单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
221	2025-06-05	Ectopic Expansion of Pulmonary Vasculature in Fibrotic Lung Disease and Lung Adenocarcinoma Marked by Proangiogenic COL15A1+ Endothelial Cells 2025-Apr, Pulmonary circulation IF:2.2Q3 DOI:10.1002/pul2.70102 PMID:40463493	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序技术比较了多种进行性间质性肺疾病（ILD）和非小细胞肺癌（NSCLC）中血管内皮细胞（EC）群体的共同和独特特征	识别了在ILD和NSCLC中扩张的两种EC亚型'Bronch-1'和'Bronch-2'，并发现支气管循环的扩张是多种ILD和NSCLC中血管细胞组成的最显著变化之一	样本量相对较小，特别是NSCLC样本仅有8例，可能影响结果的普遍性	探究肺纤维化疾病和肺腺癌中血管系统的异位扩张及其分子标记	健康肺组织、ILD、慢性阻塞性肺疾病和NSCLC患者的肺组织样本	数字病理学	肺纤维化、非小细胞肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据、组织染色数据	健康肺组织59例、ILD 97例、慢性阻塞性肺疾病22例、NSCLC 8例
222	2025-06-05	Proximal tubule cells contribute to the thin descending limb of the loop of Henle during mouse kidney development 2025-Mar-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.14.633065 PMID:39868227	研究论文	本研究通过整合多个非突变发育小鼠肾脏的单细胞RNA测序数据集，揭示了近端小管细胞在Henle环薄降支形成过程中的贡献	首次发现近端小管细胞可以转化为Henle环薄降支细胞，并揭示了转录因子Hnf4a在调节这一过程中的关键作用	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类肾脏发育中验证	探究Henle环薄降支细胞在肾脏发育中的形成机制	小鼠肾脏发育过程中的近端小管细胞和Henle环薄降支细胞	发育生物学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 谱系追踪	NA	基因表达数据	多个非突变发育小鼠肾脏数据集
223	2025-06-05	Single-cell transcriptome analysis reveals atypical monocytes circulating ahead of acute graft-versus-host disease clinical onset 2025-Mar-14, Journal of leukocyte biology IF:3.6Q2 DOI:10.1093/jleuko/qiae229 PMID:39432735	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示了在急性移植物抗宿主病（aGVHD）临床发作前循环中的非典型单核细胞	发现了在aGVHD临床发作前18天即可检测到的特定单核细胞和细胞毒性T细胞亚群，这些细胞具有特定的标志物上调	样本量较小，仅包括3名aGVHD患者和4名对照	探索aGVHD的早期诊断标志物和预防策略	接受异基因造血干细胞移植（HSCT）的患者	单细胞转录组学	急性移植物抗宿主病（aGVHD）	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和流式细胞术	NA	单细胞转录组数据	3名aGVHD患者和4名对照
224	2025-06-05	CoupleVAE: coupled variational autoencoders for predicting perturbational single-cell RNA sequencing data 2025-Mar-04, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf126 PMID:40178283	研究论文	提出了一种名为CoupleVAE的新型深度学习方法，用于预测扰动后的单细胞RNA测序数据	CoupleVAE由两个耦合的VAE组成，通过耦合器在潜在空间中进行更复杂的细胞状态转换	NA	预测单细胞扰动响应，以理解生物体的功能和行为	单细胞RNA测序数据	计算生物学	NA	单细胞RNA测序	VAE（变分自编码器）	单细胞RNA测序数据	三个真实数据集（感染、刺激和跨物种预测）
