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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2361 | 2025-11-18 |
Exploration of the roles of CAFs in melanoma based on single-cell transcriptomics and spatial transcriptomics
2025-Nov-14, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-03868-3
PMID:41238964
|
研究论文 | 基于单细胞转录组学和空间转录组学探索癌症相关成纤维细胞在黑色素瘤中的作用 | 首次整合单细胞RNA测序、空间转录组学和bulk RNA-seq数据系统解析黑色素瘤中CAF的分子程序,并构建CAF中心的免疫排斥网络 | NA | 探索癌症相关成纤维细胞在黑色素瘤中的功能异质性和空间生态作用 | 黑色素瘤中的癌症相关成纤维细胞及其与免疫细胞的相互作用 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序,空间转录组学,bulk RNA-seq,WGCNA,CellChat分析 | 风险评分模型 | 转录组数据,空间分布数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学,bulk RNA-seq | NA | NA |
| 2362 | 2025-11-18 |
Integrative Mendelian randomization and spatial transcriptomics analysis reveals causal links between plasma lipidome and non-small cell lung cancer
2025-Nov-14, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-03823-2
PMID:41239138
|
研究论文 | 本研究通过整合孟德尔随机化和空间转录组学分析,揭示血浆脂质组与非小细胞肺癌之间的因果关系 | 首次结合双向孟德尔随机化与空间转录组学,发现PVT1作为脂质相关关键基因在肿瘤密集区域高表达 | 基于汇总级GWAS数据,无法完全排除多效性偏倚 | 探讨血浆脂质组与非小细胞肺癌之间的潜在因果关系 | 非小细胞肺癌患者和健康人群 | 生物信息学 | 肺癌 | 孟德尔随机化, 空间转录组学, 机器学习基因优先排序 | 逆方差加权, MR-Egger, 加权中位数, MR-PRESSO | 基因组关联研究汇总数据, 空间转录组数据 | 基于GeneRISK和FinnGen GWAS的大规模样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 2363 | 2025-11-16 |
Correction: Single-cell RNA sequencing unveils Lrg1's role in cerebral ischemia‒reperfusion injury by modulating various cells
2025-Nov-14, Journal of neuroinflammation
IF:9.3Q1
DOI:10.1186/s12974-025-03610-4
PMID:41239358
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 2364 | 2025-11-18 |
Aldolase a in pan-cancer and lung squamous cell carcinoma: prognostic value and macrophage-driven immune suppression unveiled by multi-omics and cohort validation
2025-Nov-14, Cancer cell international
IF:5.3Q1
DOI:10.1186/s12935-025-04043-y
PMID:41239433
|
研究论文 | 本研究通过多组学分析和队列验证揭示了醛缩酶A在泛癌和肺鳞癌中的预后价值及其通过巨噬细胞驱动的免疫抑制机制 | 首次系统评估ALDOA在肺鳞癌中的预后价值,并通过空间转录组学和免疫荧光证实其与肿瘤相关巨噬细胞的共定位关系 | 机制研究仍需进一步深入,治疗干预策略需要更多实验验证 | 探究ALDOA在肺鳞癌中的预后价值和其在巨噬细胞介导的免疫抑制中的作用 | 泛癌数据集和肺鳞癌患者组织样本 | 生物信息学 | 肺鳞癌 | 免疫组织化学染色,单细胞RNA测序,空间转录组学,免疫荧光染色 | 生物信息学算法 | 基因组数据,转录组数据,蛋白质组数据,临床数据 | 多个独立患者队列 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | TISCH2数据库 |
| 2365 | 2025-11-18 |
Pan-cancer analysis identifies LMBR1L as a prognostic and immunological biomarker with validation in colorectal cancer
2025-Nov-14, European journal of medical research
IF:2.8Q2
DOI:10.1186/s40001-025-03404-7
PMID:41239456
|
研究论文 | 通过泛癌分析鉴定LMBR1L作为预后和免疫生物标志物,并在结直肠癌中进行实验验证 | 首次系统揭示LMBR1L在肿瘤免疫微环境中的作用及其作为免疫治疗预测标志物的潜力 | 研究主要基于公共数据库和结直肠癌模型,需要在更多癌种中进一步验证 | 探索LMBR1L在肿瘤免疫微环境中的功能及其临床意义 | 多种癌症组织和结直肠癌细胞系 | 生物信息学 | 结直肠癌 | 单细胞测序,生存分析,GSEA,GSVA,免疫浸润分析,体外实验,体内实验 | NA | 基因表达数据,临床样本数据 | 公共数据库中的多种癌症数据及结直肠癌临床样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2366 | 2025-11-18 |
