单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27353 篇文献，本页显示第 2361 - 2380 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2361 | 2025-03-16 |
Predicting lung aging using scRNA-Seq data
2024-Dec, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1012632
PMID:39700255
|
研究论文 | 本文开发了一种名为PolyEN的新回归模型，用于基于单细胞RNA测序数据预测年龄 | 提出了PolyEN模型，该模型能够学习随时间变化的基因表达连续表示，并整合基因信息进行年龄预测 | NA | 基于单细胞RNA测序数据进行年龄预测，以了解患者对多种疾病和状况的易感性 | 肺上皮细胞和肺内皮细胞 | 生物信息学 | 肺病 | scRNA-Seq | PolyEN | 单细胞RNA测序数据 | NA |
| 2362 | 2025-03-16 |
CosGeneGate selects multi-functional and credible biomarkers for single-cell analysis
2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae626
PMID:39592241
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研究论文 | 本文介绍了一种名为CosGeneGate的新模型，用于在单细胞测序分析中选择更具代表性的标记基因 | CosGeneGate结合了基于细胞类型分类准确性和标记基因特异性表达模式的优点，选择非冗余且具有细胞类型特异性表达模式的标记基因 | 未明确提及具体局限性 | 提高单细胞测序分析中标记基因选择的效率和准确性 | 单细胞测序数据中的标记基因 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序 | CosGeneGate | 单细胞测序数据 | 公共数据集和新测序数据集 |
| 2363 | 2025-03-16 |
Metastasis of colon cancer requires Dickkopf-2 to generate cancer cells with Paneth cell properties
2024-Nov-13, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.97279
PMID:39535280
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研究论文 | 本文研究了结肠癌转移过程中Dickkopf-2（DKK2）在生成具有Paneth细胞特性的癌细胞中的作用 | 揭示了DKK2在结肠癌转移过程中通过调控HNF4A蛋白水平促进具有Paneth细胞特性的癌细胞生成的新机制 | 研究主要基于小鼠模型和患者样本，尚未在更大规模的人群中进行验证 | 探讨结肠癌转移过程中癌细胞获得Paneth细胞特性的分子机制 | 结肠癌细胞、小鼠模型、患者样本 | 癌症研究 | 结肠癌 | 单细胞RNA测序、转录组分析、染色质免疫共沉淀测序 | NA | RNA测序数据、染色质可及性数据 | 小鼠模型和患者样本 |
| 2364 | 2025-03-16 |
Single-cell, spatial, and fate-mapping analyses uncover niche dependent diversity of cochlear myeloid cells
2024-Nov-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.10.30.621184
PMID:39554030
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研究论文 | 本文通过单细胞转录组学、命运图谱和联体共生实验，揭示了小鼠耳蜗中五种髓系细胞的存在，包括三种组织驻留巨噬细胞亚群，并探讨了它们在耳蜗不同区域的特定功能 | 首次揭示了耳蜗中巨噬细胞的基因表达、空间分布、起源和功能的独特异质性，特别是在感觉器官中的巨噬细胞研究方面填补了空白 | 研究主要集中在小鼠模型上，结果在人类中的适用性尚需进一步验证 | 探讨耳蜗中髓系细胞的多样性和功能，特别是巨噬细胞在耳蜗微环境中的作用 | 小鼠耳蜗中的髓系细胞，特别是组织驻留巨噬细胞 | 单细胞组学 | NA | 单细胞转录组学、命运图谱、联体共生实验 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 小鼠耳蜗组织 |
| 2365 | 2025-03-16 |
Spatial transcriptomics reveals organized and distinct immune activation in cutaneous granulomatous disorders
2024-Nov, The Journal of allergy and clinical immunology
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jaci.2024.07.021
PMID:39098508
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研究论文 | 本文通过空间转录组学技术研究了非感染性（炎症性）皮肤肉芽肿疾病的免疫激活模式 | 首次在空间分辨率上揭示了皮肤肉芽肿疾病中免疫激活的空间组织和差异 | 未明确提及研究的样本量限制或技术局限性 | 理解皮肤肉芽肿疾病中的空间基因表达特征 | 皮肤肉芽肿疾病（包括皮肤结节病、环状肉芽肿、脂质坏死性肉芽肿和坏死性黄色肉芽肿） | 数字病理学 | 皮肤疾病 | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 未明确提及样本量 |
| 2366 | 2025-03-16 |
