单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
23821	2024-08-09	Use of scREAD to explore and analyze single-cell and single-nucleus RNA-seq data for Alzheimer's disease 2021-06-18, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2021.100513 PMID:34013209	研究论文	本文介绍了使用scREAD数据库对阿尔茨海默病的单细胞和单核RNA测序数据进行探索和分析的方法	开发了scREAD数据库，提供了对现有AD scRNA-seq和snRNA-seq数据的全面分析	NA	探索和分析阿尔茨海默病的单细胞和单核RNA测序数据	阿尔茨海默病的单细胞和单核基因表达谱	生物信息学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单核RNA测序（snRNA-seq）	NA	基因表达数据	NA
23822	2024-08-09	Spatial multi-omics sequencing for fixed tissue via DBiT-seq 2021-06-18, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2021.100532 PMID:34027489	研究论文	本文介绍了一种通过DBiT-seq平台对固定冷冻组织样本进行空间多组学测序的方法	该技术采用基于微流体的方法，将组合DNA寡核苷酸条形码直接引入固定在玻璃载玻片上的组织切片中的细胞	该技术不能直接解析单个细胞，但可以实现空间转录组学和目标蛋白质组面板空间分析的近单细胞分辨率	构建固定冷冻组织样本的多组学图谱	固定冷冻组织样本	组学技术	NA	DBiT-seq	NA	组织样本	NA
23823	2024-08-09	Isolation of human bone marrow stromal cells from bone marrow biopsies for single-cell RNA sequencing 2021-06-18, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2021.100538 PMID:34027494	研究论文	本文描述了一种结合机械和酶法从人骨髓活检中分离骨髓间质细胞，并通过FACS分选分离间质亚群进行单细胞RNA测序的方法	提出了一种新的结合机械和酶法的分离方法，以及使用FACS分选技术进行单细胞RNA测序	NA	研究骨髓间质细胞在调节干细胞静止和稳态中的作用，以及它们在各种血液恶性肿瘤中的关键贡献	人骨髓间质细胞及其亚群	数字病理学	血液恶性肿瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
23824	2024-08-09	Charting human development using a multi-endodermal organ atlas and organoid models 2021-06-10, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2021.04.028 PMID:34019796	研究论文	本文通过构建多个发育中的内胚层器官的单细胞转录组图谱，研究了人类发育过程中器官的细胞多样性和相互作用	首次结合细胞图谱和类器官技术，揭示了人类器官发育的分子机制	NA	探究人类发育过程中器官的细胞多样性和相互作用	内胚层器官的细胞状态、转录因子及器官特异性上皮干细胞和间充质相互作用	数字病理学	NA	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	多个发育中的内胚层器官样本
23825	2024-08-09	VEGF receptor 2 (KDR) protects airways from mucus metaplasia through a Sox9-dependent pathway 2021-06-07, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2021.04.027 PMID:34010630	研究论文	本文探讨了VEGF受体2（KDR）通过Sox9依赖途径保护气道免受黏液化生的机制	揭示了VEGFa和其受体KDR在促进黏液化生中的新途径，并发现Sox9在Kdr抑制后的杯状细胞分化中的作用	NA	研究VEGFa/KDR信号通路在防御黏液化生中的作用	VEGFa、KDR、MEK/ERK激酶以及Sox9在杯状细胞分化中的作用	NA	哮喘，囊性纤维化	单细胞RNA测序分析，遗传小鼠模型	NA	RNA	小鼠和人类气道细胞
23826	2024-08-09	Detection of differentially abundant cell subpopulations in scRNA-seq data 2021-06-01, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2100293118 PMID:34001664	研究论文	本文介绍了一种名为DA-seq的新方法，用于在单细胞RNA测序数据中识别不同丰度的细胞亚群	DA-seq是一种多尺度方法，能够量化每个细胞的局部差异丰度，并识别连续的显著差异丰度亚群，不受限于聚类结构	NA	旨在改进单细胞RNA测序数据中差异丰度细胞亚群的检测方法	COVID-19患者、接受免疫检查点治疗的黑色素瘤患者、胚胎发育和年轻与老化脑组织中的细胞亚群	单细胞RNA测序	COVID-19, 黑色素瘤	scRNA-seq	NA	转录组数据	多个scRNA-seq数据集
23827	2024-08-09	Targeted single-cell RNA sequencing of transcription factors enhances the identification of cell types and trajectories 2021-06, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.273961.120 PMID:34011578	研究论文	本文通过靶向单细胞RNA测序技术（scCapture-seq）对转录因子进行测序，提高了细胞类型和发育轨迹的识别能力	提出了一种新的靶向单细胞RNA测序方法（scCapture-seq），能够更有效地检测和量化低表达基因，特别是转录因子的表达	传统的单细胞RNA测序技术在检测和量化低表达基因方面存在局限性	提高单细胞RNA测序技术在识别细胞类型和发育轨迹方面的分辨率	从诱导多能干细胞（iPSC）衍生的神经元培养物中靶向测序约1000个转录因子	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	从两个不同实验室使用相同分化协议生成的神经元群体
23828	2024-08-09	Clonally expanded EOMES+ Tr1-like cells in primary and metastatic tumors are associated with disease progression 2021-06, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-021-00930-4 PMID:34017124	研究论文	本研究利用单细胞转录组学技术，发现浸润在原发性和转移性结直肠癌及非小细胞肺癌中的CD4 T细胞高度富集两种大小和抑制功能相当的亚群，包括叉头框蛋白P3 T细胞和表达颗粒酶K及几丁质酶-3-样蛋白2的EOMES同源型1调节T（Tr1）样细胞。	本研究首次发现EOMES Tr1样细胞在原发性和转移性肿瘤中的克隆扩增与疾病进展相关，并可能与程序性细胞死亡蛋白1靶向免疫治疗的反应相关。	NA	探讨T细胞在原发性和转移性肿瘤中的异质性，并识别新的癌症免疫治疗靶点。	CD4 T细胞在原发性和转移性结直肠癌及非小细胞肺癌中的分布和功能。	数字病理学	结直肠癌, 非小细胞肺癌	单细胞转录组学	NA	转录组	NA
23829	2024-08-09	Genetic pathways regulating hematopoietic lineage speciation: Factorial latent variable model analysis of single cell transcriptome 2021-Jun, Data in brief IF:1.0Q3 DOI:10.1016/j.dib.2021.107080 PMID:34026977	研究论文	本文应用因子单细胞潜在变量模型（f-scLVM）分析单细胞转录组数据，以揭示稳态造血过程中调控细胞分化的遗传途径	首次使用f-scLVM模型分解单细胞转录组异质性，识别调控细胞命运的生物学因子	NA	阐明调控造血细胞分化关键阶段的遗传途径	来自12周龄雌性小鼠的1920个造血干细胞和祖细胞（HSPCs）的单细胞转录组数据	基因组学	NA	单细胞RNA测序	因子单细胞潜在变量模型（f-scLVM）	转录组数据	1920个造血干细胞和祖细胞
23830	2024-08-09	Single-cell RNA sequencing of human liver reveals hepatic stellate cell heterogeneity 2021-Jun, JHEP reports : innovation in hepatology IF:9.5Q1 DOI:10.1016/j.jhepr.2021.100278 PMID:34027339	research paper	本研究使用单细胞RNA测序技术揭示了人类肝脏中肝细胞和肝星状细胞的异质性	首次描述了人类肝脏中肝星状细胞的两个亚群，并揭示了它们在细胞外基质生成和组织中的特定作用	NA	阐明人类肝脏中肝细胞和肝星状细胞的异质性	人类肝脏中的肝细胞和肝星状细胞	digital pathology	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	约25,000个新鲜分离的人类肝脏细胞
