单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27986 篇文献，本页显示第 23961 - 23980 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 23961 | 2024-08-08 |
Fabrication of Microfluidic Devices for Emulsion Formation by Microstereolithography
2021-May-10, Molecules (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/molecules26092817
PMID:34068649
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综述 | 本文综述了使用微立体光刻技术制造用于乳液形成的微流控设备的基本原理和最新创新 | 微立体光刻技术简化了设备制造过程，提供了真正的三维几何形状，成本效益高，并支持多材料加工 | NA | 支持研究人员建立自己的微立体光刻系统以制造定制的微流控设备 | 微立体光刻技术及其在微流控设备制造中的应用 | 微流控技术 | NA | 微立体光刻（PµSL） | NA | NA | NA |
| 23962 | 2024-08-08 |
The Cellular Composition of Bovine Coccygeal Intervertebral Discs: A Comprehensive Single-Cell RNAseq Analysis
2021-May-06, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms22094917
PMID:34066404
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序（scRNAseq）和批量RNA测序（RNAseq）分析了牛尾椎间盘的细胞组成，揭示了核软骨（NP）和纤维环（AF）中的细胞群及其发育变化。 | 本文首次整合scRNAseq和RNAseq数据，稳定了聚类结果，并鉴定了NP和AF结构/组织特异性基因，揭示了年轻牛椎间盘中NP和AF的细胞表型复杂性。 | NA | 支持退化椎间盘再生治疗的研究 | 牛尾椎间盘的核软骨（NP）和纤维环（AF）的细胞组成 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNAseq），批量RNA测序（RNAseq） | NA | RNA序列 | NA |
| 23963 | 2024-08-08 |
The Transcriptome of SH-SY5Y at Single-Cell Resolution: A CITE-Seq Data Analysis Workflow
2021-May-06, Methods and protocols
IF:2.3Q3
DOI:10.3390/mps4020028
PMID:34066513
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研究论文 | 本文介绍了一种CITE-seq数据分析流程，用于分析SH-SY5Y神经母细胞瘤细胞系的单细胞转录组 | CITE-seq技术结合了抗体标记和细胞分选的免疫表型能力与单细胞RNA测序的分辨率，通过添加12-bp核苷酸条形码到抗体上，可以在同一运行中对多个条形码样本进行测序，从而降低scRNA-seq的成本 | NA | 展示理想的CITE-seq数据分析流程，并探索细胞异质性 | SH-SY5Y神经母细胞瘤细胞系的单细胞转录组 | 数字病理学 | 神经母细胞瘤 | CITE-seq | NA | 转录组数据 | 2879个单细胞 |
| 23964 | 2024-08-08 |
Cell Type-Specific Differentiation Between Indica and Japonica Rice Root Tip Responses to Different Environments Based on Single-Cell RNA Sequencing
2021, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2021.659500
PMID:34079581
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序数据分析，探讨了籼稻和粳稻在不同环境下的细胞类型特异性差异表达基因 | 首次详细分析了籼稻和粳稻在不同环境下的细胞类型特异性差异表达基因，并探讨了这些基因与非生物胁迫响应的关系 | 研究主要基于已发表的单细胞RNA测序数据和批量RNA测序数据，未进行新的实验验证 | 旨在理解籼稻和粳稻在细胞水平上的分化和环境适应性的遗传基础 | 籼稻和粳稻的根尖细胞在不同环境下的响应 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | 涉及籼稻和粳稻的多个细胞类型 |
| 23965 | 2024-08-08 |
The Chromatin Accessibility Landscape of Peripheral Blood Mononuclear Cells in Patients With Systemic Lupus Erythematosus at Single-Cell Resolution
2021, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2021.641886
PMID:34084162
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研究论文 | 本研究旨在揭示系统性红斑狼疮（SLE）患者外周血单个核细胞（PBMCs）的染色质可及性图谱，并识别可能驱动异常免疫反应的转录因子（TFs） | 本研究首次在单细胞分辨率下分析了SLE患者PBMCs的染色质可及性图谱，并鉴定了20种TF激活模式，这些模式驱动SLE患者的异常免疫反应 | NA | 揭示SLE患者PBMCs的染色质可及性图谱，并识别可能驱动异常免疫反应的转录因子 | 系统性红斑狼疮（SLE）患者的外周血单个核细胞（PBMCs） | 数字病理学 | 系统性红斑狼疮 | 单细胞转座酶可及染色质测序（scATAC-seq） | NA | 单细胞数据 | NA |
| 23966 | 2024-08-09 |
Single-cell RNA sequencing reveals Nestin+ active neural stem cells outside the central canal after spinal cord injury
2022-02, Science China. Life sciences
DOI:10.1007/s11427-020-1930-0
PMID:34061300
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了脊髓损伤后中央管外Nestin+活跃神经干细胞的存在 | 首次发现脊髓损伤后中央管外的Nestin细胞能被激活为活跃的神经干细胞 | NA | 探究脊髓损伤后神经干细胞的激活情况及其在再生治疗中的潜在作用 | 脊髓损伤后的神经干细胞及其子代细胞 | 数字病理学 | 脊髓损伤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 具体样本数量未提及 |
| 23967 | 2024-08-09 |
Fibroblasts positive for meflin have anti-fibrotic properties in pulmonary fibrosis
2021-12, The European respiratory journal
DOI:10.1183/13993003.03397-2020
PMID:34049947
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研究论文 | 本研究探讨了表达meflin的成纤维细胞在特发性肺纤维化（IPF）中的抗纤维化作用 | 首次通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）分析了meflin阳性成纤维细胞在IPF中的作用，并利用bleomycin诱导的肺纤维化模型验证了其抗纤维化特性 | 研究仅限于meflin阳性成纤维细胞的作用，未探讨其他类型成纤维细胞在IPF中的作用 | 确定meflin阳性成纤维细胞在特发性肺纤维化发展中的作用 | meflin阳性成纤维细胞在特发性肺纤维化中的功能 | NA | 肺纤维化 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 细胞 | 243,472个细胞来自32个IPF肺和29个正常肺样本 |
| 23968 | 2024-08-09 |
A New Hypothesis for Type 1 Diabetes Risk: The At-Risk Allele at rs3842753 Associates With Increased Beta-Cell INS Messenger RNA in a Meta-Analysis of Single-Cell RNA-Sequencing Data
2021-Dec, Canadian journal of diabetes
IF:2.3Q3
DOI:10.1016/j.jcjd.2021.03.007
PMID:34052132
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序数据的荟萃分析，探讨了rs3842753位点的遗传变异与1型糖尿病风险之间的关系及其分子机制 | 首次在大规模单细胞水平上研究了rs3842753位点的遗传变异对INS mRNA表达的影响 | 研究样本主要来自成年无糖尿病和2型糖尿病患者，可能无法完全代表所有1型糖尿病患者的情况 | 探究rs3842753位点的遗传变异与1型糖尿病风险之间的关系及其分子机制 | rs3842753位点的遗传变异对INS mRNA表达的影响 | 数字病理学 | 1型糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 共整合了2,315个β细胞和1,223个β样细胞，来自13名A/A保护型供体、23名A/C杂合子供体和35名C/C风险供体 |
| 23969 | 2024-08-09 |
scDetect: a rank-based ensemble learning algorithm for cell type identification of single-cell RNA sequencing in cancer
2021-11-18, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btab410
PMID:34048541
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研究论文 | 本文介绍了一种名为scDetect的新型集成学习方法，该方法结合基因表达排名分析和基于多数投票的机器学习概率预测方法，能够基于不同测序平台的单细胞RNA测序数据进行高精度的细胞分类。 | scDetect方法通过结合基因表达排名分析和多数投票的机器学习概率预测方法，提高了细胞类型识别的准确性，并考虑了肿瘤异质性和细胞拷贝数变异。 | NA | 开发一种新的集成学习方法，用于提高单细胞RNA测序数据中细胞类型识别的准确性。 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型识别。 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 集成学习 | 基因表达数据 | 应用scDetect方法于胰腺组织、单核细胞和肿瘤活检细胞的单细胞RNA测序数据。 |
| 23970 | 2024-08-08 |
HelPredictor models single-cell transcriptome to predict human embryo lineage allocation