Glutamine metabolism reprogramming promotes bladder cancer progression via PYCR1: a multi-omics and functional validation study
2025-Nov-13, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-07386-2
PMID:41233804
|
研究论文 | 本研究通过多组学分析和功能验证揭示了谷氨酰胺代谢重编程通过PYCR1促进膀胱癌进展的机制 | 首次构建基于谷氨酰胺代谢的预后模型GMscore,并发现PYCR1作为关键调控基因通过P5CS促进脯氨酸合成并激活PI3K/AKT/mTOR信号通路 | 未明确说明样本规模,研究主要聚焦于PYCR1机制,可能忽略其他代谢调控因子 | 探索谷氨酰胺代谢在膀胱癌中的临床意义及其与免疫治疗反应的关系 | 膀胱癌细胞系、患者队列数据、异种移植模型 | 多组学分析 | 膀胱癌 | 靶向代谢组学、单细胞RNA测序、批量转录组分析、随机森林分析、PCA | 预后模型GMscore、随机森林 | 代谢组数据、RNA测序数据、功能实验数据 | 多个患者队列(包括IMvigor210和GSE91061免疫治疗队列) | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 靶向代谢组学 | NA | NA |
| 2367 | 2025-11-18 |
Myeloid cells mediate interferon-driven resistance to immunotherapy in advanced renal cell carcinoma
2025-Nov-11, Immunity
IF:25.5Q1
DOI:10.1016/j.immuni.2025.10.013
PMID:41175876
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析揭示骨髓细胞介导的干扰素信号传导导致肾细胞癌对免疫检查点阻断治疗的耐药机制 | 开发了推断性建模方法解析肿瘤微环境中细胞因子信号效应,首次发现骨髓细胞而非肿瘤细胞是干扰素驱动免疫治疗耐药的关键介质 | 研究主要基于观察性数据,需要进一步实验验证机制 | 研究干扰素信号在肾细胞癌肿瘤微环境中的作用及其对免疫治疗疗效的影响 | 肾细胞癌患者的肿瘤免疫微环境 | 单细胞基因组学 | 肾细胞癌 | 单细胞RNA测序 | 混合效应模型 | 单细胞转录组数据 | 多个临床试验队列的样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2368 | 2025-11-18 |
Genetic and Cellular Architecture of Breast Cancer Risk in Multi-Ancestry Studies of 159,297 Cases and 212,102 Controls
2025-Nov-07, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2025.08.20.25334075
PMID:40909829
|
研究论文 | 本研究通过多祖先群体的全基因组关联分析,探索了乳腺癌的遗传结构和细胞特征 | 迄今为止规模最大的多祖先乳腺癌GWAS研究,整合单细胞RNA-seq图谱识别跨祖先共享的细胞类型关联 | 样本量在不同祖先群体间分布不均,某些群体间的遗传相关性估计存在较大标准误 | 探索乳腺癌在多祖先群体中的遗传结构和细胞基础 | 159,297例乳腺癌患者和212,102例对照,涵盖非洲、东亚、欧洲和西班牙/拉丁裔祖先群体 | 基因组学 | 乳腺癌 | GWAS, 单细胞RNA-seq | 稀疏正态混合效应模型 | 基因组关联汇总统计数据 | 159,297病例和212,102对照 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | Tabula Sapiens单细胞RNA-seq图谱 |
| 2369 | 2025-11-18 |
Rs61731397-C in OR2A25 increases the risk of chronic rhinosinusitis in the Chinese population
2025-Nov, The Journal of allergy and clinical immunology
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jaci.2025.06.032
PMID:40669566
|
研究论文 | 本研究通过全基因组关联分析发现OR2A25基因中的rs61731397-C变异会增加中国人群慢性鼻窦炎的发病风险 | 首次在中国人群中鉴定出OR2A25基因变异与慢性鼻窦炎的关联,并通过功能实验证实该变异通过降低蛋白稳定性影响疾病发生 | 研究主要聚焦于中国人群,结果在其他人群中的普适性需要进一步验证 | 识别中国人群慢性鼻窦炎的遗传风险变异并阐明其作用机制 | 中国人群(昆山队列和北京队列) | 遗传学 | 慢性鼻窦炎 | 全基因组关联分析、单细胞RNA测序、结构预测、体外表达研究、Western blot分析 | NA | 基因组数据、单细胞RNA测序数据、蛋白质表达数据 | 两个独立队列(昆山队列和北京队列) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2370 | 2025-11-18 |
Novel Genetic Loci for Nontuberculous Mycobacterial Pulmonary Disease and Potential Protective Effect of Body Mass Index
2025-Nov, American journal of respiratory and critical care medicine
IF:19.3Q1
DOI:10.1164/rccm.202406-1253OC
PMID:40938630
|
