单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
23961	2024-08-09	Age-related changes in polycomb gene regulation disrupt lineage fidelity in intestinal stem cells 2021-03-16, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.62250 PMID:33724181	研究论文	本文通过全基因组染色质可及性和转录组分析以及单细胞RNA测序，探讨了衰老肠道中干细胞内在变化对谱系决策的影响。	首次揭示了衰老过程中肠道干细胞中Polycomb（Pc）基因调控的变化，及其对肠内分泌（EE）细胞分化和谱系特异性的影响。	研究主要集中在果蝇模型上，可能需要进一步在哺乳动物模型中验证这些发现。	探究衰老过程中肠道干细胞谱系忠诚度的变化及其机制。	衰老肠道中的干细胞及其谱系特异性。	NA	NA	全基因组染色质可及性分析、转录组分析、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	具体样本数量未在摘要中提及
23962	2024-08-09	Mapping the immune microenvironment for mandibular alveolar bone homeostasis at single-cell resolution 2021-Mar-15, Bone research IF:14.3Q1 DOI:10.1038/s41413-021-00141-5 PMID:33723232	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序构建了小鼠下颌牙槽骨的单细胞图谱，揭示了牙槽骨中更为活跃的免疫微环境	首次系统性地解释了牙槽骨在单细胞水平上的免疫微环境，发现牙槽骨中成熟的免疫细胞比例高于长骨，并且单核/巨噬细胞亚群与间充质干细胞亚群之间的相互作用更为活跃	NA	揭示牙槽骨独特的免疫微环境，为口腔疾病的免疫调节治疗提供精确靶点	小鼠下颌牙槽骨的免疫微环境	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞RNA测序数据	小鼠下颌牙槽骨样本
23963	2024-08-09	Targeting Erbin in B cells for therapy of lung metastasis of colorectal cancer 2021-03-12, Signal transduction and targeted therapy IF:40.8Q1 DOI:10.1038/s41392-021-00501-x PMID:33707428	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和临床样本分析，揭示了Erbin在B细胞中的作用及其在结直肠癌肺转移中的机制	首次发现Erbin在B细胞中的表达与结直肠癌肺转移有关，并证实通过靶向Erbin可以抑制肿瘤的肺转移	研究主要在动物模型中进行，需要进一步的临床试验验证其治疗效果	探究结直肠癌肺转移的机制及潜在治疗策略	结直肠癌肺转移中的B细胞和Erbin的作用	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	来自结直肠癌肺转移患者的临床样本
23964	2024-08-09	Understanding Heart Field Progenitor Cells for Modeling Congenital Heart Diseases 2021-03-11, Current cardiology reports IF:3.1Q2 DOI:10.1007/s11886-021-01468-5 PMID:33694131	综述	本文综述了心脏发育过程中涉及的两个不同心脏前体细胞群体（第一和第二心脏场）的信号通路和转录因子，以及它们与先天性心脏病的关联	单细胞转录组学、谱系追踪小鼠模型和基于干细胞的心脏发生体外模型显著改善了心脏前体细胞的时空特征化。此外，新的功能基因组学研究已经将更多的遗传变异与先天性心脏病联系起来	NA	旨在描述连接心脏场发育和先天性心脏病的信号通路和转录因子	心脏前体细胞及其在心脏发育中的作用	NA	先天性心脏病	单细胞转录组学	NA	基因组数据	NA
23965	2024-08-09	DeepTCR is a deep learning framework for revealing sequence concepts within T-cell repertoires 2021-03-11, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-021-21879-w PMID:33707415	research paper	本文介绍了一种名为DeepTCR的深度学习框架，用于揭示T细胞受体（TCR）序列中的概念	DeepTCR通过学习TCR的CDR3序列和V/D/J基因使用的联合表示，能够建模高度复杂的TCR测序数据	NA	利用深度学习算法提高模式识别任务的性能，并在免疫基因组学领域中应用	T细胞受体（TCR）序列数据	machine learning	NA	深度学习	深度神经网络	序列数据	涉及多个人类和鼠类数据集
