单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 28063 篇文献，本页显示第 23781 - 23800 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 23781 | 2024-08-08 |
Integrated analysis of single-cell RNA-seq and bulk RNA-seq reveals distinct cancer-associated fibroblasts in head and neck squamous cell carcinoma
2021-Jun, Annals of translational medicine
DOI:10.21037/atm-21-2767
PMID:34277817
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，揭示了头颈鳞状细胞癌中不同类型的癌症相关成纤维细胞 | 首次详细描述了头颈鳞状细胞癌中癌症相关成纤维细胞的异质性及其与临床预后的关联 | 研究仅限于TCGA数据库中的临床数据，可能需要更多临床样本验证结果 | 阐明头颈鳞状细胞癌中癌症相关成纤维细胞的异质性及其在疾病进展中的潜在作用 | 头颈鳞状细胞癌中的癌症相关成纤维细胞及其亚群 | 数字病理学 | 头颈鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | Seurat包 | 转录组数据 | 使用了来自TCGA的临床数据和转录组数据 |
| 23782 | 2024-08-08 |
Single-cell Long Non-coding RNA Landscape of T Cells in Human Cancer Immunity
2021-06, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1016/j.gpb.2021.02.006
PMID:34284134
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研究论文 | 本研究通过分析超过20,000个T细胞的单细胞RNA测序数据，首次提供了人类T细胞中长非编码RNA（lncRNA）的全面目录及其功能谱 | 开发了自定义的从头转录组装配流程，获得了一个包含9433个基因的新lncRNA目录，增加了当前人类lncRNA目录的16%，并几乎翻倍了T细胞中表达的lncRNA数量 | NA | 深入理解癌症免疫疗法中新生物标志物或治疗靶点的开发 | 人类癌症免疫中的T细胞及其lncRNA | 数字病理学 | 癌症 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | MetaCell算法 | RNA序列数据 | 超过20,000个T细胞样本 |
| 23783 | 2024-08-08 |
Mapping Human Pluripotent Stem Cell-derived Erythroid Differentiation by Single-cell Transcriptome Analysis
2021-06, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1016/j.gpb.2021.03.009
PMID:34284135
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研究论文 | 本研究利用iPSC细胞系BC1建立红细胞再生系统，并通过10X Genomics单细胞转录组平台分析了第14天的细胞谱系和分化轨迹 | 首次在单细胞水平上完整描绘了iPSC来源的红细胞分化路径，并识别了不同阶段的红细胞类型及其特异性转录因子调控网络 | NA | 优化iPSC来源的红细胞分化系统，并模拟体内造血发育和分化 | iPSC来源的红细胞分化系统及其在红细胞再生中的应用 | 干细胞研究 | NA | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | 使用iPSC细胞系BC1进行研究 |
| 23784 | 2024-08-08 |
Double-jeopardy: scRNA-seq doublet/multiplet detection using multi-omic profiling
2021-05-24, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2021.100008
PMID:34278374
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研究论文 | 本文介绍了一种利用VDJ-seq和/或CITE-seq数据进行双峰/多峰检测的机器学习方法，以提高单细胞RNA测序数据的质量 | 该方法能够敏感地识别异型和同型双峰/多峰，并利用多组学单细胞信息生成高质量数据集 | NA | 开发一种新的方法来提高单细胞RNA测序数据的质量 | 单细胞RNA测序数据中的双峰/多峰检测 | 机器学习 | NA | scRNA-seq, VDJ-seq, CITE-seq | 机器学习模型 | 转录组数据 | NA |
| 23785 | 2024-08-08 |
Computational Drug Repurposing for Alzheimer's Disease Using Risk Genes From GWAS and Single-Cell RNA Sequencing Studies
2021, Frontiers in pharmacology
IF:4.4Q1
DOI:10.3389/fphar.2021.617537
PMID:34276354
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研究论文 | 本研究通过富集分析基于全基因组关联研究（GWAS）和单细胞转录组学研究确定的阿尔茨海默病（AD）相关风险基因的药物诱导转录谱，旨在识别潜在的抗AD药物 | 本研究结合GWAS和单细胞转录组学数据，通过路径富集分析和药物再利用工具Gene2Drug，系统地识别了针对AD的新候选药物 | 尽管本研究识别了一些潜在的AD候选药物，但这些药物仍需进一步的实验验证 | 识别针对阿尔茨海默病的新候选药物 | 阿尔茨海默病相关的风险基因和现有药物的再利用潜力 | 基因组学 | 阿尔茨海默病 | 全基因组关联研究（GWAS），单细胞RNA测序 | NA | 基因数据 | 972个风险基因 |