225	2025-06-05	Single-cell transcriptomic analysis and luteolin treatment reveal three adipogenic genes, including Aspn, Htra1 and Efemp1 2025-03, Biochimica et biophysica acta. Molecular and cell biology of lipids DOI:10.1016/j.bbalip.2024.159585 PMID:39662603	研究论文	通过单细胞转录组分析比较肥胖和瘦小鼠的脂肪干细胞和祖细胞（ASPCs），发现了三个脂肪生成基因Aspn、Htra1和Efemp1，并研究了黄酮类化合物木犀草素对这些基因的影响	首次在肥胖和瘦小鼠的ASPCs中鉴定出三个脂肪生成相关基因，并揭示木犀草素可通过上调这些基因抑制脂肪生成	研究仅基于小鼠模型和3T3-L1细胞系，未在人体中进行验证	探究肥胖与瘦小鼠脂肪干细胞和祖细胞的转录组差异，寻找新的脂肪生成调控基因	小鼠皮下脂肪组织中的脂肪干细胞和祖细胞（ASPCs）及3T3-L1细胞系	转录组学	肥胖症	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	三个独立的小鼠单细胞RNA测序数据集
226	2025-06-05	Single-cell profiling transcriptomic reveals cellular heterogeneity and cellular crosstalk in breast cancer lymphatic node, bone, and brain metastases 2025-01-17, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-85531-z PMID:39820531	research paper	该研究通过单细胞转录组分析揭示了乳腺癌淋巴结、骨和脑转移的细胞异质性和细胞间通讯	首次在单细胞水平上比较了原发性乳腺癌与淋巴结、骨和脑转移的差异，并鉴定了与转移相关的恶性上皮细胞亚群和癌症相关成纤维细胞(pCAFs)的作用	样本量较小(原发性乳腺癌n=4，淋巴结转移n=4，脑转移n=3，骨转移n=2)，且数据来源于公共数据库	探究乳腺癌转移至淋巴结、骨和脑的潜在细胞起源和驱动因素	乳腺癌原发灶及淋巴结、骨和脑转移灶的细胞组成	digital pathology	breast cancer	single-cell sequencing, InferCNV算法, CellChat包, 基因集变异分析, 免疫组化染色, 多光谱免疫组化染色	NA	单细胞转录组数据	原发性乳腺癌(n=4)、淋巴结转移(n=4)、脑转移(n=3)和骨转移(n=2)样本
227	2025-06-05	Integrative genetics and multiomics analysis reveal mechanisms and therapeutic targets in vitiligo highlighting JAK STAT pathway regulation of CTSS 2025-01-17, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-86134-4 PMID:39824912	研究论文	该研究通过整合多组学数据，揭示了白癜风发病的遗传和分子机制，并探索了JAK/STAT通路对潜在治疗靶点CTSS的调控作用	整合GWAS、pQTL、eQTL、微阵列和单细胞RNA-seq等多组学数据，首次系统阐明JAK/STAT通路通过调控CTSS参与黑素细胞抗原处理的分子机制	需要进一步实验验证CTSS及相关基因的治疗潜力	阐明白癜风发病机制并寻找潜在治疗靶点	白癜风患者血液和皮肤病变组织	多组学分析	白癜风	GWAS-meta分析、pQTL/eQTL分析、微阵列、单细胞RNA-seq、分子对接	NA	基因组数据、转录组数据、蛋白质组数据	未明确说明样本量（包含GWAS荟萃分析、微阵列和单细胞测序数据）
228	2025-06-05	Big data analytics and scRNA-seq in human aortic aneurysms and dissections: role of endothelial MerTK 2025, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.103851 PMID:39744231	研究论文	本研究探讨了内皮MerTK在升主动脉瘤和夹层(AAAD)进展中的作用，通过单细胞RNA测序和大数据分析揭示了其机制	首次揭示了内皮MerTK表达抑制在AAAD中的关键作用及其通过影响内皮功能和SMC表型变化促进AAAD发展的新机制	研究主要基于小鼠模型和有限的人类样本，需要进一步在更大规模的人类队列中验证	阐明内皮MerTK在AAAD发病机制中的作用	升主动脉瘤和夹层(AAAD)患者样本和内皮细胞特异性MerTK缺陷小鼠模型	生物医学研究	心血管疾病	scRNA-seq, RNA-seq, 大数据分析	小鼠基因缺陷模型	基因表达数据	约600,000个交叉分析数据点和小鼠模型
