单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 28063 篇文献，本页显示第 23741 - 23760 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 23741 | 2024-08-08 |
ScRNA-seq revealed the kinetic of nasopharyngeal immune responses in asymptomatic COVID-19 carriers
2021-Jul-27, Cell discovery
IF:13.0Q1
DOI:10.1038/s41421-021-00294-x
PMID:34315869
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 23742 | 2024-08-08 |
Dimensionality reduction by UMAP reinforces sample heterogeneity analysis in bulk transcriptomic data
2021-07-27, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2021.109442
PMID:34320340
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研究论文 | 本文比较了四种主要降维方法（PCA、MDS、t-SNE和UMAP）在分析71个大型bulk转录组数据集中的应用，发现UMAP在区分批次效应、识别预定义生物组和揭示二维空间中的深入聚类方面优于其他方法 | 首次将UMAP应用于bulk转录组数据分析，并展示了其在增强样本异质性分析方面的优势 | NA | 比较不同降维方法在bulk转录组数据分析中的效果 | bulk转录组数据集 | 生物信息学 | NA | 转录组分析 | UMAP | 转录组数据 | 71个大型bulk转录组数据集 |
| 23743 | 2024-08-08 |
[Gene expression profiles of myopic mouse scleral fibroblasts: a bioinformatics analysis based on single-cell RNA sequencing]
2021-Jul-20, Nan fang yi ke da xue xue bao = Journal of Southern Medical University
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术探讨了近视后小鼠巩膜成纤维细胞基因表达谱的变化及其功能机制 | 首次使用单细胞RNA测序技术分析近视小鼠巩膜成纤维细胞的基因表达变化，并深入探讨了炎症、缺氧、蛋白质调控及内质网应激相关基因表达和通路调控的复杂机制 | NA | 研究近视后小鼠巩膜成纤维细胞基因表达谱的变化，并探索其功能障碍的机制 | 小鼠巩膜成纤维细胞 | 数字病理学 | 近视 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | 6只C57BL/6J小鼠分为对照组和近视模型组，每组6只 |
| 23744 | 2024-08-08 |
Characterizing dedifferentiation of thyroid cancer by integrated analysis
2021-Jul, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.abf3657
PMID:34321197
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，对甲状腺癌的异质性和分化过程进行了深入分析 | 首次在单细胞分辨率下描绘了甲状腺癌的分化过程及其抑制性免疫微环境，并揭示了CREB3L1在甲状腺癌分化相关通路中的潜在驱动作用 | NA | 深入理解甲状腺癌的去分化过程及其对患者预后的影响 | 甲状腺癌的异质性、分化过程及其分子机制 | 数字病理学 | 甲状腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 46,205个细胞 |
| 23745 | 2024-08-08 |
A single-cell type transcriptomics map of human tissues
2021-07, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.abh2169
PMID:34321199
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研究论文 | 本文结合单细胞转录组学分析和空间抗体为基础的蛋白质组学，创建了人类组织的高分辨率单细胞类型图谱 | 本文创新性地推出了一个开放访问图谱，允许研究人员探索192个单细胞类型簇中人类蛋白质编码基因的表达 | NA | 旨在绘制人类体内细胞、组织和器官的基因表达图谱 | 人类组织的单细胞类型转录组 | 生物信息学 | NA | 单细胞转录组学分析 | NA | 转录组数据 | 192个单细胞类型簇 |
| 23746 | 2024-08-08 |
Direct identification of neoantigen-specific TCRs from tumor specimens by high-throughput single-cell sequencing
2021-07, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2021-002595
PMID:34321276
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研究论文 | 本文通过高通量单细胞测序技术，直接从肿瘤样本中识别新抗原特异性T细胞受体（TCR） | 开发了一种新的流程，利用高通量单细胞测序技术从肿瘤样本中分离新抗原特异性TCR序列 | NA | 研究T细胞介导的免疫治疗反应，并开发基于T细胞的肿瘤特异性突变治疗方法 | 新抗原特异性T细胞受体（TCR） | 数字病理学 | 黑色素瘤，结直肠癌 | 高通量单细胞测序 | NA | TCR序列 | 从三个黑色素瘤和三个结直肠癌肿瘤样本中分离出28个新抗原特异性TCR |
| 23747 | 2024-08-08 |
Combining single-cell sequencing to identify key immune genes and construct the prognostic evaluation model for colon cancer patients
2021-07, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.465
PMID:34323426
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 23748 | 2024-08-08 |
A Single-Cell Atlas of Lymphocyte Adaptive Immune Repertoires and Transcriptomes Reveals Age-Related Differences in Convalescent COVID-19 Patients
2021, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2021.701085