23966	2024-08-09	Atoh7-independent specification of retinal ganglion cell identity 2021-03, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.abe4983 PMID:33712461	research paper	研究探讨了Atoh7在视网膜神经节细胞（RGCs）身份指定中的作用，发现存在Atoh7依赖和非依赖的RGC指定机制	揭示了Atoh7在RGC生存中的关键作用，并证明了Atoh7依赖和非依赖的RGC指定机制	NA	探究Atoh7在视网膜神经节细胞身份指定中的作用	视网膜神经节细胞（RGCs）及其在视网膜神经发生中的作用	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
23967	2024-08-09	Single Cell RNA-Seq and Machine Learning Reveal Novel Subpopulations in Low-Grade Inflammatory Monocytes With Unique Regulatory Circuits 2021, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2021.627036 PMID:33708217	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和机器学习方法，揭示了低级别炎症单核细胞中的新型亚群及其独特的调控网络	开发了一种机器学习方法，结合单细胞RNA测序、ATAC-seq和结合基序，有效识别和表征了细胞亚群的基因调控网络	NA	旨在理解低级别炎症激活单核细胞的基因调控网络，并探索潜在的治疗化合物	低级别炎症激活的单核细胞及其在炎症疾病中的作用	机器学习	心血管疾病	单细胞RNA测序	随机森林	基因表达数据	从处理过的鼠单核细胞中生成了单细胞RNA测序数据，并识别出11个新型细胞簇
23968	2024-08-09	In silico Analyses of Immune System Protein Interactome Network, Single-Cell RNA Sequencing of Human Tissues, and Artificial Neural Networks Reveal Potential Therapeutic Targets for Drug Repurposing Against COVID-19 2021, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2021.598925 PMID:33716737	研究论文	本研究通过分析免疫系统蛋白质相互作用网络、单细胞RNA测序以及人工神经网络，揭示了针对COVID-19药物再利用的潜在治疗靶点	本研究结合了多种先进技术，包括免疫系统蛋白质相互作用网络分析、单细胞RNA测序和深度神经网络，以发现新的治疗靶点和药物	研究结果需要通过临床试验进一步验证，以确定其在实际治疗中的有效性	旨在发现和验证针对COVID-19的有效治疗靶点和药物	研究对象包括免疫系统蛋白质、单细胞RNA测序数据以及多种药物	机器学习	COVID-19	单细胞RNA测序	深度神经网络	蛋白质相互作用网络数据、RNA测序数据	1,584个高置信度免疫系统蛋白质，10,672种药物
23969	2024-08-09	Using Single-Cell RNA-Seq Data to Trace Tissue Cells Responsive to Thyroid Hormones 2021, Frontiers in endocrinology IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fendo.2021.609308 PMID:33716967	研究论文	本文利用单细胞RNA测序数据追踪对甲状腺激素有反应的组织细胞	首次利用Tabula Muris Consortium生成的单细胞转录组图谱，通过计算不同细胞类型的Thra和Thrb表达能力，识别对甲状腺激素调节敏感的细胞类型	本文的计算预测结果需要通过实验室实验进一步验证	理解甲状腺激素在细胞水平上的调节机制	追踪对甲状腺激素有反应的组织细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	细胞聚类算法	基因表达数据	23种组织和器官的数据
23970	2024-08-09	Epigenetic Landscapes of Single-Cell Chromatin Accessibility and Transcriptomic Immune Profiles of T Cells in COVID-19 Patients 2021, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2021.625881 PMID:33717140	研究论文	本研究通过单细胞转座酶可及染色质测序（scATAC-seq）和单细胞RNA测序（scRNA-seq）分析了COVID-19患者外周血单个核细胞（PBMCs）的染色质可及性和转录组免疫特征	首次综合利用scATAC-seq和scRNA-seq技术，深入解析了COVID-19患者T细胞的表观遗传状态和转录组免疫特征，提供了比单纯scRNA-seq分析更高分辨率的细胞特征	NA	揭示T细胞在COVID-19中的作用机制	COVID-19重症/危重症患者、中度患者和健康志愿者的外周血单个核细胞	数字病理学	COVID-19	单细胞转座酶可及染色质测序（scATAC-seq）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞数据	76,570和107,862个单细胞分别用于染色质可及性和转录组免疫特征分析