229	2025-06-05	PIM1 instigates endothelial-to-mesenchymal transition to aggravate atherosclerosis 2025, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.102597 PMID:39744686	研究论文	本文探讨了PIM1在动脉粥样硬化中通过促进内皮-间质转化（EndMT）加剧疾病进程的机制	揭示了PIM1/P-NDRG1(S330)/PTBP1/EndMT轴在动脉粥样硬化中的关键作用，并提出了小分子Max-40279作为潜在治疗策略	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限	探究PIM1在动脉粥样硬化中促进EndMT的分子机制	内皮细胞、小鼠动脉粥样硬化模型、人类动脉粥样硬化病变组织	心血管疾病	动脉粥样硬化	单细胞测序、定量PCR、Western blotting、免疫组化、免疫共沉淀、H&E染色、油红O染色、Masson三色染色	小鼠动脉粥样硬化模型	基因表达数据、蛋白质数据、组织病理学图像	高脂饮食喂养不同时间的小鼠动脉粥样硬化斑块、人类和小鼠动脉粥样硬化病变组织
230	2025-06-05	Single-Cell RNA Sequencing before and after Light Chain Escape Reveals Intrapatient Multiple Myeloma Subpopulations with Divergent Osteolytic Gene Expression 2025-01-01, Cancer research communications IF:2.0Q3 DOI:10.1158/2767-9764.CRC-24-0170 PMID:39699274	研究论文	通过单细胞RNA测序技术研究多发性骨髓瘤患者在轻链逃逸前后的肿瘤亚群差异及其与溶骨性基因表达的关系	首次使用scRNA-seq技术追踪多发性骨髓瘤患者轻链逃逸现象，揭示了LAMP5过表达与溶骨性病变风险的新关联	研究样本仅来自单一患者，需要在更大队列中验证发现	探究多发性骨髓瘤中轻链逃逸现象的分子机制及其临床意义	多发性骨髓瘤患者的骨髓活检样本	数字病理学	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序(scRNA-seq)，体外药物敏感性测试	NA	RNA测序数据	1名患者的多个时间点骨髓活检样本(诊断时、首次复发、复发/难治阶段)
231	2025-06-05	Research Trends and Dynamics in Single-cell RNA Sequencing for Musculoskeletal Diseases: A Scientometric and Visualization Study 2025, International journal of medical sciences IF:3.2Q1 DOI:10.7150/ijms.104697 PMID:39898252	研究论文	本文通过科学计量和可视化分析，综述了过去15年单细胞RNA测序（scRNA-seq）在肌肉骨骼疾病（MSK）研究中的应用进展	首次对scRNA-seq在MSK疾病研究中的应用趋势进行全面的科学计量和可视化分析，揭示了主要研究方向和未来前景	仅基于Web of Science Core Collection的数据，可能未涵盖所有相关研究	分析scRNA-seq在MSK疾病研究中的发展趋势和关键研究方向	肌肉骨骼疾病（MSK）	生物信息学	肌肉骨骼疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	文献数据	Web of Science Core Collection中2009年1月1日至2024年9月6日的相关文献
232	2025-06-05	Single-cell transcriptomics reveals cellular dynamics and chemokine CXCL2-mediated smooth muscle cell proliferation in arterial repair 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1591557 PMID:40463365	研究论文	通过单细胞转录组学揭示了动脉修复中的细胞动态变化及趋化因子CXCL2介导的平滑肌细胞增殖	识别了一个炎症性平滑肌细胞亚群(SMC2)，其主动分泌趋化因子CXCL2，促进平滑肌细胞增殖并介导损伤后的动脉重塑	研究主要基于股动脉损伤模型，结果在冠状动脉损伤中的适用性需进一步验证	探究PCI术后动脉修复的细胞机制及趋化因子CXCL2的作用	股动脉损伤模型中的细胞	单细胞转录组学	心血管疾病	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	NA
