单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27536 篇文献，本页显示第 23801 - 23820 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 23801 | 2024-08-09 |
scConsensus: combining supervised and unsupervised clustering for cell type identification in single-cell RNA sequencing data
2021-Apr-12, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-021-04028-4
PMID:33845760
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研究论文 | 本文介绍了一种名为scConsensus的框架，结合监督和非监督聚类方法，用于单细胞RNA测序数据中的细胞类型识别 | scConsensus通过整合非监督和监督聚类方法的结果，并利用差异表达基因来优化共识聚类，提高了细胞类型识别的准确性和精确性 | NA | 开发一种新的方法来提高单细胞RNA测序数据中细胞类型识别的准确性 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 包括多个现有的单细胞RNA测序数据集，例如分选的PBMC亚群数据 |
| 23802 | 2024-08-09 |
Simultaneous trimodal single-cell measurement of transcripts, epitopes, and chromatin accessibility using TEA-seq
2021-04-09, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.63632
PMID:33835024
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研究论文 | 本文介绍了一种名为TEA-seq的新型单细胞测序技术，能够同时测量转录组、表位和染色质可及性 | TEA-seq技术首次实现了在单细胞水平上同时测量转录组、表位和染色质可及性，填补了现有技术在表观遗传信息方面的空白 | NA | 开发一种能够同时测量单细胞转录组、表位和染色质可及性的新技术，以更好地理解细胞异质性和基因调控 | 人类外周血中的细胞 | 数字病理学 | NA | scATAC-seq, scRNA-seq | NA | 单细胞数据 | 数千个单细胞 |
| 23803 | 2024-08-09 |
Single-cell RNA sequencing reveals the mesangial identity and species diversity of glomerular cell transcriptomes
2021-04-09, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-021-22331-9
PMID:33837218
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研究论文 | 使用单细胞RNA测序技术分析了人及小鼠肾脏的肾小球相关细胞的转录组 | 首次系统地比较了人及小鼠肾脏中四种肾小球细胞类型的基因表达程序，并发现了肾小球相关细胞的异质性 | NA | 揭示肾小球细胞的分子特征，促进对器官功能及生物医学研究转化方面的理解 | 人及小鼠肾脏中的肾小球相关细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 4332个来自人活体供体肾活检及小鼠肾脏的肾小球相关细胞 |
| 23804 | 2024-08-09 |
Single cell RNA sequencing identifies IGFBP5 and QKI as ciliated epithelial cell genes associated with severe COPD
2021-Apr-06, Respiratory research
IF:4.7Q1
DOI:10.1186/s12931-021-01675-2
PMID:33823868
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，分析了严重慢性阻塞性肺病（COPD）患者和健康对照组的肺组织细胞，以确定细胞特异性的转录组变化 | 首次使用单细胞RNA测序技术在细胞水平上识别与COPD严重程度相关的基因，特别是发现IGFBP5和QKI在纤毛上皮细胞中的表达变化 | 研究样本量较小，仅包括3名COPD患者和3名健康对照 | 旨在通过单细胞RNA测序技术识别与COPD严重程度相关的细胞特异性转录组变化 | 严重COPD患者的肺组织细胞和健康对照组的肺组织细胞 | 数字病理学 | 慢性阻塞性肺病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 29,961个细胞，包括3名COPD患者和3名健康对照 |
| 23805 | 2024-08-09 |
Correction to: Single-cell transcriptome conservation in a comparative analysis of fresh and cryopreserved human skin tissue: pilot in localized scleroderma
2021-Apr-06, Arthritis research & therapy
IF:4.4Q1
DOI:10.1186/s13075-021-02490-2
PMID:33823906
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 23806 | 2024-08-09 |
Single-cell resolution of lineage trajectories in the Arabidopsis stomatal lineage and developing leaf
2021-04-05, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2021.03.014
PMID:33823130
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研究论文 | 本文利用单细胞转录组学和分子遗传学方法，揭示了拟南芥叶片组织中的细胞分化模型，并探讨了气孔系谱和叶片发育中的细胞命运协调问题。 | 通过单细胞分辨率解析了早期阶段的细胞异质性，并提供了保卫细胞分化的精细轮廓，同时发现了转录调控因子SPEECHLESS在强化细胞命运承诺中的扩展作用。 | NA | 探讨拟南芥叶片气孔系谱和发育过程中的细胞命运协调机制。 | 拟南芥叶片组织中的细胞分化和气孔系谱的细胞命运。 | 分子遗传学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 具体样本数量未提及 |
| 23807 | 2024-08-09 |
Single-cell RNA-seq reveals dynamic change in tumor microenvironment during pancreatic ductal adenocarcinoma malignant progression
2021-Apr, EBioMedicine
IF:9.7Q1
DOI:10.1016/j.ebiom.2021.103315
PMID:33819739
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研究论文 | 本文利用单细胞RNA测序技术揭示了胰腺导管腺癌恶性进展过程中肿瘤微环境的动态变化 | 定义了几种新的Treg和耗竭T细胞标志基因，并发现了一种新的癌症相关成纤维细胞亚型（补体分泌型CAFs） | NA | 旨在描绘胰腺导管腺癌恶性进展过程中肿瘤微环境成分的动态变化 | 胰腺导管腺癌的肿瘤微环境 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 11个样本（4个PDAC I期，4个PDAC II期，3个PDAC III期） |
| 23808 | 2024-08-09 |
DNA methylation patterns expose variations in enhancer-chromatin modifications during embryonic stem cell differentiation
2021-04, PLoS genetics
IF:4.0Q1
DOI:10.1371/journal.pgen.1009498
PMID:33844685
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研究论文 | 研究通过顺序ChIP-bisulfite测序技术，分析了小鼠胚胎干细胞分化过程中H3K4me1和H3K27ac组蛋白标记的增强子DNA甲基化模式变化 | 首次揭示了在胚胎干细胞分化过程中，H3K4me1标记的核小体中CpG甲基化的全局增加，以及这种增加与增强子区域和转录起始位点甲基化的异质性相关 | NA | 探究胚胎干细胞分化过程中增强子-染色质修饰的DNA甲基化模式变化 | 小鼠胚胎干细胞分化过程中的增强子DNA甲基化 | 表观遗传学 | NA | ChIP-bisulfite测序 | NA | DNA甲基化数据 | NA |
| 23809 | 2024-08-09 |
Revealing lineage-related signals in single-cell gene expression using random matrix theory
2021-03-16, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.1913931118
PMID:33836557
|
研究论文 | 本文利用随机矩阵理论在单细胞基因表达数据中识别与细胞分化或祖先相关的信号 | 本文首次将随机矩阵理论应用于单细胞RNA测序数据，以识别与分化和发育途径相关的基因 | NA | 揭示单细胞基因表达数据中与细胞分化或祖先相关的信号 | 单细胞RNA测序数据中的基因表达模式 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 随机矩阵理论 | 基因表达数据 | 包括哺乳动物表皮、肺、整个胚胎、成体、树突状细胞、肠上皮细胞以及正在进行诱导多能干细胞（iPSC）重编程的细胞等多种组织和生物样本 |
| 23810 | 2024-08-09 |
Hexokinase 2 discerns a novel circulating tumor cell population associated with poor prognosis in lung cancer patients
2021-03-16, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2012228118
PMID:33836566
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研究论文 | 本文展示了己糖激酶-2（HK2）作为代谢功能相关标记物，用于检测非小细胞肺癌（NSCLC）患者中的循环肿瘤细胞（CTCs），特别是那些细胞角蛋白阴性（HK2/CK）的CTCs。 | 首次使用HK2作为标记物，检测到NSCLC患者中细胞角蛋白阴性的CTCs，并发现这些细胞与不良预后相关。 | 研究样本量较小，且仅限于NSCLC患者，可能限制了结果的普遍性。 | 探索新的CTCs标记物，以更全面地了解NSCLC患者的预后。 | 非小细胞肺癌患者的循环肿瘤细胞。 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞分析 | NA | 血液样本 | 59名非小细胞肺癌患者 |
| 23811 | 2024-08-09 |
A specific RIP3+ subpopulation of microglia promotes retinopathy through a hypoxia-triggered necroptotic mechanism
2021-03-16, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2023290118
PMID:33836603
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术，发现了一种特定的RIP3+亚群微胶质细胞（sMG2），该细胞通过缺氧触发的坏死性凋亡机制促进视网膜病变 | 首次揭示了微胶质细胞激活驱动的血管新生分子机制，并证明了针对微胶质细胞坏死性凋亡轴的治疗策略对视网膜新生血管疾病的抗血管生成效果 | NA | 探索微胶质细胞在视网膜新生血管形成中的作用及其分子机制 | 微胶质细胞及其在视网膜病变中的作用 | 数字病理学 | 视网膜病变 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 23812 | 2024-08-09 |
Single-Cell RNA-seq Reveals Characteristics of Malignant Cells and Immune Microenvironment in Subcutaneous Panniculitis-Like T-Cell Lymphoma
2021, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2021.611580
PMID:33816243
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析了皮下脂膜炎样T细胞淋巴瘤（SPTCL）的恶性细胞和免疫微环境特征 | 本研究首次通过单细胞RNA测序技术揭示了SPTCL恶性细胞的独特基因表达特征，并发现了潜在的新型标记物 | NA | 深入理解皮下脂膜炎样T细胞淋巴瘤的转录特征和免疫微环境 | SPTCL患者的皮下病变组织、外周血和骨髓，以及健康供者的外周血、骨髓、淋巴结和肺组织 | 数字病理学 | 淋巴瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 包括一名SPTCL患者和健康供者的多种组织样本 |
| 23813 | 2024-08-09 |
Novel Molecular Hallmarks of Group 3 Medulloblastoma by Single-Cell Transcriptomics
2021, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2021.622430
PMID:33816256
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研究论文 | 本研究利用单细胞和批量RNA测序技术，揭示了3组髓母细胞瘤的新分子特征 | 发现了3组髓母细胞瘤中的两个关键标记基因GRM8和AP1S2，并绘制了MYC癌基因下游的分子级联图 | NA | 深入了解3组髓母细胞瘤的分子特性，并为这种难以治疗的疾病提供新的治疗靶点 | 3组髓母细胞瘤的分子和细胞机制 | 数字病理学 | 儿童脑肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | 33个临床病例 |