23971	2024-08-09	Spontaneously Resolved Atopic Dermatitis Shows Melanocyte and Immune Cell Activation Distinct From Healthy Control Skin 2021, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2021.630892 PMID:33717163	研究论文	研究探讨了自愈型特应性皮炎（AD）患者皮肤中黑素细胞和免疫细胞的激活情况，并与健康对照皮肤和慢性活动性AD皮肤进行了比较	发现自愈型AD皮肤中的黑素细胞和常规T细胞可能贡献了特定的调节环境，其细胞组成和蛋白质组学特征与健康对照皮肤相似，未上调典型的AD活动标志物	仅限于对自愈型AD成年患者的皮肤样本进行研究，未涉及其他年龄段或不同病程的患者	探究特应性皮炎自然病程中的因素	自愈型AD患者的皮肤细胞和组织液	数字病理学	特应性皮炎	单细胞RNA测序和蛋白质组多重检测	NA	细胞和组织液	成年自愈型AD患者和健康对照的皮肤样本
23972	2024-08-09	Single-Cell Profiling to Explore Immunological Heterogeneity of Tumor Microenvironment in Breast Cancer 2021, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2021.643692 PMID:33717201	综述	本文综述了单细胞技术在乳腺癌肿瘤微环境免疫异质性研究中的应用	利用单细胞RNA测序等技术详细描述了肿瘤微环境中免疫细胞的多样性	讨论了在乳腺癌研究中的临床应用、转化前景及其局限性	探讨单细胞技术在乳腺癌肿瘤微环境免疫异质性研究中的应用及其临床意义	乳腺癌肿瘤微环境中的免疫细胞	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	转录组	NA
23973	2024-08-09	Single-Cell RNA Sequencing and Quantitative Proteomics Analysis Elucidate Marker Genes and Molecular Mechanisms in Hypoplastic Left Heart Patients With Heart Failure 2021, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2021.617853 PMID:33718359	研究论文	通过单细胞RNA测序和定量蛋白质组学分析，揭示了左心发育不全患者的标记基因和分子机制	结合单细胞RNA测序和定量蛋白质组学分析，首次在单细胞水平上揭示了左心发育不全患者的标记基因和分子机制	研究样本量较小，仅包括一名左心发育不全患者和一名对照，可能影响结果的普遍性	探究左心发育不全的标记基因和分子机制	左心发育不全患者的多能干细胞衍生的心肌细胞和外周血样本	数字病理学	先天性心脏病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、定量蛋白质组学分析	NA	基因表达数据、蛋白质表达数据	一名左心发育不全患者和一名对照的多能干细胞衍生的心肌细胞，以及左心发育不全患者和健康对照的外周血样本
23974	2024-08-09	Single-Cell Transcriptome Analysis Decipher New Potential Regulation Mechanism of ACE2 and NPs Signaling Among Heart Failure Patients Infected With SARS-CoV-2 2021, Frontiers in cardiovascular medicine IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fcvm.2021.628885 PMID:33718452	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析，揭示了在感染SARS-CoV-2的心力衰竭患者中心脏中ACE2和NPs信号的新潜在调控机制。	研究发现心力衰竭患者心脏中ACE2阳性心肌细胞和ACE2基因表达显著增加，且与脑钠肽（BNP）和心房钠尿肽（ANP）的显著上调相关，这些发现揭示了COVID-19患者心脏炎症和感染的新机制。	研究仅基于单中心的91名COVID-19患者的回顾性分析，样本量较小，可能影响结果的普遍性。	探讨心血管疾病患者和心脏功能障碍患者对SARS-CoV-2感染的易感性增加的潜在机制。	心力衰竭患者心脏中的ACE2表达和NPs信号。	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	91名COVID-19患者
23975	2024-08-09	Harmonic Alignment 2020, Proceedings of the ... SIAM International Conference on Data Mining. SIAM International Conference on Data Mining DOI:10.1137/1.9781611976236.36 PMID:33723496	研究论文	本文提出了一种新颖的框架，通过数据内在几何的对齐来合并不同数据集	该框架不假设数据集之间的点对点对应关系，而是依赖于数据特征之间（可能是未知的）子集的对应关系，利用这种假设构建数据之间的等距对齐	NA	旨在通过数据内在几何的对齐来合并不同数据集，特别是用于生物学应用中，如单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序数据的融合	单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序数据	生物信息学	NA	扩散算子	NA	测序数据	同一细胞群体的单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序数据