233	2025-06-05	Succinylation-related molecular activities in cancer: metabolic adaptations, immune landscape, and prognostic significance in colorectal cancer 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1571446 PMID:40463370	研究论文	该研究通过泛癌分析探讨了琥珀酰化在代谢调控、肿瘤免疫微环境及预后中的作用，并构建了一个基于琥珀酰化的结直肠癌预后模型	首次系统性分析了琥珀酰化在泛癌中的分子活动及其与免疫微环境和预后的关系，并鉴定出PCED1A作为潜在的结直肠癌治疗靶点	研究主要基于生物信息学分析，实验验证部分仅限于结直肠癌细胞系	探究琥珀酰化修饰在肿瘤代谢调控、免疫微环境和预后中的作用	泛癌数据集和结直肠癌样本	肿瘤生物学	结直肠癌	转录组测序、单细胞RNA测序、空间转录组、免疫组化、Western blotting	预后模型	转录组数据、蛋白质表达数据	来自TCGA、GEO、TISCH等多个数据库的泛癌数据集和结直肠癌队列
234	2025-06-05	Single-cell RNA sequencing identifies two fibroblast subtypes and a Trem2+ macrophage subtype as the possible specific cellular targets in abdominal aortic aneurysms 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1551308 PMID:40463378	研究论文	通过单细胞RNA测序技术识别腹主动脉瘤中两种成纤维细胞亚型和一种Trem2+巨噬细胞亚型作为潜在特异性细胞靶点	发现了两种成纤维细胞亚型（Fib_Apoc1+/Fabp4+和inflam-Fib1）和一种巨噬细胞亚型（Mac_TREM2），并揭示了它们在腹主动脉瘤发展中的协同作用	研究基于小鼠模型，临床抗炎治疗无效性未深入探讨	探究腹主动脉瘤的细胞组成和功能表型，寻找新的治疗靶点	腹主动脉瘤（AAA）小鼠模型中的细胞	单细胞转录组学	腹主动脉瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	NA
235	2025-06-05	Single-cell transcriptomics in colorectal cancer uncover the potential of metastasis and immune dysregulation of a cell cluster overexpressed PRSS22 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1586428 PMID:40463392	研究论文	通过单细胞转录组学技术研究结直肠癌中PRSS22过表达的细胞簇在转移和免疫失调中的潜在作用	发现了一个与结直肠癌进展、免疫失调和预后密切相关的细胞亚群，并确定PRSS22作为其核心基因，具有成为新免疫治疗靶点的潜力	样本量相对较小（25例结直肠癌和10例相邻正常组织样本），且需要在更大规模的临床样本中进一步验证PRSS22的功能和临床意义	探索结直肠癌中肿瘤细胞亚群的特征及其在肿瘤发生中的潜在作用	结直肠癌患者肿瘤组织和相邻正常组织中的细胞	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序	Boruta特征选择算法	RNA测序数据	25例结直肠癌和10例相邻正常组织样本
236	2025-06-05	Unveiling the Therapeutic Potential of Baicalin in Intervertebral Disc Degeneration: Integrative Bulk and Single-Cell Transcriptome Analysis with Experimental Validation of PANoptosis Inhibition 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S519179 PMID:40463856	研究论文	本文通过整合批量转录组和单细胞RNA-seq分析，结合实验验证，探讨了黄芩素通过抑制PANoptosis缓解椎间盘退变的治疗潜力	首次揭示了PANoptosis在椎间盘退变中的关键作用，并验证了黄芩素通过调控PANoptosis相关基因表达来缓解退变的机制	研究主要基于动物模型和体外实验，临床转化效果需要进一步验证	探索PANoptosis在椎间盘退变中的作用及黄芩素的治疗潜力	椎间盘退变模型（体外IL-1β诱导的NPC退变模型和体内穿刺诱导的大鼠IVDD模型）	生物医学	椎间盘退变	批量转录组测序、单细胞RNA-seq	动物模型（大鼠IVDD模型）	转录组数据	多个公共数据集（GSE167199, GSE245147, GSE266883, GSE244889）及实验样本