PMID:34322127
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研究论文 | 本文利用单细胞测序技术分析了康复期COVID-19患者不同年龄组的淋巴细胞适应性免疫库和转录组 | 首次详细描述了不同年龄康复期COVID-19患者T细胞和B细胞的免疫受体库和转录组的组成差异 | NA | 研究康复期COVID-19患者适应性免疫反应的年龄相关差异 | 康复期COVID-19患者的T细胞和B细胞免疫库及转录组 | NA | COVID-19 | 单细胞测序 | NA | 单细胞数据 | 多个康复期COVID-19患者样本，包括年轻组（平均年龄31岁）和老年组（平均年龄66.8岁） |
| 23749 | 2024-08-08 |
Exploiting Single-Cell Tools in Gene and Cell Therapy
2021, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2021.702636
PMID:34322133
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综述 | 本文综述了单细胞分子工具的最新进展及其在基因和细胞治疗中的应用 | 介绍了单细胞多组学与单细胞功能输出和/或物理位置的整合，以及CRISPR技术在细胞调控中的新应用 | NA | 探讨单细胞分子筛选和单细胞多组学在临床应用中的发展，以及其在细胞和基因治疗中的潜在应用 | 单细胞分子工具、单细胞多组学、空间转录组学和蛋白质组学 | 基因和细胞治疗 | NA | 单细胞测序、CRISPR技术、空间转录组学和蛋白质组学 | NA | 基因组、转录组、表观基因组和蛋白质组数据 | NA |
| 23750 | 2024-08-08 |
Single-Cell Sequencing to Identify Six Heat Shock Protein (HSP) Genes-Mediated Progression Subtypes of Clear Cell Renal Cell Carcinoma
2021, International journal of general medicine
IF:2.1Q2
DOI:10.2147/IJGM.S318271
PMID:34326662
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研究论文 | 本研究利用单细胞测序数据，通过Cytoscape软件识别了与透明细胞肾细胞癌（ccRCC）进展相关的六个热休克蛋白（HSP）基因，并基于这些基因的表达对TCGA患者进行了亚型分类。 | 首次基于六个HSP基因揭示了ccRCC的两个分子亚型，并发现了这两个亚型在临床预后、免疫浸润和药物敏感性方面的显著差异。 | NA | 揭示透明细胞肾细胞癌基于热休克蛋白基因的分子亚型及其临床和免疫学特征。 | 透明细胞肾细胞癌（ccRCC）及其分子亚型。 | 数字病理学 | 肾癌 | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | 使用了来自Gene Expression Omnibus（GEO）数据仓库的ccRCC单细胞测序数据集，以及The Cancer Genome Atlas（TCGA）的患者数据。 |
| 23751 | 2024-08-08 |
Single-cell transcriptomics reveals heterogeneous progression and EGFR activation in pancreatic adenosquamous carcinoma
2021, International journal of biological sciences
IF:8.2Q1
DOI:10.7150/ijbs.58886
PMID:34326696
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了胰腺腺鳞癌的异质性进展和EGFR激活 | 首次揭示了胰腺腺鳞癌中细胞亚群的异质性，并定义了癌症相关信号通路和细胞间相互作用 | NA | 探究胰腺腺鳞癌的异质性及其分子机制 | 胰腺腺鳞癌的细胞亚群及其分子特征 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 9,887个单细胞 |
| 23752 | 2024-08-08 |
Single Cell Transcriptomics of Ependymal Cells Across Age, Region and Species Reveals Cilia-Related and Metal Ion Regulatory Roles as Major Conserved Ependymal Cell Functions
2021, Frontiers in cellular neuroscience
IF:4.2Q2
DOI:10.3389/fncel.2021.703951
PMID:34335193
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序数据，探讨了不同年龄、区域和物种中室管膜细胞的基因特征及其保守功能 | 发现室管膜细胞在金属离子稳态中的未被充分研究的角色，并揭示了其在神经系统不同区域和年龄段的基因表达差异 | NA | 揭示室管膜细胞在不同条件下的基因表达特征及其保守功能 | 室管膜细胞 | 数字病理学 | 发育障碍, 癌症, 神经退行性疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 来自公开数据库的多个样本 |
| 23753 | 2024-08-08 |
Creation of a Single Cell RNASeq Meta-Atlas to Define Human Liver Immune Homeostasis
2021, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2021.679521
PMID:34335581
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研究论文 | 本研究旨在通过整合多个单细胞RNA测序数据集，创建一个人类肝脏免疫稳态的元图谱，以定义健康人肝脏中免疫细胞亚群的主要表型 | 本研究提出了一种新颖的方法，通过元分析单细胞RNA测序数据，广泛定义人类肝脏免疫稳态的特征 | 当不同研究组使用不同的数据模型、标准和处理方法生成单细胞RNA数据时，从聚合数据中得出有意义的结论可能具有挑战性 | 建立一种方法，通过分析不同研究间的异质性并使用元图谱定义免疫细胞亚群的主要表型，来整合人类肝脏的单细胞RNA测序数据集 | 人类肝脏的单细胞RNA测序数据集 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA seq） | NA | 转录组数据 | 17名患者的肝脏样本，约32,000个细胞 |
| 23754 | 2024-08-08 |
Mechanistic models of signaling pathways deconvolute the glioblastoma single-cell functional landscape
2020-Jun, NAR cancer
IF:3.4Q2
DOI:10.1093/narcan/zcaa011
PMID:34316686
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研究论文 | 本文通过信号通路的机制模型，揭示了胶质母细胞瘤单细胞水平上的复杂功能景观 | 首次描述了单个细胞如何通过替代VEGFA来避免靶向治疗效果的机制，解释了某些细胞对治疗的固有抵抗性 | NA | 研究单细胞RNA测序揭示的基因表达异质性的功能后果及其对细胞群体集体行为的影响 | 胶质母细胞瘤细胞的信号通路活动和靶向药物抑制效果 | 数字病理学 | 脑癌 | 单细胞RNA测序 | 机制模型 | 基因表达数据 | 不同簇的胶质母细胞瘤细胞 |
| 23755 | 2024-08-08 |
scRAE: Deterministic Regularized Autoencoders With Flexible Priors for Clustering Single-Cell Gene Expression Data
2022 Sep-Oct, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics
DOI:10.1109/TCBB.2021.3098394
PMID:34288873
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研究论文 | 本文提出了一种改进的正则化自编码器框架（scRAE），用于单细胞RNA测序数据的有效聚类 | scRAE包含一个确定性的自编码器和一个灵活的可学习先验生成网络，共同训练，以在潜在空间中更好地权衡偏差和方差 | NA | 解决单细胞RNA测序数据聚类中的统计和计算挑战 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 正则化自编码器（RAE） | 自编码器（AE） | 基因表达数据 | 多个真实世界的单细胞基因表达数据集 |
| 23756 | 2024-08-08 |
i2dash: Creation of Flexible, Interactive, and Web-based Dashboards for Visualization of Omics Data
2022-06, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1016/j.gpb.2021.01.007
PMID:34280547
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研究论文 | 本文介绍了一个名为i2dash的R包，用于程序化创建自定义的网络化、交互式仪表盘，以可视化组学数据 | i2dash支持跨预定义图形布局的交互式和响应式可视化，并能与任何基于R的分析管道兼容，促进了数据可视化与数据分析任务的分离 | NA | 开发一种工具，用于简化组学数据处理管道与动态生成交互式仪表盘的结合 | 组学数据的可视化和交互式探索 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 组学数据 | NA |
| 23757 | 2024-08-08 |
Exploring the role of autophagy during early human embryonic development through single-cell transcriptome and methylome analyses
2022-05, Science China. Life sciences
DOI:10.1007/s11427-021-1948-1
PMID:34302606
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组和甲基组分析，系统探讨了自噬在早期人类胚胎发育中的作用 | 首次全面揭示了自噬在早期人类胚胎发育中的特征 | NA | 探索自噬在早期人类胚胎发育中的调控作用 | 早期人类胚胎细胞中的自噬相关基因 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组和甲基组分析 | NA | 转录组和甲基组数据 | 365个细胞的转录组数据和265个细胞的甲基组数据 |
| 23758 | 2024-08-08 |
Exploring the choroidal vascular labyrinth and its molecular and structural roles in health and disease
2022-03, Progress in retinal and eye research
IF:18.6Q1
DOI:10.1016/j.preteyeres.2021.100994
PMID:34280556
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综述 | 本文综述了脉络膜在生理和病理生理机制中的作用，特别是脉络膜内皮细胞（CECs）的角色 | 讨论了CECs的表型特性、亚群以及从尸检眼中提取的原代CEC培养物中测量转录组学的价值 | 对于这些脉络膜视网膜疾病的临床特征和分子途径的理解仍然相对有限 | 深入了解脉络膜的特定临床和分子特性，以揭示广泛的脉络膜视网膜疾病的发病机制 | 脉络膜及其在健康和疾病中的分子和结构作用 | NA | 脉络膜视网膜疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组学数据 | 从尸检眼中提取的原代CEC培养物 |
| 23759 | 2024-08-08 |
Identification and characterization of relapse-initiating cells in MLL-rearranged infant ALL by single-cell transcriptomics
2022-01, Leukemia
IF:12.8Q1
DOI:10.1038/s41375-021-01341-y
PMID:34304246
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析了MLL重排婴儿急性淋巴细胞白血病（MLL-r iALL）中对糖皮质激素药物泼尼松的反应，以识别和表征复发启动细胞 | 首次通过单细胞RNA测序技术量化了对治疗敏感和抵抗的癌细胞群体，以更好地预测个体患者的未来复发情况 | NA | 旨在通过单细胞RNA测序技术识别和表征MLL-r iALL中的复发启动细胞，以改善风险分层和理解白血病治疗抵抗亚群 | MLL重排婴儿急性淋巴细胞白血病中的复发启动细胞 | 数字病理学 | 白血病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 诊断性骨髓和外周血样本 |
| 23760 | 2024-08-08 |
FlowGrid enables fast clustering of very large single-cell RNA-seq data
2021-12-22, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btab521
PMID:34289014
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研究论文 | 本文介绍了一个名为FlowGrid的开源Python包，用于对大规模单细胞RNA测序数据进行快速聚类 | FlowGrid采用了一种快速基于密度的聚类算法，并引入了新的自动参数调整过程，能够在保持高聚类准确性的同时显著减少运行时间 | NA | 开发可扩展的聚类算法以分析大规模单细胞RNA测序数据 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 基于密度的聚类算法 | 基因表达数据 | 数百万个细胞 |