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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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2361 | 2025-10-06 |
Integrative Analyses of scRNA-seq, Bulk mRNA-seq, and DNA Methylation Profiling in Depressed Suicide Brain Tissues
2023-12-18, The international journal of neuropsychopharmacology
DOI:10.1093/ijnp/pyad057
PMID:37774423
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研究论文 | 通过整合分析抑郁症自杀患者脑组织的单细胞RNA测序、批量mRNA测序和DNA甲基化数据,揭示自杀行为的生物学机制 | 首次整合单细胞转录组、批量转录组和DNA甲基化数据,在抑郁症自杀患者脑组织中进行跨组学分析,并发现少突胶质前体细胞在自杀行为中的关键作用 | 样本量有限,仅分析了特定脑区组织,动物模型与人类样本的对应关系需要进一步验证 | 探索自杀行为的生物学机制和表观遗传调控 | 抑郁症自杀患者的脑组织样本和氟西汀处理的大鼠脑组织 | 生物信息学 | 抑郁症 | scRNA-seq, bulk mRNA-seq, DNA甲基化微阵列 | 差异表达分析, 差异甲基化分析, 反卷积分析 | 基因组学数据, 表观基因组学数据 | 抑郁症自杀患者脑组织样本和氟西汀处理大鼠脑组织 | NA | 单细胞RNA测序, 批量mRNA测序, DNA甲基化分析 | NA | NA |
2362 | 2025-10-06 |
Defining the Teratoma as a Model for Multi-lineage Human Development
2020-11-25, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2020.10.018
PMID:33152263
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研究论文 | 本研究将畸胎瘤确立为研究人类多谱系发育过程的模型平台 | 首次系统论证畸胎瘤作为多谱系发育模型的可行性,并展示了其在全组织功能遗传筛选和组织工程中的应用潜力 | 研究仅基于4个细胞系产生的23个畸胎瘤,样本来源相对有限 | 探索畸胎瘤作为研究人类发育过程的模型平台 | 畸胎瘤中的细胞类型和发育过程 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序, CRISPR-Cas9基因敲除筛选, 微RNA调控 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 179,632个细胞,来自4个细胞系产生的23个畸胎瘤 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
2363 | 2025-10-06 |
Regulatory mechanisms of the Hippo/YAP axis by G-protein coupled estrogen receptor in gastric signet-ring cell carcinoma
2025-09, Neoplasia (New York, N.Y.)
DOI:10.1016/j.neo.2025.101199
PMID:40554953
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研究论文 | 本研究揭示了G蛋白偶联雌激素受体通过调控Hippo/YAP信号轴在胃印戒细胞癌中的致癌机制 | 首次在胃印戒细胞癌中发现GPER通过竞争性结合ARRB2抑制LATS1介导的YAP磷酸化,并揭示GPER与YAP之间存在的正反馈循环机制 | 研究主要基于细胞系和异种移植模型,缺乏临床患者样本的验证 | 阐明GPER在胃印戒细胞癌中调控Hippo/YAP信号轴的功能机制 | 胃印戒细胞癌细胞系和裸鼠异种移植模型 | 癌症生物学 | 胃癌 | 单细胞测序,体外细胞功能实验,体内异种移植模型 | NA | 测序数据,实验数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
2364 | 2025-10-06 |
Novel Transcriptomic Signatures in Fibrostenotic Crohn's Disease: Dysregulated Pathways, Promising Biomarkers, and Putative Therapeutic Targets
2025-Jun-13, Inflammatory bowel diseases
IF:4.5Q1
DOI:10.1093/ibd/izaf021
PMID:39977234
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研究论文 | 本研究通过转录组学分析探索克罗恩病纤维狭窄的分子特征,识别关键生物标志物和治疗靶点 | 首次系统揭示克罗恩病纤维狭窄的独特转录组特征,结合机器学习方法识别特异性基因表达模式 | 样本量较小(仅9例患者),需要在更大队列中验证发现 | 探索克罗恩病纤维狭窄的转录组特征及其生物学机制 | 克罗恩病患者手术切除的纤维狭窄肠道组织 | 转录组学 | 克罗恩病 | bulk RNA-seq, 单细胞RNA测序, qPCR | 随机森林 | RNA测序数据 | 9例克罗恩病患者 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序, bulk RNA-seq | 10x Chromium Controller | 10x Chromium单细胞测序平台 |
2365 | 2025-10-06 |
Comparison of differences in transcriptional and genetic profiles between intra-central nervous system and extra-central nervous system large B-cell lymphoma
2025-02, Neoplasia (New York, N.Y.)