237	2025-06-05	Randomized Spatial PCA (RASP): a computationally efficient method for dimensionality reduction of high-resolution spatial transcriptomics data 2024-Dec-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.20.629785 PMID:39763720	research paper	提出了一种名为RASP的计算高效降维方法，用于处理高分辨率空间转录组数据	RASP是一种新颖的空间感知降维方法，比现有技术快几个数量级，并能扩展到具有数十万个位置的空间转录组数据	NA	开发一种计算高效的降维方法，以促进高分辨率空间转录组数据的分析	空间转录组数据	生物信息学	NA	随机两阶段主成分分析(PCA)	PCA	空间转录组数据	四个公开可用的空间转录组数据集（10x Visium、Stereo-Seq、MERFISH和10x Xenium）
238	2025-06-05	Single-Cell Transcriptomic Analysis Identifies Senescent Osteocytes That Trigger Bone Destruction in Breast Cancer Metastasis 2024-12-02, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-0857 PMID:39312185	research paper	该研究通过单细胞转录组分析揭示了乳腺癌骨转移中衰老骨细胞触发骨破坏的机制	首次发现乳腺癌骨转移中骨细胞会提前衰老并表现出独特的衰老相关分泌表型(SASP)，促进骨破坏	研究主要基于小鼠模型和体外实验，人类样本验证有限	探究乳腺癌骨转移导致骨破坏的细胞分子机制	乳腺癌骨转移中的骨细胞	digital pathology	breast cancer	单细胞RNA测序(single-cell RNA sequencing)、多重原位杂交(multiplex in situ hybridization)、人工智能辅助分析	NA	基因表达数据	小鼠模型和少量乳腺癌骨转移患者样本
239	2025-06-05	Dynamic Evolution of Fibroblasts Revealed by Single-Cell RNA Sequencing of Human Pancreatic Cancer 2024-12-01, Cancer research communications IF:2.0Q3 DOI:10.1158/2767-9764.CRC-23-0489 PMID:39485038	research paper	通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，研究人类胰腺癌中成纤维细胞的动态演化及其在肿瘤微环境中的作用	结合单细胞RNA测序和空间转录组学技术，揭示了胰腺癌中成纤维细胞的分化轨迹及其在恶性转化过程中的细胞间网络	研究主要聚焦于胰腺导管腺癌，其他类型的胰腺癌可能具有不同的微环境特征	探索胰腺癌微环境中基质细胞与癌细胞之间的相互作用，以寻找新的治疗干预点	正常、炎症和恶性胰腺组织中的成纤维细胞	digital pathology	pancreatic cancer	single-cell RNA sequencing, spatial transcriptomics	NA	RNA sequencing data, spatial transcriptomics data	正常、炎症和恶性胰腺组织样本
240	2025-06-05	Single-Cell Transcriptomics of Human Tonsils Reveals Nicotine Enhances HIV-1-Induced NLRP3 Inflammasome and Mitochondrial Activation 2024-11-20, Viruses DOI:10.3390/v16111797 PMID:39599911	research paper	该研究通过单细胞转录组学揭示了尼古丁增强HIV-1诱导的NLRP3炎症小体和线粒体激活的机制	首次在单细胞水平上揭示了HIV-1感染与尼古丁暴露对免疫细胞功能的协同影响，特别是对NLRP3炎症小体激活、氧化应激和线粒体途径的影响	研究仅使用了人类扁桃体组织作为模型，可能无法完全反映体内其他组织的反应	探究HIV-1感染与尼古丁暴露对免疫细胞功能的协同作用	人类扁桃体组织	免疫学	HIV感染	单细胞RNA测序，基因集富集分析(GSEA)	NA	单细胞转录组数据	NA