23976	2024-08-09	Knowledge-based classification of fine-grained immune cell types in single-cell RNA-Seq data 2021-09-02, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbab039 PMID:33681983	research paper	本文开发了一种基于机器学习的分类器ImmClassifier，用于在单细胞RNA测序数据中对细粒度免疫细胞类型进行分类	利用细胞类型的层次结构本体，ImmClassifier在区分细粒度细胞类型方面表现出色，且与基于流式的标记物高度一致	目前单细胞RNA测序技术需要手动从转录组轮廓中分类每个免疫细胞	解决单细胞RNA测序中细粒度免疫细胞类型分类的难题	细粒度免疫细胞类型	machine learning	NA	scRNA-Seq	machine learning classifier	RNA-Seq data	未具体说明样本数量
23977	2024-08-09	Application of single-cell transcriptomics to kinetoplastid research 2021-09, Parasitology IF:2.1Q2 DOI:10.1017/S003118202100041X PMID:33678213	综述	本文综述了单细胞转录组学（scRNA-seq）在原生动物寄生虫研究中的应用	scRNA-seq技术能够克服传统研究中的许多困难，如难以分离和培养的物种及生命周期阶段，以及宿主和媒介中异质性群体的存在	分析大量生成的数据时面临的挑战	探讨scRNA-seq技术在原生动物寄生虫研究中的应用及其潜在益处	原生动物寄生虫及其生命周期和宿主-寄生虫相互作用	NA	NA	单细胞转录组学（scRNA-seq）	NA	转录组数据	NA
23978	2024-08-09	Single-cell transcriptomic analysis of somatosensory neurons uncovers temporal development of neuropathic pain 2021-08, Cell research IF:28.1Q1 DOI:10.1038/s41422-021-00479-9 PMID:33692491	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了小鼠背根神经节（DRG）细胞在神经损伤后的转录组变化，揭示了神经病理性疼痛发展过程中的神经元类型变化及其分子机制	首次在单细胞水平上揭示了神经损伤后DRG神经元的转录组变化，并发现了三种神经损伤诱导的神经元簇（SNIICs），这些簇在神经损伤后表现出特定的基因表达模式	研究主要集中在小鼠模型上，其结果在人类中的适用性需要进一步验证	探究神经损伤后神经病理性疼痛发展过程中的转录组变化及其分子机制	小鼠背根神经节（DRG）细胞在神经损伤后的单细胞转录组	数字病理学	神经病理性疼痛	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	小鼠DRG细胞
23979	2024-08-09	Sequential progenitor states mark the generation of pancreatic endocrine lineages in mice and humans 2021-08, Cell research IF:28.1Q1 DOI:10.1038/s41422-021-00486-w PMID:33692492	研究论文	本文通过生成新的鼠系并结合多种遗传工具，利用深度单细胞RNA测序技术，揭示了胰腺内分泌细胞发育的完整路径，并比较了人类与小鼠胰腺内分泌细胞发育的异同	首次定义了小鼠内分泌前体细胞向特定内分泌细胞系的分化过程，并识别了ε细胞和中间细胞群作为独立生成α和PP细胞的独特前体	NA	揭示胰腺内分泌细胞的发育过程及其在人类和小鼠中的异同	胰腺内分泌细胞的发育过程	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	多种鼠系和人类胰腺样本
23980	2024-08-09	Bulk and single-cell transcriptome profiling reveal the metabolic heterogeneity in human breast cancers 2021-07-07, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2021.03.003 PMID:33677091	研究论文	本研究通过综合分析多个包含基因组学、转录组学、代谢组学和单细胞转录组数据集，揭示了乳腺癌能量相关代谢特征的异质性	本研究首次通过单细胞转录组分析揭示了乳腺癌细胞的代谢状态及其与肿瘤微环境的相互作用，为基于患者或细胞类型特异性癌症代谢的治疗策略提供了新见解	NA	揭示乳腺癌能量代谢的异质性及其对预后和治疗的影响	乳腺癌的能量相关代谢特征	数字病理学	乳腺癌	转录组学	NA	转录组数据	三个独立的大样本队列