研究论文 | 本研究通过全基因组关联分析识别了非结核分枝杆菌肺病的新遗传位点,并发现体重指数可能具有保护作用 | 发现了两个新的NTM-PD相关遗传位点,并验证了一个已知位点,首次通过孟德尔随机化证明体重指数与NTM-PD存在潜在因果关系 | 研究样本主要来自亚洲人群,欧洲队列样本量相对较小 | 识别NTM-PD的遗传结构并探索其与风险因素的关联 | 非结核分枝杆菌肺病患者和健康对照者 | 基因组学 | 肺部疾病 | 全基因组关联研究, 单细胞转录组测序, 孟德尔随机化 | NA | 基因组数据, 转录组数据 | 韩国队列: 1,949例患者和2,955例对照; 日本队列: 1,137例患者和1,546例对照; 欧洲队列: 243例患者和570例对照 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2371 | 2025-11-18 |
Integration of single-cell RNA sequencing and spatial transcriptomics reveals neutrophil diversity and spatial heterogeneity in acute kidney injury
2025-Nov, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.148478
PMID:41135905
|
研究论文 | 通过整合单细胞RNA测序和空间转录组学技术,揭示急性肾损伤中中性粒细胞的多样性和空间异质性 | 首次在AKI中鉴定出6个中性粒细胞亚群,其中3个为全新发现;发现了以中性粒细胞为中心的新型微环境单元 | NA | 阐明急性肾损伤中中性粒细胞的异质性及其在疾病进展中的作用 | 急性肾损伤模型中的中性粒细胞 | 数字病理学 | 急性肾损伤 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 单细胞基因表达数据, 空间基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 2372 | 2025-11-18 |
The cell as a token: high-dimensional geometry in language models and cell embeddings
2025-Nov-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf595
PMID:41165609
|
综述 | 探讨自然语言嵌入结构理解如何为单细胞数据集分析提供启示 | 将语言模型中的标记概念与细胞嵌入相类比,提出高维几何结构的相似性分析 | NA | 探索语言模型分析方法在单细胞数据分析中的应用前景 | 单细胞测序数据和语言模型嵌入结构 | 自然语言处理, 机器学习 | NA | 单细胞测序 | 基础模型, 语言模型 | 单细胞数据, 文本数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2373 | 2025-11-18 |
Advancing Precision Medicine in Inflammatory Skin Disease
2025-Nov, American journal of clinical dermatology
IF:8.6Q1
DOI:10.1007/s40257-025-00963-7
PMID:40819342
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观点文章 | 本文探讨精准医学在慢性炎症性皮肤病治疗中的应用前景与挑战 | 提出将单细胞RNA测序和空间转录组学等精准技术整合到皮肤病诊疗框架中,通过分子表型分析提升治疗精准度 | 生物标志物验证有限、成本高昂、研究队列广度不足 | 推动精准医学在皮肤病学领域的临床应用 | 慢性炎症性皮肤病患者 | 精准医学 | 炎症性皮肤病 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 分子表型数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 2374 | 2025-11-18 |
Specificity of brassinosteroid perception and its integration at signaling crossroads in vascular development
2025-Nov, The Plant journal : for cell and molecular biology
DOI:10.1111/tpj.70570
PMID:41235729
|
综述 | 本文综述了油菜素甾醇信号感知的特异性及其在维管发育信号交叉点的整合机制 | 揭示了BR感知主要具有细胞自主性和强烈环境依赖性,并作为模块化局部调节器通过典型和非典型途径协调植物发育 | NA | 探讨油菜素甾醇信号感知的特异性及其与其他信号通路的整合机制 | 植物维管发育系统 | 植物分子生物学 | NA | 组织特异性CRISPR、先进成像技术、单细胞转录组学 | NA | 基因表达数据、成像数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2375 | 2025-11-18 |
CluVar: clustering of variants using autoencoder for inferring cancer subclones from single cell RNA sequencing data
2025-Nov-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf603
PMID:41240059
|
研究论文 | 提出基于自编码器的CluVar框架,用于从单细胞RNA测序数据中推断癌症亚克隆的系统发育关系 | 开发了针对scRNA-seq数据高缺失率特点的自定义损失函数和多隐藏层聚类优化方法 | 未明确说明样本规模和对不同癌症类型的普适性验证 | 从单细胞RNA测序数据重建癌症亚克隆的进化轨迹 | 肿瘤组织中的恶性亚克隆 | 机器学习 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | 自编码器 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2376 | 2025-11-18 |