23831	2024-08-09	Tutorial: guidelines for annotating single-cell transcriptomic maps using automated and manual methods 2021-06, Nature protocols IF:13.1Q1 DOI:10.1038/s41596-021-00534-0 PMID:34031612	教程	本教程介绍了如何使用自动和手动方法注释单细胞转录组图谱	提出了一个三步工作流程，包括自动细胞注释、手动细胞注释和验证	需要基本的计算机软件熟悉度和编程知识	创建细胞的注释图谱	单细胞转录组数据中的细胞类型、状态和其他生物学相关模式	NA	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	数千个细胞
23832	2024-08-09	Fate and State of Vascular Smooth Muscle Cells in Atherosclerosis 2021-05-25, Circulation IF:35.5Q1 DOI:10.1161/CIRCULATIONAHA.120.049922 PMID:34029141	研究论文	本文综述了血管平滑肌细胞在动脉粥样硬化中的命运和状态，利用细胞系追踪、单细胞RNA测序和人类基因组学等创新技术，探讨了VSMCs向其他细胞表型的分子重编程。	整合了细胞系追踪、单细胞RNA测序和人类基因组学等创新技术，提供了对VSMCs在动脉粥样硬化中分子重编程的深入见解。	NA	探讨血管平滑肌细胞在动脉粥样硬化中的作用及其分子机制。	血管平滑肌细胞及其在动脉粥样硬化中的命运和状态。	NA	心血管疾病	细胞系追踪、单细胞RNA测序、人类基因组学	NA	NA	NA
23833	2024-08-09	CDSeqR: fast complete deconvolution for gene expression data from bulk tissues 2021-May-24, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-021-04186-5 PMID:34030626	研究论文	本文介绍了CDSeqR，一个用于从大量组织样本中进行基因表达数据完全去卷积的R实现，相较于原始的MATLAB实现，其在性能上有显著提升，并新增了细胞类型注释功能	CDSeqR通过一种新颖的策略显著提高了计算效率，包括速度和内存使用，并设计了新的功能用于使用单细胞RNA测序数据注释CDSeq估计的细胞类型	NA	开发和验证一种新的计算方法，用于从大量RNA-Seq数据中同时估计样本特异性细胞类型比例和细胞类型特异性基因表达谱	大量组织样本中的基因表达数据	生物信息学	NA	RNA-Seq	CDSeq	基因表达数据	使用了来自癌症基因组图谱（TCGA）和基因型-组织表达（GTEx）项目的真实大量RNA-seq数据以及合成和真实细胞混合物数据
23834	2024-08-09	Clump sequencing exposes the spatial expression programs of intestinal secretory cells 2021-05-24, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-021-23245-2 PMID:34031373	research paper	本文介绍了一种名为ClumpSeq的方法，通过测序小簇附着细胞来揭示小肠中所有上皮细胞类型的空间图谱	ClumpSeq方法能够重建罕见细胞类型的空间图谱，解决了空间转录组学中罕见细胞类型mRNA含量被稀释的问题	NA	研究小肠中罕见细胞类型的空间表达模式	小肠中的上皮细胞类型，特别是罕见细胞类型如杯状细胞和簇细胞	digital pathology	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小簇附着细胞
23835	2024-08-09	Evolution of core archetypal phenotypes in progressive high grade serous ovarian cancer 2021-05-24, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-021-23171-3 PMID:34031395	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了高级别浆液性卵巢癌（HGSOC）在治疗过程中的转录组变化，揭示了驱动癌症异质性的核心原型表型	首次通过多任务学习方法识别出代谢和增殖、细胞防御反应及DNA修复信号作为跨患者的持续细胞状态，并展示了这些原型表型在多线治疗后癌症细胞中的变化	原型表型与特定全基因组驱动突变没有一致关联，但与单细胞水平的亚克隆群体紧密相关	理解高级别浆液性卵巢癌在化疗后抗药性演化的驱动因素	高级别浆液性卵巢癌细胞在治疗过程中的转录组变化	数字病理学	卵巢癌	单细胞RNA测序	多任务学习	转录组数据	两个独立患者队列的HGSOC肿瘤样本
23836	2024-08-09	ΔN63 suppresses the ability of pregnancy-identified mammary epithelial cells (PIMECs) to drive HER2-positive breast cancer 2021-05-22, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-021-03795-5 PMID:34023861	研究论文	本文研究了p63在妊娠相关HER2阳性乳腺癌中的复杂作用，发现p63不仅维持妊娠识别的乳腺上皮细胞（PIMECs）的数量，还抑制其内在的肿瘤生成能力。	首次揭示了p63在PIMECs中的双重作用，既维持其数量又抑制其肿瘤生成能力。	研究主要基于遗传小鼠模型，可能与人类情况存在差异。	探讨p63对PIMECs内在肿瘤生成能力的影响。	妊娠识别的乳腺上皮细胞（PIMECs）和HER2阳性乳腺癌。	数字病理学	乳腺癌	FACS排序、qRT-PCR和scRNA-seq分析	NA	RNA	p63+/-;ErbB2和p63+/+;ErbB2雌性小鼠的PIMECs
23837	2024-08-09	A bioinformatic study revealed serotonergic neurons are involved in the etiology and therapygenetics of anxiety disorders 2021-05-20, Translational psychiatry IF:5.8Q1 DOI:10.1038/s41398-021-01432-5 PMID:34011923	研究论文	本研究通过生物信息学方法，利用单细胞转录组数据，探讨了焦虑障碍相关基因在特定细胞类型中的表达特异性，特别是发现了血清素能神经元在焦虑障碍的病因和治疗遗传学中的作用	本研究首次揭示了血清素能神经元在焦虑障碍的病因和治疗遗传学中的重要作用，与之前的研究结果形成对比	研究主要依赖于基因表达数据，未涉及实验验证	探讨焦虑障碍相关基因在特定细胞类型中的表达特异性，以及这些细胞类型在焦虑障碍病因和治疗遗传学中的作用	焦虑障碍相关基因及其在特定细胞类型中的表达特异性	生物信息学	焦虑障碍	单细胞转录组分析	NA	基因表达数据	37个焦虑障碍相关基因和23个认知行为治疗相关基因
23838	2024-08-09	scCancer: a package for automated processing of single-cell RNA-seq data in cancer 2021-05-20, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaa127 PMID:34020534	研究论文	开发了一个名为scCancer的R包，用于处理和分析癌症研究的单细胞RNA测序数据	引入了全面的质量控制指标，使用数据驱动的机器学习算法准确识别主要的癌症微环境细胞群体，并估计恶性评分以分类恶性与非恶性细胞	NA	处理和分析单细胞RNA测序数据以研究癌症细胞异质性和微环境	癌症细胞异质性和微环境	生物信息学	癌症	单细胞RNA测序	机器学习算法	单细胞转录组数据	56个样本，共433,405个细胞
23839	2024-08-09	Comparison of high-throughput single-cell RNA sequencing data processing pipelines 2021-05-20, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaa116 PMID:34020539	研究论文	本研究通过Nextflow框架封装了七种现有的高通量单细胞RNA测序数据处理流程，并使用来自五种不同高通量单细胞RNA测序平台的八个公共数据集评估了它们的性能。	首次系统地评估了不同高通量单细胞RNA测序数据处理流程的性能，为选择合适的流程提供了实用指南。	研究仅限于评估现有流程的性能，未涉及流程的进一步优化或开发。	评估不同高通量单细胞RNA测序数据处理流程的性能，为选择合适的流程提供指南。	七种高通量单细胞RNA测序数据处理流程的性能。	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	八个公共数据集，来自五种不同的高通量单细胞RNA测序平台
23840	2024-08-09	The winning methods for predicting cellular position in the DREAM single-cell transcriptomics challenge 2021-05-20, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaa181 PMID:34020545	研究论文	本文介绍了在DREAM单细胞转录组学挑战赛中预测果蝇胚胎中单细胞位置的获胜方法	开发了超过50种管道，结合不同的预处理RNA-seq数据、基因选择、细胞位置预测和验证方法，取得了多个子挑战的优异成绩	NA	预测细胞位置，以估计细胞功能及其与空间环境的整合	单细胞转录组数据中的细胞位置	生物信息学	NA	RNA-seq	NA	转录组数据	NA