制适用于其他纤维化相关疾病（如自身免疫性疾病）尚待进一步研究	理解免疫细胞在组织环境中的功能及其与微环境的相互作用	免疫细胞及其微环境	数字病理学	COVID-19诱导的肺纤维化	多重免疫荧光组织学、空间转录组学	机器学习	图像、转录组数据	多种人类组织
234	2025-06-06	A New Method for Constructing Macrophage-Associated Predictors of Treatment Efficacy Based on Single-Cell Sequencing Analysis 2024 Feb-Mar 01, Journal of immunotherapy (Hagerstown, Md. : 1997) DOI:10.1097/CJI.0000000000000497 PMID:37982646	研究论文	提出了一种基于单细胞测序分析构建巨噬细胞相关治疗疗效预测因子的新方法	开发了一种新的TAMs风险评分(TRS)模型，用于预测结直肠癌患者的预后及对免疫治疗和化疗的反应	研究依赖于公共数据库数据，缺乏独立验证队列	开发结直肠癌预后预测模型并评估其对治疗的预测价值	结直肠癌患者及其肿瘤微环境中的免疫细胞	数字病理学	结直肠癌	单细胞测序分析	Cox回归模型	基因表达数据	来自Gene Expression Omnibus和The Cancer Genome Atlas数据库的结直肠癌患者样本
235	2025-06-06	Targeting tumor cell-to-macrophage communication by blocking Vtn-C1qbp interaction inhibits tumor progression via enhancing macrophage phagocytosis 2024, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.94537 PMID:38773982	research paper	该研究通过CRISPR筛选发现Vtn-C1qbp轴作为新的抗吞噬信号，并探索了其在肿瘤治疗中的潜在应用	揭示了Vtn-C1qbp轴作为新的抗吞噬信号，为肿瘤免疫治疗提供了新的分子靶点	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类临床试验中验证	探索肿瘤细胞与巨噬细胞之间的通讯机制，并寻找新的免疫治疗靶点	肿瘤细胞和肿瘤相关巨噬细胞	肿瘤免疫学	乳腺癌	CRISPR筛选、流式细胞术、RNA测序、免疫沉淀、质谱分析、免疫荧光	小鼠肿瘤模型	基因表达数据、单细胞测序数据	NA
236	2025-06-06	The CEBPB+ glioblastoma subcluster specifically drives the formation of M2 tumor-associated macrophages to promote malignancy growth 2024, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.93473 PMID:38994023	研究论文	本研究通过整合胶质瘤单细胞和空间转录组学，揭示了GBM亚群6与M2型肿瘤相关巨噬细胞之间的特异性相互作用及其调控机制	发现了CEBPB转录网络在GBM亚群6中的特异性调控作用，揭示了其通过MCP1和SPP1-Integrin αvβ1-Akt信号通路调控M2型TAMs的招募和极化的机制	研究主要聚焦于GBM亚群6与M2型TAMs的相互作用，可能未全面覆盖GBM微环境中其他细胞亚群的复杂互作网络	探究GBM肿瘤细胞亚群与非肿瘤细胞间的特异性互作机制，以控制GBM的恶性进展	胶质母细胞瘤(GBM)微环境中的肿瘤细胞亚群(GBM亚群6)和M2型肿瘤相关巨噬细胞(M2 TAMs)	肿瘤微环境研究	胶质母细胞瘤	单细胞转录组学、空间转录组学	NA	转录组数据	NA
237	2025-06-06	Energy competition remodels the metabolic glucose landscape of psoriatic epidermal cells 2024, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.93764 PMID:38855186	研究论文	探讨代谢竞争在银屑病皮肤表皮细胞增殖和分化中的作用	揭示了银屑病中高增殖性基底细胞通过代谢竞争摄取葡萄糖的机制，以及COX7B通过调节PPAR信号通路促进银屑病发展的新发现	研究主要基于小鼠模型和炎症类器官模型，人类样本的直接验证较少	研究银屑病皮肤表皮细胞代谢适应及其潜在机制	银屑病皮肤表皮细胞	代谢组学	银屑病	批量RNA测序、单细胞RNA测序、空间转录组学、葡萄糖摄取实验	咪喹莫特样小鼠模型、炎症类器官模型	RNA测序数据、代谢数据	NA
238	2025-06-06	Comprehensive multi-omics analysis of pyroptosis for optimizing neoadjuvant immunotherapy in patients with gastric cancer 2024, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.93124 PMID:38773976	research paper	该研究通过多组学分析探讨了细胞焦亡在胃癌肿瘤微环境重塑和免疫治疗中的作用，并构建了一个细胞焦亡风险评分（PRS）作为生物标志物	构建了PRS作为胃癌免疫治疗的独立生物标志物，并验证其在预测新辅助免疫治疗效果中的价值	研究样本主要来自公共数据库和中国医疗队列，可能缺乏其他种族或地区的数据	优化胃癌患者的新辅助免疫治疗策略	胃癌患者	digital pathology	gastric cancer	multi-omics analysis, single-cell sequencing, multiplex immunofluorescence	NA	genomic data, clinical data	公共数据库样本925例，中国医疗队列978例，新辅助免疫治疗患者48例，新辅助化疗患者49例
239	2025-06-06	Spatial Transcriptomics: A Powerful Tool in Disease Understanding and Drug Discovery 2024, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.95908 PMID:38773973	综述	本文介绍了空间转录组学的分析策略及其在疾病理解和药物发现中的应用	空间转录组学不仅提供基因表达水平的信息，还提供基因表达的空间信息，为药物发现提供了新的视角	讨论了当前研究领域需要解决的挑战和问题	探索空间转录组学在疾病理解和药物发现中的应用	空间转录组学技术及其在药物发现中的应用	组学研究	NA	空间转录组学(ST)	NA	基因表达数据	NA
240	2025-06-06	Nicotinamide phosphoribosyltransferase prompts bleomycin-induced pulmonary fibrosis by driving macrophage M2 polarization in mice 2024, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.94482 PMID:38773984	research paper	该研究探讨了烟酰胺磷酸核糖转移酶（NAMPT）在博莱霉素诱导的肺纤维化中的作用及其机制	首次阐明NAMPT通过驱动巨噬细胞M2极化促进肺纤维化的机制，并验证了靶向单核/巨噬细胞NAMPT的治疗潜力	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限	探究NAMPT在肺纤维化中的作用机制	特发性肺纤维化（IPF）患者样本和博莱霉素诱导的小鼠肺纤维化模型	分子病理学	肺纤维化	RNA-Seq、Western blotting、qRT-PCR、ELISA、免疫组化染色、单细胞RNA测序	转基因小鼠模型	基因表达数据、蛋白质数据	临床IPF患者样本和小鼠模型