2021-11-05, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbab196
PMID:34037706
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研究论文 | 开发了一种名为HelPredictor的机器学习平台，用于预测人类胚胎的细胞谱系分配 | HelPredictor是首个整合三种特征选择方法和四种经典机器学习分类器的平台，能够高效分类不同的胚胎谱系及其发育轨迹 | NA | 深入理解人类胚胎植入前细胞命运决定机制，并开发有效的生物信息学策略来分析胚胎谱系分配和阶段特异性模式 | 人类胚胎的单细胞转录组数据 | 机器学习 | NA | 单细胞测序 | 机器学习分类器 | 转录组数据 | 未具体说明样本数量 |
| 23971 | 2024-08-09 |
Corrigendum to: Evaluation of machine learning approaches for cell-type identification from single-cell transcriptomics data
2021-Nov-05, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbab217
PMID:34050369
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 23972 | 2024-08-08 |
Characterizing spatial gene expression heterogeneity in spatially resolved single-cell transcriptomic data with nonuniform cellular densities
2021-10, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.271288.120
PMID:34035045
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研究论文 | 本文开发了MERINGUE计算框架，用于分析空间分辨的单细胞转录组数据中的空间基因表达异质性 | MERINGUE框架基于空间自相关和交叉相关分析，能够在考虑细胞类型3D空间组织和非均匀细胞密度的同时，识别具有空间异质性表达模式的基因，推断潜在的细胞间通信，并进行空间感知的细胞聚类 | NA | 解决现有技术在处理空间分辨单细胞转录组数据时缺乏可扩展计算分析方法的问题 | 空间分辨的单细胞转录组数据 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | NA | 空间分辨的转录组数据 | 数百到数千个基因 |
| 23973 | 2024-08-08 |
Analysis of alternative polyadenylation from single-cell RNA-seq using scDaPars reveals cell subpopulations invisible to gene expression
2021-10, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.271346.120
PMID:34035046
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研究论文 | 本文介绍了一种名为scDaPars的生物信息学算法，用于从单细胞RNA测序数据中准确量化APA事件 | scDaPars算法能够从单细胞RNA测序数据中恢复因单细胞中mRNA数量少而遗漏的APA事件，并揭示了传统基因表达分析无法识别的细胞亚群 | NA | 研究单细胞中APA异质性及其在细胞亚群识别中的应用 | 单细胞RNA测序数据中的APA事件 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA |
| 23974 | 2024-08-08 |
Developmental and comparative immunology single-cell transcriptome analysis of the B-cell repertoire reveals the usage of immunoglobulins in the gray short-tailed opossum (Monodelphis domestica)
2021-10, Developmental and comparative immunology
IF:2.7Q1
DOI:10.1016/j.dci.2021.104141
PMID:34038789
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序分析了灰短尾负鼠（Monodelphis domestica）的B细胞受体库，揭示了其免疫球蛋白的使用情况 | 首次使用单细胞分析技术研究有袋类动物的免疫球蛋白受体库，证实了先前的假设并发现了一些意外结果 | 研究样本仅来自一只未免疫的动物，可能无法代表整个物种 | 探究有袋类动物的体液免疫系统 | 灰短尾负鼠的B细胞转录组 | 免疫学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组 | 来自一只灰短尾负鼠的脾细胞和外周血单个核细胞 |
| 23975 | 2024-08-08 |
Integrating multiple references for single-cell assignment
2021-08-20, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkab380
PMID:34037791
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研究论文 | 本文介绍了一种名为mtSC的灵活单细胞分配框架，该框架基于多任务深度度量学习，旨在整合多个参考数据源以提高单细胞分配的准确性 | mtSC框架专门设计用于处理多参考数据源中的数据异质性问题，通过多任务深度度量学习提高细胞类型识别的准确性 | NA | 提高单细胞测序数据分析中的单细胞分配效率 | 单细胞测序数据 | 生物信息学 | NA | 多任务深度度量学习 | 深度学习模型 | 单细胞测序数据 | 使用公开可用的综合基准数据集进行评估 |
