单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
23761	2024-08-09	Single-cell sequencing links multiregional immune landscapes and tissue-resident T cells in ccRCC to tumor topology and therapy efficacy 2021-05-10, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2021.03.007 PMID:33861994	研究论文	本研究通过单细胞RNA和T细胞受体测序，分析了167,283个细胞，来自多个肿瘤区域、淋巴结、正常肾脏和外周血，以绘制透明细胞肾细胞癌（ccRCC）的免疫景观，并探讨了免疫异质性对临床结果的影响	首次通过单细胞测序技术，结合T细胞受体测序，全面描绘了ccRCC的免疫景观，并揭示了组织驻留T细胞和肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）与免疫检查点阻断（ICB）治疗反应的关联	研究样本仅来自六名患者，可能不足以代表所有ccRCC患者的免疫特征	探讨透明细胞肾细胞癌（ccRCC）中的免疫异质性及其对治疗效果的影响	ccRCC患者的肿瘤区域、淋巴结、正常肾脏和外周血中的细胞	数字病理学	肾细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA）和T细胞受体（TCR）测序	NA	细胞	167,283个细胞，来自六名患者
23762	2024-08-09	Early stem cell aging in the mature brain 2021-05-06, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2021.03.018 PMID:33848469	研究论文	本文研究了成年海马体中神经干细胞（NSC）行为受多种因素干扰的情况，并探讨了NSC老化机制及潜在干预措施。	首次揭示了短期NSC（ST-NSC）和长期NSC（LT-NSC）的不同老化模式，并识别了酪氨酸蛋白激酶Abl1作为NSC老化因子。	NA	旨在识别影响神经干细胞行为的早期机制，以促进生命后期组织功能的维持。	成年海马体中的神经干细胞（NSC）及其老化机制。	NA	NA	克隆追踪、单细胞转录组分析	NA	转录组数据	NA
23763	2024-08-09	Irx3 and Irx5 in Ins2-Cre+ cells regulate hypothalamic postnatal neurogenesis and leptin response 2021-05, Nature metabolism IF:18.9Q1 DOI:10.1038/s42255-021-00382-y PMID:33859429	研究论文	研究探讨了Irx3和Irx5基因在Ins2-Cre+细胞中的作用，以及它们如何影响下丘脑的产后神经发生和瘦素反应	发现了早期产后下丘脑中表达Irx3和Irx5的高水平放射状胶质样神经干细胞群，并证明了Irx3和Irx5的减少剂量促进产后下丘脑的神经发生	NA	探究Irx3和Irx5基因如何通过改变食物摄入量来影响肥胖	Irx3和Irx5基因在Ins2-Cre+细胞中的作用	NA	肥胖	单细胞RNA测序	NA	RNA	Irx3和Irx5基因突变的双重杂合子小鼠
23764	2024-08-09	Applications of single-cell and bulk RNA sequencing in onco-immunology 2021-05, European journal of cancer (Oxford, England : 1990) DOI:10.1016/j.ejca.2021.03.005 PMID:33866228	综述	本文综述了单细胞和常规（bulk）RNA测序在肿瘤免疫学中的应用，介绍了数据预处理、统计分析方法以及相关的计算挑战	提供了基因表达分析的实例，如差异表达分析、降维、聚类和富集分析，并展示了如何使用去卷积算法从bulk或单细胞RNA-seq中识别和量化多种免疫亚群	讨论了单细胞和bulk RNA-seq在临床应用中的优缺点	探讨RNA测序技术在肿瘤免疫学中的应用潜力，特别是在免疫治疗反应中的分子机制识别	单细胞和bulk RNA-seq技术在肿瘤免疫学中的应用	NA	NA	RNA测序（RNA-seq）	机器学习和深度学习模型	RNA-seq数据	使用公开数据集进行示例分析
23765	2024-08-09	Author Correction to: Single-cell RNA-seq reveals a concomitant delay in differentiation and cell cycle of aged hematopoietic stem cells 2021-Apr-16, BMC biology IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s12915-021-01005-4 PMID:33863333	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
23766	2024-08-09	Rituximab-resistant splenic memory B cells and newly engaged naive B cells fuel relapses in patients with immune thrombocytopenia 2021-04-14, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.abc3961 PMID:33853929	研究论文	研究揭示了在免疫性血小板减少症患者中，利妥昔单抗治疗后复发的细胞基础，特别是涉及记忆B细胞和新生幼稚B细胞的作用。	通过单细胞RNA测序分析，识别出一种特殊的静息状态脾记忆B细胞，这些细胞具有独特的、可逆的利妥昔单抗耐药表型，为治疗提供了新的靶点。	NA	探究利妥昔单抗治疗后免疫性血小板减少症患者复发的细胞机制。	免疫性血小板减少症患者中的记忆B细胞和幼稚B细胞。	免疫学	免疫性血小板减少症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因组数据	具体样本数量未在摘要中提及
23767	2024-08-09	Prediction of single-cell mechanisms for disease progression in hypertrophic remodelling by a trans-omics approach 2021-04-14, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-021-86821-y PMID:33854108	研究论文	本研究提出了一种跨组学方法，通过整合单细胞RNA测序、ChIP-seq和基因相互作用组数据，预测心力衰竭的分子病理机制并识别区分异质表型的标记基因	本研究首次采用跨组学方法，结合多种组学数据，揭示了心力衰竭中Nppa表达水平与线粒体电子传递系统相关基因的负相关性	NA	预测心力衰竭的分子病理机制并识别标记基因	心力衰竭的分子机制和标记基因	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序, ChIP-seq	NA	基因相互作用组数据	NA
23768	2024-08-09	Mouse aging cell atlas analysis reveals global and cell type-specific aging signatures 2021-04-13, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.62293 PMID:33847263	研究论文	本研究利用Tabula Muris Senis单细胞RNA测序数据集，系统地描述了小鼠中多种细胞类型在衰老过程中的基因表达变化。	研究发现了衰老相关的基因在多个组织细胞类型中表达变化的一致性，表明了生物体水平的协调性衰老行为，并能够从转录组角度对比不同组织和细胞类型的衰老状态。	NA	系统地描述小鼠中多种细胞类型在衰老过程中的基因表达变化。	小鼠的76种组织细胞类型在衰老过程中的基因表达变化。	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	76种组织细胞类型来自23种组织
23769	2024-08-09	Single-cell transcriptomics reveals involution mimicry during the specification of the basal breast cancer subtype 2021-04-13, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2021.108945 PMID:33852842	研究论文	本研究利用无偏倚的液滴单细胞RNA测序技术，揭示了在乳腺基底癌亚型分化过程中肿瘤进展的细胞基础	发现基底样癌细胞模仿怀孕后指定的乳腺小叶系，并包含异常的断奶后发育程序，触发肿瘤微环境重塑和转移扩散	NA	阐明乳腺基底癌亚型分化过程中的肿瘤进展机制	乳腺基底癌亚型的肿瘤进展	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	使用MMTV-PyMT乳腺肿瘤模型
23770	2024-08-09	Single-cell transcriptomics identifies gene expression networks driving differentiation and tumorigenesis in the human fallopian tube 2021-04-13, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2021.108978 PMID:33852846	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序分析了12个正常输卵管样本中的约53,000个细胞，揭示了输卵管上皮的细胞组成和分化轨迹，并识别出高级别浆液性卵巢癌的可能前体细胞状态	首次详细描绘了人类输卵管的细胞组成和上皮细胞的分化轨迹，并确定了高级别浆液性卵巢癌的一个潜在前体细胞状态	NA	揭示人类输卵管的细胞组成和上皮细胞的分化过程，并探索高级别浆液性卵巢癌的细胞起源	人类输卵管的细胞组成和上皮细胞的分化过程	数字病理学	卵巢癌	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	约53,000个细胞来自12个正常输卵管样本
23771	2024-08-09	Complement C5a promotes antigen cross-presentation by Peyer's patch monocyte-derived dendritic cells and drives a protective CD8+ T cell response 2021-04-13, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2021.108995 PMID:33852847	研究论文	本研究探讨了补体片段C5a在Peyer's patch中通过单核细胞衍生的树突状细胞促进抗原交叉呈递，并驱动保护性CD8+ T细胞反应的机制	首次揭示了C5a通过C5aR LysoDCs增加活性氧水平，从而有效促进抗原交叉呈递和特异性CD8 T细胞反应	NA	探索C5a在黏膜适应性免疫诱导中的作用及其调控CD8 T细胞反应的机制	Peyer's patch中的C5aR LysoDCs及其在CD8 T细胞免疫诱导中的作用	免疫学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	C5缺陷小鼠
23772	2024-08-09	Uncovering transcriptional dark matter via gene annotation independent single-cell RNA sequencing analysis 2021-04-12, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-021-22496-3 PMID:33846360	研究论文	本文介绍了一种新的单细胞RNA测序分析方法，该方法能够在缺乏高质量基因组注释的情况下，发现生物学上相关的转录活性区域	开发了一种新的单细胞RNA测序分析流程，能够识别并注释基因组注释范围之外的转录活性区域，从而揭示传统方法无法检测到的生物学信息	NA	克服基因组注释不完整的问题，发现新的转录活性区域	人类、小鼠、鸡、鼹鼠、狐猴和海胆的基因组	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	涉及多种生物样本，包括人类、小鼠、鸡、鼹鼠、狐猴和海胆
23773	2024-08-09	A flexible microfluidic system for single-cell transcriptome profiling elucidates phased transcriptional regulators of cell cycle 2021-04-12, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-021-86070-z PMID:33846365	研究论文	本文介绍了一种灵活、成本效益高且用户友好的基于液滴的微流控系统，名为Nadia Instrument，用于单细胞转录组分析，能够在一个运行中捕获约50,000个单细胞或单个细胞核的3' mRNA。	该系统展示了高度可重复的液滴大小、低双峰率和高的mRNA捕获效率，并且通过与Nadia Innovate结合，可以转变为一个适应性强的设置，使用不同的缓冲液和条形码珠配置，以促进多样化的应用。	NA	展示该系统在不同细胞周期阶段对人和小鼠细胞进行3' mRNA分析的能力，以区分不同的细胞群体并推断潜在的转录调控网络。	单细胞转录组分析	生物技术	NA	微流控技术	NA	转录组数据	约50,000个单细胞或单个细胞核
23774	2024-08-09	Investigating Mechanisms of Response or Resistance to Immune Checkpoint Inhibitors by Analyzing Cell-Cell Communications in Tumors Before and After Programmed Cell Death-1 (PD-1) Targeted Therapy: An Integrative Analysis Using Single-cell RNA and Bulk-RNA Sequencing Data 2021-04-02, Oncoimmunology IF:6.5Q1 DOI:10.1080/2162402X.2021.1908010 PMID:33868792	研究论文	本研究通过分析单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，探讨了程序性细胞死亡-1（PD-1）靶向治疗前后肿瘤细胞间通讯的差异，以揭示抗PD-1治疗的响应和耐药机制	研究揭示了抗PD-1治疗响应的机制，并提供了改善免疫治疗的潜在策略	NA	探讨抗PD-1治疗的响应和耐药机制	肿瘤细胞在抗PD-1治疗前后的细胞间通讯	数字病理学	NA	单细胞RNA测序，批量RNA测序	NA	RNA测序数据	治疗前后的样本
23775	2024-08-09	Vascular smooth muscle-derived Trpv1+ progenitors are a source of cold-induced thermogenic adipocytes 2021-04, Nature metabolism IF:18.9Q1 DOI:10.1038/s42255-021-00373-z PMID:33846638	研究论文	本文识别了Trpv1血管平滑肌细胞作为先前未被发现的产热脂肪细胞前体细胞，并展示了其在冷暴露下增殖和分化为高度产热脂肪细胞的过程。	本文首次发现并证明了Trpv1血管平滑肌细胞作为产热脂肪细胞的新来源。	NA	研究冷诱导产热脂肪细胞的确切来源。	棕色脂肪组织（BAT）和米色脂肪中的Trpv1血管平滑肌细胞。	NA	肥胖和代谢紊乱	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
23776	2024-08-09	CytoTalk: De novo construction of signal transduction networks using single-cell transcriptomic data 2021-04, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.abf1356 PMID:33853780	研究论文	本文介绍了一种名为CytoTalk的方法，用于利用单细胞转录组数据从头构建细胞类型特异性的信号传导网络	CytoTalk通过集成细胞内和细胞间基因网络，并使用奖赏收集Steiner森林算法识别候选路径，相比现有算法有显著改进	NA	旨在通过单细胞技术提高信号传导研究的分辨率，并探索信号网络在不同组织和发育阶段的可塑性	单细胞转录组数据，特别是巨噬细胞和内皮细胞在人类成体和胎儿组织中的信号传导网络	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	奖赏收集Steiner森林算法	转录组数据	涉及人类成体和胎儿组织的巨噬细胞和内皮细胞
23777	2024-08-09	Single-Cell Transcriptomics and In Situ Morphological Analyses Reveal Microglia Heterogeneity Across the Nigrostriatal Pathway 2021, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2021.639613 PMID:33854507	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序和免疫荧光分析，揭示了黑质纹状体通路中微胶质细胞的异质性	发现了在黑质中主要存在的一种微胶质细胞亚群，显示出内在的转录免疫警戒特征，并与炎症诱导的微胶质细胞共享特征	NA	旨在研究帕金森病易感脑区黑质纹状体通路中微胶质细胞的异质性	微胶质细胞在黑质纹状体通路中的异质性	数字病理学	帕金森病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	使用小鼠黑质纹状体通路样本
23778	2024-08-09	Unraveling Heterogeneity of Tumor Cells and Microenvironment and Its Clinical Implications for Triple Negative Breast Cancer 2021, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2021.557477 PMID:33854958	研究论文	本研究旨在系统地表征三阴性乳腺癌（TNBC）的肿瘤异质性，通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）分析肿瘤细胞及其微环境的异质性，并探讨其临床意义。	本研究通过整合两个数据集并使用Seurat包进行细胞聚类分析，揭示了TNBC中五种细胞类型的功能异质性及其在细胞间通讯网络中的作用，特别是免疫细胞在TNBC中的异质性及其与临床特征的相关性。	NA	系统表征三阴性乳腺癌的肿瘤异质性及其临床意义	三阴性乳腺癌（TNBC）的肿瘤细胞及其微环境	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	Seurat包	RNA-seq数据	58个正常邻近组织和101个TNBC组织
23779	2024-08-09	Transcriptome Profiling of the Ovarian Cells at the Single-Cell Resolution in Adult Asian Seabass 2021, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2021.647892 PMID:33855024	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了成年亚洲海鲈卵巢中几种不同细胞群体的分子特征	首次在性逆转鱼类物种中对卵巢细胞进行单细胞RNA测序分析，并比较了果蝇、哺乳动物和鱼类的转录组特征，揭示了卵巢发育中分子机制的保守性和差异性	NA	研究鱼类配子发生和性腺发育的分子机制	亚洲海鲈成年卵巢细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组	几种不同细胞群体的成年亚洲海鲈卵巢细胞
23780	2024-08-09	Single-cell transcriptomic profiling provides insights into the toxic effects of Zearalenone exposure on primordial follicle assembly 2021, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.58433 PMID:33859742	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序技术，探讨了玉米赤霉烯酮（ZEN）暴露对小鼠原始卵泡组装的影响	首次在单细胞水平上揭示了ZEN暴露对原始卵泡形成过程中细胞发育轨迹和细胞间通信网络的扰动，特别是Hippo信号通路的影响	NA	研究ZEN暴露对小鼠原始卵泡组装的影响及其分子机制	小鼠的原始卵泡组装	数字病理学	生殖健康	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组	从16.5天交配后（dpc）到出生后第3天（PD3）的小鼠卵巢组织