| 23814 | 2024-08-09 |
Differences in Tumor Immune Microenvironment in Metastatic Sites of Breast Cancer
2021, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2021.649004
PMID:33816302
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研究论文 | 本文分析了转移性乳腺癌的转录组数据，以了解肿瘤免疫微环境（TIME）如何根据肿瘤部位变化 | 首次详细研究了不同转移部位的肿瘤免疫微环境的异质性 | 仅限于分析转录组数据和单细胞RNA测序数据，可能未能全面反映所有免疫细胞类型的变化 | 探讨肿瘤免疫微环境在不同转移部位的差异 | 转移性乳腺癌的肿瘤免疫微环境 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 两个转移性乳腺癌的基因表达数据集和一个原发性乳腺癌及转移淋巴结的单细胞RNA测序数据集 |
| 23815 | 2024-08-09 |
Uncovering cellular networks in branching morphogenesis using single-cell transcriptomics
2021, Current topics in developmental biology
DOI:10.1016/bs.ctdb.2020.09.004
PMID:33820623
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研究论文 | 本文利用单细胞转录组学技术研究分支形态发生中的细胞网络 | 介绍了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在分支器官研究中的应用进展，特别是在空间转录组学、分化轨迹的计算重建以及与谱系追踪的整合方面的进展 | 讨论了应用这些技术研究分支器官的可能性和局限性 | 探讨单细胞RNA测序在哺乳动物器官分支形态发生和分化研究中的应用 | 重点研究了肺、肾和乳腺等分支器官 | 单细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | NA |
| 23816 | 2024-08-09 |
Single Cell Transcriptome Data Analysis Defines the Heterogeneity of Peripheral Nerve Cells in Homeostasis and Regeneration
2021, Frontiers in cellular neuroscience
IF:4.2Q2
DOI:10.3389/fncel.2021.624826
PMID:33828460
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研究论文 | 本研究通过重新分析已发表的单细胞RNA测序数据集，重新定义了完整和受伤小鼠周围神经细胞的异质性 | 本研究首次发现并分类了周围神经中的多种细胞类型，包括未被报道的中性粒细胞集群，并揭示了细胞间潜在的通信信号 | NA | 旨在更准确地定义选定组织中细胞类型的异质性 | 完整和受伤的小鼠周围神经细胞 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 23817 | 2024-08-09 |
Insights Into Human Intrahepatic NK Cell Function From Single Cell RNA Sequencing Datasets
2021, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2021.649311
PMID:33828559
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综述 | 本文通过单细胞RNA测序数据探讨了人肝内NK细胞的新功能 | 利用单细胞RNA测序技术详细分析了肝内NK细胞的转录组特征，并识别了与肝内NK细胞群相关的上调和下调基因 | 需要验证这些受体在肝内NK细胞上的表达及其在人肝脏中的细胞间相互作用 | 探索人肝内NK细胞的多样性和潜在功能 | 人肝内NK细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA |
| 23818 | 2024-08-09 |
Evaluating the Reproducibility of Single-Cell Gene Regulatory Network Inference Algorithms
2021, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2021.617282
PMID:33828580
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研究论文 | 本文评估了六种单细胞基因调控网络推断算法的可重复性 | 首次基于真实数据评估单细胞网络推断算法的可重复性，并考虑了网络中多达100,000个链接 | 研究仅限于三种生物条件下的数据，且依赖于特定的算法和数据集 | 评估单细胞基因调控网络推断算法的可重复性 | 六种单细胞网络推断算法在三种生物条件下的表现 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 基因组数据 | 涉及人类视网膜、结直肠癌中的T细胞和人类造血系统三种生物条件的数据 |
| 23819 | 2024-08-09 |
Prognostic Implication of the Expression Level of PECAM-1 in Non-small Cell Lung Cancer
2021, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2021.587744
PMID:33828969
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析非小细胞肺癌中PECAM-1的表达水平及其对预后的影响 | 首次通过单细胞RNA测序和免疫组织化学实验验证PECAM-1在非小细胞肺癌中的表达与患者生存率的关系 | 样本量较小，仅包括30例术后肺癌患者 | 探讨非小细胞肺癌中PECAM-1表达水平对患者预后的影响 | 非小细胞肺癌患者 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 30例术后肺癌患者 |
| 23820 | 2024-08-09 |
A Comparison for Dimensionality Reduction Methods of Single-Cell RNA-seq Data
2021, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2021.646936
PMID:33833778
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研究论文 | 本文比较了10种降维方法在单细胞RNA测序数据中的稳定性、准确性和计算成本 | 开发了一种策略来评估降维方法的性能，并提供了用户建议 | 需要根据具体情况设置非线性模型和神经网络降维方法的超参数 | 评估不同降维方法在单细胞RNA测序数据分析中的效果 | 单细胞RNA测序数据的降维方法 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | t-SNE, UMAP | 测序数据 | 30个模拟数据集和5个真实数据集 |