| 23976 | 2024-08-09 |
Single-Cell RNA Sequencing Reveals a Unique Monocyte Population in Bronchoalveolar Lavage Cells of Mice Challenged With Afghanistan Particulate Matter and Allergen
2021-08-03, Toxicological sciences : an official journal of the Society of Toxicology
IF:3.4Q2
DOI:10.1093/toxsci/kfab065
PMID:34051097
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了暴露于阿富汗颗粒物和过敏原的小鼠支气管肺泡灌洗细胞中独特的单核细胞群体 | 发现了一种仅在同时暴露于阿富汗颗粒物和过敏原的小鼠中诱导的独特单核细胞群体，并验证了其与过敏性哮喘相关基因Alox15的表达 | NA | 定义暴露于阿富汗沙漠颗粒物和屋尘螨的小鼠肺白细胞的转录组反应 | 暴露于阿富汗颗粒物和过敏原的小鼠肺白细胞 | 数字病理学 | 哮喘 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | C57BL/6小鼠，每组15只 |
| 23977 | 2024-08-09 |
Role of pharmacogenomics in T-cell hypersensitivity drug reactions
2021-08-01, Current opinion in allergy and clinical immunology
IF:3.0Q3
DOI:10.1097/ACI.0000000000000754
PMID:34039850
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研究论文 | 本文更新了与T细胞介导的延迟超敏反应相关的药物遗传学风险因素 | 本文介绍了与免疫发病机制和临床实践相关的新HLA关联，如HLA-B∗13:01与复方磺胺甲噁唑诱导的SCAR，以及HLA-A∗32:01与万古霉素诱导的DRESS | HLA作为风险因素对于大多数T细胞介导的反应是必要但不充分的，且研究主要集中在已易于进行研究的人群中，对全球相关且研究不足的人群风险关注不足 | 更新与T细胞介导的延迟超敏反应相关的药物遗传学风险因素 | T细胞介导的延迟超敏反应的药物遗传学风险因素 | 药物遗传学 | NA | 单细胞测序 | NA | 遗传数据 | 大型人群匹配队列 |
| 23978 | 2024-08-09 |
Inferring gene regulatory network from single-cell transcriptomic data by integrating multiple prior networks
2021-Aug, Computational biology and chemistry
IF:2.6Q2
|
研究论文 | 本文开发了一种名为iMPRN的新计算方法，通过整合多个先验网络来推断基因调控网络 | iMPRN方法采用线性回归、图嵌入和弹性网络优化每个先验网络，并基于B分数评估调控边的置信度，最终整合这些优化后的网络 | NA | 重建基因调控网络以理解特定细胞环境中的基因功能 | 恶性与非恶性头颈部肿瘤细胞的基因调控网络 | 生物信息学 | 头颈部肿瘤 | scRNA-seq | 线性回归、图嵌入、弹性网络 | 转录组数据 | 模拟数据集和真实scRNA-seq数据集 |
| 23979 | 2024-08-09 |
Single-cell profiling of tumor-infiltrating TCF1/TCF7+ T cells reveals a T lymphocyte subset associated with tertiary lymphoid structures/organs and a superior prognosis in oral cancer
2021-08, Oral oncology
IF:4.0Q2
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和免疫组化分析，探讨了TCF1/TCF7+ T细胞在口腔鳞状细胞癌中的作用及其与三级淋巴结构和预后的关系 | 首次详细报道了TCF1/TCF7+ T细胞在口腔鳞状细胞癌中的作用及其与预后的关联，并提出了其作为治疗靶点和预后标志物的潜力 | NA | 探讨TCF1/TCF7+ T细胞在口腔鳞状细胞癌中的作用及其与预后的关系 | 口腔鳞状细胞癌中的TCF1/TCF7+ T细胞及其与三级淋巴结构的关系 | 数字病理学 | 口腔癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 23980 | 2024-08-09 |
Single-cell RNA sequencing reveals atlas of dairy goat testis cells
2021-Jul-18, Zoological research
IF:4.0Q1
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research paper | 本研究利用单细胞RNA测序技术构建了奶山羊睾丸细胞的高分辨率图谱 | 首次在奶山羊中探索了精原干细胞自我更新的调控机制，并鉴定了多种体细胞和生精细胞亚型 | NA | 探究奶山羊精原干细胞自我更新的调控机制及睾丸体细胞的发育 | 奶山羊的睾丸细胞 | digital pathology | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | NA | 基因表达数据 | 来自一只奶山羊的样本 |