| 23786 | 2024-08-08 |
IOBR: Multi-Omics Immuno-Oncology Biological Research to Decode Tumor Microenvironment and Signatures
2021, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2021.687975
PMID:34276676
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研究论文 | 本文开发了一个名为IOBR的计算工具，用于免疫肿瘤生物学研究，旨在通过多组学数据全面解析肿瘤微环境和特征 | IOBR工具提供了批量分析特征及其与临床表型、长非编码RNA（lncRNA）、基因组特征和单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据生成的特征的相关性，并集成了多种现有的微环境解卷积方法和特征构建工具 | NA | 开发一个有效的工具，用于全面解释多组学数据，揭示肿瘤发生和免疫治疗敏感性的内在机制 | 多组学数据、肿瘤微环境、免疫治疗特征 | 生物信息学 | 肿瘤学 | 下一代测序（NGS）、单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 多组学数据 | NA |
| 23787 | 2024-08-08 |
Capillarized Liver Sinusoidal Endothelial Cells Undergo Partial Endothelial-Mesenchymal Transition to Actively Deposit Sinusoidal ECM in Liver Fibrosis
2021, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2021.671081
PMID:34277612
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序、谱系追踪和共定位分析，揭示了肝窦内皮细胞在肝纤维化过程中经历部分内皮间质转化，成为类似肌成纤维细胞的细胞，并主动沉积细胞外基质。 | 首次详细描述了肝窦内皮细胞在肝纤维化中的部分内皮间质转化过程及其对细胞外基质沉积的影响。 | 研究主要基于动物模型和患者样本，尚未在更大规模的人类临床试验中验证。 | 探讨肝窦内皮细胞在肝纤维化中的作用及其机制。 | 肝窦内皮细胞及其在肝纤维化中的转化过程。 | NA | 肝纤维化 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 动物模型和肝纤维化/肝硬化患者样本 |
| 23788 | 2024-08-08 |
Endothelial-Myocardial Angiocrine Signaling in Heart Development
2021, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2021.697130
PMID:34277641
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综述 | 本文综述了血管内皮细胞在哺乳动物心脏发育中的多种亚群及其通过独特的血管分泌信号通路调控心脏发育的关键细胞和分子过程 | 近年来，通过单细胞测序技术阐明发育中心脏功能细胞类型之间的细胞间通讯得到了加速发展 | NA | 探讨血管内皮细胞在心脏发育中的作用及其通过血管分泌信号通路的调控机制 | 哺乳动物心脏中的血管内皮细胞及其亚群 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA | NA |
| 23789 | 2024-08-08 |
Single-Cell Transcriptome Analysis in Melanoma Using Network Embedding
2021, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2021.700036
PMID:34290746
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研究论文 | 本文提出了一种新的计算框架，利用网络嵌入技术进行黑色素瘤的单细胞转录组分析 | 首次采用网络嵌入技术（node2vec）学习细胞间相互作用网络中的细胞特征，并通过共识聚类识别细胞标记和与癌症相关的基因 | 未明确提及具体限制 | 探索黑色素瘤的分子机制 | 黑色素瘤的单细胞转录组数据 | 生物信息学 | 黑色素瘤 | 单细胞测序技术 | node2vec | 转录组数据 | 两个独立数据集 |
| 23790 | 2024-08-08 |
Characterizing the Metabolic and Immune Landscape of Non-small Cell Lung Cancer Reveals Prognostic Biomarkers Through Omics Data Integration
2021, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2021.702112
PMID:34295900
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研究论文 | 本研究通过整合多层次组学数据，分析和验证了非小细胞肺癌（NSCLC）的单细胞RNA测序数据，以识别关键的代谢特征和预后生物标志物 | 本研究首次在单细胞分辨率下揭示了NSCLC的代谢特征和预后标志物，为癌症的分子生物标志物和特征提供了新的发现 | NA | 识别和验证与特定NSCLC表型相关的分子生物标志物 | 非小细胞肺癌（NSCLC）的代谢和免疫景观 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序（RNA-seq） | t-SNE聚类算法 | 基因表达数据 | 4887个细胞的基因表达谱 |
| 23791 | 2024-08-08 |
Single-Cardiomyocyte RNA Sequencing to Dissect the Molecular Pathophysiology of the Heart
2021, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-1484-6_18
PMID:34302659
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研究论文 | 本文介绍了从分离到分析的成年小鼠心肌细胞单细胞RNA测序流程 | 建立了适用于心肌细胞的单细胞分析流程 | 心肌细胞相对较大、易受压力影响，难以用于单细胞分析 | 深入理解心力衰竭的发病机制 | 心肌细胞的形态学、生理学和分子特征 | 数字病理学 | 心血管疾病 | RNA测序 | NA | 文本 | 成年小鼠心肌细胞 |
| 23792 | 2024-08-08 |
Correlation Imputation in Single cell RNA-seq using Auxiliary Information and Ensemble Learning
2020-Sep, ACM-BCB ... ... : the ... ACM Conference on Bioinformatics, Computational Biology and Biomedicine. ACM Conference on Bioinformatics, Computational Biology and Biomedicine
DOI:10.1145/3388440.3412462
PMID:34278382
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research paper | 本文提出了一种新的单细胞RNA测序数据补全方法SCENA，通过集成学习和辅助信息来估计基因间的相关性 | SCENA方法通过模型堆叠和辅助信息来估计基因间的相关性矩阵，而不是直接补全数据本身 | NA | 提高单细胞RNA测序数据的质量，改善下游分析的准确性 | 单细胞RNA测序数据中的基因表达相关性 | digital pathology | NA | RNA-seq | ensemble learning | gene expression data | NA |
| 23793 | 2024-08-08 |
Immune cell profiling in atherosclerosis: role in research and precision medicine
2022-01, Nature reviews. Cardiology
DOI:10.1038/s41569-021-00589-2
PMID:34267377
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综述 | 本文综述了单细胞技术在动脉粥样硬化免疫细胞图谱构建及精准免疫治疗发现中的应用 | 探讨了单细胞技术如单细胞质谱细胞仪、单细胞RNA测序和细胞转录组及表位索引测序在动脉粥样硬化斑块细胞和分子组成图谱中的应用，并强调了这些数据在发现新型精准免疫治疗中的作用 | 需要进一步在相关实验模型中严格验证来自人类研究的单细胞数据 | 探讨单细胞技术在动脉粥样硬化研究及精准医学中的作用 | 动脉粥样硬化中的免疫细胞及其在精准医疗中的应用 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞数据 | NA |
| 23794 | 2024-08-08 |
HieRFIT: a hierarchical cell type classification tool for projections from complex single-cell atlas datasets
2021-12-07, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btab499
PMID:34255817
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研究论文 | 本文介绍了一种新的细胞类型投影工具HieRFIT，基于层次随机森林，用于从复杂的单细胞图谱数据集中进行细胞类型分类 | HieRFIT利用先验的细胞类型关系信息提高分类准确性，采用集成方法结合多个随机森林模型，组织成层次决策树结构，以改善分类准确性和减少错误预测 | NA | 开发一种新的细胞类型分类工具，以提高单细胞RNA测序数据集的分类准确性 | 单细胞RNA测序数据集中的细胞类型分类 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 随机森林 | 单细胞RNA测序数据 | NA |
| 23795 | 2024-08-08 |
Single-Cell Analyses Reveal Diverse Mechanisms of Resistance to EGFR Tyrosine Kinase Inhibitors in Lung Cancer
2021-09-15, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-20-2811
PMID:34247147
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序技术，分析了肺癌中EGFR酪氨酸激酶抑制剂耐药性的多样性机制 | 首次鉴定出CD74作为EGFR-TKI耐药的关键基因，并揭示了其在药物耐受状态中的作用 | 研究主要基于细胞模型和临床样本，可能需要更多临床数据验证 | 揭示肺癌中EGFR酪氨酸激酶抑制剂耐药性的多样性机制 | EGFR-TKI耐药的肺癌细胞 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 | NA | 基因表达数据, 表观遗传数据 | 具体样本数量未在摘要中提及 |
| 23796 | 2024-08-08 |
Tumor cells generate astrocyte-like cells that contribute to SHH-driven medulloblastoma relapse
2021-09-06, The Journal of experimental medicine
IF:12.6Q1
DOI:10.1084/jem.20202350
PMID:34254999
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研究论文 | 本文通过谱系追踪分析和单细胞RNA测序，证明了复发性髓母细胞瘤（MB）中的星形胶质细胞主要来源于肿瘤细胞的转分化，而非原发性MB。 | 首次揭示了髓母细胞瘤细胞通过转分化形成星形胶质细胞的机制，并发现骨形态发生蛋白（BMPs）通过诱导Sox9的磷酸化促进这一过程。 | NA | 研究髓母细胞瘤复发中星形胶质细胞的来源及其机制，探索预防和治疗髓母细胞瘤复发的新途径。 | 髓母细胞瘤及其复发中的星形胶质细胞。 | 数字病理学 | 儿童恶性脑瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | NA |
| 23797 | 2024-08-08 |
CD16+CD163+ monocytes traffic to sites of inflammation during necrotizing enterocolitis in premature infants
2021-09-06, The Journal of experimental medicine
IF:12.6Q1
DOI:10.1084/jem.20200344
PMID:34269788
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研究论文 | 本研究利用悬浮和成像质谱流式细胞术结合单细胞RNA测序，揭示了早产儿坏死性小肠结肠炎（NEC）中的严重炎症反应，并鉴定了一种与NEC相关的新型炎症单核细胞/巨噬细胞亚型。 | 首次鉴定出与NEC相关的CD16+CD163+单核细胞/巨噬细胞亚型，并发现其在NEC黏膜中的特异性富集，可能作为NEC的潜在生物标志物和治疗靶点。 | NA | 研究早产儿坏死性小肠结肠炎中的炎症反应机制，并探索潜在的生物标志物和治疗靶点。 | 早产儿坏死性小肠结肠炎患者的黏膜炎症反应和单核细胞/巨噬细胞亚型。 | NA | 早产儿坏死性小肠结肠炎 | 悬浮和成像质谱流式细胞术，单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 多个NEC患者的黏膜样本 |
| 23798 | 2024-08-08 |
IDH Mutation Subgroup Status Associates with Intratumor Heterogeneity and the Tumor Microenvironment in Intrahepatic Cholangiocarcinoma
2021-09, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202101230
PMID:34250753
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研究论文 | 本研究通过外显子测序和批量RNA测序分析了14名肝内胆管癌患者的73个肿瘤区域，揭示了肝内胆管癌的多层面肿瘤内异质性（ITH）及其与IDH突变亚组状态和肿瘤微环境的关系 | 研究发现高ITH肿瘤与IDH突变亚组高度重叠，且IDH突变亚组显示出较低的T细胞浸润和T细胞毒性，表明其肿瘤微环境较冷 | NA | 探讨肝内胆管癌的肿瘤内异质性与IDH突变亚组状态及其对肿瘤微环境的影响 | 肝内胆管癌患者的肿瘤组织 | 数字病理学 | 肝内胆管癌 | 外显子测序, 批量RNA测序, 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据, 转录组数据 | 73个肿瘤区域, 17503个细胞, 来自14名患者 |
| 23799 | 2024-08-08 |
Single-cell profiling of CNS border compartment leukocytes reveals that B cells and their progenitors reside in non-diseased meninges
2021-09, Nature neuroscience
IF:21.2Q1
DOI:10.1038/s41593-021-00880-y
PMID:34253922
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研究论文 | 本文通过单细胞转录组学技术，揭示了中枢神经系统（CNS）边界组织中白细胞的特定位置组成和表达谱，特别是在硬脑膜中发现大量B细胞及其前体细胞。 | 首次详细描述了CNS边界组织中淋巴细胞的组成，特别是在硬脑膜中发现B细胞及其前体细胞，这些细胞在正常状态下具有慢周转和长期组织居留特性。 | NA | 研究CNS边界组织中白细胞的组成和功能，特别是B细胞及其前体细胞的分布和特性。 | 中枢神经系统边界组织中的白细胞，特别是B细胞及其前体细胞。 | NA | NA | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 涉及小鼠和大鼠的硬脑膜样本 |
| 23800 | 2024-08-08 |
Patterns of T-Cell Phenotypes in Rheumatic Diseases From Single-Cell Studies of Tissue
2021-Sep, ACR open rheumatology
IF:2.9Q2
DOI:10.1002/acr2.11296
PMID:34255929
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综述 | 本文综述了从单细胞研究中获得的关于风湿性疾病中T细胞表型的关键观察结果 | 单细胞RNA测序分析揭示了T细胞状态的多个维度，并帮助揭示了炎症组织中的新效应子亚群 | 这些分析通常没有显示出典型的T细胞效应子亚群（如Th1、Th2和Th17细胞）的明显集群 | 进一步表征积累在目标组织中的T细胞群体，以更精确地靶向生物疗法并加速开发更具体的生物标志物 | 风湿性疾病中的T细胞 | NA | 风湿性疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |