单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 28099 篇文献，本页显示第 23741 - 23760 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 23741 | 2024-08-08 |
Sc-compReg enables the comparison of gene regulatory networks between conditions using single-cell data
2021-08-06, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-021-25089-2
PMID:34362918
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研究论文 | 提出了一种名为sc-compReg的方法，用于比较两种条件下使用单细胞基因表达和染色质可及性数据构建的基因调控网络 | 开发了sc-compReg软件，能够联合聚类和嵌入来自scRNA-seq和scATAC-seq的细胞，并构建两种条件下的差异调控网络 | NA | 比较疾病与健康个体或两种不同治疗之间的基因调控网络 | 慢性淋巴细胞白血病（CLL）患者与健康对照的基因调控网络 | 生物信息学 | 白血病 | scRNA-seq, scATAC-seq | NA | 基因表达数据, 染色质可及性数据 | 单个CLL患者与健康对照 |
| 23742 | 2024-08-08 |
Viral vector-mediated reprogramming of the fibroblastic tumor stroma sustains curative melanoma treatment
2021-08-05, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-021-25057-w
PMID:34354077
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研究论文 | 研究通过病毒载体介导的纤维母细胞瘤基质重编程，探讨其在黑色素瘤治疗中的作用 | 首次展示了通过病毒载体表达黑色素细胞分化抗原，实现对黑色素瘤的长期控制，并揭示了特定纤维母细胞亚群在肿瘤微环境中的免疫刺激作用 | NA | 探讨病毒载体介导的纤维母细胞瘤基质重编程在黑色素瘤治疗中的作用 | 纤维母细胞瘤基质细胞和黑色素瘤 | NA | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 小鼠模型 |
| 23743 | 2024-08-08 |
Dysregulated hematopoiesis in bone marrow marks severe COVID-19
2021-Aug-04, Cell discovery
IF:13.0Q1
DOI:10.1038/s41421-021-00296-9
PMID:34349096
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研究论文 | 本研究使用单细胞RNA测序技术分析了COVID-19患者骨髓单个核细胞，发现严重病例中存在造血干细胞G1期占优势且易凋亡，以及未成熟髓系祖细胞积累和淋巴系祖细胞显著减少的现象。 | 首次揭示了严重COVID-19患者骨髓中造血干细胞的异常状态及其对下游祖细胞分化的影响。 | 研究样本仅包括COVID-19患者，未涉及健康对照组的骨髓细胞分析。 | 探讨严重COVID-19患者中造血干细胞如何影响外周淋巴和髓系细胞的功能障碍。 | COVID-19患者的骨髓单个核细胞。 | 数字病理学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 具体样本数量未在摘要中提及 |
| 23744 | 2024-08-08 |
Development and validation of an intra-tumor heterogeneity-related signature to predict prognosis of bladder cancer: a study based on single-cell RNA-seq
2021-08-02, Aging
DOI:10.18632/aging.203353
PMID:34339395
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研究论文 | 本研究基于单细胞RNA测序数据，开发并验证了一种与膀胱癌内肿瘤异质性相关的预后标志物 | 首次基于单细胞RNA测序数据构建了与膀胱癌内肿瘤异质性相关的预后模型 | NA | 开发和验证一种新的预后标志物，用于预测膀胱癌的预后 | 膀胱癌的内肿瘤异质性 | 数字病理学 | 膀胱癌 | 单细胞RNA测序 | Lasso和多元Cox回归模型 | 基因数据 | 分析了2075个细胞，评估了396个病例，并在训练和外部验证数据集中进行了验证 |
| 23745 | 2024-08-08 |
Differential gene regulation in DAPT-treated Hydra reveals candidate direct Notch signalling targets
2021-08-01, Journal of cell science
IF:3.3Q3
DOI:10.1242/jcs.258768
PMID:34346482
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研究论文 | 本研究通过RNA测序和启动子分析，探讨了在Hydra中使用Notch抑制剂DAPT处理后基因表达的变化，以及Notch信号通路在头部模式形成和间质细胞分化中的分子机制 | 本研究首次在Hydra中识别出Notch信号通路的直接调控基因，并提出了Sp5和HyAlx作为潜在的直接Notch目标基因 | NA | 理解Notch信号通路在Hydra头部模式形成和间质细胞分化中的分子机制 | Hydra中的Notch信号通路及其调控基因 | 分子生物学 | NA | RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 23746 | 2024-08-08 |
SCITO-seq: single-cell combinatorial indexed cytometry sequencing
2021-08, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-021-01222-3
PMID:34354295
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研究论文 | 本文介绍了一种名为SCITO-seq的工作流程，该流程利用splint寡核苷酸实现对DNA条形码抗体的组合索引单细胞测序 | SCITO-seq通过编码样品条形码到splint寡核苷酸中，实现了与质谱流式细胞术相当的细胞组成和表面蛋白表达的可靠估计，并扩展了其与商业DNA条形码抗体的兼容性以及同一细胞中转录组和表面蛋白的同时表达分析 | NA | 开发一种灵活且超高吞吐量的基于测序的单细胞蛋白和多模态分析平台 | 单细胞表面分子标记的蛋白质丰度 | 单细胞测序 | NA | 单细胞测序 | NA | 蛋白质表达数据 | 每个反应超过10个细胞 |
| 23747 | 2024-08-08 |
Keratin Profiling by Single-Cell RNA-Sequencing Identifies Human Prostate Stem Cell Lineage Hierarchy and Cancer Stem-Like Cells
2021-Jul-28, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms22158109
PMID:34360875
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研究论文 | 本文利用单细胞RNA测序技术分析了前列腺球中的上皮细胞谱系层次结构，并通过角蛋白分析识别了人类前列腺干细胞谱系层次和癌症干细胞样细胞 | 首次通过单细胞RNA测序技术对前列腺干细胞及其后代祖细胞进行角蛋白分析，揭示了干细胞和癌症相关通路的富集 | NA | 阐明人类前列腺干细胞谱系层次和癌症干细胞样细胞的角蛋白特征，以促进前列腺癌症干细胞样细胞的鉴定和治疗靶向 | 人类前列腺干细胞及其后代祖细胞 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 多个前列腺干细胞和祖细胞集群 |
| 23748 | 2024-08-08 |
Single-Cell Transcriptome Profiling Simulation Reveals the Impact of Sequencing Parameters and Algorithms on Clustering
2021-Jul-19, Life (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/life11070716
PMID:34357088
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研究论文 | 本文通过单细胞转录组测序数据模拟，评估了测序参数和算法对细胞聚类的影响 | 开发了一种模拟程序SSCRNA，用于生成原始数据，并评估了不同算法和测序深度对聚类准确性的影响 | NA | 研究单细胞RNA测序中的参数和算法对细胞聚类的影响 | 单细胞转录组测序数据及其分析算法 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq | K-means, Louvain | 转录组数据 | NA |
| 23749 | 2024-08-08 |
Single-Cell Transcriptomics-Based Study of Transcriptional Regulatory Features in the Mouse Brain Vasculature
2021, BioMed research international
IF:2.6Q3
DOI:10.1155/2021/7643209
PMID:34337051
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研究论文 | 本研究基于单细胞转录组数据构建了小鼠脑血管细胞的转录调控网络 | 利用改进的SCENIC方法构建基因调控网络，并通过单细胞RNA测序数据分析小鼠脑血管细胞的异质性 | NA | 研究小鼠脑部血管健康与功能的关系，并探索脑血管细胞的发育过程 | 小鼠脑部血管细胞的转录调控特征 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序 | SCENIC方法 | 转录组数据 | 小鼠脑部血管细胞的单细胞RNA测序数据集 |
| 23750 | 2024-08-08 |
Single-Cell RNA Sequencing of Ovarian Cancer: Promises and Challenges
2021, Advances in experimental medicine and biology
DOI:10.1007/978-3-030-73359-9_7
PMID:34339033
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review | 本文综述了单细胞RNA测序技术在卵巢癌研究中的进展、方法、数据分析及其潜在应用 | 利用单细胞RNA测序技术来表征罕见亚群的基因表达，可能为卵巢癌识别新的治疗靶点和途径 | NA | 探讨单细胞RNA测序技术在卵巢癌中的应用潜力 | 卵巢癌中的癌细胞、免疫细胞和基质细胞亚群 | digital pathology | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 23751 | 2024-08-08 |
Mapping Angiopoietin1 Expression in the Developing and Adult Brain
2021, Developmental neuroscience
IF:2.3Q3
DOI:10.1159/000518351
PMID:34348288
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研究论文 | 本文通过使用Angpt1-GFP敲入报告小鼠和多个单细胞RNA测序数据集的系统分析，描绘了Angiopoietin1（Angpt1）在发育中和成年大脑中的表达模式 | 首次详细描述了Angpt1在发育中和成年大脑中的细胞类型特异性表达模式 | NA | 阐明Angpt1在发育中和成年大脑中的细胞类型特异性表达，并为未来研究其在脑发育、稳态和病理条件中的功能提供指导 | Angiopoietin1在发育中和成年大脑中的表达 | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | Angpt1-GFP敲入报告小鼠 |
| 23752 | 2024-08-08 |
New Insights From Single-Cell Sequencing Data: Synovial Fibroblasts and Synovial Macrophages in Rheumatoid Arthritis
2021, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2021.709178
PMID:34349767
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研究论文 | 本文利用单细胞RNA测序技术分析类风湿性关节炎中滑膜成纤维细胞和滑膜巨噬细胞的转录组表达水平 | 通过scRNA-seq技术揭示了滑膜细胞的异质性，并为类风湿性关节炎的治疗提供了新的治疗靶点 | NA | 研究类风湿性关节炎中滑膜细胞的异质性及其在疾病发展中的作用 | 滑膜成纤维细胞和滑膜巨噬细胞 | 数字病理学 | 类风湿性关节炎 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | NA |
| 23753 | 2024-08-08 |
Camk2a-Cre and Tshz3 Expression in Mouse Striatal Cholinergic Interneurons: Implications for Autism Spectrum Disorder
2021, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2021.683959
PMID:34349780
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研究论文 | 本文研究了Camk2a-Cre和Tshz3在老鼠纹状体胆碱能中间神经元中的表达，及其对自闭症谱系障碍的影响 | 首次展示了Camk2a-Cre表达细胞主要是纹状体胆碱能中间神经元，并且所有这些神经元都表达Tshz3 | NA | 探讨Camk2a-Cre和Tshz3在纹状体胆碱能中间神经元中的功能及其对自闭症谱系障碍的影响 | 老鼠纹状体胆碱能中间神经元中的Camk2a-Cre和Tshz3表达 | 神经科学 | 自闭症谱系障碍 | 单细胞转录组学 | NA | 基因表达数据 | 成年老鼠纹状体中的多个基因 |
| 23754 | 2024-08-08 |
Striatal Control of Movement: A Role for New Neuronal (Sub-) Populations?
2021, Frontiers in human neuroscience
IF:2.4Q2
DOI:10.3389/fnhum.2021.697284
PMID:34354577
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综述 | 本文综述了利用单细胞RNA测序研究纹状体神经元转录组特征的最新进展，揭示了纹状体神经元的细胞复杂性和其在运动控制中的作用 | 发现纹状体投射神经元具有指示其解剖位置和分区的转录特征，并揭示了额外的独特神经元群体和先前未知的纹状体投射神经元亚群 | NA | 探讨纹状体在运动控制中的作用及其在运动障碍中的功能障碍 | 纹状体神经元及其在运动控制中的作用 | 神经科学 | 帕金森病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组 | NA |
| 23755 | 2024-08-08 |
TrajectoryNet: A Dynamic Optimal Transport Network for Modeling Cellular Dynamics
2020-07, Proceedings of machine learning research
PMID:34337419
|
研究论文 | 本文提出了一种名为TrajectoryNet的动态最优传输网络，用于模拟细胞动力学 | 将连续归一化流与动态最优传输相结合，能够模拟实体在系统中的连续动态和非线性路径 | 传统的最优传输方法无法模拟连续动态和非线性路径 | 解决现有方法在模拟动态过程中的局限性 | 细胞动力学 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 连续归一化流 | 时间序列数据 | NA |
| 23756 | 2024-08-08 |
NMFLRR: Clustering scRNA-Seq Data by Integrating Nonnegative Matrix Factorization With Low Rank Representation
2022-03, IEEE journal of biomedical and health informatics
IF:6.7Q1
DOI:10.1109/JBHI.2021.3099127
PMID:34310328
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研究论文 | 本文提出了一种新的计算框架NMFLRR，通过整合低秩表示（LRR）和非负矩阵分解（NMF）来识别细胞类型，并使用九个真实的scRNA-seq数据集测试了其性能 | NMFLRR框架通过引入局部约束图正则化项来捕获数据的局部几何信息，并使用交替方向乘子法（ADMM）算法同时获得数据的相似矩阵和低维特征 | NA | 开发一种新的计算方法，以准确识别单细胞类型 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 非负矩阵分解（NMF），低秩表示（LRR） | 基因表达数据 | 九个真实的scRNA-seq数据集 |
| 23757 | 2024-08-08 |
Generation of functional human thymic cells from induced pluripotent stem cells
2022-02, The Journal of allergy and clinical immunology
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jaci.2021.07.021
PMID:34331993
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研究论文 | 本文研究了从诱导多能干细胞（iPSCs）生成功能性人类胸腺细胞的方法 | 开发了一种直接分化协议，能够从多个iPSC系生成患者来源的胸腺上皮祖细胞，并在移植到无胸腺裸鼠后进一步分化为功能性胸腺上皮细胞 | NA | 系统评估信号通路，开发一种精炼的直接分化协议，生成患者来源的胸腺上皮祖细胞 | 诱导多能干细胞（iPSCs）生成的胸腺上皮祖细胞 | 细胞生物学 | NA | 流式细胞术，定量PCR，批量RNA测序，单细胞RNA测序 | NA | RNA | 多个iPSC系生成的胸腺上皮祖细胞 |
| 23758 | 2024-08-08 |
rPanglaoDB: an R package to download and merge labeled single-cell RNA-seq data from the PanglaoDB database
2022-01-03, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btab549
PMID:34320637
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研究论文 | 介绍了一个名为rPanglaoDB的R包，用于从PanglaoDB数据库下载和合并标记的单细胞RNA测序数据 | 首次提供了纤维细胞的无偏转录组图谱报告，并通过比较纤维细胞与同一组织样本中收集的成纤维细胞的转录组图谱，确认了它们与组织损伤和感染愈合过程的关联 | NA | 通过整合多个公共单细胞实验数据，增加目标细胞类型的样本量，实现稳健的细胞类型转录组特征描述 | 纤维细胞，一种罕见的单核细胞衍生细胞类型 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 单细胞RNA测序数据 | 157个纤维细胞 |
| 23759 | 2024-08-08 |
Molecular Fingerprinting by Single Cell Clone Analysis in Adverse Drug Reaction (ADR) Assessment
2022, Current drug safety
IF:1.1Q4
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研究论文 | 本文通过单细胞克隆分析技术，特别是单细胞RNA测序（scRNA-seq），对药物不良反应（ADR）进行分子指纹识别，以区分不同克隆细胞在个体器官中的差异敏感性 | 利用scRNA-seq技术对ADR进行分子指纹识别，识别特定克隆中直接表达的基因（DEG），为靶向治疗策略提供机会 | 成本效益、ADR的频率/严重程度和人群差异等因素仍需考虑 | 开发一种新的框架，用于使用scRNA-seq技术对ADR进行潜在评估，并探讨其对药物警戒和药物开发的潜在监管影响 | 药物不良反应（ADR）的分子指纹识别 | 分子生物学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 涉及可活检/采样的组织（如皮肤、肝脏、肾脏、血液、干细胞） |
| 23760 | 2024-08-08 |
Role of laminin and collagen chains in human spermatogenesis - Insights from studies in rodents and scRNA-Seq transcriptome profiling
2022-01, Seminars in cell & developmental biology
IF:6.2Q1
DOI:10.1016/j.semcdb.2021.07.011
PMID:34325997
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综述 | 本文综述了在啮齿动物和单细胞RNA测序转录组分析中，层粘连蛋白和胶原蛋白链在人类精子发生中的作用 | 通过分析公开的单细胞RNA测序转录组数据集，揭示了不同类型的人类睾丸中胶原蛋白链和层粘连蛋白链的差异表达，提出了人类睾丸中可能存在的局部调节网络 | NA | 探讨层粘连蛋白和胶原蛋白链在人类精子发生中的作用及其在不同类型睾丸疾病中的潜在影响 | 人类睾丸中的层粘连蛋白和胶原蛋白链 | NA | 男性不育症 | scRNA-Seq | NA | 转录组数据 | NA |