DOI:10.1016/j.neo.2024.101119
PMID:39733690
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研究论文 | 通过多组学测序比较中枢神经系统内和中枢神经系统外大B细胞淋巴瘤的转录和遗传特征差异 | 首次通过单细胞RNA测序和全外显子测序系统揭示PCNS-DLBCL特有的B细胞亚群、免疫抑制微环境和BCR-NFkB/TLR通路突变特征 | 样本量相对有限(93例患者),且为观察性研究 | 探索PCNS-DLBCL的特定发病机制和治疗靶点 | PCNS-DLBCL、继发性CNS-DLBCL和颅外DLBCL患者的肿瘤样本 | 数字病理学 | 淋巴瘤 | 单细胞RNA测序, 全外显子测序, 多组学测序 | NA | 转录组数据, 基因组数据 | 93例患者肿瘤样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 全外显子组测序 | NA | NA |
2366 | 2025-10-06 |
Overexpression of CX3CL1-CX3CR1 Signaling in the Stria Vascularis rather than the Basilar Membrane May Be the Trigger for Inflammaging in the Cochlea
2025, ORL; journal for oto-rhino-laryngology and its related specialties
DOI:10.1159/000545134
PMID:40058359
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析发现CX3CL1-CX3CR1信号通路在耳蜗血管纹基底细胞中的过表达可能是老年性听力损失中炎症衰老的触发因素 | 首次通过单细胞RNA测序揭示CX3CL1-CX3CR1信号通路在耳蜗不同区域的分布差异及其在炎症衰老中的特异性作用 | 仍需进一步的体内干预实验验证研究结论 | 探究CX3CL1-CX3CR1信号通路在耳蜗炎症衰老中的作用机制 | 年轻和老年小鼠的耳蜗组织及BV2细胞系 | 单细胞转录组学 | 老年性听力损失 | 单细胞RNA测序, 免疫荧光, 实时定量PCR, Western blot, 细胞迁移实验 | NA | 单细胞转录组数据, 图像数据, 蛋白质数据 | 年轻和老年小鼠的耳蜗组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
2367 | 2025-10-06 |
Microglia regulate GABAergic neurogenesis in prenatal human brain through IGF1
2024-Oct-20, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.10.19.619180
PMID:39464051
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研究论文 | 本研究揭示了小胶质细胞通过分泌IGF1调控人类胚胎期大脑中GABA能神经元的生成 | 首次发现小胶质细胞通过IGF1信号通路调控人类胚胎期GABA能神经前体细胞的持续增殖 | 研究主要基于体外类器官模型,需进一步验证在体情况 | 探索人类大脑中GABA能神经元扩展发育的机制 | 人类胚胎期大脑内侧神经节隆起(hMGE)的GABA能神经元前体细胞 | 神经科学 | NA | 单细胞转录组测序, 生物信息学分析, 组织学分析 | 神经免疫hMGE类器官模型 | 单细胞RNA测序数据, 组织学图像数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
2368 | 2025-10-06 |
IMPLICATIONS OF YWHAH GENE EXPRESSION IN THE EARLY DETECTION OF SEPSIS
2024-09-01, Shock (Augusta, Ga.)