Integrated spatial transcriptome and metabolism study reveals metabolic heterogeneity in human bladder cancer
2025-Nov, Cancer gene therapy
IF:4.8Q1
DOI:10.1038/s41417-025-00947-z
PMID:40819112
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研究论文 | 本研究通过整合空间转录组和空间代谢组技术,揭示了人类膀胱癌的代谢异质性 | 首次结合空间转录组学和空间代谢组学技术系统研究膀胱癌的分子机制 | NA | 探索膀胱癌恶性转化的分子机制 | 人类膀胱癌组织及癌旁正常组织 | 空间生物学 | 膀胱癌 | 空间转录组学, 空间代谢组学 | NA | 空间转录组数据, 空间代谢组数据 | NA | NA | 空间转录组学, 空间代谢组学 | NA | NA |
| 2377 | 2025-11-18 |
Bone morphogenetic protein 1 as a macromolecular pan-cancer biomarker modulating the immune microenvironment and malignant phenotypes in glioblastoma
2025-Nov, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.148136
PMID:41067356
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研究论文 | 本研究通过多组学分析揭示骨形态发生蛋白1(BMP1)在胶质母细胞瘤中的致癌作用,并发现AH.6809化合物能有效抑制肿瘤生长 | 首次系统阐明BMP1在胶质母细胞瘤免疫微环境中的调控机制,并通过分子对接发现新型抑制剂AH.6809 | 研究主要基于公共数据库和体外实验,需要更多体内实验验证 | 探索BMP1在胶质母细胞瘤进展和肿瘤微环境中的作用机制 | 胶质母细胞瘤细胞和肿瘤微环境中的免疫细胞 | 生物信息学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序,空间转录组学,分子对接,动态模拟,基因集富集分析 | NA | 基因表达数据,单细胞数据,空间转录组数据 | 利用TCGA、CGGA、GEO、CPTAC、TISCH、HPA、SpatialTME等多个公共数据库 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 2378 | 2025-11-18 |
GPX2 induces macrophage M2 polarization through the MIF signaling pathway to promote colorectal cancer progression
2025-Nov, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.148341
PMID:41106750
|
研究论文 | 本研究揭示了GPX2通过MIF信号通路诱导巨噬细胞M2极化从而促进结直肠癌进展的新机制 | 首次发现GPX2通过USP7介导的去泛素化稳定MIF表达,进而促进巨噬细胞M2极化的新信号轴 | NA | 阐明GPX2在结直肠癌进展中的作用机制 | 结直肠癌细胞、巨噬细胞、动物模型 | 肿瘤免疫学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序, 空间转录组学 | NA | 基因表达数据, 空间定位数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 2379 | 2025-11-18 |
Single-Cell and Machine Learning Analysis Reveal Novel Inflammatory Macrophage Subtypes and Biomarkers in Periodontitis
2025-Oct-30, International dental journal
IF:3.2Q1
DOI:10.1016/j.identj.2025.103983
PMID:41172679
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序和机器学习分析牙周炎中新型炎症巨噬细胞亚型及其生物标志物 | 首次识别牙周炎相关巨噬细胞新型亚群并构建具有诊断价值的基因特征 | 研究样本量有限,主要基于体外实验验证 | 探索牙周炎中巨噬细胞异质性及其诊断价值 | 牙周炎患者和健康对照者的牙龈组织 | 机器学习 | 牙周炎 | 单细胞RNA测序 | 机器学习算法 | 基因表达数据 | 牙周炎患者和健康对照的牙龈组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2380 | 2025-11-18 |
Single-cell transcriptomic and genomic changes in the ageing human brain
2025-Oct, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-025-09435-8
PMID:40903571
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序技术揭示了人类前额叶皮层从婴儿期到百岁老人整个生命周期中的基因表达和基因组变化 | 首次结合单核RNA测序、单细胞全基因组测序和空间转录组学技术,系统揭示人类大脑衰老过程中的转录组和基因组动态变化 | 研究主要聚焦前额叶皮层,未涵盖其他脑区;样本年龄跨度大但具体样本数量未明确说明 | 探索人类大脑发育和衰老过程中的关键分子机制 | 人类前额叶皮层细胞 | 单细胞组学 | 老年疾病 | 单核RNA测序, 单细胞全基因组测序, 空间转录组学 | NA | 单细胞转录组数据, 基因组数据, 空间表达数据 | 从婴儿到百岁老人的年龄跨度样本(具体数量未明确) | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞全基因组测序, 空间转录组学 | NA | NA |