Understanding disease-associated metabolic changes in human colon epithelial cells using i ColonEpithelium metabolic reconstruction
2024-Oct-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.10.22.619644
PMID:39484551
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研究论文 | 本研究通过构建首个特定细胞类型的人类结肠上皮细胞基因组尺度代谢模型iColonEpithelium，揭示了与炎症性肠病相关的代谢变化 | 首次构建了人类结肠上皮细胞的特定细胞类型基因组尺度代谢模型，并整合单细胞RNA测序数据预测了克罗恩病和溃疡性结肠炎的代谢特征 | 模型预测结果需要进一步实验验证，且尚未与肠道微生物组模型整合以探索宿主与微生物组之间的代谢相互作用 | 揭示人类结肠上皮细胞的代谢活动及其在炎症性肠病中的变化 | 人类结肠上皮细胞 | 代谢组学 | 炎症性肠病 | 单细胞RNA测序 | 基因组尺度代谢模型（GEM） | RNA测序数据 | 克罗恩病和溃疡性结肠炎患者的单细胞RNA测序样本 |
| 2367 | 2025-03-16 |
SDePER: a hybrid machine learning and regression method for cell-type deconvolution of spatial barcoding-based transcriptomic data
2024-Oct-14, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-024-03416-2
PMID:39402626
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研究论文 | 本文提出了一种混合机器学习和回归方法SDePER，用于基于空间条形码的转录组数据的细胞类型去卷积 | SDePER方法解决了ST数据和scRNA-seq数据之间的平台效应，确保它们之间的线性关系，同时处理捕获点间细胞类型的稀疏性和空间相关性 | 未明确提及具体局限性 | 提高基于空间条形码的转录组数据的细胞类型去卷积精度和鲁棒性 | 基于空间条形码的转录组数据和参考单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 混合机器学习和回归方法 | 转录组数据 | 模拟数据和四个真实数据集 |
| 2368 | 2025-03-01 |
Single-cell RNA sequencing data identify a conserved population of metallothionein-expressing macrophages that may be ubiquitous in vital human organs
2024-Oct, Clinical and translational discovery
DOI:10.1002/ctd2.348
PMID:40018369
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 2369 | 2025-03-16 |
FUSION: A web-based application for in-depth exploration of multi-omics data with brightfield histology
2024-Aug-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.07.09.602778
PMID:39026885
|
研究论文 | 本文介绍了一个名为FUSION的基于Web的应用程序，用于深入探索多组学数据与明场组织学的结合 | 开发了一个新的基于Web的工具FUSION，用于整合分子数据和组织病理学特征，提供深度学习和可视化工具，支持空间组学数据和高分辨率组织学图像的深入分析 | 未明确提及具体限制 | 开发一个工具，用于连接分子数据和组织病理学特征，以提供更深入的生物学机制洞察 | 健康与病变组织的空间转录组学数据（ST），包括福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）和冷冻制备的数据集 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学（ST） | 深度学习算法 | 图像、空间组学数据 | 未明确提及具体样本数量 |
| 2370 | 2025-03-16 |
Teplizumab induces persistent changes in the antigen-specific repertoire in individuals at risk for type 1 diabetes
2024-Aug-13, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI177492
PMID:39137044
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研究论文 | 本文研究了Teplizumab对1型糖尿病高危人群抗原特异性库的长期影响 | 首次揭示了Teplizumab在1型糖尿病高危人群中诱导操作耐受性的长期效果，包括T细胞的激活、耗竭和调节过程 | 研究样本量有限，且未涉及Teplizumab对其他免疫细胞类型的影响 | 探讨Teplizumab对1型糖尿病高危人群的长期免疫调节效果 | 1型糖尿病高危人群的外周血CD8+ T细胞 | 免疫学 | 1型糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 研究参与者，具体数量未明确 |
| 2371 | 2025-03-16 |
CTHRC1+ fibroblasts and SPP1+ macrophages synergistically contribute to pro-tumorigenic tumor microenvironment in pancreatic ductal adenocarcinoma
2024-07-29, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-68109-z
PMID:39075108
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研究论文 | 本研究利用单细胞和空间转录组学技术，揭示了胰腺导管腺癌（PDAC）肿瘤微环境中的细胞群体及其相互作用，特别是SPP1+巨噬细胞和CTHRC1+成纤维细胞的协同作用 | 通过单细胞和空间转录组学技术，首次揭示了SPP1+巨噬细胞和CTHRC1+成纤维细胞在PDAC肿瘤微环境中的协同作用及其对预后的影响 | 研究主要基于转录组学数据，缺乏对蛋白质水平和功能验证的深入分析 | 探索胰腺导管腺癌肿瘤微环境中的细胞群体及其相互作用，以寻找潜在的治疗靶点 | 胰腺导管腺癌（PDAC）肿瘤微环境中的细胞群体 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞转录组学, 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA |
| 2372 | 2025-03-16 |
Intestinal strictures in Crohn's disease: An update from 2023
2024-07, United European gastroenterology journal
IF:5.8Q1
DOI:10.1002/ueg2.12568
PMID:38546434
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综述 | 本文提供了2023年关于克罗恩病肠道狭窄的最新进展的全面回顾 | 介绍了单细胞测序等新技术，以及血清生物标志物和新型横断面成像技术等非侵入性诊断工具 | 未知的发病机制、缺乏普遍接受的标准以及缺乏有效的管理方法仍然是未解决的挑战 | 旨在提供关于纤维化的前沿信息，并为研究人员和临床医生在肠道狭窄领域取得更大进展奠定基础 | 克罗恩病患者的肠道狭窄 | NA | 克罗恩病 | 单细胞测序 | NA | NA | NA |
| 2373 | 2025-03-16 |
Discovery of optimal cell type classification marker genes from single cell RNA sequencing data
2024-Jun-26, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.04.22.590194
PMID:38712147
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研究论文 | 本文介绍了NS-Forest 4.0及其配套Python包，用于从单细胞RNA测序数据中发现最优的细胞类型分类标记基因 | NS-Forest 4.0通过模块化最终决策树步骤，能够比较用户定义标记基因与NS-Forest计算得出的标记基因的性能，并引入了On-Target Fraction指标来量化标记基因的特异性 | NA | 研究目的是从单细胞RNA测序数据中发现最优的细胞类型分类标记基因 | 研究对象是单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 随机森林 | RNA测序数据 | 数百万个细胞 |
| 2374 | 2025-03-16 |
SpotSweeper: spatially-aware quality control for spatial transcriptomics
2024-Jun-09, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.06.06.597765
PMID:38895212
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研究论文 | 本文介绍了SpotSweeper，一种用于空间转录组学（SRT）数据的空间感知质量控制方法 | SpotSweeper是首个针对SRT数据的质量控制方法，能够识别局部异常和区域伪影，并减少生物异质性带来的偏差 | 目前的方法尚未完全解决SRT数据中独特的组织学伪影问题 | 开发适用于空间转录组学数据的质量控制方法，以提高数据可靠性和准确性 | 空间转录组学数据 | 生物信息学 | NA | RNA测序（RNA-seq） | NA | 空间转录组学数据 | 使用公开可用的Visium数据 |
| 2375 | 2025-03-16 |
Vascular restoration through local delivery of angiogenic factors stimulates bone regeneration in critical size defects
2024-Jun, Bioactive materials
IF:18.0Q1
DOI:10.1016/j.bioactmat.2024.07.003
PMID:39100886
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研究论文 | 本文通过局部递送血管生成因子来刺激临界尺寸骨缺损中的骨再生 | 创新性地将电纺PCL纤维与携带Spp1和Cxcl12的电喷雾PLGA微球结合，实现了这些因子的逐步释放，从而恢复血管生成并加速骨再生 | 研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体中验证其效果 | 解决临界尺寸骨缺损的复杂修复过程，促进骨再生 | 临界尺寸骨缺损的小鼠模型 | 生物医学工程 | 骨缺损 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠模型 |
| 2376 | 2025-03-16 |
hdWGCNA identifies co-expression networks in high-dimensional transcriptomics data
2023-06-26, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2023.100498
PMID:37426759
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研究论文 | 本文介绍了hdWGCNA，一个用于分析高维转录组数据中共表达网络的综合框架 | hdWGCNA支持系统级分析，能够进行异构体水平的网络分析，并兼容广泛使用的Seurat R包 | NA | 开发一个支持高维转录组数据系统级分析的工具 | 高维转录组数据，如单细胞和空间RNA测序数据 | 生物信息学 | 自闭症谱系障碍, 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序, 空间RNA测序 | NA | 转录组数据 | 近100万个细胞的数据集 |
| 2377 | 2025-03-16 |
Single-nucleus RNA sequencing of human pancreatic islets identifies novel gene sets and distinguishes β-cell subpopulations with dynamic transcriptome profiles
2023-05-01, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-023-01179-2
PMID:37127706
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研究论文 | 本文通过单核RNA测序技术（snRNA-seq）研究了人类胰岛细胞的转录组特征，并识别了新的基因集和β细胞亚群 | 利用snRNA-seq技术，结合内含子序列信息，识别了人类胰岛细胞中非经典基因标记，并区分了β细胞的三个亚群 | 研究主要基于体外和体内实验，未涉及大规模临床样本验证 | 研究人类胰岛细胞的转录组特征及其动态变化 | 人类胰岛细胞 | 基因组学 | 糖尿病 | 单核RNA测序（snRNA-seq） | NA | RNA测序数据 | 来自同一供体的人类胰岛细胞 |
| 2378 | 2025-03-16 |
APOE modulates microglial immunometabolism in response to age, amyloid pathology, and inflammatory challenge
2023-03-28, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2023.112196
PMID:36871219
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研究论文 | 本文探讨了APOE基因型如何调控小胶质细胞的免疫代谢，特别是在衰老、神经炎症和阿尔茨海默病病理背景下 | 结合了批量、单细胞和空间转录组学，以及细胞特异性和空间分辨的代谢分析，系统性地研究了APOE在不同条件下的作用 | 研究主要基于小鼠模型，可能无法完全反映人类情况 | 研究APOE基因型对小胶质细胞免疫代谢的调控作用 | 表达人类APOE的小鼠 | 神经科学 | 阿尔茨海默病 | RNA测序（RNA-seq）、空间转录组学、质谱成像 | NA | 转录组数据、代谢数据 | NA |
| 2379 | 2025-03-16 |
Protocol to isolate live single cells while retaining spatial information by combining cell photolabeling and FACS
2022-12-16, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2022.101795
PMID:36325581
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研究论文 | 本文介绍了一种结合细胞光标记和荧光激活细胞分选（FACS）的方法，用于从原发性乳腺肿瘤中分离活单细胞并保留空间信息 | 提出了一种名为PADME的新方法，能够在单细胞技术中保留空间定位信息 | 需要进一步验证该方法在其他类型肿瘤或组织中的适用性 | 开发一种能够在单细胞分析中保留空间信息的技术 | 原发性乳腺肿瘤中的活单细胞 | 生物技术 | 乳腺癌 | 细胞光标记, FACS, 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞数据 | NA |
| 2380 | 2025-03-16 |
Genome-wide analysis of common and rare variants via multiple knockoffs at biobank scale, with an application to Alzheimer disease genetics
2021-12-02, American journal of human genetics
IF:8.1Q1
DOI:10.1016/j.ajhg.2021.10.009
PMID:34767756
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研究论文 | 本文提出了一种可扩展的KnockoffScreen-AL方法，用于分析生物库规模的全基因组测序和全基因组插补数据集中的常见和罕见变异，并应用于阿尔茨海默病遗传学分析 | 提出了一种适用于生物库规模研究的KnockoffScreen-AL方法，能够分析数百万个罕见遗传变异，并在阿尔茨海默病分析中发现了14个传统关联测试未能检测到的显著位点 | 生成knockoffs的计算成本较高，现有方法无法处理生物库规模的全基因组测序数据 | 开发一种可扩展的方法，用于分析生物库规模的全基因组测序和全基因组插补数据集中的常见和罕见变异，并应用于阿尔茨海默病遗传学分析 | 388,051个来自英国生物库的全基因组插补样本，以及94,437个临床诊断的阿尔茨海默病样本 | 基因组学 | 阿尔茨海默病 | 全基因组测序、全基因组插补、单细胞RNA测序、蛋白质组学 | KnockoffScreen-AL | 基因组数据、单细胞RNA测序数据、蛋白质组数据 | 388,051个全基因组插补样本，94,437个临床诊断样本，143,793个单核转录组样本，735个蛋白质组样本 |