DOI:10.1097/SHK.0000000000002409
PMID:38904460
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研究论文 | 本研究探讨YWHAH基因表达在脓毒症早期检测中的潜在价值 | 首次发现YWHAH基因表达在感染与脓毒症患者之间存在差异 | NA | 探索YWHAH基因表达与脓毒症发展的关联性 | 感染患者和脓毒症患者的基因表达数据 | 生物信息学 | 脓毒症 | 单细胞转录组测序,实时聚合酶链反应,加权基因共表达网络分析 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
2369 | 2025-10-06 |
Characterizing dysregulations via cell-cell communications in Alzheimer's brains using single-cell transcriptomes
2024-05-13, BMC neuroscience
IF:2.4Q3
DOI:10.1186/s12868-024-00867-y
PMID:38741048
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研究论文 | 利用单细胞转录组数据研究阿尔茨海默病大脑中细胞间通讯的失调特征 | 首次在大规模单核RNA测序数据上系统分析AD大脑中细胞间通讯网络的扰动,揭示细胞类型特异性信号传导失调机制 | 基于公开数据的二次分析,受原始数据质量和样本来源限制 | 研究阿尔茨海默病大脑中细胞间通讯网络的异常变化 | 人类前额叶皮层单核RNA测序数据 | 生物信息学 | 阿尔茨海默病 | 单核RNA测序 | 细胞通讯网络分析 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
2370 | 2025-10-06 |
Single-cell, single-nucleus, and spatial transcriptomics characterization of the immunological landscape in the healthy and PSC human liver
2024-05, Journal of hepatology
IF:26.8Q1
DOI:10.1016/j.jhep.2023.12.023
PMID:38199298
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研究论文 | 本研究通过单细胞、单核和空间转录组学技术,全面表征了健康人和原发性硬化性胆管炎患者肝脏的免疫景观 | 首次结合单细胞RNA测序、单核RNA测序和空间转录组学技术,系统构建了PSC肝脏的细胞图谱,并发现胆管细胞样肝细胞群体和髓系细胞耗竭样表型 | 样本量相对有限,主要关注晚期PSC病变,缺乏早期疾病阶段的分析 | 构建原发性硬化性胆管炎肝脏的全面细胞图谱,揭示疾病发病机制 | 人类肝脏组织(10例PSC患者、24例神经性死亡供体肝脏、3例PBC患者) | 数字病理学 | 原发性硬化性胆管炎 | 单细胞RNA测序, 单核RNA测序, 空间转录组学, 流式细胞术 | NA | 转录组数据, 空间定位数据, 蛋白质功能数据 | 47,156个细胞和23,000个细胞核(PSC),107,542个细胞(健康对照),18,240个细胞和20,202个细胞核(PBC) | 10x Genomics, Nanostring | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | 10x Visium, Nanostring GeoMx DSP | 10x Visium空间转录组技术, Nanostring GeoMx数字空间分析技术 |
2371 | 2025-10-06 |
Beyond binary: bridging neutrophil diversity to new therapeutic approaches in NSCLC
2024-05, Trends in cancer
IF:14.3Q1
DOI:10.1016/j.trecan.2024.01.010
PMID:38360439
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综述 | 本文总结了非小细胞肺癌中肿瘤相关中性粒细胞的异质性研究,并提出超越传统N1/N2二分法的新分类框架 | 通过整合不同癌症实体的转录组数据,建立了具有明确表型特征的中性粒细胞亚群分类体系,突破了传统的二元分类模式 | 作为综述文章,未涉及原始实验数据验证,分类体系需要进一步实验确认 | 探索中性粒细胞在非小细胞肺癌肿瘤微环境中的异质性及其治疗应用潜力 | 肿瘤相关中性粒细胞(TANs) | 单细胞生物学 | 非小细胞肺癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
2372 | 2025-10-06 |
Whole-cortex in situ sequencing reveals input-dependent area identity
2024-Apr-24, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-024-07221-6
PMID:38658747
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研究论文 | 通过BARseq高通量原位测序技术研究小鼠大脑皮层神经元转录组特征与区域身份的关系 | 首次使用BARseq技术在全皮层范围进行原位测序,揭示了输入依赖性皮层区域身份的形成机制 | 研究仅针对小鼠模型,结果在人类中的适用性需要进一步验证 | 探索大脑皮层空间组织是否反映在神经元转录组特征中及其发育机制 | 小鼠前脑皮层神经元 | 神经科学 | NA | 原位测序,BARseq技术 | NA | 基因表达数据,空间转录组数据 | 1030万细胞,包括4,194,658个皮层神经元,覆盖9个小鼠前脑半球 | NA | 原位测序 | BARseq | 高通量原位测序技术,能够以细胞分辨率检测104种细胞类型标记基因的表达 |
2373 | 2025-10-06 |
Respiratory viral infection promotes the awakening and outgrowth of dormant metastatic breast cancer cells in lungs
2024-Apr-05, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-4210090/v1
PMID:38645169
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研究论文 | 本研究揭示呼吸道病毒感染通过IL-6依赖机制唤醒肺内休眠乳腺癌细胞并促进转移灶形成 | 首次证实呼吸道病毒可通过改变肿瘤微环境唤醒休眠癌细胞,并发现CD4 T细胞在维持转移负荷中的新作用 | 主要基于小鼠模型,人类观察数据仅为相关性证据 | 探究呼吸道病毒感染对休眠乳腺癌细胞激活和转移的影响机制 | 小鼠模型中的休眠乳腺癌细胞和人类癌症幸存者 | 癌症生物学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据、临床观察数据 | 小鼠实验模型及人类癌症幸存者队列 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
2374 | 2025-10-06 |
AMPK signaling inhibits the differentiation of myofibroblasts: impact on age-related tissue fibrosis and degeneration
2024-02, Biogerontology
IF:4.4Q1
DOI:10.1007/s10522-023-10072-9
PMID:37917219
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研究论文 | 本文探讨AMPK信号通路通过抑制肌成纤维细胞分化对年龄相关组织纤维化和退化的影响 | 揭示了AMPK信号通路作为肌成纤维细胞分化的有效抑制剂,并阐明其通过抑制TGF-β、NF-κB、STAT3和YAP/TAZ等信号通路发挥作用 | NA | 研究AMPK信号通路在年龄相关组织纤维化和退化中的作用机制 | 组织成纤维细胞、肌成纤维细胞及间充质细胞和髓系细胞 | 细胞生物学 | 年龄相关疾病 | 单细胞转录组研究 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
2375 | 2025-10-06 |
BIOINFORMATICS APPLICATIONS UNDER CONDITION CONTROL: HIGH DIAGNOSTIC VALUE OF DDX47 IN REAL MEDICAL SETTINGS
2024-01-01, Shock (Augusta, Ga.)
DOI:10.1097/SHK.0000000000002199
PMID:37553903
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研究论文 | 本研究提出基于真实医疗场景的条件控制方法,发现DDX47基因在脓毒症诊断中具有重要价值 | 开发了基于真实医疗场景的条件控制方法,通过逐步放宽限制识别独特的差异基因 | 研究仅包含三个数据集,样本量有限,且缺乏标准诊断金标准 | 探索基因表达谱在脓毒症诊断中的应用价值 | 脓毒症和脓毒性休克患者 | 生物信息学 | 脓毒症 | 基因表达谱分析,单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | 三个数据集,包括GEO数据库数据和华西医院2020-2021年ICU患者 | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
2376 | 2025-10-06 |
SINGLE-CELL TRANSCRIPTOME ANALYSIS IN HEALTH AND DISEASE
2024-01-01, Shock (Augusta, Ga.)
DOI:10.1097/SHK.0000000000002274
PMID:37962963
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综述 | 本文概述了单细胞转录组分析在健康和疾病研究中的应用现状 | 全面总结了单细胞转录组分析的技术优势、平台多样性和计算分析方法的发展 | 未涉及具体实验数据或案例研究,仅为方法论概述 | 探讨单细胞转录组分析在揭示健康和疾病状态下组织细胞多样性与复杂性的应用 | 各类生物组织中的单细胞 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
2377 | 2025-10-06 |
CONSTRUCTION OF SEPSIS DIAGNOSTIC MODELS AND IDENTIFICATION OF MACROPHAGE SUBPOPULATIONS BASED ON PYROPTOSIS-RELATED GENES
2023-07-01, Shock (Augusta, Ga.)
DOI:10.1097/SHK.0000000000002137
PMID:37179249
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研究论文 | 基于焦亡相关基因构建脓毒症诊断模型并鉴定巨噬细胞亚群 | 首次结合bulk RNA-seq和单细胞RNA-seq数据系统分析焦亡相关基因在脓毒症中的作用,并鉴定出与不良预后相关的gasdermin D巨噬细胞亚群 | 基于公共数据库的回顾性分析,需要进一步实验验证 | 研究焦亡在脓毒症中的潜在预后和诊断价值 | 脓毒症患者基因表达数据 | 生物信息学 | 脓毒症 | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | 逻辑回归, LASSO回归, 共识聚类分析 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
2378 | 2025-10-06 |
Single-cell sequencing on PBMCs from patients with HA and HB with inhibitors reveals different immune responses to FVIII and FIX
2025-Aug-12, Blood advances
IF:7.4Q1
DOI:10.1182/bloodadvances.2025015799
PMID:40402102
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研究论文 | 通过单细胞测序分析血友病A和血友病B伴抑制剂患者外周血单个核细胞的免疫应答差异 | 首次在单细胞水平比较血友病A和血友病B伴抑制剂患者对FVIII和FIX的不同免疫应答机制 | 样本量较小(各5例患者),需更大样本验证 | 探索血友病A和血友病B患者对FVIII和FIX的不同免疫应答机制 | 血友病A和血友病B伴抑制剂患者的外周血单个核细胞 | 单细胞组学 | 血友病 | 单细胞测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 5例HA患者和5例HB患者,共75,051个细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
2379 | 2025-10-06 |
DARLIN mouse for in vivo lineage tracing at high efficiency and clonal diversity
2025-08, Nature protocols
IF:13.1Q1
DOI:10.1038/s41596-025-01141-z
PMID:40119004
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研究论文 | 介绍DARLIN小鼠模型用于高效谱系追踪的逐步实验方案 | 整合三个条形码阵列并结合Cas9和TdT提高编辑多样性,理论上可产生10^10个独特谱系条形码 | 需要熟悉测序文库构建和Linux操作,单细胞分析中条形码回收率约70% | 开发高效谱系追踪技术研究组织发育和稳态中的细胞历史与动力学 | 小鼠模型中的细胞谱系 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序,bulk测序,CRISPR-Cas9编辑 | NA | 基因组测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
2380 | 2025-10-06 |
Single-Cell RNA-Seq Reveals Aging-Related Impairment of Microglial Efferocytosis Contributing to Apoptotic Cells Accumulation After Retinal Injury
2025-Aug, Aging cell
IF:8.0Q1
DOI:10.1111/acel.70097
PMID:40374315
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示衰老导致小胶质细胞清除凋亡细胞功能受损,造成视网膜损伤后凋亡细胞积累 | 首次在单细胞水平系统揭示衰老通过影响小胶质细胞清除凋亡细胞功能导致视网膜损伤后凋亡细胞积累的机制 | 研究主要基于小鼠模型,人类视网膜衰老的验证尚需进一步研究 | 阐明衰老对视网膜小胶质细胞清除凋亡细胞功能的影响及其机制 | 年轻和老年小鼠视网膜细胞,BV2小胶质细胞系 | 单细胞转录组学 | 年龄相关性视网膜疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 74,412个视网膜细胞来自年轻和老年小鼠 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |